Мнимая альтернативность эпигенетической теории эволюции

Автор Basileus, декабря 29, 2006, 14:12:47

« назад - далее »

Jan Metlevski

Цитата: "DNAoidea"Индуцирование мутаций никто экспериментально не показал, его возмжный механизм кроется в полнейшей тьме, переход из одной формы в другую под действием условий среды не показано, что не является выходом за переделы нормы реакции или переключением путей развития посредством морфогенов.

Как насчет генов кодирующих белки антител? Ограниченное кол-во этих генов обеспечивает образование антител в ответ на практически бесконечное множество антигенов. И механизм именно в индуцировании мутаций этих генов тогда когда это нужно. Я сейчас не привду сслылки, но работы есть, и по моему есть и на сайте "Проблемы Эволюции".
Jan

Москвич

zK
ссылка нормально грузится, вы просто точку после pdf уберите

Jan Metlevski

Цитата: "Basileus"Редукционизм – это естественное следствие эмпиризма Бэкона-Локка. На этом фундаменте стоит вся наука вообще, а не только «американский» геноцентризм. Если не получается охватить уровень организации сложной системы, надо ограничиться отдельными ее аспектами. Иначе скатываемся к непроверяемой философии. Если получилось с нижним уровнем – можно подняться повыше, не вышло – спуститься еще ниже. Сначала разглядели гены и сделали вывод о корпускулярности наследственности, потом задумались о стабильности их проявления и появилась эпигенетика. Теперь разбираются с канализованностью, ее механизмами и происхождением. Это нормальный конструктивный научный процесс.

Здесь, на мой взгляд, проилюстрировано довольно расхожее заблуждение что для бОльшего понимания устройства какого-либо объекта нам надо углубиться в его как можно более микро уровень организации. Успешно изучать объекты и явления можно на любом уровне организации не зависимо от наших знаний что происходит на низлежащих или вышестоящих уровнях. Более того, знание того што происходит на других уровнях организации мало помогает для изучения устройства объекта на данном конкретном уровне. Это утверждение следует из системности организации природы и живых объектов в частности. Применительно к данной дискусии, то для понимания закономерностей проявляющихся на уровне фенотипа (а отбор, ведущий к эволюционным изменениям, работает именно с фенотипами, не так ли), недостаточно знания того что происходит на уровне генов.

И вообще, по моему глубокому убеждению, основы общей теории систем обязательно должны преподоваться в средней школе, затем на более высоком уровне на начальных этапах в высшей школе, и затем должно изучаться применение теории систем в конкретной области наук. Почему так нету?
Jan

DNAoidea

Цитата: "Jan Metlevski"Как насчет генов кодирующих белки антител? Ограниченное кол-во этих генов обеспечивает образование антител в ответ на практически бесконечное множество антигенов. И механизм именно в индуцировании мутаций этих генов тогда когда это нужно. Я сейчас не привду сслылки, но работы есть, и по моему есть и на сайте "Проблемы Эволюции".
Ну, во-первых не бесконечное, а значительно первышающие то количесвто антигнов, с которым организм может встретится за жизнь, во-вторых достигается это разнообразие несколькими путями: рекомбинациеями, повышенным числом мутаций, удалением кусков ДНК содержащих отдельные гены и так далее... В третьих - антитела вырабатываются случайно, а потом размножаются только те, которые подходят для имеющихся антигнов. То есть, вариабелиьность тут тоже случайна и никакой индукции мутаций в нужном направлении тут нет.

Дмитрий Шабанов

Цитата: "zK"
Ваша статейка не читаицца ибо ссылка не открываицца. Так что пока учесть Ваше мнение о горохе нет никакой моей возможности.
Войдите с http://www.macroevolution.narod.ru/shabanov.htm  
Эта статейка называется "В поисках стрелочника"

Цитата: "zK"
А на статьи Раутиана я Вам сам недавно давал ссылки (причем работающие)
Или это были не Вы?
Наверное не я, с учетом того, что большая часть материалов по ЭТЭ, лежащих у Маркова, отсканирована и выложена мной.

