paleoforum.ru

Цитата: "mastax"Set O. Lopata
>И , конечно же, ни одна статистическая программа не построит древо типа D(C(AB)) ввиду очевидного сходства иглокожих и гипотетического предкового таксона. Вы эту проблему имели ввиду?

Именно!

Но, mastax, среди приведённых Вами признаков нет ни одного синапоморфного для клады C+B+A. Может, если взять более представительную выборку признаков, и результат будет другим?

ЦитироватьГораздо?! Максимум 5 человек в этом форуме ходит в одну тему, среди них всегда найдется один креационист.

К счастью для меня тему под названием "Происхождение вторичноротых" ни один креационист посетить не отважится. А если бы тема была озаглавлена "Философские проблемы филогенетики", их бы здесь было

ЦитироватьПонимаете, название темы может быть ключом для привлечения новых людей, которые ищут доступную инфу через Яндекс. Но даже диалоги полезны и могут быть востребованы – вспомните Платона.  

Привлечению новых людей через Яндекс, говорят, способствуют три икса в названии темы.  :lol:

А вот хорошая подборка интернетовских ссылок про иглокожих.
http://www.calacademy.org/research/izg/echinoderm/echilink.htm

Здесь интересная статья про молекулярные реконструкции филогении многоклеточных животных.
http://www.biology.mcgill.ca/faculty/abouheif/articles/Abouheif_Zardo_Meyer%201998.pdf

Вот ещё хорошая статья, которую я наконец-то нашёл в бесплатном виде.
http://www.msstate.edu/dept/biosciences/ee2.pdf

Set O. Lopata
Да, вы совершенно правы: набор признаков определяет топологию кладограммы. Поэтому исследователи стараются привлекать как можно больше признаков. Но в компьютерной кладистики априорно всем признакам придается равный вес, поэтому нередки случаи, когда "хорошие" признаки тонут в куче "плохих". Задача исследователя убрать "плохие" признаки. Однако проблема еще и в кодировке. Скажем, признак "личинка". Можно закодировать 0 – нет, 1 – есть. А можно так: 0 – нет никакой, 1 – есть настоящая личинка, 2 – есть вторичная личинка (=личинка асцидий).  Есть и другие моменты.  Но анализ генетических данных избавлен от этих недостатков – там есть другие. Во-первых, следует выбирать наиболее консервативные последовательности. Во-вторых, они должны быть длинными. В-третьих, процедура выравнивания должна быть предельно "объективной". Что есть выравнивание? Поясню следующим примером: мы сравниваем два фрагмента ДНК – как их сравнивать? Нужно найти гомологичные участки, подогнать их один под другой и "выровнять".  
Так выглядят два подогнанных фрагмента до выравнивания:
ATACGGGACTCTTTTGAGG
ATACGGGACTCTCTACGAGG
А так – после:
ATACGGGACTCTTT-TGAGG
ATACGGGACTCTCTACGAGG

пробел (-) в верхнем фрагменте поставлен там, где нет аналога А в нижнем. Но можно поставить пробел и в другом месте:
ATACGGGACTCTTTT-GAGG
ATACGGGACTCTCTACGAGG

Чем больше фрагментов сравнивается, чем "чувствительнее" программы выравнивания, тем надежнее результаты. Однако нередки абсурдные результаты. С этим тоже борются.

За ссылки - спасибо.

Цитата: "Set O. Lopata"А программу PAUP*, продают, увы, только за деньги.

Ну  это   не  так.  РАUP  вполне    можно  снять и  без    оных.  Да  и  других    программ   достаточно  много. Та  же  самая  Winclada  - там  и  интерфейс  получше  будет.
 А вот Статистика (SPSS,  SAS) для   анализа   молекулярной  филогении    уж  точно  не  годятся.

Питер

Но Winclada иностранцы почему-то не любят.

Цитата: "mastax"Питер

Но Winclada иностранцы почему-то не любят.

Да,  публикаций  с  ним  маловато - но  это  скорее  всего
эффект  времени.  Привык человек  работать с PAUP -  и  ничего   можно   не  менять,  по  сути  результаты  будут  одни  и  те же.

