Загадки эволюции

[Игорь Антонов]

Я  прошу  МОЛЕКУЛЯРНЫЙ  механизм.  И  дело  не  в  ортодоксии,  о  коей  пищет  Шапиро.  Если  бы  Шапиро (а  он все-таки  молекулярщик)   такой  механизм  знал  -  он  бы  о  нем  трубил...  
Кстати,    про  репарацию  я  знаю.  Она  а) репарирует  не  все  и б) столь  же  не  специфична  в  отношении   репарации   конкретной  точки  в  геноме.
Итак  -   МОЛЕКУЛЯРНЫЙ  МЕХАНИЗМ в  СТУДИЮ !!!

Давайте в обмен на молекулярный механизм памяти. Или её тоже нет?

Питер, живая клетка - объект высочайшего уровня сложности и организованности. Я не вижу никаких концептуальных препятствий для того, чтобы она была способна заниматься направленной генной инженерией, тем более, что в составе механизмов репарации есть пострепликативная репарация, которая реализует  адресные операции над уже сформировавшейся хромосомой.

Что касается достоверного научного знания требуемых вами  механизмов, я пять раз вам уже ответил -  его пока нет, как нет его и у вас, как нет в науке пока достоверного и содержательного знания и по множеству других научных проблем.

[mastax]

Игорь Антонов

Ваше утверждение о хаотичности выглядит анахронизмом именно сейчас, когда в биологии широко распространилась теория хаоса и бифуркаций, и исходящая  из них теория самоорганизации. Еще Колмагоров и Turing  математически доказал возникновение неоднородностей  в хаотическо-однородной среде. ЧИТАЙТЕ РАБОТЫ ПО СИНЕНЕРГЕТИКЕ, а потом ставьте в упрек СТЭ хаотичность - со знанием дела.

[pavel]

Игорь
Не сравнивайте поиски механизма памяти и ваш бред – это не сравнимо.
У вас умножение сущностей. Что такое «интеллект протоплазмы» как он соотносится с известными процессами в живом организме? Нет ответа. Только ссылки на сложность и опять все по кругу. Как бы что-то не было бы сложно если вводиться понятие оно должно хоть на что-то опираться на какие-то известные понятия. Ничего.

[Игорь Антонов]

ЧИТАЙТЕ РАБОТЫ ПО СИНЕНЕРГЕТИКЕ, а потом ставьте в упрек СТЭ хаотичность - со знанием дела.

mastax,  работы по синергетике я начал читать больше пятнадцати лет назад и регулярно к этому занятию возвращаюсь. Поэтому ваши рекомендации  в точности выполнены -  хаотичность в упрёк СТЭ я ставлю со знанием дела.

[mastax]

извините, но как автор РАБОТ по синергетике смею утверждать - едва ли  со знанием. Те, кто работает в данной сфере, никогда не употребляют слово "хаотический" в негативном свете.

[Игорь Антонов]

извините, но как автор РАБОТ по синергетики моя заявить - не со знанием.

Неужели я пропустил нечто важное?
Или состоявшаяся интеграция биологии с теорией бифуркаций - ваше персональное достижение?
Тогда давайте срочно ссылки.

[Игорь Антонов]

Те, кто работает в данной сфере, никогда не употребляют слово "хаотический" в негативном свете.

Вы уж извиняйте, но мы, системщики, обходимся с хаосом без благоговейного трепета.
Нас больше интересует не "порядок из хаоса", а свойственный жизни и разуму "порядок из порядка"  (Шредингер ).

[mastax]

Тогда понятно. Я полагал, что читаю посты биохимика. У биологов скепсис в адрес системщиков и физиков очень велик: и те, и другие   ярые редукционисты.  Ожидать от них чего-то нового и интересного не приходится, т.к. биология - это прежде всего нативный эксперимент и наблюдения .

[Игорь Антонов]

Тогда понятно. Я полагал, что читаю посты биохимика. У биологов скепсис в адрес системщиков и физиков очень велик: и те, и другие   ярые редукционисты.  Ожидать от них чего-то нового и интересного не приходится...

М-да...  Я тоже полагал о вас нечто совсем иное. Похоже, что сегодня всемирный день разочарований  :cry: .

