зарождение жизни на земле

[Mr. B]

Работа американцев (в свободном доступе):

http://www.sciencemag.org/content/329/5987/52.full

Резюме (перевод; оригинал - см. ссылку выше)

Мы сообщаем о создании, синтезе и сборке 1,08 млн. пар оснований генома Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0 из оцифрованной информации о последовательности генома, и его трансплантации в клетку-реципиент M. capricolum с целью создания новой клетки M. capricolum, которая регулируется лишь при помощи синтетической хромосомы. Единственной ДНК в клетках является созданная синтетическая ДНК-последовательность, включительно с "водяным знаком" последовательности и другими произведёнными генетическими делециями и полиморфизмами, а также мутациями, произошедшими во время процесса. Новые клетки обладают ожидаемыми фенотипическими свойствами и способны к постоянному самовоспроизведению.

[Oleg_Dm]

Прежде чем говорить о вирусах давайте определимся об одном и том же мы говорим. Как минимум есть 3 типа разных вирусов, сложные и большие типа мимивируса, обычные, вироиды. По поводу первых достаточно очевидно что они деградировавшие клетки паразиты. По поводу вторых и третьих веских оснований считать их деградировавшими формами нет. Зато вироиды можно считать "взбесившимися генами" т.е. биомеханизмами клетки, ушедшими в свободное плавание.
Самый важный вопрос таким образом определить все ли вироиды взбесившиеся гены, или часть из них просто примитивные протовирусы. Если эта гипотеза верна, то легко выстраивается ряд.
- абиогенез
- АТФ-АДФ, НАДН и т.п.
- протоциклы
- матрица воспроизведения протоциклов
- белки, матрица, липиды = первые линии протожизни (по идее Люка должен аж до этой точки реконструироваться) появление вирусов как наиболее устойчивых из "побочных" процессов.
- паралельная эволюция протоклеток и протовирусов
- появление клеток и примитивных вирусов вроде вироидов
- паралельная эволюция клеток и вирусов, усложнение до классических вирусов
- появление эвкариот
- появление деградировавших клеток - типа мимивируса.

Примерно так видится схема.

[Дж. Тайсаев]

Прежде чем говорить о вирусах давайте определимся об одном и том же мы говорим. Как минимум есть 3 типа разных вирусов, сложные и большие типа мимивируса, обычные, вироиды. По поводу первых достаточно очевидно что они деградировавшие клетки паразиты. По поводу вторых и третьих веских оснований считать их деградировавшими формами нет. Зато вироиды можно считать "взбесившимися генами" т.е. биомеханизмами клетки, ушедшими в свободное плавание.
Самый важный вопрос таким образом определить все ли вироиды взбесившиеся гены, или часть из них просто примитивные протовирусы. Если эта гипотеза верна, то легко выстраивается ряд.
- абиогенез
- АТФ-АДФ, НАДН и т.п.
- протоциклы
- матрица воспроизведения протоциклов
- белки, матрица, липиды = первые линии протожизни (по идее Люка должен аж до этой точки реконструироваться) появление вирусов как наиболее устойчивых из "побочных" процессов.
- паралельная эволюция протоклеток и протовирусов
- появление клеток и примитивных вирусов вроде вироидов
- паралельная эволюция клеток и вирусов, усложнение до классических вирусов
- появление эвкариот
- появление деградировавших клеток - типа мимивируса.

Примерно так видится схема.

очень логично

[Комбинатор]

- матрица воспроизведения протоциклов

А вы можете немного поподробнее описать, что здесь имеется в виду (какова материальная основа этих матриц и т.п.)?

[augustina]

Отсюда вытекает возможность, что если мы смешиваем алхимические инградиенты в "колбе преджизни", то следует ожидать направление к клетке одновременно с направлением разрушения проклетки. И, возможно, протовирусы являются первыми хищниками, устроившими один из вариантов нашего небезгрешного ЕО.

А что бы мешало вирусам исполнять сразу и роль жертвы, и роль хищника? Разве более шустрый не мог питаться более медлительным?

