Роль мутаций в эволюции.

[Игорь Антонов]

Выдаёте здесь желаемое за действительное именно Вы, Алексей.
Авторы вовсе не случайно акцентируют детерминизм, внешнюю причинность и подчёркивают информационную природу взаимодействий в природе. В отдельной философской публикации, которую я цитировал выше, они прямо говорят о пространстве-времени как активной, изначально информационной среде, направляющей и координирующей сверху все процессы в материальном мире. Это прозрачнейший, чистейший как слеза комсомолки «дуализм» в Вашем же его понимании. Кто из нас двоих тут слеп, пусть сами решат для себя другие читатели этой темы.

[Alexeyy]

  Вообще-то речь шла не об этой второй статье, которую Вы привели, а о первой.
  А, по второй, Вы правы ... у них, действительно, идёт прямая идеалистическая ахинея: "Всеохватывающая масштабность бестелесной (невидимой) корректировки ассоциирует с "надприродным" воздействием информационно-энергетического поля. Его результат — всеобщая гармония и наблюдаемая взаимообусловленность земных процессов (в том числе и материально-духовная связь человека) придают этому действию непостижимо загадочный внутренний смысл и целесообразность."
  Видимо, Вы правы: они и в первой статье что-то подобное вкладывали в смысл говоримого там. Но прямо об этом у них там ничего нет и, при желании, можно повернуть и так и эдак (вряд ли бы в геологическом журнале такую ахинею там припустили бы о всеобщем энергоинформационном поле, управляющем, в том числе, и духовностью человека).

[Питер]

Терпеть    не  могу       обсуждать     оторванные  от  конкретики  общефилософские     игры 
https://elibrary.ru/item.asp?id=20152406

когерентные    космические  вибрации ...

И  снова     случайные  мутации  в  обертке   СТЭ  versus наследования    приобретенных  признаков   в    современной  эпигенетической  обертке ?

Давайте     начнем с  первого   простого   вопроса  -  а  мутации    вообще  есть ?   Любые     -   случайные,   не   случайные   ?    И  отличаются   ли  геномы     вида  А  и  вида  Б ?

[Игорь Антонов]

Видимо, Вы правы: они и в первой статье что-то подобное вкладывали в смысл говоримого там. Но прямо об этом у них там ничего нет и, при желании, можно повернуть и так и эдак

В заключительном абзаце первой статьи есть прямое отрицание роли естественного отбора в эволюционном формообразовании:

Таким образом, анализ проблемы эволюции органического мира (по мере накопления биологических фактов) показывает, что трансформация вида в ходе естественного отбора или селекции может приводить к выведению новых сортов или пород, но изменить вид не может. Видообразование в истории биосферы отражается скачкообразно как следствие глобальных катаклизмов, обусловленных внеземным воздействием при движении Солнца вокруг ядра Галактики.

[Игорь Антонов]

Давайте     начнем с  первого   простого   вопроса  -  а  мутации    вообще  есть ?   Любые     -   случайные,   не   случайные   ?    И  отличаются   ли  геномы     вида  А  и  вида  Б ?

И мутации есть, и геномы отличаются. Если говорить о моей точке зрения, то я уже неоднократно ранее пояснял, что я допускаю даже ту эволюционную модель, где все мутации в геноме будут ненаправленно случайными. Что само по себе не означает, что эволюционно значимым материалом для отбора является только ненаправленно случайная изменчивость.

[Питер]

Ну    и   слава    богу.  Хоть  что-то в  этом   мире   есть.

И  даже  есть  случайные  мутации.  Но  есть  и  направленная  изменчивость.  С  чем  я   согласен    -  у  нас   есть  большая   внутривидовая  изменчивость,     которая    фенотипически  проявляется  в  разных   вариантах   особей,   наиболее   полно   отвечающих    разным     вариантам   среды  обитания.  В   итоге   фенотип      вида   может  меняться  в  неких  пределах    при  одной  и  той  же       генетической   базе  вида.

[Alexeyy]

В заключительном абзаце первой статьи есть прямое отрицание роли естественного отбора в эволюционном формообразовании:Таким образом, анализ проблемы эволюции органического мира (по мере накопления биологических фактов) показывает, что трансформация вида в ходе естественного отбора или селекции может приводить к выведению новых сортов или пород, но изменить вид не может. Видообразование в истории биосферы отражается скачкообразно как следствие глобальных катаклизмов, обусловленных внеземным воздействием при движении Солнца вокруг ядра Галактики.

На это я что-то не обратил внимание. Однако, здесь роль естественного отбора не отрицается в видообразовании вообще: здесь отрицается его таковая роль при отсутствии абиотических воздействий. Что, впрочем, конечно является тоже бредом. Однако, он, сам по себе, не отрицает роли случайности в качестве ведущего фактора эволюции по принципу естественного отбора (хотя, Вы правы, судя по второй статье, они именно так и думают).

Давайте     начнем с  первого   простого   вопроса  -  а  мутации    вообще  есть ?   Любые     -   случайные,   не   случайные   ?    И  отличаются   ли  геномы     вида  А  и  вида  Б ?

