О метисации сапиенсов с не-сапиенсами

[Дж. Тайсаев]

В  общем     у всех   биоинформатиков  свои  игрушки  и    мы   сейчас    растим   бабу-ягу  в  своем  коллективе.

ждём вестей

[Dessa]

А что значит "обработка"?

Полные  геномы.   Обработку  делаем  сами.   

[Dessa]

Вы  будете  смеяться   -   но     даже  в  мире  второй  такой   лабы  нет.  Ну    и  простого  сиквенса   полногеномного  для  человека  в  РФ  тоже  нет  -   только  один  геном  Ковальчука   сделали с  горем  пополам.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?linkname=pubmed_pubmed_citedin&from_uid=17641642

Вроде бы все же есть кое-какие лаборатории, занимающиеся древней ДНК, кроме лейпцигской.

[Dessa]

А изучением древней ДНК вы не собираетесь заниматься?

В  общем     у всех   биоинформатиков  свои  игрушки  и    мы   сейчас    растим   бабу-ягу  в  своем  коллективе.

[Питер]

Выравнивания   последовательностей,  поиск  новых    снипов,    гаплотипирование,   сравнение с  другими  геномами  из     базы  1000  геномов.
К  чему  ссылка  -    не  понял,    второй  лабы с  полногеномным  секвенированием    древней   ДНК  нет.  Что  очень  жаль - хотелось  бы  получить  независимые  сиквенсы    неандера  и  денисовца.
То  что  работ  по  древней   ДНК  много  -   это  да,   но в   вашей  подборке  собрано все  -   от  методических  статей (которые  толи  будут  использованы,  толи  нет  -   в  лучшем  случае  из  опубликованных     методов  используется  треть)  до  чистого     криминала  (где  свои  проблемы с  анализом  костных    останков)
Древней   ДНК    -  планов  нет.    У  меня самого  сейчас   интерес     смещается в    анализ  транскриптомов.   А  геномные     работы   -  по  современной  ДНК,   благо в  РФ     сплошные   белые  пятна  и есть  много  интересных   групп.

[Dessa]

Forensic and ancient DNA laboratories

Australia
Australian Centre for Ancient DNA, University of Adelaide
Canada
McMaster Ancient DNA Centre, McMaster University, Hamilton, Ontario
Paleo-DNA Laboratory, Lakehead University
Denmark
Centre for Geogenetics, Natural History Museum, Denmark
Germany
Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology, Leipzig, Germany
Palaeogenetics Group, Eberhard Karls Universität Tübingen, Tübingen
New Zealand
Prof Lisa Matisoo-Smith, Department of Anatomy and Structural Biology, University of Otago
United Kingdom
LGC Forensics
DNA Worldwide - Forensic DNA testing
Cellmark Forensic Services
Keri Brown, University of Manchester
Dr Ian Barnes, Royal Holloway, University of London
Glyn Daniel Laboratory For Archaeogenetics, Cambridge
Dr Greger Larson, Department of Archaeology, Durham University
Prof Michael Hofreiter, Department of Biology, University of York
University College London Proposals are currently being reviewed for building a new laboratory specifically designed for extracting ancient DNA
USA
Mitotyping Technologies
Beth Shapiro's lab: Molecular Evolution, ancient DNA, viruses, and phylogenetics
Prof Noreen Tuross, Department of Human Evolutionary Biology, Harvard University


http://www.isogg.org/wiki/Ancient_DNA

[Dessa]

Древней   ДНК    -  планов  нет.    У  меня самого  сейчас   интерес     смещается в    анализ  транскриптомов.   А  геномные     работы   -  по  современной  ДНК,   благо в  РФ     сплошные   белые  пятна  и есть  много  интересных   групп.

Геномные работы по современной ДНК - это тоже интересно. К сожалению не знакома ни с кем, кто работает в этой области.

[Питер]

В  вашем  списке  криминала  больше, чем  науки. Сплошной  forensic ...
В  не  полногеномном  режиме   работы по   древней    ДНК  есть  и  в  России -  но я  не   знаю,  могу  ли  писать  об  этом.  Люди  работают,   но  пока  не    опубликовались

[Dessa]

Эта команда?

Вот ответ Светланы Боринской (Институт общей генетики РАН):

"Российские антропологи и генетики проводят палеогеномные исследования,
часть из которых ведется в сотрудничестве с зарубежными лабораториями
(Германия, Астралия, Япония и др.).
В Москве в Институте общей генетики РАН ведутся такие исследования,
оборудованы специальные помещения для исследования древней ДНК (рук.
Е.И.Рогаев), в котором проводился анализ ДНК из констных останков
людей и животных.
см статью об этом на сайте Антропогенез http://antropogenez.ru/article/81/

Сотрудник ИОГен РАН и МГНЦ РАМН О.П.Балановский участвует в
антропогенетических исследований древних образцов, найденных на
территории России.
Исследования денисовского человека и других сибирских образцов велись
новосибирскими учеными под руководством академика А.П.Деревянко.
Обращайтесь - поработаем "

http://www.paleo.ru/forum/index.php?topic=7009.0

[Жан-Люк Пикар]

Я всё-таки не понял, как могут быть разными видами популяции, способные к метисации. Если нет репродуктивного барьера, то разве это не один вид?

[Дж. Тайсаев]

Я всё-таки не понял, как могут быть разными видами популяции, способные к метисации. Если нет репродуктивного барьера, то разве это не один вид?

кроме симпатрических, бывают ещё и аллопатрические репродуктивные барьеры

[Жан-Люк Пикар]

кроме симпатрических, бывают ещё и аллопатрические репродуктивные барьеры

более по-русски можно истолковать?

[Дж. Тайсаев]

более по-русски можно истолковать?

виды могут не скрещиваться из за географической изоляции например и при сохранении репродуктивной общности, могут накопить комплекс чётко идентифицируемых видовых различий. Тут всё конечно относительно и даже конвенционально, но и такое бывает, как у волка и собаки например или кавказской и обыкновенной бурозубки (sorex caucasica и  sorex araneus)

[Жан-Люк Пикар]

"и даже конвенционально". то есть, "вид или не вид" может быть аналогичен проблеме "язык или диалект"? 

[Дж. Тайсаев]

"и даже конвенционально". то есть, "вид или не вид" может быть аналогичен проблеме "язык или диалект"? 

где то так