Ретровирус К106

Автор mikle, декабря 22, 2014, 00:33:34

« назад - далее »

Alexy

Цитата: mikle от декабря 31, 2014, 12:12:47"30 миллионов лет назад (плюс-минус 15 миллионов) в ДНК земных животных попали «космические захватчики». Именно так учёные называют участки генетического кода, появившиеся в геномах восьми животных, внешне не связанных друг с другом, и отсутствующие в геномах 19 других зверей. Учёные уверены, что им удалось впервые зафиксировать факт горизонтального переноса генов у млекопитающих, и винят в нём поксвирусы" (http://www.gazeta.ru/science/2008/10/21_a_2861693.shtml , http://www.pnas.org/content/105/44/17023)
А разве поксвирусы принципиально могут быть способны на перенос чего-то в геном хозяина?

Это же самые крупные вирусы в природе

И в геном хозяина их ДНК вообще не встраивается

mikle

Цитата: Alexy от января 01, 2015, 21:43:59
А разве поксвирусы принципиально могут быть способны на перенос чего-то в геном хозяина?

Вообще-то я понимаю претензию Питера: в цитируемой статье говорится о параллельном переносе транспозонов (против чего Питер, в принципе, не возражает), а не генов.

Это, опять же в принципе, не противоречит моей модели "пандемии", но создает ряд технических трудностей: т.к. транспозон (о котором мы ничего не знаем) может, в принципе, встроиться в любой участок ДНК, возникает задача поиска иголки в стоге сена.

Т.е., сначала надо сделать какие-то предположения о том, в каком участке ДНК искать неизвестный транспозон (Питер в самом начале задал вопрос об этом), потом поискать там, сравнить с известным генетическим кодом других видов, если что-то найдено, то углубить поиск и тщательно проверить результат, если ничего не найдено -- перейти к другому участку ДНК и т.д.

По идее, тут надо бы написать какую-никакую программу для поиска и напрячь (супер)компьютер, чтобы он по ней искал. Ну и иметь в команде спеца, который бы оценивал вменяемость получаемых результатов. Т.е. попахать придется серьезно.

catty

Цитата: mikle от декабря 31, 2014, 20:44:27
Любой хищник прекрасно обходится небольшим объемом памяти -- достаточно знать, где находится тропа к водопою или лежбище/пастбище соответствующих животных. Для этого особого ума не надо.
И членораздельная речь для охоты не нужна -- волки и гиены без нее прекрасно обходятся.
У человека нет когтей и острых зубов и бегаем мы не быстро, это фактически единственное животное, которое в охоте использует только орудия и свой ум.


Цитата: mikle от декабря 31, 2014, 20:44:27
А "любовь ушами" появилась уже после того, как у женщин появилось самоосознание -- т.е. ПОСЛЕ появления сознания.

Поздравляю всех участников дискуссии Новым Годом!
Нет, любовь ушами появилась очень рано, птицы как любят?

С Новым Годом!

василий андреевич

Цитата: mikle от января 01, 2015, 15:51:26
Тут все упирается в гены как дискретные носители информации......

Но гены все испортили. Теперь мы должны показать, что за механизм привел к закреплению в генах таких свойств организма, которые дали людям невиданные объем памяти и способность к абстрагированию. Эти качества совершенно не нужны в дикой природе "сами по себе". Попробуйте самой умной говорящей горилле (той же Коко)  объяснить, что такое бесконечная геометрическая прогрессия, и вы поймете, о чем я говорю.
Я думаю, что и взрослому "туземцу" мы многого не сможем объяснить, а вот через "воспитание" дитяти сможем. Но воспитывать дитя шимпа до состояния способности понять мир через введение абстракций - можно ли? Во всяком случае этот шимп вполне усвоит, что символ яблока вполне соответствует самому "яблоку", однако мы скажем, что это просто приобретенный в результате тренировки рефлекс. Рефлекс - это словесный стимул образному отражению.

