зарождение жизни на земле

Oleg_Dm · сентября 24, 2012, 11:29:30

Комбинатор статьи про мембраны читаю. По первой говорят что нашли доказательства что изопреноидные мембраны были исторически у всех 3 линий бактерии/археи/эвкариоты. Но тут возникает вопрос как почти все бактерии перешли на фосфолипидные а археи и эвкариоты не перешли? Логически это трудно представить. Покопаю синтезы, насколько помню синтез фосфолипидов был проще. Если это так то еще сложней представить что в системе с наличием фосфат связанной органики возникли не фосфолипиды а изопреноиды.

Вторую статью читаю

Комбинатор · сентября 28, 2012, 00:11:59

2 Oleg_Dm

Я сейчас в отпуске, смогу ответить дней через 10. Кстати, недавно вышла статья, что асидокальциома, являющаяся для клетки складом полифосфатов, является единственной органеллой, которая есть у всех трёх царств и, таким образом, она скорее всего была уже у ЛУКА.

Oleg_Dm · сентября 28, 2012, 16:59:40

Очень хорошие новости! Это предполагалось из схемы абиогенеза, и если доказанно пдтвердится тем больше доказательств к фосфатной гипотезе.

идрис · сентября 30, 2012, 19:56:55

Вот уже беспредел пошел. Я уже написал парой десяткой страниц выше про то что жизнь неизбежно разносится с Земли на другие тела или просто между телами в космосе. А до этого 2 года назад даже тему создал на одном из форумов http://forum.web.ru/viewtopic.php?f=29&t=3279&start=0
А году в 2008 на том же форуме геолфака МГУ писал о разносе жизни с помощью выбиваемых с поверхности масс вещества с живыми организмами в разных формах, которые разносятся через космос, а потом выпадают на других телах и никаких проблем с этим теоретически не существует. Я уже писал что американцы уже фактически это признали и говорят что их корабли уже фактически "заразили" Марс жизнью и надо лучше стерилизивать и т.д. А вот уже вообще что творят

http://www.rnd.cnews.ru/natur_science/news/line/index_science.shtml?2012/09/27/504496
"Жизнь медленно переползает от звездной системы к звездной системе – об этом заявила команда ученых из Принстонского университета, Университета Аризоны и Центра астробиологии в Испании."
"По мнению международной группы ученых, в космосе путешествует множество "зараженных" жизнью метеоритов, попавших в космос с поверхности обитаемых планет."
"Исследователи подсчитали, что из всех твердых фрагментов, которые улетели из нашей Солнечной системы и ее ближайших соседей, от 5 до 12 из 10000 могли быть захвачены гравитацией другой звездной системы."

Это все наглое присвоение себе чужих представлений, без упоминаний ссылок откуда они все это позаимствовали. Я написал ровно то же самое 4 с половиной года тому назад и никакого отношения к упомянутым в той ссылке "научным" учреждениям из-за границы не имею.

По какому праву они присваивают себе мои утверждения (которые представлены в свободном доступе в Интернете) и как с этим можно бороться?

Дж. Тайсаев · сентября 30, 2012, 20:09:17

у меня аналогичная претензия, я тоже несколько лет назад доказывал на этом же форуме практическую невозможность "заражения" других планет, в теме созданной Комбинатором о панспермии. И надо же, тоже увидел точно такие же идеи, нахально присвоенные рядом зарубежных ученых

Ярослав Смирнов · сентября 30, 2012, 20:22:24

А о возможности использования энергии водяного пара для выполнения механической работы Вы не писали? А то есть люди, которые эти результаты нагло присвоили и даже в учебники попали.

идрис · сентября 30, 2012, 21:04:19

Доказывать можно что угодно, бумага все стерпит. Даже можно производить "юмор". Вопрос только в значимости доказательств, юмора, автомобилей Ока для мирового автопрома и прочих разных вещах и не более того.

Я ведь судя по всему первый кто написал что жизнь может не только попадать на Землю. Но нет никаких препятствий для выноса жизни с Земли на другие тела в космосе. Да уже много есть сообщений по этому вопросу я написал и не буду повторяться с основными положениями.

Ярослав Смирнов · сентября 30, 2012, 22:01:28

Цитата: идрис от сентября 30, 2012, 21:04:19
Я ведь судя по всему первый кто написал что жизнь может не только попадать на Землю. Но нет никаких препятствий для выноса жизни с Земли на другие тела в космосе.

Про эту возможность, насколько я помню, писал ещё Майкл Крайтон в Штамме "Андромеда" в 1969 году.

василий андреевич · сентября 30, 2012, 22:25:29

Сама идея панспермии на том и базируется, что живое может совершать космические путешествия, покидая поверхость своей планеты. Но ведь это ничего ровным счетом не прибавляет к вопросу о зарождении жизни, если не пытается опровергнуть терорию Большого Взрыва. Достаточно подсчитать скорость такого переноса, что бы наплевать на все панспермисткие взгляды.
Совсем иное дело взять за основу геометрические представления о времени. Например, время есть бублик, у Хоккинга время, шарообразно, но это один хрен. В таком раскладе, панспермия есть пояс, через который проходят все галактики при своем временном путешествии от зарождения из небытия, до ухода в него.

