paleoforum.ru

Обещанная кладограмма

П.С.
Кладограмма на основе  морфологических данных, но "подогнана" под молекулярные

А что-то у него Jennaria где-то у чёрта на рогах? Почему он её так далеко отвёл от аннелид?

>А что-то у него Jennaria где-то у чёрта на рогах? Почему он её так далеко отвёл от аннелид?

А кто его знает!  

Есть такие правила филогенетической номенклатуры
http://www.ohiou.edu/phylocode/
Они официальные или нет?

Филокод не является официальным сводом правил. К счастью  

А чем он плох? Или Вы, вообще, противник излишней формализации?

Чем плох? Да всем! Отрицание категорий, привязка системы к кладограмме (которая може оказаться нестабильной), редукция многих номенклатурных понятий. Короче - путь к анархии. К счастью, филокод сейчас не поддерживают многие молекулярщики, т.к. их позиции еще более радикальные.

Evolutionary sequence analysis of complete eukaryote genomes
Jaime E Blair, Prachi Shah and S Blair Hedges
http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-6-53.pdf

Неизвестный представитель Arthropoda из анаэробной зоны Черного моря. Сергеева Н. Г. — Описано ранее неизвестное многоклеточное животное, обнаруженное в донных осадках сероводородной зоны Черного моря на глубине 2120 м. Животное обладает рядом морфо-анатомических признаков, свидетельствующих о принадлежности к типу Arthropoda, но не позволяющих отнести его к какому-либо из известных классов. Отсутствие достаточно большой выборки материала (имеется лишь одна особь) на данном этапе исследования не позволяет сделать окончательный вывод о статусе описанного организма в системе животного царства. Экземпляр животного под названием «Форма 14» хранится в отделе экосистем шельфа Института биологии южных морей НАН Украины (г. Севастополь).
Ключевые слова: Arthropoda, мейобентос, анаэробная зона, Черное море.
http://v-zool.kiev.ua/tocs/ab39-4.htm#8

Заметка про трихоплакса
http://www.ecolevol.de/pubs/2004/Voigt-etal_Current_Bio.pdf
Пишут на основании генетического анализа, что объединять все популяции в один вид Trichoplax adhaerens нельзя.
И сближают его не с книдариями, а с гребневиками.

Гипотеза о хоанофлагеллятах, как вторично упрощённых потомках губок
http://www.ceab.csic.es/~maldonado/INV-BIOL-04.pdf

Очередная молекулярная кладограмма:
Bilaterian phylogeny based on analyses of a region of the sodium-potassium ATPase beta-subunit gene
Anderson FE, Cordoba AJ, Thollesson M
JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION 58 (3): 252-268 MAR 2004
   Abstract: Molecular investigations of deep-level relationships within and among the animal phyla have been hampered by a lack of slowly evolving genes that are amenable to study by molecular systematists. To provide new data for use in deep-level metazoan phylogenetic studies, primers were developed to amplify a 1.3-kb region of the alpha subunit of the nuclear-encoded sodium-potassium ATPase gene from 31 bilaterians representing several phyla. Maximum parsimony, maximum likelihood, and Bayesian analyses of these sequences (combined with ATPase sequences for 23 taxa downloaded from GenBank) yield congruent trees that corroborate recent findings based on analyses of other data sets (e.g., the 18S ribosomal RNA gene). The ATPase-based trees support monophyly for several clades (including Lophotrochozoa, a form of Ecdysozoa, Vertebrata, Mollusca, Bivalvia, Gastropoda, Arachnida, Hexapoda, Coleoptera, and Diptera) but do not support monophyly for Deuterostomia, Arthropoda, or Nemertea. Parametric bootstrapping tests reject monophyly for Arthropoda and Nemertea but are unable to reject deuterostome monophyly. Overall, the sodium-potassium ATPase alpha-subunit gene appears to be useful for deep-level studies of metazoan phylogeny.

Опять сомнения относительно монофилии артропод. Впрочем, действительно исходные конечности ракообразных по типу "бранхиоподных" лопастей не вписываются в лобоподии онихофор.

