ПРОИСХОЖДЕНИЕ ЭУКАРИОТ

[Tinkoff]

Имперор

/ Например, материальная масса искривляет простанство-время вокруг себя не потому, что так хочет /

Нет, это у вас, «хочет» Бог, волю которого вы хочите изучать.
Вообще геометродинамика обосновывается хотя бы равенством инерциальной и гравитационной массы.
И любое свойство материи можно изучать и знания углублять, в отличии от воли Бога.

/Что же Вас все время тянет Бога ниспровергать? Заклинило, что ли/

Вас заклинило доказывать наличие Бога, а кому-то опровергать.
Всё нормально.

/Тем более, что классификацию фундаментальных стратегий выживания пока не пытался создать никто (кроме меня)/

А вы кстати думаете о публикациях вне РФ?
Вот, вас на западе не будут печатать, ибо у вас сексизм в той работе.

[Imperor]

Нет, это у вас, «хочет» Бог, волю которого вы хочите изучать.
Вообще геометродинамика обосновывается хотя бы равенством инерциальной и гравитационной массы.
И любое свойство материи можно изучать и знания углублять, в отличии от воли Бога.

Азазель. К Вашему примеру с массой, искривляющей пространство-время, я прицепился только потому, что это пример единственного на сегодняшний день взаимодействия, для которого не найдены переносчики. ОТО стоит совершенно особняком в физике, и пока ни с одной из теорий КМ объединяться не хочет... Т.е. сила гравитации - на сегодняшний день - самое неизученное взаимодействие. Никто пока не знает, что это такое. Вы же в той ветке так написали, будто здесь действительно уже все ясно. Только поэтому я и прицепился. Но Бог здесь не причем. Я просто отметил, что "ясность" данного вопроса - сама под очень большим вопросом. И это известно всем. Если же когда-нибудь обнаружат гравитоны - я буду только рад.

Вас заклинило доказывать наличие Бога, а кому-то опровергать.
Всё нормально.

Неее... Существование Бога я доказываю в "небиологических разговорах..." Здесь же давайте сосредоточимся только на естественных гипотезах  
Вот, например, давайте разберем гипотеза "куста" vs гипотезы "сползания в кучу". Кому какая больше нравится?

А вы кстати думаете о публикациях вне РФ?
Вот, вас на западе не будут печатать, ибо у вас сексизм в той работе.

Сексизм?.. Это что еще за зверь?..   Расскажите, плз.

[Nestor notabilis]

Имперор - наср*ть на запад - он сдох и уже воняет. Печатайтесь в Китае и Индии - там будут солидарны с Вашим сексизмом  :lol:
*(неравенство полов. С чем лично я ПОЛНОСТЬЮ согласен. Ибо они-таки не равны).  :lol:  :lol:  :lol:

[plantago]

1. По Вашему получается, что если я не знаю, каково происхождение муравейника, то лучше уж предположить, что муравейник произошел путем сбегания в кучу одиночных муравьев, чем признаться в своем незнании?

Я хотел бы, чтобы Вы меня поняли. На мой взгляд, научное мышление состоит как в том, чтобы твердо сознавать уровень своего незнания вопроса, так и в том, чтобы по этому же вопросу иметь хотя бы рабочую гипотезу. Ваш пост ничего не говорил о том, есть ли у Вас рабочая гипотеза (а она, как я вижу сейчас, есть). Поэтому я и написал, что нельзя сравнивать отсутствие гипотезы с ее наличием, можно лишь сравнивать разные гипотезы.

Я поэтому и спросил участников обсуждения - сами то они верят в подобную гипотезу?

В гипотезу, по определению, верить невозможно. Классическая гипотеза симбиогенетического происхождения эукариот (в разных модификациях) кажется мне на настоящий момент более обоснованной. Это не мешает мне осознавать ее недостатки, а также хорошо относиться к другим гипотезам -- автогенезу, комплексам клеток, происхождению прокариот от эукариот и пр.  Я просто считаю их менее обоснованными. По-видимому, истина лежит где-то между, но нащупать ее пока трудно.

