paleoforum.ru

Imperor,
А может дело только в том, что это НОВЫЕ гены на терретории.

Цитата: "Ромашишка1971"Ну так, объясните нам, заблудшим овцам эволюции.

Не могу, Ромашишка1971. Рад бы, да не могу :cry: Потому что в настоящий момент копирую Ваш стиль ответов, и буду копировать Ваш стиль еще на протяжении двух страниц (в воспитательных целях).
Поэтому в соответствии с "законами жанра", в ответ на просьбу объяснить, я должен, во-первых, отправить Вас по какой-нибудь не относящейся к делу ссылке,  например, сюда:
http://ru.wikipedia.org/wiki/
а во-вторых, продолжая "играть в футбол", посоветовать Вам (для понимания моих аргументов) перечитать букварь и учебник популяционной генетики.

Цитата: "Юлия"Imperor,
А может дело только в том, что это НОВЫЕ гены на терретории.

Может быть и так, а может, и нет. Во-всяком случае, наблюдая за аналогичным поведением людей, можно видеть, что новый мужчина всегда привлекает повышенное внимание противоположного пола в замкнутых обществах (например, в деревне). Однако безоглядно вступать с ним в близкие отношения (без предварительной оценки его качеств) - женщины все-таки не спешат.

Цитата: "Imperor"Не могу, Ромашишка1971. Рад бы, да не могу Crying or Very sad Потому что в настоящий момент копирую Ваш стиль ответов, и буду копировать Ваш стиль еще на протяжении двух страниц (в воспитательных целях).

Жаль, нехорошо бросать заблудших овец на произвол судьбы!
А то бы дали выдержку из текста, буквально пару предложений.
Вот мол, с этого места, там и там не подходит мне труд "Department of Biology, University of California".
А мы уж, соберём волю в кулак, засядем за умные книжки, глядишь и прозреем.

*****

P.S.

А то у меня такое подозрение закралось, что Вам сказать нечего.  

Цитата: "Ромашишка1971"А то бы дали выдержку из текста, буквально пару предложений.

А может, Вам лучше САМОМУ "дать выдержку из текста, буквально пару предложений" (а еще лучше - перевести, хотя бы, резюме) если ВЫ И ДАЕТЕ эту ссылку.
Какой все-таки у нас веселый человек - Ромашишка1971 - в ответ на просьбу обосновать утверждение, дает ссылку на статью на американском языке величиной в 10 страниц, БЕЗ каких-либо пояснений. А потом еще и имеет наглость требовать цитат, пояснений и переводов ЭТОЙ ссылки от своего оппонента :shock:
А вот если бы Ромашишка1971 в свое время прочитал букварь, а заодно и правила хорошего тона при ведении дискуссии, он бы такой наглости себе бы не позволял.

Цитата: "Imperor"
1. Очевидно, что в подобной ситуации роль приспособленности какого-то одного конкретного аллеля (из перечисленных) оказывается практически неважной. На первое место (по важности) выходит фактор: удачное/неудачное сочетание (большее или меньшее) полезных признаков в конкретном индивидууме.

вообще-то это совсем не очевидно, более того, оно просто противоречит вашему более раннему определению что каждый признак по отдельности даёт преимущество 1-3%
Ромашишка1971 - я там поправил, извените.
Кстати, у меня етсь другое объяснение почему Имперор так не любит половой отбор - учитывая то, как часто он говорит о привлекательности женщин, может он был как раз этим-то отбором и обойдён? :roll:

Вообще, я тут подумал - дилемма Холдейна, возможно, действительно, устарела в том плане, что её давно можно было бы запрограммировать (программа не должна быть слишком сложной) и просто посмотреть, что там получается при разных входных параметрах.

Цитата: "Imperor"Вообще, я тут подумал -  

Ну так, и подумали уже, и запрограммировали.
Вы только-что это видели.
Что именно Вам там не понравилось, в резюме или в самой статье?
Можно от Вас добиться вразумительного ответа?  :?:
Я всю статью прочитал, или Вам, что всю её тут в переводе написать!?  

Цитата: "Ромашишка1971"Ну так, и подумали уже, и запрограммировали.
В только-что это видели.
Что именно Вам там не понравилось, в резюме или в самой статье?
Можно от Вас добиться вразумительного ответа?  :?:
Я всю статью прочитал, или Вам, что всю её тут в переводе написать!?  

Там сколько независимых признаков одновременно отбираются?

ЦитироватьТам сколько независимых признаков одновременно отбираются?

