Деятельность человека: прогресс и регресс, конструктивное и деструктивное.

[Ярослав Смирнов]

Общего языка с Ярославом Смирновым и со сторонниками неограниченного технического прогресса не находится именно потому, что они отрывают понятие информации от биологической основы, утверждая, что содержание информации не зависит от свойств носителя информации. Последствия такого подхода могут стать катастрофическими для биосферы.

О, разумеется. Только фишка в том, что какое бы мы определение "информации" не приняли, удешевление процесса секвенирования и синтеза ДНК приведёт к катастрофическим последствиям для "биосферы", в том смысле, как её понимают всякие безумные гринписовцы. 

Во-вторых, понять, что такое информация принципиально важно для биологии. Сейчас расшифрованы огромные массивы последовательностей геномов, однако успехи в понимании функций этих последовательностей более чем скромны. Объясняется это во многом тем, что биоинформатика пока использует в основном текстовый подход, игнорируя структуру носителя информации. То есть, опять происходит отрыв информации от её биологической основы.

Когда 4 гигабайта кода пытаются прочитать сотня учёных - это, разумеется, особого эффекта не даст. А когда за дело возьмутся десятки миллионов ламеров, и синтезировать свои примочки будут сотни тысяч дорвавшихся до "тайн жизни" подростков, страдающих спермотоксикозом - вот тогда и придёт хана "естественной биосфере".

[Сергей]

а если бактерия впадает в анабиоз, они это любят, то что происходит с информацией внутри нее?
Где находится информация, составляющая роман "Война и мир", если автор умер?

Живой можно назвать систему, поддерживающую процесс копирования в геологических интервалах времени. Соответственно, спора одной бактерии, попав на стерильную планету с подходящими условиями, размножится, эволюционирует, и создаст биосферу, которая будет существовать миллиарды лет. Какая, собственно, разница, проведёт она в анабиозе два дня, или миллион лет? А вот книга самокопироваться не будет никогда. Если цивилизация исчезнет, в книге не будет никакой информации. Если прилетит зелёный человечек, он, конечно, извлечёт из неё какой-то смысл, (точно так же, как и палеонтолог, изучающий окаменелости), поскольку будет живым, то есть иметь за спиной миллиарды лет эволюционного прошлого.

[Ярослав Смирнов]

Живой можно назвать систему, поддерживающую процесс копирования в геологических интервалах времени.

Какой ужас. Я вот, не поддерживаю копирования в геологических масштабах времени. Я уже не "условно живой", а вообще - неживой.

А вот книга самокопироваться не будет никогда.

Да ладно... Хотите, я в какой-нибудь простенький вирь запихну книгу в текстовом формате, и она у Вас на компьютере будет саморазмножаться. Да и вообще, смотря какие условия. Если во внешних условиях есть самиздатовцы, то книги будут самокопироваться, используя этих самых самиздатовцев и их ксероксы, компьютеры, печатные машинки и перья. Более того, используя простенькую кодовую таблицу мы можем спокойно отсканированную и распознанную книгу перегнать в формат ДНК, закольцевать в плазмиду и запихнуть в бактерию - тоже книга будет прекрасно копироваться.

Если цивилизация исчезнет, в книге не будет никакой информации.

Её так же не будет и в геноме других живых существ.



[/quote]

[Макроассемблер]

Кстати, на письма счастья распространяются "мутации" и "естественный отбор" :-)
Правда, среда их распространения ограничена наличием идиотов.

[Макроассемблер]

Живой можно назвать систему, поддерживающую процесс копирования в геологических интервалах времени.

Ну вот, раньше требовали чтобы она была _непрерывно_ функционирующей, а теперь меняете определение.

А вот книга самокопироваться не будет никогда.