Питер, мне Вас не хватало с Вашей жёсткой, антиидеалистической позицией
Но на счёт есть ли мутации и отличаются ли геномы разных видов, то это, по-моему, уж слишком жестко: мне не известны такие люди (кто знал бы что это такое), которые бы отвечали, что нет

[Игорь Антонов]

вряд ли бы в геологическом журнале такую ахинею там припустили бы о всеобщем энергоинформационном поле

В 2016 году  и там напечатали статью о всеобщем энергоинформационном поле и шокировавших Питера "когерентных космических вибрациях".

[Питер]

Ну    если    читать   товарищей     философов-геологов    -  то   это  совсем  не  факт.
У  нас  в   аспирантуре  препод   был    -  философ-агроном.  То есть  первое  образование    -  сельхоз,  а  второе  по    сталинскому  призыву  -  философия. Так  вот    он    очень  интересно  расширял   Энгельса,  "Жизнь  есть  способ  существаования   белковых  тел".  Типа       липиды,  нуклеиновые   килоты  и  сахара   -   это  тоже    белковые   тела.  Расширительные  ...
Творческая    была  личность,  пытался  получть  ПУКС.   Хотя  "Чонкина"   и  не  читал ...

[Игорь Антонов]

В   итоге   фенотип      вида   может  меняться  в  неких  пределах    при  одной  и  той  же       генетической   базе  вида

А многообразие клеток сложного многоклеточного организма демонстрирует нам, что потенциальная пластичность функционирования разных клеток, имеющих один и тот же геном, огромна.

[Питер]

Cогласен. Пластичность     огромна.   Она  определяется  всем   онтогенезом       организма  и  сильно  зависит  от  факторов   среды.  И   -     все-таки  ограничена   структурой  генома   конретного  организма,  всей   совокупностью    его    отличий  от "стандартного"    генома  вида.

[василий андреевич]

Терпеть    не  могу       обсуждать     оторванные  от  конкретики  общефилософские     игры

Термин "фенотипическая пластичность" неудобен, лучше фенотипическая вариативность метаболического пути жизнеобеспечения.
  Нарушения в ДНК неизбежны, следовательно, неизбежны и мутации. Объект: щитень, сотни миллионов лет остающейся при неизменном облике. Можно ли представить, что все мутации в его геноме отвергаются отбором и, таким образом, ДНК остается неизменной? Или, наоборот, неизбежные мутации генома, затрагивающие "белково-метаболические пути" приводят к единственному фенотипическому облику?

  У любого организма "пластичность" проявляется, как индетерминантный перескок на имеющийся в потенции запасной маршрут. Для всей популяции это будет выглядеть, как постепенный адаптационный переход, который с натяжкой можно назвать горизонтальной эволюцией. При такой "эволюции" (породоформировании) мутации, способствующие закреплению запасного пути в основной, по-видимому, своеобычное дело. Их принципиальная случайность не только допустима, но будет базовой при математических расчетах, как наиболее вероятное стечение рядов непредвиденных обстоятельств. Общее название ему "тихо(селекто)генез".

  Потому все копья ломаются при взгляде на вертикальную эволюцию. Например, уже у некоторых видов рыб есть механизм вскармливания потомства неоплодотворенной икрой. У пингвинов есть жировые железы для детенышей. И подобных примеров, когда зачатки признаков, имеющиеся разрозненно в неродственных таксонах, соединяются в новом таксоне уже подогнанными друг к другу - масса.
  Именно для объяснения такого (внезапного?) появления нового таксона, рождаются философские идеи, берущие начало от номогенетических соображений. В них принцип классической конвергенции выступает, как закон новообразования - в биосфере появляется ниша-дыра с "формой", к которой подходящий организм не может (?) адаптироваться за счет отбора случайных мутаций.
  Вот с последним суждением "не может" и придется нам как-то учинять разборки.

[Alexeyy]

У меня возникло предположении, что при одомашнивании, «самоодомашнивании» и т.п. происходит самонаправление мутаций именно в определённом месте генома. Т.к. эти процессы связаны с изменением экспрессии (что как раз характерно для самонаправленных мутаций – изменение экспрессии):

«А еще среди генов, которыми распоряжался BAZ1B, было несколько кандидатов, ранее замеченных в том, что они как-то участвуют в «синдроме одомашнивания». И еще гены, явно замешанные в развитии функций мозга, связанных с голосовым общением (как у человека, так у животных). Среди них и самый известный, FOXP2, — специально для читателей, которые чуть глубже в теме.
Ну хорошо, синдром Вильямса кое-как связали с синдромом одомашнивания, но где же тут «самоодомашнивание» человека — обычного человека без всяких синдромов — в процессе его эволюции? Чтобы подобраться к этому последнему звену, исследователи сравнили гены — как BAZ1B, так и все, что он регулирует, — у современного человека, двух неандертальцев и одного «денисовца», благо все эти геномы расшифрованы, опубликованы и только ждут шанса ответить на вопросы, правильно поставленные учеными.
Оказалось, что в человеческой линии накопилось немало мутаций в этих генах. Причем накапливались они именно в регуляторных областях — тех, от которых зависит, насколько активно работает ген. А это явно намекает, что на них действовал отбор, причем после того, как пути сапиенсов, денисовцев и неандертальцев разошлись, то есть 600 000 лет назад или около того. Тогда-то и случилось то самое одомашнивание человека, которое дало нам идею для заголовка.» (https://snob.ru/entry/186162/?utm_source=fb&utm_medium=social&utm_campaign=smm&utm_content=42584002)

