Автор Тема: Эволюция космоса новости исследований и экзожизнь  (Прочитано 32017 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Шаройко Лилия

  • Участник форума
  • Сообщений: 1693
    • Просмотр профиля
    • Наука РФ и за рубежом
Я не буду спорить сейчас. Хотя ваши чувства понятны.
Вам кажется, что форма важнее содержания. Это не так.

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1675
    • Просмотр профиля
Четвертичная структура ДНК - форма или содержание ?
А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн василий андреевич

  • Участник форума
  • Сообщений: 8580
    • Просмотр профиля
Существуют 4 уровня структурной организации нуклеиновых кислот:
водородные связи тоже при наслоении могут создавать  эффект накопления энергии вплоть до барьера на грани новой валентности
..................Жуть.
  Жуть в констатации четырех уровней сложности, как данности, не включающей проблем ее становления. А тут ведь не просто химизм рулит.
  Можно, конечно, проскочить историзм становления "уровней сложности", объявив это "действием Самоорганизации".
  Я так понимаю Лилия, Вам захотелось разобраться с тем, что многие называют "негэнтропийной физикой". Действительно, объединение в уровни организации выглядит, как построение иерархической пирамиды власти", когда желания верхов посадить низы на барщину объявляются государственным законом, подкрепляемым не токмо силой оружия, но и еще и Верой в природное предназначение Царя-Батюшки.
  Давайте я попробую на примере с осадконакоплением.
  Будущие низы - это хаотическое состояние поверхности, где частицы случайно застревают в случайных неровностях микрорельефа, даже если этот микрорельеф представлен случайно активирующимися/освобождающимися/возбуждающимися валентностями/водородностями. Это нулевой уровень сложности, в котором идет борьба за место частицы-атома-иона в структуре минерализуемого зерна. Что бы частица могла успокоиться в структуре, ей необходимо за счет кинетики преодолеть потенциальный барьер, окружающий структурную нишу, и передать кинетику частице, которая выдворяется из "уютного места", отправляясь на поиски собственного счастия-бытия.
  Образующаяся структура - это первый уровень сложности, когда энергия хаотических соударений (т.е. тепло) консервируется в потенциальной энергии химических связей, за счет созидания нового, более высокого энергетического барьера, о котором обычно забывают, когда говорят о необратимых химических реакциях синтеза. Молекула обретает стабилизацию в растущей структуре не столько за счет "падения" к нижнему энергетическому уровня (как, например, в случае с горением водорода в кислороде), сколько поднимаясь на энергетическое плато, где строит свой барьер для защиты от ударов теплового хаоса.
  Ясен пень, что тепловые удары все одно разрушат барьеры и, следовательно, необратимая реакция синтеза будет разрушена до обратной. Поэтому задача синтеза не только защититься высоким барьером, а еще выделить в своей структуре места для поломок самим актом слома рассеивающим излишнюю кинетику хаоса в окружающую среду. Ломаются самые слабые, но потому и легко репарируемые связи, если нет выделенных мест для поломки, то развалится вся структура. Потому Ваши водородные связи вы образно окрестили "создающими эффект накопления (энергии, какой?) на грани новой валентности".

  Принцип неубывания энтропии глаголит о превалировании распада над созиданием. Любая структура будет разрушена, но проживет дольше не та, что крепче, а та, что способна пожертвовать частью, ради сохранения целого. Вспомните слова Апраскина из фильма - конницу, конницу берегите, пехоту в бой посылайте, людишки дрянь, бабы новых нарожают.
  В геологии такая структура из структур носит имя текстура, как чередование слоев различной, условно, прочности-стойкости. Это второй уровень сложности, возникающий под влиянием накопления первого уровня. Заинтересованность текстурного уровня в структурном надуровне ясна - переадресация изменчивости для обеспечения сохранности. По сути текстура осадочных пород в виде напластований это не столько выражение разных условий осадконакопления, сколько ЕО структур за место в текстуре.
  Текстуры обосабливаются в фактуру - это третий уровень сложности, когда глубинная текстура преобразуется под давлением накапливающихся структур так, что своей внутренней борьбой "за выживание" при рассеивании отмирающих элементов, провоцирует образование на поверхности ниш для новых структурных накоплений.
  И, наконец, можно начинать судить о четвертом, уже формационном уровне сложности, когда вся формация выживает и развивается за счет иерархии постоянно трансформирующихся структур, текстур и фактур.

