Филогенетика беспозвоночных

[Set O. Lopata]

Статья про эволюцию плана строения хордовых и филогению вторичноротых

http://www.pnas.org/cgi/content/full/97/9/4469?ijkey=7ae6e41e9d9e2467b12d38300483efa0d0f47bc8

филогентическое древо полухордовых оттуда

[mastax]

>Наконец-то я понял, почему статистические программы в принципе не способны строить адекватные филогенетические древеса. Они сближают таксоны не по тем признакам, которые у них есть, а по тем, которых нет  В результате нематоды оказываются ближайшими родственниками грибов. Плохо Вы мне, mastax, объясняли

Если вы о кладистических программ, то они сближают по апоморфным состояниям. Близость нематод и грибов – это как так получилось?!

Планктосфера близка к торнариям, но никак не к личинкам птеробранхий.

Кладограмма забавная, но кажется сомнительной -  слишком мало видов.

Кладограмма из диссертации Ересковского:

[Set O. Lopata]

Если вы о кладистических программ, то они сближают по апоморфным состояниям. Близость нематод и грибов – это как так получилось?!

Да нет! Я о своих попытках использовать для построения кладограмм тех программ, которые для этого не предназначены.

Планктосфера близка к торнариям, но никак не к личинкам птеробранхий.

Да, конечно. Это просто опечатка. Имелись в виду именно торнарии.
http://www.biology.duke.edu/johnsenlab/gallery/planktosphaera.html

[mastax]

А чем Winclada плоха?

[Set O. Lopata]

А чем Winclada плоха?

Да всем она хороша, только кто бы меня ею пользоваться нормально научил  :oops:
Как туда большие матрицы вставлять, вроде той, что приведена у Петерсона?

Вот статья  о филогении плоских червей. Бескишечные там занимают положение весьма далёкое от базального.

http://serine.umiacs.umd.edu/publications/files/campos_et_al_1998.pdf

А в этой статье исследуется происхождение билатеральной симметрии.
http://www.ijdb.ehu.es/fullaccess/fulltext.03078/ft523.pdf

Всё  про пресловутый Кембрийский взрыв: ископаемые, молекулы и эмбрионы
http://pondside.uchicago.edu/ceb/Devel1999.pdf

Тут изучаются филогения семи групп паразитических животных
http://www.paru.cas.cz/folia/pdf/2-01/Zrz.pdf

[Set O. Lopata]

Здесь рассматриваются различные гипотезы происхождения билатерий


http://www.pnas.org/cgi/content/full/95/26/15458

[mastax]

Так, значит сначала создаете матрицу: matrix – new matrix – вводите число таксонов, которое будете анализировать, и число признаков. Получается голая матрица (по умолчанию – 10х10). Далее – taxa – taxon dialog – вводите названия таксонов, один за другим. ПЕРВЫМ (taxon 0) набирайте наиболее низкоорганизованный таксон (например, губок) – он будет внешним. Далее при помощи курсора вводите состояния в каждую строку – 01110200001021111 и т.д. (т.е. берете из Петерсона). Потом в Analyze выбираете Heuristic – и кладограмма готова! В trees выбери consensus compromise – consensus (strict). Получится консенсусное древо – это и есть то древо, которое станет основным. Попробуйте сначала с небольшим числом признаков-таксонов. ВСЕГДА РАД ПОМОЧЬ – обращайтесь.

В старых статьях бескишечные турбеллярии вечно где-то не там. Причин много. Это надо разбирать ОЧЕНЬ долго – там все сложнее, чем у вторичноротых. За ссылки как всегда спасибо!

[mastax]

Это не гипотезы происхождения, а филогенетические схемы - разные вещи!

[Set O. Lopata]

Так, значит сначала создаете матрицу: matrix – new matrix – вводите число таксонов, которое будете анализировать, и число признаков. Получается голая матрица (по умолчанию – 10х10). Далее – taxa – taxon dialog – вводите названия таксонов, один за другим. ПЕРВЫМ (taxon 0) набирайте наиболее низкоорганизованный таксон (например, губок) – он будет внешним. Далее при помощи курсора вводите состояния в каждую строку – 01110200001021111 и т.д. (т.е. берете из Петерсона). Потом в Analyze выбираете Heuristic – и кладограмма готова! В trees выбери consensus compromise – consensus (strict). Получится консенсусное древо – это и есть то древо, которое станет основным. Попробуйте сначала с небольшим числом признаков-таксонов.

То, что Вы написали, я понял сам :wink:  Мне просто показалось несколько трудоёмким вводить вручную матрицу 43*138. Нельзя ли как-то вставить её полностью, например из Excel? И как программа реагирует на знаки "?" в матрице?
Это где-то нужно устанавливать?

ВСЕГДА РАД ПОМОЧЬ – обращайтесь.

Это я тоже понял сам   Иначе тема бы заглохла на второй странице.

В старых статьях бескишечные турбеллярии вечно где-то не там.

Да и в новых они тоже не совсем там, где хотелось бы их видеть

Это не гипотезы происхождения, а филогенетические схемы - разные вещи!

