paleoforum.ru

Есть довольно много способов:
1) Tangled trees --- Roderick Page ( http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/ ), в основном для изучения эволюции хозяев/паразитов, но никто не мешает использовать для митохондрий/хлоропластов. Есть книга.
2) Phylogenetic network --- совокупность общих методов, наиболее значимые работы: http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/short/23/2/254 ;
http://www.genome.org/cgi/content/abstract/15/7/954
Много софта, самый развитый --- SplitsTree ( http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/software/jsplits/welcome.html )
3) Concordance trees (David Baum, в стадии проекта, http://www.botany.wisc.edu/baum/projects.htm )
Думаю, есть и еще.

"на что замахнулись-на все достигнутое в изучении популяций
принцип бинарности в видообразовании вытекает именно из редкости этого"
Ладно, распался в голоцене ареал холодолюбивого вида, закрепился в альпийских поясах разных горных систем. Бинарный распад?
Никто не требует мгновенного распада на гирлянду популяций (тот же холоддолюбивый вид мого наследить на Кавказе, а только потом на Карпатах, в Альпах, Скандинавии), пусть раз в столетие что-нибудь да отщепляется, но откуда уверенность в том, что видовое обособление будет идти в соответствии с последовательностью распадов. Т.е. пусть от популяции А географически отделилась  B, затем C,D,E,F,G,H. Почему мы должны полагать, что видообразование будет идти в том же порядке. И почему мы не должны предполагать, что в результате общего для всех изолятов изменения условий (общее иссушение климата) процессы видообразования вообще не стартуют одновременно?

<Именно поэтому я и спрашивал о том, как "кладисты собираются представить на кладограмме симбиотическую теорию?" >

А вам не кажется что вы переносите понятие вида с еукариот на разных там бактерий?
На дурацкий вопрос лишь дурацкий ответ ибо другов0 нет
Да и появлением далеко кстати неодномоментым эукариот началось другое дерево-дерево эукариот
Веть сам механизм работы митохондрий сихронизирован ядром клетки с прочими органеллами
Вообщето я не знаю ответа на ваш вопрос-самому интересно

<Кладисты пользуются ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЙ концепцией вида>

Разумеется иначе как еще оринтироваться учитывая что систематика с точки зрения кладистов поле непаханое просто дремучий лес
Но в идеале там никаких таксонов нет вовсе-одни ветви
Но это в будущем когда разберуться в гордиевом узле генома а пока я лишь сам довел то предела идею кладизма
Отсылаю вас к статье  в Природе  номер 7 за 1991г Систематика филогения кладистика
Правда я все излагаю в меру понимания сложившегося из разных источников
как я понял кладистику основал в 1950 г Генниг но признали ее в 1966
Этот период был началом молекулярки с которой кладистика неразрывно связана


<Ладно, распался в голоцене ареал холодолюбивого вида, закрепился в альпийских поясах разных горных систем. Бинарный распад>

Вы совсем меня не поняли
Вид о котором вы говарите распался на популяции вернее от него остались немногие популяции причем в изолятах
И поживи они там пару мильонов лет то и вид может быть
Все популяции как правило связаны каналами передачи генов но они узкие что и обуславливает само наличие популяции как
группы особей связаных родством с др др более чем с прочими
Итак в виде популяции связаны родством и каналами с соседями
Распад вовсе не бинарный а в течение тысячь лет
Напомню что популяция живет сотни и тысячи поколений
Это в нынешних условиях взять крысят одного помета и расселить по разным островам-а через пару мильонов лет там уже и виды будут
Но в природе  все долго и не сразу
Ладно продолжу мысленый эксперимент с голоценовым видом
после изменения климата изолированые популяции освоили новую территорию и слились образовав новые популяции
Так что деление и слияние  как видите в рамках вида разрешено
Но каждая популяция имеет свои записаные в геном отличия так что геному разбухать каждый раз?
Откройте учебник генетики и прочтите как выпалываются из популяции те признаки которых в рождающейся популяции не будет
Это отбора направляющая работа
Микроэволюция как раз на уровне популяции а на уровне вида уже макроэволюция

