paleoforum.ru

Цитата: Питер от декабря 30, 2022, 10:29:15что    матчасть

Случайно, в качестве дополнения к матчасти это не подойдет: http://www.bio.bsu.by/genetics/files/4.evol_th/evolution_theory_12_13.pdf?

  Употребляя секвенирование (установление последовательности мономеров в полимере) я намеренно избегал прибавление символа ДНК. Но и термина "эпиген" коснулся прежде чем разобраться с понятием измерение, а это вред пониманию.
  Популяционный рой сравнивал с облаком, которое функционирует (изменяясь) "над" шкалой времени за счет притока новых частиц-особей и оттока частиц, оставивших свой след в турбуленциях внутреннего движения, даже если эти частицы не участвовали в клонировании особей роя. Рой - полимер со слабыми связями. Организм - полимер с более сильными связями. Геном - полимер с сильными связями. Секвенируя сильные связи в геноме, мы уничтожаем сопутствующие слабые связи, как уничтожим поведение электронной оболочки, деля ядро атома на нуклоны. Обратный синтез нуклонов в ядро уже не восстановит поведения электронной свиты, как и теоретическое восстановление сильных связей в геноме после секвенирования, не восстановит поведения белковой свиты.

  Поведение особей всей популяции (с приходящими и уходящими членами) - это состояние с нулевой холодностью или бесконечной неопределенностью (температурой). Выхватывая (секвенируя) особь с локальным окружением, мы "обрезаем" функцию вероятности до состояния с отрицательной холодностью, что тождественно появлению кодовой метки, как ядра в обрамлении уже не столь хаотичной свиты. Мы совершили теоретическую работу над теоретической потенциальной функцией, снизив значение ее аргумента от О до минус Х. -Х-О - это изменение аргумента, дельта Q (тепло) - изменение функции. Получаем отрицательную дельту функционального тепла, т.к. в локализации тепла меньше, чем в рое. И вычисляем энтропию теоретического секвенирования, как естественность энтропийного роста -Q/-Х.

  Вот, собственно, и состоялось введение понятия эпиген, как частицы, естественно повышающей энтропию состояния системы при ее локализации, как обособление взаимовлияния за счет рождения кодовой метки.
  Если кодовые метки одинаковы, то они "отталкиваются"-рассеиваются, если разные, то концентрируются в согласии с формулой Шеннона (шумовая модель).

Цитата: Дарвинист от декабря 31, 2022, 07:03:50Ой ли?!..

Таки, да. Секвенировав "сильные" связи и теоретически их восстановив в древней особи А и современной особи Б, мы уничтожили эволюцию функции вероятности, получив "невероятный" синтез, как суперпоследовательность суперслучайностей.
  ПП. Счаз попробую разобраться с "молекулярными часами". Если смогу, отпишусь.

Сферический конь в вакууме. Эпиген, туды его в качель...

  А так обычно и поступают "в новогоднюю ночь" - сперва офизичивают вакуум, потом вводят сферического коня из виртуальных частиц, и "смотрят" к каким следствиям это ведет. Получается, что "конь" меняет свою сферичность под "тонким влиянием" виртуальных частиц при том, что обрезаются все обратные связи от формы к виртуальности.
  Вот и эпиген вводится, как зависимый от гена, но без его обратного влияния на работу самого гена. Получается эволюция того "сферического коня", которого не было, но о котором мы всегда помним.

