систематика гоминидов

[Ярослав Смирнов]

1) вопрос о том какими причинами вызваны неравномерности распределения клад M и N в Евразии, в частности редкость M в Европе - открытый. "Адаптивный" ответ не выглядит привлекательнее чем "случайный".

2) Обратный переход 10398A>G известен у четверти линий всех N, причем в ЮВ Азии это не более трети, при сохранении N-специфического состояния у такой распространенной линии как скажем B4a1. Может стоит поискать какие-то иные объяснения более частой встречаемости у человечества состояния 10398G нежели климат? Вот в Африке например L1c1a1 у пигмеев, там 10398 в "северном" состоянии, и что?

Тут важный момент, имхо, ещё в том, что последнее время люди научились строить жилища, пользоваться огнём и делать нормальную одежду. Соответственно, благодаря "культурному скафандру" адаптивность тропических/арктических мутаций несколько снизилась. Отсюда вопрос, а что у нас в неандертальской мтДНК в позициях 10398 и 8701?

[Дж. Тайсаев]

Похоже я неправильно понял вопрос про детей и родителей. langust поправил.

ну наконец то у нас на форуме появился реальный спец (разумеется, есть ещё Питер, но он появляется редко). Пока вопросов нет, сейчас другими проблемами занимаюсь, но они скоро появятся

[valeryz2001]

Отсюда вопрос, а что у нас в неандертальской мтДНК в позициях 10398 и 8701?

дикие аллели - как у африканцев, как у M но не как у N

[valeryz2001]

ещё в том, что последнее время люди научились строить жилища, пользоваться огнём и делать нормальную одежду

Ну еще и в том что география современных линий сформировалась после появления производящего хозяйства, когда внушительные массы людей двигались во всех направлениях из центров. В некоторых регионах, таких например как ЮВА, это привело к почти полному перезаселению территории. Значит, мутации в интересующих Вас позициях молекулы отражают ситуацию более характерную для широт юга Китая, где менее жаркий климат по сравнению с экватором. А ЮВА + ЮА это по сути дела все неафриканское экваториальное население, не будем же учитывать горстку австралийцев и меланезийцев.

[langust]

ну наконец то у нас на форуме появился реальный спец (разумеется, есть ещё Питер, но он появляется редко). Пока вопросов нет, сейчас другими проблемами занимаюсь, но они скоро появятся

Мнение Питера по вопросу известно почти что с самого начала темы

Можно  ли  строить   деревья  по   митохондриальной  ДНК ?  Можно
Есть  ли  давление  отбора  на  митохондриальный  геном  ?    Да
Можно  ли  найти  варианты,  которые  специфичны  для  севера  и  юга  именно   в  силу  отбора ?  Нет

[Alexy]

Так несинонимия возникает в новых ветвях, и так или иначе со временем мутируют все линии

Это наверное возможно только при нейтральности (ну и полезности естественно) несоинонимических мутаций или их очень очень слабой вредности - т е отсутствии отрицательного отбора или очень очень слабом отрицательном отборе?

Но раз несинонимичные замены не вредны (т е нету отрицательного отбора), то почему "ветви с несинонимией должны либо вымереть либо мутировать обратно", как Вы пишете в следующем же предложении?

В итоге мы имеем значительное преобладание ветвей с несинонимией на некоторой территории, и выходит что со временем (через неск-ко десятков тысячелетий) они должны либо вымереть либо мутировать обратно

Да и ещё ранее Вы писали об отрицательном отборе

для мтднк в целом доказан отрицательный отбор: с выхода статьи Кивисилда 2005 года где он показал что чем древнее линия мтднк тем реже в ней встречаются несинонимические замены, принципиально ничего не изменилось. Но данная теория вполне дозволяет положительный отбор в недавних ветвях филогении, но понятное дело что фактический материал здесь меньше и меньше доказательность. То есть проблема лишь в степени перевеса над нейтральностью в "листиковой" части филогении

[valeryz2001]

Разумеется несинонимические замены в целом не нейтральны, или по крайней мере многие из них не являются таковыми. Поэтому отрицательный отбор предполагает какой-то механизм "устаканивания", возврата к прошлым, доказанно "работающим" вариантам. Каков этот механизм - вымирание слишком "специфичных" линий или возврат к "опробованному" состоянию я не знаю. Мое личное ИМХО таково: консервативность наиболее выгодная стратегия для мтднк из-за необходимости очень жесткой притирки структурных белков ею кодируемых к основному белковому составу митохондрий который кодируется ядром. Поскольку линии мтднк как и У-овые способны к быстрому изменению частоты, то слишком сильная спецификация той или иной линии в некоторых определенных условиях приведет к тому что сменись ядерное окружение (скажем пришли завоеватели с другими аутосомными генами, очень много, съели всех мужиков и взяли в жены женщин) мтднк не сможет с ним эффективно ужиться. Иными словами, митохондриальная молекула должна быть всегда готова обслужить любое ядро, можно понимать сие и с некоторым сексистским подтекстом:) Да и вообще процессы такого низкого уровня как обслуживание протонного насоса должны быть крайне консервативны, обычно, с немногими исключениями, так.