А насчет вопросов "в темную"... Согласитесь ли Вы учесть, что и Шишкин, и Раутиан - живые люди, у которых есть своя жизнь и свои интересы? Кстати, несмотря на то, что их можно считать классиками ЭТЭ, в их отношении, видимо, следует соблюдать общепринятые нормы вежливости. У Вас есть вопрос к ним — найдите их адрес (это нетрудно), напишите им письмо и задайте его. Если вопрос будет осмысленным, а адрес рабочим, Вам скорее всего ответят. А вот захотят ли они отвечать на вопросы наподобие "чем докажете, что Вы не креационист (вариант: не верблюд)?" или "испытываете ли Вы страх при мысли о термодинамическом неравновесии" я предсказать не берусь. Не думаю, что Маркову надо будет сильно напрягаться, чтобы ответы на такие вопросы не оказался черезчур развернутыми и подробными.

DNAoidea

А мне нравится идея zK - насчёт письма. И почему оно обязательно должно содержать вопросы типа "докажите, что вы не верблюд?" zK об этом ничего не писал - это уже ваши догадки. (Вы полагаете, что иначе вопросы по ЭТЭ задать нельзя или что?)

Дмитрий Шабанов

Цитата: "DNAoidea"И почему оно обязательно должно содержать вопросы типа "докажите, что вы не верблюд?"...  (Вы полагаете, что иначе вопросы по ЭТЭ задать нельзя или что?)
Нет-нет, что Вы! Просто большая часть энергии на этом форуме уходит на обсуждение как раз таких вопросов.
Вы знаете, чтобы задать осмысленный вопрос, тоже нужно для начала "въехать". При том, что меня очень интересует ЭТЭ, за последнее время меня в отношении нее серьезно интересует только один вопрос, с которым имеет смысл обращаться к основателям: как это экспериментально доказать (я задавал этот вопрос и здесь на форуме, и самому Шишкину). Как Вы понимаете, пока ответа (для начала, удовлетворяющего хотя бы меня самого) я пока не получил. Для меня - это самый интересный вопрос, связанный с ЭТЭ.

Сергей

Цитата: "Дмитрий Шабанов"называется "В поисках стрелочника"

Если использовать Вашу железнодорожную аналогию из статьи, то подходы к ТЭ можно пояснить вот так.

Вопрос: Почему поезда из Москвы чаще приходят в Питер, реже в Киев, но никогда не приходят в деревню Неплюевка?

Генетик отвечает: чтобы это понять, сначала надо исследовать, как локомотивы движутся, потом как устроены стрелки, пути, смотреть куда они ведут...

Эпигенетик (обычный): ну ребята, с помощью этого подходы станет понятно, почему поезда не приходят в деревню Неплюевка, а вот для того, чтобы понять, почему чаще приходят в Питер – надо исследовать переключение стрелок во времени, наполняемость составов...

Эпигенетик (а-ля Шишкин): эти подходы ничего не дадут: стрелок много, а шпал вообще не счесть, надо просто спросить у машинистов – дорогу в Питер они знают, в Киев – похуже, а вот Неплюевке никогда ещё не были, но если захотят, то непременно туда съездят...

Правильно ли я въехал в основную мысль Вашей статьи?
И поясните, какие эксперименты помогут выяснить правильность третьего ответа.

zK

Цитата: "Азазель"zK

/ Так вот - пишем письмо типа турецкому султану, а именно:
1. каждый из нас составляет по 5 коротких вопросов Шишкину-Раутиану про ЭТЭ, /

Я согласен  с И. Антоновым, это абсолютно не нужно.
Они всё сказали в своих публикациях.
Нет, они сказали не всё. И это доказывается расхождениями трактовок на этом форуме как между противниками, так и между единомышленниками.
Но незачем обсуждать чучело Шишкина, созданное, неважно, мной, Шабановым или Basileus'ом.
А вопрос, что из представленных нами версий - полное чучело, а что ближе к оригиналу можно выяснить только у авторов.

Поэтомуисходя из нашей болтовни разумно задать Шишкину, например,  такие вопросы:
1. Что нового они с Раутианом внесли в ЭТЭ по сравнению с Шмальгауоддингтоном кроме названия ЭТЭ?
2. Считают ли они ЭТЭ теорией (новой версией Дарвинизма) или парадигмой всей биологии?
3. Как их теория соотносится с эпигенетикой современной западной науки?
4. В чем важнейшие расхождения версий Шишкина и Раутиана?