  Ключевое в том, что с компьтеризацией мы очень вольно стали обходиться с термином информация и код, которые, якобы, могут иметь бытие сами по себе, как дыра без носителя. Однако информация и код невозможны без сигнала. Как бы сложна ни была молекула ДНК, но это груда атомов, пока в нее не поступит сигнал (закодированный условной средой), на который отреагируют не все гены, а только те, которые смогут декодировать данный сигнал возбуждением своих "электронных оболочек".
  Гены обмениваются кодовыми сигналами, пусть химическими или через фононы, не суть важно, что бы состоялся последовательный, как бы логичный, обмен возбуждениями. Среда, окружающая геном есть потребитель работы генома, а геном чутко реагирует на обратные сигналы из среды.
  Теперь вносим "пандемический ген", который случайно попал в то место генома, что отвечает за "выработку материи для памяти". В такой расклад я никогда не поверю.
  А вот внести такое нарушение деятельности генома, которое вызовет смерть организма, если иные гены не исправят ошибку - это вполне допустимо. Однако для такого "исправления" организм уже должен был наработать долгой, или не очень долгой, историей черепушку, вмещающую в себя то огромное количество рефлексов, которые из-за вирусной поломки начало действовать как абстрактная память. В данном случае абстрактное, значит не стимулирование сигналом рефлекса (от нейрона к нейрону), а распыление сигнала по многим нейронам, способным настраиваться на работу по расшифровке "кода среды".

mikle

catty,
С Новым Годом!

Вы меня умиляете, чесслово  -- в самом хорошем смысле :) Невольно возникает ассоциация с Вашим аватаром.

Все, о чем Вы говорите. возникло уже ПОСЛЕ появления разума у людей -- до этого они мало чем отличались от других животных. Да, пользовались каменными ножами, да, охотились на мелких зверюшек, но в основном собирали корешки да плоды.

А на мамонтов охотиться (и любить ушами) начали уже те, у кого БЫЛ в наличии разум. Который, как я предполагаю, совершенно случайно появился у нас благодаря горизонтальному переносу "чего-то" от птиц (у которых "любовь ушами" заложена генетически).

mikle

В.А.,

Насчет говорящих обезьян – если Вы не видели ролики с ними – очень рекомендую, весьма занятно. На Ютюбе их полно.

Они реально говорят, как люди – где-то на уровне 2-3 летнего ребенка, плохо состыковывая слова и не будучи способными к сложным абстракциям (т.е. могут по просьбе экспериментатора показать ту или иную часть тела, выполнить простую команду типа "сядь, пожалуйста" и т.п., но не способны к арифметике.) У них есть чувство юмора, эмоции (могут обругать, если что-то не понравилось) и самоосознание.

Т.е. КАЧЕСТВЕННО они ничем от людей не отличаются. У той же Коко IQ 75-95, что будет повыше, чем у некоторых Хомо.

Цитата: василий андреевич от января 03, 2015, 09:08:15Однако информация и код невозможны без сигнала.
Корректнее – без физического носителя.

Например, текст, который Вы сейчас читаете – это не более, чем разноцветные пиксели на экране. Содержание прочитанного возникает в Вашем сознании.

Так же и с ДНК – ее можно сравнить с библиотекой компьютерных программ. Сама по себе библиотека, записанная на диске – бессмысленный набор байтов. Смысл они приобретает, только когда ее начинает читать рабочая программа, которая знает, что с этим байтами делать.

Цитата: василий андреевич от января 03, 2015, 09:08:15Гены обмениваются кодовыми сигналами
Вообще-то гены (как участки ДНК), сигналами не обмениваются, если я не прав, пусть меня поправят.

В рамках приведенной выше аналогии с библиотекой, записанной на диске-ДНК, гены – это отдельные функции, хранящиеся в этой библиотеке. Причем это – не функции, в которых записана, допустим, программа построения скелета, а функции, в которых записана информация о функциях-белках, которые будут контролировать процесс построения скелета. В реальности, наверное, цепочка еще сложнее – достаточно посмотреть на схемы, приводимые в учебниках по молекулярной биологии.

