Мегасистематика

[Gilgamesh]

Ого, чуть саму "Науку"    не разобидели. тогда можно последовать примеру "Московской синеклизы" и завести полузакрытый подпарольный ящик для текстов.

[plantago]

Удивительные дела творятся, оказывается, вы, Plantago, начали делать сайт ЖОБ!

Уже семь лет как начал и два года как бросил ;-))

(кстати, собираешься ли на Б.М. летом?)

Хочу, но, кажется, не смогу --- уж больно дорого из моей Москвы ( http://www.moscow.id.us/  ;-) туда добираться.

К сожалению, редколлегия журнала (в которую меня недавно включили) ничего об этом не знала.

Вот те раз! Уж по крайней мере Тимонин знал. Возможно, также Гиляров, Антонов и Павлинов.

Мы озаботились необходимостью создать сайт. Мне даже удалось добыть на это финансирование у одного научно-благотворительного фонда, пожелавшего остаться неизвестным :-) Предполагается, что в каком-то виде сайт появится в сети через месяц.

Здорово! Как будет, сообщите.

Но тут возникли представители МАИК "Наука"...

:-(((

Кроме того, обязательным условием (со стороны фонда) была публикация развернутых популярных аннотаций, или пересказов, написанных понятным широкой публике языком. Чем я и буду заниматься, судя по всему...

Ну, хоть так...

[plantago]

Все же взял и отсканировал статьи.

Спасибо!

Перешлю plantago, а он уже доведет до дела

Доведу.
Есть ли у вас что-то сказать по поводу моего последнего вопроса?

[mastax]

Но тут возникли представители МАИК "Наука"
Кстати, а вы знаете, что сейчас МАИК заключил договор со Springer по поводу переводов статей на английский? Вот только ни ЖОБ, ни Зоол.журнал  пока переводиться не будут.
plantago
только вот" мыло" сообщите, а то не нашел в профиле.

По поводу коллективных систем:  мне трудно судить, поскольку критерий "оптимальности" мегасистемы для меня не ясен. Однако я могу сказать, что если в создании мегасистемы не участвует микробиолог, то в прокариотной части часто бывают ляпы.

Расскажите, пожалуйста, как вы применяли "нечеткие множества "  в построении системы?

Еще у меня вопрос ко всем: могут ли быть выделены царства-подцарства-надтипы, содержащие внутри себя 1-3  рода?  Напомню, что когда-то многие зоологи считали, что нельзя выделять типовые единицы для одного-двух родов. Потом этот запрет был снят. В мегасистематике наметились два направления: одни считают, что мегатаксон не может быть моно- или олиготипичным (и логика тут понятна:  задача мегасистематики в объединении нескольких таксонов типового уровня в нечто более крупное), другие буквально перекладывают древо в систему, и если фрагмент кладограммы оказывается гребенчатым, то каждая веточка, даже если она содержит 1 род, становится мегатаксоном.

[plantago]

2 mastax: Мейл у Вас в личке, остальное позже...

[plantago]

Вот только ни ЖОБ, ни Зоол.журнал  пока переводиться не будут.

Да они давно публикуют некоторые журналы. Вот текущий их список:
MAIK Nauka/Interperiodica distributed exclusively by Springer Science+Business Media, Inc.
Biophysics
Doklady Biochemistry and Biophysics
Doklady Biological Sciences
Entomological Review
Human Physiology
Journal of Ichthyology
Journal of Evolutionary Biochemistry and Physiology
Microbiology
Molecular Biology
Oceanology
Paleontological Journal
Russian Journal of Ecology
Russian Journal of Genetics
Russian Journal of Marine Biology
Russian Journal of Plant Physiology
У меня есть подписка, но, к сожалению не на все (нет, например, подписки на Океанологию и Палеонт. журнал).

Однако я могу сказать, что если в создании мегасистемы не участвует микробиолог, то в прокариотной части часто бывают ляпы.

Кому бы показать мою новую прокариотную часть?

Расскажите, пожалуйста, как вы применяли "нечеткие множества "  в построении системы?