Да, Вы правы, конечно. Вероятно, наиболее адекватная филогенетическая схема может лечь в основу гипотезы происхождения. Так?

[Set O. Lopata]

Статья о молекулярной филогении гребневиков

http://www.lifesci.ucsb.edu/~haddock/abstracts/podar_ctenophores.pdf

И опять об основании древа многоклеточных животных

http://www.molbio.wisc.edu/carroll/Rokas_Antonis/pdfs/2003_Rokas_etal_ED.pdf

[mastax]

Я не нашел способов вставки данных из других файлов. В PAUP это возможно. Вручную трудно, но не очень. Чего не сделаешь ради собственного древа!

Нет, не на всех. Я уже писал о статье Jondelius et al., 2002. В статье Zrzavy J., 2002. Gastrotricha and metazoan phylogeny// Zool.Scripta 32 – Acoelomorpha  также базальная. То же в статье Haszprunar G. 1996. Plathelmintes and Plathelminthomorpha – paraphyletic taxa// Zoomorphology 34 (1). Haszprunar относит к ацеломорфам ксенотурбеллид (условно). Это очень странная группа. Не так давно  вышла вот такая статья:

Zoomorphology
Abstract Volume 120 Issue 2 (2000) pp 107-118
An immunocytochemical and ultrastructural study of the nervous and muscular systems of Xenoturbella westbladi (Bilateria inc. sed.)
Olga I. Raikova (2), M. Reuter (1), Ulf Jondelius (3), Margaretha K. S. Gustafsson (1)

Abstract. The phylogenetic position of the Xenoturbellida is highly disputed. Are they primitive flatworms? Are they related to Deuterostomia? Do they form a sister taxon to other Bilateria? Are they bivalve molluscs? In order to provide more data for this discussion, a study of the nervous system of Xenoturbella westbladi and its relation to the musculature was performed, using 5-HT and FMRFamide immunocytochemistry, TRITC-conjugated phalloidin fluorescence for staining of F-actin filaments, confocal scanning laser microscopy and transmission electron microscopy. The nervous system comprises solely an intraepidermal net of nerve cells and processes. No ganglia or any other internal nervous structures could be detected. No evidence of 5-HT- or FMRFamide-immunoreactive innervation below the subepidermal membrane complex was obtained. The 5-HT and FMRFamide immunoreactivity occurs in separate sets of neurones. On the ultrastructural level, three types of neurones were observed: (1) the predominating "light" neurones, (2) the smaller "dark" neurones and (3) the bipolar sensory neurones bearing a single cilium with a long bipartite rootlet. Non-synaptic, paracrine, release sites are common and synapses are inconspicuous. In the layer of epidermal cells, close to the lateral furrow, F-actin filaments were observed. They reach from the basal membrane to the surface. The organisation of the nervous system appears very simple. Our results are compatible with the hypothesis of Xenoturbellida forming a sister taxon to Bilateria. No evidence was obtained for inclusion of X. westbladi in either the Mollusca or Plathelminthes.

[Set O. Lopata]

Я не нашел способов вставки данных из других файлов. В PAUP это возможно. Вручную трудно, но не очень. Чего не сделаешь ради собственного древа!

Ну, Вы же понимаете, что "собственное" древо - отнюдь не самоцель. Я же всё равно не смогу изобрести таким образом ничего нового. Просто мне хочется понять методологию кладистического анализа, чтобы чувствовать себя более уверенно, читая филогенетические статьи.

Haszprunar относит к ацеломорфам ксенотурбеллид (условно). Это очень странная группа.

Надо же! А я прочитал, что ксенотурбелла - это аберрантная бивальвия, и успокоился.

[Set O. Lopata]

Научный статус кадистики Metazoa

http://hymenoptera.tamu.edu/discuss/metazoa.pdf

Ещё статья про филогению Triploblastica

http://www.mcz.harvard.edu/Departments/InvertZoo/pdf_files/Giribet%20et%20al.%202000.pdf

[mastax]

Современная кладистика - это почти "научный коммунизм". Поэтому НАШ человек в конце-концов получает разочарование

[Set O. Lopata]

Современная кладистика - это почти "научный коммунизм". Поэтому НАШ человек в конце-концов получает разочарование

Это Вы про кого? Про Дженнера?
Мне его статья очень понравилась. Жаль, что она не на русском, а то её бы можно повесить на сайте в качестве предостережения лицам с неустоявшимися взглядами   Кладистический анализ - хорошая вешь, но отнюдь не философский камень, позволяющий из любого сора делать золото.

А статью про ксенотурбеллу я не нашёл. Здесь есть линк на якобы полную версию, но оттуда мне скачать ничего не удалось :cry: http://www.journals.royalsoc.ac.uk/app/home/contribution.asp?wasp=8019a7160e924363a5d2c97fc39a67da&referrer=parent&backto=issue,12,15;journal,144,187;linkingpublicationresults,1:102024,1
А вообще, Интернет переполнен заметками  следующего содержания: "Обнаружен новый ближайший родственник человека". Это так, вероятно, СМИ истолковали гипотезу, о вторичноротости ксенотурбеллы.