От двух до семи!
И прежде, чем мне отвечать(очевидно, что вы имеете ввиду 20 признаков), потрудитесь пролистать до той страницы(обозначена как 189), где опубликованы графики( ), и почитать к этому графику пояснения. Если будут затруднения, то я переведу наиболее интересные места или любые другие, которые укажете.
И полезно будет прочесть заключение, там просто ну очень много приятных вещей.  

Давайте, сделаем свою  программу для моделирования отбора аллелей  в диплоидной популяции. Я думаю, она может быть достаточно прозрачной и несложной. Надо только модель согласовать. И время выкроить, то есть,  сразу не обещаю.
Я себе так представляю алгоритм:
Генерируем популяцию -  X особей. Некоторые аллели в заданном количестве и с заданным признаком доминантности  создаём с заданным эффектом повышенной приспособленности особи. Затем особи попарно скрещиваются случайным образом, создавая от пары по 4  потомка (или заданное количество) . Каждый потомок получает в каждом локусе с равной вероятностью один из двух аллелей каждого из своих родителей. Затем из 2X особей до этапа следующего размножения доживает X (действует отбор). Особи выживают с вероятностью, пропорциональной качеству их генома. Затем итерация размножение-отбор повторяется. Фиксация аллеля по Холдейну - это, вроде бы, полное вытеснение альтернативного аллеля? Тогда  определяем число поколений до этого момента.
Принимаются поправки и уточнения.

Цитата: "Игорь Антонов"Я себе так представляю алгоритм:
Генерируем популяцию -  X особей. Некоторые аллели в заданном количестве и с заданным признаком доминантности  создаём с заданным эффектом повышенной приспособленности особи. Затем особи попарно скрещиваются случайным образом, создавая от пары по 4  потомка (или заданное количество) . Каждый потомок получает в каждом локусе с равной вероятностью один из двух аллелей каждого из своих родителей. Затем из 2X особей до этапа следующего размножения доживает X (действует отбор). Особи выживают с вероятностью, пропорциональной качеству их генома. Затем итерация размножение-отбор повторяется. Фиксация аллеля по Холдейну - это, вроде бы, полное вытеснение альтернативного аллеля? Тогда  определяем число поколений до этого момента.

Да, всё хорошо.
Только, имхо, легче будет отталкиваться не от смертности, а от допуска к размножению:
1. Перед следующей итерацией программа случайным образом отбирает половину особей (из имеющихся), которые будут размножаться.
2. Фактор случайности можно реализовать так - для каждой особи выполняется random(1,100). Если сгенерировалось число меньше 50, то особь к размножению не допускается, если - больше 50, то допускается.
3. Сразу после генерации случайного числа дополнительно выполняется "спасбросок" на сумму, равную сумме приспособленностей аллелей. Например, если выпало число 45 для особи, содержащей 10 положительных аллелей, то, в случае, если каждый аллель прибавляет 1% приспособленности, итоговое число получается 55, т.е. особь к размножению допускается. Если же, например, выпало 35, то в итоге 35+10=45 - особь всё равно к размножению не допускается.
4. Как только программа рандомно отберет для размножения половину от имеющихся особей, отбор прекращаются, и из отобранных особей генерируются гаметы.
5. После этого всё старое поколение уничтожается, а из гамет генерируется новое поколение.

И еще. Начинать модель надо всё же с появления "+" аллелей. Т.е. случайным образом генерируется поколение (например, 1000 особей), и по этой тысяче "размазываются" случайным образом по одному "+" аллелю для каждого локуса.

Хорошо, я сделаю в ближайшие дни первый прототип. Тогда посмотрим, обсудим и поправим, если надо будет.

Цитата: "Ромашишка1971"От двух до семи!
И прежде, чем мне отвечать(очевидно, что вы имеете ввиду 20 признаков), потрудитесь пролистать до той страницы(обозначена как 189), где опубликованы графики( ), и почитать к этому графику пояснения

От двух до семи - действительно, очень мало. При числе разных аллелей - 20, пусть данная модель и показывает значительное расхождение, но для эволюции всё равно нет разницы, за триллион лет, или за 100 млн. лет отберутся все эти аллели.

ЦитироватьИ полезно будет прочесть заключение, там просто ну очень много приятных вещей.  

Возможно. Но, к сожалению, я крайне осторожно отношусь к тем компьютерным моделям, которые показывают серьезное расхождение с соответствующими математическими расчетами. Математика - это наука, созданная не только для развлечения, но еще и для реальных прогнозов событий. Серьезное расхождение с математическими выкладками почти наверняка говорит о том, что где-то в данной компьютерной модели закралась ошибка.