[mastax]

Игорь Антонов, я не хочу Вас обидеть. Я много общался с физиками и системщиками, которые работают в биологии. У нас в лаборатории есть к.б.н., который закончил физфак. У всех очень простое восприятие биологии. Им кажется, что только тупость и консерватизм биологов не позволяет им открыть некий универсальный закон.  И, конечно, ничего не открывают. Иное дело математики: с ними работать проще, поскольку математик-ученый (не прикладник!) знает, что даже в математике нет единого взгляда на одну проблему.

[Юрич]

Лично меня во всем разговоре наиболее поразила вероятностная оценка того, что мутация окажется полезной в определенной ситуации, в частности, в эксперименте с тлями:

1) Восемь поколений в небольшой популяции.
2) Тысячи генов.
3) Триллионы триллионов возможных произвольных мутаций с разнообразнейшими фенотипическими эффектами и без них.
4) Быстрая адаптация популяции к новым условиям.
5) Воспроизводимость опытов Шапошникова другими исследователями.

Остаётся ли здесь хоть какой-то шанс на решающую роль в наблюдаемой адаптации  явления "случайной ненаправленной изменчивости"?

Любой трезвый, вменяемый человек должен сказать: "НИ МАЛЕЙШЕГО ШАНСА!"

Что скажете на этот счет, как специалист, Mastax?.. Действительно вероятность настолько мала?.. Где здесь может быть "подвох"?  :roll:

[mastax]

Юрич
Я не вмешивался в Ваш спор. Эксперименты Шапошникова широко известны (и Медникову, и другим). Но тут два момента. Во-первых, так и не было установлено, что стало причиной мутаций у тлей. Были ли эти мутации на генетическом уровне или нет. Во-вторых, выводы Шапошникова о том, что сформировались новые виды, не выдержали проверку временем. Уже к 80-м годам стало ясно, что речь идет скорее об экоформах. Опыты на дафниях, у которых также обычен партеногенез, показали, что традиционные морфологические признаки самок могут быть столь вариабельны и разнообразны, что единственный путь для установления видовой принадлежности остается лишь изучение морфологии самцов (которые появляются лишь время от времени).

[Tinkoff]

Mastax

Там все то же, что и у Дарвина

У Дарвина, всё есть на все времена, особенно если буквы переставлять.

Градации Ламарка - это не теория и не суть его эволюционной концепции. Суть - в двух законах, которые предполагают: если щенкам обрубать хвосты, а их потомству - повторять эту операцию, то рано или поздно хвост при рождении начнет уменьшаться. Не уменьшается, равно как и девственницы рождаются вопреки Ламарку.

У вас неверные сведения.
Иорданский, "Эволюция жизни"
http://www.macroevolution.narod.ru/iordansky/evzh1_02.htm
"
Своеобразие концепции Ламарка придало объединение идеи изменяемости органического мира с представлениями о градации - постепенном повышении уровня организации от самых простых до наиболее сложных и совершенных организмов. (Идея градации, понимаемой как последовательный ряд постепенно усложняющихся форм организмов, восходит к Аристотелю. Эти представления о "лестнице существ", образующих непрерывную цепь от неорганических тел до человека, развивал до Ламарка Ш.Боннэ).

"
Ответ на все эти вопросы Ламарк видел во влиянии на организмы внешних условий, которое нарушает правильность градаций. "Нарастающее усложнение организации подвергается то здесь, то там на протяжении общего ряда животных отклонениям, вызываемым влиянием условий места обитания и усвоенных привычек". Градация, так сказать, "в чистом виде" проявляется при неизменности, стабильности внешней среды; всякое изменение условий существования понуждает организмы приспосабливаться к новой обстановке, чтобы не погибнуть. Этим нарушается равномерное и неуклонное изменение организмов на пути прогресса, и различные эволюционные линии уклоняются в сторону, задерживаются на примитивных уровнях организации. Так Ламарк объяснял одновременное существование на Земле высокоорганизованных и простых групп, а также разнообразие форм животных и растений"
"

Название главы на сайте Маркова
Ламарк
"
ГЛАВА  ШЕСТАЯ.
Деградация и упрощение  организации съ одного конца животной цепи до другого, въ направлении отъ более  сложнаго къ более простому.
"

Градации это и есть номогенез,и даже ортогенез, влияние среды по Ламарку это в основном деградация.

