paleoforum.ru

Цитата: АrefievPV от октября 30, 2023, 09:25:10Например, какой-то действующий фактор передаётся вместе с окружением, но не в геноме. Скорее всего, это ближайшее (но и тут возможны варианты) средовое окружение («прилегающее», так сказать, к геному).

...что и называют эпигенетическим наследованием. С чем тогда спорим?

Эпигенетическое наследование через гистоны хромосом сперматозоидов доказано экспериментально

Цитата: АrefievPV от октября 30, 2023, 09:25:10

Цитата: kostik от октября 29, 2023, 19:10:43А может никакой наследуемости адаптации и нет. Если фактор, вызывающий эпигенетические изменения, не убирать, то в последующих поколениях,  он  каждый раз также влияет на экспрессию гена (генов) как и в начале эксперимента.

Вполне возможно. Например, какой-то действующий фактор передаётся вместе с окружением, но не в геноме. Скорее всего, это ближайшее (но и тут возможны варианты) средовое окружение («прилегающее», так сказать, к геному).

И что характерно, в этом случае наследует-то среда обитания, а не живая система. Но приписывают наследование почему-то живой системе – типа, это она что-то там (какие-то адаптационные способности) унаследовала.

А ведь суть подобных адаптаций как раз и заключается в новом режиме работы прежнего генома, но все настройки этого нового режима хранятся в среде, передаются со средой и наследует их именно среда. Можно сказать, что «кнопки» включения/выключения генов, «регуляторы»  экспрессии генов и т.д. передаются по наследству в среде (и это собственность среды, так сказать).

То есть, эпигенетическое наследование является, как бы, совокупностью наследований: наследование живых систем и наследование среды их обитания. И эпигенетическое наследование не может быть сведено только лишь к одному наследованию, оно является результатом согласованных между собой процессов наследования: наследование живых систем и наследование среды их обитания.

Кстати, эти моменты вполне себе согласуются с моим определением жизни:

Цитата: АrefievPV от сентября 06, 2021, 18:21:40Жизнь – это живая система (совокупность систем) и её среда обитания.
Живая система – это система, проявляющая в активной фазе своего существования: стремление к самосохранению и способность реализовать это стремление.

Цитата: Игорь Антонов от октября 30, 2023, 08:11:03kostik, троллинг здесь, во-первых,  при том, что то, что означает "по-разному" в контексте  экспериментов Брауна и Фреддолино с дрожжами, подробно обсуждалось на форуме и, в частности, совсем недавно в этой теме.
Демонстрируемое Вами недоумение показывает, что либо Вы вообще не в теме, но тогда что Вы здесь делаете (?), либо изображаете неведение, что по факту является троллингом.

Т.е., по-вашему, троллинг - это неведение.

Цитата: Игорь Антонов от октября 30, 2023, 08:11:03Во-вторых, заявление "Я предельно понятно объяснил свои сомнения в наследовании эпигенетических изменений", опять же, либо удручающее неведение, либо троллинг, поскольку сами  факты эпигенетического наследования признают все направления современной науки.

Данная тема открывается предложением:

Цитата: Евгений Гаврилычев от января 18, 2023, 22:47:13Вопрос о достаточности схемы «мутации плюс отбор» остаётся дискуссионным.

Тема открыта в январе текущего года, статья, на которую вы опираетесь, опубликована в 2019. Получается что автор темы в неведении, что "факты эпигенетического наследования признают все направления современной науки". О какой дискуссионности он говорит? Его неведение  (согласно определению Игоря Антонова) указывает, что тема началась с троллинга всего форума.

Цитата: Игорь Антонов от октября 30, 2023, 08:11:03Если Вы противопоставляете свою точку зрения всему научному сообществу в целом, то не слишком ли это самонадеянно?

Самонадеянность адресуйте, в первую очередь, себе любимому, Игорю Антонову. То, что в названии темы фигурирует ваша фамилия и вы приложили к этому свою руку, у меня нет сомнений. 

Цитата: Игорь Антонов от октября 30, 2023, 08:11:03С другой стороны, я всегда готов к содержательному обсуждению интересующих вопросов с любым участником форума, включая Вас, kostik.

А, по-моему,  вы лукавите.  Вы очень не любите своих оппонентов.

Привожу пример классического троллинга.

Цитата: Игорь Антонов от октября 27, 2023, 10:46:42Питер, Вы пристрастны даже в мелочах, не говоря уже о выводах.