Считывающий механизм клетки, в зависимости от условий окружающей среды, обращается к тем или иным генам-функциям, и с их помощью наполняет организм функциями-белками, с помощью которых и следит за тем, что же происходит.

Вообще-то это – только один из путей саморегуляции, т.к. есть еще электрохимия нервной системы.

К чему я это все привел?

В рамках этой аналогии чужеродный генетический материал – это новая функция, которая несет программу воспроизводства "чего-то там", и которая "вдруг" попала в организм.

Что такое это "чего-то там" – организм, естественно, не имеет понятия. Но, т.к. он не свободен от того, чтобы это "что-то там" считывать с генов и производить, он это делает.

Именно так и происходит при вирусном заболевании – клетка считывает генетическую информацию вируса, воспроизводит эту информацию – и на свет появляются тысячи новых вирусов, которые эту клетку в конце концов убивают.

Однако бывает так, что новая функция не убивает клетку-хозяина, а остается записанной на ее жестком диске-ДНК. У нас таких следов в геноме полным-полно. Со временем, организм (в ...надцатом поколении) придумывает, что же делать с этой информацией, и либо извлекает из нее какую-никакую пользу, либо вставляет, как говорят программисты, "грабли" – просто обучается обходить ненужный код и "не замечать" его. Свидетельств подобного в геномах всех существ тоже множество.

Фактически, Ваше возражение относится к этой ситуации.

НО (и очень большое НО):

а) При подобных изменениях генома "одомашнивание" чужой информации занимает очень много времени. Тот же К106, с которого началась эта тема, попал к нам в геном около 100 тыс. лет назад – и какую функцию он выполняет? Как правило, деструктивную (при нервных болезнях). Здесь я с Вами совершенно согласен – вероятность того, что  СЛУЧАЙНАЯ новая информация окажется негативной, весьма высока.

б) "Одомашнивание" генетических вставок идет под прессингом, прежде всего, внешних ФИЗИЧЕСКИХ условий – холода, голода, жары, скорости хищников и т.д. При этом "подвижка" в геноме, приведшая, допустим, к большей силе ног, вряд ли ОДНОВРЕМЕННО приведет и к лучшему ночному зрению или слуху. Поэтому, если мы сталкиваемся с КОМПЛЕКСНОЙ подвижкой, да к тому же еще и СОГЛАСОВАННЫХ признаков (абстрагирование, самообучение смыслу звуковых сигналов ДО рождения) – говорить о случайности вряд ли приходится. Гораздо разумнее (чисто с точки зрения здравого смысла) предположить, что подобный КОМПЛЕКС попал в геном "целиком" и удачно там "прижился". Да, это – крайне маловероятное событие, но не невозможное.

Gundir

Цитата: mikle от января 03, 2015, 22:33:35

А на мамонтов охотиться (и любить ушами) начали уже те, у кого БЫЛ в наличии разум. Который, как я предполагаю, совершенно случайно появился у нас благодаря горизонтальному переносу "чего-то" от птиц (у которых "любовь ушами" заложена генетически).

Как любопытно. И что же и каким образом у нас от птичек перенеслось?

mikle

Цитата: Gundir от января 03, 2015, 23:56:43
Как любопытно. И что же и каким образом у нас от птичек перенеслось?
Примерный ответ на этот вопрос (на уровне "может быть") -- это все мои посты в данной теме.

Точный ответ -- сам хочу узнать.

catty

Цитата: mikle от января 03, 2015, 22:33:35
catty,
С Новым Годом!

Вы меня умиляете, чесслово  -- в самом хорошем смысле :) Невольно возникает ассоциация с Вашим аватаром.

Все, о чем Вы говорите. возникло уже ПОСЛЕ появления разума у людей -- до этого они мало чем отличались от других животных. Да, пользовались каменными ножами, да, охотились на мелких зверюшек, но в основном собирали корешки да плоды.

