На грани презумпции

[Nur]

Уважаемый василий андреевич, доброго Вам дня!

Прежде всего, позвольте высказаться по поводу следующих моментов.
"...модификацию в геноме соматических клеток..." - это Вы, возможно, о тотипотентности хотите сказать... Так здесь именно благодаря "...только ... ДНК..." становится возможным экспериментально модифицировать геном растений с помощью генно-инженерных методов, обогащая его наследственной информацией из различных гетерологических систем. И изменять, сообразно целям человека, например, свою продуктивность. Разве это не похоже на изменение поведения... Это поведение может быть сложным, поскольку является следствием (технологически довольно сложного метода, это так, к слову) создания гибридных генов, например, за счет переноса генов между таксономически удаленными видами организмов... Не то, что между видами или родами - между классами, однодольных и двудольных, в частности... 

[василий андреевич]

Здравствуйте, Нур!
Генная инженерия подразумевает первичность программы Цели - как раз то, от чего необходимо отгородиться в "естественности". И даже то, что инженерия в качестве скальпеля пользуется вирусом, дело не решит.
  Философия приблизительно такова: любая сложная органическая молекула вероятнее распадется, чем синтезируется. Органические кристаллы, правильнее квазикрасталлы - это обязательно такой комплекс чередования областей "хаоса", который выглядит порядком. Иначе, если в квазикриталле идти "по прямой", то чередование областей хаоса будет закономерно. Биосфера в целом и в своих частностях и есть закономерная череда хаотических состояний. Организм обязательно умирает и рассеивается в пространстве, оставляя ДНК, которая вновь и вновь стягивает рассеянное в хаос в новый организм. Эдакий квазикристалл во времени.
  В ответе #22 Прегинтадор выразил упования абиогенетика на вероятностный характер самозарождения сложности. Строго говоря, вероятности перемножаются и получается вполне НЕвероятное событие стечения обстоятельств и начинаются игрища с мультиверсами. В ответе же предложено их (вероятности) складывать, дабы прийти к единице достоверности. В общем-то так и должно быть, вот только как это - складывать вероятности? Складываются разные формы энергии, например, такие как положительная и отрицательная работа.
  Вот ранее Вы упомянули о "параболической" функции, а ведь чуть ранее, в ответе #13 я рисовал похожую функцию, правда не "квадратичную", а экспоненциальную. И эта горбатая экспонента хоть как-то описывающая рождение, становление и умирание, как достоверное состояние, должна получиться путем сложения иных простых экспоненциальных функций, как вполне вероятных, ну, по крайней мере, как логичных.

  Я всего лишь пытаюсь понять, каким образом описать "процесс" (хотя это не процесс) появления сложного не как вероятность, а как неизбежную закономерность. Вот и вылезает, уже в процессе темы, горизонталь с ограниченной областью - геном. Этой области соответствует определенный феном. Феном в череде жизней и смертей должен "уметь" расширять пространство генома. А это уже работа фенома над геномом - нонсенс с точки зрения той посылки, что феном не влияет на геном! По другому это будет звучать так: стремление мира к деградации является работой по созиданию "градации". Вспомните, как у Пастернака, типа: достичь сложности можно только впав в простоту.

  И я ведь не просто так сказал, что прошлое можно понять, только рассчитав будущее. Настоящее же - это некий "концентрированный хаос", который я обозвал феномом, распадающийся так, что порождает новую жизнь, новый феном, который опять-таки будет распадаться.
  Надо только попытаться отказаться от мыслительностей во времени, вместо времени здесь может выступить геном..., но только выступить, проблема времени философски сложнее.

[Nur]

Уважаемый василий андреевич, доброго Вам утра!

Взял паузу, чтобы поразмышлять о соотношении генома и фенома. При всей внешней схожести наших с Вами взглядов (в этом я убедился, прочитав Ваш предыдущий пост), Вы, по сути, выдвигаете идею о том, что геном и фенотип связаны между собой опосредовано, и этот посредство обусловлено существованием внутренней среды, которая, собственно, и является результатом работы генома. Существенной частью (своего рода "управляющей" или "сигнальной" частью) этой среды, я так понимаю, является транскриптом в клетке и метаболом - на уровне отдельного организма. То есть. уже на основе комплекса транскриптов или метаболитов формируются клетки и целые организмы.
Насколько я понял, существуют пионерские исследования, одной из задач которых является сравнительная оценка скоростей изменения уровня экспрессии генов и эволюции метаболома различных тканей некоторых млекопитающих, включая человека. В результате, например, выяснилось, что, во-первых, в историческом плане, быстрее всего изменялись комплексы метаболитов префронтальной коры и мышечной ткани. Во-вторых, мышечная ткань человека в ходе эволюции накапливала изменения в 8(?!) раз быстрее, чем это происходило в линии шимпанзе. Это при том, что в ходе эволюции от обезьяноподобного предка к современному человеку изменилось всего 1,5% нуклеотидных последовательностей (получается менее 400 из примерно 25 тыс. известных генов) ... Именно этим, по мнению авторов работ, человек фенотипически настолько разительно отличается от человекообразных обезьян и древних гоминид, которых мы представляем себе по реконструкциям...     

