paleoforum.ru

Так уж получается, что меня не удовлетворяет утилитарно общепринятая схема видообразования: случайные мелкомасштабные мутации, естественный отбор наилучших, расхождение наилучших по "незанятым нишам". При этом главная обязанность генетического кода заключается в охране своей незыблемости.
  Следствием этой схемы является невероятность возникновения тех признаков, которые только в совокупности полезны, но смертельны поодиночке. Кроме того, не хочется верить, что генетический код заранее знает какие мутации окажутся полезными, статистичиски же попадание в полезные маловероятно.

Предлагаю обсудить "механическую модель видообразования", где главная роль может быть отведена "рудиментирующимся" участкам генетического кода. Рудиментируются или засыпают, в принципе, все участки без исключения, но естественный отбор обеспечивает постоянное возбуждение только жизненно необходимых. Отсюда, скорость "засыпания" тем выше, чем ниже потребность данных участков.
  Изюминка рассуждений в том, что обязательно наступает момент согласованного подхода "засыпающих" участков в вероятностную точку их совместной потребности именно на том уровне рудиментарности, когда неизбежно рождение качественно нового признака.

Однако ума не приложу, возможно ли такое на молекулярном уровне, в череде запредельных для моих познаний спцифических понятий и терминов. Элементарная же математика тут доступна любому.

o dio mio!!! эта тема не истребима! сколько уже тут на форуме говорено было про это, ну и потом:

Цитата: василий андреевич от марта 09, 2011, 15:50:39
расхождение наилучших по "незанятым нишам".

не не по незанятым, а лучше заполнять имеющиеся

Цитата: василий андреевич от марта 09, 2011, 15:50:39При этом главная обязанность генетического кода заключается в охране своей незыблемости.

главная и в общем-то единственное предназначение генетического кода - кодировать белки.

Цитата: василий андреевич от марта 09, 2011, 15:50:39Кроме того, не хочется верить, что генетический код заранее знает какие мутации окажутся полезными,

и правильно, потмоу как вера в такое - это по сути дела креацинизм - если всё известно заранее, то и попадать уже никуда не надо...

Цитата: василий андреевич от марта 09, 2011, 15:50:39статистичиски же попадание в полезные маловероятно.

вероятность точечной мутации - где-то один к миллиарду, хотя может довольно сильно варьировать. вероятности изменения количества повторов - выше. любая мутация - прежде всего химеческой событие в жизни ДНК, и только когда она пройдёт транскрипцию-трансляцию, то тогда и видно будет, что есть что...

Цитата: DNAoidea от марта 26, 2011, 18:24:27
o dio mio!!! эта тема не истребима! сколько уже тут на форуме говорено было про это, ну и потом:

То есть, Вы считаете, что идея усложнения (фигурации) генетического кода закономерным путем "отмирания" (деградации) его отдельных узлов, стара как мир, и не сулит сколь-нибудь плодотворных выводов?

В остальном же я готов согласиться с любым биологом, сам профан. Итак стараюсь формулировать очень осторожно.

Не бывает лучших или худших мутаций. Для ДНК нет никакой разницы какой нуклеотид стоит в цепи, количество молекул ДНК все это не является критерием лучшего или худшего. Мутации происходит непрерывно и постоянно. Например вы отличаетесь от вашего отца и матери на 100 мутации в нескольких миллиардах нуклеотидов. При этом практически все эти мутации находятся в мусорной части ДНК, то есть части которая ничего не кодирует. К сожалению пока мы не знаем зачем в ДНК подавляющая часть - это подобный пустой мусор.

Цитата: василий андреевич от марта 09, 2011, 15:50:39
Предлагаю обсудить "механическую модель видообразования", где главная роль может быть отведена "рудиментирующимся" участкам генетического кода. Рудиментируются или засыпают, в принципе, все участки без исключения, но естественный отбор обеспечивает постоянное возбуждение только жизненно необходимых. Отсюда, скорость "засыпания" тем выше, чем ниже потребность данных участков.
  Изюминка рассуждений в том, что обязательно наступает момент согласованного подхода "засыпающих" участков в вероятностную точку их совместной потребности именно на том уровне рудиментарности, когда неизбежно рождение качественно нового признака.

Мне кажется тут доля истины есть. Вероятность полезных мутаций, во всяком случае у сложных организмов была бы пренебрежительно мала, если бы не было неких механизмов некоторой толерантности к потенциально полезным мутациям. Что то вроде узловых аттракторных точек генных рекомбинаций. Это может быть в первую очередь определённый комплекс ставших ненужными генов, но припрятанных в кладовке. Где то кто то кажется именно так пытался обосновать возможность гумилёвской повторяющейся пассионарной мутации, впрочем именно в это я как раз не верю. А могут быть и какие то преформистские преадаптивные узловые точки, на которые направлен эволюционный процесс, как это обосновывается у Любищева, Налимова, Берга или Мейена например. То есть может быть что то вроде канализации эволюционных изменений или закона гомологических рядов на генном уровне.
P.S. Уже много лет не в теме, так что извините, если что не то написал

Цитата: василий андреевич от марта 26, 2011, 21:10:13
То есть, Вы считаете, что идея усложнения (фигурации) генетического кода закономерным путем "отмирания" (деградации) его отдельных узлов, стара как мир, и не сулит сколь-нибудь плодотворных выводов?