Особь хомосапа тоже не будет самокопироваться: нужна еще одна особь противоположного пола.
А самостоятельные самовоспроизводящиеся автоматы, не содержащие ДНК/РНК, человечество сделает в ближайшие 50-100 лет. Для освоения других планет. Вместо того, чтобы туда тащить мегатонны груза, забросить туда одного робота, который разможится и потом будет строить нужные конструкции. Из местных материалов. Восстанавливая металлы из оксидов. Побочным продуктом будет загрязнение атмосферы кислородом. Ну, впрочем, кислород тоже можно складывать, для ракетных двигателей понадобится.

Если цивилизация исчезнет, в книге не будет никакой информации.

Мысленный эксперимент. Племя А напало на племя Б и перебило всех, кроме одного жреца и оставив одну книгу. Книгу они оставили в храме, а жреца перевезли через океан. Жрец - единственный человек, который может gрочитать закорючки в книге. И он тяжело заболел. Получается, пока там врачи борются за его жизнь, информация в книге за много миллионов метров переменно появляется и исчезает... Так?

поскольку будет живым, то есть иметь за спиной миллиарды лет эволюционного прошлого.

А "Войну и Мир" написал живой Толстой, значит, за книгой тоже миллиарды лет прошлого и ну еще личный опыт автора!

[Сергей]

Определение не меняется, уточняются границы его применимости. Жизнь - это процесс. Всякий процесс протекает во времени. Сейчас Ярослав Смирнов, несомненно, живой (ботов такого уровня, вроде бы пока ещё не создали). А через сто лет, и на сто лет раньше? Аналогично с биосферой Земли 10 миллиардов лет вперед и назад.

Самовоспроизводящиеся автоматы, не содержащие ДНК/РНК, человечество не сделает и через тысячу лет. Самовоспроизведение возможно только на молекулярном уровне. Оцените число элементов в самой простейшей автотрофной бактерии, и потом замените их механическими деталями, самыми мелкими из возможных: такой монстр развалится под собственным весом - до размножения дело не дойдёт...

Книга, пока её не читают, не содержит информации. Информация - это ни вещество, ни энергия, это процесс. Как скорость автомобиля: куда она девается, когда автомобиль стоит?

[Макроассемблер]

Определение не меняется, уточняются границы его применимости.

Как не меняется? Как раз наоброт, Вы его подправили, чтобы сохранить границы применимости. А то старое определение у Вас анабиоз не включало по недосмотру.
А вот еще вопрос. Допустим мы видим перед глазами труп последней особи только что открытого и тут же вымершего вида. Трупик еще не начал вонять. Во всяком случае, оно уже неживое. Имеет ли пользу для науки сделать сиквенс ДНК этого <s>организма</s>уже трупа, покуда он совсем не испортился?

Сейчас Ярослав Смирнов, несомненно, живой

Откуда Вы знаете? Вы же не брали у него анализы. Может у него унутри алюмосиликаты.

Самовоспроизводящиеся автоматы, не содержащие ДНК/РНК, человечество не сделает и через тысячу лет.

Они уже воспроизводятся в лабораторных условиях.
http://ru.wikipedia.org/wiki/Проект_RepRap

Самовоспроизведение возможно только на молекулярном уровне.

Какой смысл этой фразы?

Оцените число элементов в самой простейшей автотрофной бактерии,

Простейшую автотрофную бактерию изобретать нет особенного практического смысла, потому что она уже есть.
Небелковые автоматы никоим образом не будут дублировать и мимикрировать белковые, они будут очень сильно отличаться от них. И по устройству, и по среде обитания тоже. И расти они не будут. А будут, похоже скорее на социальных перепончатокрылых в том плане, что рабочая единица начинает свою деятельность уже будучи полностью готовой (собранной).
И вообще, любому инженеру должно быть понятно, что ежели радикально поменяли материал - то и конструкция должна измениться.

Наука будет продолжать совершенствовать как белковые системы (для прокорма и лечения самого человека), так и небелковые - для создания искусственной среды для самого человека и белковых организмов.