Вы, Игорь Антонов, достоинство человека переводите в категорию недостатков. Подчеркну, вы с Питером делали разбор статьи. В этом деле мелочей не может быть по определению, все должно учитываться.

Цитата: kostik от октября 30, 2023, 15:51:13Т.е., по-вашему, троллинг - это неведение.

Нет, как я уже сказал, троллинг - это имитация неведения.
Если же Вы неведение не имитировали, а просто не воспринимали, о чём шла речь на последних страницах, на которых Вы сами высказывались, то это не троллинг, а первый вариант из двух упомянутых - "Вы вообще не в теме".

Цитата: kostik от октября 30, 2023, 15:51:13

ЦитироватьВопрос о достаточности схемы «мутации плюс отбор» остаётся дискуссионным.

Тема открыта в январе текущего года, статья, на которую вы опираетесь, опубликована в 2019. Получается что автор темы в неведении, что "факты эпигенетического наследования признают все направления современной науки". О какой дискуссионности он говорит? Его неведение  (согласно определению Игоря Антонова) указывает, что тема началась с троллинга всего форума.

Тема открыта вне какой-либо прямой связи с явлениями эпигенетического наследования, а посвящена обсуждению факторов и моделей эволюционного процесса, что как было дискуссионным вопросом в январе текущего года, так и осталось им сейчас.

Цитата: kostik от октября 30, 2023, 15:51:13Самонадеянность адресуйте, в первую очередь, себе любимому, Игорю Антонову. То, что в названии темы фигурирует ваша фамилия и вы приложили к этому свою руку, у меня нет сомнений. 

Уважаемый автор темы - Евгений Гаврилычев,
поясните пожалуйста публике - знал ли я что-то заранее о том, что эта тема появится и как она будет называться?

Что касается самонадеянности, то я, как раз, никаких открытий себе не приписываю, а считаю своей задачей сложить, по возможности, правильный пазл из известных и без меня вещей.

Цитата: kostik от октября 30, 2023, 15:51:13Вы, Игорь Антонов, достоинство человека переводите в категорию недостатков. Подчеркну, вы с Питером делали разбор статьи.

kostik, у нас многолетние товарищеские и уважительные отношения с Питером. Я уверен, что я его не задел этой репликой.


В общем, kostik, проблема в том, что Вы не воспринимаете смысл достаточно простых моих высказываний, а я, видимо, Ваших.
Это называется недопониманием.
Gilgamesh проблемы недопонимания предлагает решать в личных сообщениях.
И я Вам именно это уже предлагал, но Вы отказались общаться в ЛС.
Поэтому я предлагаю в силу бесперспективности прекратить наше бесплодное общение.
Высказывайтесь, как хотите, но вопросов мне не задавайте, пожалуйста.
Поскольку ответов Вы не понимаете.

Цитата: Игорь Антонов от октября 30, 2023, 09:47:51Эпигенетическое наследование через гистоны хромосом сперматозоидов доказано экспериментально

"Таким образом, в обсуждаемой работе показано, что, во-первых, состояние метилирования гистонов, переданных в зиготу с хромосомами отца, продолжает на протяжении жизни поддерживаться в клетках-предшественниках гамет у потомства, во-вторых — что это напрямую отражается на экспрессии генов в клетках-предшественниках гамет, и в-третьих — что это в конечном счете отражается на функциональности клеток и фертильности потомства. "

Считать  ли  это наследованием  -  не   вопрос.  Проблема  же  в  другом  -  и  тут  это как  раз  видно.  Передаваемый    сигнал  (довольно  грубый)  остается   на  уровне  гамет  -  и   не  уходит в  сому. Это  другая  сторона  медали  передачи  эпигенетического  сигнала  из    конкретной  ткани  через  гаметы  в  следующее  поколение.  Отлично,  за  счет эпи  в  соме    создается    отлично   соответствующий      среде   фенотип.  Вопрос  -  как  свернуть  эту  информацию об  оптимально   эпи  для  передачи  потомку ?
При  этом   опять  же  надо  помнить,  что  эпи    начинается  с  метилирования    цитозина.  Которое  идет  только  по  определенным  сайтам и  мутация  в  таком  сайте  может  очень  сильно  поменять весь  эпифенотип. Песчинка может   перевернуть  гору  ...

