Доброе, Нур! "Куча вопросов - это раз"

Аналог мутации с флуктуацией только в том, что они непредсказуемы. Флуктуация, как макроскопическое явление, разрывает химическую связь в молекуле, активируя тем самым "незаполненные" связи. А какое соединение "успокоит" эти активные окончания - уже на совести среды. Мутация в геноме половой клетки успешно выживающего организма - это всегда вредное явление, как брак который может быть пропущен ЕО только при каких-то минимальных значениях.
И умоляю Вас, не надо бежать впереди телеги. То как вылупляется на свет "неупрощаемый" комплекс мутаций должно вылезти, как следствие модели. Вводное же крайне просто - есть пространство минимальных (ранее я пытался ввести понятие этой минимальности, как квант) флуктуаций/мутаций, со свойством непредсказуемости.
Если мы не можем сказать какая мутация и где произойдет, то всегда можно договориться, что для конкретных модельных обстоятельств существует среднестатистическая мутация дельта Г, пропускаемая ЕО. Но в таком ракурсе появляется возможность ввести вектор -1/дГ, однозначно характеризующий некий "исторический" вид, как цепочку феномов. Знак минус (-) обозначает, что прямая ниспадающая, т.е. феном теряет часть "полезных" свойств, слегка деградирует.
Большего запихивать в посылку не надо. Иначе запутаемся. На рисунке в координатах Ф;Г это выльется в единственную прямую, которую иначе можно записать, как dФ/dГ=const. Повторяю, пока только это, ни граммульки больше. Ведь даже такая "мелочь" может закрутить мозги в узелок.
Я уже прошибся, когда выдал рисунок со многими прямыми в начале темы. Нужна только самая крутая, отвечающая за путь фенома в "яму" специализации, вплоть до паразита. При этом, на каждом звене рождений, мы искусственно выбираем крайнее, из допустимых, значение, остальные за кадром, до поры.
Вот Вам и приблизительный ответ, откуда берутся некодирующие последовательности - они становятся не нужны на деградационном пути фенома, но сохраняются, как "мусор", который в принципе, может давать свое влияние, как "камень за пазухой".