paleoforum.ru

Alexeyy. Есть учебник по биологической статистике "Биометрия", там всё очень понятно написано. Найти его думаю несложно и в сети.

Цитата: "DNAoidea"
прочитал... только во-первых оценивать функциональность только по тому где сидят транспозоны как-то слабова-то - потому как они тоже могут дублировать одни и те же функции,

Не понял.

Цитата: "DNAoidea"во-вторых, его подход к червям в духе линеевской классификации смешон, в-третьих, количество видов, которые он взял оно исчезающе мало и нерепрезентативно, да и куда делись инфузории с их 25 тыс. генов? Как можно сравнивать эубактерий вместе в эукариотами, если это совершенно разные ветви, разошедшиеся примерно 3. млрд. лет назад? Растения он не включает ссылаясь на технические трудности, но лучше сказать, наверное, что они портят картину... так что извените, дорогой Шаров, но это не серьёзно.

Прочитайте внимательно статью  :evil:.  И не нужно считать Кунина с Мушегяном идиотами.

Цитата: "ivank"

Цитата: "DNAoidea"
прочитал... только во-первых оценивать функциональность только по тому где сидят транспозоны как-то слабова-то - потому как они тоже могут дублировать одни и те же функции,

Не понял.

не достаточен такой подход для отделений мух от котлет - то биш функциональной, от нефункциональной.

Цитата: "DNAoidea"Прочитайте внимательно статью  :evil:.  И не нужно считать Кунина с Мушегяном идиотами.

а кто-то считает? просто слишком слабый и выборочный анализ для подобной темы. потому и несерьёзно.

ivank. Извините уж что влазию, но в чём нельзя обвинить DNAoidea, так это в том, что он кого-то недооценивает. Если Вы не считаете идиотами нас, то поймёте, что альтернативная точка зрения это не значит, что все другие идиотские. Впрочем Азазель вас поймёт.

Цитата: "ivank"
Я извиняюсь, а Вы эту статью читали?

Не читал. Удивлен, что что-то подобное уже опубликовано. Спасибо за ссылку!
Да - экспонента получше получается. (Не только и для функционально не избыточных участков). В прикрепленном файле привожу одновременно и экспоненты (штриховая линия) и гиперболу (сплошная). Для экспоненты среднеквадратичное отклонения получается равным 241, а для гиперболы - 289. А относительное (по отношению к длине генома в приведенных точках) среднеквадратичное отклонение для экспоненты ещё лучше чем для гиперболы и равно 1,7, а для гиперболы - аж 16,7.
Но раньше думали, что народонаселение планеты тоже по экспоненте растет.

Цитата: "Комбинатор"
И точек на кривой у меня раза в два побольше, чем, возможно, и объясняется тот факт, что у меня кривая больше похожа на гиперболу, чем на экспоненту

Ой! У меня, вроде, как раз с точностью до наоборот! Использовал те же самы точки... Мда... Что-то не то...

Цитата: "DNAoidea"
так что извените, дорогой Шаров, но это не серьёзно

Склонен с Вами согласиться: у Комбинатора - получше :>)

Цитата: "ivank"
Гм, а почему я не смог вставить картинку?

Может, слишком большой размер файла был? Я, обычно, прежде, чем вставить картинку меняю её формат в "Паинте" на самый маленький формат gif. Правда, цвета при этом исчезают. Но зато размер - крошечный.

   Я вот тут подумал проверить на гиперболичность рост количества царств и типов и сравнить с динамикой роста генома. Не подскажет ли кто как выше приводимые данные о минимальной длине генома "переложить" на существующие царства?
   На сколько знаю (судя по Википедии), существуют следующие царства:  животные, растения, грибы, бактерии, простейшие, археи (может, что-то пропущено?).
Вот не соображу... можно ли соотнести время появления царства животных с датой 2,7-3 появления одноклеточных? Аналогичный вопрос для архей: археобактерии (3,8-4,2) и археи - это одно и то же? Какие есть ещё аналогичные совпадения?