  Моделью часов генетического дрейфа порождаются проблемы стволовой части, как теоретически независимой от хода часов. Это привычно выливается в траекторию гротескного ствола от ЛЮКа до человека, как вершинной почки, терявшей по пути стволовЫе ответвления будущих локальных дивергенций, но копившей собственные мутации.
  Но вот пример встречи со своим еще юным дедушкой - будущие шимпы уходят из популяции, а будущие бонобо остаются в "земле обетованной". Как пойдут молекулярные часы, когда шимпы вернутся для соединения с бонобо?
  В темах миграционной модели человеков я неоднократно задавал игнорируемый вопрос о том, чем отличаются остающиеся от уходящих?
  Для молекулярных часов они не должны отличаться, но всегда в запазухе будет "эффект основателя", позволяющий перепрыгнуть из одной модели в другую. Пусть и эффекта основателя с прочими бутылочными горлышками не будет. Получим, что количество новых нейтральных мутаций у обоих "половинок популяции" будет равно, но мутации неизбежно окажутся в разных частях генома.
  Вот в подобной ситуации встречи двух "симметрий" (или спонтанного нарушения симметрии) и может помочь понятие эпигена. Собственно для эпигена и предлагались к рассмотрению модели циклической (замкнутой) шкалы температур, тянущие за собой представления о замкнутости (цикличности) собственных времен. И эти "времена" в одном популяционном (а то и биосферном) стволе, вот только ветви будут расти так, что упрутся и прорастут в ствол, якобы, раньше, чем они от ствола отделились. Это и есть ужасная для здравомыслия ситуация.
  Однако еще ужасней ситуация, привычная для здравого мышления, когда часы в чужом кармане становятся фактором для модификации кармана собственного. И это обыденность - только серия невероятных самообманов становится истиной правдой. И тут же эффект Зейгарник - мы хорошо помним, где мысль оборвалась, но забываем траекторию мысли к обрыву; получаем серии "точек забвения", складывающихся в траекторию идеи, не вытекающую из всего опыта предшествующих логик.

  С новым годом оппонирующие друзья!

Цитата: василий андреевич от января 01, 2023, 11:17:28Однако еще ужасней ситуация, привычная для здравого мышления, когда часы в чужом кармане становятся фактором для модификации кармана собственного. И это обыденность - только серия невероятных самообманов становится истиной правдой. И тут же эффект Зейгарник - мы хорошо помним, где мысль оборвалась, но забываем траекторию мысли к обрыву; получаем серии "точек забвения", складывающихся в траекторию идеи, не вытекающую из всего опыта предшествующих логик.

Возможно потому, что, как говорит моя супруга, то, что может быть интерпретировано как информация, появляется лишь при одном условии: когда событие может быть охарактеризовано как положением во пространстве и точным моментом времени, так и четырьмя координатами. Если проще, зарегистрировано и описано понятным образом.
А такая возможность существует лишь для очень ограниченной группы  л о к а л ь н ы х  и  и н е р ц и а л ь н ы х  координат - то есть для ближайших окрестностей точки, но не  н е к о т о р о й  о б л а с т и , которую покрывает общая система координат. 

В общем, нужно определить и развить понятие  м е т р и к и  для живого, чтобы продвинуться в решении вопроса...

Цитата: Дарвинист от января 02, 2023, 10:21:50нужно определить и развить понятие  м е т р и к и  для живого,

Разумеется, Ваша супруга права "с приземлением", но приземлимся ли мы в Риманово пространство?
  Вот рабочее определение: информация - это энтропия, вычисленная как разница между полученным и исходным продуктом. И тут же первый вопрос: квадрат информации, это положительное или отрицательное число? Векторная или скалярная эта чертова информация?
  Измерять продукт можно и в друндуковинах, если четко определить, что это такое, потому сделаю лирическое отступление:

  Как-то почти две недели пришлось идти на суденышке класса "Колхозница" вверх по Енисею и Нижней Тунгуске. Там не обязательно наличие судового колокола, но как-то философствующий капитан ткнул пальцем в косицу на языке рынды и изрек: "друндуковина - всему голова". Я дернул за друндуковину, получилась склянка, а восемь склянок - это смена вахт, то есть обнуление энтропии. И не важно, что где-то там, склянка равна получасу, главное то, что друндуковина, как вектор, восемь раз
"приставленный" друг к другу, образует замкнутый рабочий контур, внутри которого идет информационный процесс.
  Длина окружности связана с радиус вектором, квадрат которого будет числом отрицательным, символизирующим рождение емкости (искривление, прогиб) для массы сведений, произведенных за "вахту".
  Я понимаю, что сказанное непонятно. Но если геном уподобить вектору, искривляющему пространство для той информации, которая заполнит (схлопнет) вероятностную функцию, то вполне вылезает "эпигенная" наследственность. Сам эпиген не передается по наследству, но начинает работать, с момента оплодотворения яйцеклетки, как развертывание эпигенетического поля, сортирующего белки и пр. вдоль эпи-поверхности, которую ранее я рискнул назвать обратным k-пространством и сравнил с поверхностью Ферми, как зоной наилучшей проводимости.
  По сути, зона наилучшей проводимости - это эволюционирующая "плоскость" метаболизма, из которой берется питание и в которую сбрасываются отходы. Потому и упомянул эффект Зейгарник, что множество логик находит выход вдоль эпи-плоскости наилучшей проводимости для идеи, как нового алгоритма.

