paleoforum.ru

Цитата: Питер от марта 20, 2024, 16:39:46все  ранние   выходы  из  Африки  -  не  сапиенсы  (точнее.  не  кроманьонцы) .   Сапиенсы   вышли  тогда,  когда   за  пределами  африки  были  только  неандеры.  Ну  и  денисовцы  -   по  сути  те  же  неандеры,   вид  в  профиль.

разве я говорил что-то другое? Именно так

Цитата: Питер от марта 20, 2024, 16:39:46И  все  таки   300   страниц   учебников.  Льюин.  Гены  и  геномы.

А  пока    три  простых  вопроса  по   молекулярной  генетике.
1. Что  такое  ген ?
2. Что  такое   аллель ?
3. Идентичен  ли  один  и  тот  же  ген   у   двух  случайно  выбранных  человек ?

Вы я так понимаю популяризацию науки хотите запретить как класс процессов в социуме. В этом есть своя правда.

1
Ген — в классической генетике — наследственный фактор, который несёт информацию об определённом признаке или функции организма, и который является структурной и функциональной единицей наследственности

по структуре с этой страницы думаю главные факторы которые дальше помогут разобраться в путешествии из Африки кого именно пока не ясно, попробуйте посмотреть обзор Археологических итогов года, там профильные специалисты уже не так уверены, что все просто.

ЦитироватьГенетическая информация у подавляющего большинства организмов закодирована в длинных молекулах ДНК. ДНК состоит из двух спирально закрученных полимерных цепей, мономерами которых служат четыре нуклеотида: dАМФ, dГМФ, dЦМФ и dТМФ. Нуклеотиды в ДНК состоят из пятиуглеродного сахара (2-дезоксирибозы), фосфатной группы и одного из четырёх азотистых оснований: аденина, цитозина, гуанина и тимина[27]:2.1. Азотистое основание связано гликозидной связью с пятиуглеродным (пентозного) сахаром в 1'-положении. Остовом цепей ДНК служит чередующаяся последовательность пентозных сахаров и фосфатов, фосфатные группы присоединяются к сахару в 5'- и 3'-положениях. Номера позиций пентозного кольца отмечены штрихом для того, чтобы различать нумерацию колец в сахаре и азотистом основании

2
Алле́ли — различные формы одного и того же гена, расположенные в одинаковых участках (локусах) гомологичных хромосом, определяют направление развития конкретного признака.

3 я думаю нет, на сайте антропогенеза в 2010 году специалист писала так (сейчас процитирую)

https://antropogenez.ru/interview/84/

ЦитироватьВ разных источниках можно увидеть разные цифры, характеризующие близость генома человека и шимпанзе - 98.5% или, например, 94%.Отчего зависит этот разброс цифр и всё-таки, как правильней?

Разброс цифр зависит от того, какого типа различия между геномами используются. Нуклеотидные "тексты" могут различаться заменами отдельных букв (так называемые однонуклеотидные полиморфизмы", английская аббревиатура SNP, Single Nusleotide Polymorphism), числом повторяющихся фрагментов (CNV, Copy Number Variation), может быть изменен порядок расположения или ориентация больших фрагментов (эти изменения давно известны как изменения положения фрагментов хромосом).

Геномы могут отличаться наличием вставок или утратой фрагментов разных размеров. Кроме того, две обезьяньих хромосомы у человека объединены в одну, поэтому у нас 46 хромосом, а у шимпанзе - 48.

Указать одной цифрой все эти разнообразные перестройки сложно, поэтому в зависимости от того, что именно учли, цифры получаются разные. Но при учете любого типа  различий  картина сходства между видами получается одна и та же - шимпанзе ближе всего к человеку, затем горилла, затем орангутан и так  далее.

там же:

Цитата: Шаройко Лилия от марта 14, 2024, 00:54:17Я посмотрела примерный путь расчетов по митохондриальной ДНК
https://antropogenez.ru/article/76/

ЦитироватьГенетическая карта мтДНК показана на рисунке, разным цветом показаны разные гены. У человека ее размер составляет 16 500 нуклеотидов.