[Сергей]

"Воскресить" животное можно, сиквенировав его геном и потом модифицировав геном близкого вида. Скорее всего, по этой схеме, в ближайшие 20-30 лет будет воссоздан мамонт. Но это будет возможно в результате деятельности социальной (человеческой) среды. Равно как самовоспроизводящаяся механическая игрушка, также будет её продуктом, и без неё быстро заржавеет. Полностью автономный механизм, питающийся только излучением и минеральными веществами, и при этом эволюционирующий, по сложности должен соответствовать простейшей автотрофной бактерии. Даже если допустить, что его существование возможно, его создание потребует сотен лет и огромного количества ресурсов. Вопрос в том, захотят ли люди тратится на это, а если захотят, не исчерпаются ресурсы раньше достижения этой цели.

В последние десятилетия ассигнования на науку во всем мире снижаются (исключением является Китай, но в ближайшие год-два там наступит кризис, и он перестанет выбиваться из общей тенденции). Во многом это объясняется как раз проявлением вторичных последствий "преобразования природы", вину за которые возлагают на науку. Весьма сомнительно, что кто-то в этих условиях будет финансировать создание механического репликатора, который, в перспективе, должен стать умнее человека и вытеснить его.

[Макроассемблер]

Равно как самовоспроизводящаяся механическая игрушка, также будет её продуктом, и без неё быстро заржавеет.

А с чего заржавеет-то? На Луне воды нет. И прежде чем "заржавеет" успеет сделать с себя много копий. Тут уж наоборот надо будет следить, чтобы не потеряли подчинение и не одичали.

Полностью автономный механизм, питающийся только излучением и минеральными веществами, и при этом эволюционирующий, по сложности должен соответствовать простейшей автотрофной бактерии. Даже если допустить, что его существование возможно, его создание потребует сотен лет и огромного количества ресурсов.

На порядок меньше, чем полет человека на Марс и обратно. Просто некоторые хотят почему-то доставить туда человека, где он нафиг не нужен. А сделать такой аппарат сейчас не сложнее, чем атомную бомбу в 40-х. Просто объективной потребности нет.

Вопрос в том, захотят ли люди тратится на это, а если захотят, не исчерпаются ресурсы раньше достижения этой цели.

Этот вопрос не имеет отношения к возможности создания. Если челочество уж сильно захочет покончить с собой - тут уж наука бессильна будет.

Весьма сомнительно, что кто-то в этих условиях будет финансировать создание механического репликатора, который, в перспективе, должен стать умнее человека и вытеснить его.

А при чем тут ум? Для репликации ум не нужен.

[Дж. Тайсаев]

Информация это сигнал позволяющий корректировать систему, усиливать положительное влияние (положительная обратная связь) и ослаблять отрицательное (отрицательная обратная связь). Нарастание информации может способствовать таким образом гиперразвитию систем, это касается и Биосферы разумеется, но тут есть одно большое НО. Информация это не только утилитарное понятие, есть ещё и информация которая вне прагматики и почти все культуры в конечном счёте приходят именно к этой самоценности информации, которая никак не отражается на развитии систем в классическом понимании

[василий андреевич]

А почему для нас так важно, что бы с набором материальных возбуждений, приходящих к нам из среды, поступала еще и информация о них? Не является ли она порождением самого приемника возбуждений? Почему она обязательно должна рождаться в источнике?
  Да только потому, что источник заинтересован в конкретном приемнике, который способен ее воспринять и отреагировать соответственно чаяниям источника. Таким образом организуется взаимодействие, не укладывающееся в рамки четырех фундаментальных.
  Информационное биополе... Каким образом онаучить его введение в практику так, что бы не войти в противоречие с законами материального мира? Возможно где-то здесь лежит закон самоорганизации, подчиняющий массовость случайностей целесообразию. ДНК не только диктует среде, как ей складываться в цепочку "узаконенных" атомов, она и сама реагирует на внешние построения, получая "удовлетворение или возмущение" внешними процессами, активатором которых она являлась.
  Пишущий "Войну и мир" или составляющий инструкцию по технике безопасности кровно заинтересован в способности приемника восприять передаваемое через искажающую среду, и именно потому

