Homo denisovans

Дж. Тайсаев · января 30, 2012, 18:36:03

Цитата: Питер от января 30, 2012, 17:18:30
СИЛ НЕТ !!!
НЕ СУЩЕСТВУЕТ "ГЕНОВ ДЕНИСОВЦЕВ".
ЕСТЬ ОТДЕЛЬНЫЕ МОНОНУКЛЕОТИДНЫЕ ПОЛИМОРФИЗМЫ, ДИСПЕРГИРОВАННЫЕ ПО ГЕНОМУ. ОБЩИЕ ДЛЯ ДЕНИСОВЦЕВ И НЕКОТОРЫХ СОВРЕМЕННЫХ ЭТНОСОВ.
1% ГЕНОВ ДЛЯ ЧЕЛОВЕКА - ПРИМЕРНО 260 ГЕНОВ. ПРИ СРЕДНЕМ РАЗМЕРЕ ГЕНА ХОТЯ БЫ В 10000 П.Н. - 2600 Т.П.Н. (2600000 П.Н.)
1% SNP - 10000 SNP (при анализе 1 миллиона SNP). ТО ЕСТЬ 10000 П.Н. РАЗНИЦУ ЧУВСТВУЕТЕ ?

ничего не понял((( Если есть определённая общность нуклеотидных последовательностей, то почему её нельзя выразить в процентах? Хотя то что это не гены в строгом понимании я понял

Alexy · января 30, 2012, 19:02:00

В % можно

Но только надо чётко понимать что именно измеряется в %, и проценты от чего

Так а сколько именно SNP (не в %, а по абсолютному числу) в современных людях найдено от Денисыча, а сколько от Неандера?

langust · января 30, 2012, 19:26:50

Цитата: Alexy от января 30, 2012, 19:02:00
Так а сколько именно SNP (не в %, а по абсолютному числу) в современных людях найдено от Денисыча, а сколько от Неандера?

С точечными изменениями в последовательностях нуклеотидов проще, но как тогда считать "количество", где изменения выражаются, например, в каких-то перестановках участков последовательности или с дублированием некоторых участков? Да еще с учетом того, что это все-таки вероятностные оценки... .
Поэтому, если мы хотим оперировать хоть какими-то цыфирями, то придется довольствоваться процентами по количеству "заимствованных генов". То есть, выделять участки ДНК и анализировать какие аллели "пришли" от неандертальцев или денисовцев в наш геном.

langust · января 30, 2012, 19:30:37

Цитата: Alexy от января 30, 2012, 14:24:46
А митохондрия в этой фаланге таки Денисовская?

А в зубе (точнее обоих зубах - новом и старом) мтДНК денисовская?

Пока вроде так. Подождем публикаций.

sokrat · января 30, 2012, 21:26:23

<ничего не понял.....>

На форуме это столько раз расжевывалось что видно и не поймете.
Так что любезные, читайте ранее написаное по теме.
Если каждый раз знающие по первому капризу лентяев будут снова и снова
ходить по кругу то форум и далее будет опускаться в дерьмо.

Кстати, первый аллель неафриканского происхождения вроде нашли в ю-в азии
где и ранее отмечали генетическое разнообразие выше среднего.
Правда неизвесно от кого аллель, от неандертальца или денисовца.
Думаю от денисовца.

chief · января 30, 2012, 23:04:10

Цитата: sokrat от января 30, 2012, 21:26:23
<ничего не понял.....>

На форуме это столько раз расжевывалось что видно и не поймете.
Так что любезные, читайте ранее написаное по теме.
Если каждый раз знающие по первому капризу лентяев будут снова и снова
ходить по кругу то форум и далее будет опускаться в дерьмо.

Это еще что такое? Хамство прекратить.

Цитировать
Кстати, первый аллель неафриканского происхождения вроде нашли в ю-в азии
где и ранее отмечали генетическое разнообразие выше среднего.
Правда неизвесно от кого аллель, от неандертальца или денисовца.
Думаю от денисовца.

Ого! Блестяще.

Узнаю вас по почерку, коллега. Соскучились?
В этом разделе Вас НЕ будет.

МОДЕРАТОР.

chief · января 31, 2012, 14:30:30

Коллега Питер, вероятно, хочет обратить внимание на вот эту публикацию: http://antropogenez.ru/article/386/

Арон. · января 31, 2012, 14:49:15

Цитата: chief от января 31, 2012, 14:30:30
Коллега Питер, вероятно, хочет обратить внимание на вот эту публикацию: http://antropogenez.ru/article/386/

Бесспорно, толковое разъяснение - лично я кой-чего не знал. Но тогда как лучше совместить научную строгость и краткость изложения? Какой термин совместит эти два трудносочетаемые требования? Слово "гены", хоть и неточно, но удобно именно своей краткостью.

Питер · января 31, 2012, 15:36:35

Слово полиморфизм. Вариант "4% общих полиморфных сайтов для денисовцев и своременных популяций"

Alexy · января 31, 2012, 16:49:21

Ну тогда надо представляти сколько у нас % полиморфных сайтов, общих с шимпанзе или общих с неандером или общих с негроидом?

