Проблемы систематики

[diletant]

Спасибо за ссылки. Расницына я как-то читал, но почитаю ещё раз, а с Павлиновым не сталкивался.

Я тоже недостаточно компетентен (скорее совсем не компетентен) в этом вопросе, но это не мешает иметь собственное мнение. Тем более, систематика - это не столько биологический вопрос, сколько вопрос удобства пользования, ёмкости и правдивости системы. Как дизайнер интерфейсов я могу критиковать с первых двух позиций, а правдивость - это скорее философский вопрос.

Моё твёрдое убеждение - любая система искусственна, а потому должна быть, в первую очередь, удобной.

[Set O. Lopata]

а с Павлиновым не сталкивался.

Настоятельно рекомендую столкнуться    Он является одним из крупнейших специалистов-систематиков в России. Здесь его страница http://zmmu.msu.ru/personal/pavlinov/pavlinov.htm
Там есть ряд ссылок на его труды, в том числе на замечательную "Систематику современных млекопитающих" http://zmmu.msu.ru/personal/pavlinov/mam_world/mam_world.htm

А мнение своё у меня конечно же есть, однако уверенности в том, что его следует выносить на суд просвещённой общественности - нет. Пусть уж этим специалисты занимаются.

[mastax]

>Он является одним из крупнейших специалистов-систематиков в России.

Систематика-териолога. Хотя  были у нас систематики и  много известнее.  А главное - много приятнее в общении ...  Но книжки его действительно неплохие.

[diletant]

С большим интересом ознакомился с деятельностью Павлинова. А есть в Рунете другие доступные классификации млекопитающих?? Особенно меня интересуют вымершие виды.

То же самое касается и англоязычного Интернета.. Архив Микко Хаарамо я уже вдоль и поперёк "излазил", с Еванг.., простите, Систематикой от МакКенны и Белла тоже знаком неплохо, однако это уже довольно старый труд (9 лет как-никак) - хочется увидеть "классическую" классификацию маммалий с учётом самых современных исследований. Есть ли вообще фундаментальные труды по этой теме за последние годы?

[Shofffer]

Интересно, а как кладисты собираются представить на кладограмме симбиотическую теорию?

[diletant]

Интересно, а как кладисты собираются представить на кладограмме симбиотическую теорию?

А никак.. Хотя, с другой стороны, надо ли пытаться? Кладистика имеет свои несомненные плюсы: чёткость формулировок и хорошее отражение родственных связей. То, что она не подходит для таких ситуаций как горизонтальный перенос и симбиоз, ещё не означает, что кладистику нужно сбрасывать со счетов. В таких, "особых", случаях следует использовать принципиально другую форму построения графов, которая будет применима для нестандартных ситуаций, но будет проигрывать кладистическому дереву в качестве отражения информации во всех других случаях. Кесарю кесарево...

Другое дело, если получится создать простую и ясную теорию, сравнимую по простоте с кладистическими принципами, которая будет использовать принципиально иную форму графа, нежели бинарное дерево, и при этом всём будет одинаково хорошо применима и для стандартных, и для особых ситуаций. Пока что я не видел универсального графа, который хорошо бы отражал симбиотическую теорию. Это вам не деревце нарисовать.

[mastax]

Shofffer
Никаких проблем тут нет: "появление симбионтов" и "появление некого признака" - это все апоморфии.

Есть несколько проблем, которые сами кладисты предпочитают не обсуждать. Первая -  "вертикальный срез через горизонтальные плоскости". Скажем, в конце силура обитало два рода брахиопод  -  близких, но у одного был некий признак А, а другого - некий признак В - оба  являются производными исходного состояния С. Если мы построим кладограмму брахиопод, обитавших до конца силура, то оба рода окажутся двумя терминальными сестринскими группами, причем ОЧЕНЬ близкими. Но теперь представим, что в ходе эволюции признаки А и В стали синапоморфиями (в купе с другими признаками, которые возникли позже) двух разных семейств. И если мы построим кладограмму с учетом более поздних родов брахиопод, в ней оба рода уже не будут близкими и сестринскими, хотя на момент своего существования (и вымирания) они таковыми были. Т.е. даже начальные стадии дивергенции кладисты могут рассматривать как уже свершившийся факт обособления двух клад, если таковые потом действительно обособились.

Вторая проблема заключается в том, что, если  верить в кладизм, то и через 20, и через 120 млн. лет на Земле не может появиться не то, что нового отряда или класса, но даже нового семейства (и , боюсь, рода). Любая новая клада будет отходить от уже известных клад, т.е. она не сможет "выйти" за её приделы. Вопрос кладистам, что должно произойти  в  морфологической (или молекулярной) эволюции, чтобы из грызунов возник новый отряд млекопитающих, всегда  будет такой: "чтобы не произошло, все равно это будут грызуны".  

