О метисации сапиенсов с не-сапиенсами

[Арон.]

    Вспомнилась старинная русская пословица - "Любовь зла, полюбишь и козла!". Может эта народная мудрость появилась как раз во времена метисации сапиенсов с неандертальцами и денисовцами?

[rozenfag]

Денисова пещера приютила всех

Удалось и воссоздать примерный портрет денисовца:
у древних людей этого вида была смуглая кожа, карие глаза и темные, но не черные, волосы.

Генетическое разнообразие денисовцев было очень небольшим. Ученые полагают, что сначала численность этого вида была совсем маленькой, а потом немного выросла, впрочем, слишком быстро, чтобы нарастить должное генетическое разнообразие.

Оригинальная статья:

A High-Coverage Genome Sequence from an Archaic Denisovan Individual

В комментарии на сайте Science есть и совсем странная фраза:

By using the detailed Denisovan genome to sharpen the view of their close cousins the Neandertals, the team concludes that living East Asians have more Neandertal DNA than Europeans have. But most Neandertal fossils are from Europe; paleoanthropologist Richard Klein of Stanford University in Palo Alto, California, calls the result "peculiar."

Примерный перевод:

Использовав подробной анализ ДНК денисовца для более детального изучения их близких родственников - неандертальцев, команда учёных пришла к выводу, что жители Восточной Азии имеют более неандертальской ДНК, чем европейцы. Но большинство неандертальцских находок найдены в Европе; палеоантрополог Ричард Клейн из Стэнфордского университета в Пало-Альто, штат Калифорния, называет этот результат "странным".

[Арон.]

Денисова пещера приютила всех

.

Сотрудники С.Паабо очень хвалят акад.Деревянко и его сотрудников - говорят очень успешно работали вместе.

[Dessa]

http://science.compulenta.ru/704895/

[chief]

Очень интересная новость. Попробуем сделать обзор на портале.

[Питер]

Фигня   по-русски   написана  какая-то.    В  ДНК  всегда  секвенируют  одну  цепь. Ну  просто  по  определению  в  Сенгере  (а  так  или  иначе  все  сегодняшние  методы  сиквенса  -  Сенгер,   достройка   праймера, отожженного    на  цепь  ДНК,  ДНК  полимеразой)   секвенируют  одну   цепь.   Да,  для  точности  делают  сиквенс  обоих  цепей   -  но   каждой  отдельно.   Да  и в  старом  методе  Максама-Гилберта  тоже   секвенировали  одну  цепь.  В  статье в  Science   речь  идет  о  том,  что  метили   цепи  ДНК    и  амплифицировали  селективно  одну  из  цепей  -   зная  при  этом,  какя  из  цепей  плюс  и какая  минус.
О   5  и  70   процентах.  Тоже  странно   -  если у  вас  есть  по 1  мкг   ДНК  от  10   человек и  100  мкг   ДНК  от 1  человека,    то  информации  при  сиквенсе   от  10  человек  вы  получите    больше,  чем  при  сиквенсе   одного  клиента.   Главное  чтобы     этой   ДНК  вообще     хватило  на  сиквенс.   А  хватает  в  любом  случае  -   и  при  5%    ДНК  от  тотальной,  и  при  70%.  Да,  покрытие   стало  лучше    -  но  и в  статье    2010  годах  о  неандерах  на  покрытие  никто  не   жаловался. Всеми  считалось,    что  двукратного в  среднем покрытия  вполне  хватает.   
Ну  и  в   пандан     к  старым  разговорам  -  опять  6%   ГЕНОМА.   В  английском  варианте   написано  много  аккуратнее.

[Dessa]

А что, кроме Паабе никого нет? Очень обидно, образцы нашли в России, а герой - немец.
Хотелось бы все-таки составить им конкуренцию в России. 

http://molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=389514

Из статьи в Известиях:

и: В последние годы все шире в археологии используются возможности генетики. А почему вы отправили находку для анализа в Германию? У нас такой лаборатории нет?

