paleoforum.ru

1) как это нет оснований? неужели кто-то мерял частоту мутаций за последниее 100-200 лет, не говоря уж о палеолите? имхо, частота муьаций зависит от кучи факторов.

2) ок, а чем деревья субкладов и гаплогрупп принципиально отличаются от деревьев по аутосомам или картинок по результатам многомерного шкалирования?

Цитата: sanj от августа 23, 2012, 00:42:28
1) как это нет оснований? неужели кто-то мерял частоту мутаций за последниее 100-200 лет, не говоря уж о палеолите? имхо, частота муьаций зависит от кучи факторов.

2) ок, а чем деревья субкладов и гаплогрупп принципиально отличаются от деревьев по аутосомам или картинок по результатам многомерного шкалирования?

1) Не путайте однонуклеотидные мутации и тандемные повторы, которые происходят с определенной периодичностью во всех поколениях от мутаций при например проживании в радиационно-загрязненной зоне.
Да, возможно будут немного другие частоты, но нет оснований считать, что значительно другими. Я же говорю погрешность в 10% всегда указывают, а иногда и больше.
2) В Вашем вопросе уже заложен ответ 'многомерного шкалирования'.
Да тем и отличаются, что деревья субкладов и гаплогрупп в принципе не имеют отношения к генетике, а имеют отношение к генеалогии как исторических времен, так и доисторичеких, но это уже совсем не генетические дистанции.
Представьте, что Вас просят сравнить два минерала и предлагают на выбор
a) сравнить по процентному содержанию какого-либо одного элемента, например алюминия.
б) сравнить два минерала по их полному химическому составу.
Какой из этих двух способов по Вашему будет более точным?

1) просветите в чем разница в частоте мутаций между однонуклеотидными мцтациями и тандемными повторами? а также на основании чего считают погрешность если база только пары отец-сын?

2) ну ясное дело по полному. но какое отношение это имеет к аутосомным маркерам и маркерам половых хромосом? я понимаю, что по половым можно стоить генеалогии. но что мешает использовать их в качестве обычных маркеров? и строить по ним же деревья и многомерные картинки?

Цитата: sanj от августа 24, 2012, 01:45:56
1) просветите в чем разница в частоте мутаций между однонуклеотидными мцтациями и тандемными повторами? а также на основании чего считают погрешность если база только пары отец-сын?

2) ну ясное дело по полному. но какое отношение это имеет к аутосомным маркерам и маркерам половых хромосом? я понимаю, что по половым можно стоить генеалогии. но что мешает использовать их в качестве обычных маркеров? и строить по ним же деревья и многомерные картинки?

1) Это самые азы, рекомендую почитать соответствующую литературу, сайтов этой направленности полно - таже Википедия.
2)  Имеют такое отношение, что это полная аналогия.
Что Вы понимаете под обычными маркерами? Строят и по Y и mt линиям деревья и картинки, но они показываеют связь во-первых древнюю между объектами, а во во-втрорых только по однородительской линии. Т.е. например камерунцы в Африке и баски в большинстве попадают в одну линию Y-хромосомы R1b, но по геному у них между собой нет ничего общего. И таких примеров полно. При этом если в одной популяции например тех же басков есть Y-линии и R1b и G2a и др. а разделяет эти гаплогруппы около 50 тыс. лет. Т.е. получается, как будто два брата по матери, но с разными отцами могут выглядеть по этому маркеру как-будто совсем различного происхождения. Теперь понимаете?

1) ну для примера нельзя ли во что-то конкретное ткнуть пальцем кроме википедии?
2) под обычными понимаю обычные белковые, днк-овые (ведь кроме снипов существует ряд иных маркеров)...
по поводу генеалогий и ваших примеров. получается такая картина. если мы хотим классифицировать некие популяции, мы используем аутосомные маркеры и видим разделение, более-менее коррелирующиее с морфологическими признаками. в принципе можно использовать и маркеры Y и mt, но в силу скорее всего малого давления или вообще отсутствия отбора по этим признакам картинки такой корреляции не покажут. а если и покажут, то совпадение будет неполным и поставит еще больше вопросов. поэтому их используют для генеалогий, путей миграций и т.п.
аутосомные же отражают различия, которые если и отражают миграции, то несколько опосредованно. и скорее говорят о смешении-изоляции популяций и возможно для каких-то признаков о давлении отбора по ним.
я правильно понял?

Цитата: sanj от августа 24, 2012, 17:08:02
2) получается такая картина. если мы хотим классифицировать некие популяции, мы используем аутосомные маркеры и видим разделение, более-менее коррелирующиее с морфологическими признаками. в принципе можно использовать и маркеры Y и mt, но в силу скорее всего малого давления или вообще отсутствия отбора по этим признакам картинки такой корреляции не покажут. а если и покажут, то совпадение будет неполным и поставит еще больше вопросов. поэтому их используют для генеалогий, путей миграций и т.п.
аутосомные же отражают различия, которые если и отражают миграции, то несколько опосредованно. и скорее говорят о смешении-изоляции популяций и возможно для каких-то признаков о давлении отбора по ним.
я правильно понял?

