paleoforum.ru

Не понял, какое имеет отношение любопытство крысы к дрейфу генов?

Азазель. Опровергнут давно не только витализм, но и механисцизм. Да и вульгарный материализм (Фогта, Бюхнера и Молешота, если не ошибаюсь) который Вы здесь и пропагандируете. Мы можем понять движение каждой молекулы в организме, но этого все равно будет недостаточно, чтобы познать психику, этику, эстетику и даже законы биологической эволюции. Это другой уровень, для него знание молекул весьма полезно, но недостаточно. Если психика способна объяснить сознание, нейробиология способна объяснить психику, тогда для последовательности взглядов истинного редукционизма мы должны признать, что и физическая химия, физика и даже механика теоретически способны заменить все вышестоящие области. Я не против использования физических методов в биологии, но пусть физики не обольщаются, теорию естественного отбора законами физики не объяснишь и точно также и сознание не объяснить только лишь рефлекторными дугами. И никакой мистики в отрицании этого нет, попросту здесь по принципу дополнительности Бора, помимо необходимых нижестоящих законов включаются дополнительные законы следующего уровня познания. Если Вы признаете, что целое не является простой суммой его частей, тогда необходимо признать, что жизнь не является простой суммой биохимических и нейробиологических процессов, т.е является такой суммой, но и представляет нечто новое.

Цитата: "DNAoidea"

Цитата: "Игорь Антонов"Наш диалог не складывается по той причине, что Вы не знаете про существование проблемы, о которой пишу я. Но она от этого никуда не исчезает.

Да и в компьтерных делах я понимаю очень мало...

В течение пяти или уже семи лет человек 20, в том числе и компьютерщики, пытались объяснить Антонову, в чём его ошибка:

ЦитироватьОтбор из триллионов программ со случайно нарушенной структурой не создаст закономерно программу с улучшенной структурой.

Он упорно не хочет понимать, что в отборе участвуют только функционирующие программы. Что  мутация не есть просто ''нарушение структуры'', а такое изменение, которое оставляет потомка особи жизнеспособным. Трупы в отборе не участвуют.

А вот как происходят генетические модификации поведения и пытается понять Анохин-младший:

ЦитироватьГенетическая ассимиляция вторичных функциональных систем происходит путем эволюционной замены молекулярных сигналов, вызывающих экспрессию поздних генов в клетках системы при обучении, на прямые сигналы, индуцирующие экспрессию этих генов в развитии.

То есть происходит модификация (на основе случайных мутаций) паттерна регуляторных сигналов.

Цитата: "Дж. Тайсаев"Если Вы признаете, что целое не является простой суммой его частей, тогда необходимо признать, что жизнь не является простой суммой биохимических и нейробиологических процессов, т.е является такой суммой, но и представляет нечто новое.

Новое появляется тогда, когда элементы нижнего уровня начинают взаимодействовать между собой.  Химия начинается там, что появляется химическая связь – ниже этого уровня нет химии – есть только отдельные атомы, из свойств которых нельзя выяснить свойства молекул – это новый уровень организации материи, проявляющийся только при взаимодействии атомов друг с другом. Процессы матричного синтеза – это граница биологических процессов, возникающих, когда появляются периодические макромолекулы, состоящие из большого числа звеньев, для которых и возможны стерические взаимодействия поверхностей, обуславливающие процессы копирования и узнавания, которые и можно назвать информационными процессами.

Точно также общественные отношения – это ни нечто привнесённое извне, а внутренние отношения индивидуумов. И не разобравшись, какие из этих связей являютя определяющими, как они видоизменялись в процессе биологической эволюции, не понять и их современного состояния.

Цитата: "Alexy"Не понял, какое имеет отношение любопытство крысы к дрейфу генов?

Самое прямое: речь-то не шла именно о любопытстве, речь шла о

Цитата: "Комбинатор"Тут должен быть какой-то эффект по аналогии с любопытством животных, когда, например, крыса, которой, тепло, сытно и уютно в давно обжитом помещении, тем не менее отправляется на исследование новых территорий, которое потенциально может стоить её жизни.