По поводу "половинности цены вредных мутаций" и "двойной цены полезных". Я по-прежнему жду от Вас пояснений данной чрезвычайно интересной мысли. Несмотря на то, что автор этой идеи пишет "это очень простая мысль", я до сих пор не могу понять, как такое может быть. Поясните пожалуйста.
Для облегчения пояснения приведу несколько примеров.
Допустим, у нас есть 10 локусов, в которых могут находиться либо обычные аллели (-), либо улучшенные (+). Рассмотрим четыре конкретных особи:

1)  - - + + + + + + + +  (общая приспособленность +8 )              
2)  + + + + + + + + - -  (общая приспособленность +8 )

3) + + - - - - - - - - - -  (общая приспособленность +2; или (относительно среднеприспобленной особи) -3 )                      
4) - - + + + + + + + +  (общая приспособленность +8; или (относительно среднеприспособленной особи) +3 )

Как видим, в случае двух верхних примеров, генотипы этих особей зеркально симметричны - их приспособленность (особей №1 и №2) совершенно одинакова (в обоих случаях имеется одинаковое число "+"). Таким образом, например, фиксация двух положительных левых аллелей в случае размножения особи №2 может произойти ровно с той же вероятностью, с какой вылетят из популяции эти же положительные аллели в случае размножения особи №1.
Другой пример симметрии мы наблюдаем и в случае двух нижних примеров. Вылетание двух левых положительных аллелей в связи с гибелью плохо приспособленной особи №3 (относительно "среднеприспособленной особи" (+5)) произойдет ровно с той же вероятностью, что и сохранение в популяции двух отрицательных левых аллелей в связи с размножением хорошо приспособленной особи №4 (относительно той же "среднеприспособленной особи").

Впрочем, у меня такое ощущение, что скоро мы перестанем гадать, и ознакомимся с русскоязычной компьютерной моделью дилеммы Холдейна:

Цитата: "Игорь Антонов"Хорошо, я сделаю в ближайшие дни первый прототип. Тогда посмотрим, обсудим и поправим, если надо будет.

Вообще, это замечательная идея - давно надо было это сделать.

Цитата: "Imperor"

По поводу "половинности цены вредных мутаций" и "двойной цены полезных". ...
Допустим, у нас есть 10 локусов, в которых могут находиться либо обычные аллели (-), либо улучшенные (+).

1)  - - + + + + + + + +  (общая приспособленность +8 )              
2)  + + + + + + + + - -  (общая приспособленность +8 )

Как видим, .... генотипы этих особей зеркально симметричны - их приспособленность (особей №1 и №2) совершенно одинакова (в обоих случаях имеется одинаковое число "+"). Таким образом, например, фиксация двух положительных левых аллелей в случае размножения особи №2 может произойти ровно с той же вероятностью, с какой вылетят из популяции эти же положительные аллели в случае размножения особи №1.
.

Устраиваем им случку:
1)  - - + + + + + + + +  (общая приспособленность +8 )  
Х   2)  + + + + + + + + - -  (общая приспособленность +8 )  =

1)   - - ++++++ ++(общая приспособленность +8 )
2)   - - ++++++ - +(общая приспособленность +7 )
3)   - - ++++++ +- (общая приспособленность +7)
4)   - - ++++++ - - (общая приспособленность +6 )
5)  + - ++++++ ++(общая приспособленность +9 )
6)  +- ++++++ - +(общая приспособленность +8 )
7)  +- ++++++ + - (общая приспособленность +8 )
8 )  +- ++++++ - - (общая приспособленность +7 )
9)   - + ++++++ ++(общая приспособленность +9 )
10) - + ++++++ - + (общая приспособленность +8 )
11) - + ++++++ + - (общая приспособленность +8 )
12) - + ++++++ - - (общая приспособленность +7 )
13) ++ ++++++ ++(общая приспособленность +10 )
14)++ ++++++ - +(общая приспособленность +9 )
15)++ ++++++ + - (общая приспособленность +9 )
16)++ ++++++ - - (общая приспособленность +8 )

Итого шешнадцать потомков.
Вступает в игру Его Величество Отбор, который гласит: "Выжить и дать потомство должно такое количество потомков, сколько было родителей, бо ниша экосистемы не резиновая. Убью-ка я дохленьких..."
И Его Величество Отбор без сомнений убивает особь №1,2,3,4,6,7,8,10,11,12,16,  безусловно оставляет жить особь №13, а среди особей №5, 9,14, 15  устраивает русскую рулетку, ибо "Боливар не вынесет двоих"(с), тобишь четверых, нужны тоько двое... Такой он жестокий и гадкий, Его Величество Отбор.
Во втором поколении сами посмотрите чё получица :lol:

Биология, кажись 9 класс. Читали? Рекомендую. Как прочтете, свой второй пример сами разберете.