[Nur]

Возвращаясь к вопросу о возможности "рассчитать будущее"... Из сказанного выше можно предположить, что, например, шимпанзе, образно выражаясь, имеет шанс превратиться в человека по истечению периода, почти на порядок превышающий по времени путь превращения обезьяноподобного предка в человека (или, попросту, никогда). Трудно представить себе будущее, от которого нас будут отделять где-то 30, 40 или даже 50 миллионов лет...
В свою очередь, исследования показали, что метаболом обнаруживает выраженную дисперсию отличий в зависимости от ткани, т.е. - локализации в организме. В то же время для транскриптомов явных тканеспецифичных особенностей не выявилось... Отсутствие подобия между комплексами транскриптов и метаболитов, по моему мнению, выстраивает целый средовой ряд, в ограниченной по количеству уровней последовательности разделяющий генотип и внешнюю среду: геном-транскриптом-метаболом-феном-внешняя среда (биом и далее, по аналогии - геом... правда, не знаю, можно ли так сказать, читал, что геом - это некая типологическая совокупность параметров ландшафтных фаций, если я не точен, пожалуйста, исправьте меня). Каждый из этих уровней имеет свою "норму реакции", но все, по моему мнению, сводимо к картине грандиозного по масштабу периода. В рамках этого периода метафорически выражаемое "бессмертие" генома будет, вполне вероятно, по моему мнению, отражением "бессмертия" вселенной с максимумом изменчивости (валентности, по аналогии) в группе, соответствующей биосфере... Похоже это на Ваши умопостроения... Почти "сумасшедший" вывод из всего этого как раз будет говорить о подобиях законов сохранения генома и самых фундаментальных величин в известной нам части мира...
Самое интересное - немного позже...     

[Nur]

Извините, модераторы, пожалуйста, эмоции переполняют...
Нет, все-таки РЕАЛЬНОСТЬ, которую мы узнаем с помощью НАУКИ, намного ярче и красивее всех легенд и мифов, включая креационистские...

[Nur]

Эта рельность дает каждому из нас возможность убедиться в ее существовании и изменяться самим, чтобы стать ее частью или, в свою очередь, изменить ее.
Когда начинаешь понимать это, познаешь, что так называемая "цель", на самом деле, сродни понятию "случайность", удел которой - превратиться по реализации в элемент среды, не более. А у всего закономерного целей существования нет и этот алогизм есть самая вдохновляющая идея бытия.
Нет, реальность, конечно, может и "обухом по голове", но в природе, как я понимаю, сохраняется только самое нужное для существования, а ведь "самое нужное" и есть дефиниция понятия "ДОБРО". А все ненужное ("злое") отправляется в мусор, по аналогии с мусорной ДНК.
Вот такая притча получилась... Еще раз прошу прощения за такой экскурс в полемике...

[afrosergey]

Извините, модераторы, пожалуйста, эмоции переполняют...
Нет, все-таки РЕАЛЬНОСТЬ, которую мы узнаем с помощью НАУКИ, намного ярче и красивее всех легенд и мифов, включая креационистские...

Эта рельность дает каждому из нас возможность убедиться в ее существовании и изменяться самим, чтобы стать ее частью или, в свою очередь, изменить ее.
Когда начинаешь понимать это, познаешь, что так называемая "цель", на самом деле, сродни понятию "случайность", удел которой - превратиться по реализации в элемент среды, не более. А у всего закономерного целей существования нет и этот алогизм есть самая вдохновляющая идея бытия.
Нет, реальность, конечно, может и "обухом по голове", но в природе, как я понимаю, сохраняется только самое нужное для существования, а ведь "самое нужное" и есть дефиниция понятия "ДОБРО". А все ненужное ("злое") отправляется в мусор, по аналогии с мусорной ДНК.
Вот такая притча получилась... Еще раз прошу прощения за такой экскурс в полемике...

Nur - аплодирую! Да Вы не просто умный человек, но еще и романтик!!!!

[василий андреевич]

Да, любой детектив тфу по сравнению с проникновением за пределы вроде бы устаканенной области.

Почти "сумасшедший" вывод из всего этого как раз будет говорить о подобиях законов сохранения генома и самых фундаментальных величин в известной нам части мира...
Самое интересное - немного позже...     