А на мамонтов охотиться (и любить ушами) начали уже те, у кого БЫЛ в наличии разум. Который, как я предполагаю, совершенно случайно появился у нас благодаря горизонтальному переносу "чего-то" от птиц (у которых "любовь ушами" заложена генетически).
Сначала человек был падальщиком, а потом по мере развития умственных способностей стал охотником. Ничего случайно в природе не появляется. Потребность в мясе (в удачной охоте) и была тем двигателем, который развивал ум. Ибо мясо добывали самые умные, самые скоординированные (а значит лучше владеющие речью) и т.д.
Практически все самки позвоночных любят ушами ибо крики самцов как правило означают: у меня есть ресурсы для выращивания потомства, это территория моя!

Майкл, умение слышать и даже немного воспроизводить звуки , есть у всех наземных позвоночных (птицы, приматы,..), поскольку эти умения были у их предков. У них вообще практически одинаковые мозги. Отбор на пение и речь шел не на пустом месте, а уже на улучшение сформированных функций. Поэтому гены, отвечающие за речь и пение у певчих птиц похожи, они просто развивались параллельно.

Питер

Mikle, вам  Сatty   уже  сто   раз  сказала  одну  простую  мысль  -   все с  точки  зрения   речи  было  заложено   ДО,   не  надо  было  ничего  переносить   от  птичек к  человеку.   Это  первое.  Второе  -  такого  переноса  не  было,   не  надо  искать черную  кошку в   темной  комнате. Особенно    если   этой  кошки  там  нет.
Кстати,   о  кошках  и  собаках.   Они у  вас есть ?  Если есть  -   пообщайтесь  с  ними  и услышите  много  вариантов   звуков. Особенно  если  пообщаетесь с   хорошей  охотничьей  собакой  -  там в  лае   такая  гамма чувств  выражается.
Ну  и  последнее  -  потому как  вас   с  места  не  сдвинешь.  У   птиц   за   пение  отвечает      более   10  генов (реально  больше).  Сколько  их  должно  быть  перенесено  в  геном человека  для  обретения  нами  речи ?   Ответ  простой  - цифра,  без    выливания  воды.
А  оно  вам  надо  ?

Дж. Тайсаев

Кстати, у птиц качественно иные принципы построения звука, в этом у них участвует практически исключительно нижняя гортань (которой больше ни у кого нет) и не один, а несколько независимых вибраторов. Перенести гены построения звуков от птиц к человеческим предкам, так же бессмысленно, как например пытаться воткнуть микросхему от синтезатора с ямахи в старинный рояль.
Шматина глины не знатней орангутанга (Алексей Толстой).

василий андреевич

Цитата: mikle от января 03, 2015, 23:30:23
В рамках этой аналогии чужеродный генетический материал – это новая функция, которая несет программу воспроизводства "чего-то там", и которая "вдруг" попала в организм.
Обычно именно с такими аналогиями я и борюсь, правда на другом форуме, здесь получится офтоп ужасный.
  Функция (функциональность) это соответствие части целому. Потому чужеродный белок - это "мусор". И мусор накапливается. Нет генома, где не присутствовали бы, так называемые, нефункциональные гены. Например, у кубомедузы есть гены, ответственные за зрение у иных продвинутых животных. А у трихоплакса, который считается самым простейшим многоклеточным животным таких генов столько, что на этом примере сосредотачивается Шерман при построении своей гипотезы "универсального генома".
  Есть и вовсе вопиющие примеры, когда функционально одинаковые органы с принципиально одинаковым набором генов присутствуют у видов, далекий предок которых такими органами и генами к ним не обладал. Сказать просто - конвергенция, не значит понять.