до безобразия натянутые гипотезы радикальной переделки колонии прокариот в эукариота.

Отлично! Если Вы хотите дискуссии по теме топика, выкладывайте карты. Итак, каковы, на Ваш взгляд, _конкретные_ недостатки гипотезы симбиогенеза в целом (sensu Мережковский) и различных ее вариантов (с вирусами, археями, симбио-жгутиками) в частности?

две гипотезы из предложенных (искусственное происхождение и "куст" жизни), на мой взгляд, гораздо менее натянуты, чем гипотеза "сползания в кучу".

"Куст" мне вполне симпатичен, как и приведенные мной выше гипотезы. Такие взгляды неоднократно высказывались и достаточно обоснованы. Правильно ли я Вас понял, что в Вашем варианте этой гипотезы сначала образуются первоклетки, а потом из них, независимо друг от друга -- эукариоты, бактерии и археи?

Различие по рибосомам - это, вероятно, САМЫЙ универсальный признак, четко разделяющий обе группы :)

Это не совсем так. Посмотрите в PubMed статьи PMID: 15383908, 12050816.
Кстати, жалко, что Вы в своей статье совершенно не цитируете современные работы по этому вопросу, в частности, Th. Cavalier-Smith. Есть, например, целый номер журнала с кучей интересного на тему: http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.asp?id=j67523568675
И вот только что вышел еще один:
http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.asp?id=v83hw24023k1
Кстати, в последнем есть автор из лагеря "кустов" ;)

[DNAoidea]

Слушайте - давайте всё же не говорить об искривлении прстрансва, существования бога и всё прочем - к эукариотам это не имеет отношения.
Имперор - кое в чём всё же ваш список отличий не точен:
у прокариот не всегда ДНК кольцевая, и если не ошибаюсь, в цианобактерий, есть некий аналог одного из гистонов, который связан с ДНК. Интроны, кажется есть только у эукариот, хотя может у архей тоже - я противоречивые вещи об этом находил. Так что, мне кажется, что скачка не получается, кроме того, если говорить, что общего предка эукариот, архей и прокариот не существует, то как объяснить у них единство генетического кода, аминокислот и кое чего другого? Неужели латеральный перенос генов так посторался?
А следы кислородной катастроффы есть и ещё какие - 21% кислорода в атмосфере - эт же всё должно было появится когда-то, поскольку понятно, что кислорода в свободном виде на первичной Земле не было...

[Tinkoff]

Имперор

/К Вашему примеру с массой, искривляющей пространство-время,/
/я прицепился только потому, что это пример единственного на сегодняшний день взаимодействия, для которого не найдены переносчики./

Так в основе это утверждения ОТО лежит как раз отказ  от «переносчиков».
Это не результат не нахождения «переносчиков», как Вы ошибочно думаете, а отказ от них по философским соображениям.

/ОТО стоит совершенно особняком в физике, /

ОТО  общепризнанна.

/Вы же в той ветке так написали, будто здесь действительно уже все ясно./

В науке всегда что-то неясно.

/Если же когда-нибудь обнаружат гравитоны - я буду только рад. /

То Вы мне доказываете что АЭ гений всех времен и народов, то вдруг отвергает фундаментальную идею ОТО, геометродинамику.

/Сексизм?.. Это что еще за зверь?.. /

Ну, знаете такие термины  «Отец-эгоист, отец-альтуист» это явный сексизм.

«1. Стратегия «отцов-эгоистов».»
«Плюс данной стратегии заключается в повышении вероятности выживания и  увеличении «мощи» родительского организма»

[DNAoidea]

Азазель - рассуждения об ОТО в этой теме явно ни к чему - это уж точно к происхождению Эукариот никакого отношения не имеет (не попали же органеллы вовнутрь предковой клетки в результате искажения пространства ), также как и об "отцах-эгоистах" - когда формировались эукариоты сильно сомневаюсь, что существовал мийоз и гетерогамия. Кстати, вот ещё один пункт отлиций, по-моему тут не упомянутый - наличие двух типов деления эукариотических клеток, что может быть только при возможности слияния клеток. Предпологаю, что способность эукариотических клеток сливаться тесно связана с фагоцитозом, чего нет у прокариот.
(в принцыпе "отец-эгоист" некие приемущества имеет перед альтруистом.)

