paleoforum.ru

После. А что, вы считаете, после публикации молекулярного дерева все должны завернуться в белую простыню и ползти на кладбище? Или наоборот, стоять насмерть с томом Кювье наперевес?
Современные работы в области биологии развития показывают, что вариации числа таких "метамерных" органов, как позвонки, не являются полностью случайными, как это представлялось несумасшедшим морфологам.

Аааа! Кажется, наконец до меня дошло.
То есть современный порядок действий такой:
Молекулярщик строит древо родства рецентных форм.
Морфолог ему доверяется и ищет коррелирующие с таким древом морфологические маркеры на тех же рецентных формах.
Палеонтолог доверяется двум предыдущим и по маркерам, полученным от морфолога, строит древо родства ископаемых форм.
Так что ли?

Не всегда, но часто, когда по-другому не получается.    А вы как хотели?

Цитата: "Set O. Lopata"А вы как хотели?

Мы хотели по-другому.
Но я, кажется, нашел объяснение ажиотажу вокруг молекулярной филогенетики. И это объяснение монетаристическое. Как сейчас можно получить приличное финансирование на морфологические работы? А? На молекулярные же исследования сейчас идут огромные деньги, даже у нас.
Логично?

Nestor notabilis - к моему большому сожалению, сермяжная правда в вашем сообщении есть, и в серьёзных книщаз по молекулярной билогии порой можно встретить такую странную "группу" как "черви"... увы, часто молекулярщики так увлекаются пробирками и алгоритмами сравнения, что забывают, что молекулы сидят в организмах, а не в пробирках. Однако... с другой сторны в долгу оставаться перед морфологами не хочется, и потому спешу ответить, что и морфологи зачастую как будто не знают, что етсь ДНК и белки... что тоже совсем не хорошо. А наконец последний камень - эволюция это отбор фенотипов, изменения которых вызваны мутациями, а мутации происходят в ДНК. стало быть, строя деревья, анализирую ДНК, мы идём от самой базы. Тогда как морфологи идут от некой промежуточной стадии. В чём и слабая точка их подхода. Правда, есть эпишенетика, и, видимо, эпимутации, но эта область ещё не початый край, потому касатся этого ещё рано, тем более, что морфологи об этом едва ли хорошо осведомлены. Кроме того, говоря об эпигенетике мы так или иначе упираемся в молекулы.
В заключение скажу только, что главный минус молекулярной филогенетики - неоднозначность трактовки каждой из замен, посколбку совершенно достоверно сказать о том, что мутауия нейтральна трудновато. И в принцыпе это вообще немного условное понятие. Кроме того, порой вмешивается горизонтальный перенос, и тогда тушите свет. Правда можно, что и нередко делается, составить деревья по разным маркерам, и потом их сравнить. А то ведь хорошо известно, что по разным из них получаются разные деревья.
Про позвонки - да, сошдасен - надо бы постомреть, какой там именно механизм закладки числа сомитов и тогда будет ясно где ожидать стабильность, а где нет.

Цитата: "Doctor Bo"

Цитата: "Set O. Lopata"А вы как хотели?

Мы хотели по-другому.
Но я, кажется, нашел объяснение ажиотажу вокруг молекулярной филогенетики. И это объяснение монетаристическое. Как сейчас можно получить приличное финансирование на морфологические работы? А? На молекулярные же исследования сейчас идут огромные деньги, даже у нас.
Логично?

Нет, не логично. Не хватает аксиоматического утверждения о корыстолюбии фигурантов.
А у нас тут вроде совершенно бескорыстный разговор. Я, например, не лоббирую на этом сайте ни молекулярный ажиотаж, ни морфологический, а действую на сугубо добровольных началах.
Но все равно, молекулярка мне нравится больше. Афротериев я таки-просто люблю всей душой, особенно афроамериканцев (я разумею под этим словом ламантинов).
Что же касается моих придирок по поводу числа позвонков - то я просто сперва не мог понять, зачем морфологам задним числом суетиться со своими синапоморфиями, ложащимися под молекулярную генеалогию, которая и без того вполне крепка.
Но действительно, без таких вторично найденных морфологических маркеров молекулярные достижения никак не перенести на ископаемый материал. Нужен мост.

Мой пост не настолько шутка как может показаться, и корыстолюбие здесь тоже причем.
Но дело даже не в этом. В любой отрасли науки всегда появляются методы, которые сначала кажутся панацеей. Все бросаются на этот метод:" Да, мы...Да, я...Да, я сейчас науку переверну."
Проходит время и этод метод становится в общий ряд методов и подходов науки, где-то лучше, где-то худше остальных.
Молекулярная филогенетика еще очень молода, и как следует не отточила еще свои инструменты, но, при этом, ее адепты прямо здесь собираются показать чьи в лесу шишки.
Это не может не напрягать.
Если бы не это, я бы слова не сказал против.

Цитата: "Doctor Bo"Молекулярная филогенетика еще очень молода, и

и хороша собой

Не будем ее порочить раньше времени!

Цитата: "Doctor Bo"Кластер (кластерное древо, если хотите) в данном случае означает способ статистической обработки и отображения классификации некоего числа объектов по некоторому числу признаков.

Насколько я понимаю, для построения филогенетических деревьев обвчно используют выведение parsimony tree, а это несколько другой класс алгоритмов по сравнению с кластерным анализом.

Да. На этом форуме уже это обсуждалось. В теме о филогенетике беспозвоночных.

Не думаю, что упомянутый Вами parsimony tree является жестко установленным для филогенетиков. Я не силен в статистике, но дело в том, что в основу кластерного анализа может положен практически любой статистический прием (евклидово растояние и др.).
В любом случае, разница в статистических подходах не меняет постулатов молекуляроной филогенетики.

Уважаемые форумчане, большое спасибо за столь энергичное обсуждение
заявленной темы. Видно, что многих это задевает на живое.

Из всего трафика виден вывод такой:

Молекулярные филогенетики действиетльно работают,
выявляют  генетические связи между видами, и строят на основании своих
исследований таксономические деревья. Однако морфологи с этими построениями не соглашаются, они упорно придерживаются старых , устоявшихся взглядов.
И главным доводом морфологов в несогласии с новыми данными является
то, что молекурярщики не совсем хорошо знают морфологию животных, позволяют
иногда смешные высказывания( с точки зрения морфологов). Т.е. некомпетентность молекулярщиков в морфологии. А то, что генетические исследования это новый мощний и объективный метод для морфологов - это не важно.

Цитата: "S.N."

Я согласен с Doctor Bo. В данном случае наблюдается классическая ситуация - поначалу новый метод кажется панацеей, а потом занимает своё место в ряду других методов. Не отменяя, а дополняя прежние. Молекулярная биология - это очень мощный инструмент, однако, как и все инструменты, он имеет свою ограниченную область применения. А нынешние дискуссии "молекулярщиков" с "классиками" - просто стандартный процесс взаимной притирки.

Цитата: "sss"В данном случае наблюдается классическая ситуация - поначалу новый метод кажется панацеей, а потом занимает своё место в ряду других методов. Не отменяя, а дополняя прежние. Молекулярная биология - это очень мощный инструмент, однако, как и все инструменты, он имеет свою ограниченную область применения. А нынешние дискуссии "молекулярщиков" с "классиками" - просто стандартный процесс взаимной притирки.

Совершенно согласен.