Мегасистематика

Set O. Lopata · июня 23, 2005, 08:43:20

В теме про цианобионтов зашла речь про мегасистематику и про то, что можно называть царством. И решил я что-нибудь прочитать на эту тему.
И прочёл некоторые статьи T. Cavalier-Smith
Cavalier-Smith, T. 2004. Only six kingdoms of life. Proc. R. Soc. Lond. B 271: 1251-1262.
http://www.cladocera.de/protozoa/cavalier-smith_2004_prs.pdf
Cavalier-Smith, T. 2002a. The neomuran origin of archaebacteria, the negibacterial root of the universal tree and bacterial megaclassification. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 52: 7-76.
http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2004_fall/docs/Cavalier-Smith.2002a.pdf
Cavalier-Smith, T. 2002b. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 52: 297-354.
http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2004_fall/docs/Cavalier-Smith.2002b.pdf

Какое-то странное впечатление они после себя оставили.
Так называемая Система шести царств представляет собой какое-то нагромождение парафилетических групп.
А представление о месте в этой системе архебактерий весьма оригинально.
Стоит ли серьёзно относится к построениям этого автора?

mastax · июня 23, 2005, 13:09:04

Микробиологи его построения игнорируют.
Но есть другие крайности. Недавно Дроздов (2003) выделил 26 царств!
Вот эти царства на древе

Set O. Lopata · июня 23, 2005, 18:16:29

Цитата: "mastax"Микробиологи его построения игнорируют.

Только его, или всех мегасистематиков?

Цитата: "mastax"Но есть другие крайности. Недавно Дроздов (2003) выделил 26 царств!

Какие-то эти царства странные.
Хотя, конечно, с десяток среди эукариотов насчитать можно.

А в последнее время стали обнаруживать необычных эукариот, обитающих в экстремальных условиях. Например
Novel kingdom-level eukaryotic diversity in anoxic environments
Scott C. Dawson and Norman R. Pace
http://www.pnas.org/cgi/reprint/99/12/8324

Правда по большей части эти "новые царства" представлают собой либо химеры, либо LBA артефакты.
How many novel eukaryotic 'kingdoms'? Pitfalls and limitations of environmental DNA surveys
Cédric Berney , José Fahrni and Jan Pawlowski
http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1741-7007-2-13.pdf
[img=http://img155.echo.cx/img155/4645/berneyetal2004image25rj.th.jpg]

Меня еще заинтересовало современное размещение корня эукариотного древа между моноконтоми и биконтами. При сильном желании можно свести всё разнообразие эукариот к аристотелевской дихотомии растения/животные

mastax · июня 26, 2005, 17:56:21

>Только его, или всех мегасистематиков?

В плане прокариот - всех. А в плане эукариот - не всех.

Set O. Lopata · июня 28, 2005, 16:34:05

Лично мне такая позиция представляется несколько уязвимой. Полное отрицание мегасистематических построений эквивалентно отрицанию молекулярных методов систематики. Конечно, мегасистематика прокариот связана с большим числом трудностей, но стоит ли от неё отказываться полностью?

Set O. Lopata · июня 28, 2005, 17:42:26

Genomes, phylogeny, and evolutionary systems biology
Monica Medina
http://www.pnas.org/cgi/reprint/102/suppl_1/6630

mastax · июня 29, 2005, 08:35:52

Set O. Lopata
Микробиологи как раз на пике молекулярной систематики: у них типы, классы, семейства и т.д. сейчас выделяются ТОЛЬКО на основе молекулярных деревьев. И мегасистематика тут абсолютно лишняя деталь. Вот скажите: зачем умножать сущности без нужды? Есть два монофилетических царства прокариот - к чему новые?

Set O. Lopata · июня 30, 2005, 11:30:27

О! Я понял! Мегасистематик - это тот, кто признаёт мно-о-о-го царств. Как Дроздов. А Кавалье-Смит - микросистематик, посколько у него только одно царство прокариот.

И, вообще, эукариот тоже можно, как выяснилось, разделить на две монофилетические группы: уни- и биконт. Можно ли на этом основании оставить только два царства?

Set O. Lopata · июня 30, 2005, 11:31:20

О! Я понял! Мегасистематик - это тот, кто признаёт мно-о-о-го царств. Как Дроздов. А Кавалье-Смит - микросистематик, посколько у него только одно царство прокариот.

И, вообще, эукариот тоже можно, как выяснилось, разделить на две монофилетические группы: уни- и биконт. Можно ли на этом основании оставить только два царства?

mastax · июля 01, 2005, 10:48:37

Мегасистематики - это тот, кто занимается систематикой на уровне царств. Мало их или много - неважно. Микробиологи давно этим не занимаются, им хватает того деления, которое предложил Воуз.

Думаю, что разделить эукариот на два царства затруднительно.

Set O. Lopata · июля 01, 2005, 17:29:37

Цитата: "mastax"
Думаю, что разделить эукариот на два царства затруднительно.

А по-моему, проще простого

Нужно только заставить зоологов заниматься грибами. А ботаников - ризариями. Остальное и так на месте: все водоросли - это биконты.

mastax · июля 02, 2005, 12:13:52

И Rhodophyta?

Set O. Lopata · июля 04, 2005, 10:34:48

Так багрянки же в первую очередь. Они с Viridiplantae и может быть с Glaucophyta образуют единую кладу Plantae (s. str.). С глаукофитами ясности нет, по молекулярным данным они где-то не там часто получаются. Ближе к криптомонадам.

mastax · июля 05, 2005, 15:05:25

На нижней кладограмме такое деление не поддерживается. Кроме того, здесь нет единства у разных исследователей. Сейчас нет времени давать кладограммы, но в августе приведу пару любопытных.

Set O. Lopata · июля 06, 2005, 10:06:19

Цитата: "mastax"На нижней кладограмме такое деление не поддерживается.

Какое??? Там таже основная дихотомия: Униконты=Опистоконты+Амёбозои vs. Биконты=всё остальное. Я её потому и привёл.
Единства действительно нет, однако старая концепция противопоставления "кроновых эукариот" и рано дивергировавших линий, например, экскават вроде в современных (последние лет пять) работах отвергается. Считают, что митохондрии у всех анаэробных эукариот утрачены вторично.
То есть, представление о цепи событий, изображённой на рисунке, очевидно, не верно.