то есть об эффекте который собственно ничего не даёт для лучшего выживания, то есть это попадает под дрейф. Ген определяющий такое поведение, переданная форма поведения и т. д. Крыса проявляет любопытство потому что её инстинкты (как и любые другие) не возникали когда крысам было тепло и уютно.
Дж. Тайсаев - согласен, мне, к сожалению, встречались такие люди, которые считали, что одной физикой или даже одной математикой можно обхяснить "всё и ещё немного"... А вообще как-то читал, что Майр накануне своего столетия издал об этом книгу, в которой, как он говорил в интервью на своём столетнем юбилее, и развивал мысль о том, что биологические системы не не живут только по законам физики, а только базируются на них. Я когда это прочитал, не совсем понял как это и только после до меня дошло, что биологические системы так сказать способны создавать законы сами для себя - всей системой в целом. И повинна в этом прежде всего конкуренция.

Сергей. С последним замечанием согласен, я вовсе и не пытался выдумать нечто в живых системах, что не зависит от макромолекулярных взаимодействий. Впрочем высшие животные и тем более человек принимают информационные потоки не только от нуклеиновых кислот, даже условные рефлексы только косвенно зависят от наследственных предрасположенностей. Именно поэтому молекулярная биология в принципе не способна постичь этологию, психологию и тем более социальные процессы. Но если я правильно понял, Вы это вроде и не оспариваете.
А по поводу общественных отношений я как раз и пытаюсь найти преемственную связь детерминирующих законов биологической эволюции и социальной.
DNAoidea. Да Майеру можно позавидовать, интересно сможем ли мы в 100 лет написать книгу?

Цитата: "Сергей"В течение пяти или уже семи лет человек 20, в том числе и компьютерщики, пытались объяснить Антонову, в чём его ошибка:

ЦитироватьОтбор из триллионов программ со случайно нарушенной структурой не создаст закономерно программу с улучшенной структурой.

Он упорно не хочет понимать, что в отборе участвуют только функционирующие программы. Что  мутация не есть просто ''нарушение структуры'', а такое изменение, которое оставляет потомка особи жизнеспособным. Трупы в отборе не участвуют.

Сергей, Ваше глубокомысленное разъяснение ничего не меняет. Между трупами и лидерами находится и участвует в отборе целый спектр особей (или программ)  функционирующих в чём-то по разному. Ну и что? В мире машинных особей  сколько-нибудь сложная сформировавшаяся структура - это тот "пик коммунизма", с которого рандомизация может лишь сталкивать.

ЦитироватьА вот как происходят генетические модификации поведения и пытается понять Анохин-младший:

ЦитироватьГенетическая ассимиляция вторичных функциональных систем происходит путем эволюционной замены молекулярных сигналов, вызывающих экспрессию поздних генов в клетках системы при обучении, на прямые сигналы, индуцирующие экспрессию этих генов в развитии.

То есть происходит модификация (на основе случайных мутаций) паттерна регуляторных сигналов.

Сергей, Анохин в Вашей цитате пишет о генетической ассимиляции вторичных функциональных систем, т.е., систем, формируемых организмом  за счет обучения и фенотипической пластичности (К.В. Анохин), а не за счёт
случайных мутаций.
Дословно цитирую тезисы К.В.Анохина:

Механизм возникновения новых функциональных систем в эволюции :

Генерация - происходит с помощью вторичного системогенеза.
Фиксация - происходит за счет процессов генетической ассимиляции вторичных функциональных систем.

Финальный аккорд у  Анохина - цитата из Шмальгаузена:
"Не изменения генотипа определяют эволюцию и ее направление. Наоборот, эволюция организма определяет изменение его генотипа."

Цитата: "Сергей"
Новое появляется тогда, когда элементы нижнего уровня начинают взаимодействовать между собой.  Химия начинается там, что появляется химическая связь – ниже этого уровня нет химии – есть только отдельные атомы, из свойств которых нельзя выяснить свойства молекул – это новый уровень организации материи, проявляющийся только при взаимодействии атомов друг с другом. Процессы матричного синтеза – это граница биологических процессов, возникающих, когда появляются периодические макромолекулы, состоящие из большого числа звеньев, для которых и возможны стерические взаимодействия поверхностей, обуславливающие процессы копирования и узнавания, которые и можно назвать информационными процессами.

Точно также общественные отношения – это ни нечто привнесённое извне, а внутренние отношения индивидуумов. И не разобравшись, какие из этих связей являютя определяющими, как они видоизменялись в процессе биологической эволюции, не понять и их современного состояния.