Не подскажет ли кто какие вообще существуют типы (судя по Википедии - их несколько десятков)?
Некоторые из них - это

1)позвоночные,
2)членистые,
3)моллюски,  
4)лучистые (Это, случайно, не то же самое, что и плеченогие?).

Может, кто-нибудь может продолжить список? Или, может, где-то ссылка в интернете есть?
Не подскажете, ниже следующее тоже к типам относится?

Губки (Porifera, Spongia)
Кишечно-полостные (Coelenterata)
Плоские черви (Planthelminthes)
Немертины (Nemertini)
Камптозои (Kamptozoa)
Круглые черви (Nemathelminthes)
Приапулиды (Priapulida)
Кольчатые черви (Annelida)
Плеченогие (Brachiopoda)
Мшанки (Bryozoa)
Форониды (Phoronoidea)
Иглокожие (Echinodermata)
Щетинкочелюстные (Chaetognatha)
Полухордовые (Hemichordata)
Хордовые (Chordata)

Цитата: "Дж. Тайсаев"Alexeyy. Есть учебник по биологической статистике "Биометрия", там всё очень понятно написано. Найти его думаю несложно и в сети.

Спасибо!
Еслди кому надо, то скачать можно здесь: http://bookam.net/author/lakin_g__f_.html

Цитата: "DNAoidea"

Цитата: "ivank"Прочитайте внимательно статью  :evil:.  И не нужно считать Кунина с Мушегяном идиотами.

а кто-то считает? просто слишком слабый и выборочный анализ для подобной темы. потому и несерьёзно.

Кунин явно несерьезную работу в свой журнал бы не пропустил. А про "слабость" и выборочность анализа автор объяснял в полемике с рецензентами.

Для того чтобы сравнивать работу Шарова с аналогичными, нужно вначале сформулировать их задачи. У Шарова две задачи:
1) проверить, работает ли в геномике аналог закона Мура
2) проверить, не превышает ли экстраполяционное время появления генома 4 (а еще лучше 6) млрд. лет.

Шаров понимает, что оценки размера генома и времени появления будут неточными. Поэтому при прочных равных обстоятельствах отдает предпочтение тем данным, которые делают экстраполяционное время появления генома более ранним (т.е. более консервативную оценку). У него получается, что даже консервативная оценка превышает 6 млрд. лет.

Цитата: "DNAoidea"

Цитата: "ivank"

Цитата: "DNAoidea"
прочитал... только во-первых оценивать функциональность только по тому где сидят транспозоны как-то слабова-то - потому как они тоже могут дублировать одни и те же функции,

Не понял.

не достаточен такой подход для отделений мух от котлет - то биш функциональной, от нефункциональной.

Почему недостаточен? Он завышает или занижает оценку? Какова альтернатива?

Цитата: "DNAoidea"во-вторых, его подход к червям в духе линеевской классификации смешон

На момент написания статьи были секвенированы геномы нескольких круглых червей и ни одного плоского или кольчатого. Та же ситуация с модельными организмами. Поэтому в статьях часто под червями подразумевают только круглых червей и это не вызывает недоразумений.

Другой вопрос, можно ли переносить данные о размере функционального генома нематоды на червеобразных трехслойных животных, оставивших норки более миллиарда лет назад. По-видимому, это следствие недостатка соответствующих палеонтологических данных. К тому же это, пожалуй, делает оценку времени возникновения генома более консервативной (древние "червеообразные" обладали, наверное, меньшим функциональным геномом).

Цитата: "DNAoidea"в-третьих, количество видов, которые он взял оно исчезающе мало и нерепрезентативно,

Так же как в случае компьютерного закона Мура, Шаровым учитываются лишь самые "успешные" случаи - виды (таксоны) с максимальным (на момент своего возникновения) размером функционального генома.
Например,

ЦитироватьThere is just one point corresponding to prokaryotes in Fig. 1, and there is, indeed, an excellent reason for that: we have no evidence whatsoever that the maximum genome size of prokaryotes increased during that enormous time span or in the time elapsed since.

Цитата: "DNAoidea"да и куда делись инфузории с их 25 тыс. генов?