как популяция переходит в вид?Само собой речь о рождении нового вида
Она осваивает новую экологическую нишу куда из других популяций вход воспрещен по причине отсуствия должных признаков
Это процесс революционный и всегда через узкое место т е очень ограниченныя группа дает новой популяции эффект основателя а проще говоря те гены что позволяют жить в новой экологии
Но на новом месте надо еще пожить пару миллионов лет дабы стать видом т е потерять саму генетическую возможность смешаться с теми другими популяциями что в старой эжкологии
Так вот именно редкость этого процесса укоренения в новой экологии и есть принцип бинарности
И Генниг его постулировал  в 1950 г
Вы Гильгамешь спутали популяцию и вид
Для популяции сетчатая микроэволюция а для видов строго дерево без горизонтального переноса генов
Так у эукариот
У прокариот иначе

Кстати насчет собак точно никто и не читал что я писал и не понял зачем
А вот зачем
Это процесс образования популяции собак
Все собаки относятся к одной популяции-если имеется прилив крови от др популяций волков то
эти гены выпалываются из популяции искуственным или естественным отбором
Когда одомашнена собака?
Учитывая что на момент появления динго аборигены жили в мезолите
т е аналогично Палестине в 9 тыс до н э и без собак
то можно предположить что где-то в 9 тыс до н э в Восточной сибири ее и одомашнили
а отсутствие генов др популяций говарит что далее собак разводили и импортировали но никак не
приручали волков заново
Во всяком случае пример Европы показывает что не только домашние растения и животные один раз приручались но даже
с-хозяйственные народы поселялись вреди охотников Европы дав им на юге до 50 процентов
ближневосточной крови а на севере неск процентов
Думаю все сказанное пригодно и к др домашним животным в т ч котам
Домашняя кошка определенно с Египта но в римские времена она спаривалась с лесным котом Европы
Кстати межвидовые гибриды хорошо получаются с семействе кошачих
Вот только открыт вопрос о ширине каналов межпопуляционногог  обмена среди котов диких и домашних
По моим данным дикий кот даже в Карпатах уже вымер замещенный одичавшими котами которые дико живут уже поколениями там

И еще
читайте Природа журнал номер 6 за 1982 г
Дарвиновский принцип дивергенции и молекулярная биология
Там все расжевано о принципе происхождения из одного корня
Причем это молекулярка отмела все сетки на уровне эукариот
И о растениях там есть
Ну а если что добавилось в науке за эти годы-ссылочку кидайте да и без обсудим

"Но на новом месте надо еще пожить пару миллионов лет дабы стать видом т е потерять саму генетическую возможность смешаться с теми другими популяциями что в старой эжкологии"
И т.д. и т.п. Это всё понятно, но  дихотомия как единственный мех-м так и остается аксиомой. Естественно, она более вероятна, но я то говорю о принципиальной возможности и реально существующей базе для политомического видообразования, не соответствующего последовательности распада на изоляты.

В той статье из природы принцип бинарности назван постулатом т е нечто основополагающее полученное
экспериментально и не требующее доказательств
Правда авторы с ним не согласны но это лишь говарит о уровне побликаций в журнале с 1988 г приблизительно....затем дошло до хвальбы Меклеру....


Ну коль это постулат то значить отвергнув его к чертям летит и вся теория кладизма
Но на Западе кладизм доминирует потому спрашиваю вас доверяете ли вы суждению ученых тамошних или считаете их заблудшими
я полагаю назвав разделение вида на два в процессе эволюции постулатом основатели кладистики знали о достижениях популяционной биологии
Я ж придерживаюсь принципа-
Не знаешь-смотри в букварь и доверяй
Я и смотрю учебник генетики для вузов биологических спец ну и природу и западные журналы
Вообще согласно современным взглядам вид происходит не просто от одной популяции\прочие и составляют тот второй вид-старый\
он происходит от немногих особей одной популяции что обуславливат эффект основателя и революционность процесса
Напомню что породы получают отбором из ограниченного числа особей
Но разве процесс видообразования не идет в других популяциях?
Идет конечно но не каждому дано быть основателем-почти все они сгинут как опавшие листья на древе эволюции но иногда дадут еще вид-тот идущий альтернативным путем
Вот она развилка
И веть не забываейте что виды появляются но мир тесен и виды исчезают без потомков
Разве не доказано что современный человек не произошел от неондертальца?
Сейчас то и дело встречаешь работы типа-
-никаких следов неондертальци в генотипе.....
А Кстати стартовала программа поиска следов в генотипе современников наших
300 000 человек будут генетически обследованы за 3 года
Допускается что если смешение двух видов человека было то гены неондертальца могли быть вымыты из генофонда человечества
когда оно проходило узкие места в эволюции
Находка их привелаб к признание неондертальца одним из предков а самого его не видом а подвидом лишь т е группой популяций
Однако если не найдут то гипотеза что слияние хромосом у предка сапиенса отрезало его популяцию от прочих ГОМО получит новую опору
Я мог бы привести примеры как хромосомные дефекты порождали островные пропуляции где спаривание с особями с материка давало стерильное потомство
Это кажется кергеленские кошки но у них дефект вызвал и др проблемы так что лишь остров спасает их от вымирания по причине неконкурентоспособности