Да,   мы  с  Игорем  Антоновым   давным-давно  стоим  по  разные  стороны   дилеммы    геном\феном  первичен в  эволюции. Но пока  вроде  у  нас с  ним  до  условного мордобоя   не  доходило.  Просто каждый  из  нас   по-разному
 смотрит  на  эволюционный  стакан. Главное  чтобы  в  нем что-то  было. А  тосты   могут  быть  разными.

Цитата: Игорь Антонов от октября 30, 2023, 16:22:11Gilgamesh проблемы недопонимания предлагает решать в личных сообщениях.
И я Вам именно это уже предлагал, но Вы отказались общаться в ЛС.

Во-первых, дайте ссылку где вы предлагали, а я отказался.

Во-вторых, почему же вы, принимая предложение Gilgamesh, свое сообщение

Цитата: Игорь Антонов от октября 29, 2023, 21:15:22Скучно, kostik?
Надоело троллить Максета?

поместили не в ЛС, а на форуме?

Цитата: Игорь Антонов от октября 30, 2023, 16:22:11kostik, у нас многолетние товарищеские и уважительные отношения с Питером. Я уверен, что я его не задел этой репликой.

Даже, если в реальной жизни вы с Питером целуетесь в десна, ваша реплика в его адрес, в социальных сетях классифицируется как троллинг. 

П.С. Я не жду от вас ответа. Воспринимайте мой вопрос как риторический.

Цитата: kostik от октября 30, 2023, 17:22:35Во-первых, дайте ссылку где вы предлагали, а я отказался.

Предлагал в личном сообщении от 17 июля 2020 года, в теме форума сообщил Вам о нём. В архиве отправленных оно у меня сохранилось.

Цитата: kostik от октября 30, 2023, 17:22:35Во-вторых, почему же вы, принимая предложение Gilgamesh, свое сообщение

ЦитироватьСкучно, kostik?
Надоело троллить Максета?

поместили не в ЛС, а на форуме?

Потому, что Вы совсем недавно публично признавались в троллинге в отношении Максета, а Вашу реплику я воспринял как сознательный троллинг, поскольку не мог вообразить такую степень  непонимания моих высказываний. У Райкина была миниатюра - "запустить дурочку". Я буквально так это и воспринял. Честное пионерское. Извините за ошибку.

Цитата: василий андреевич от октября 29, 2023, 09:30:13Однако условный "эпиген" статистически столь часто срабатывает через поколение, что поневоле приходится подозревать внегеномное наследование, как бы через молоко матери, через цитоплазму.

Я не прото так употребил мягкое "приходится подозревать".
  Если вещество, хоть фермент, хоть гистон, влияет на экспрессию в поколениях, то он должен обладать свойствами протовируса, внедряющегося в геном так, что бы воспроизводится при каждом последующем делении.
  Пока же в опыте, только констатируется, что выработанный новый метаболический процесс, привел к той перестройке в цитоплазме, которая воспроизводится в каждом последующем поколении, пока действует средовой фактор. После снятия фактора таковая перестройка станет вредной или смертельной.

  Управление экспрессией генов должно было родиться вместе с клонированием этих генов, другое дело, что в сложном геноме возникают дополнительные возможности по экспрессии регулирующих (спящих) генов. Потому и интересен вопрос не про эукариоты, а про наиболее простые геномы. Как уже говорил Игорь Антонов - двести генов, из которых сто восемьдесят белок кодирующих.

  Тем простейшим организмам, у которых высок горизонтальный обмен, жизненно важно научиться не хватать полезные мутации, а нивелировать последствия вредных. Потому остановка экспрессии этих генов - залог выживания. И передавать по наследству надо было бы "навык" по подобию метилирования или переводу генов в нерабочее (спящее) состояние.

  ПП. Я заставил себя прочесть статью по ссылке, хорошо если понял процентов десять. Но понял еще, что не столь важен химизм экспрессии, который еще надо умудряться передавать потомству, сколько важен физический принцип, регулирующий экспрессию.

Цитата: Питер от октября 30, 2023, 16:45:10Отлично,  за  счет эпи  в  соме    создается    отлично  соответствующий      среде  фенотип.  Вопрос  -  как  свернуть  эту  информацию об  оптимально  эпи  для  передачи  потомку ?

Питер, в далёком 2005 году, когда этот форум только начинался, Вы укоряли меня невозможностью предъявить инструменты направленного редактирования генома в интересах протоплазмы. 
Но вот прошла эпоха и хотя прямого редактирования генома не предъявлено и теперь, но мы видим публикации и об адаптивном управлении мутациями, и о направленном наследуемом управлении экспрессией генов у одноклеточных.
Но многоклеточные - это более прогрессивные формы. 
Утратили ли они адаптивные возможности, имевшиеся у их предков, или трансформировали их? Если ещё вспомнить про ускорение эволюции?
Механизмы - да, пока не исследованы, но это ещё не означает, что их не существует.

