Доказательства эволюции

Dims · февраля 24, 2010, 00:22:53

Цитата: Комбинатор от февраля 23, 2010, 15:45:59
Цитата: Dims от февраля 23, 2010, 15:21:17
1) управляющие гены образуют сеть -- она эквивалентна нервной сети
2) эпигенетически по этой сети распространяются сигналы -- они эквивалентны нервным импульсам

Над этим (неоломаркизм) народ давно медитирует.

Мне ламаркизм не нравится. Он утверждает, что в процессе индивидуальной жизни существа оно каким-то образом усваивает информацию из окружающего мира и записывает её в генах. Это, как выяснилось, не имеет место и я придерживаюсь этого тезиса. Притом, что информация об окружающем мире таки попадает в гены, происходит это не в процессе индивидуальной жизни, а в результате массового отбора.

Идея "эволюционного компьютера" вовсе не требует, чтобы информация обрабатывалась по Ламарку, то есть, в процессе индивидуальной жизни.

Dims · февраля 24, 2010, 00:25:58

Цитата: Дж. Тайсаев от февраля 23, 2010, 23:18:58
Научно тут спорить я думаю невозможно. Мы и близко не располагаем методами для того, что бы найти прямые факты подтверждающие это предположение.

Я думаю, факты можно найти просто в палеонтологической летописи. Следует обращать внимание на всякого рода факты конвергентной эволюции, синхронизмы и так далее.

DNAoidea · февраля 24, 2010, 02:52:02

Цитата: Dims от февраля 23, 2010, 15:18:42
Ну мы же знаем, что в генах хранятся не только признаки. Например, и это описывается в обсуждаемой статье, там хранятся следы древних ретровирусных инфекций, которые чаще всего не играют никакой роли в фенотипе. Точно так же в генах может храниться информация, касающаяся планирования, которая так же не проявляется фенотипически.

конечно в геноме полно всякого хлама, который лежит там только потому, что не мешает, и как он может способствовать

Цитата: Dims от февраля 23, 2010, 00:46:55
(появление полезных признаков в результате единичных мутаций)

я не очень представляю себе - максимум, что видится - менять частоты мутаций в разных частях генома, это конечно очень важно - поскольку одни гены накапливают изменения при расхождении двух видов, а другие двух надцарств, но всё же далеко ещё не планирование. Кроме того организм может быть в "курсе дела" где создавать горячие пятна мутаций, в случае "сверхстабильных" генов это выполняется, но вот когда речь идёт о стабильных, но не совсем - скажем общих на уровне отряда-семейства...

Сергей · февраля 24, 2010, 11:54:39

Цитата: DNAoidea от февраля 24, 2010, 02:52:02
в геноме полно всякого хлама, который лежит там только потому, что не мешает, и как он может способствовать

DNAoidea, это не хлам, а избыточность, которая и определяет прогрессивную эволюцию. Накопление генетической памяти, сохранение признаков, которые в данный момент не нужны, или даже вредны для организма, но могут пригодиться в будущем при изменении внешних условий.

Например, у бескрылого насекомого сохраняются гены, определяющие развитие крыла. Несколько единичных мутаций, и крыло возникает вновь.

Эволюция возможна только благодаря вырожденности генетического кода, который имеется на всех уровнях организации генома.

Dims · февраля 24, 2010, 12:07:07

Допустим, ген А управляет активностью генов Б, В, Г,... которые в совокупности определяют появление некоего сложного признака. В какой-то момент этот признак стал не нужен. Произошла мутация в гене А, в результате которой он перестал активизировать свои подчинённые гены. Признак пропал. Но связь между А и его подчинёнными осталась. Как только признак вновь понадобится, он сможет быть создан единичной мутацией в А.

Комбинатор · февраля 24, 2010, 12:18:57

Цитата: f_evgeny от февраля 23, 2010, 23:08:56
А просто через поведение нельзя?

Не очень понял, что имеется в виду, расшифруйте поподробнее, плиз.

Комбинатор · февраля 24, 2010, 12:43:10

Цитата: Dims от февраля 24, 2010, 00:22:53
Мне ламаркизм не нравится. Он утверждает, что в процессе индивидуальной жизни существа оно каким-то образом усваивает информацию из окружающего мира и записывает её в генах. Это, как выяснилось, не имеет место и я придерживаюсь этого тезиса. Притом, что информация об окружающем мире таки попадает в гены, происходит это не в процессе индивидуальной жизни, а в результате массового отбора.

Идея "эволюционного компьютера" вовсе не требует, чтобы информация обрабатывалась по Ламарку, то есть, в процессе индивидуальной жизни.