[Gilgamesh]

Шо такое растение. Из ЖОБа. Распознано, но не вычитано, ибо и так понятно.

[Tinkoff]

Азазель - рассуждения об ОТО в этой теме явно ни к чему - это уж точно к происхождению Эукариот никакого отношения не имеет (не попали же органеллы вовнутрь предковой клетки в результате искажения пространства ), также как и об "отцах-эгоистах" - когда формировались эукариоты сильно сомневаюсь, что существовал мийоз и гетерогамия. Кстати, вот ещё один пункт отлиций, по-моему тут не упомянутый - наличие двух типов деления эукариотических клеток, что может быть только при возможности слияния клеток. Предпологаю, что способность эукариотических клеток сливаться тесно связана с фагоцитозом, чего нет у прокариот.
(в принцыпе "отец-эгоист" некие приемущества имеет перед альтруистом.)

/попали же органеллы вовнутрь предковой клетки в результате искажения пространства/

А.А. Любищев – Д.Д. Мордухай-Болтовскому
«Отсюда для Вас, вероятно, понятно, что я с особенным интересом прочитал бы ваши работы «Кривые и поверхности в биологии», «Органические формы в четырехмерном пространстве» (меня четырехмерное пространство нисколько не пугает: некоторые формы органической симметрии, по-моему, настоятельно требуют введения четвертого измерения).»

/ формировались эукариоты сильно сомневаюсь, что существовал мийоз и гетерогамия/

Калкинс и Кулль утверждали, что у инфузорий можно заметить начало половой дифференцировки.
Инфузории являются гермафродитами, обмениваются,  в результате конъюгации, генетическим материалом, но, по мнению Калкинс и Кулль, судьба двух инфузорий после конъюгации отличается.  Одна вскоре погибает (что напоминает самца), а другая остается жить долгое время.
Из 186 линий (потомки 93 пар), через 30 дней 103 остались, 83 вымерли, из этих 83, 56 потомки 28 пар, и 27 из разных пар.    
Но, как было показано в работе американского учёного Г.С. Дженнингса (1903) наблюдается как раз обратный эффект, конъюгация делает схожей судьбу.

Таким образом, идея Калкинс и Кулль о половой дифференцировки
инфузорий была отвергнута, благодаря статистическому анализу.
Хотя это кажется понятным до какого особого анализа (из этих 83, 56 потомки 28 пар) тем не менее ДО Дженнингса разные исследователи приходили к разным выводам.

[DNAoidea]

Азазель - а когда вы писали про инфузорий вы ничего не перепутали? Они-то каким боком относятся к происхождению Эукариот? Это вообще клетка зашедшая дальше всех в совершенствовании своей одноклеточной сущности. И от предка всех эукариот она находится ох как далеко - не описать словами.
Ну а Любищев говорил вовсе не об эом - он говорил о симметрии, причём тут общий план организации Эукариот.
P. S. Флуд тут (сам грешен) пора прекращать - у кого-нибудть по теме что-нибуть есть?

[Tinkoff]

Азазель - а когда вы писали про инфузорий вы ничего не перепутали? Они-то каким боком относятся к происхождению Эукариот? Это вообще клетка зашедшая дальше всех в совершенствовании своей одноклеточной сущности. И от предка всех эукариот она находится ох как далеко - не описать словами.
Ну а Любищев говорил вовсе не об эом - он говорил о симметрии, причём тут общий план организации Эукариот.
P. S. Флуд тут (сам грешен) пора прекращать - у кого-нибудть по теме что-нибуть есть?

/ Они-то каким боком относятся к происхождению Эукариот/

А что они относятся к прокариотам?

/ когда формировались эукариоты сильно сомневаюсь, что существовал мийоз и гетерогамия/

Тут речь идет о половом процессе.
Или вы сами не понимаете, что пишите? И «мийоз» это не описка?

/ Ну а Любищев говорил вовсе не об эом - он говорил о симметрии, причём тут общий план организации Эукариот /

Он говорил о четырехмерном пространстве.