[valeryz2001]

Кстати, еще раз повторюсь, я совершенно не исключаю что сайт 10398 упомянутый Ярославом Смирновым, как раз находится в процессе возврата к предковому состоянию. Можно попытаться поискать и другие позиции-кандидаты, но уже на уровне более мелких ветвей. Единственное что я пока не верю в связь 10398 с климатом, слишком обширна география. Но если кому-то нравится такая игра, могу и ее поддержать. Например, изверглась Тоба, разом похолодало, аккурат тогда возникла гаплогруппа N и в ней выскочили "холодоустойчивые" мутации. И вот человечество все никак от них не избавится

Чем такая теория хуже той что изложена в статье?

[valeryz2001]

Проверяем возраст

The Toba supereruption (Youngest Toba Tuff or simply YTT) was a supervolcanic eruption that occurred some time between 69000 and 77000 years ago

Возраст базовых линий по Behar 2012:

L3: 67000+-4400
M: 49500+-1800
N: 59000+-2400


Мои оценки:

L3: 75000+-5800
M: 56000+-3000
N: 63000+-4900


Мутации N должны выскочить аккурат между датой для L3 и датой N

[Питер]

Я   вот   одного   понять  не  могу   -   чего  так  привязались к  митохондриям   в  отборе  "на  климат"    Ядерный  геном    играет  тут   роль  не  меньшую,  а   большую   -   как   через   кодирование   белков  митохондрий,   так  и  через  и  через  кодирование   всего     обмена.    Например,   соотношение     бурой\белой   жировой  ткани    контролируется   не  митохондриями.

[Ярослав Смирнов]

Я   вот   одного   понять  не  могу   -   чего  так  привязались к  митохондриям   в  отборе  "на  климат"    Ядерный  геном    играет  тут   роль  не  меньшую,  а   большую   -   как   через   кодирование   белков  митохондрий,   так  и  через  и  через  кодирование   всего     обмена.    Например,   соотношение     бурой\белой   жировой  ткани    контролируется   не  митохондриями.

Было высказано предположение, что широкое распространение тех или иных гаплогрупп может быть связано не только или не столько с родственными связями, но и с воздействием тех или иных форм отбора. Например, отсутствие (или малое количество) неандертальских вариантов (по крайней мере одного из них) мтДНК может быть связано не только или не столько с тем, что среди наших предков было мало неандертальцев, сколько с тем, что гиперарктические аутосомные гены и гаплогруппы были отсеяны отбором.

[Ilshat]

Все таки в населении Евразии доминирует только 2 гаплогруппы - "индо-европейская" R1 и "сино-тибетская" O. Которые в совокупности составляют более 80% населения Евразии. Неизвестно с чем это связано, можно строить только гипотезы.
У меня своя по данному вопросу. Хотя нет прямой зависимости гаплогрупп и расовой принадлежности человека, но общие закономерности прослеживаются. Очевидно, что R1 зародилась среди центрально-азиатских медитаррианов (средиземноморский расовый тип), а гаплогруппа "О" среди южно-монголоидов. Обе вышеуказанные группы в силу выгодного климатического и географического расположения и прочих предпосылок достигли высокого социального и материального уровня развития. Человеку инстинктивно свойственен конформизм с большинством. Исходя из этого формируется половой и социальный отбор, т.е. у человека (самки и самца) формируются субъективные этические предпосылки для выбора полового партнера, который максимально так сказать интегрирован в доминирующую группу. Очевидно, что вместе с гаплогруппой потомкам через гены также передается морфология, темперамент и прочие наследственные "прибамбасы". Таким образом из поколение в поколение увеличивается процент "доминирующей" гаплогруппы в популяции.

Аналогично происходило с гаплогруппами палеоантропов. По сути являясь "генетическим меньшинством" эти гаплогруппы постепенно исчезли из генетического фонда человечества, оставив лишь некоторые участки в наших ДНК.