И еще одна проблема:  диагностическая. Любая система должна иметь диагностическую ценность: по тем или иным признакам мы  определяем, что вот эта особь относится к такому-то классу, отряду, семейству и т.д. Но что мы имеем в случае с кладизмом: форониды не обладают признаками  беззамковых брахиопод, к которым их сейчас относят, т.к. у них нет фосфатной раковины (и вообще нет раковины),  личинки иного типа и т.д. Т.е. определение по морфологическим признакам не будет вестись в рамках системы.  Казалось бы, что все просто: опускаешь образец тканей в анализатор ДНК и тебе выдают результат систематической принадлежности объекта. Но тогда повисает вся палеонтология... Кроме того, чтобы начать определять живые  образцы их сначала нужно отобрать, т.е. увидеть в группе особей представителей потенциально разных видов, а это можно сделать только на основе визуальных признаков.  Я бы сравнил такое  положение дел с тем, как в Западной Европе очень многие  панически боятся собирать грибы, т.к. полагают, что  отличить ядовитый гриб от съедобного в 100% нельзя. Но если изобретут карманный ДНК- анализатор вроде дозиметра, то проблем не будет....

[diletant]

mastax, а я думал, что вы - убеждённый сторонник кладистики

Из грызунов вообще ничего, с точки зрения кладиста, произойти не может.. Ибо если произойдёт, то грызуны станут парафилетическим таксоном, который надо будет разбить как минимум на два новых...

[Inry]

Shofffer
Первая -  "вертикальный срез через горизонтальные плоскости". Скажем, в конце
что должно произойти  в  морфологической (или молекулярной) эволюции, чтобы из грызунов возник новый отряд млекопитающих, всегда  будет такой: "чтобы не произошло, все равно это будут грызуны".  

Как мне обьяснили, клада не тоже самое, что уровень клаччификации. Поэтому грызунами они останутся, но если вымрет куча экологических ниш с копытными, хищниками, приматами и ластоногими, а потомки грызунов займут их, то Squirus Sapiens будет классифицировать свой род как отряд.
То есть, метки "класс / отряд / семейство / род" ставятся на кладо-дереве не на определённых уровнях, а чтобы это дерево сбалансировать по Хаффману.

[Set O. Lopata]

Хорошая статья про мезозойских млекопитающих
In quest for a phylogeny of Mesozoic mammals
ZHE−XI LUO, ZOFIA KIELAN−JAWOROWSKA, and RICHARD L. CIFELLI
http://www.webpages.uidaho.edu/~jacks/Luo_et_al.pdf

А здесь сравниваются морфологическая и молекулярная кладограммы современных отрядов
Molecules consolidate the placental mammal tree
Mark S. Springer, Michael J. Stanhope, Ole Madsen and Wilfried W. de Jong
http://www.zi.ku.dk/evolbiology/courses/ME04/7_9/springer200-phyl.pdf


Статья А.А. Банниковой
Журнал Общей биологии, 2004, т. 65, №4, с.278-305
МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МАРКЕРЫ И СОВРЕМЕННАЯ ФИЛОГЕНЕТИКА МЛЕКОПИТАЮЩИХ
http://www.bio.msu.ru/l03c05/b02d07/BannikovaJOB.pdf
Статья в эл. виде без картинок. Может кто-нибудь отсканирует и выложит?

[Shofffer]

Shofffer
Никаких проблем тут нет: "появление симбионтов" и "появление некого признака" - это все апоморфии.

Это, конечно, да. Но справедливо только для той из ветвей кладограммы, где появляются симбионты. А как быть с самими симбионтами? Ведь, по сути, их собственная эволюция как бы прекращается и они эволюционируют вместе с хозяевами (если их можно так назвать). И что, при этом ветви общей кладограммы должны в этом месте пересечься? Как это изобразить, как назвать такие таксоны?

[mastax]

Shofffer
Кладограмма с симбионтами рассматривается отдельно. Например, митохондрии и хлоропласты мирно уживаются среди прокариот.

[Shofffer]

Кладограмма с симбионтами рассматривается отдельно.

Если кладограмму симбионтов рассматривать отдельно, то в кладограмму прокариот надо включить кладограмму митохондрий и кладограмму пластид (то есть части кладограммы эукариот). Или Вы предлагаете считать митохондрии всех эукариот одним видом? Пластид это тоже касается.

