еще раз о клонировании вымерших животных

[shuric]

http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?t=321&start=0
http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?t=454&start=0

Кто ни будь может дать внятное для профана обьяснение, какие принципиальные (не технические) препятствия стоят на пути клонирования мамонтов?
Понятно что туши дошли до нас в плохом состоянии и целых ДНК в них нет. Но из большого количества рваных и поврежденных ДНК ведь можно собрать несколько целых (причем половых)? Повреждены у ДНК будут ведь разные участки?
И если такая ДНК будет получена, то при наличии родственного мамонту слона,  клонирование принципиально возможно?

[Nestor notabilis]

Вот мне это тоже интересно.
Ряд генетиков МГУ, причем неслабых, как я понимаю, полагают, что никаких принципиальных препятствий нет даже сейчас... Правда деталей объяснения я не знаю.

[Inry]

http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?t=321&start=0
http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?t=454&start=0

Кто ни будь может дать внятное для профана обьяснение, какие принципиальные (не технические) препятствия стоят на пути клонирования мамонтов?

У всех нас 80% ДНК - вирусный "мусор". При этом многие вирусы могут встречаться по несколько копий подряд. И если число последовательность длиннее фрагмента ДНК, не существует возможности узнать, какой длины она была первоначально. (а это может быть важно. У человека несколько отличий от шимпапнзе именно в таких "нефайловых" зонах) Далее, если транспозон встречается в нескольких хромосомах во множестве экземпляров - невозможно узнать, как именно сшивать фрагменты.

То есть
Однажды в студённую зим
                                    ю зимнюю пору я из ле
                                                                    з лесу вышел был силь...
сшивается, а с

гоп-хоп-ля-ля-ля
ля-ля-ля-ля-ля-ля-ля
 ля-ля-ля-ля-ля-ля-ля
      ля-ля-ля-ля-хоп

такого не получится.

В конце концов, когда мы получим способ изготовления мамонта, гораздо раньше буде найден способ изготовления любого животного на заказ. И новодельный мамонт будет представлять лишь исторический интерес.

[Вопрошающий]

 У всех нас 80% ДНК - вирусный "мусор".  
  .

Откуда такие сведенья ?

[Питер]

По  поводу   80%   вирусного  мусора  -  дичь.  Хотя  ссылочку  было  бы  интересно  увидеть.

По  поводу  клонирования.    Как  человек,  который    занимается   ПЦР,  ссеквенированием и    прочей  молекулярной     халабудой   могу    утверждать,  что  клонирование  вымерших   животных  -  дичь.
1.   Полный  сиквенс  генома.   Для     деградированной  ДНК  -  проблема,     перекрыть весь  геном  железно  не  удастся.   Несмотря  на  все    усилия в  геноме  человека  до  сих  пор  есть   пусть  и  короткие,  но  не  секвенированные  участки.  В  первую  очередь  проблены  будут  с  ГЦ-богатыми  участками    ДНК.
2.  Хромосомы -  мало  секвенировать,  надо  секвенировать в  соотвествии с  кариотипом.  
3.  И  обратная  задача  -  собрать вручную    геном  обратно.   И  проверить  правильность  сборки.
4.  Дальше  -  мелочи.  Давайте  просто  клонируем   ДНК     современного   животного ?  Ведь  этого  никто  не  делал,  клонируют   исходя  из  ядра.

[Inry]

 У всех нас 80% ДНК - вирусный "мусор".  
  .

Откуда такие сведенья ?

Из первоисточника и калькулятора.
fugu genome project
" The compact Fugu genome contains the same basic vertebrate blueprint as the human genome in a sequence seven times shorter. This difference is primarily due to the scarcity in Fugu of the large repeat-filled tracts that litter the human genome."

делим 100% на 7, получаем 14%. Остаётся ещё 6(больше трети!) на уникальные способности приматов.

Разумеется, не только вирусный - ещё будут псевдогены и просто бессмысленные (на перый взгляд) повторы. Как раз их восстановить будет сложнее всего. И поскольку как-то они могут использоваться, (хоть для разбивки). И, скорее всего, результат будет "включаешь - не работает".

А если задаться целью востановить не "как было" а "как похоже" - то надо сначала знать, как оно всё устроено. Но тогда задача превратится в частную и для науки не фундаментальную.

Питеру - вопрос был в принципиальных, а не технических трудностях. В качестве сравнения - полёт человека на Марс (да и дальше) принципиально сейчас возможен. Технически - есть проблемы.

[Питер]

Знаете, Inry, есть  большая  разница   между  относительной  долей   не  кодирующей  белок    ДНК  и  вирусным  мусором.   Так  что    тщательнее    используйте  калькулятор.

По  поводу  принципиальных  проблем.
Главная  проблема -  нормальный  сиквенс генома  без  пробелов.  Это  -  проблема  сущностная,  не   техническая.
Вторая  проблема  -   синтез    миллионов  п.н.   ДНК. Проблема  не  техническая.
Третья  проблема -  и  самая  сложная.   Клонирование   чистой  ДНК. Или - как  вариант  -  создание  не  голой  ДНК, а  хромосом.

[Питер]

Да,   насчет  Марса.
Если  так  сравнивать  -  то   речь  должна  идти  о  полете  в  район  ядра  галактики.  С  возвращением    со  звезд.
Как  насчет  принципиальной  возможности ?

[Inry]

Да,   насчет  Марса.
Если  так  сравнивать  -  то   речь  должна  идти  о  полете  в  район  ядра  галактики.  С  возвращением    со  звезд.
Как  насчет  принципиальной  возможности ?