Нарастание информации может способствовать таким образом гиперразвитию систем,

[Сергей]

Информация это сигнал позволяющий корректировать систему, усиливать положительное влияние (положительная обратная связь) и ослаблять отрицательное (отрицательная обратная связь). Нарастание информации может способствовать таким образом гиперразвитию систем, это касается и Биосферы разумеется, но тут есть одно большое НО. Информация это не только утилитарное понятие, есть ещё и информация которая вне прагматики и почти все культуры в конечном счёте приходят именно к этой самоценности информации, которая никак не отражается на развитии систем в классическом понимании

Первые утверждения, в общем, не противоречат тем определениям, что я приводил. А вот последнее, не верно в ограничении границ применимости, поскольку оно применимо для всех живых систем.

Известен только один механизм появления нового в процессе эволюции: производство избыточных элементов, их комбинирование и отбор удачных вариантов. Это возможно благодаря тому, что  код, используемый на всех уровнях организации, является вырожденным, то есть избыточным.

Только поэтому «набор материальных возбуждений», о которых говорит василий андреевич, и способен возрастать. На генетическом уровне это проявляется в появлении избыточной ДНК, на уровне нервной системы - новых нейронных сетей, на уровне сообщества - появлении новых моделей поведения. Именно поэтому «кибернетический репликатор» обязан будет становиться «умнее», иначе он быстро сдохнет.

[Ярослав Смирнов]

Известен только один механизм появления нового в процессе эволюции: производство избыточных элементов, их комбинирование и отбор удачных вариантов. Это возможно благодаря тому, что  код, используемый на всех уровнях организации, является вырожденным, то есть избыточным.

Вот тут несогласен.
1) "Избыточным" генетический код можно назвать только условно. Т.е. при синонимичной точечной мутации (а именно эту возможность подразумевают, когда говорят об "избыточности"), не происходит замены "мутантного" нуклеотида на исходный, просто продолжается синтез того же белка, без замены кодируемой триплетом аминокислоты. Связано это как раз с тем, что рибосома не обладает ни памятью, ни возможностью предвидеть будущее. Т.е. если человек читает фразу "мцха села на пенёк", он, учитывая контекст фразы может найти опечатку и исправить её (хотя бы в процессе чтения), как раз благодаря избыточности языкового кода. Фраза "мyха села на пенёк", где произведена замена "у" (рус) на "y" (лат), вообще прочитается без проблем и сбоев (синонимичная замена). Полимераза, условно говоря, встретившись с заменой буквы "у" на "y" (ГГУ на ГГЦ), не может сделать вывода о наличии ошибки, и просто продолжит копирование. Если же замена не синонимичная, и синтезируется "неправильный" белок, то исправление этой ошибки - это работа совсем других ферментов или даже внешней среды, которые вообще не анализируют ДНК. Т.е. зайца с неполноценным миозионом элиминирует волк, которому вообще по барабану на причины, по которым заяц не может быстро бегать.
2) Более того, естественный отбор является следствием наследственности и изменчивости в условиях внешней среды, а уж каким там является код - вырожденным или не вырожденным, по барабану, что можно легко продемонстрировать на примерах математического моделирования.
3) Да и вырожденность генетического кода строго ещё не доказана. Что ГГУ, что ГГЦ кодируют глицин, но вот влияет ли эта замена на укладку ДНК на нуклеосому, усложняет или упрощает активацию данного гена - отдельная тема для разговора.

[Ярослав Смирнов]

А почему для нас так важно, что бы с набором материальных возбуждений, приходящих к нам из среды, поступала еще и информация о них? Не является ли она порождением самого приемника возбуждений? Почему она обязательно должна рождаться в источнике?

А вот это уже аксиоматика. Последовательный солипсизм неопровержим логическими или экспериментальными доводами. Просто тот, кто исповедует неправильную аксиоматику "весь мир - это порождение моих органов чувств, объективно не существует, и корректировать своё поведение в зависимости от того, что я чувствую - не надо" чень и очень быстро элиминируется естественным отбором. Те, кто считают, что "мир это только то, что я вижу" - элиминируются чуть медленнее.