Статья была  _морфологическая_, про цветок кувшинки. Есть метод "fuzzy clustering" (основанный на нечетких множествах), который позволяет каждому органу приписать вероятность отнесения к каждому кластеру.

Еще у меня вопрос ко всем: могут ли быть выделены царства-подцарства-надтипы, содержащие внутри себя 1-3  рода?  

Класс из одного вида есть --- Ginkgo biloba. И как ни старались, ничего нового не нашли. Что же до более высоких категорий, то для типа я бы хотел иметь хотя бы ископаемых родственников (у  Ginkgo,  кстати, полно).

другие буквально перекладывают древо в систему, и если фрагмент кладограммы оказывается гребенчатым, то каждая веточка, даже если она содержит 1 род, становится мегатаксоном.

Определенно против этого метода.

[mastax]

Кому бы показать мою новую прокариотную часть?

plantago,если никого не найдете, то  может прислать мне, а я покажу своему знакомому - ведущему систематику-микробиологу России, пока он не улетел в Москву.

Есть метод "fuzzy clustering" (основанный на нечетких множествах), который позволяет каждому органу приписать вероятность отнесения к каждому кластеру.

а... Я думал, что Вы нашли вариант переложения этой теории множеств в систематику. Мне нравится идея "ядра" и "периферии": ядра таксонов всегда обособлены, в то время как периферии могут пересекаться. В сущности, эту идею можно переложить и в кладистическое русло, но только в рамках паттерн-кладистики.

Класс из одного вида есть --- Ginkgo biloba.

Так и псилоты , и хвощовые содержат по одному современному роду. Я не о типах-классах, а о царствах и подцарствах. Тут вот в чем вопрос еще: согласно распределению Ципфа, родов с большим числом видов немного, а с небольшим - много. Если переложить это правило на царства, то царств с большим числом типов должно быть немного, а с небольшим - много. Или как?  
[/b]

[plantago]

2 mastax:
Про микробиолога: как быстро надо прислать?
Про fuzzy clustering: этот метод можно применять и в систематике, только, кажется, никто не пробовал. Я еще пробовал коэффициенты Смирнова: его Txx --- это "оригинальность" таксона. По идее, может служить показателем периферичности.
Про монотипные таксоны: у псилотов 2 рода; гинкго выделяли и часто выделяют в особый тип. ИМХО, правило Ципфа "обратно" не работает. И вообще, разве оно не получается из логики классификационных процедур?

[mastax]

plantago
присылайте, когда захотите. Спец улетает в начале мая. Но сразу оговорюсь: если система построена не по номенклатурным правилам (у микробиологов жесткая номенклатура), то он будет очень критичен. Например, систему прокариот Дроздова-Кусакина он считает и невалидной, и еще абсурдной.
По поводу нечетких множеств: вы читали книгу Андреева о применении этой теории для био-географических построений? Он даже создал алгоритм и программу, но никто этого не заме-тил...
Правило Ципфа работает в семействах (семейств с небольшим числом родов большинство – по крайней мере у птиц, рептилий), в отрядах (отрядов с 1-3 семействами большинство у млекопи-тающих). В типах: у животных большинство типов имеет 1-2 класса (хороших классов, т.е. не тех, которые выделяют у тех же нематод и волосатиков). Так почему царства исключения? Кстати, это правило не получается из логики классификационных процедур, поскольку Ман-дельброт вообще к этим процедурам не имел отношения, а занимался фрактальной геометрией. А поскольку биологическая система имеет фрактальное устройство, то и правило Ципфа-Мандельброта должно быть универсальным на всех уровнях. Или нет?

Три статьи Шаталкина Вам выслал, поэтому все вопросы Set Lopata уже к Вам.

[Jan Metlevski]

По поводу нечетких множеств: вы читали книгу Андреева о применении этой теории для био-географических построений? Он даже создал алгоритм и программу, но никто этого не заме-тил...

mastax, не могли бы Вы пожалуйста дать информацию об этой книге? Где напечатана, когда и т. д. чтобы можно было найти.
Спасибо

[plantago]

plantago
присылайте, когда захотите.