[Imperor]

Я хотел бы, чтобы Вы меня поняли. На мой взгляд, научное мышление состоит как в том, чтобы твердо сознавать уровень своего незнания вопроса, так и в том, чтобы по этому же вопросу иметь хотя бы рабочую гипотезу. Ваш пост ничего не говорил о том, есть ли у Вас рабочая гипотеза (а она, как я вижу сейчас, есть). Поэтому я и написал, что нельзя сравнивать отсутствие гипотезы с ее наличием, можно лишь сравнивать разные гипотезы.

Прошу прощения, вероятно, я просто не так Вас понял. Просто мне показалось удивительным, что здесь в ветке "Происхождение эукариот", никто так и не высказал гипотезу "куста" (что эукариоты - такая же независимая форма жизни, как архе- и эубактерии). Все время говорилось только о происхождении от прокариот. Поэтому я и спросил участников - верят ли они сами в эту гипотезу.
Кстати, я считаю, что в гипотезу вполне можно верить. В этом нет ничего плохого. Главное, не зацикливаться на подобной вере (игнорировать факты, не вписывающиеся в рамки данной гипотезы).

Если Вы хотите дискуссии по теме топика, выкладывайте карты. Итак, каковы, на Ваш взгляд, _конкретные_ недостатки гипотезы симбиогенеза в целом (sensu Мережковский) и различных ее вариантов (с вирусами, археями, симбио-жгутиками) в частности?

"Куст" мне вполне симпатичен, как и приведенные мной выше гипотезы. Такие взгляды неоднократно высказывались и достаточно обоснованы. Правильно ли я Вас понял, что в Вашем варианте этой гипотезы сначала образуются первоклетки, а потом из них, независимо друг от друга -- эукариоты, бактерии и археи?

Имперор - кое в чём всё же ваш список отличий не точен:
у прокариот не всегда ДНК кольцевая, и если не ошибаюсь, в цианобактерий, есть некий аналог одного из гистонов, который связан с ДНК. Интроны, кажется есть только у эукариот, хотя может у архей тоже - я противоречивые вещи об этом находил. Так что, мне кажется, что скачка не получается, кроме того, если говорить, что общего предка эукариот, архей и прокариот не существует, то как объяснить у них единство генетического кода, аминокислот и кое чего другого? Неужели латеральный перенос генов так посторался?