Из-за того, что система репарации в митохондриях работает не так, как в ядре, скорость накопления мутаций в мтДНК в 10 раз больше, чем в ядерной. В ней есть один интересный участок примерно в 300 нуклеотидов (показан сверху на рисунке), называемый некодирующим или гипервариабельным, в котором скорость накопления мутаций в 10 раз выше, чем в остальной части мтДНК. Он очень интенсивно изучается. На рисунке стрелками показаны положения известных мутаций в мтДНК и разными буквами указаны линии, маркируемые этими мутациями. Скорость накопления нуклеотидных замен в гипервариабельном участке мтДНК человека: 1 нуклеотид в 18- 20 тысяч лет. Максимальные отличия между мтДНК в этом участке у двух разных людей 22 нуклеотида. Генетическое разнообразие в эволюционно родственной группе, например, среди членов одной этнической группы, меньше. Например, максимальное число отличий в гипервариабельном участке мтДНК между индивидами у русских – 4 нуклеотида. Скорость накопления замен у человека рассчитывается по сравнению с числом замен, возникших после дивергенции человека и шимпанзе, и, в зависимости от того, какая дата расхождения этих видов принята за основу расчетов (5.5 или 7 млн. лет), полученные генетические датировки событий популяционной истории колеблются на 20-30%.

Встречные вопросы

Как формируется геном организма в процессе эволюции
Тут коротко можно написать, что то что я пишу ниже до следующего вопроса бред или не бред или местами бред

Я представляю в своем малограмотном внутреннем мире это так

в период формирования клеточных структур одноклеточными сформирована серия геномов, возможно очень широкого разброса.
Из них в связи с плохой адаптацией выжило определенное количество геномов до следующего шага.
Дальше многоклеточные организмы формировались на базе копирования определенного генома(это я прямо сейчас выдумала никогда раньше не задумывалась).
Половое разделение клеток возникло в период примерно между

ЦитироватьЭктазий

1,4-1,2   расширение осадочных чехлов   с канадского острова Сомерсет были обнаружены ископаемые красные водоросли — древнейшие из известных многоклеточных растений
   
Калимий

1,6-1,4   млрд расширение осадочных чехлов и появлением новых континентальных плит, около 1500 миллионов лет назад распался суперконтинент Колумбия.       

Статерий

1,8-1,6   млрд появление новых платформ и окончательная кратонизация складчатых поясов. Формируется суперконтинент Колумбия.   наиболее ранние известные достоверные свидетельства присутствия эукариот (клеток с ядрами)

Дальше в процессе наследования в каждом поколении многоклеточные организмы организмы соединяли и наследовали часть генома и часть создавалась в процессе скрещивания. Вот тут не ясно какова общая часть

В смысле
вопрос второй
что именно означает пресловутая фраза об 50% генома общего с банановым деревом и как мы определили что фрагменты общей численностью 98-99%, которые у неандертальцев и сапиенсов общие не наследованы от неандертальцев.

Каким образом это может быть определено?

Цитата: Шаройко Лилия от марта 20, 2024, 18:26:50Дальше в процессе наследования в каждом поколении многоклеточные организмы организмы соединяли и наследовали часть генома и часть создавалась в процессе скрещивания. Вот тут не ясно какова общая часть

В смысле
вопрос второй
что именно означает пресловутая фраза об 50% генома общего с банановым деревом и как мы определили что фрагменты общей численностью 98-99%, которые у неандертальцев и сапиенсов общие не наследованы от неандертальцев.

Каким образом это может быть определено?

Кажется до меня почти дошло

Цитата: Шаройко Лилия от марта 20, 2024, 18:26:502
Алле́ли — различные формы одного и того же гена, расположенные в одинаковых участках (локусах) гомологичных хромосом, определяют направление развития конкретного признака.

Цитата: Питер от марта 20, 2024, 14:35:212.   Ну  прочтите,  как   сравнивают   полные  геномы   сапиенса,  неадера  и   денисовца.    И  поймите,   что  есть  большая  разница     между   гомологией    по  генам  и  по  первичной   структуре ДНК.
Вот    кусок   ГЕНА    человека   GAGATACACTTGGAT.  Вот  тот  же   ген   GAGATACACCTGGAT шимпа  .  Ген  -  один  и  тот  же.  Гомология  -  100%. Гомология  по  первичной  структуре -  93%.