Какие-то вопросы Александр Марков конечно забракует - он же наш пастух.
Например те, которые зачем-то придумал Дмитрий Шабанов - будто бы за меня.
Цитата: "Дмитрий Шабанов""чем докажете, что Вы не креационист (вариант: не верблюд)?" или "испытываете ли Вы страх при мысли о термодинамическом неравновесии"
Дмитрий Шабанов, Вы слишком увлеклись пикировкой. Так что теперь Вы на этом форуме стали совсем свой - плоть от плоти!
Но придумали бы лучше собственные вопросы к классикам сверх пока единственного про экспериментальную проверку - а то, как я вижу, сканирование статей по ЭТЭ не особенно сказывается на их понимании.
Например, когда я дал ссылки на статьи Раутиана, отсканированные Вами, Вы ответили:
Цитата: "Дмитрий Шабанов"
Цитата: "zK"Да, тут я был неточен. Про термодинамику говорит не Шишкин, а Раутиан...
Да, и та, и другая статьи Раутиана — блестящие (хоть и написаны сложновато). Только и в них нет тех утверждений, которые Вы приписали ЭТЭ...
Но почему, если всё это прошло через Ваши руки, Вы не поправили меня и не дали ссылку на термодинамический пассаж Шишкина:
Цитата: "Москвич"
ЦитироватьПоскольку рост абсолютной устойчивости, или приспособленности, сопряжен с усложнением организации, т. е. движением ко все менее вероятному состоянию, то эволюция уводит организмы все далее от термодинамического равновесия, что возможно лишь за счет все более высокого уровня потребления энергии извне. Таким образом, рост организованности (устойчивости) связан с увеличением энергетических затрат, и скорость продукции энтропии является ее существенным показателем (Goodwin, 1970).

plantago

Поддерживаю идею насчет письма с вопросами. Будет очень здорово, если Шишкин и Раутиан включатся в дискуссию. После многих бесед с Раутианом почти уверен, что он тоже будет "за". С Шишкиным ни разу не говорил, к сожалению. Единственная проблема -- они люди старшего возраста, не знаю, как у них с компьютером.
А список должен быть хорошо продуман. Надо внести туда вопросы, действительно вызвавшие проблемы в дискуссии.
Мои вопросы:
===
1. ЭТЭ основывается на понятии онтогенеза -- явления, которое является продуктом эволюции и в "классическом виде" отсутствует более чем у половины живых организмов. Значит ли это, что ЭТЭ менее универсальна, чем СТЭ?
2. СТЭ является как набором теоретических обобщений, так и набором "инструментов", позволяющем исследовать конкретные явления. Приведите, пожалуйста, пример, в котором ЭТЭ играет похожую роль.
3. Есть много публикаций западных ученых, в которых делаются попытки синтеза представлений об эпигенезе и СТЭ. (а) Насколько успешны, по-Вашему, эти попытки? (б) Не стоит ли российским теоретикам ЭТЭ включиться в этот "мэйнстрим"? Почему? (в) Как Вы относитесь к перспективе перевода своих работ для публикации в англоязычных журналах?
4. Прокомментируйте, пожалуйста, в терминах ЭТЭ публикацию Armstead et al., 2007. Не кажется ли Вам, что "стандартный" подход удобнее для анализа таких ситуаций?
5. Можно ли допустить, чтобы и СТЭ, и ЭТЭ вместе применялись для анализа эволюции?
===
С уважением,
plantago

Tinkoff

Jan Metlevski

/Ограниченное кол-во этих генов обеспечивает образование антител в ответ на практически бесконечное множество антигенов./

Тут всё жестко определено ДНК

И. Антонов
«На стадии образования антитела направленность заключается в чёткой локализации области варьирования в структуре Ig и в управлении со стороны иммунной системы запуском и остановкой мутаций вариабельной области. Ничего общего с неконтролируемой и не сфокусированной на решение конкретной задачи "случайной ненаправленной мутацией" в версии СТЭ, которая случайно же прорывает заслон репарационных механизмов, это явление не имеет.
Функциональность Ig как элемента упорядоченного механизма иммунной защиты является совершенно определённой.
Функциональность синтезируемой в результате направленных соматических мутаций вариабельной области Ig также совершенно конкретна - это комплементарность к внешнему шаблону (поверхности антигена).
Никакого слепого поиска некой неизвестной функциональности здесь нет.
Эти процессы - прямая аналогия организованному, направленному поиску в технических приложениях."»

Tinkoff

DNAoidea

/А мне нравится идея zK - насчёт письма/

Нельзя их отвлекать от научной работы всякой ерундой.
Если что важное –Д. Шабанов им скажет,  у него её поменьше.
Какие проблемы?