  Таким образом, эпиген может ошибаться в своих построениях, но сдать вахту следующему эпигену - это святое, "восемь друндуковин" объявляют цикл замкнувшимся с той эпи-поверхностью метаболизма, которая является оптимальной при данных условиях внешней среды.
  В триаде ДНК-РНК-белок, главная роль получается у РНК, считывающей метки в белом шуме ДНК, как питание, но сбросить, как отходы, может(?) другие метки, изменив свое рабочее тело, если эпиген еще не сложился в оптимальную эпи-плоскость за восемь друндуковин своей вахты.

Цитата: василий андреевич от января 03, 2023, 08:00:25Я понимаю, что сказанное непонятно. Но если геном уподобить вектору, искривляющему пространство для той информации, которая заполнит (схлопнет) вероятностную функцию, то вполне вылезает "эпигенная" наследственность. Сам эпиген не передается по наследству, но начинает работать, с момента оплодотворения яйцеклетки, как развертывание эпигенетического поля, сортирующего белки и пр. вдоль эпи-поверхности, которую ранее я рискнул назвать обратным k-пространством и сравнил с поверхностью Ферми, как зоной наилучшей проводимости.

К чему городить этот "эпиген"?
10 независимых метрик из ОТО, что переносят гравитацию, не пойдут разве???!!!
Я просто предлагаю завязать полемику и двигаться к согласию с разных сторон, не прибегая к понятиям вроде "эфира" - при том, что есть представление о хиггсовском поле. Точно также, упоминал о 10, 16, 4, рассчитывая, что некто вспомнит об ОТО и энтропии, как количественной мере. Перейдя к разговору об аффинных делах, думал, что появится идея о том, как связать с эволюцией понятие об аффинной связности, которое обязательно приведет к вопросу о метрике эволюционного пространства-времени!..

А что такое "эпиген"? Это какой-то обобщенный образ среды? Или нечто/некто предсуществующее/-ий, вроде вездесущего духа? Я не знаю, что мы можем обсуждать в связи с этим. Я предлагаю уточнить метрику в связи с известным, Вы сами, как я понял, это поняли - но не предложили ничего, чтобы я смог определиться...   

Предсществующий дух я обсуждать не буду, уважаемый василий андреевич.
И не стоит меня провоцировать, предлагаю приходить к согласию, я достаточно много предлагаю прямых ссылок, не навязывая своей точки зрения...

Возможно, под "эпигеном" Вы имели в виду что-то подобное, уважаемый василий андреевич, см., пожалуйста, https://cyberleninka.ru/article/n/epigeny-nasledstvennye-edinitsy-nadgennogo-urovnya?

Дали бы, тогда, соответствующую ссылку или пояснили бы подробнее. Я не воспринимал бы понятие со столь категоричным непрятием, а постарался бы понять Вашу логику...

А, вот, материал, в котором, если я правильно понимаю, как раз память пытаются сделать важной составной частью эпигенетического наследования.

При всей скудности сведений об этом подходе, лично у меня создается впечатление сходства памяти с энтропией, уважаемый василий андреевич, см., https://elementy.ru/genbio/resume/106/Kontury_nekanonicheskoy_teorii_nasledstvennosti_ot_genov_k_epigenam и https://journals.eco-vector.com/index.php/ecolgenet/article/view/5430.

Цитата: Дарвинист от января 03, 2023, 08:26:36К чему городить этот "эпиген"?
10 независимых метрик из ОТО, что переносят гравитацию, не пойдут разве???!!!

Соглашусь, не надо было произносить "эпиген". И сворачивать "лишние" метрики, дабы подогнать результат - не выход.