ну в общем такие вещи носились в воздухе...

Цитата: идрис от марта 26, 2011, 21:25:21
Например вы отличаетесь от вашего отца и матери на 100 мутации в нескольких миллиардах нуклеотидов. При этом практически все эти мутации находятся в мусорной части ДНК, то есть части которая ничего не кодирует. К сожалению пока мы не знаем зачем в ДНК подавляющая часть - это подобный пустой мусор.

ну часть этого - это в регуляторные области, правда это всё равно мало, часть - псеводгеры - то есть копии размножившиеся когда-то, но не востребованные и потому забитые накопившимися мутациями, часть - это куски транспосзонов, которые живут сами по себе во многом, часть - сателитная ДНК - вот это в самом деле весьма таинстевенная штука в смысле почему она вообще есть - как-то оно должно очень актично размножаться, чтобы поддерживать такое количество копий... но вообще говоря всё что не кодирует не то что не нужно, а просто получается само собой...

Цитата: Дж. Тайсаев от марта 26, 2011, 22:08:47
Вероятность полезных мутаций, во всяком случае у сложных организмов была бы пренебрежительно мала, если бы не было неких механизмов некоторой толерантности к потенциально полезным мутациям. Что то вроде узловых аттракторных точек генных рекомбинаций.

в принципе я тоже так думаю - и вот почему - когда у организма много функциональной ДНК, то перед ним встаёт проблема того, что надо как-то уберечь эту массу от случайных мутаций, и одновременно поддерживать количество новых мутаций на приемлимом уровне, чтобы иметь вариабельность, и вещи эти антагонистичны - будет высокая частоты, много потомства будет пробито вредным мутациями, которые просто забьют требуемое, будет низкая - будет слишком мало возможностей к эколюции, выход отсюда только одни - надо иметь горяие пятна мутаций, и понятное дело, если такие вещи будут возникать в особо важных участках. то такие ораганизмы будут отсеиваться, а те у кого как раз наиболее вариабельными будут участки, не столь значимые для регуляции или 3D укладки белков, но зато обеспеивали бы разные аллели, то такие особи могли бы стать первопроходцами, и основателями новых видов, потому и следует ожидать горячих пятен именно в тех местах, которые потенциально стратегические.

Выпячу то, что по силам усвоить. Вероятность полезных мутаций должна состояться в потенциально стратегических местах.  Главный возникающий вопрос - это "что такое стратегия". Скорее всего, это место, на которое из внешней среды приходится максимум возбуждений. Защита может быть двоякой, либо усилить узел и сделать его непробиваемым (рудиментарным), либо постоянно рвущимся и легко восстанавливаемым. Первое ответственно за сохранность, второе - за модификацию. Отсюда вытекает, что это место является точкой бифуркации. И, следовательно, стратегия природы должна сводиться к сохранению и того и другого пути. Какой из этих путей будет эволюционно продвинутым отвечает уже естественный отбор на уровне особей.

Так ли я понимаю? Ведь для меня подобная схема - это итог гипотезирования из совершенно других областей знания. Сознаюсь, что, в принципе, схема готова, однако она даже для моих "заскоков" слишком фантазийна.

Насколько я понимаю итог общих рассуждений, предполагается, что в ДНК есть особые участки, в которых мутации очень часты, и механизмы репарации ДНК относятся к этим мутациям не так "строго", как к изменениям на других участках. Значит, эти участки ДНК как-то маркированы? И эти маркеры определяют допустимый диапазон мутаций? А если не так, то решения о допустимости принимают сами механизмы репарации ДНК?

Думаю, итога нет, нет даже намека на подведение к какой-то закономерности.
Я исхожу из области эволюционных преобразований в осадочных толщах, а именно в угленосных бассейнах (все же органика). Так вот у всех углей всех бассейнов, есть закономерности последовательной смены (эволюции) микрокомпонентов. И единственное объяснение этим закономерностям лично мне видится в постоянной деструкции старого (второе начало) и замещении его строго определенным (условиями среды) новым.
  В угле есть как мобильные, так и инертные микрокомпоненты. Только их сочетание и разные скорости разрушения создают среду, в которой синтезируется унаследованно новое. Именно цельная "экосистема" вырабатывает место для неизбежного производства нового из отходов от разрушения старого.
  Ваш "особый участок ДНК" я мог бы отнести к такому мацералу (микрокомпоненту) как витринит - самый измечивый (мобильный, фигуративный, усложняющийся). Задача витринита принять материю от более закрепощенных товарищей, переработать ее, и выдать всем другим мацералам "по заслугам".
  Если есть в ДНК подобные "витринитовые" учаски, то аналогию можно счтитать хоть и натянуто, но подобной. Витринит хорошо маркирован, он выделяется однозначно под микроскопом. Я понимаю, что ДНК на порядки сложнее, но и экспериментальной базы много больше.