Не в смысле что я поняла как именно отличается а в смысле куда надо копать чтобы учебник по генетике в 300 страниц не читать, у меня тогда мозги из ушей сыпаться начнут и я умру от потери мозгового вещества

Это не был мой план  - я хотела чтобы мне и читателям интересно было.
Когда я смогу понять детали и механизмы я возможно смогу изложить свое понимание немного проще и короче.
Пока как я пониманию ситуацию на таком уровне:
 Нет никакого полного совпадения генома на 98-99%, то есть совпадение есть по определенным параметрам, но на каждому участке есть отличия и по ним можно увидеть наследование. Что это именно наследование не от неандертальца

Цитата: Шаройко Лилия от марта 20, 2024, 18:26:50вопрос второй
что именно означает пресловутая фраза об 50% генома общего с банановым деревом и как мы определили что фрагменты общей численностью 98-99%, которые у неандертальцев и сапиенсов общие не наследованы от неандертальцев.

Лично я знаю, что не осилю генетики, а потому ищу "под своим фонарем".
  У нас и неандра был общий предок с геном А. У неандра геном А+а, у нас А+б. Операцией вычитания получаем разницу а-б, которую надо поделить на а и умножить на сто процентов.
  Анализ по мтДНК хорош тем, что можно абстрагировать только материнскую линию, а анализ гаплогрупп будет абстрактом отцовской линии.
  Далее придется вводить половой отбор, будто бы мтхЕва или Х-Ева выбирает У-Адама, т.е. по Х независимое время, как мутационная радиация, а по У рассеяние Адамов на эксперименты "отбора среды обитания". Получаем "двойной" (квадратичный) отбор Адамов - Ева отбирает того Адама, который пропущен средой обитания. Соответственным следствием будет предпочтительное выживание тех линий, которые практиковали моногамию. НО!
  Но только на относительно спокойном "популяционном" этапе, в обязательном порядке сменяемом коротким этапом межпопуляционной (межплеменной) конвергенции.
  Пока, однако - покой нам только снится. Потому наш таракан только идет тропой того умючего богомола, который ставит в назидание потомкам пример тишайшего (и бесполого) термита.

Ну   начнем   с   гомологии.   Их   можно  считать   несколько.
1.  Гомология  по   белковой   последовательности.  Берем   два  белка    и  смотрим,  насколько  совпадают  они  между  собой.  Самый  простой   вариант  -  два  белка   идентичны.  Означает  ли  это,   что  кодирующие  эти  белки  нуклеотидные   последовательности  идентичны ? Ответ в  стиле   да\нет,  без  копипаста  кусков   из  поиска  в  инете.

2.  Как       в  очень  грубом  изложении  строится  гомология    между  двумя   белками ?   Находится       максимально  гомологичный   блок  и  от  него       строим  в  обе  стороны  ччерез  поиск  более  коротких  блоков  гомологии.  При  этом     можем  вводить    дырки  или  убирать  куски   -  например,  есть  блок  100%  гомологии  из  10  аминокислот.   И  есть  блок    из  тех  же  10  аминокислот  но с  гомологией  80%.  А  между  ними в  одном   белке  нет  ничего,   а  во  втором  вставка в   10  аминокислот.  Это  тоже  учитывается    через введение  штрафов   за    вставки  и  делеции.

В  итоге  у  человека  и  банана  будет  много    белков с  гомологией   высокой.   Потому  как  есть  базовые  биологические  процессы  -   которые   возникли    До  разделения  линий     человека  и  банана.   И  эти  процессы   сильно  вылизаны    эволюцией.  Например,   все  что касается   рибосом,  цикла      кребса,  митохондриальных  дел.

И  это  все   по  белку.

Два   слова  про  половой  процесс.  Он  есть  уже  у  прокариот  -  когда  передача  генетического  материала  происходит  от  бактерии    к  бактерии в  рамках  одного  вида.  И  его  нет  у  простейших  многоклеточных.   Поэтому  тут  надо   аккуратно  идти  шаг   за   шагом  -  потому  как   само  понятие "половой  процесс"  требует    обсуждения.   