[василий андреевич]

А что бы мешало вирусам исполнять сразу и роль жертвы, и роль хищника?

А я о вирусах только то и знаю, что это квазикристалл, не способный к репликации вне клетки. Следовательно, его удобно считать рудиментировавшейся частью генома протоклетки, оттогшей его за ненадобностью. Отсюда видится схема распада генома протоклетки на два направления: узкую специализацию, как "быстрая" эволюция в вирус вобщем-то симбиотичный узкой среде и собственно клетку, способную через мембрану осуществлять взаимодействие с более разнообразной средой.

[идрис]

Есть огромные вирусы которые чуть ли не клетки. У них и белки есть и почти все остальное. Другое дело что т.н. клетки с разными ядрами, митохондриями, лизосомами, пластидами и т.д. Это бывшие симбиотические комплексы, то есть не совсем организмы.

[Влад]

Другое дело что т.н. клетки с разными ядрами, митохондриями, лизосомами, пластидами и т.д. Это бывшие симбиотические комплексы, то есть не совсем организмы.

Ага!

Я тоже везде где только можно доказываю, что кролик не может быть докембрийским.
Ведь кролик это доархейская форма жизни, это многоклеточный эукариот, который только вначале пути превращения в многоклеточного прокариота.......

[василий андреевич]

Ну раз так, то и я допущу образность.
Весь естественный смысл усложнений, и на дожизненной стадии тоже, сводится к тому, что бы прыгнуть выше головы, а потом шмякнуться и разбиться. В результате шмяка имеем: перераспределение случайной флуктуации в упорядоченность кинетики шмяка, плюс, любопытные и неравноценные для будущего процесса осколки шмякнутого, плюс, ямку от шмяка, символизирующую рождение потенциального минимума для следующего неизбежного шмяка.

[Влад]

Шо то Василий Андреевич не воспринимает мои убеждения насчёт кролика всерьёз.
А как же всякие там эритроциты, тромбоциты, разве это не вершина эволюции?

[идрис]

Если целью является прыгнуть выше головы, то есть повысить свою самоорганизованность. То выбор флуктуации не будет случайным. Это будет целевой выбор системы, она будет выбирать из кучи случайностей, именно ту что подходит для ее целей.

[василий андреевич]

Влад, да воспринимаю я Вашего кролика, как вершину своего времени, просто терминами биологии владею отвратно, оттого и предпочитаю наглядную образность.
  Вопрос как на эти вершины взбирались особи или протоособи.
  Вот и Идрис справедливо указывает на выбор подходящих флуктуаций. А ведь они не то что бы имели вероятные токи, они неопределенны в принципе. И флуктуация может только разрушать, закинуть участок гена "на гору", она не может. И шагать нужно отсюда. В том и мое ключевое несогласие по поводу СТЭ - благоприятность мутаций.
  Я бы так сказал: все мутации вредны для организма, ибо они предлагают отклонение от выверенного пути. Ведь посмотрим на классический опыт мутагенеза. Облучили, замутировали бацил, а потом подвергли стрессу новых условий, вот и получили полезный для стрессовой ситуации небольшой штамм выжывших особей. И ура, значит мутации - это и есть способ природы реагировать на новые условия, ЕО лишь убьет неприспособленных и делу точка.
  А я не хочу про особей, про них ЕО дока. Я про ту иерархию особей или химических элементов, которые реагируют своими частями лишь на свой спектр флуктуаций, не важно если это будут частицы или волны. В том и силища биосферы или первородного океана, в отличии от колбы, что там допустим широчайший спектр неопределенностей. Там атом реагирует на свою флуктуацию, молекула на свою, протоклетка на свою. И реакцией является разрушение среагировавшего элемента. При этом сложная органохимическая молекула уже готова жертвовать теми своими частями, которые наименее устойчивы и замещать их устойчивыми. А как только появится мембрана, а она даже появляется на болотной пленке из квазикристаллов, то появляется возможность выбора нужного, из хаоса предсказуемого. В нашем организме идет постоянный отток атомов, но попадающие внутрь нас обязательно отыскивают "незанятые места". Вот эти самые незанятые или освободившиеся места я и называю потенциальной нишей. Энергетически они отрицательны по отношению к организму, как среде для молекул и атомов. И именно туда будут направлены флуктуационные силы, именно туда попадет тот, кто на данный момент готов изменить свою форму, согласно форме освобождающейся ниши. Ниша, таким образом, это работа среды над системой и вычисляется как разность между энтальпией и внутренней энергией.
  А так как ЕО и ПО ни в коей мере не противоречит моему взгляду на эволюцию, то я и воспринимаю их как естественность объяснительных теорий.

