Кодирование 3D структуры в ДНК

Alexeyy · декабря 02, 2020, 17:30:25

Я бы уточнил: нет в той степени строго плана, которого предполагал Kondrakr.
Какие-то общие, плановые контуры есть в рамках некоторого диапазона внешних условий и нет какого-то отдельного центра (во всяко случае, неизвестно) из которого реализовывалась бы эта схема как директор реализует план работы завода...

Kondrakr · декабря 03, 2020, 00:38:42

Цитата: Alexeyy от декабря 02, 2020, 17:30:25нет в той степени строго плана, которого предполагал Kondrakr

Что план "не строгий" это понятно. Вопрос - насколько "нестрогий"? Информация, определяющая виды тканей, органы, их структуру и пространственное расположении, размер организма, характеристики обмена веществ, врождённые инстинкты - содержится в геноме или нет? Если нет, то откуда берётся? По-мне, так "самоорганизация" недифференцированных клеток в сложный организм без заранее существующей программы представляется какой-то лысенковщиной.

Лаплас · декабря 03, 2020, 00:42:38

Цитата: Kondrakr от декабря 03, 2020, 00:38:42Информация, определяющая виды тканей, органы, их структуру и пространственное расположении, размер организма, характеристики обмена веществ, врождённые инстинкты - содержится в геноме или нет?

Вам же сказали - нет.

Цитата: Kondrakr от декабря 03, 2020, 00:38:42По-мне, так "самоорганизация" недифференцированных клеток в сложный организм без заранее существующей программы представляется какой-то лысенковщиной.

Что вам кажется, не имеет значения. Значение имеют факты.

Kondrakr · декабря 03, 2020, 00:47:48

Факты в том, что самопроизвольное усложнение не происходит в реальном мире и все эксперименты это показывают. Не может происходить. Это противоречит законам физики.

Kondrakr · декабря 03, 2020, 00:50:24

Цитата: Лаплас от декабря 03, 2020, 00:42:38Вам же сказали - нет.

Кто сказал? Вы? А вы достаточно авторитетны, чтобы верить Вам на слово? Нормальным аргументом была бы ссылка на академическое исследование, доказывающее Ваш тезис. Не на детскую статью, подчеркну. А на нормальную публикацию в рецензируемом научном издании.

Лаплас · декабря 03, 2020, 01:11:21

Цитата: Kondrakr от декабря 03, 2020, 00:50:24Кто сказал? Вы? А вы достаточно авторитетны, чтобы верить Вам на слово? Нормальным аргументом была бы ссылка на академическое исследование, доказывающее Ваш тезис. Не на детскую статью, подчеркну. А на нормальную публикацию в рецензируемом научном издании.

С такими вопросами, как у вас, ссылка нужна на детскую статью. По крайней мере для первого ознакомления. А если есть сомнения в адекватности этой статьи фактам, то на её автора посмотрите и на сайт, где она размещена. И ваши бессмысленные возражения правильность моего выбора подчёркивают - вы абсолютно не в теме. Настолько, что даже не способны различить авторитетный источник. И как подсказывает опыт, такое начало говорит о том, что ссылки хоть на что вам вряд ли помогут.

Цитата: Kondrakr от декабря 03, 2020, 00:47:48Факты в том, что самопроизвольное усложнение не происходит в реальном мире и все эксперименты это показывают. Не может происходить. Это противоречит законам физики.

Вы о диссипативных системах что-нибудь слышали? За них ещё Нобелевскую премию Пригожину дали? Читайте: Введение в термодинамику необратимых процессов - Пригожин И.

И в тему:

ЦитироватьВторое начало термодинамики (в формулировке неубывания энтропии) иногда используется критиками эволюционной теории с целью показать, что развитие природы в сторону усложнения невозможно[49][50]. Однако подобное применение физического закона является некорректным, так как энтропия не убывает только в замкнутых системах (сравн. с диссипативной системой), в то время как живые организмы и планета Земля в целом являются открытыми системами.

Второе начало термодинамики - Второе начало термодинамики и критика эволюционизма. Википедия

Kondrakr · декабря 03, 2020, 01:37:23

Цитата: Лаплас от декабря 03, 2020, 01:11:21И ваши бессмысленные возражения правильность моего выбора подчёркивают - вы абсолютно не в теме. Настолько, что даже не способны различить авторитетный источник.

Не сочтите за обиду, но совершенно зеркальное впечатление испытываю я в Ваш адрес. :-) Ваши яростные крики совсем не "в тему". Аргументом в пользу самопроизвольного формирования фенотипа развивающегося организма была бы научная публикация в рецензируемом издании, описывающая механизм подобной самоорганизации без заранее заложенной в геноме программы. Причём тут термодинамика и диссипативные системы, если речь идёт об абсолютно предсказуемом, детерминированном процессе? В большинстве случаев из зиготы мыши образуются именно мыши, а не то, что продиктует окружающая среда. Это не стохастический процесс. Это не "усложнение" в форме фрактала, которое можно получить, задав простые правила взаимодействия клетка/среда. В онтогенезе наблюдается строгое повторение очерёдности невероятно большого количества управляющих процессом сигналов. Причём, в одних и тех же внешних условиях из зигот с разным геномом образуются организмы, повторяющие фенотип родительских особей. Как можно "на голубом глазу" отрицать прямую зависимость фенотипа от конкретного генотипа?