Про    неандеров  и  людей      почти все  так.  Только  речь  идет  не  о  генах,  а  о  нуклеотидных   заменах.

В любой теме участники в меру своих познаний и пристрастий пытаются задать какую-то свою линию рассуждений. В данном случае речь завели о химии -  молекулярной, днк в частности, гомологии и пр.

Цитата: Питер от марта 20, 2024, 14:35:211.   Отделите  мух  от  котлет,   митохондриальную  ДНК  от  геномной,    анализ   ДНК  маркеров  в  современных  популяциях  от  анализа    палео   ДНК
2.   Ну  прочтите,  как   сравнивают   полные  геномы   сапиенса,  неадера  и   денисовца.    И  поймите,   что  есть  большая  разница     между   гомологией    по  генам  и  по  первичной   структуре ДНК.
Вот    кусок   ГЕНА    человека   GAGATACACTTGGAT.  Вот  тот  же   ген   GAGATACACCTGGAT шимпа  .  Ген  -  один  и  тот  же.  Гомология  -  100%. Гомология  по  первичной  структуре -  93%.
3. И   нет  у  нас    4%   генов  от  неандера -  есть    ОТДЕЛЬНЫЕ   нуклеотиды  в  одном  и  том  же  гене,  которые  у  некоторых  людей  имеют  неандертальское  или  денисовское  происхождение.

Сделайте из этого какие-то общепонятные выводы для чайников, в контексте антропогененза, т.е. происхождения человека

В дополнение к вышесказанному:
Современная антропологическая наука (палеоантропологическая, скорее)  считает сапиенсов, неандертальцев, денисовцев (и, возможно, обнаруженных недавно на Ближнем Востоке  в  Нешер Рамла) различными видами одного рода. Она (наука) считает, что имело место частичное скрещивание представителей этих видов. Что отражено в геномах  ныне живущих людей. Питер это отвергает или опровергает каким-то образом?  Или речь только о каких-то процентах? Я  не могу понять.