Oleg_Dm · октября 01, 2012, 12:23:45

Цитата: Комбинатор от сентября 16, 2012, 21:45:12
Если я не ошибаюсь, вы и Ярослав Смирнов несколько лет назад обсуждали здесь цепочку синтеза мембран у архей сравнительно с эубактериями. В последнее время на эту тему появились новые публикации, вот, например, пара ссылок:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20651049
http://www.hindawi.com/journals/arch/2012/438931/
Чем дальше продвигаются в исследовании LUCA, тем всё более сложным организмом он выглядит. ))

Дочитал все таки вторую статью. Авторы предполагают что первый эвкариот неизбежно имел гибридную мембрану т.к. образовался слиянием бактерии и археи, и наличия некоторых особенностей в мембранах эвкариот отличающих ее как от бактериальной так и архейной. Если кратко гены отвечающие за фосфолипидную мембрану археи включили в бактерию, как выяснилось бактерия стала делать комбинированную мембрану, и поскольку выживаемость такой популяции была практически на уровне исходной бактериальной, делается вывод что такие клетки реально могли существовать на раннем этапе эволюции. К сожалению о Люка, и первых по происхождению типах мембран в статье не говорится.

Посмотрел синтез мембран, очевидно фосфолипидная и более простая и явно предшествующая, молекулы входящие в синтез фосфолипидов, потом могут быть использованы для синтеза изопреноидов. Т.е. пока видится картина следущая - протоклетка-протобактерия(изначальные мягкие условия жизни, окологейзерные лужи) раздвоение на две ветки: 1. археи (приспособление к экстремальным условиям, агрессивная гейзерная среда) 2. бактерии (освоение окружающей среды).
Слияние бактерии и археи = эвкариота, явные признаки присутствия изопреноидов характерные для архей. В принципе вторая статья как раз на подтверждение этого этапа.

Таким образом археи пошли по пути специалиализации в той среде где и зародилась жизнь, а бактерии начали осваивать окружающий мир.

И вот еще чего подумал, исходная схема построения протоклетки как некоторой минеральной частицы с прикрепленными органическими соединениями хорошо согласуется со структурой мемраны с ее множественными островками разного состава и физикохимическими свойствами. Логично что прикрепленные фосфатными хвостами к аппатитной частице и второго слоя наружу, мембрана заключала внутри себя весь необходимый аппарат синтеза. Т.е. отделение мембраны и образование внутренней среды клетки логично видится следующим этапом формирования протоклетки.

Комбинатор · октября 01, 2012, 15:34:02

>> К сожалению о Люка, и первых по происхождению типах мембран в статье не говорится.

Вроде, всё же говорится:
Shimada and Yamagishi [9] recently reported that hybrid liposomes constructed from both archaeal- and bacterial-type lipids were generally more stable (impermeable) than they had expected. Based on these results, they concluded that the common ancestor of life (and the origin of eukaryotes supposedly formed by the fusion of archaea- and bacteria-like cells) might have had such hybrid lipid membranes, but they did not explain how the lipid divide occurred.

По поводу происхождения архей я (вслед за Кавальер-Смитом, Гуптой, Лейком и другими) придерживаюсь альтернативного подхода - они, скорее всего, произошли от грам-положительных бактерий, когда уже началась оксигенизация земной атмосферы. Тому, на мой взгляд, есть несколько косвенных подтверждений:
1. В рибосомных белках архей гораздо более активно, чем в бактериальных рибосомах используются ионы цинка (как считается, цинк в заметных количествах появился в океане лишь после того, как в воде появился растворённый в ней кислород).
2. Энтропия геномов архей гораздо больше, чем у грам-положительных бактерий и, особенно, у клостридий, которых я считаю наиболее близкими к Люка.
3. Геологические слои, в которых присутствуют более-менее общепринятые биомаркеры архей относятся с периоду не ранее 2.7-2.8 млрд. лет назад.
4. Считается, что наиболее древними археями были метаногены, но их базовая метаболическая цепочка очень сложна, и вряд ли могла появиться на самых ранних этапах эволюции.

Oleg_Dm · октября 02, 2012, 10:25:46

Комбинатор, приведенный вами абзац я читал, кроме "может быть" в статье нет никаких свидетельств о Люка, а вот об эвкариотах вся статья. Понятно что если клетки могут жить с комбинированной мембраной то почему бы не предположить что она была и у Люка, но с другой стороны никаких оснований это утверждать нет, намного проще по принципу Оккама предположить что мембрана была самой примитивной и потом усложнялась, это логично и просто встраивается в цепочку построений. Для сложной мембраны придется придумывать ряд обьяснений, допущений и строить странные схемы. Я пока не вижу перспективы в этом.