Давно не проблема. :-) ДМТ дотянут куда угодно. Времени, конечно потребуется уйма, и надо чем-то занять экипаж, но аппараты подобного типа существуют уже давно.
Другое дело, что пока что стоит подождать несколько лет, чтобы сократить время в несколько раз и стоимость на порядки.

Наверное, мы по-разному понимаем, для меня "принципиальная невозможность" - какой-либо логический / физический запрет (как в моём примере, собрать правильную цепочку при повторяющемся фрагменте или в астрономии - посадка на Юпитер). А "техническая" - недостаток свободных ресурсов нашей цивилизации / неотлаженность деталей.

Главная проблема - нормальный сиквенс генома без пробелов. Это - проблема сущностная, не техническая.

Недосеквентированность - так ведь недо... Процесс продвигается строго в одну сторону и длина ДНК  конечна.

Вторая проблема - синтез миллионов п.н. ДНК. Проблема не техническая.

То есть, тысячи оснований собрать сейчас уже возможно. (или нет?) Повторить процесс тысячу раз. (башня 500м есть - почему бы не построить на 5 км?) Я понимаю, какие проблемы тут появятся, но где физические-логические ограничения?

Третья проблема - и самая сложная. Клонирование чистой ДНК. Или - как вариант - создание не голой ДНК, а хромосом.

А по поводу хромосом - тут даже скорее неизвестность. Собрать и даже разметить будет довольно просто, а нацепить туда управляющие белки, причём в _нужные_ для старта места, явно сложнее. Но, может быть, система "сама настроится".

Да, я признаю неточность, о чём и сказал. А, кстати, как ДНК-мусор распределяется (вирусы-псевдогены-повторы)?

Есть вариант - вместо сборки мамонта с нуля, мутировать слона. То есть, технологии опять никакой, надо будт пересаживать целые наборы генов, но это намного меньше, чем всё. А с учётом времени, необходимого на проверку каждого опыта, проще начинать с мух и червей.

Хотя, может быть вы считаете "принципиально невозможным" и проект, который можно будет решить в будущем намного меньшими силами и с большим полезным выходом?

* ДМТ - двигатели малой тяги. Включает солнечные паруса, атомные, элкктромагнитные и прочие с КПД близким максимальному. Могут работать тысячелетиями, но требуют чудовищного временин на разгон. Насколько помню, пара зондов уже из системы Sol вылетела таким образом.

[Питер]

Является  неполнота  информации   принципиальной  проблемой ?
По-моему,  да.  Тут невозможно  полностью  секвенировать  геном,  так как  никогда  не   будет  ясно, все  ли куски  собраны.
Хромосомы.   Принципиальная  проблема - невозможно  получить  ДНК  отдельных  хромосом в  чистом  виде.   Без  этого  не  ясно.  как  соотносятся    куски  ДНК с  хромосомами.

И т.д.

А  что  такое  ДМТ ?

[Nestor notabilis]

Вот что любопытно в этом контексте - сравнивались ли когда-нибудь геноме двух последовательно (или параллельно) существовавших видов, один из которых является непосредственным потомком второго? Напр. Хомо сапиенс и африканский гейдельбергенец? Или белого и бурого медведя?

Просто "мутировать слона" - это ведь некий вариант восстановительного отбора... - если дойти до точки расхождения в 3,5 млн лет кажется между индийским слоном и мамонтами, а потом пойти опять вперед, но уже по другой дороге... и дойти до колумбийского и длинношерстного мамонтов...
ГДе-то я такую фантастику читал  :roll:

[Inry]

невозможно  полностью  секвенировать  геном,  так как  никогда  не   будет  ясно, все  ли куски  собраны.
Хромосомы.   Принципиальная  проблема - невозможно  получить  ДНК  отдельных  хромосом в  чистом  виде.

Это уже интересно. Понятно, что голая ДНК развалится или смотается в страшную бороду. А что именно мешает процессу "отмыть/отрезать что болтается/отмыть дальше"? Или "сделать полимер-каркас и перемотать ДНК на него, а затем разбирать полученную структуру". Предположим, что мы умеем рассчитывать ферменты (это ведь техническая проблема, не так ли?).

При копировании в живой клетке всё как-то раскручивается ведь - значит можно съимитировать процесс. Или перехватить в нужный момент.

Далее, почему нельзя быть уверенным точно? Ведь масса известна, длина тоже.Современные методы позволяют считать чуть ли не по атомам.

[Gilgamesh]

Пардон за оффтоп - где можно о ДМТ в сети почитать?

[Питер]

Знаете, для  мамонта   это  и  есть  проблема  -    мы  не  знаем  длину  генома  мамонта.  И  потому   мы  никогда  не  сможем сказать,  все ли куски  мозаики   мы  собрали.   Сравнить  не  с чем.
А  насчет  взвесить.   Давайте  мы  сначала   научимся  выделять  полностью  (100%)  ДНК  из  одной  клетки  -  чтобы   на  весы  положить.

[shuric]

Нельзя ли пояснить для малообразованого человека - в чем принципальная трудность при восстановлении ДНК мамонта из "рванья"? По моим представлениям, это вроде восстановления "Евгения Онегина" по отдельным фрагметам - находим частично перекрывающиеся фрагменты и складываем их. Конечно повторяющиеся куски сильно затруднят работу, но если "рванья" достаточно много, этот момент можно решить. Кроме того есть слон, генетически не сильно  отличающийся от мамонта.
Ну допустим, полученная последовательность будет не на 100% процентов соответствовать "исходной" (отдельные куски будут взяты у слона) - какая разница, если в результате будет получен жизнеспособный "мамонтоид"?