Я думаю, что причина в том, что Nona разработана не в США. Кроме того, американцы работают с PAUP и MacClade - а у последней интерфейс лучше Winclada.

Цитата: "mastax"Set O. Lopata
Да, вы совершенно правы: набор признаков определяет топологию кладограммы. Поэтому исследователи стараются привлекать как можно больше признаков.

Вот я и говорю, что Вы привели некорректный пример. По предложенному Вами набору признаков никакая самая чудесная программа не построит адекватное древо.

А относительно того, какой кладистической программой пользоваться, я понял, что это, в основном, дело вкуса. А интерфейс у Winclada вполне вменяемый. Правда я не все слова понимаю

И еще, mastax. Если Вы прочитали статью Петерсона, не составит ли Вам труда написать, что в ней заслуживает внимания, а что нет.

Цитировать
Вот я и говорю, что Вы привели некорректный пример. По предложенному Вами набору признаков никакая самая чудесная программа не построит адекватное древо.

А относительно того, какой кладистической программой пользоваться, я понял, что это, в основном, дело вкуса.

Пример я привел только для того, чтобы показать различия между "дистанционным" анализом и компьютерной кладистикой. Различия между программами все же есть. Они становятся существенными, когда речь идет о неразрешенных кладограммах.

Для терминологии и вообще попробуйте  найти в инете Diana  Lipscomb "Basics of Cladistics Analysis" и E.O. Wiley et al. "The Compleat Cladist"

Статью прочитаю позже.

О статье Peterson & Eernisse.
В статье есть таблица 1 с перечислением всех надтиповых группировок Metazoa – очень полезная вещь! Хотелось бы обратить внимание на крайне обособленное положение Acoelomorpha – сейчас это подтверждается и другими исследователями. Более того, для всех Bilateria, кроме Acoela и Nemertodermatida,  предложено название Nephrozoa (ацеломорф нефридии отсутствую). Фактически, была поддержана концепция Мечникова, Иванова и Мамкаева об архаичности бескишечных турбеллярий.

Хотелось бы отметить еще и привлечение в морфологический анализ признаков 120-138 (см. стр. 200), которые к морфологии вообще не имеют отношения. А что еще остается этим исследователям? Если оставить чистую морфологию, то никак не подержится клада Ecdysozoa. Приходится хитрить....

Парафилия губок сейчас также активно поддерживается и морфологами, в частности Ересковским из СПбГУ.

Цитата: "mastax"Хотелось бы обратить внимание на крайне обособленное положение Acoelomorpha – сейчас это подтверждается и другими исследователями.

Они вообще предпочли в конце концов исключить бескишечных турбеллярий, гастротрихов и гнатостомулид из рассмотрения, чтобы они не портили картину.
То есть сочли их базальное положение артефактом.

Цитата: "mastax"Более того, для всех Bilateria, кроме Acoela и Nemertodermatida,  предложено название Nephrozoa (ацеломорф нефридии отсутствую). Фактически, была поддержана концепция Мечникова, Иванова и Мамкаева об архаичности бескишечных турбеллярий.

Что-то я не нашёл название Nephrozoa ни в списке таксонов, ни в тексте статьи. Плохо искал?

Цитата: "mastax"Хотелось бы отметить еще и привлечение в морфологический анализ признаков 120-138 (см. стр. 200), которые к морфологии вообще не имеют отношения. А что еще остается этим исследователям? Если оставить чистую морфологию, то никак не подержится клада Ecdysozoa. Приходится хитрить...

Ну они несколько раз по тексту замечают, что морфологию трактуют несколько расширительно. Но зато они оказались первыми, у кого морфологическое древо похоже на генетическое.

Цитата: "mastax"Парафилия губок сейчас также активно поддерживается и морфологами, в частности Ересковским из СПбГУ.

Что-то мне сложно представить цепь эволюционных событий, приведших от губкообразного предка к билатериям. Возможно, пара/полифилия губок тоже представляет собой артефакт.