ЦитироватьAlthough there is abundant information on the size of genomes in contemporary prokaryotes and unicellular eukaryotes [21], most of it is not suitable for assessing the genome size of their early ancestors because the majority of these organisms had already increased their genome size since the origin of first prokaryotes and eukaryotes. Thus we were interested in the most primitive representatives of these groups.

Цитата: "DNAoidea"Как можно сравнивать эубактерий вместе в эукариотами, если это совершенно разные ветви, разошедшиеся примерно 3. млрд. лет назад?

ЦитироватьI have addressed this problem in discussion by estimating the average rate of increase in genome complexity in Archaea and Eubacteria which appear lower than the rate of complexity increase in eukaryotes. Then I discuss 2 possible scenarios: (a) initial rates of complexity increase in prokaryotes were similar to those observed in eukaryotes and then slowed down due to organization constraints, or (b) rates of complexity increase in prokaryotes were always slower than in eukaryotes. With scenario (a), the expected origin of life is ca. 10 billion years ago according to regression (Fig. 1), and with scenario (b), life originated even earlier than that. Thus, separate handling of prokaryotes and eukaryotes does not bring the predicted date of life origin closer to present.

Цитата: "DNAoidea"Растения он не включает ссылаясь на технические трудности, но лучше сказать, наверное, что они портят картину... .

Цитироватьfunctional non-redundant genomes in plants did not increase as fast as in vertebrates, and our goal was to trace the genomes in best performing groups of organisms. For example, the functional genome in Arabidopsis thaliana is ca. 3 times smaller and has more redundancy than in mammals [26], but flowering plants appeared simultaneously with mammals ca. 125 million years ago [27].

Цитата: "Alexeyy"
Может, слишком большой размер файла был? Я, обычно, прежде, чем вставить картинку меняю её формат в "Паинте" на самый маленький формат gif. Правда, цвета при этом исчезают. Но зато размер - крошечный.

А тэгами вставить картинку в текст, я так понял, нельзя?

Цитата: "Комбинатор"
Основное различие в том, что я рассматривал не "функционально неизбыточный" размер генома (ибо в этом вопросе, на сколько я понимаю, до сих пор нет полной ясности), а просто самый маленький геном в пределах одного класса, предпологая, что его избыточность минимальна.

Шаров так тоже делает, но только для тех таксонов, в которых может идти отбор на уменьшение размера генома (прокариоты и паразитические эукариоты) и для которых есть соответствующие данные по геномам и времени появления. У млекопитающих же, например, даже самый маленький геном будет содержать значительный процент явно нефункционального материала (хотя бы те же мобильные элементы).

Цитата: "Alexeyy"Вот не соображу... можно ли соотнести время появления царства животных с датой 2,7-3 появления одноклеточных?

Думаю, нет.

Цитата: "Alexeyy"
Аналогичный вопрос для архей: археобактерии (3,8-4,2) и археи - это одно и то же?

Да, археобактерии и археи - это одно и то же

Цитата: "ivank"

Цитата: "Комбинатор"
Основное различие в том, что я рассматривал не "функционально неизбыточный" размер генома (ибо в этом вопросе, на сколько я понимаю, до сих пор нет полной ясности), а просто самый маленький геном в пределах одного класса, предпологая, что его избыточность минимальна.

Шаров так тоже делает, но только для тех таксонов, в которых может идти отбор на уменьшение размера генома (прокариоты и паразитические эукариоты) и для которых есть соответствующие данные по геномам и времени появления.

Не совсем понятно, почему отбор в эту сторону работает только для прокариот и паразитических эвкариот. Кстати, я как раз исключил из своей выборки паразитические виды, как организмы, явно уменьшившие размер своего генома на каком-то шаге эволюции.

Цитата: "ivank"
У млекопитающих же, например, даже самый маленький геном будет содержать значительный процент явно нефункционального материала (хотя бы те же мобильные элементы).