Лаплас · декабря 03, 2020, 02:06:51

Цитата: Kondrakr от декабря 03, 2020, 01:37:23Причём тут термодинамика и диссипативные системы, если речь идёт об абсолютно предсказуемом, детерминированном процессе?

Потому что организм - это диссипативная система. Что там детерминировано и не детерминировано, читайте в ссылках из моего первого поста - там всё популярно написано. Дискуссионным этот вопрос не является уже лет 50. Поэтому лучше внимательнее отнеситесь вот к этой фразе про самоорганизацию из "детской" статьи Маркова: "К сожалению, человеческий разум так устроен, что ему ужасно трудно понять подобные процессы."

Kondrakr · декабря 03, 2020, 02:13:53

Цитата: Лаплас от декабря 03, 2020, 02:06:51Дискуссионным этот вопрос не является уже лет 50.

Оно и плохо. Когда и "дискуссионным вопрос не является уже лет 50" и фальсифицируемых гипотез о конкретных механизмах самоорганизации фенотипически одинаковых организмов без какой-либо программы за это время не возникло. :-)

Kondrakr · декабря 03, 2020, 02:26:20

Цитата: Лаплас от декабря 03, 2020, 02:06:51Что там детерминировано и не детерминировано, читайте в ссылках из моего первого поста - там всё популярно написано.

Я не знаю, Вы ли являетесь автором документа, ссылку на который приводите, но там излагается аргументация, в основных положениях соответствующая "теории стадийного развития" академика Т.Д. Лысенко. Я не хочу использовать жупел "лысенковщины", но спекулятивные рассуждения о самоорганизации под воздействием условий среды хорошо бы дополнить эмпирикой.
http://imichurin.narod.ru/lysenko/agrobiology_03.html

Лаплас · декабря 03, 2020, 02:38:22

Вопрос "одинаковости" никакой проблемы не предсталяет, поэтому никаких отдельных гипотез для него не нужно. Ссылки читайте, там всё написано.

Что касается авторства, то я не Марков.

Kondrakr · декабря 03, 2020, 03:32:55

Ну хорошо, вот начинаю читать академические публикации. Первое, что попадается: "It is a fascinating thought that the single cell zygote contains all the information required for the development of the adult organism. Understanding how this information is encoded and deciphered is a major uncompleted scientific challenge. [Удивительно, но одноклеточная зигота содержит всю информацию, необходимую для развития взрослого организма. Понимание того, как эта информация кодируется и расшифровывается, является серьезной нерешенной научной задачей.]"

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1891803/

Это 2006 год, не 1970. Задача описывается как "uncompleted". И ничто из последующего текста не намекает на "саморегуляцию". Есть упоминания зависимости экспрессии генов, ответственных за онтогенез от сигналов, отражающих состояние внешней среды, но именно в контексте реализации генетической программы онтогенеза, просто не жёсткой, а подстраивающейся под обстоятельства, то есть - более детализованной и сложной.

Kondrakr · декабря 03, 2020, 03:35:22

Цитата: Kondrakr от декабря 03, 2020, 03:32:55how this information is encoded and deciphered

Вот в этом и была суть моего вопроса. Проблема, насколько можно понять из комментариев, представляется пока не решённой только в англоязычной науке. В русскоязычной исчерпывающие ответы даёт детская статейка в "Элементах" с примером про "самоорганизацию снежинок" и та, другая, с примерами про кучи песка. Надо бы рассказать "англичанам". они же не знают, что это уже 50 лет не проблема. ;-)

Kondrakr · декабря 03, 2020, 05:15:43

Вот тут замечательная дискуссия, охватывающая все поднятые в нашм обсуждении проблемы:
https://www.researchgate.net/post/Why-do-researchers-continue-to-mislead-with-the-notion-that-Hox-genes-determine-the-body-plan

Kondrakr · декабря 03, 2020, 05:51:51

Там как раз звучит мой наивный аргумент: "So, if the form and body plan of an organism is not encoded in its DNA, where is it?
Is it magic that a human embryo always gives rise to a human and a fish embryo always gives rise to a fish?
If the information is not encoded in the DNA, I would expect that if you transfer the nucleus of a mouse zygote to a fish zygote cytoplasm, you would get a happy and healthy fish after a few days...[Итак, если форма и организационная структура организма не закодированы в его ДНК, где же они?
Разве это волшебство, что человеческий эмбрион всегда дает начало человеку, а эмбрион рыбы всегда дает начало рыбе?
Если информация не закодирована в ДНК, я бы ожидал, что если вы перенесете ядро мышиной зиготы в цитоплазму зиготы рыбы, через несколько дней вы получите счастливую и здоровую рыбу ...]"