Оффлайн василий андреевич

  • Участник форума
  • Сообщений: 8580
    • Просмотр профиля
Четвертичная структура ДНК - форма или содержание ?
  Я бы сказал, что форма, содержащая формы низших трех порядков. Сутью же формы в форме (структура кон-ин-кон, конус в конусе) есть структурированный хаос, как сложное чередование "слоев" с элементами хаотичности и структурности. В таком раскладе сутью формы эволюции будет теплосодержание, как форма энергии под названием энтальпия.

Оффлайн ArefievPV

  • Участник форума
  • Сообщений: 8631
    • Просмотр профиля
Принцип неубывания энтропии глаголит о превалировании распада над созиданием.
Угу, распад в глобальном масштабе рулит.
Это следует из самой общей парадигмы – БВ, все дела… Но ведь данная парадигма только модель эволюции Вселенной.

А вот ежели материя собирается гравитацией – это будет относиться к созиданию? Уверяю Вас – будет. Даже возникновение любых неоднородностей (а гравитация запросто такие неоднородности создаёт – из облаков межзвёздного газа формируются звёзды) является результатом созидания.

Уровни неоднородностей разные, конечно. Одно дело возникновение квантовых флуктуаций и рождение/распад виртуальных частиц, другое дело – возникновение  физических частиц, третье – возникновение макрообъектов (слипание, конденсация и пр.), четвёртое – возникновение планет, звёзд, галактик…

Кстати, гравитация разрушает состояние квантовой неопределённости (подозреваю, что любое поле так действует).  Типа, частица либо существует, либо нет.

Вернусь к парадигме. А что ежели, после расширения Вселенной наступит фаза сжатия (ну, там под влиянием гравитации или ещё чего)? Модель эволюции Вселенной  изменится, и в глобальном масштабе начнёт рулить синтез (созидание). Придём к тому, что принцип (убывания/неубывания энтропии) будет зависеть от фазы эволюции Вселенной… А локально и актуально этот принцип постоянно нарушается.

P.S. Всех с Днём космонавтики! :)

Оффлайн василий андреевич

  • Участник форума
  • Сообщений: 8580
    • Просмотр профиля
  Есть принцип ван-БВ (божьей воли), который подменяется термином самоорганизаци за счет незнамо откуда взявшейся гравитационности. И есть эмпирический принцип инфляции/обесценивания ту-БВ (большого взрыва), вторичность которого следует из превалирования рассеяния над концентрацией.
  Галопируещее (ускоряющееся с расстоянием от наблюдателя) расширение неминуемо порождает силы отдачи, которые проявляются, как гравитирующие комковатости двумерья в "недоделанное" трехмерье, которое мы запросто называем эволюционирующей функцией.

  В дихотомическом системно-средовом подходе, мы прогнозируем, что "плоская дивергенця" в своем логарифмическом (по основанию 2)
виргировани порождает конвергентные силы в третьем измерении, как аналог гравитации. Четыре уровня сложности аминов - это отражение расширяющейся с локальными сжатиями вселенной "органической химии". По иному: число тепловых столкновений, приводящих к распаду/анализу химической структуры, многократно превышает число столкновений, приводящих к синтезу. Т.е. в организменной среде осуществляется то дихотомическое обесценивание внешней среды, которое позволяет из обломков распада синтезировать немногочисленное сложное.
  Если подобное суждение приложить к открытой системе, то толку будет мало, обязательно придется сажать бесов с калькуляторами на дихотомические развилки. Потому вводят условную изоляцию под названием системность, которую лично мне удобнее называть формацией.