Зато теперь по приведённой весьма обширной матрице признаков я смогу строить филогенетических древес любыми программами сколько влезет  :shock:

Ещё мне показалась интересной гипотеза о парафилии кишечнодышащих. Её кто-нибудь подверждал?

Set O. Lopata
>Они вообще предпочли в конце концов исключить бескишечных турбеллярий, гастротрихов и гнатостомулид из рассмотрения, чтобы они не портили картину.
То есть сочли их базальное положение артефактом.

Не то, чтобы артефактом, сколько фактом неясного происхождения. Сравните кладограммы C и D – на них изменяется положение гребневиков. Это и есть издержки подобных анализов.

>Что-то я не нашёл название Nephrozoa ни в списке таксонов, ни в тексте статьи. Плохо искал?

Это другая статья: Jondellius U. et al. 2002. The Nemertodermatida are basal bilaterians and not members of the Platyhelminthes// Zoologica Scripta, 31: 201-215.
Древо из неё я приводил в этой теме.

>Но зато они оказались первыми, у кого морфологическое древо похоже на генетическое.

Уточню: кладограмма, построенная на морфологических признаках.

>Что-то мне сложно представить цепь эволюционных событий, приведших от губкообразного предка к билатериям. Возможно, пара/полифилия губок тоже представляет собой артефакт.

Скорее не артефакт. Морфологи давно говорили о сборности губок. А.В. Ересковский полагает, что губки – 4 типа: стеклянные, демоспонгии, кальциспонгии и гомосклероспонгии. Если интересно, то могу привести кладограмму из его работы.

>Ещё мне показалась интересной гипотеза о парафилии кишечнодышащих. Её кто-нибудь подверждал?

Не знаю. Но по ссылкам вроде бы это новшество. Однако не следует этому доверять, поскольку не учитывались различия в строении торнарий, генетический анализ базируется на небольшом числе видов. Впрочем, Иванова-Казас считает, что крыложаберные – более молодая группа, происходящая, возможно, от кишечнодышащих, т.е. формально допускает парафилию последних. Надо еще иметь ввиду, что остается неясным положение еще одного класса полухордовых – Planctosphaeroidea, известному лишь по личинкам.

Цитата: "mastax"Не то, чтобы артефактом, сколько фактом неясного происхождения.

Ну сами-то они назвали это именно артефактом. То есть получили базальное положение бескишечных турбеллярий, гастротрихов и гнатостомулид, им это не понравилось, к томуже при этом книдарии стали сестринской группой билатерий. После этого эти три группы выкидываются и всё становится хорошо

По внимательном прочтении статьи я обратил внимание на предположение об архаичном характере комплекса признаков, обычно рассматриваемого, как специфически характерный для вторичноротых. То есть признаки, объединяющие хетогнат, лофофоровых и вторичноротых, являются плезиоморфными. Авторы считают, что  предок билатерий походил не на бескишечных плоских червей, а на птиходеридных кишечнодышащих.

Цитата: "mastax"Скорее не артефакт. Морфологи давно говорили о сборности губок. А.В. Ересковский полагает, что губки – 4 типа: стеклянные, демоспонгии, кальциспонгии и гомосклероспонгии. Если интересно, то могу привести кладограмму из его работы.

Со сборностью губок согласиться действительно не сложно. По крайней мере, такие предположения возникают с завидной регулярностью. Просто интересно, как выглядел общий предок известковых губок и Eumetazoa. А кладограмму, если не сложно, приведите. В Интернете ссылок на работы А.В. Ересковского я не нашёл.

Цитата: "mastax"Надо еще иметь ввиду, что остается неясным положение еще одного класса полухордовых – Planctosphaeroidea, известному лишь по личинкам.

Ну, насколько я помню, планктосфероидей выделили в отдельный класс лишь условно. Они ведь весьма напоминают личинок крыложаберных, за исключением размеров.

P.S. Наконец-то я понял, почему статистические программы в принципе не способны строить адекватные филогенетические древеса. Они сближают таксоны не по тем признакам, которые у них есть, а по тем, которых нет  В результате нематоды оказываются ближайшими родственниками грибов. Плохо Вы мне, mastax, объясняли