Современная  наука  считает,  что     имели  место     единичные   скрещивания   между   сапиенсами,  денисовцами  и  неандертальцами.  Считать  ли  при   этом    эти  три  группы  отдельными   видами   или  подвидами  одного      вида  -    вопрос  открытый.  Но  есть  и   возможные   другие   объяснения  наблюдаемых    событий.
Как   определяют   чужую  ДНК  в   ДНК  сапиенсов  ?   Берут       первичные   последовательности   ДНК   шимпанзе,   сапиенса  (усредненный  геном,  сейчас  у  нас в   ходу   19  версия)   и  опять  же   усредненный  геном   неандера (есть    что  усреднять).
Предположим,  что в  определенном  месте  генома  у  шимпа   стоит   буква  А,  у   неандеров   Т     и  у  сапиенса  С.
Логика   такова,  что в  процессе   эволюции   от  предка  (близкого  к  шимпанзе  -  но  не  от  шимпанзе)  произошли    две  замены   -    одна  у  предков  неандера  (и  поэтому  там везде  Т)  и  другая  у  предков    сапиенса (С).  Но   у  нас  очень  много  геномов   современных  сапиенсов  и в  некоторой    доле     этих  геномов  вместо  С  находится   Т.  И  тут  есть  два  варианта   -  что  этот Т   возник    из  С    за  счет   замены  у  какой-то части  предков   современного  сапиенса.   И  поэтому   доля   его  низкая.   Но  второе  объснение  -  что  этот Т  неандертальский.  И  попал в  геном в   результате  скрещивания   между   сапиенсами  и  неандерами.  Так  как  скрещиваний   было  мало,   то   и  доля  Т  среди  сапиенсов  мала.  А  так  как  скрещивание   было в  определенной  точке   ойкумены  -  то   частота   лиц  с  вариантом  Т  у  сапиенсов  разная  в  разных   уголках  мира.   Основано   это в  первую  очередь  на  том,  что  вероятность  повторной  мутации в  одном  и  том   же  нуклеотиде с  одинаковой   заменой   буквы  -  событие    крайне  мало  вероятное,  в  одну   воронку   бомба   дважды  не  падает.   На  самом   деле   это  не  так  и  есть  места  где  падает   -  это  четко  видно  из  анализа  мутацией  при  наследственной  патологии. Но   это  отдельная   подтема.
Как  происходит   получение   аллеля  Т сапиенсом?  Через  скрещивание  между    неандером  и  сапиенсом  -  причем    папа   будет  неандер  (митохондриальная   ДНК  у  сапоиенсов  и  неандеров  разна).  Получаем     гетерозиготу  С\Т.  Далее   скрещивание  идет   этого  гетерозиготы  с  сапиенсами  -  и  на  каждом  скрещивании     доля     папиной   ДНК  неандера    из   первого  скрещивания  падает.  Ведь  при  каждом  получении  гаплоидной  половой   клетки идет  кроссинговер   -  и   ДНК   в  пределах  одной   хромосомы     начинает   состоять  из  фрагментов  ДНк  неандера  и  сапиенса.  И  чем  больше   будет кроссинговеров  -  тем  меньше  будет  фрагмент   ДНК  неандера.   В  итоге   мы   получим  небольшой   фрагмент с   вариантом  Т  в  окружении   сапиентой   ДНК.  И   вот  если в   этом   фрагменте   будет    несколько    вариантов  от  неандера  -   то  и  сам   фрагмент   будет    более  вероятно   неандертальским  по  происхождению. Можно     примерно    подсчитать  срадний  размер  таких  фрагментов  -  он   будет  несколько   десятков    тысяч  пар  нуклеотидов. И  эти   фрагменты   будут  содержать  некоторое   количество  точковых  замен.
Большая  часть  из  них  в  интронах.  Но  некоторые   в  экзонах  -  и  они   могут  быть    функционально  важными.   Но    строго  их  важность  не  доказана. Например.  боль - https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(20)30861-7.   В  последней  работе   Сванте  Паабо  собрал  потенциально  значимые   варианты  в  кучку  -  https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(23)01403-4#%20
   
 

Цитата: Питер от марта 21, 2024, 18:34:36Современная  наука  считает,  что     имели  место     единичные   скрещивания   между   сапиенсами,  денисовцами  и  неандертальцами.  Считать  ли  при   этом    эти  три  группы  отдельными   видами   или  подвидами  одного      вида  -    вопрос  открытый.  Но  есть  и   возможные   другие   объяснения  наблюдаемых    событий.

Так еще раз ПРОШУ для чайников (вроде меня, Лилии, В.А, а других тут и нет) сделать соответствующие выводы. О видовых, межвидовых критериях пока не надо. Давайте о "возможных   других   объяснениях  наблюдаемых    событий." Но без подробностей. Вы их уже описали...

Цитата: Питер от марта 21, 2024, 10:39:351.  Гомология  по   белковой   последовательности.  Берем   два  белка    и  смотрим,  насколько  совпадают  они  между  собой.  Самый  простой   вариант  -  два  белка   идентичны.  Означает  ли  это,   что  кодирующие  эти  белки  нуклеотидные   последовательности  идентичны ? Ответ в  стиле   да\нет,  без  копипаста  кусков   из  поиска  в  инете.

И другие вопросы в этом сообщении, мне понадобится время чтобы почитать литературу, хорошо что есть термины, теперь понятно что искать. В любом случае огромнейшее спасибо, я даже до этой точки шла бы лесом непрерывно заблуждаясь в трех соснах несколько недель.
С выводами, которые делает npvol по первой фразе длинного текста я согласиться не могу. В смысле думаю читать нужно весь текст и спокойно разбирать его пошагово.
Я хочу копнуть немного глубже чем Вы, npvol, примерно до уровня нуклеотидных  замен, но это Ваша тема, Вы такого направления не обозначали, поэтому я это в своей делать буду и позже.
Так глубоко разбирать происходящее как требует Питер я пока осились не смогу, в отличие от него я не доктор наук и не специалист по молекулярной биологии.
Но буду пробовать выйти на уровень заданных вопросов, немного позже у себя в теме археологии, после того как наберу достаточный уровень общей информации по этому направлению.