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1675
    • Просмотр профиля
Извините,  все  это   игра  словами. Флуд.
  Четвертичная   структура   у  ДНК   как  макромолекулы  или есть,  или  нет.   И  не  надо  тут   философии - есть    эксперимент.
А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн ArefievPV

  • Участник форума
  • Сообщений: 8631
    • Просмотр профиля
Эту информацию легко найти в сети...
Навскидку:
http://fb.ru/article/394138/formyi-dnk-struktura-i-sintez
Цитировать
Уровни организации молекулы ДНК
Различают четыре уровня, определяющих строение и морфологию этой гигантской молекулы:
•Первичный уровень, или структура – это порядок нуклеотидов в цепи.
•Вторичная структура представляет собой знаменитую «двойную спираль». Устоялось именно это словосочетание, хотя на самом деле подобная структура напоминает винт.
•Третичная структура образуется вследствие того, что между отдельными участками двухцепочечной закрученной нити ДНК возникают слабые водородные связи, придающие молекуле сложную пространственную конформацию.
•Четвертичная структура – это уже сложный комплекс ДНК с некоторыми белками и РНК. В такой конфигурации ДНК упакована в хромосомы в ядре клетки.

P.S. А вот картинка понравилась:

Правда, попадалась на глаза картинка в ещё более доходчивой форме (но сходу не смог найти). Там вообще всё чётко было прорисовано...

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1675
    • Просмотр профиля
Ну  вот  есть   у  вас картинка  и  текст.  Так   есть  у  ДНК    как  макромолекулы    четвертичная  форма  7  Ну  и  до  кучи   -  третичная  ?
А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн Шаройко Лилия

  • Участник форума
  • Сообщений: 1693
    • Просмотр профиля
    • Наука РФ и за рубежом
Цитировать
Я так понимаю Лилия, Вам захотелось разобраться с тем, что многие называют "негэнтропийной физикой".

С одной стороны хотелось бы разобраться на таком примерно уровне:

Цитировать
хаотическое состояние поверхности, где частицы случайно застревают в случайных неровностях микрорельефа, даже если этот микрорельеф представлен случайно активирующимися/освобождающимися/возбуждающимися валентностями/водородностями. Это нулевой уровень сложности, в котором идет борьба за место частицы-атома-иона в структуре минерализуемого зерна. Что бы частица могла успокоиться в структуре, ей необходимо за счет кинетики преодолеть потенциальный барьер, окружающий структурную нишу, и передать кинетику частице, которая выдворяется из "уютного места", отправляясь на поиски собственного счастия-бытия.

  Образующаяся структура - это первый уровень сложности, когда энергия хаотических соударений (т.е. тепло) консервируется в потенциальной энергии химических связей, за счет созидания нового, более высокого энергетического барьера, о котором обычно забывают, когда говорят о необратимых химических реакциях синтеза. Молекула обретает стабилизацию в растущей структуре не столько за счет "падения" к нижнему энергетическому уровня (как, например, в случае с горением водорода в кислороде), сколько поднимаясь на энергетическое плато, где строит свой барьер для защиты от ударов теплового хаоса.

С другой стороны не хочется эскалации конфликта, вплоть до согласия на мое полное исчезновение из форума на неделю, месяц и более в случае если такое исчезновение необходимо для его(форума) нормальной работы.

Желательно конечно понять насколько допустимо применение слова радикал

Цитировать
Варианты применения термина в химии
В неорганической химии чаще всего это атомы или молекулы с неспаренным электроном (NO, NO2, ClO2, атомарный водород и др.).

В органической химии чаще всего это молекулы с одним или несколькими неспаренными электронами, как на атомах углерода, так и на гетероатомах. Это наиболее распространенное применение термина.

В номенклатуре органических соединений это атом или группа атомов, которая присоединяется к основной части молекулы одной или несколькими связями.


Цитировать
Валентность
Вале́нтность (от лат. valēns «имеющий силу») — способность атомов химических элементов образовывать определённое число химических связей. Этимологию термина валентность возможно отследить начиная с 1425 года...

Ничего себе история у слова
:)

Хотелось бы услышать как именно Питер И Владимир Кох видят энергетические взаимодействия в третичной структуре нуклеиновых кислот (там неприемлемость в данном контексте слова радикал обсуждалось именно в третичной структуре).
Хотя конечно смысл возражения был в том, что радикалы вообще невозможны в отношении азотистых оснований так как свободных связей и неспаренных электронов как таковых нет.