  Есть наследуемо разворачиваемая стезя метаболизма. Любая мутация вредна, т.к. делает прежнюю стезю не эффективной. Как перевести вредную мутацию в ранг нейтральной, если для этого требуется перестроить согласованность в работе многих генов? Причем перестроить не постепенно, а единым актом.

  Незачем привлекать Хигговский механизм, если электрон в двущелевом эксперименте ведет себя, в образе знающего о включенном регистраторе. И метаболический путь "знает", в каком месте оборвалась цепочка каскадов реакций обесцениваемого запаса. Это подобно мгновенному перекрытию потока к базису эрозии, с естественным незапланированным накоплением потенциала (раздражения).
  Скрытая от наблюдения локальная работа цитоплазмы по выбору оптимального пути обесценивания раздражения, никоим образом не может быть отражена на работе генов, ибо полетит на свалку вся идея наследования.
  Нет ни йоты времени для проб и ошибок - новые метаболические пути в обход нарушенному должны состояться на всем протяжении от истока до устья. И нет, и не может быть никаких "записей" в геноме, как исправлять принципиальную случайность.

  Как назвать "информации", рождающиеся во всей цитоплазме, когда нет носителей кодов? Что разом меняется при рождении непредвиденного потенциала? Возможный ответ - белый шум, как поле с хаосом "меток".

  Вопрос к эксперименту. Какова будет разница в поведении группы крыс, если одной половине рубить хвосты, а второй "рубить" ген хвостатости?

Цитата: василий андреевич от января 03, 2023, 11:00:44Вопрос к эксперименту. Какова будет разница в поведении группы крыс, если одной половине рубить хвосты, а второй "рубить" ген хвостатости?

Этот материал не поможет получить ответ, см., https://elementy.ru/bookclub/chapters/434176/Evolyutsiya_Glava_iz_knigi?

  Да. Этот материал достойный пример того, что я неправильно назвал "работой эпигена". То есть, та работа морфы, которая имеет самостоятельную стезю "над-выше" работой гена, без влияния на последнюю. Рудиментация морфы и "рудиментация" генома, как параллельные мультиверсы, стягивающиеся "к математически особой точке". (диф уравнения от Ляпунова)
  Генетическая рубка хвоста - это изменение эффекта основателя, а рубка хвоста у щенка - это мифологизация эпигена. Например, бесхвостая обезьяна за счет мутации "основателя" и та же обезьяна, состоявшаяся бесхвостой за счет длительной рудиментации ненужного органа - это разные маршруты к "особой точке", в окрестности которой произойдет интерференция обоих маршрутов.
  Революция за счет эффекта основателя и эволюция за счет рудиментации - функциональны только при наличии высвобождающихся мест вдоль эпи-поверхности "над" условной прямой между рынком ресурса и рынком сбыта. На прямой находятся препятствия в виде энергии активации, вдоль эпи-поверхности биоконкуренты. Потому и можно назвать эпи-поверхность, эволюционирующей поверхностью наилучшей проводимости.
  Рынок ресурса - порядок солнечного излучения, рынок сбыта - порядок осадконакопления и захоронения в недрах. Без биоты порядок ресурса превратится в беспорядок обесцененного тепла. Ближе к краям эпи-поверхности специалисты, на траектории генералисты. Таким образом, дивергентное видообразование - это разрыв эпи-поверхности с образованием зазора и обходного пути.

  Обходной путь понятен, как адаптация к новому ресурсу и сбыту, а вот зазор (ключ-замок) удобно рассмотреть, как источник информации, как код, требующий своего декодера.

  Потому и рождается образ мутации, как зазора-препятствия между тем, что было, и тем, что будет. Декодером сигналов от мутации является цитоплазма. Цитоплазма - это морфа. Морфогенез - это поиск оптимального "обходного пути", того препятствия, которое образовалось в результате мутации. Получаем, что мутация становится источником информации для морфогенеза.
  Прерывистость/дискретность морф - это залог того, что изменения-нарушения в частном этапе морфогенеза (морфо-гена?) не приведут к смене фенотипа, но наложат отпечаток на половое поведение с вытекающими последствиями резкого поворота эволюционной стези.