2) В принципе правильно поняли.
Т.е. 2 отдельно взятых объекта по аутосомам можно сравнивать, чтобы установить их родство, как генетическое, так и по морфологическим признакам, а вот по прямым линиям Y или mt это сделать невозможно.
Если рассматривать целый набор Y-линий или mt-линий в какой-либо отдельно взятой популяции, то иногда можно нечто подобное генетичеких дистанций выстроить. Но тут опять же надо учитывать глубину и разрешение всех этих отдельно взятых однородительских линий. Иначе пример я Вам с камерунцами и басками уже приводил. Нечто похожее например у поляками и киргизами - большинство из них имеют Y-гаплогруппу R1a, но генетически опять же совершенно разные этносы и подгруппы Y-линии у них разные. Одним словом тут как и в любом деле нужен индивидуальный подход, а не валить все в кучу.
При построении же генетических дистанций по аутосомам все эти проблемы отпадают.

есть в этом некоторая неточность. если поляки и киргизы имеют общую гаплогруппу, то уже не льзя сказать что генетически совершенно разные. какие-то общие мужские предки все же были. другое дело что эти общие предки были возможно раньше, чем сформировались отдельные аутосомные группы маркеров. но в этом случае надо говорить о разных временных пластах и родстве на разных уровнях.
нечто сходное имеется при сравнении разных антропологических систем признаков по морфологии, рисункам на жевательной повехности зубов, дерматолифике и т.п. ......... разные системы показывают разные уровни родства. и деревья которые строятся по ним бывает не совпадают друг с другом, иногда очень значительно...

Цитата: sanj от августа 24, 2012, 18:10:27
есть в этом некоторая неточность. если поляки и киргизы имеют общую гаплогруппу, то уже не льзя сказать что генетически совершенно разные.

В том то и дело, что у них только общая гаплогруппа. Родство конечно есть - по прямой мужской линии (у кого совпадает гаплогруппа, т.к. и у поляков и у киргизов есть представители разных гаплогрупп) на глубину 6-7 тыс. лет назад. Но генетически эти народы совершенно разные - в том то и дело.
Понимаете, это как собрать например всех людей с кудрявыми волосами и сказать что естественно у них у всех есть общий предок, и у всех блондинов, и у всех голубоглазых и у всех прямоволосых и т.д. Т.е. это сравнение по одному признаку, но намного проще построить генетические дистанции и учесть целый комплекс признаков.

А вообще на глубину в 1-2 тысячи лет наверно у всех есть хоть один общий предок между собой.

Цитата: Eugene_rus от августа 27, 2012, 09:25:17
А вообще на глубину в 1-2 тысячи лет наверно у всех есть хоть один общий предок между собой.

Не отрицая этого, всегда, однако, можно заявить, что как у всех нас, так и каждого в отдельности, был целый ансамбль общих предков. "Бутылочное горлышко" имело право состояться только если у этого "горлышка" имелось широкое основание.

Цитата: василий андреевич от августа 27, 2012, 14:00:37
Не отрицая этого, всегда, однако, можно заявить, что как у всех нас, так и каждого в отдельности, был целый ансамбль общих предков. "Бутылочное горлышко" имело право состояться только если у этого "горлышка" имелось широкое основание.

Так и есть.
Из-за пересечения миграционных путей "постоянное перемешивание", даже в самых крайних уголках планеты. Только пропорции разные, потому и антротипы в определенных ареалов относительно устойчивые.

не факт что у всех голубоглазых общий предок. Схожие признаки могли самостоятельно образоваться в разных условиях. Надо первоначально определить какие гены определяют тот или иной фенотипический признак в разных популяциях. Есть такое мнение что в разных популяциях похожие признаки определяют совершенно разные гены.

Например темная кожа у негров и австралоидов - это очевидно самостоятельные вещи, возникшие независимо друг от друга.

Цитата: идрис от августа 27, 2012, 15:06:07
не факт что у всех голубоглазых общий предок.

Есть данные, что все. 
http://www.zavtra.com.ua/news/socium/61374/
англ. http://www.livescience.com/9578-common-ancestor-blue-eyes.html

Но дело даже не в этом, т.к. пример с голубоглазыми я и привел как раз для того, чтобы показать, что один признак может совпадать у очень отдаленных по генетическим дистанциям индивидам.
Намного информативнее использовать целую группу признаков, или если касательно SNP - то не 10, или 100, а десятки и сотни тысяч, что исключит двусмысленные толкования.

На какую временную глубину бьют генетические кластеры (как в работе Tishkoff)? Я так понял, что не так далеко, как гаплогруппы? Ведь геном отдельного человека может почти "испариться" через несколько поколений?

Цитата: Жан-Люк Пикар от сентября 08, 2012, 09:40:24
На какую временную глубину бьют генетические кластеры?

Что значит бьют?
При сравнении геномов выделяются общие компоненты, а далее те которые характерны для различных групп.
Т.е. тут можно на любую глубину сравнивать - хоть между двумя двоюродными братьями - хоть между человеком и бонобо - главное шкала.
По гаплогруппам в принципе тоже самое, только в отличие от общегеномного сравнения учет иселючительно по однородительским линиям.

Цитата: Eugene_rus от сентября 08, 2012, 14:11:05
Что значит бьют?

Время, когда эти кластеры сформировались. И какая у них филогения. Непонятно. С гаплогруппами как-то проще.