Своими словами, достаточно одного двух абзацев.

У меня сложилось, возможно неверное впечатление, что любые нуклеиновые кислоты по их мнению - это статичные структуры, в которых нет перераспределения энергии и динамики энергии связей как класса явлений.

Это противоречит моему представлению о любых органических соединениях как динамических структурах. Насколько я знаю в основном тело человека по составу атомов меняется за 7 лет, включая все атомы костей - за 21 год. Может эти цифры не точны.

Белки-ферменты, конечно, на несколько порядков превышают динамичность РНК. Максимов (это прямая цитата из лекции, в семинарских работах разрешены цитаты до 50 слов) нам студентам сообщает:

Цитировать
Биомолекулы стабильны на протяжении очень разного времени в жизни клетки. Большинство ферментов функционируют всего несколько секунд, редко в организме создаются ферменты, которые существуют в течение одного года, так как живое – динамическая система, где происходит постоянный обмен.

ДНК напротив довольно стабильная структура, РНК насколько я понимаю менее.
Вообще если Вам не лень Питер, может расскажете как с вашей точки зрения выглядит динамика энергии в третичных структурах белков как динамических системах и в нуклеиновых кислотах как в относительно статичных.
Было бы очень интересно услышать мнение эксперта.
« Последнее редактирование: Апрель 12, 2019, 11:13:46 от Шаройко Лилия »

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1675
    • Просмотр профиля
И   кстати.  Все-таки   читайте  учебники    нормальные.  Того  же    Льюина,  благо     он   хорошо  переведен  на  русский. 
Третичной    структуры   ДНК  в  нормальных  учебниках   НЕТ.    И  четвертичной   -  тем  более.
А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн Шаройко Лилия

  • Участник форума
  • Сообщений: 1693
    • Просмотр профиля
    • Наука РФ и за рубежом
Насколько я понимаю это не было сообщение о динамике энергии в белках и нуклеиновых кислотах.
Пока это было сообщение о священном английском языке, индуисты так воспринимают санскрит, типа все, что на нем написано является истиной, аминь
:)

Хорошо, ладно, эту часть мышления эксперта я поняла.


А будет ли сообщение о динамике энергии в белках и нуклеиновых кислотах?
Хоть пару фраз, чтобы было понятно, что эксперт вообще знает о существовании такой динамики.
:)


Своими словами. Третичной и четвертичной структуры нет. Хорошо.

Как устроены первичная и вторичная? Что происходит по энергии в водородных связях?
Влияют ли они на соседние, как описывает Максимов в лекциях биофизике.

Если не так влияют, то что происходит?
« Последнее редактирование: Апрель 12, 2019, 11:39:16 от Шаройко Лилия »

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1675
    • Просмотр профиля
1.    Начиная   с  вторичной   структуры  ни  у  белков,  ни  у  ДНК  с  РНК    нет      застывшей  структуры.
2.   Всегда    биомолекула   -    это    набор  конформационных  вариантов,   переход   между  которыми  зависит  от      среды  (рН  и   ионы   металлов) ,   особенностей    первичной   структуры  макромолекулы   (GC  богатые    участки в   ДНК,   остатки  цистеина  и   т.д.)
3.  Функционирование  макромолекулы   -   постоянный  переход  от  конформации   к  конформации
4.   Есть  радикал   как    некий  участок   в   составе     молекулы.  Типа   С2Н5ОR,   где   R  может   скрываться      самые  разные   заместители.  И есть   свободный   радикал  -    когда    мы   этот    С2Н5OR  поделится   на  С2Н5О*   и   R*
5.    Что  динамичнее    -   РНК  или  белки  -     можно       обсуждать  долго.   И   без  всякого  смысла   -  потому  как  есть   и  разные    белки,  и  разные    РНК.   Всегда  есть    конкретика  ... А    про  несколько  порядков   -    гон.
А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн Питер

  • Участник форума
  • Сообщений: 1675
    • Просмотр профиля
О  да,  богом  является     Максимов.     Я  могу  вам  кроме   Льюина  назвать  и  другие  учебники  по   молбиологии    -  но,  увы,    большая  часть  из  них   будет  на  языке. 
А,   очень  хороший  и  очень     простой   вариант     -  учебник  Риса\Стернберга.  Правда,  он    старенький   -   начала   двухтысячных.   Но    базис  с  тех  пор  не  изменился.
А  оно  вам  надо  ?