  И наш прямой предок, кром, не был единственным видом, претендовавшим на обустройство социальной среды за счет сознания. Да вот один остался.
  Как только Вы беретесь списывать речь-память-сознание на горизонтальный перенос, Вы автоматически беретесь объяснять за счет вирусных пандемий всю эволюцию видов.
  Я же постоянно подталкиваю Вас к осознанию необходимости такой программы, которая помогла бы обустраивать, так называемый "неупрощаемый комплекс", за счет перетусовок генов(аллелей) в мусорной части. Вот только в таком разрезе, когда К106 оказался недостающим звеном в мусоре, "самособирающимся в Боинг", и можно, на мой взгляд, говорить о созидательной, а может и базовой роли горизонтального переноса.

mikle

Цитата: Питер от января 04, 2015, 09:13:34
Mikle, вам  Сatty   уже  сто   раз  сказала  одну  простую  мысль  -   все с  точки  зрения   речи  было  заложено   ДО,   не  надо  было  ничего  переносить   от  птичек к  человеку. 
:)
Питер, а я стопицот раз всем тут сказал, что да, И у предков человека, И у ближайших родственников-приматов, И у птичек-кошек-собачек ЕСТЬ механизмы сознания, качественно близкие или тождественные тем, которыми пользуемся мы.

Вся разница -- в КОЛИЧЕСТВЕННЫХ параметрах. А именно -- объем памяти и степень абстрагирования.

Интересно, найдется ли среди дискусантов хоть один человек, который сможет принять во внимание ВСЕ аргументы, которые я выдвигаю?? Каждый хватается за что-то одно и полностью игнорирует все остальное, а тут КАЖДЫЙ аргумент имеет значение, и рассматривать их можно ТОЛЬКО в совокупности. Иначе -- мы имеем сферического коня в вакууме, с которым можно делать все, что угодно.

Мы можем спокойно рассуждать о Вселенной и бесконечно больших и бесконечно малых, а степени абстрагирования самой продвинутой говорящей обезьяны хватает, грубо говоря, только на то, чтобы показать, где находится ее живот или пятка. Или то, что у птиц и обезьян, допустим, объем памяти равен 100 килобайт, а у нас -- скажем, 100 ГИГАбайт (в миллион раз больше), никого не смущает? Конкретные числа не так значимы -- главное, что разница измеряется несколькими (или многими) порядками. Прошу обратить внимание на эту фразу  тех, кто захочет придираться к названным числам :)

Я все время талдычу -- ну не было на нашей планете условий, при которых бы эволюционно возникла такая гигантская разница в качестве, на которое ЕО НИКАКОГО давления не оказывал. Иначе -- мы бы наблюдали массу видов с промежуточными значениями этого параметра (которым он хотя бы нужен был для того, чтобы спасаться от нас). А их НЕТ.

Значит, речь может идти ТОЛЬКО о мутации, с которой повезло одному-единственному виду. Вполне возможно.

Но и тут -- полный облом.

Да, все мы происходим от митохондриальной Евы. Казалось бы, вот и источник мутации, и нечего больше выдумывать.

НО: почему-то носители этой мутации 150 тыс лет били баклуши и НИКАК себя не проявляли как разумные люди, а потом, 50-70 тыс лет назад -- "вдруг" спохватились и начали рисовать, изобретать новые орудия и завоевывать природу. И причем этот "зуд разума" начался не в одном месте, а на нескольких континентах, в РАЗНЫХ популяциях чуть ли одновременно. И, опять же, нет абсолютно никаких данных о мутациях генома, которые бы свидетельствовали о "постепенности" этого процесса. Просто -- бах! --и включился какой-то выключатель (ОДНОВРЕМЕННО, НА РАЗНЫХ КОНТИНЕНТАХ, В РАЗНЫХ ПОПУЛЯЦИЯХ), и пошло-поехало.

Питер, вот вы, как профи в молгенетике, можете поверить в такое?? Я, как инженер, не могу. Вот я и ищу этот "выключатель" (точнее -- "включатель" :)).

ЦитироватьУ   птиц   за   пение  отвечает      более   10  генов (реально  больше).  Сколько  их  должно  быть  перенесено  в  геном человека  для  обретения  нами  речи ?   Ответ  простой  - цифра,  без    выливания  воды.
Спасибо за хороший вопрос.

Точный ответ -- не знаю.

Начальное приближение (надо же с чего-то начинать!) -- допустим, что 1 (один).