С этим, я, конечно, согласен, только это означает, что каждый следующий уровень базируются на предыдущем, но не следует из него. Особенно при переходе к биологическим системам - наверное лучше сказать, что это не матричный синтез, а репликация - начало начал. Но в общем не важно. Ведь если взять молекулу, и измерить её физические характеристики, то о том, какие у неё химические связи будет известно уже достаточно много, по сути дела вообще тут не будет разницы между химическими и физическими вещами - длинны связей однозначно говорят об их силе и могут быть получены из чисто физических свойств. В биологии же картина другая. Если взять белок и разобрать его по винтикам - то есть сделать тоже, что и молекулой, то всё это не будет ровным счётом ничего говорить о том, что делает этот белок в организме - до тех пор пока мы не найдём другой белок, который может распознавать структуру этого (это, конечно, не относится к энзимам - по их структуре можно сказать какие именно молекулы они цепляют и что делают с ними) - то есть нам нужна другая структура, которая делает это сколько нибудь значимой. К примеру - взяв цианид можно и изучив его химические свойства можно понять что он будет ядом. А если тоже сделать с бутулином? Разве что-то из его физико-химических свойств будет говорить о его чрезвычайной ядовитости? Но если будет белок, которые бутулин сможет резать, то тогда он будет ядовит - то есть иными словами тут есть "договор" между отдельными структурами, которые влияют одна на другую. А "договор" почти закон. Тем не менее этот закон никак не следует из физических - он порождение сочетания двух или множества структур, в происхождении которых лежит изрядная доля случайности. то же самое можно найти и в общественной жизни - есть мысли, идеи и прочие то что так сказать "социально-активно" - то есть оно влияет на мысли других людей. Примером такого может служить любая идеология, которая смогла распространится - только потому, что люди её приняли, или произведение искусства которое стало известным, а есть другие идеи, которые может на первый взгляд ничем не хуже, порой даже полезнее, но социальной активности не имеют - то есть. к примеру, теория эволюции имеет социальную активность куда большую, чем Квантовая теория, к примеру, поэтому судебный процесс типа Машеньки возможен, а то же по отношению к Квантовой - нет. Или антропный принцип, который лично я называю новой религией, однако для полноценной религии ему не достаёт социальной активности и сколько бы ни похожа его структура ни была бы на религиозную, религией он не будет до тех пор, пока рядовые люди в соответствии с его заветами не станут совершать какие-то действия. Именно из-за этого иногда совершенно бредовые и малозначимые с точки зрения практики и здравого смысла вещи могут иметь просто поразительный эффект. Скажем если кто-то скажет, что будет завтракать свиным окороком в зале Кнесета (израильского парламента), то поднимется страшный вой, а ведь дело-то плёвое само по себе, ан нет - свинья имеет социальную активность на том куске суши...
Надеюсь моя мысль ясна...

Цитата: "Игорь Антонов"Между трупами и лидерами находится и участвует в отборе целый спектр особей (или программ) функционирующих в чём-то по разному. Ну и что? В мире машинных особей сколько-нибудь сложная сформировавшаяся структура - это тот "пик коммунизма", с которого рандомизация может лишь сталкивать.

Если бы это было бы верно, то я бы и вы были бы похожи как близнецы, а ведь понятно, что это не так. Вы, можете сказать - а у нас пики разные, хорошо а как тогда получаются дети в результате перемешивания геномов. Вы можете сказать - что все отличия это оболочка, а само "ядро" то что определяет функциональность системы оно неизменно. В этом, конечно что-то есть - потому что есть летальные или сублетальные мутации, но вот где граница этого ядра и оболочки? И так ли то что все мутации затрагивающие нечто "сокровенное" - что обязательно должно быть при вашем подходе - потому что что-то надо делать с вариабельностью летальны? что-то говорит что нет - и это что-то это вариабельность функциональных домейнов, что легко видеть в PDB.

Цитата: "DNAoidea"Если бы это было бы верно, то я бы и вы были бы похожи как близнецы

К вопросу о взаимопонимании - в цитируемом Вами предложении есть слово "машинных".

Цитата: "Сергей"В течение пяти или уже семи лет человек 20, в том числе и компьютерщики, пытались объяснить Антонову, в чём его ошибка:

Цитата: "Игорь Антонов"Отбор из триллионов программ со случайно нарушенной структурой не создаст закономерно программу с улучшенной структурой.

Он упорно не хочет понимать, что в отборе участвуют только функционирующие программы. Что  мутация не есть просто ''нарушение структуры'', а такое изменение, которое оставляет потомка особи жизнеспособным. Трупы в отборе не участвуют.

Странно: я всегда считал, что по определению: случайная мутация - это есть любое изменениене.

А отбор - это и есть такой акт, когда кто-то становится "трупом": т.е. не допускается к участию в дальнейших циклах ...-->1 или несколько актов мутирования-->акт отбора-->...), а кто-то продолжает участие.