[augustina]

А ведь они не то что бы имели вероятные токи, они неопределенны в принципе. И флуктуация может только разрушать, закинуть участок гена "на гору", она не может.

По факту видим, что может. При наличии "внешней" энергии - легко! И "токи" определены: "лёгкие" фракции вверх, "тяжелые" - вниз. Эндотермические реакции поглощают энергию, экзотермические - высвобождают. А при получении "внешней" энергии, тяжёлые нагреваются, и становятся более лёгкими. Вот конвективно и закидываются на "гору".

И шагать нужно отсюда. В том и мое ключевое несогласие по поводу СТЭ - благоприятность мутаций.

"Благоприятность" - субъективная оценочная выдумка человека. Нет мутаций, благоприятных или неблагоприятных. Есть только позволяющие выжить в конкретных, сиюминутных условиях, и не позволяющие выжить. Изменятся условия и неблагоприятные могут стать благоприятными.

  Я бы так сказал: все мутации вредны для организма, ибо они предлагают отклонение от выверенного пути.

"Выверенность" это при абсолютной неизменности условий. Но условия постоянно меняются. Не могут не меняться. А потому то, что "вчера" помогало выжить, "сегодня" может стать основной причиной вымирания.

  А я не хочу про особей, про них ЕО дока.

Не капризничайте...Хочу/не хочу... Любая иерархия состоит из особей. И реакция одной особи задаёт закономерность на всю сообщность в целом. Если уж продолжать образно, то работает закономерность сита: одинаково мелкие проваливаются в ячейки (вымирают), а отличающиеся от мелких крупные - не проваливаются. Но освободившаяся от мелких ниша, (при наличии репликации крупных), способствует выживанию крупных (иных). Здесь само вымирание мелких становится условием выживания иных. Таким образом, следствие становится причиной.

Ниша, таким образом, это работа среды над системой

Ну, И??
Вы не учли ещё того, что при объединении атомов, кардинально меняются и свойства вещества. Например, газ кислород, соединяясь с газом водородом в результате образуют жидкость воду, свойства которой резко отличаются от свойств составляющих. Среда, взаимодействуя с системой, изменяется и сама, становясь новой средой. И то, что было невозможно в принципе в газовой среде, становиться возможным в среде-жидкости.

А так как ЕО и ПО ни в коей мере не противоречит моему взгляду на эволюцию, то я и воспринимаю их как естественность объяснительных теорий.

Противоречит. Ибо обязательным условием в вашем взгляде является наличие лишней сущности (разумного планировщика). В естественном же отборе - в разумном планировщике нет необходимости. Сито естественной среды не разумно и в разуме не нуждается.

[василий андреевич]

А так как ЕО и ПО ни в коей мере не противоречит моему взгляду на эволюцию, то я и воспринимаю их как естественность объяснительных теорий.

Противоречит. Ибо обязательным условием в вашем взгляде является наличие лишней сущности (разумного планировщика). В естественном же отборе - в разумном планировщике нет необходимости. Сито естественной среды не разумно и в разуме не нуждается.