Да только потому, что источник заинтересован в конкретном приемнике, который способен ее воспринять и отреагировать соответственно чаяниям источника. Таким образом организуется взаимодействие, не укладывающееся в рамки четырех фундаментальных.

Или приёмник заинтересован в информации о внешнем мире, необходимой ему для выживания.

Пишущий "Войну и мир" или составляющий инструкцию по технике безопасности кровно заинтересован в способности приемника восприять передаваемое через искажающую среду, и именно потому

Лев Николаевич, или анонимный составитель инструкций могут вообще не интересоваться благополучием приёмника, его способностью воспринять что-то или вообще не подозревать о его наличии. А вот человек, заинтересованный в своём выживании на опасном производстве, или наличием тем для разговоров в определённом кругу - заинтересованы в том, что бы изучать мир (или "Войну и мир"). Более того, источником информации могут быть вообще неодушевлённые объекты или объекты одушевлённые, но настроенные антагонистично, кровно заинтересованные в нашей неосведомлённости (тут нужны отдельные мероприятия по повышению коммуникабельности источника информации, типа стрихнин п/к, налтрексон в/м, альгостимуляция)

[Сергей]

Да и вырожденность генетического кода строго ещё не доказана. Что ГГУ, что ГГЦ кодируют глицин, но вот влияет ли эта замена на укладку ДНК на нуклеосому, усложняет или упрощает активацию данного гена - отдельная тема для разговора.

Под «генетическим кодом» я подразумеваю не только белковый код, но и другие уровни передачи генетической информации.

Интересно вычленить и четко определить границы этих уровней. «Внешней средой» для каждого уровня является при этом следующий за ним уровень. Полагаю, что принципы организации подобны для всех информационных уровней, включая социальный, поэтому обсуждать их надо в одном топике, поэтому перекопирую сюда сообщение из другой ветки:


Уровни информационного содержания ДНК и их физический смысл.

1. Первый уровень – это копирование самой молекулы ДНК – получение оттиска с каждой из её цепей. Кодировщиком, по сути, выступает сама цепь ДНК. Фермент сшивает звенья второй цепи и увеличивает точность копирования. Наиболее быстрое и точное копирование было бы, если бы цепи состояли из двух мономеров: один в одной цепи, второй – во второй, или равномерное чередование двух звеньев в каждой из цепей. Звеньев, как мы знаем, четыре, и чередуются они не равномерно. Именно благодаря этой вырожденности и появляется возможность кодировки на более высоких уровнях.

2. Узнавание определённых участков двойной спирали белками и другими лигандами. Можно выделить два крайних варианта: а) образование решетки водородных связей между выступающими в бороздки ДНК участками оснований и функциональными группами аминокислот; б) узнавание белком вариаций спирали ДНК (разные пары оснований имеют несколько различающуюся геометрию) образование Ван-дер-Ваальсовских контактов и электростатических взаимодействий. Обычно наблюдается комбинация этих двух крайних вариантов.

3. Нарушения двойной спирали. Участки с высоким содержанием АТ-пар легче расплетаются – это важно для точек начала репликации и транскрипции. При наличии внешнего напряжения участки с последовательностями чередующихся GC пар образуют левую спираль, а полиндромы – крестообразные структуры. Кластеры из гуанинов в теломерах образуют квадруплексы, а последовательности с ассиметричным расположением пуринов-пиримидинов – триплексные структуры.

4. Наконец, триплетный белковый код. Именно из-за его вырожденности возможно присутствие регуляторных сигналов внутри кодирующей белок последовательности.

Таким образом, присутствие разных уровней кодирования сигналов возможно благодаря их взаимной вырожденности. По аналогии с текстом книги можно сказать, что нуклеотиды – это буквы, участки, узнаваемые белками – слова.