Насчет кладограммы эволюции органелл в клетке эукариот
Мне думается сама идея противоречит кладизму
Симбиоз редок-исключение можно сказать а исключение это часть другого правила
И еще нельзя сравнивать симбиоз и паразитизм
Паразит-хищник и крупный клещь это уже паук
Думаю не случайно они в родстве-видно давненька разделились кому сосать крупняк а кому высасывать помельче но уже до капли
Симбиоты никогда не паразитировали и всеж постоянно слышищь о происхождении симбионтов от паразитизма

Цитата: "feralis"нечто основополагающее полученное
экспериментально и не требующее доказательств

:shock: Шо? Это оксюморон. Эксперимент - это уже доказательство.
Остальное  - потом.

Set O. Lopata как-то обмолвился о кладистической матрице признаков. Я примерно представляю, о чём идёт речь, но хотелось бы знать точно. Где можно увидеть сие чудо природы и научной мысли в виде, понятном такому чайнику как я??

2 feralis
Я не считаю их не правыми, ни заблудшими до прочтения частных исследований о возможности политомии. Я считаю их людьми, использующими продуктивную, но не исчерпывающую модель объекта изучения. Но эта оценка относится в той или иной мере... к каждому первому исследователю вообще. Вопрос в том, необходимо ли совершествовать модель.

Если Вы, diletant, прочитаете тему "Филогенетика беспозвоночных" от начала до конца, то многие вопросы могут прояснится. Мне, во всяком случае, дискуссия с mastax'ом помогла многое понять.
Матрицу признаков каждый кладист создаёт перед началом собственно анализа. Или пользуется чужой.
Посмотрите пример такой матрицы в статье    Peterson KJ, Eernisse DJ. (2001) Animal phylogeny and the ancestry of bilaterians: Inferences from morphology and 18S rDNA gene sequences. Evol. Dev. 3:170–205
http://www.msstate.edu/dept/biosciences/ee2.pdf

Кстати чтоб писать все это держу перед глазами
Малекулярную биологию клетки-1994 г это уотсон и др
Гены и геномы 1998   Берг и Синклер          
Две книги и две нобелевских премии
Не считайте меня упертым монофелистом а давайте ка ссылки
Замечу что с 1985 г ни одно открытие небыло отмечено нобелевской премией а веть ранее бывало и на другой год давали
Вот так 21 год сидим без научных потрясейний


Кстати я заметил что некоторые понимающие вопрос более прочих читают все это и молчат

Думаю насчет монофелии животных можно быть уверенным
А что до постулатов то раз они вытекают из опыта то опыт их и закроет
я хочу сказать что изливаться словами в их защиту здесь незачем
Эксперимент
только он
Возможная полифилия в растениях это следствие сложного процесса появления эукариот
Они такие разные
вообще кладисты используют кладограммы где считают возможным

Пардон, а мы что, о монофилии-полифилии говорим? Или всё-таки о дихотомии?
Один вид от нескольких и несколько видов от одного - это разные оперы.

Друзья!
Не подскажите где можно посмотреть наиболее свежую систематику биоты? Хотя бы животных. Мне достаточно до уровня классов. Хорошо бы ещё, чтобы там были указаны периоды времени, в которых встречаются соответствующие таксоны.

Можно почитать википедию (http://en.wikipedia.org/wiki/Animal), можно посмотреть последние статьи на тему (http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=79262&pid=619378&st=50&#), можно взять мою систематику (http://herba.msu.ru/shipunov/os/os-ru.htm), можно дождаться, пока в конце февраля выйдет "Encyclopedia of Life" (http://eol.org/), хотя там систематика покуда не проработана. Поскольку проработка ее зависит, в частности, от меня, будем надеяться, что к концу лета там будут осмысленные вещи.

Plantago

Спасибо за ссылки!
А по поводу геохронологических датировок интервалов существования классов и (или) типов что-нибудь не посоветуете (хотя бы в отрывочном виде)?