Арон. · января 31, 2012, 17:04:21

Пардон за дилетантский вопрос, но:
а) Если слово "ген" менять на слово "геном"? То есть - "до 4% генома досталось европеоидам от неандертальцев" - может так будет ближе к истине?
б) Или лучше говорить, что "европеоиды на 4% происходят от неандертальцев" - с поправкой на возможный генный дрейф? То есть вообще обходится без слов про гены?
Ведь в выражении "4% общих полиморфных сайтов для неандеров и европеоидов" для любителя непонятно даже, что речь идёт о генетическом анализе. Так и будут гулять "гены" по популярной литературе.
Причём понятно, что "генетические отличия" сапиенсов от неандертальцев составляют 0,0001-0,001%.

Alexy · января 31, 2012, 17:38:08

Вместо слова сайт лучше использовать слово участок - так будет понятнее

Цитироватьа) Если слово "ген" менять на слово "геном"? То есть - "до 4% генома досталось европеоидам от неандертальцев" - может так будет ближе к истине?

Как я понимаю, в том то и дело, что это НАМНОГО МЕНЕЕ 4% от всего генома (если мерять количеством различающихся нуклеотидов, делённом на суммарное количество нуклеотидов всего генома)!

Арон. · января 31, 2012, 18:01:25

Цитата: Alexy от января 31, 2012, 17:38:08
Вместо слова сайт лучше использовать слово участок - так будет понятнее
Цитироватьа) Если слово "ген" менять на слово "геном"? То есть - "до 4% генома досталось европеоидам от неандертальцев" - может так будет ближе к истине?
Как я понимаю, в том то и дело, что это НАМНОГО МЕНЕЕ 4% от всего генома (если мерять количеством различающихся нуклеотидов, делённом на суммарное количество нуклеотидов всего генома)!

Насчёт различий я тоже уточнил выше. "Участок" действительно звучит понятнее.
Тогда может вариант №2 - "европеоиды на (условно) 4% произошли от неандертальцев". То есть 1 из 25 далёких, на момент метисации, предков был неандером.
А как это вычислили - это вопрос методики измерений для специалистов по генетике. Слова про "гены" стараемся не употреблять? (Как в том анекдоте

).

langust · января 31, 2012, 18:24:41

Цитата: ARON от января 31, 2012, 17:04:21
... в выражении "4% общих полиморфных сайтов для неандеров и европеоидов" для любителя непонятно даже, что речь идёт о генетическом анализе. Так и будут гулять "гены" по популярной литературе.
Причём понятно, что "генетические отличия" сапиенсов от неандертальцев составляют 0,0001-0,001%.

Генетические отличия даже среди сапиенсов составляют 0,1%, а с неандертальцами у нас различий по всему геному в среднем 0,16%. То есть, мы достаточно близки друг к другу, учитывая тот факт, что различий между человеком и шимпанзе - более одного процента (1,2%).
Что же до терминологии, то вряд ли слово "сайт" приживется, по крайней мере, в популярных изложениях. Да и далеко не все знают, что только гены, которые составляют лишь небольшую часть генома, способны кодировать белки. Возможно, использование слов "некодирующий" или даже "мусорный" ген для тех участков, которые к генам не относятся. Но для этого надо разделить геном на некоторые участки "некодирующих генов" сравнимых по длине с самими генами. Скажем, по 1000-10000 пар нуклеотидов. Дело генетиков, по какому принципу производить деление. И тогда проблема "общих генов" для денисовцев и сапиенсов, например, становится более ясной.
Если бы гены не были столь консервативны, а мутации бы распределялись более или менее равномерно по геному, тогда бы вообще не было бы и этой проблемы. В этом случае и сказали бы - "у австролоидов около 5% денисовских генов".

Alexy · января 31, 2012, 18:52:05

Цитата: ARON от января 31, 2012, 18:01:25Тогда может вариант №2 - "европеоиды на (условно) 4% произошли от неандертальцев"
То есть 1 из 25 далёких, на момент метисации, предков был неандером

Да правильно - вроде это вполне научно (хотя возможно % неандеров среди наших предков был больше, чем эти 4% из-за произошедшего с тех вемён дрейфа - хотя может тут я и не прав?)

Я ещё подумал, что и в пункте (а) Вы тоже скорее всего правы
А я в своём ответе №71 был явно не прав

Цитата: Alexy
Цитата: Арона) Если слово "ген" менять на слово "геном"? То есть - "до 4% генома досталось европеоидам от неандертальцев" - может так будет ближе к истине?
Как я понимаю, в том то и дело, что ~~это НАМНОГО МЕНЕЕ 4% от всего генома~~ (если мерять количеством различающихся нуклеотидов, делённом на суммарное количество нуклеотидов всего генома)!

Потому что % заимствованных SNP скорее всего будет ~ пропорционален %-у заимствованных участков генома и %-у всех заимствованных нуклеотидов

Главное не путать общие участки или нуклеотиды с зимствованными участками или нуклеотидами, потому что они могли быть не заимствованы у другого вида, а попасть к обоим видам от их общего предка

И таки слово ген тут употреблять действительно нежелательно (хотя количественная ошибка будет не большой наверное?)