Оффлайн Шаройко Лилия

  • Участник форума
  • Сообщений: 1693
    • Просмотр профиля
    • Наука РФ и за рубежом
Максимов является не богом а моим преподавателем, то есть сейчас основным источником информации на который я ориентируюсь.
В священный английский язык я не верю, но всегда уважаю чужую веру, спокойно в основном к ней отношусь. Это личное право каждого.

Цитировать
1.    Начиная   с  вторичной   структуры  ни  у  белков,  ни  у  ДНК  с  РНК    нет      застывшей  структуры.

Хорошо, понятно

Цитировать
2.   Всегда    биомолекула   -    это    набор  конформационных  вариантов,   переход   между  которыми  зависит  от  среды  (рН  и   ионы   металлов) ,   особенностей    первичной   структуры  макромолекулы   (GC  богатые    участки в   ДНК,   остатки  цистеина  и   т.д.)

Да, у Максимова  примерно так красная нить лекций выглядит.

Цитировать
3.  Функционирование  макромолекулы   -   постоянный  переход  от  конформации   к  конформации

Согласна, я именно так и написала  - динамические структуры

Цитировать
4.   Есть  радикал   как    некий  участок   в   составе     молекулы.  Типа   С2Н5ОR,   где   R  может   скрываться      самые  разные   заместители.  И есть   свободный   радикал  -    когда    мы   этот    С2Н5OR  поделится   на  С2Н5О*   и   R*

Вот именно и что же тогда происходит в связи, где написано на картинке 0,28 нм , то есть водородная связь устанавливается между водородом и кислородом, влияет ли это на ковалентную связь Н - N в участке NH2 ?

Будем считать, что радикалом его назвать по настоящему нельзя, я уже согласилась, что эта фраза некорректна.



Вот это был мой основной вопрос. Как работает энергия внутри связи. Пока ответа нет. Я его не требую в принципе. У Максимова это подробно описано, я пока не понимаю именно этой части, на самом деле мне нужно просто туда вернуться и спокойно не жалея времени разобраться в деталях.

Можно у Рубина в его "Биофизике" 2016 года посмотреть. На мой вкус оч хороший учебник именно по энергии. Мне сложно, так как в каком то смысле действительно Владимир Кох прав  - это почти "высшее без среднего", с той только разницей, что мой университет был почти 27 лет назад и там физика изучалась на первых двух курсах, биофизики как таковой не было, биохимия была в основном в рамках курса "микробиология растений". Была другая программа. И многое изменилось

5.    Что  динамичнее    -   РНК  или  белки  -     можно       обсуждать  долго.   И   без  всякого  смысла   -  потому  как  есть   и  разные    белки,  и  разные    РНК.   Всегда  есть    конкретика  ... А    про  несколько  порядков   -    гон.

Про что динамичнее  - согласна в целом, просто высокая динамика белков ферментов - их характерное свойство в курсе биофизики, может поэтому создается впечатление, что большинство белков динамичнее чем большинство нуклеиновых кислоты, например, ДНК.
Там прямо никто такого не сообщает.

Несколько порядков(я так понимаю речь идет о разделении на четыре или два уровня структур) -  это вообще, я думаю, относится к мнениям и языку -  в английском одно слово для синего цвета, в русском два - синий и голубой на бенгали в индии их четыре, у северных народов 11 слов для белого цвета, у народов живущих в джунглях Африки примерно столько же для зеленого.

К количеству делений спектра электромагнитных волн это мало относится. Кто-то видит детальнее то, с чем имеет дело, кто-то считает что деталей недостаточно для выделения категории. Это внешняя условность. 
« Последнее редактирование: Апрель 12, 2019, 12:45:45 от Шаройко Лилия »