paleoforum.ru

Цитата: Alexeyy от октября 29, 2023, 12:42:54Имелась в виду статья ниже? Про неё я - в курсе; я предполагал, что, может, ещё что новое появилось и что использовалось в обсуждении на последних нескольких страницах.

Новое последних страниц - это подтверждения важной роли эпигенетической изменчивости в микроэволюции, вплоть до её ведущей роли в этой сфере. А это существенный сдвиг парадигмы в сторону неоламаркизма.

Из экспериментальных исследований была ещё работа Freddolino "Stochastic tuning of gene expression enables cellular adaptation in the absence of pre-existing regulatory circuitry", где клетки дрожжей адаптивно без мутаций перестраивают регуляцию в непредвиденной ситуации и эта адаптация наследуется.

Цитата: Игорь Антонов от октября 29, 2023, 14:00:16Из экспериментальных исследований была ещё работа Freddolino "Stochastic tuning of gene expression enables cellular adaptation in the absence of pre-existing regulatory circuitry", где клетки дрожжей адаптивно без мутаций перестраивают регуляцию в непредвиденной ситуации и эта адаптация наследуется.

Имеется в виду в процессе отбора?

Цитата: Alexeyy от октября 29, 2023, 15:25:47Имеется в виду в процессе отбора?

Авторы обосновывают, что наблюдаемая ими адаптация возникает без отбора, поскольку исходные клетки изначально являются неприспособленными к условиям эксперимента, но они же начинают успешно делиться после истечения длительного интервала адаптации.

Все (подавляющее число)?

Цитата: Alexeyy от октября 29, 2023, 15:25:47клетки дрожжей адаптивно без мутаций перестраивают регуляцию в непредвиденной ситуации и эта адаптация наследуется.

Возникает вопрос: откуда и как поступает сигнал об изменении экспрессии именно данного гена?

Цитата: Alexeyy от октября 29, 2023, 16:27:42Все (подавляющее число)?

Скорее, все. Авторы пишут: "проходит существенная задержка, прежде чем какие-либо клетки начинают устойчивый рост".

Цитата: kostik от октября 29, 2023, 16:31:04Возникает вопрос: откуда и как поступает сигнал об изменении экспрессии именно данного гена?

Авторы предлагают следующую модель:

ЦитироватьМы пришли к выводу, что такой процесс оптимизации требует существования:
(1) источника стохастических переходов в экспрессии генов;
(2) способности локального хроматина вести учет недавних изменений в транскрипции; и
(3) центрального метаболического узла, который интегрирует различные параметры внутриклеточного здоровья и постоянно транслирует, улучшается или ухудшается общее состояние клетки.

И далее обосновывают, что всё это есть.
В качестве исполнительного механизма для управления экспрессией генов авторы рассматривают модификацию гистонов.

Они пишут:

ЦитироватьСтохастическая настройка, ориентированная на фитнес, требует обратной связи о глобальном состоянии здоровья с каждым промотором в геноме.
Многие ферменты модификации гистонов зависят от метаболических промежуточных продуктов и кофакторов,
которые обеспечивают поддержку потенциальной обратной связи глобальных параметров, связанных с приспособленностью, с эпигеномом.

Цитата: Игорь Антонов от октября 29, 2023, 11:58:36в экспериментах группы Брауна и других исследователей по адаптации колоний генетических клонов дрожжей к непредвиденным проблемам, включающей в себя наследуемую эпигенетическую перестройку регуляции в клетке.

Цитата: Игорь Антонов от октября 29, 2023, 14:00:16клетки дрожжей адаптивно без мутаций перестраивают регуляцию в непредвиденной ситуации и эта адаптация наследуется.

А может никакой наследуемости адаптации и нет. Если фактор, вызывающий эпигенетические изменения, не убирать, то в последующих поколениях,  он  каждый раз также влияет на экспрессию гена (генов) как и в начале эксперимента.

Цитата: kostik от октября 29, 2023, 19:10:43А может никакой наследуемости адаптации и нет. Если фактор, вызывающий эпигенетические изменения, не убирать, то в последующих поколениях,  он  каждый раз также влияет на экспрессию гена (генов) как и в начале эксперимента.

Там вся суть в том, что в начале эксперимента и в его конце один и тот же фактор влияет по-разному.

Цитата: Игорь Антонов от октября 29, 2023, 19:38:33

Цитата: kostik от октября 29, 2023, 19:10:43А может никакой наследуемости адаптации и нет. Если фактор, вызывающий эпигенетические изменения, не убирать, то в последующих поколениях,  он  каждый раз также влияет на экспрессию гена (генов) как и в начале эксперимента.

Там вся суть в том, что в начале эксперимента и в его конце один и тот же фактор влияет по-разному.

В ключевом слове "по-разному" я вижу подтверждение слов моего предыдущего сообщения. "По-разному" можно объяснить ошибками измерения и не идентичностью повторностей эксперимента. А как иначе можно  объяснить "по-разному"?

Скучно, kostik?
Надоело троллить Максета?