Да я вроде бы, уже выложил свои карты Возможно, просто не сумел донести свою мысль. Попробую еще раз.
Вышеперечисленный комплекс фундаментальных отличий эукариот от прокариот представляется мне именно единым комплексом - т.е. базовой конструкцией одного из возможных вариантов живой системы, которая сразу возникала именно как эта конструкция. А прокариотическая структура воспринимается мной, как аналогичная, но другая базовая конструкция живой системы.
Мысль о происхождении одной базовой конструкции живой системы от другой представляется мне невероятной. Подобно идее,  что подводная лодка возникла путем переделки конструкции самолета. Теоретически, это, конечно, возможно. Но не правда ли, гораздо проще предположить, что конструкция подводной лодки сразу возникала, как конструкция именно подводной лодки, а не самолета?
Доказать это свое убеждение я не могу. Но я именно верю в данную гипотезу , как наиболее естественную. Правда, у этой гипотезы есть один крупный недостаток - мы начинаем находить эукариоты примерно на 2 млрд. лет позже, чем прокариот. Именно поэтому я и склоняюсь к версии искусственного происхождения жизни. Когда одно и то же удачное техническое решение (единый генетический код) было использовано дважды при создании разных форм жизни. Я писал об этом в своей статье.
Но поскольку искусственное происхождение мы тут не обсуждаем, то есть еще гипотеза "куста" жизни - несмотря на несоответствие палеонтологическим данным, мысль о том, что палеонтологическая летопись в данном отношении может быть просто неполной, кажется мне все равно гораздо более естественной, чем идея фантастического превращения прокариота (или их колонии) в эукариота, не подтверждающаяся ни биохимически, ни структурно!
Какие-то отдельные маленькие детали сходства, конечно, имеются... Но ведь в обоих случаях речь идет о живых системах (!), которые, к тому же, весьма гибки (в определенных пределах). Поэтому совершенно естественно, что какие-то детали в конструкции разных живых систем окажутся сходными.
Но в целом мы наблюдаем, что и прокариотическая, и эукариотическая организация крайне стабильны, и всегда выступают именно как неделимые разные базовые конструкции.
Посмотрите, хотя бы, на примеры, приведенные в данной ветке:
В царстве (а правильнее будет сказать, "каше" протистов) мы чего только не наблюдаем! Какие-то эукариотические предки "проглотили" бактерий, исключительно похожих на цианобактерий - и получились красные водоросли. Предки грибов не проглотили ничего такого автотрофного и стали грибами... Да и были ли у них эти пресловутые общие предки?.. Разные отделы зеленых водорослей, вполне возможно, объединяет только то, что они все дружно "глотанули" бактерию типа Prochloron. А разве это важный систематический признак, если мы теперь понимаем, насколько легко образуется подобный симбиоз? Мы уже знаем, что такой симбиоз мог возникать в ходе эволюции разных групп и единожды, и дважды, и даже трижды (!).
А чем, например, принципиально отличаются от амеб некоторые желто-зеленые водоросли, которые имеют амебоидную форму? Только наличием хлоропластов... Причем хлоропластов с хлорофиллами А и С... т.е. эти "друзья" глотанули еще один тип бактерий (схожий с Heliobacter?). Единственное, что можно сказать, что бурые водоросли, скорее всего, берут начало от золотистых... А в остальном, во всей этой КАШЕ - родственные связи просматриваются с большим трудом.
Сразу прошу прощения за какие-то конкретные ошибки в вышеприведенных примерах. Я в данном случае пишу столь вольно, что СУТЬ от этого не меняется - как бы ни варьировали в пределах протистов различные сочетания организмов, ФУНДАМЕНТАЛЬНАЯ БАЗОВАЯ КОНСТРУКЦИЯ и прокариот, и эукариот остается практически постоянной.
Как хотите, но я считаю данное обстоятельство именно доказательством гипотезы независимого становления прокариотического и эукариотического типов конструкции живых систем (хотя, конечно, доказательством не прямым, а косвенным).

Теперь насчет, собственно, гипотезы "куста". К сожалению, я действительно, не очень осведомлен с новейшими публикациями. Поэтому могу высказать лишь свой собственный вариант данной гипотезы
Да, я думаю, что все три базовых типа конструкции живых систем взяли начало еще от протоклеток. Причем, именно протоклеток, в полном смысле этого слова. Т.е. я имею в виду, что разделение трех "ветвей" общего "куста" жизни произошло действительно, на самом-самом раннем этапе - этапе еще "дожизни". Т.е. общего здесь было:
1. Молекулы-репликаторы (с уже сформировавшимся кодом).
2. Вероятнее всего, уже имелась некая простейшая мембрана...
3. Возможно, начал устанавливаться некий процесс биосинтеза белка на чем-то, похожем на рибосомы...
И вот на этом этапе и произошло разделение. А далее три формы еще дожизни стали развиваться независимо, и обрастать структурно и биохимически разными фенотипами. Понятно, что в этот процесс должен был нехило вмешиваться и горизонтальный перенос генов...
Именно этим и объясняется наличие идентичного генетического кода, мембраны и еще некоторых общих черт у трех форм жизни, при столь радикальном общем различии структуры и биохимии фенотипов.
Но я же все это писал в приведенной статье?..

Пофантазирую еще немного :
Со временем, эукариотическая форма жизни "изобрела" актиново-миозиновый комплекс. И это было радикальным изобретением. Это изобретение позволило широко реализоваться макрофагии и, как, следствие, симбиотическим организмам (я называю эти фундаментальные стратегии выживания - стратегией "грабителя", и стратегией "феодала", ибо это именно стратегии выживания (по отношению к производству/добыче блоков самовоспроизведения)).