Я тоже не сторонник ламаркизма, по крайней мере, в его прямом понимании, но тогда нужно более подробнее развернуть Ваш тезис:
========================================================
2) эпигенетически по этой сети распространяются сигналы -- они эквивалентны нервным импульсам
========================================================
Для начала, имеется ли в виду некая генная сеть, существующая в половых клетках конкретного индивида, или это генная сеть, существующая на уровне всего вида, сигналы в которой передаются в результате скрещивания при половом размножении?

Питер · февраля 24, 2010, 14:36:39

Коллеги, можно простой вопрос ? Что происходит с эпигенетическими метками в процессе оогенеза и сперматогенеза ? Без ответа на этот вопрос все рассуждения об эпигенетической сети от лукавого.
И второй вопрос - насколько отличается эпигеном лимфоцита и нейрона ? И эпигеном лифоцита А от эпигенома лимфоцита В ? Даже если эти лимфоциты одного подтипа ?

Комбинатор · февраля 24, 2010, 15:24:18

Цитата: Питер от февраля 24, 2010, 14:36:39
Коллеги, можно простой вопрос ? Что происходит с эпигенетическими метками в процессе оогенеза и сперматогенеза ? Без ответа на этот вопрос все рассуждения об эпигенетической сети от лукавого.
И второй вопрос - насколько отличается эпигеном лимфоцита и нейрона ? И эпигеном лифоцита А от эпигенома лимфоцита В ? Даже если эти лимфоциты одного подтипа ?

На сколько я понимаю, этого толком пока никто не знает, ибо исследования в этом направлении ещё только-только начинаются. Например, в октябре прошлого кода проходило сообщение, что группе американских учёных удалось расшифровать "эпигеном" (в смысле метилирования) фибробластов и эмбриональных стволовых клеток человека. Естественно, выяснилось, что они сильно отличаются. Когда будут соответствующие данные по большинству типов клеток, а так же по тому, как эпигеном половых клеток меняется (если он действительно меняется) в зависимости от возраста, факторов внешней среды и т.д., тогда, может быть, удастся как-то продвинуться в плане ответов на заданные Вами вопросы.

Питер · февраля 24, 2010, 15:47:30

Все несколько более продвинуто и известно уже очень не мало. По крайней мере по части второго вопроса вы абсолютно правы - эпигеном первого уровня (метилирование) очень сильно отличается в разных типах клеток. Причем один и тот же СpG может быть на 100% метилирован в клетке А и на 100% деметилирован в ткани В. Посему если мы возьмем разные типы клеток и попробуем весь эпигеном запихнуть в половую клетку - мы получим какафонию. Посему все разговоры о эпигеноме половой клетки становятся довольно призрачными.
А что с первым вопросом ? По нему тоже в общем многое известно ...

DNAoidea · февраля 24, 2010, 17:13:07

Цитата: Сергей от февраля 24, 2010, 11:54:39
Накопление генетической памяти, сохранение признаков, которые в данный момент не нужны, или даже вредны для организма, но могут пригодиться в будущем при изменении внешних условий.

Например, у бескрылого насекомого сохраняются гены, определяющие развитие крыла. Несколько единичных мутаций, и крыло возникает вновь.

в данном случае речь идёт о несколько иных вещах - скорее всего о множественности функций генов - то есть один и тот же ген участвует и в формировании крыла и других вещах, что во-первых не избыточность, а во-вторых не хлам... есть ещё псевдогены - вот они могут в самом деле быть и аккумуляторами мутаций, а порой может и возвращать былые функции, но сателлиты, транспозоны и прочие это уже другое и их роли в формировании атавизмов не выявлено... а ведь на них и приходится очень значительная часть избыточности генома...

Цитата: Питер от февраля 24, 2010, 15:47:30
Посему если мы возьмем разные типы клеток и попробуем весь эпигеном запихнуть в половую клетку - мы получим какафонию. Посему все разговоры о эпигеноме половой клетки становятся довольно призрачными.

скорее всего, в ооцитах содержаться какие-то "базовые" эпигенетические маркеры, по которым строятся все остальные. Кроме того, цитоплазма ооцита это тоже не бульон...

Комбинатор · февраля 24, 2010, 17:30:12

Цитата: Питер от февраля 24, 2010, 15:47:30
Все несколько более продвинуто и известно уже очень не мало. По крайней мере по части второго вопроса вы абсолютно правы - эпигеном первого уровня (метилирование) очень сильно отличается в разных типах клеток. Причем один и тот же СpG может быть на 100% метилирован в клетке А и на 100% деметилирован в ткани В. Посему если мы возьмем разные типы клеток и попробуем весь эпигеном запихнуть в половую клетку - мы получим какафонию. Посему все разговоры о эпигеноме половой клетки становятся довольно призрачными.