Цитата: василий андреевич от октября 30, 2023, 23:00:11Я заставил себя прочесть статью по ссылке, хорошо если понял процентов десять. Но понял еще, что не столь важен химизм экспрессии, который еще надо умудряться передавать потомству, сколько важен физический принцип, регулирующий экспрессию.

Фреддолино, рассматривая возможную модель процесса, мыслит в правильном направлении - что управление должно быть интегративным, учитывающим пользу получаемого результата для клетки в целом. Но Браун на эту статью отозвался критически именно из-за интерпретации результатов, поскольку отмечал, что продукты отдельных генов взаимодействуют и оптимальные режимы экспрессии этих генов не могут подбираться независимо, как в модели Фреддолино.

Цитата: Игорь Антонов от октября 31, 2023, 00:19:43Но Браун на эту статью отозвался критически именно из-за интерпретации результатов, поскольку отмечал, что продукты отдельных генов взаимодействуют и оптимальные режимы экспрессии этих генов не могут подбираться независимо, как в модели Фреддолино.

А тут выходит такое "противное дело", что модель оказывается сложнее явления. Имеем маленький ручеек метаболизма, управляющий океаном векторного поля экспрессии. Причем, экспрессивное векторное поле, скорее всего роторное (вихревое). Ротор вихря смахивает на спин, а спины - пляска ужасов дальнодействия.
  Короче, я застываю в нерешительности. Дело в том, что экспрессию придется нарекать очень странным вектором, направленным, по идее, от порядка генома к беспорядку метаболизма, но направленным таким образом, что на каждом каскаде-вихре рождается обратный вектор, нарекаемый от булды информацией. Получается весьма удручающая вещь - коды на неизвестно каком носителе идут к геному, а не от него.

Цитата: василий андреевич от октября 31, 2023, 08:41:37коды на неизвестно каком носителе идут к геному, а не от него.

Есть понятие "гистонового кода", есть модифицирующие его ферменты. Проблема модели не в химической базе, а в координации внутриклеточных процессов.

Цитата: василий андреевич от октября 30, 2023, 23:00:11Тем простейшим организмам, у которых высок горизонтальный обмен, жизненно важно научиться не хватать полезные мутации, а нивелировать последствия вредных. Потому остановка экспрессии этих генов - залог выживания. И передавать по наследству надо было бы "навык" по подобию метилирования или переводу генов в нерабочее (спящее) состояние.

Есть концепция "чем меньше, тем лучше".

Вот как она излагается в одном исследовании адаптации растений (перевод):

ЦитироватьСогласно гипотезе «чем меньше, тем лучше», потеря генов является двигателем эволюционных изменений. Мутации с потерей функции (LoF), приводящие к естественному нокауту генов, кодирующих белки, не только предоставляют информацию о функции генов, но и играют важную роль в адаптации и фенотипической диверсификации.

Вот статья (на английском): "Геномный подход позволяет понять, насколько важны потери генов для адаптации млекопитающих".

Свежая статья (на русском языке) с попыткой философского обобщения современных тенденций эволюционной мысли.

Из аннотации:

ЦитироватьКритически оценивается теория и методология неодарвинизма (синтетической теории эволюции), предлагающего в качестве главной действующей причины эволюционного развития изменения среды и объясняющего образование новых признаков (изменчивость, адаптация) случайной мутацией генов. Обосновывается, что биологические системы являются частично интеллектуальными, обладают широко исследованным «минимальным познанием» (minimal cognition), способны к сбору информации и направленному преобразованию себя и окружающей среды. Для описания когнитивных процессов у организмов, не обладающих нервной системой, используется парадигма телесно реализуемого, или воплощенного, познания (embodied cognition).
Для объяснения природы развивающихся систем и системных переходов в эволюции в работе также используются понятия «распределенная деятельность» и «распределенное познание» (distributed cognition). В статье показано наличие в природе не только индивидуальной, но и системной, надындивидуальной целесообразности (например, у бактерий и общественных насекомых). В связи с этим традиционная модель эволюции снизу вверх (bottom-up evolution) — от элементов к системе — дополнена моделью эволюции/детерминации сверху вниз (top-down evolution) — от системы к элементам системы.