После этого "изобретения" эукариоты стали быстро увеличиваться в размерах (возможно, именно этот этап и был "уловлен" палеонтологической летописью). С появлением достаточного количества кислорода в атмосфере бактерии "изобрели" цикл Кребса, а эукариоты использовали это изобретение, навязав им симбиоз - получились митохондрии (в приводимой мной статье я уже показал, почему сейчас ВСЕ организмы должны уметь "дышать кислородом" в кислородной среде). Поэтому "глотание" бактерий с циклом Кребса оказалось необходимой процедурой. А вот "глотание" автотрофных бактерий - это процедура необязательная. Это, на самом деле - стратегия по производству/добыче блоков самовоспроизведения ("труженика"/"лодыря").
Поэтому мы и наблюдаем в природе организмы и хлоропластами, и без.

Однако, все-таки еще раз повторюсь, что гипотеза "куста" рулит, но ее убивает 2 млрд. лет разницы во времени появления прокариот и эукариот. Поэтому, любые открытия более раннего наличия эукариотов на Земле будут подтверждать данную гипотезу.
Если же таких открытий так и не состоится, то придется признать гипотезу искусственного происхождения жизни. Тем более, что я ведь не открою жуткую тайну, если скажу, что происхождение ядра тоже выглядит симбиотическим. Только, на мой взгляд, не серьезно искать источник этого ядра среди прокариот, ибо именно специфическая организация ДНК эукариот - одно из наиболее резких отличий эукариот (ДНК+белок, организация в хромосомы, коньюгация и т.д.)... Вот посмотрите – митохондрия имеет симбиотическое происхождение – и что мы наблюдаем? А то, что в митохондрии очень легко угадывается бактерия! А что «угадывается» в ядре?
Или, например, предполагается, что плазмиды в клетках бактерий – бывшие генетические паразиты, возможно, вирусного происхождения... Ну так они и похожи на них. А именно, плазмида – это просто нить ДНК. А теперь опять посмотрим на клеточное ядро... Ну и на что похожи хромосомы?..
В общем, такое ощущение, что внутрь некоей конструкционной заготовки просто "всунули" кусок генетической информации абсолютно неизвестного происхождения :wink:
Именно поэтому я и считаю, что подобная столь специфическая организация генетического аппарата должна была формироваться такой именно с самого начала.
Поэтому третий вариант - "сползания в кучу" прокариот - я серьезным не считаю.

Впрочем, я уверен, что всё, о чем я сейчас написал, уже давно высказано кем-то. Ну что же, в таком случае, я просто присоединяюсь к этому «кому-то»

ЭПосмотрите в PubMed статьи PMID: 15383908, 12050816.
Кстати, жалко, что Вы в своей статье совершенно не цитируете современные работы по этому вопросу, в частности, Th. Cavalier-Smith. Есть, например, целый номер журнала с кучей интересного на тему: http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.asp?id=j67523568675 И вот только что вышел еще один:
http://www.journals.royalsoc.ac.uk/link.asp?id=v83hw24023k1
Кстати, в последнем есть автор из лагеря "кустов"

Спасибо за интересные ссылки. Буду их изучать. Интересная ведь тема!

А следы кислородной катастроффы есть и ещё какие - 21% кислорода в атмосфере - эт же всё должно было появится когда-то, поскольку понятно, что кислорода в свободном виде на первичной Земле не было...

DNAoidea. Здесь ключевое слово - не "кислородная", а "катастрофа"  
Я согласен, что весь современный кислород - продукт деятельности автотрофных организмов. Но что это была именно КАТАСТРОФА...  :lol: Я категорически не согласен  :lol:
Я был бы согласен с этим термином, если бы она разразилась... ну например, в течение 1 млн. лет...
Но постепенное накопление кислорода в течение 2 млрд. лет... Как-то не тянет это на катастрофу  :lol: Я бы назвал это, скорее - медленная эволюция химического состава атмосферы  :lol:
Или я чего-то не знаю? Может, там что-то перевернулось на земле? Что-то я такое вроде где-то читал... что внутренние слои земли всплыли... какие-то погрузились... В этом дело?

P.s.:

(в принцыпе "отец-эгоист" некие приемущества имеет перед альтруистом.)