Цитата: василий андреевич от марта 21, 2024, 10:00:28Анализ по мтДНК хорош тем, что можно абстрагировать только материнскую линию, а анализ гаплогрупп будет абстрактом отцовской линии.
  Далее придется вводить половой отбор, будто бы мтхЕва или Х-Ева выбирает У-Адама, т.е. по Х независимое время, как мутационная радиация, а по У рассеяние Адамов на эксперименты "отбора среды обитания". Получаем "двойной" (квадратичный) отбор Адамов - Ева отбирает того Адама, который пропущен средой обитания. Соответственным следствием будет предпочтительное выживание тех линий, которые практиковали моногамию. НО!
  Но только на относительно спокойном "популяционном" этапе, в обязательном порядке сменяемом коротким этапом межпопуляционной (межплеменной) конвергенции

Вот я Василий Андреевич этот текст тоже понимаю с пятого на десятое, это говорит мне о том, что в этой области я капитально плаваю, поэтому удаляюсь на несколько дней минимум.

Цитата: npvol от марта 21, 2024, 15:58:45Сделайте из этого какие-то общепонятные выводы для чайников, в контексте антропогененза, т.е. происхождения человека

В целом мысль была  хорошая, но в будущем желательно добавлять пожалуйста. 

Цитата: василий андреевич от марта 21, 2024, 10:00:28и бесполого

Почему именно "бесполого"??

Цитата: Дарвинист от марта 21, 2024, 21:34:56

Цитата: василий андреевич от марта 21, 2024, 16:21:44понятие народ как раз подходит, как инерционная масса, способная без "право-лево уклонов" прочертить среднеудаленную траекторию развития

Ну, как раз, это про скаляр и вектор, локальное возбуждение/нарушение и последовательные/продольные степени свободы. Провзаимодействуют они друг с другом и два такта превратятся в четыре - как безмассовое линейное "право-лево" в массивный цикл, дающий в проекции виток развития.

Сравните, пожалуйста, уважаемый василий андреевич, с теми же Адамом и Евой. Он воплощение самости, возвысившейся над себе подобными (флуктуация, нарушение симметрии слабых/конкурентных взаимодействий?) и Она, мотивирующая на продолжение рода (поле Хиггса?)

А что, по моему мнению, получится при взаимодействии скалярного поля с векторным бозоном? Получится проявить природу сильного взаимодействия, какой является  т а  с а м а я  л ю б о в ь  и  с е м ь я ...

Продублирую здесь свой ответ из соседней темы.

Цитата: Шаройко Лилия от марта 21, 2024, 20:02:36от я Василий Андреевич этот текст тоже понимаю с пятого на десятое, это говорит мне о том, что

Не прибедняйтесь, я тоже пока не могу осилить свой же текст - это только вступление к решению "проблемы трех тел"(см.Вику), которая может быть решена только с помощью численного интегрирования, на что данных никогда не наберем.
  Три "тела" - У,Х,мтх - у каждого своя мутационная траектория с относительно краткими обменными взаимодействиями. Нерешаемо.
  НАДО доводить до, так называемой, ограниченной задачи, например, два два массивных тела Х и мтх женской линии, плюс, У-"планетоид", периодически вносящий свои погрешности во взаимодействие двух массивных.
  Тогда приходим к задаче Дарвиниста

Цитата: Дарвинист от марта 21, 2024, 21:42:09Он воплощение самости, возвысившейся над себе подобными (флуктуация, нарушение симметрии слабых/конкурентных взаимодействий?) и Она, мотивирующая на продолжение рода (поле Хиггса?)

При такой постановке, мне ближе решение не через поле Хиггса, а через воплощение мужской У-линии, как "волны пилота" в щелевом эксперименте. Неизвестно, какой муж вернется с охоты, но иметь дитятку от самоВатого "со шрамами и серебристой шкурой" предпочтительно.

А как же, все-таки, насчет "бесполого" термита, уважаемый васлий андреевич??!!