Да, Нур. Геном - это гигантская, просто фантастическая молекула, которая в мире физико-химических процессов не то что не могла состояться, даже ее фрагмент не мог бы быть в равновесии с любой, сколь угодно "тихой" средой. Даже фрагмент РНК скорее развалится, чем "выживет".
  И первое, что приходит в голову - это переадресация тепловых/звуковых волн на ту периферию, которую можно назвать если не "мусорной", то не функциональной частью. Но тогда именно в этом мусоре должны рождаться новые комбинации, посылающие регуляторность в виде экспрессии тех или иных генов.
  Сможет ли кто-то размышлять в этом направлении? Я точно не смогу, кишка тонка.
  Я только с краешку могу попробовать подойти к идее морфологического поля, суть которого сродни Шредингеровской волновой функции. Впадины на этой функции - минимумы потенциальной энергии, когда один из этих минимумов заполняется подходящей по форме материей, функция схлопывается. Схлопывание означает конец экспрессии гена в клетке, которая в организме далека от той, которая заполнила вероятную вакансию. Это подобно тому, что команда воспринимаемая в "хвосте" отдается "кончиком носа".
  Но продолжу чуть приспустившись на грешную землю:

[василий андреевич]

Что такое "благостный" случай в нашем человеческом муравейнике? Досужий человек скажет: надо просто оказаться в нужном месте в нужное время. Вот и хотелось бы понять - есть ли такое место еще до того, как в нем окажется счастливчик? Т.е. я принципиально зауживаю область познаваемого тем, что могу осмыслить.
  Если кто-то еще может рассуждать шире, то я бы это только приветствовал, да ума набирался.
  Мы суетимся, как "суетятся" организмы в биосфере, а когда успокаиваемся в некотором комфорте? Да физически только там, где достигли потенциального минимума, который "схлопнется", уничтожив другие минимумы, из которых выступят "на охоту новые напасти" (ставлю смайлик).

  Свою задачу ограничиваю так: показать, что процесс распада любой энергетической сути ведет к образованию все более контрастной функции (типа синусоиды) во времени. Причем так, что становление потенциальной ямы опережает ее заполнение.
  Как планеты всегда падают на звезду, но не достигают ее, так и живое падая к потенциальному минимуму рождает новый минимум.
  Переваривать всё это в одиночку, значит только саморазрушиться. Лучше вообще плюнуть.

[ant1967]

Да уж, "ненаучные разговоры"!  Давайте я откровенно ненаучно выскажусь. В данном топике сложность рассуждений сводится к простым выводам? Идея Бога и наука несовместимы, но рассуждая с ТЗ физики постоянно поминаем "смысл", "добро и зло". Странно это как-то звучит. Человек постоянно окрашивает любое своё суждение сугубо человеческим.  Сначала в определённый момент истории человек начал искать некий не очевидный "смысл жизни", а потом создал на обочине этих поисков целую цивилизацию. Можете как угодно относиться к моему высказыванию, но ничего другого, кроме очередного богоискательства я в этом топике не увидел. Nur тоже сходу это отметил, а потом,, очарованный интеллектуальным пиршеством беседы как-то забылся. Сколько живу всё время убеждаюсь - главное - всегда на поверхности.

[василий андреевич]

ничего другого, кроме очередного богоискательства я в этом топике не увидел.

Богоискательство, в его широком понимании - это формулировка программы "Цель". Цель - человеческое понятие, прилагать его к прочей "биомассе" запрещено. Но вопрос, что кроме принципа выживания поддерживает разворачивание природы в многообразие обособленных материальных систем, ставить приходится в виде логической программы.
  Описать эту программу через математику-физику-химию, уже на грани натурализма, а потому и на грани презумции в рамках существующей парадигмы. И хотелось бы понять в чем расходятся физика и натурализм? Натурализм - это фактический материал, объединенный рамками неодарвинизма. Но эти рамки словесны, а потому требуют толкования. В физике, как и в римском праве разрешено всё, что не запрещено. В эволюционизме же нет не то, что четких запретов, а даже попыток их сформулировать, только некие правила с многочисленными исключениями.

  Пока я пытаюсь достичь единственного - попробовать вести физические рассуждения вне временной координаты. А это уже за пределами нашего воображения. Мне как геологу проще, геолог сплошь и рядом видит замершую историю так, что прогнозирует влияние еще не состоявшихся событий, на те которые произошли давно.
  Понимаю, что надо расшифровать. Региональный метаморфизм - это воздействие молодых, как бы еще не существующих в бытии, пород на старые, ранее отложенные. И характерно, что эти ранее отложенные породы видоизменяются так, что бы способствовать накоплению новых, которых как бы еще нет.
  Вот именно эти соображения и позволяют весьма туманно заявлять, что для понимания прошлого необходимо рассчитать будущее. А рассчитав это будущее получаем "программу", которую уже можно прикладывать к натурализму.