[feralis]

Дилетант я обьясню в меру своего понимания почему кладисты всегда ветки делят на 2 веточки а не более
вид состоит из популяций и обмен генами между ними около 1-5 процентов т е сосуды сообщаются но не очень-то
Популяции постоянно вымирают и отпочковывают новые потому вид не может дать три и более ветви из одной
популяции ибо редко популяции закрепляются во времени
реально тысяча популяций сгинула а пара осталась и эта пара имеет предком некую уже исчезнувшую
А с с вопросом кто от кого произошел проще разобраться с крупными таксонами
надеюсь животных разных классов
никто не спутает а вот два вида комаров различить это да задачка
Недавно нашли два вида нематод разошедшихся 100миллионов лет назад так они по мнению профессоров имеют одинаковую морфологию экологию и тд
Я правда думаю что нематоды с этим суждением яйцеголовых несогласны
А что до кладистов и тех что классифицирует то я считаю что классификация родилась до идеи эволюции
а кладист считает два таксона сомостоятельными даже если они внешне неразличимы но задним числом известно какой путь прошли их потомки
кладистика-и есть система нашего времени
Тут стоит поговарить но надо пару реплик еще в адрес кладистов
Я вижу что мало людей понимает на что замахнулись-на все достигнутое в изучении популяций
принцип бинарности в видообразовании вытекает именно из редкости этого
вообще сия темнота в умах связана с критерим вида-основным вопросом биологии

пишите я отвечу

Далее
<Случился горизонтальный перенос генов>
Тут снова рубите сук на котором сама идея эволюции и все исходящее от дарвина
Стоит обсудить сие
Было такое поветрие еще в 70 г и сам увлекался
говарили не о древе эволюции а о сетке
Теперь ясно что это хрень
в Природе нашей не помню за который г но это конец 80гг прекрасная статья о принципе одного предка
Статья уже тогда впечатлила многих в том же журнале
Несколько предков было кажется лишь однажды-при появлении эукариот
Если гены и переносятся то тутто отбор быстро отсекает
Геном пополнить это редко очень редко
Вообще полагаю гены имеют свою химическую эволюцию ибо внешняя вреда никак не влияет
Ну а если новые гены уже не вписывают вид или просто особь в ее экологию? Вот тут и работает отбор отсекая урода
Может и динозавры просто не вписались в поворот эволюции причем без внешних причин

Да вы вообще читаете PNAS?
Там целый выпуск за май 2005 г эволюции посвящен

Интересно, а <как кладисты собираются представить на кладограмме симбиотическую теорию>

Ну вот у животных митохонднии передаются по женской линии и предок всех человеческих митохондрий жил около 150-200000
лет назад
А предок по игрек хромосоме-наш праотец около 60-90000 лет назад
похоже тут придется изучать эволюцию органелл как симбионтов так и самостоятельных
отсылаю к Маргелис

<Вторая проблема заключается в том, что, если верить в кладизм, то и через 20, и через 120 млн. лет на Земле не может появиться не то, что нового отряда или класса, но даже нового семейства (и , боюсь, рода). Любая новая клада будет отходить от уже известных клад, т.е. она не сможет "выйти" за её приделы. Вопрос кладистам, что должно произойти в морфологической (или молекулярной) эволюции, чтобы из грызунов возник новый отряд млекопитающих, всегда будет такой: "чтобы не произошло, все равно это будут грызуны".>
Да живое от живого и никак иначе
Да забудте вы про отряды и прочее-в кладистике ветви т е по латински клад-ветвь
И поосторожнее там с грызунами-это 2 трети  видов млеков и братья приматов
Кажется еще в меле они разделились на кавиоморфов и миоморфов.....Крепкий орешек
В меле все млеки были внешне похожи на грызунов вот вам и ответ что от них может произойти

<Или Вы предлагаете считать митохондрии всех эукариот одним видом? Пластид это тоже касается.>

именно перенос митохондрий от предка к потомку с вымиранием боковых ветвей и говарит о самом принципе одного предка
а видов в кладистике нет а сам вопрос о виде переносится в лаболаторию химика-генетика


О происхождении собак дабы не отсылать куда-то скажу кратко
Есть работа 2005г но из нового там лишь уточнение что все собаки произошли менее чес 15 тысяч лет назад
от популяции восточно-сибирского волка
Это первое узкое место  в геноме собак
а второе в последние столетия из за близкородсвенного скрещивания
вопрос о вливаниях крови волков ПОТОМ обсуждается
Динго произошли от китайских собак в 3 тыс до н э что хорошо совпадает с заселением индонезии монголоидами

[Shofffer]

А видов в кладистике нет а сам вопрос о виде переносится в лаболаторию химика-генетика.

Почему в кладистике видов нет ?  Кладисты пользуются ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКОЙ концепцией вида, согласно которой вид - это кусок филогенетического древа между двумя его узлами.
Именно поэтому я и спрашивал о том, как "кладисты собираются представить на кладограмме симбиотическую теорию?"
Возможно ли считать все митохондрии эукариот одним видом прокариот или же следует считать, что число видов митохондрий соответствует числу видов эукариот ?

Предок всех человеческих митохондрий жил около 150-200000
лет назад. А предок по игрек хромосоме-наш праотец около 60-90000 лет назад.

Собственно, человеческие митохондрии тут не причем, поскольку человек - это всего лишь один из видов эукариот.
Так что мой прежний вопрос остается в силе:
Как кладисты собираются представить на кладограмме симбиотическую теорию?