Геногеография

[Eugene_rus]

Если снипов скажем - 20, то это слишком мало и картинка будет по аналогии с разрешением как 5x5 пикселей, т.е. можно увидеть все что угодно, но когда больше 10 тысяч - идет только уточнение и возможность ветвления более мелких такосонов уже не на уровне ареалов, а популяций и даже национальностей.
Снипы тоже не абы как беруться, а наиболее информативные, т.е. учитывая, что 99,9 последовательности генома у всех людей одинаково, то особого смысла нет сравнивать полные геномы у всех людей, но полные геномы необходимо сравнивать первоначально, чтобы выявить эти 0,1% расхождений.

[sanj]

я вот не знаю поменяется ли принципиально картинка между 29 тыс и млн.
но вот дико интересно, с какого количества снипов картина ясна? и для каких популяций (расы, подрасы, этносы...)

[Eugene_rus]

я вот не знаю поменяется ли принципиально картинка между 29 тыс и млн.
но вот дико интересно, с какого количества снипов картина ясна? и для каких популяций (расы, подрасы, этносы...)

29 тыс. снипов - это минимальное кол-во в современных построениях на сегодняшний день и позволяет выявить четкую ареальную модель, что и приведена выше от DNA-tribes. Если используют больше 300 тыс. снипов то можно вплоть до этносов древо привести, но естественно будут и пересечения, особенно в пограничных областях.
Когда-то использовали 15-27 аутосомных STR маркеров, да и сейчас еще используют в некоторых направлениях, но аутосомные SNP маркеры их сейчас почти полностью вытеснили особенно в построениях генетических дистанций.

[sanj]

и много таких работ? по снипам имеется ввиду, где строятся генетические дистанции?

[Eugene_rus]

и много таких работ? по снипам имеется ввиду, где строятся генетические дистанции?

Не так много, но есть. В основном работы по выраженности ареальных компонентов, т.к. не бывает этносов с палеолита, которые бы ни с кем не смешивались.

[sanj]

это работы по аутосомным снипам?

[Eugene_rus]

это работы по аутосомным снипам?

Да.

[sanj]

делаются ли такие по снипам половых хромосом? и если да то много ли их?

Делается и по снипам половых хромосом (X,Y).
Гаплогруппа позволяет определить происхождение исключительно по прямой отцовской или по прямой материнской линии.
Вот например приблизительная карта частот гаплогрупп по Земле. Y(отцовские линии) на 1 стр. и mt (материнские) на 5 стр.
http://www.scs.illinois.edu/~mcdonald/WorldHaplogroupsMaps.pdf
Но это не национальности, а своеобразный срез по двум признакам приблизительно времен неолита, т.к. гаплогруппы - это только однородительские маркеры и соответственно при передачи потомкам снипы верхнего уровня не меняются, а если снипы более нижнего уровня(т.е. более высокое разрешение) поместить на карту - то она будет просто нечитабельна.

нет. вопрос касался того используют ли Y и mt маркеры для построения генетических расстояний, как аутосомные маркеры.
что такое верхний и нижний уровень? и почему именно с неолита?

[Eugene_rus]

нет. вопрос касался того используют ли Y и mt маркеры для построения генетических расстояний, как аутосомные маркеры.
что такое верхний и нижний уровень? и почему именно с неолита?

понимаете, что это уже будут не генетические расстояния, а популяционные или генеалогические - так как это прямая мужская Y и прямая женская линия mt. там нет генов в большинстве случаев (про частные не будем сейчас).
Верхний уровень - значит хронологически более древний снип, который соответсвенно по этой прямой мужской или женской линии характерен для большего количества потомков еще до образования этносов.
Нижний уровень - это более подробный и уже ограничивается например ареалом или этнической группой.
но нижний/верхний это условно, т.е. только при относительном сравнении уровней.
С неолита - это просто карта что я приводил - так решили при её посроении. Можно и с палеолита сделать, можно и с железного века - всё зависит от времени образования снипа в Y.