Возможно Вы имели в виду, то что отбор программ проводится не после каждого следующего акта мутирования, а отбор живых организмов после каждого?
Так для отбора программ пробовали оба варианта.

Цитата: "Alexy"Странно: я всегда считал, что по определению: случайная мутация - это есть любое изменениене.

Для эволюции важны только мутации, которые, унаследовал потомок. Живой потомок, выросший до репродуктивного возраста. Организм сохраняет свою функциональность - тем и отличается от машинных программ: они лишены главного качества живого – способности саморелицироваться. Поэтому они являются только условными моделями, лишёнными главного качества живого – способности быть функциональными системами, поддерживающими свою структуру.

ЦитироватьЕсли взять белок и разобрать его по винтикам - то есть сделать тоже, что и молекулой, то всё это не будет ровным счётом ничего говорить о том, что делает этот белок в организме - до тех пор пока мы не найдём другой белок, который может распознавать структуру этого

DNAoidea, так это и есть матричное соответствие (репликация есть его частный случай) – то новое, что отличает биологию от химии. Соответствие оттисков матрицам, что лежит в основе всех биологических, психических и социальных процессов – эти процессы и называются информационным.

ЦитироватьФинальный аккорд у Анохина - цитата из Шмальгаузена:
"Не изменения генотипа определяют эволюцию и ее направление. Наоборот, эволюция организма определяет изменение его генотипа."

Что имет ввиду Анохин из слайдов не очень понятно: надо читать статьи.

Я понял это так: допустим, имеются две популяции животных с одинаковым генотипом, которые живут в разных условиях и обучаются разному поведению. И в той, и в другой группе происходят случайные мутации. Большинство мутаций нейтральны, но отдельные мутации приводят к генетическому закреплению паттерна поведения, который определяется образованием устойчивых связей между нейронами. Спектр этих изменений у двух групп будет разный, то есть, перефразируя Шмальгаузена, ''поведение организма определяет его генотип''.

Цитата: "Игорь Антонов"

Цитата: "DNAoidea"Если бы это было бы верно, то я бы и вы были бы похожи как близнецы

К вопросу о взаимопонимании - в цитируемом Вами предложении есть слово "машинных".

Но вы же не рассказали детально где именно заканчивается аналогия с машинами.

Цитата: "Alexy"А отбор - это и есть такой акт, когда кто-то становится "трупом": т.е. не допускается к участию в дальнейших циклах ...-->1 или несколько актов мутирования-->акт отбора-->...), а кто-то продолжает участие.

Ну вот допустим произошла мутация, которая нарушает структуру одного из гистонов, понятно, что её носитель - по крайней мере гомозиот, будет нежизнеспсобным, но если будет мутация, которая приводит к удвоению гена зрительного пигмента, то тут уже начинается игра - может оказаться, что как раз носитель второй копии и будет оставлять чуть больше потомков в среднем, чем носитель одной.

Цитата: "Сергей"машинные программы лишены главного качества живого – способности саморелицироваться.

А что, копирование программы -это не та же репликация? Еще можно ввести некоторые случайно расположенные неточности копиования, чтобы смоделировать ошибки репликации

Цитата: "DNAoidea"тут уже начинается игра - может оказаться, что как раз носитель второй копии и будет оставлять чуть больше потомков в среднем, чем носитель одной.

Соответственно в программе можно задать вероятности выживания/оставления потомства для геномов, получившихся в результате разных мутаций, удвоений и т.п.

Копирование это все же не саморепликация, здесь нужно убрать приставку само-, а вот компьютерные вирусы точно способны самореплицироваться.
Я когда то написал самоэволюционирующую модель (выложил в небиологической ветке), так там была и саморепликация и мутации и даже, что то вроде дивергенции.
Самовоспроизводящиеся кибернетические системы вроде бы то же уже есть.


Вообще все эти разговоры о невозможности полезных мутаций бесмысленны. Очевидно, что это возможно иначе нас бы не было, следовательно такую возможность нужно принять де факто (слабый антропный принцип). Можно даже геном воспринимать как черный ящик, о котором эволюционисту важно знать лишь что на входе и на выходе. А вот как это происходит важно, но лишь для узких специалистов и не для того чтобы подтвердить то, что и так очевидно, а для того чтобы углубить наши знания.

Прописать копирование программы в ней же самой - и будет самокопирование-саморепликация.

По моему в этом случае антропный принцип  будет не так уж и "слаб".