Мне кажется, что метилирование, связанное с дифференцацией клеток организма, запускается генетическими механизмами, и от изначального метилирования исходной яицеклетки может зависеть весьма слабо. Кроме того, кроме метилирования ДНК очень важную роль играет и метилирование-деметилирование гистонов (сейчас даже начинают говорить о гистонном коде), а ведь оно, возможно, имеет даже большее значение, так как от состояния гистонов, на сколько я понимаю, существенным образом зависит мутагенная активность.

Цитата: Питер от февраля 24, 2010, 15:47:30
А что с первым вопросом ? По нему тоже в общем многое известно ...

По поводу первого вопроса у меня ещё меньше информации, чем по поводу второго. Что касается конкретно метилирования, то, вроде бы, соответствующие метки копируются один к одному (но голову на отсечениен не дам). В любом случае, Вы, наверняка, знаете это лучше меня.

Кстати, как известно, в половых клетках ДНК самок и самцов импринтные метки часто помечают разные гены. А это, на мой взгляд, уже даёт в потенциале интересный механизм регулирования дрейфа генетического кода вида в нужном направлении.

Питер · февраля 24, 2010, 17:37:13

Цитата: Комбинатор от февраля 24, 2010, 17:30:12

Мне кажется, что метилирование, связанное с дифференцацией клеток организма, запускается генетическими механизмами, и от изначального метилирования исходной яицеклетки может зависеть весьма слабо. Кроме того, кроме метилирования ДНК очень важную роль играет и метилирование-деметилирование гистонов (сейчас даже начинают говорить о гистонном коде), а ведь оно, возможно, имеет даже большее значение, так как от состояния гистонов, на сколько я понимаю, существенным образом зависит мутагенная активность.

Кстати, как известно, в половых клетках ДНК самок и самцов импринтные метки часто помечают разные гены. А это, на мой взгляд, уже даёт в потенциале интересный механизм регулирования дрейфа генетического кода вида в нужном направлении.

Вот золотые слова - генетические механизмы запускают эпигенетические, а не наоборот. И во время мейоза подавляющее большинство эпиметок стирается ...
По поводу импринтинга и моноаллельной экспрессии - оно, конечно, есть. Но - как исключение, а не как правило. Сколько участков с импринтингом у человека ? Пальцев на одной руке вполне хватает для подсчета ...

Питер · февраля 24, 2010, 17:38:58

Цитата: Питер от февраля 24, 2010, 15:47:30
Посему если мы возьмем разные типы клеток и попробуем весь эпигеном запихнуть в половую клетку - мы получим какафонию. Посему все разговоры о эпигеноме половой клетки становятся довольно призрачными.

скорее всего, в ооцитах содержаться какие-то "базовые" эпигенетические маркеры, по которым строятся все остальные. Кроме того, цитоплазма ооцита это тоже не бульон...
[/quote]

И называются эти базовые маркеры "первичная структура ДНК".

Dims · февраля 24, 2010, 17:54:30

Цитата: Комбинатор от февраля 24, 2010, 12:43:10
Я тоже не сторонник ламаркизма, по крайней мере, в его прямом понимании, но тогда нужно более подробнее развернуть Ваш тезис:
========================================================
2) эпигенетически по этой сети распространяются сигналы -- они эквивалентны нервным импульсам
========================================================
Для начала, имеется ли в виду некая генная сеть, существующая в половых клетках конкретного индивида, или это генная сеть, существующая на уровне всего вида, сигналы в которой передаются в результате скрещивания при половом размножении?

Генная сеть существует на уровне генотипа. Если ген А управляет геном Б, то от А к Б идёт стрелочка. Или: от А идёт аксон (нервное волокно направленной проводимости) к Б.

Поскольку генотип практически не изменяется от поколения к поколению в масштабах нескольких поколений, то и сеть не изменяется.

То есть, генотип -- это "высушенный мозг" -- что, в чём зафиксированы связи, но в чём нет никакой динамики. Нечто мёртвое.

Далее. От поколения к поколению на генах расставляются эпигенетические метки. Возможно, они способны распространяться по сети. Возможно, в соответствии с теми же законами, что и нервные импульсы в мозгу (много "возможно").

Тогда, каждый экземпляр живого существе -- это одна стадия возбуждения нервной системы. В следующем поколении -- следующая стадия. Поколения -- это как кадры кинофильма. Несколько детей -- сюжет ветвится. При соединении родителей, сюжет смешивается.

Эпигенетика выбрана мной чисто от балды. Она не нужна для идеи.