Посылаю. Остальные тоже могут поглядеть.

Но сразу оговорюсь: если система построена не по номенклатурным правилам (у микробиологов жесткая номенклатура), то он будет очень критичен.

Пускай, главное, чтобы не выкинул сразу в ведро  ;-)

Три статьи Шаталкина Вам выслал, поэтому все вопросы Set Lopata уже к Вам.

Спасибо! Я сделал из них один PDF, но не хватает нескольких страниц (я об этом Вам написал e-mail). И еще есть одна статья в двух частях --- у Вас не получится?   :roll:

По поводу нечетких множеств: вы читали книгу Андреева о применении этой теории для био-географических построений? Он даже создал алгоритм и программу, но никто этого не заме-тил...

Где это все?

Так почему царства исключения?

Я и не говорю, что правило не работает для типов. Я говорю только, что это правило получено post hoc,  поэтому нет никаких гарантий, что его законно применять ad hoc. Хотя мне эта идея скорее нравится.

... Ман-дельброт вообще к этим процедурам не имел отношения, а занимался фрактальной геометрией.

Классификационная процедура вовсе не ограничена биологией, это очень общая вещь, ближе всего стоящая к распознаванию образов.

[mastax]

Jan Metlevski
Андреев В.Л. Анализ эколого-географических данных с использованием теории нечетких множеств. Ленинград: Наука. 1987. 154 с.  Без математического образования книгу читать трудно,  но автор очень старался.

plantago
А все это забыто благодарными потомками, которые  пророков в родном отечестве не видят Ведь Андреев еще написал книгу "Классификационные построения в экологии и систематике М. Наука 1980. 142 с + препринт в виде набора типовых программ. Но его программы фактически остались не востребованы биологами...

Классификационная процедура вовсе не ограничена биологией

А Мандельброт и такой S.L. классификацией не занимался! Он даже не смог классифицировать фракталы и дать определение термину "фрактал". И не имел понятия, что его притянут к правилу Ципфа. Последнее, кстати, является следствием реализации  эволюции дивергентного  типа (любое дихотомическое древо - квазифрактал). А отношения царств нередко рассматриваются как неопределенные, в виде радиации из одного центра. Чем менее выражена иерархия мегатаксонов, тем меньше вероятность того, что к ним применимо распределение  Ципфа. Поэтому на данном этапе выделение царств с одним типом не может быть  преобладающим правилом.
....
Распознавание образов - это лишь одна сторона классификации. Математические операции с множествами - не есть суть распознавания, но есть одна из основ классификации.

Недостающие страницы выслал, если не дошли – сообщите. Другие статьи Шаталкина постараюсь прислать, как смогу.

[feralis]

Согласно Жизни растений у псилотовых два рода

А что до разного числа видов в роде то тут отмечена связь с размерами особей
чем особь более тем число видов менее
и отсюда число видов в родах грызунов и хоботных

насчет  числа видов в царствах?
Думаю в кладистике лишь ветки архебактерий тянут по древности на такое звание
вот тут и можно полагаю среди вымирающих ветвей  и последние виды живых ископаемых найти
Но пока информацией не располагаю
А среди типов такие думаю среди самых мелких многоклеточных

Вообще чем таксон выше званием тем предполагается больший стаж его жизни и разнообразие в лучшие дни

[mastax]

1 род или два – это не принципиально. Хвойных больше видов чем значительно более мелких антоцеротовых мхов. Баобабов больше видов, чем крошечных вольфий. Поэтому и тут есть исключения.

[mastax]

plantago
микробиолог ознакомился. Когда будет время, то напишет пару фраз. По телефону сказал следующее: по приблизительной оценке прокариот от 1 до 10 млн. видов. Это большая группа, с большой историей. Но почему тогда у них типов и классов  меньше, чем, например, у тех же протист?   С точке зрения микробиолога разнообразие Metazoa столь незначительно, что их можно вообще отнести к одному типу.