Про связь клостридий и архей читал, может так оно и было. Может был и паралельный процесс когда оставшиеся в экстремальных условиях бактерии позже разделились на тех же граммотрицательных и архей, так что доменов не три а 2 или 4. Насчет цинка океанические воды нам не показатель, эта среда вообще долгое время была весьма агрессивной. Цинка видимо не было вследствии выпадения нерастворимого сульфида из Н2S растворенной в океане, но сама Н2S весьма реакционноспособная молекула для органики, думаю потреблять ее бактерии научились совсем не быстро. В термальных же водах цинка предостаточно. Если предполагаем, что археи изначально ответвившаяся узкая специализированная группа, жившая в термальных источниках то логично ее следы будут в летописи редки. Ну а последняя статьи про древние биомаркеры бактерий сдвигают с 3,4-3,2 до менее 3 млрд. лет. т.е. может оказаться что по древности они и совпадут с бактериями. Пока это мои размышления вполне может оказаться, что все таки археи позднейшая группа, тогда вопрос с мембранами легко обьясняется адаптациями к суровой среде.

Комбинатор · октября 02, 2012, 17:49:33

> Комбинатор, приведенный вами абзац я читал, кроме "может быть" в статье нет никаких свидетельств о Люка,
> а вот об эвкариотах вся статья.

Категорически не могу согласиться. Об эвкариотах в ней упоминается лишь постольку, поскольку их мембрана имеет много общих черт с мембраной бактерий. Соответственно, этот тип мембраны везде обозначается как "мембрана бактерий/эукариот" (и противопоставляется мембране архей).

По поводу цинка, конечно, всё неоднознчно, тем не менее, непонятно, что мешало использовать его в своих рибосомных белках тем же бактериям-экстремофилам, которые по "классической" теории появились одновременно с археями-экстремофилами?

По поводу "последних статей, сдвигающих древние биомаркеры бактерий с 3,4-3,2 до менее 3 млрд. лет." буду благодарен за ссылки. Кстати, а как на счёт отпечатков самих бактерий и остатков бактериальных матов цианобактерий (столатомитов), их датировки тоже сдвинули? Странно, что я ничего про это не слышал...

Комбинатор · октября 07, 2012, 11:51:27

Почитал Костецкого. Идея мне очень понравилась. Хотя его попытки объяснить с помощью "эволюции в кристалле" чуть ли не все этапы эволюции вплодь до появления эвкариот на мой взгляд не очень состоятельны. Да и ссылки автора при обосновании некоторых его нетрадиционных утверждений (возраст Земли - 4.0-4.2 млрд. лет, эвкариоты и прокариоты возникли практически одновременно) на работы, опубликованные более четверти века назад тоже несколько удивляют. В общем, на мой взгляд, для самых начальных этапов эволюции идея весьма многоообещающая, но автор слишком ею увлёкся, пытаясь объяснить с помощью неё чуть ли не все эволюционные мсобытия вплодь до появления эвкариот.
А у Галимова уже есть какие-нибудь публикации на данную тему?
Вот ссылка на статью про асидокльцисому: http://www.biology-direct.com/content/6/1/50
Кстати, центральная проблема гипотезы РНК-мира - возникновение самореплицирующихся полинуклеотидных цепочек, насколько я понимаю, всё ещё далека от разрешения. Даже "чемпионы" в этой области, выведенные путём совмещения направленной эволюции и "разумного дезайна" пока не могут даже приблизительно реплицировать собственную копию.

идрис · октября 09, 2012, 16:26:14

Года три назад я высказал идею (всегда надо упоминать про свои мысли, а то часто про это забывают) что вирусы - это не совсем самостоятельная жизнь. Это может быть чем то вроде средства естественного отбора. Механизм такой. Есть патоген. Организм заболел и выжил, за счет своего генетического набора. Что надо делать организму, чтобы победить своих собратьев по виду у которых нет устойчивости к патогену? Надо их заразить этим вирусом. Тогда другие генотипы умрут, а твой генотип и генотип твоего потомства будет иметь больше шансов на выживание.

Вот например интересный материал в этом же русле размышлений
http://science.compulenta.ru/713094/
"Желудочно-кишечные бактерии применяют в борьбе друг с другом вирусы-бактериофаги. К такому неожиданному выводу пришли исследователи из Юго-Западного медицинского центра Техасского университета в Далласе (США). Мы привыкли рассматривать фагов как безусловных истребителей бактерий, которые проникают в клетку, размножаются и в конце концов разрушают её; какая тут может быть выгода для бактерии?"
"Исследователи заметили, что в некоторых случаях E. faecalis начинали производить больше вирусов.

Оказалось, что один из штаммов E. faecalis под названием V583 использовал фагов, чтобы удалить другие штаммы, конкурирующие с ним за одну экологическую нишу.

Более того, как пишут учёные в PNAS, бактерии собирают своё «оружие» из двух видов фагов: от одного используют структурные элементы, от другого — собственно боевой механизм, позволяющий заразить клетку противника. Это возможно благодаря тому, что геном вируса вшит в ДНК бактерии и клетка может им свободно манипулировать. Предыстория такого сотрудничества покрыта мраком."

Так что вирусы могут быть не совсем вирусами. А чем то вроде "бактериологического" оружия, которое потом придумал человек.