Цитата: valdeil от марта 28, 2011, 13:03:26
Насколько я понимаю итог общих рассуждений, предполагается, что в ДНК есть особые участки, в которых мутации очень часты, и механизмы репарации ДНК относятся к этим мутациям не так "строго", как к изменениям на других участках. Значит, эти участки ДНК как-то маркированы? И эти маркеры определяют допустимый диапазон мутаций? А если не так, то решения о допустимости принимают сами механизмы репарации ДНК?

в общем так - в самом деле есть высоко-вариабельные участки, а есть нет. Но вот что именно опредляет это - пока мало понятно - то ли хроматин, то ли насыщенность разных участков в разной степени опредлёнными нуклеотидами, то ли может и в правду есть какие мотивы на ДНК, которые опредляют сродство к этим участкаов комплексов репарации.
василий андреевич - честно говоря я не очень понял ваше последнее сообщение, но в целом - понятное дело, что есть более и менее стабильные участки - то есть те, которые глубоко сидят с нишах стабильности и те. которые такие ниши ещё не нашли - вот и блуждают, изменяясь...

Цитата: DNAoidea от марта 31, 2011, 04:04:52
понятное дело, что есть более и менее стабильные участки - то есть те, которые глубоко сидят с нишах стабильности и те. которые такие ниши ещё не нашли - вот и блуждают, изменяясь...

Пока большего из моего сообщения извлекать и не надо. Однако хочу высказаться более обстоятельно и малословно, а потому буду думать завтра.

Цитата: valdeil от марта 28, 2011, 13:03:26
решения о допустимости принимают сами механизмы репарации ДНК?

Цитата: DNAoidea от марта 31, 2011, 04:04:52
которые такие ниши ещё не нашли - вот и блуждают, изменяясь...

Ох, как бы мне не напортачить.
Пусть задача ДНК кодировать производство нужных белков в нужном месте, в нужное время. И вопрос сейчас не о том, как молекула определяет эти нужности, а на базе какого физического принципа появляется новая молекулярно-кодирующая комбинация атомов.
  "Хлам" (по Идрису) - необходимый (спящий) запас комплектующих. Узкий вопрос: каким образом комплектующие находят места для своей активизации в нужном месте ДНК? Как образуется это место?

Всё распадается, распад - износ химических связей, их разрыв под гнетом флуктуаций. Чем сильнее флуктуация, тем она реже (это статистический закон). Упрочнение связи - это стремление самой ДНК упрочить жизненно необходимое, пусть через организменный отбор. Мутирующее жизненно необходимое восстанавливается, мало потребное "забывается". Следовательно, в ДНК есть набор химических связей с разной (но закономерной!) энергией активации. И рвутся эти связи уже не произвольно (мутационно), а в зависимости от частоты и амплитуды внешнего воздействия.
  Такова канва. А теперь выводы, математику придется опустить из-за условий форума. Закономерный (но вариабельный) распад связей приводит к высвобождению определенных химических связей. Незаполненная химическая связь - это потенциальная ниша для определенной структуры. Определенность "подходящего структурного элемента" зависит от их наличия, а наличие определяется внешними флуктуациями, их частотой и амплитудой. И перегруппировка "халама" поэтому определенна.
  Математические же изыски таковы, что распад приводит к совершенно определенной логистической экспоненте в координатах протяженность-энергия. Причем логиста ниспадающая и расположена в отрицательной (потенциальной) области энергий. А низкий уровень логисты - это и есть закономерно эволюционировавшая ниша. Но уже не путем случайного стечения обстоятельств, а путем... В заглавии темы я рискнул (больше для красного словца) назвать эту определенность "неестественностью выбора". На самом деле, это следствие естественного распада.

Таким образом, если мы договариваемся, что эволюция различных элементов происходит с различной
"скоростью", то единственным параметром, который нужно вводить в математических моделях - это среднестатистическое пространство распада выбранной наугад области исследования. Пусть мы не знаем это "среднестатистическое пространство распада", можно выбрать любую цифру, меньшую единицы. Модель покажет какие из цифр являются наиболее приближенными к практике.
  О самой же математике надо бы отдельно. Но пока интереса к ней на форуме я не нашел.

Цитата: Mahindra от октября 11, 2011, 01:05:22
А не мог Он создать человека путем эволюции?

Дарвин тоже так считал... поначалу

Этот самый Он, на все способен, если Верить. Следовательно, Он способен был даже сам себя эволюционировать, по крайней мере в образах человеческого сознания.

то есть ищем механизмы оптимизации отбора на молекулярном уровне? Я думаю там их получить сложнее всего.