[sanj]

про уровни и хронологию понял. вытекает следующий вопрос, как выясняется время появления того или иного снипа? датировка снипов абсолютна или относительна?

про генеалогические или популяционные расстояния я не понял. ну и что что прямые мужские и женские линии. что мешает их использовать как аутосомные маркеры? и почему там нет генов? гены же вроде во всех хромосомах имеются...

[Eugene_rus]

1) вытекает следующий вопрос, как выясняется время появления того или иного снипа? датировка снипов абсолютна или относительна?

2) про генеалогические или популяционные расстояния я не понял. ну и что что прямые мужские и женские линии. что мешает их использовать как аутосомные маркеры? и почему там нет генов? гены же вроде во всех хромосомах имеются...

1) Датировки конечно относительные, высчитываются на основе частот мутаций.
2) Y-хромосома практически не содержит генов (только гены ответственные за развитие по мужскому типу и еще несколько), а митохондрии - это вообще не хромосомы.

[sanj]

1. на основе частот мутаций. можно поподробнее?

2. Y какая никакая а все же хромосома, а следовательно там куча днк-и, неужели все гены там отвечают только за мужской пол? то, что мт - не хромосома в курсе, но неужели генов не имеет? в чем смысл той днк-и в таком случае?

[Eugene_rus]

1. на основе частот мутаций. можно поподробнее?

2. Y какая никакая а все же хромосома, а следовательно там куча днк-и, неужели все гены там отвечают только за мужской пол? то, что мт - не хромосома в курсе, но неужели генов не имеет? в чем смысл той днк-и в таком случае?

1) Например высчитываются частоты мутаций на поколение в парах отец-сын.
2) Y- не участвует в рекомбинации. Она даже в целом меньше остальных хромосом - всего около 59 млн. пар оснований. Но генов на ней очень мало помимо пола: волосистость ушной раковины, наличие кожной перепонки между пальцами и т.д.
Митохондрии - это энергетические станции клетки и функции у них есть, но различий несоизмеримо меньше чем разлийчий у разных людей по аутосомам.

[sanj]

1) пары отец-сын, в хронологическом плане очень малы, чтобы делать глобальные выводы до палеолита скажем.

2) ну не участвует, но гены то передает в следующее поколение, а с ними и мутации, и в снипах тоже, я понимаю, что по сравнению с другими хромосомами наверное менее информативна, но неужели там ничего для генетических расстояний не используется?
про функции митохондрий я тоже в курсе, но вопрос был про наличие генов в них и их использование на предмет тех генетических расстояний. хотя если различий там меньше чем по аутосомам, то понятно почему для этих расстояний они не используются. но ведь используют мт-днк для постоения генеаолгий по женским линиям, почему бы эти же маркеры не использовать для ген расстояний как аутосомные?

[Eugene_rus]

1) пары отец-сын, в хронологическом плане очень малы, чтобы делать глобальные выводы до палеолита скажем.

2) ну не участвует, но гены то передает в следующее поколение, а с ними и мутации, и в снипах тоже, я понимаю, что по сравнению с другими хромосомами наверное менее информативна, но неужели там ничего для генетических расстояний не используется?
про функции митохондрий я тоже в курсе, но вопрос был про наличие генов в них и их использование на предмет тех генетических расстояний. хотя если различий там меньше чем по аутосомам, то понятно почему для этих расстояний они не используются. но ведь используют мт-днк для постоения генеаолгий по женским линиям, почему бы эти же маркеры не использовать для ген расстояний как аутосомные?

1) Используют очень большое количество пар отец-сын. Нет оснований считать, что в палеолите были другие частоты мутаций. Про погрешность тоже никто не забывает.
2) Понимаете, что основная информация записана в аутосомах. Строят деревья и по прямым мужским линиям и по прямым женским, но это не генетические дистанции, а древа субкладов и гаплогрупп.