А что это там за проблемы с монофилией вторичнортых :?:

А вот ещё одна статья (тоже нет бесплатного доступа в и-нете   )
Molecular Biology and Evolution 2005 22(5):1246-1253
Multigene Analyses of Bilaterian Animals Corroborate the Monophyly of Ecdysozoa, Lophotrochozoa, and Protostomia

Hervé Philippe, Nicolas Lartillot and Henner Brinkmann

Canadian Institute for Advanced Research and Département de Biochimie, Université de Montréal, Montréal, Québec, Canada

Almost a decade ago, a new phylogeny of bilaterian animals was inferred from small-subunit ribosomal RNA (rRNA) that claimed the monophyly of two major groups of protostome animals: Ecdysozoa (e.g., arthropods, nematodes, onychophorans, and tardigrades) and Lophotrochozoa (e.g., annelids, molluscs, platyhelminths, brachiopods, and rotifers). However, it received little additional support. In fact, several multigene analyses strongly argued against this new phylogeny. These latter studies were based on a large amount of sequence data and therefore showed an apparently strong statistical support. Yet, they covered only a few taxa (those for which complete genomes were available), making systematic artifacts of tree reconstruction more probable. Here we expand this sparse taxonomic sampling and analyze a large data set (146 genes, 35,371 positions) from a diverse sample of animals (35 species). Our study demonstrates that the incongruences observed between rRNA and multigene analyses were indeed due to long-branch attraction artifacts, illustrating the enormous impact of systematic biases on phylogenomic studies. A refined analysis of our data set excluding the most biased genes provides strong support in favor of the new animal phylogeny and in addition suggests that urochordates are more closely related to vertebrates than are cephalochordates. These findings have important implications for the interpretation of morphological and genomic data.

Molecular evidence that phoronids are a subtaxon of brachiopods (Brachiopoda : Phoronata) and that genetic divergence of metazoan phyla began long before the early Cambrian
Cohen BL, Weydmann A
ORGANISMS DIVERSITY & EVOLUTION 5 (4): 253-273 2005

Abstract: Concatenated SSU (18S) and partial LSU (28S) sequences (similar to 2 kb) from 12 ingroup taxa, comprising 2 phoronids, 2 members of each of the craniid, discinid, and lingulid inarticulate brachiopod lineages, and 4 rhynchonellate, articulate brachiopods (2 rhynchonellides, 1 terebratulide and 1 terebratellide) were aligned with homologous sequences from 6 protostome, deuterostome and sponge outgroups (3964 sites). Regions of potentially ambiguous alignment were removed, and the resulting data (3275 sites, of which 377 were parsimony-informative and 635 variable) were analysed by parsimony, and by maximum and Bayesian likelihood using objectively selected models. There was no base composition heterogeneity. Relative rate tests led to the exclusion (from most analyses) of the more distant outgroups, with retention of the closer pectinid and polyplacophoran (chiton). Parsimony and likelihood bootstrap and Bayesian clade support values were generally high, but only likelihood analyses recovered all brachiopod indicator clades designated a priori. All analyses confirmed the monophyly of (brachiopods + phoronids) and identified phoronids as the sister-group of the three inarticulate brachiopod lineages. Consequently, a revised Linnean classification is proposed in which the subphylum Linguliformea comprises three classes: Lingulata, 'Phoronata' (the phoronids), and 'Craniata' (the current subphylum Craniiformea). Divergence times of all nodes were estimated by regression from node depths in non-parametrically rate-smoothed and other chronograms, calibrated against palaeontological data, with probable errors not less than 50 My. Only three predicted brachiopod divergence times disagree with palaeontological ages by more than the probable error, and a reasonable explanation exists for at least two. Pruning long-branched ingroups made scant difference to predicted divergence time estimates. The palaeontological age calibration and the existence of Lower Cambrian fossils of both main brachiopod clades together indicate that initial genetic divergence between brachiopod and molluscan (chiton) lineages occurred well before the Lower Cambrian, suggesting that much divergence between metazoan phyla took place in the Proterozoic.

Типичная молекулярная "филогенетическая химия", в результате которой форониды отнесены к одному из подтипов брахиопод. И главная проблема теперь, каковы синапоморфии брахиопод в целом и Linguliformea в частности?