[valdeil]

Уважаемый Василий Андреевич! После длительных раздумий я пришел к выводу, что Вы зацепили одну из сложнейших проблем (для науки) бытия. Ответить на заданные Вами вопросы можно, если мы воспользуемся картиной мира, описанной в древнеиндийской философии. Если совсем кратко, то большого взрыва не было, а имеют место бесчисленные переходы между "Абстрактным" и "Конкретным". Перходы имеют промежуточные узлы, достижение их возможно по ограниченному количеству путей.  Аналогия- некая сеть, натянутая между конечными позициями. Каждая нить сети имеет собственные варианты пути. В точке "конкретного" имеется многообразная тварь "человек" с умом и разумом (не обязательно мы, люди), и её преображения соответствуют принципам эволюции вселенной. Это означает, что эволюция человека проходит через некие обязательные стадии, отражаюшие эволюцию вселенной. Тут я остановлюсь, т.к. для согласования определений надо будет создать книгу страниц на 600. ( На сопоставление этих писаний с современными понятиями я потратил более 20 лет, мучить никого не хочу). В итоге имеем, что для выполнения условия бесконечных гармонических переходов  между состояниями "Абс" и "Конкр" необходимо наличие совершенно жестких "рельсов", направляющих преображения  между промежуточными сотояниями. Отсюда, природа в состоянии только бесконечно воспроизводить саму себя, изменение организмов имеет "рельсовые" ограничения  при движении от "А" к "К" или наоборот и, соответственно, в любом направлении эволюция направляется давлением со стороны эволюционирующей вселенной.  Видимо, всё же мутации происходят "под давлением в некотором направлении". Таким образом, вопрос о геноме затрагивает намного более высокие материи, но, похоже, формулы понадобятся одни и те же.
Критиковать меня не надо. Это всё до меня высказано, ...тысяч лет назад. Соглашусь, что некоторые использованные метафоры не бесспорны.

[василий андреевич]

valdeil, пожалуй, я перехватил через край своих знаний, когда попытался судить в терминах геном-феном. Очень уж хотелось охватить сразу несколько уровней организации биосферы.
  Описать же простейшую математику эволюции через энергию-протяженность, так что бы время выплыло, как следствие изменчивости энергетических пространств, вроде смогу.
  Однако надо ли это?

Эволюция от Большого Взрыва сродни эволюции от Божьей Воли, главенствует инфляционная модель. Контрастом выглядят лишь потуги квантовой механики, когда она переходит к описанию "быстродействия" между запутанными частицами... Но это слишком далеко "за гранью".
  Мне очень близко, когда Вы заговорили о промежуточных состояниях, как бы тех, которые у нас перед глазами, сами же многократные переходы между ними остаются суть бифуркационные, могущие произойти, а могущие и нет. Статистически же практически все состояния заняты и уже наша волевая логика выстраивает траектории между избранными нами же состояниями. Но в биологии прямая не есть кратчайшее расстояние. Склоняюсь к тому, что бы достичь пресловутого "усложнения" необходимо множеству систем "упроститься" до состояния физического поля (биоценоза) потенциальных минимумов. И уже это поле-биоценоз будет средой, как сложный потенциальный минимум (вакансия) для организма, способного деформироваться под него.

[василий андреевич]

Нет, друзья мои, в который раз прихожу к убеждению, что невозможно понять развитие в историческом напластовании типа летописи, если не избавиться от влияния "часов в кармане Его".
  Важно изучать не как "некто организм" эволюционировал-изменился, а какие принципиальные пути для изменчивости у него были в потенции. Дескать, все остальные, существующие в логическом воображении пути, были запрещены. Но запрещены "незыблемыми законами".

  Итак, имеем геном, не знаем, как состоявшимся. Ясно лишь одно, что этот геном прибыл к "нам" из небытия в виде неясной закономерности. Утверждаю лишь, что от небытия до действительности, Его "вневременной" путь можно выразить восходящей экспонентой  1-exp(-Fx).
  Почему берусь утверждать так, скажу, если Нур, извините, Нур, будете задавать вопросы.

[василий андреевич]

valdeil, пожалуй, я перехватил через край своих знаний, когда попытался судить в терминах геном-феном.

С удивлением обнаруживаю то, от чего отказался бы сегодня. Неужели надо пройти столь сложным путем, что бы достичь простоты изложения?
  Ведь вспоминаю - хотел ввести в употребление понятие минимального действия в приложении к мутации.
  Но повылезли бестии из щелей сомнений...
 
  Может кому и будет полезно не проходить путем ошибок.