деревянко: Впервые по митохондриальной ДНК определили прародину человечества в Африке еще в 1987 году. А потом уже лавиной стали создаваться лаборатории палеогенетики по всему миру. Год назад мы создали такую лабораторию совместно с НИИ цитологии и генетики Сибирского отделения РАН. Но пока нам доступен хронологический диапазон от восьми тысяч лет и позже. Исследования более древнего генома человека у нас не проводятся. А это необходимо. Появляются все новые и новые материалы. Конечно, мы отдавали бы их в первую очередь своим ученым, а потом уже зарубежным коллегам.

[Питер]

Вы  будете  смеяться   -   но     даже  в  мире  второй  такой   лабы  нет.  Ну    и  простого  сиквенса   полногеномного  для  человека  в  РФ  тоже  нет  -   только  один  геном  Ковальчука   сделали с  горем  пополам.

[Арон.]

  Зато у нас будет Зимняя Олимпиада, а у немцев не будет. Тут мы Германию уели...

[Питер]

Если  мне  память  не  изменяет,    то  там  уже      зимние  олимпиады  были.   В  Гармише.  Ну  и  Мюнхен  проиграл   заявку  на  2018  год  и  подается  на 2022

[chief]

Зато мы взяли Берлин!

[Арон.]

  Да, ещё при матушке Елизавете.

[Питер]

Зато  мы  делаем  ракеты ...   
А   вообще  грустно   и   печально    -  мы  сейчас    полногеномное   секвенирование  единичных   человеков   делаем в  Штатах.  У  нас   а)   дороже  б) не   договоришься  в) что  будет  на  выходе  -   баальшой  вопрос.  Хотя  с  чипами  наладилось  и  можно  все  делать в  Москве  -   но  все  равно   остается  проблема  "дороже". По  сравнению с   Штатами  -  примерно  в 1.5  раза    за  образец.  Что  выливается  в    сотни  тысяч  и  миллионы   лишних  рублей.

[Dessa]

А сколько у Вас стоит секвенирование одного генома? А интерпретация?
У вас геном или только экзом?
Я тоже интересовалась стоимостью секвенирования и интерпретации генома. Накопала информацию - в США есть контора knome - стоимость с интерпретацией чуть менее 5 т. долларов.
В Москве с интерпретацией под двести тысяч (причем секвенируют китайцы) -и качество непонятное.
Я так понимаю, что в работе с палеообразцами главное отработать методику выделения ДНК. Но вообще интересно, почему один Паабэ во всем мире способен проделать секвенирование палеообразцов.
Биоинформатиков для обработки результатов можно было бы найти. (У нас в Питере получено два мегагранта по биоинформатике, на деньги одного организовали лабораторию Добжанского)

Зато  мы  делаем  ракеты ...   
А   вообще  грустно   и   печально    -  мы  сейчас    полногеномное   секвенирование  единичных   человеков   делаем в  Штатах.  У  нас   а)   дороже  б) не   договоришься  в) что  будет  на  выходе  -   баальшой  вопрос.  Хотя  с  чипами  наладилось  и  можно  все  делать в  Москве  -   но  все  равно   остается  проблема  "дороже". По  сравнению с   Штатами  -  примерно  в 1.5  раза    за  образец.  Что  выливается  в    сотни  тысяч  и  миллионы   лишних  рублей.

[Питер]

Полные  геномы.   Обработку  делаем  сами.  Что  такое  интерпретация  -  не  понимаю.
За  двести  тысяч  полный  геном в  Москве  -  это  8000    долларов. Что  не сильно   дорого  в сегодняшнем мире.   Насчет  секвенирования   китайцами  -  а  там  сейчас все  массово  секвенируют,  там  такие    фабрики   сделаны  - мама  не  горюй.  Качество  -  нормальное,  стоят  там     нормальный   секвенаторв    4-5  поколения.   Те  же  SOLEXы.
Насчет  найти  -  ну  что  делает   Певзнер,  я  знаю  -   его  волнуют  совсем  другие  проблемы,   алгоритмы  сборки   неизвестных  геномов.  В  общем     у всех   биоинформатиков  свои  игрушки  и    мы   сейчас    растим   бабу-ягу  в  своем  коллективе.