Цитата: Игорь Антонов от октября 29, 2023, 21:15:22Скучно, kostik?
Надоело троллить Максета?

При чем тут троллинг?

Когда у вас нет ответа на вопрос, не только мой, но и других пользователей  форума, вы моментально скатываетесь на личность.
Я предельно понятно объяснил свои сомнения в наследовании эпигенетических изменений.

Повторяю свой вопрос: при чем тут троллинг?

Цитата: kostik от октября 30, 2023, 01:03:13Повторяю свой вопрос: при чем тут троллинг?

Не надо повторять. Лучше развейте подозрения, изменением формы вопроса "по-разному?". Ведь Игорь крайне осторожно высказывает свое отношение даже не к своим идеям, а к идеям авторов цитируемых исследований.
  Я из своего кругозора сужу так, что эпигенетика - это поиск, вернее констатация, обратных (положительных или отрицательных) связей от фенотипа к генотипу. Метильная метка - это педаль тормоза (отрицательная обратная связь), а вот нужна ли педель газа, остается пока не ясно. Вполне вероятно, что не нужна - экспрессия и так, как открытая заслонка акселератора.

  Если ввести "эпиген", как систему по расстановке метильных меток, которые могут (но не должны) быть переданы при клонировании, то получаем подобие SOS-репарации, когда "последняя метка" просто не успела сняться естественным образом, допустим, тепловыми флуктуациями. Дочерняя клетка может снять метку, а может и оставить, в последнем случаем будем иметь механизм геномной деградации, когда фенотипическая стезя идет в направлении паразитирования.
  Тот факт (на него Игорь напирает не без основания), что клетки дрожжей в ситуации стресса "ждут", наподобие того, как высшие животные впадают в ступор "фокуса внимания", говорит о том, что идет не просто поиск вариантов запасных (второстепенных) метаболический путей, а созидание новых, связанные с синтезом новых ферментов. Как идет этот поиск - большой вопрос, и могут ли тут помочь представления о метильных метках, тоже вопрос.

Цитата: kostik от октября 30, 2023, 01:03:13Повторяю свой вопрос: при чем тут троллинг?

kostik, троллинг здесь, во-первых,  при том, что то, что означает "по-разному" в контексте  экспериментов Брауна и Фреддолино с дрожжами, подробно обсуждалось на форуме и, в частности, совсем недавно в этой теме.
Демонстрируемое Вами недоумение показывает, что либо Вы вообще не в теме, но тогда что Вы здесь делаете (?), либо изображаете неведение, что по факту является троллингом.

Во-вторых, заявление "Я предельно понятно объяснил свои сомнения в наследовании эпигенетических изменений", опять же, либо удручающее неведение, либо троллинг, поскольку сами  факты эпигенетического наследования признают все направления современной науки. Если Вы противопоставляете свою точку зрения всему научному сообществу в целом, то не слишком ли это самонадеянно? Это как если бы я заявил о сомнениях в существовании случайных мутаций.

С другой стороны, я всегда готов к содержательному обсуждению интересующих вопросов с любым участником форума, включая Вас, kostik. Но будем честны друг перед другом. Я просто знаю, что Вам нужно не это. Или я ошибаюсь?

Если же Ваши сомнения касаются конкретной публикации, то вот ссылка на её перевод на русский язык. Там можно без посредников ознакомиться с позицией авторов и предметно сформулировать свои возражения, если они возникнут.

Цитата: kostik от октября 29, 2023, 19:10:43А может никакой наследуемости адаптации и нет. Если фактор, вызывающий эпигенетические изменения, не убирать, то в последующих поколениях,  он  каждый раз также влияет на экспрессию гена (генов) как и в начале эксперимента.

Вполне возможно. Например, какой-то действующий фактор передаётся вместе с окружением, но не в геноме. Скорее всего, это ближайшее (но и тут возможны варианты) средовое окружение («прилегающее», так сказать, к геному).

Следует также учесть, что действующих факторов может быть сразу несколько и конечный результат может зависеть от соотношения этих факторов.

Цитата: kostik от октября 29, 2023, 21:07:18В ключевом слове "по-разному" я вижу подтверждение слов моего предыдущего сообщения. "По-разному" можно объяснить ошибками измерения и не идентичностью повторностей эксперимента. А как иначе можно  объяснить "по-разному"?

И это вполне возможно.

Добавлю.

Понятно, что это ближайшее окружение может меняться под действием уже внешних факторов (например, в лаборатории (освещённость, температура и пр.) или даже за стенами лаборатории (геомагнитное поле и т.д.), влияние которых трудно учитывается либо не принимается во внимание вовсе. Соответственно, и действующий фактор может не сработать (или соотношение факторов станет другим и их итоговое действие изменится).

Кроме того (как вы и сказали), идеально воспроизвести окружающие условия в каждом опыте просто невозможно – всегда будет некий (пусть даже небольшой совсем) разброс по химическому составу среды, по физическим параметрам среды и т.д.

Поэтому и воспроизводимость результатов опытов будет явно не стопроцентной.