[Alexeyy]

Т.е., судя по всему, при одомашнивании/«самоодомашнивании» происходят характерные мутации лишь в определённой области генома. Причём в совершенно разных линиях эволюции. И причём эффект одомашнивания достигается всего-ничего – за количество поколений, которое по пальцам пересчитать. Мне трудно такое себе представить без эффекта самонаправления мутаций – мутаций лишь в определённой области генома для более быстрого достижения адаптивных изменений к более дружелюбным окружающим условиям.

[Alexeyy]

Судя по упомянутой статье (со ссылкой на Zanella M. et al. 2019), можно считать установленным, что с синдромом одомашнивания связан с изменением в гене BAZ1B (со ссылкой на Zanella M. et al. 2019). Я решил оценить на сколько одна мутация в одном (этом) гене вероятна/невероятна при одомашнивании лис, если мутации – не самонаправляются.
  Скорость мутаций (в y-хромосоме) равна около 4 нуклеотид на 10 миллиардов (пар) нуклеотид, в пересчёте, за год (Марков А. 2020). У человека 3,2 миллиарда пар нуклеотидов. Это значит, что, в пересчёте, за год будет происходить 4/3,2 = 1,25 мутации, не связанная с обменом генов между родителями при размножении. Такой же порядок имеет скорость мутаций у млекопитающих. Тогда если положить, что одно поколение у лисиц (с которыми проводились эксперименты по одомашниванию) равно 6 годам {лисица способна нормально размножаться до 6 лет: см. (РГАУ-МСХА)}, то за одно поколение должно произойти около 1,25*6 = 7,5 таких мутаций. У них, как у относительно близких родственников волков, размер генома должен бытью, примерно, такой же, как и у волков. А у последних он содержит 2,4 млрд пар нуклеотидов (у человека 3,1 млрд) (Сергеев А. 2005). Геном человека содержит 28 тысяч генов (Википедия, Геном человека). Если, примерно, исходить из того, что доля генов в геноме лисицы/собаки, примерно, такая  же, что и у человека, то у лисицы число генов равно около 28*2,4/3,1 = 21,7 тыс. генов. С учётом того, что в одном поколении у лисицы происходит 12,5 мутаций (не связанных с обменом генов при размножении), то, ориентировочно, если исходить из того, что все гены имеют, примерно, одинаковую длину, то для того, чтобы произошла одна мутация в данном гене лисицы, в среднем, потребуется = 21,7 тыс./7,5 поколений = 2893 поколений. В опытах же по одомашниванию лисицы Д. Беляевым (Алексенко А. 2018) произошло гораздо меньше смен поколений прежде, чем лисица была одомашнена (т.к. человеку не хватит времени жизни для того, чтоб дождаться одной мутации). Кроме того, для одомашнивания, конечно же, не достаточно одной точечной мутации. Что и указывает на то, что если бы мутации при одомашнивании происходили бы не самонаправлено, то вероятность того, что одомашнивание произошло, в том числе, за счёт мутаций именно в заданном одном гене – исчезаюе мала.

Zanella M., Vitriolo A., Andirko A., Martins P. T., Sturm S., O'Rourke T., Laugsch M., Malerba N., Skaros A., Trattaro S., Germain P.-L., Mihailovic M., Merla G, Rada-Iglesias A., Boeckx C., TestaG. 2019. Dosage analysis of the 7q11.23 Williams region identifies BAZ1B as a major human gene patterning the modern human face and underlying self-domestication. Science Advances  04 Dec, Vol. 5, no. 12, https://advances.sciencemag.org/content/5/12/eaaw7908 .

Марков А. 2020. Предки неандертальцев и денисовцев скрещивались с потомками древних евразийских эректусов. Элементы, 25.02.2020, https://elementy.ru/novosti_nauki/433612/Predki_neandertaltsev_i_denisovtsev_skreshchivalis_s_potomkami_drevnikh_evraziyskikh_erektusov .

РГАУ-МСХА. Разведение лисиц - РГАУ-МСХА. Зооинженерный факультет. https://www.activestudy.info/razvedenie-lisic/ .

Сергеев А. 2005. Полностью расшифрован геном собаки. Элементы, 09.12.2005,  https://elementy.ru/novosti_nauki/165035/Polnostyu_rasshifrovan_genom_sobaki .

Википедия, Геном человека. https://ru.wikipedia.org/wiki/Геном_человека .