Вы ведь лучше меня знаете, что, чем больше генов должно быть перенесено, тем сложнее будут условия для встраивания. Т.е. более одного -- скорее всего, придется также искать и следы вируса, который их притащил.

А один ген, допустим, мог быть занесен аденовирусом, который был быстро выброшен из генома, а ген (ну, по чистой случайности!) остался. Надеюсь, я не сильно вру с таким предположением.

Но этот "один" ген может "сам по себе" не иметь никакого отношения к пению как таковому. Вот в чем проблема. Т.е., прежде, чем хвататься за Бласт, надо очень хорошо обдумать, а что искать и где. Тут у меня пока что большое темное пятно.

Я бы с удовольствием подискутировал в этому русле -- что могло бы (обратите внимание на сослагательное наклонение!) оказать такое воздействие, какие механизмы могли бы за этим стоять, где имеет смысл смотреть. А потом уже, хоть с каким-то пониманием проблемы, браться за Бласт.

mikle

Цитата: василий андреевич от января 04, 2015, 09:51:29
  Как только Вы беретесь списывать речь-память-сознание на горизонтальный перенос, Вы автоматически беретесь объяснять за счет вирусных пандемий всю эволюцию видов.
Как я выяснил на днях, именно с такой идеей выступил более 30 лет назад академик В.А. Кордюм (молекулярный биолог, между прочим). Он даже книгу об этом выпустил в 1982 году -- "Эволюция и биосфера", где выдвинул "информационную" теорию эволюции как раз за счет горизонтального переноса. Лично мне нравится такая идея, но без конкретного механизма, обеспечивающего подобное "информационное перемешивание", это все висит в воздухе.

Но в нашем конкретном случае есть достаточно большой шанс (допустим, какие-то доли процента :)) таки доказать, что горизонтальный перенос имеет место быть. И неважно, нравится ли нам подобная модель или нет -- как ученые, мы должны отбросить личные предпочтения и служить ее величеству Истине.
ЦитироватьЯ же постоянно подталкиваю Вас к осознанию необходимости такой программы, которая помогла бы обустраивать, так называемый "неупрощаемый комплекс", за счет перетусовок генов(аллелей) в мусорной части.
А я с не меньшим постоянством каждый раз отвечаю -- и рад бы, да факты не позволяют :).

Чтобы понять мое затруднение -- приведите, пожалуйста, ЧИСЛЕННУЮ оценку (в тысячелетиях или миллионолетиях) интервала, который может понадобиться для "обустройства" такого генома.  А потом -- предложите механизм, при котором это обустройство могло бы произойти на разных континентах, в разных, независимых друг от друга, популяциях. А потом -- попытайтесь согласовать это с данными археологии. У меня никак такое не получается, поэтомутолько поэтому!) я и не могу с Вами согласиться.

Дж. Тайсаев

Цитата: mikle от января 04, 2015, 21:43:33
Я все время талдычу -- ну не было на нашей планете условий, при которых бы эволюционно возникла такая гигантская разница в качестве, на которое ЕО НИКАКОГО давления не оказывал. Иначе -- мы бы наблюдали массу видов с промежуточными значениями этого параметра (которым он хотя бы нужен был для того, чтобы спасаться от нас). А их НЕТ.
1. ЕО ещё как оказывал давление. Обезьяна в саване была бы беспомощна без всё расширяющейся роли социальной организации и коммуникативных связей и те стаи, в которых проявлялась способность в более сложных и дифференцированных информационных сигналах побеждали в групповом отборе.
2. Масса промежуточных видов с менее развитой речью разумеется существовала (эректусы, антецессоры, гейдельбергжцы), но в связи с очень близко пересекающимися нишами, более прогрессивные вытесняли менее прогрессивных.
3. По наличию полей Брокка и Вернике, а также утолщению спиномозгового канала в области гортани, можно утверждать, что примитивная речь была развита уже как минимум у эректусов.
Шматина глины не знатней орангутанга (Алексей Толстой).