еще раз о клонировании вымерших животных

[Nestor notabilis]

Питер, расхождение мамонтов и индийских слонов произошло гораздо позднее, чем антропоидов и человека, и многих прочих пар родственных видов, в том числе индийского слона и локсодонта. И у нас есть геномы индийского слона и африканского родственника его. Не совсем понятно утверждение, что мы не знаем (и не узнаем) длину генома мамонта, т.к. не с чем сравнивать. - Как раз сравнивать до фига с чем. Маловероятно, что наследственный материал так уж сильно отличался.

[Питер]

Сложная   это   задача,  но  попробую ...
1. ДНК    при  ее   лежании в  мамонте     так или  иначе  разваливается.  В  двух  вариантах.  Во-первых,  молекула   рвется     по  длине   на  короткие  фрагменты. Во-вторых,    происходят  химические  изменения  самих  нуклеотидов  -  например,  отваливаются    пуриновые  нуклеотиды. В  итоге  при  ПЦР   могут  амплифицироваться    только  короткие  фрагменты  ДНК  (не  более 150-220  пар). И  зачастую  амплификация   или  не   идет  вообще (апуринизация,  димеры нуклеотидов),   или  идет с  ошибками. При  этом  мы   будем  лимитированы   количеством  ДНК  -  даже  в  случае  замороженного  мамонта  это     проблема.   Сколько  крови  было  выпито  за    сиквенс  одного  человеческого   генома ...
2.   Всегда  есть  проблема  исходной  точки.   Для      любой  работы  с  древней  ДНК  используется  ПЦР.  Для  ПЦР  необходимы  праймеры,  которые  должны   соответствовать  последовательности-мишени.  В  случае  мамонта   у  нас  такой  последовательности  нет.  Можно выкручиваться   через  консервативность  -  но  это  далеко  не  всегда   приводит к  успеху.  Кстати,  мы  не  знаем    первичной структуры    генома  слона  и   не  знаем  степени гомологии  между  геномами  слона и  мамонта.  
3.   При  коротких  фрагментах   да  еще с   не точно  определенными   отдельными  буквами  сложно  собирать     осмысленный  текст. Онегин  не  очень    подходит   -  мы    там  будеи  ориентироваться  по  смыслу  и  узнвать  слово    на  основании  3  букв.  Плюс    относительно  много   букв  -  что      упрощает  процесс.  Здесь  же  нам  надо      собрать  осмысленный  текст,  не  разделенный  на  слова  и  состоящий  всего  из 4  букв

[Nestor notabilis]

Спасибо за ответ. Но, может быть, все дело как раз в том, что нет и не было полной карты генома индийского слона? - Может быть, у нас просто нет модели, на которую можно было бы ориентироваться? Тогда это действительно дело времени скорее... огромный объем работы, но не принципиально невыполнимый...

[gleb]

Да, господа, вспомним еще как зубров восстанавливали, по старинке. Вроде скрещивали с бизонами, потом возвратные скрещивания делали...  Деталей уже не помню, вернее и не знал. Но можно ведь!
Присоединяюсь к мнению большинства участников - принципиальных запретов не видно, есть технические трудности.
Вообще, мы уже готовы к таким поворотам. Все эти свиньи зеленые и т.п.  
Человек уже давно занимается подобным творчеством с природой, не первое тысячелетие. Просто сейчас уж очень быстро пошел. Пока нам все сходило. Пока.

[Nestor notabilis]

С высшими позвоночными проблем вообще никогда не возникнет (если только не начнут экспериментировать с самим человеком - тогда будет риск "клонировать" сверх-успешного генно-модифицированного и при этом плодовитого сапиенса... - потомки его быстренько вырежут туповатых "немутантов" в силу конкуренции за одну и ту же нишу...) Угроза в этом плане, мне кажется, может быть только от беспозвоночных и простейших. Сгенерировать вирус с характеристиками вич, распространением через двукрылых и воздушно-капельно и контаминантностью вибриона холеры - и прощай 4/5 популяции по всему свету.
Ну, зато выжившие будут просто суперменами, хех.

[shuric]

Насколько я понимаю главная проблема - повторяющиеся фрагменты. То есть был исходный фрагмент АБББА, а теперь остались только обрывки вида АББ, АБББ, ББА, БББ, ББ. По этим обрывкам мы можем  определить, что между фрагментами А, последовательность имела вид ББ...Б, но не можем сказать сколько фрагментов Б там находилось - 3 или 33. Для решения этой проблемы надо найти среди рванья полный фрагмент АБББА.
Вот мне и интересно,  пытались ли просчитать, до какой степени возможно восстановить геном мамонта, по имеющимся остаткам. В имеющихся тушах и костях рванья должно быть очень - очень много (кроме того можно рассчитывать на новые находки). Насколько возможно среди 10 в Nой степени имеющихся у нас фрагментов, найти хотя бы один полный фрагмент АБББА? И сколько таких "трудных" фрагментов имелось в геноме мамонта (их должно быть примерно столько же, сколько в геноме слона)? Эту задачу кто либо обсчитывал?

[Питер]

Шурик,      ситуация   не  только в  этом -  есть еще  и    замена  букв  на N.  То  есть   надо  восстанавливать    текст   не  только  рваный  на  куски,  но  и  с  заменами   отдельных   букв.
К  разговору.  У  меня  тут  в   холодильнике  на  -70     завалялись    кусочки  плаценты.   Возраст  -  лет   пять.  Привезли  на  выделение  новую  плаценту   и   у  меня    в  парралель   девушки    сделали  старую  и  новую. Так   вот в  старой   и  выход  ДНК     хуже,  и  деградирована   ДНК  сильнее.  Это  -   пять  лет,  все  время на  - 70,   без  размораживания.

[shuric]

Ну это все техника. Речь ведь идет не о том, чтоб сегодня клонировать мамонтов, а о принципиальной возможности такого клонирования.

[Андрей Пустовалов]

А плацента не от родичей? В смысле, чтобы посмотреть насколько изменяется последовательность нуклеотидов?

[shuric]

http://www.annews.ru/modules.php?name=News&file=article&sid=16014
Что нашли еще одну тушу мамонта?

[Alexq]

в другом разделе :
http://www.paleo.ru/forum/viewtopic.php?t=653
о ДНК мамонта.

[Nestor notabilis]

Алекс, спасибо за инфу, Шурик, это старая туша, просто по ней исследования недавно опубликованы.

[ruralmih]

Речь ведь идет не о том, чтоб сегодня клонировать мамонтов, а о принципиальной возможности такого клонирования.

А почему бы нет? :?

[Nestor notabilis]

Именно обсуждению, "почему нет" - если "нет", и посвящен этот топик.
Пока, я так понимаю, сегодня для генетиков слишком сложно реконструировать нормальную модель ядерной ДНК мамонта, т.к. она всегда разорвана на уж слишком мелкие фрагменты, и многие последовательности изначального бекового кода земенены посторонними хим. соединениями.
Плюс к этом, никто не проводил составления полной карты геномов двух ныне выживших видов слонов - поэтому даже сопоставительной карты еще нет.
Мне кажется, все эти препятствия принципиально устранимы, и пессимизм здесь абсолютно неуместен. Вопрос - когда и за какие деньги.

[Nestor notabilis]

Михаил, извините, а это Ваш сайт на ссылке???
Очень инетерсно !