Выделим две антагонистичные, на первый взгляд, концепции эволюции. Первая - инфляционная, она прослеживается на подавляющем числе примеров, как теоретического плана, так и в "финансах банковского мира". Вторая гораздо сложнее и берет за отправной тезис наличие уже не первородной сингулярности, а состояние физического вакуума, как поля неопределенностей.
  Совершенно очевидно, что ифляционная посылка базирутся на "данном из неотсюда" энергетическом сгустке, в котором развивается случайно-флуктуационно-мутантная комковатость. Эволюционное развитие при этом идет за счет сгущения комковатостей и разряжения среды межкомковатостей. Между комками и средой возникает разность энергоплотностей, которую и можно зарегистрировать, как свободная энергия. Именно на пути перераспределения энергий сторится "машина" биосферы. ЕО включается в работу по утилизации вымирающих машин во все новые. Естественный итог такой работы - тепловой рок вселенных.
  Антиинфляционная посылка, оперируя неопределенностями в состоянии вакуума, должна базироваться на "логике мелких случайностей", из которых эволюционно складываетются поля многоликих неоднородностей, выражаемых как разделение энергий на положительные и отрицательные. Где поставить средненулевую точку зависит уже от точки зрения наблюдателя. Если возвести наблюдателя в ранг Бога, то такой Бог не нужен для теории. Наблюдателем может быть любая частица вселенной. Акт наблюдения - это поглощение коротковолновой флуктуации и выброс длинноволновой. Если принятое и отданное считать положительной энергией (кинетика), то разница между отданным и принятым будет отрицательной энергией (потенция). Перенос человеческой точки зрения в потенциальный сгусток будет констатировать рождение положительной энергии (Эйнштейн однако), по формуле: произведения неопределенностей = константе. По второму принципу любая константа не может не распадаться, распад есть усиление амплитудностей флуктуативного поля, и как следствие, новые возможности для включения в работу господина ЕО.
  Если Вам угодно видеть вместо ЕО бога, то это уже не мои проблемы.

[Oleg_Dm]

- матрица воспроизведения протоциклов

А вы можете немного поподробнее описать, что здесь имеется в виду (какова материальная основа этих матриц и т.п.)?

Уже писали, но повторю, матрица первоначально должна быть закреплена на минерале. В общем об этом писал и Костецкий в своих статьях (из последнего) и многие другие. В институте ГеоХи действует программа на эту тему грант на 2012 год продолжен, академик Галимов занимается. По сути главный компонент рибоза получается синтезом из формалина на аппатите, при этом есть стать что часть рибозы остается связанной химически с аппатитом, что обусловлено механизмом реакции. Поскольку структура аппатита представляет собой связанные попарно тетраэдры РО4 на поверхности они образуют с рибозой условную единицу дирибозофорсфат, которая реагируя с аденином по нкулеофильному механизму дает связанную с аппатитом условную единицу АДФ. Далее на УФ свету за счет запасания энергии эти молекулы служат каталитическими/энергетическими центрами, организуя органику вокруг себя. Для запуска примитивного глюкогенеза требуется еще минимум соединений типа НАД/НАДН, которые также могут быть связаны с аппатитом. Там где эти соединения выстроились рядом по направляющей их решетке аппатита они образуют устойчивую реакционную матрицу, с которой можно записать кусочек прото РНК. Как известно до сих пор ряд клеток хранит у себя запасы фосфата/энергии в виде не АДФ/АТФ а именно полифосфатов, тех самых связанных в цепочки фосфатных тетраэдров, возможно это и есть отголосок аппатитовых времен. Тогда первоначальная протоклетка рисуется как кусочек минерала (аппатит или иной полифосфат) с матрицей воспроизводящей 3 основных протоцикла производящих глюкозу и липиды, и отделенная липидной оболочкой от водной среды, избирательно адсорбирующей органику.

Есть огромные вирусы которые чуть ли не клетки.

Сейчас существует мнение что эти вирусы суть деградировавшие клетки и с "настоящими" вирусами связаны лишь как паралелизмы. Классический вирус явно развивался как побочный клеточный процесс, т.е. практически от основ абиогенеза.