Нет. Не имеет. Тут в ветке "Об автоэволюции" я скидывал свою статью, где вводил эти названия и рассуждал о фундаментальных стратегиях. Если Вам интересно, то можете посмотреть. Только сразу предупреждаю, что статья огромная. Кстати, я сейчас уже не согласен с самим собой в этой статье именно по поводу "отцов-эгоистов/альтруистов". Что делать... Время идет, взгляды меняются. Сейчас я думаю, что Маклиод с Пьянкой конкретно накосячили в r,K-стратегиях...

Азазель! По поводу ОТО и "отцов-эгоистов" я Вам отвечу в ветке "Научный креационизм vs научный атеизм"... А то тут народ протестует против оффтопика Ок?

[Tinkoff]

Имперор

/Кстати, я считаю, что в гипотезу вполне можно верить. /

Верить можно в Бога.

/ В этом нет ничего плохого./

Это просто невозможно.

[Imperor]

Имперор
/Кстати, я считаю, что в гипотезу вполне можно верить. /
Верить можно в Бога.
/ В этом нет ничего плохого./
Это просто невозможно.

Ок, Азазель. Тогда давайте определимся с терминами. Что такое:
1. Вера.
2. Убежденность.
3. Доказательство.

[DNAoidea]

Ладно, с отцами-эгоистами разберёмся там, а в конечном счёте все зависти от условий обитания и стратегий размножения - много потомства или мало.
А вот эукариотами происходит следующая штука:
1. ядро
2. цитоскелет (1)
3. внутриклеточные мембранны (2)
4. опероны
5. интроны
6. два типа деления клеток (3)
Это - самые центральные вещи, далее можно поставить:
2.1 строение рибосом
2.2 строение полимераз
Каким образом эти признаки влияют на организацию существ - не знаю, может быть, что их разделение - эволюционный "сильный" шум или же "выкристализовывание" из общей массы разнородных (и не всегда также эффективных как и эти) объектов.
Далее мжно поставить признаки, которые есть и там и там, но у прокариот они только в "зачаточном" виде:
3.1 ДНК намотана на гистоны (аналог одно из гистонов - тот что находится между нуклеозомами - есть у бактерий)
3.2 Геном состоит из множества линейных молекул ДНК.(учение об одной кольцевой хромосоме бактерий не верно - у них иногда бывает множество хромосом, в том числе и линейных)
 _________
(1) - белки аналоги актина есть и у бактерий.
(2) - у цианобактерий такое тоже есть, и в принцыпе образование подобных вещей не столь уж сложно в процесс эволюции - достаточно только локально изменить состав мембранны.
(3) - следствие диплоидности эукариот и слияния их клеток.
___________________________

Интроны и опероны на мой взгляд - противоположные друг другу вещи: опероны - видимо крайняя стадия конденсаци кодирующих участков, тогда как интроны - видимо результат размножения транспозонов или вобще следы тех времён, когда пре-нуклеиновые кислоты толком не несли информации и только на отдельных их мелких участках случайно возникало что-то подобное.
Ядро не может быть прокариотом поселившимся в другом прокариоте из-за строения своих мембранн - то что она у него двойная результат глубок зашедшей инвагинации, а не той же природы что и у митохондрий - это наглядно видно из строения ядерных пор.
Кроме того, и у архей и у прокариот и у эукариот есть множество единных механизмов таких как репарация НК, генетический код, строение тРНК, полуконсервативность синтеза ДНК и т. д. И наконец - эукариоты не произошли от прокариот - они произошли от чего-то близкого а современных археям, которое было из всех тогдашних организмов наиболее близко к общему предку всех живых организмов - но это была самая полноценная клетка, которая могла существовать вместе с другими неопределённо долго, поэтому никаких эукариот возрастом в 3 млрд лет чтобы избежать "чудес" (не "обычное" появление жизни) не требуется.
А вот почему в кислородной атмосфере все должны дышать - я не понял - ведь всегда есть некие уголки биосферы, где кислорода будет мало или не будет совсем - благодаря этому живут нынешние анаэробы.