[valeryz2001]

Все таки в населении Евразии доминирует только 2 гаплогруппы - "индо-европейская" R1 и "сино-тибетская" O. Которые в совокупности составляют более 80% населения Евразии. Неизвестно с чем это связано, можно строить только гипотезы.
У меня своя по данному вопросу. Хотя нет прямой зависимости гаплогрупп и расовой принадлежности человека, но общие закономерности прослеживаются. Очевидно, что R1 зародилась среди центрально-азиатских медитаррианов (средиземноморский расовый тип), а гаплогруппа "О" среди южно-монголоидов. Обе вышеуказанные группы в силу выгодного климатического и географического расположения и прочих предпосылок достигли высокого социального и материального уровня развития. Человеку инстинктивно свойственен конформизм с большинством. Исходя из этого формируется половой и социальный отбор, т.е. у человека (самки и самца) формируются субъективные этические предпосылки для выбора полового партнера, который максимально так сказать интегрирован в доминирующую группу. Очевидно, что вместе с гаплогруппой потомкам через гены также передается морфология, темперамент и прочие наследственные "прибамбасы". Таким образом из поколение в поколение увеличивается процент "доминирующей" гаплогруппы в популяции.

Аналогично происходило с гаплогруппами палеоантропов. По сути являясь "генетическим меньшинством" эти гаплогруппы постепенно исчезли из генетического фонда человечества, оставив лишь некоторые участки в наших ДНК.

Мне непонятна логика зачем для характеризации популяций Вы привлекаете однородительсие гаплогруппы. Частоты гаплогрупп - это следствие каких событий в истории популяции, но не причина и тем более не движущая сила этих самых событий Это метод реконструкции истории со своими плюсами и минусами. Плюсом является отсутствие рекомбинации, хорошее разрешение вследствие привлечения высокомутабельных участков, наличие практически бесспорной устоявшейся в литературе филогении. Минусы - очень сильная зависимость от случайности истории а также от половой асимметрии человеческих миграций. Это влияет на частоты линий, вызывая хорошо известные странности и несоответствия "полногеномной" и "однородительской" картины. Также затрудняет вычисление возрастов, из-за сильных несоответствий между эволюционными и семейными скоростями мутирования. Я обожаю аналогию между однородительскими маркерами и средствами визуализации в медицине, вроде КТ,МР,ПЭТ: подобно контрасту, некая линия, изначально чужеродная, попав в популяцию, начинает развиваться в ней, ветвиться, перетекать в соседние популяции, и "скрининг" ее частот может быть полезен для описания тонкой структуры популяции, например наличия в ней подразделенности, изолятов, метисации с соседями итп. Но всегда следует помнить, что линиджи - это только МЕТОД изучения, сами по себе они представляют ценность лишь для узких категорий потребителей молекулярных данных - филогенистов, чрезмерно специализированных эволюционных биологов, наконец для занимающихся генеалогией по молекулярным данным (где требуется большая точность при увязке с документальной историей семейств), иногда они незаменимы в СМЭ когда работают с родством через 2-3 поколения. Но для основной массы специалистов линиджи - это просто ИНСТРУМЕНТ.

[valeryz2001]

Разумеется, я не спорю что лично Вы понимаете ситуацию абсолютно правильно и в высшей степени компетентны, но при изложении современных данных о биологии человека чрезмерная концентрация на гаплогруппах за##рает мозг неискушенной сетевой аудитории, и в результате мы имеем "гаплогруппу русской души", "Тутанхамона предка европейцев", "семитские гаплогруппы" и прочие перлы. Притом что генеалогический аспект популяризации читателями совершенно игнорируется: подавляющему большинству людей генеалогия тупо неинтересна, а для правильного понимания истории человека просто не хватает биологических знаний.

Забавно, среди некомпетентных можно найти две крайности или два этапа "осознания" теории гаплогрупп:

1. Сначала - протест, так как неменделевское наследование не изучается в школе, человек не обремененный соответствующими знаниями хлопает глазами, пытается что-то "вспоминать" применяя неуместные термины, вроде доминантной гаплогруппы

2. Затем - чтение недобросовестных популяризаций, часто с ошибками и идеологическим извратом (как у наци например), или с намеренным проталкиванием собственных теорий, не получивших аккуратного доказательства (как у Клесова). В итоге небольшие но добротные школьные познания напрочь вытесняются древовидно-бифуркационной галиматьей в лженаучном обличье ученiя о гаплогруппахЪ. Характерный симптом - крайняя путаница популяционного и генеалогического аспектов изучения однородительских линий, вплоть до полного маразма.

[valeryz2001]

Вообще я думаю на какой-нибудь большой научной тусовке давно следует обсудить приемлемые и неприемлемые методы популяризации, в частности язык пересказа статей в пресс-релизах, интервью авторов итп.