Tinkoff

zK


/ Например те, которые зачем-то придумал Дмитрий Шабанов - будто бы за меня/

/«"чем докажете, что Вы не креационист (вариант: не верблюд)?" или "испытываете ли Вы страх при мысли о термодинамическом неравновесии"»/

Он, это придумал не случайно, ведь его собственные идеи совпадают с  креационитскими

Дмитрий Шабанов
«Да, креационисты повторяют аргументы сторонников иных, чем СТЭ теорий.»


«А вот возникновение механизма воплощения изменений в ДНК в фенотип, являющееся, по СТЭ, предпосылкой эволюции, следует, на мой взгляд, считать ЧУДОМ»

«сторонники СТЭ объясняют его случайностью при возникновении первой клетки — иначе говоря, чудом»

Так что он в принципе правильно боится таких вопросом.

Но, вопрос нужно было бы уточнить,

«Вас не беспокоит что вашу теорию пропагандируют креационисты»?

Это не значит, что нужно действительно кого-то спрашивать.

Вообще ВСЁ ясно.

Предлагаю тему о ЭТЭ эту закрыть

По-моему всё ясно, разве нет?

Tinkoff

Интересно отметить параллели  

http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?p=22697&highlight=%E3%F3%F1%E5%ED%E8%F6%E0#22697
maslaew (который доказывает что человек произошел от летучей мыши)
«Разве похожа гусеница на бабочку? Разве однояйцовые близнецы не более похожи друг на друга, чем на своих родителей? Гораздо уместнее было бы взять критерием принцип преемственности»

«7-й вопрос: - «Генетика лженаука?»
Ответ: Когда я учился в школе, генетика была лженаукой. Когда в институте – наукой. Я считаю, что генетика, несомненно, успешно развивающаяся наука. Но, как и всякая наука, она не застрахована от ошибок или уточнений. В отличие от никогда не ошибающейся природы.»

Азазель
«Про роль генетического сходства.

В принципе, понятно, что если, генетический код, сходен, то будет сходна и эмбриология, и морфология и физиология.

Но, ведь это не обязательно, ведь к одном и тому же результату можно идти разными путями.
К одной и той же анатомии, можно идти разными эмбриональными креодами.
И закодировать похожий креод, можно тоже очень разными генными кодами.

Если бы у живых организмов был проектировщик, не ограниченный в средствах, это и следовало бы ожидать.
А вот, если они дело рук эволюции, то обязательно должно быть генетической сходство.
Обязательно.»



И вот теперь нам Москвич (!) рассказывает тоже о гусеницах и бабочках !


Берет пример, правильно понимает что на руку креационизму

Дмитрий Шабанов

Цитата: "Сергей"Если использовать Вашу железнодорожную аналогию из статьи, то подходы к ТЭ можно пояснить вот так.
Вопрос: Почему поезда из Москвы чаще приходят в Питер, реже в Киев, но никогда не приходят в деревню Неплюевка?
...
Эпигенетик (а-ля Шишкин): эти подходы ничего не дадут: стрелок много, а шпал вообще не счесть, надо просто спросить у машинистов – дорогу в Питер они знают, в Киев – похуже, а вот Неплюевке никогда ещё не были, но если захотят, то непременно туда съездят...
Правильно ли я въехал в основную мысль Вашей статьи?
И поясните, какие эксперименты помогут выяснить правильность третьего ответа.
Я бы написал немного иначе (хотя надо учитывать, что всякая аналогия за пределами своей применимости не помогает, а мешает):
"Эпигенетик (а-ля Шишкин): в те годы, когда еще ездили не на поездах, а на телегах, те, кто ездили в Питер и Киев, возвращались довольные, и уговаривали ездить туда же, а из Неплюевки еще никто никогда не возвращался"
Обратите внимание: такое объяснение не только соответствует подходу Шишкина (стабилизируются те варианты, которые сохранялись отбором), но и вполне соответствует действительной причине того, что в Питер и Киев рельсы проложены, а в Неплюевку - нет.
А насчет экспериментов - сложнее. По большому счету, они уже поставлены - это эксперименты Уоддингтона по стабилизации морфозов, эксперименты Шапошникова по "перечеканке" тлей и многое другое. Конечно, хотелось бы во время таких изменений параллельно регистрировать фенотип, состав последовательностей ДНК и , например, состав всего пула РНК. Увы, и на сегодня это - куча денег и масса методических неясностей.
Эксперименты с менее "лобовой", более точечной атакаой - сам бы хотел придумать.