Согласен. С другой стороны, мы ещё слишком плохо понимаем, какие участки генома функциональны, а какие нет. Например, в последние годы появляется всё больше свидетельств об исключительной важности для эволюции именно мобильных элементов. Кроме того, есть участки ДНК, кодирующие микроРНК, "молчащие гены" и т.д. В общем, где кончается вода и начинается ребёнок пока, вроде, не вполне ясно. С другой стороны, здесь идёт скорее оценка с точностью до порядков величин, так что, различия в оценках (по итоговой длине ДНК, учитываемоей в расчётах), скажем, в 2 раза, по видимому, не влияют фатальным образом нак конечный результат.

Так что, на мой взгляд, мои оценки и оценки Шарова во многом совпадаюти в некотором смысле дополняют друг друга. Так, например, у меня получается для предпологаемого времени начала биологической эволюции цифры порядка 10-13 млрд. лет назад, что, в общем, неплохо согласуется с тем, что получается у Шарова да и у Панова.

Цитата: "Комбинатор"
Не совсем понятно, почему отбор в эту сторону работает только для прокариот и паразитических эвкариот.

Для паразитов понятно почему, а для прокариот - из-за большого эффективного размера популяции (незначителен дрейф генов, который может вызвать увеличение функционального генома - см. ссылку на Линча и Конери в статье) и быстрого размножения (длинные геномы сразу "отстают").

Цитата: "Комбинатор"Кстати, я как раз исключил из своей выборки паразитические виды, как организмы, явно уменьшившие размер своего генома на каком-то шаге эволюции.

Но размер их геномов сопоставим с размером первых представителей соотвествующих таксонов. Более того: геном паразитов, скорее всего, меньше. В результате получаем то, что надо - консервативную оценку времени появления первого генома (угол наклона прямой на графике увеличивается).

Цитата: "Комбинатор"Так что, на мой взгляд, мои оценки и оценки Шарова во многом совпадаюти в некотором смысле дополняют друг друга. Так, например, у меня получается для предпологаемого времени начала биологической эволюции цифры порядка 10-13 млрд. лет назад, что, в общем, неплохо согласуется с тем, что получается у Шарова да и у Панова.

А что сделал Панов? И где вообще начало дискуссии на эту тему на форуме?  

Цитата: "ivank"
Для паразитов понятно почему, а для прокариот - из-за большого эффективного размера популяции (незначителен дрейф генов, который может вызвать увеличение функционального генома - см. ссылку на Линча и Конери в статье) и быстрого размножения (длинные геномы сразу "отстают").

Понятно.
С другой стороны, простейшие (одноклеточные эвкариоты), вроде, тоже размножаются весьма быстро.

Цитата: "ivank"
Но размер их геномов сопоставим с размером первых представителей соотвествующих таксонов. Более того: геном паразитов, скорее всего, меньше. В результате получаем то, что надо - консервативную оценку времени появления первого генома (угол наклона прямой на графике увеличивается).

Ну, если говорить об оценке снизу, тогда да...

Цитата: "Комбинатор"
А что сделал Панов? И где вообще начало дискуссии на эту тему на форуме?  

Панов сделал оценку времени начала предбиологической эволюции, исходя из кривой смены парадигм развития в рамках теории универсальной истории.
См, например, вот эту его статью:
http://lnfm1.sai.msu.ru/SETI/koi/bulletin/24/1.1.html

Начало дискуссии на эту тему на данном форуме можно посмотреть этой ветке:
http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?t=178&start=0

Цитата: "Комбинатор"
С другой стороны, простейшие (одноклеточные эвкариоты), вроде, тоже размножаются весьма быстро.

Но медленнее прокариот. Во всяком случае, если сравнивать наименьшие времена (а они-то в данном случае нас и интересуют). Сравните: кишечная палочка - 20 минут, пекарские дрожжи - 1.5 часа.

Цитата: "Комбинатор"Ну, если говорить об оценке снизу, тогда да...

Да, Шаров о ней все время и говорит. Потому что, если оценка снизу получается 10 млрд, то для указания в пользу панспермии больше и не надо  

Спасибо за ссылки. А про оценку размера функционального генома по свободным от транспозонов участкам напишу позже, когда прочитаю соответствующую ссылку из статьи Шарова.