И Ламарк считал что наследуются благоприобретенные признаки.

Теперь Дарвин.

гл.5
"На основании фактов, приведенных в 1 главе, мне кажется, невозможно сомневаться в том, что у наших домашних животных употребление усилило и увеличило размеры некоторых органов, а неупотребление, наоборот, их уменьшило, а равно и в том, что подобные модификации передаются по наследству."
"То, что образ жизни или привычка оказывают некоторое влияние, убедило меня как из-за аналогии, так и из-за встречающихся в агрономических сочинениях, начиная с древнейших китайских энциклопедий, постоянных советов соблюдать крайнюю осторожность при перевозке животных из одной области в другую."
"В общем мы можем прийти к заключению, что привычка или употребление и неупотребление в некоторых случаях играли значительную роль в модификации конституции и строения, но их последствия широко сочетались с естественным отбором врожденных вариаций, а иногда оказывались всецело ему подчиненными. "

"
Пока еще не убедительны доказательства наследования случайных увечий, но поразительные случаи наследственной передачи последствий операций, наблюдавшиеся Браун Секаром (Brown Sequard) у морских свинок, должны заставить нас быть осторожными при отрицании  этого.
"

Так что Mastax, это вам нужно читать внимательнее,в том числе и Дарвина.

Вейсман опровергал не Ламарка,а теорию Дарвина- пангенезис (он это сам говорил).

Телеология не является непременным атрибутом научной теории: периодический закон Менделеева также не имеет цели.

Не в науке а ТЭ, иначе это не эволюция.
А про элементы Менделеева, это примеры номогенистов,а не сторонников СТЭ.

А кто сказал, что нет ни закономерностей, ни направленности?! Есть направленный отбор, есть закономерности морфологической эволюции.

В СТЭ Mastax мутации возникают ненаправленно и случайно.
Про отбор ниже.

Вы любите цитаты. На всякую цитату против Дарвинизма найдется десяток "за".

Я вынужден приводить цитаты,в том числе и из Дарвина.

Уточню: не описал, а выдвинул некую схему, с которой многие не согласились. Западные ученые предпочитают модель Поппера. Мне ближе концепция Лакатоса.

Часто они издаются вместе в одной книге.А мне Куна.

Вы знаете, но в мире, несмотря на успехи религии и правосудия, по-прежнему много убийц и насильников. РЕЛИГИЙ МНОГО, они никогда не объединятся. НАУКА ЕДИНА.

Тогда это не наука,а атеистическое движение.
В России в последнии десятилетия другая тенденция.

Где я такое писал?! Я как раз считаю, что эти споры совершенно бессмысленны. С верующими. А с неверующими - могут быть полезными

А зачем же вы предлагали Чайковскому критиковать Библию ?!

Кстати, а вы знаете, что Гулд известен своей непримиримой борьбой с креационистами вроде вас? Зачем вы постоянно апеллируете к тем критикам дарвинизма, которые не верили в божественное творение вообще? Тимирязьева и Любищева вспомнили: И Чайковский не верит в то, что Бог сотворил жизнь, а его концепция эволюции еще более "бесцельна".

Я креационист ??!
Где это я говорил что эволюция невозможна?Вообще эволюция.
Может хватить приклеивать ярлыки, "отстал", "не понять", "креационист" ?

Кроме того, Ни Ламарк, ни прочие не являются "номогенистами".

Про Ламарка я уже сказал.

Теперь "прочие".
"Майварт,Нэгели,Берсгон и т.д.)"

Дарвин гл. 7
"М-р Майварт полагает, что виды изменяются благодаря  <некоторой внутренней силе или наклонности>, относительно которой  нам ничего неизвестно. Все эволюционисты допускают, что виды обладают  способностью изменяться, но, по моему мнению, нет никакой нужды призывать какую-то внутреннюю силу, помимо наклонности к обыкновенной  'изменчивости,"
"

Вы вообще сайт Маркова хотя бы должны читать?

Бергсон
http://www.philosophy.ru/library/berg/0.html
"
Творческая эволюция"
"
http://www.macroevolution.narod.ru/popov_ortogenez.htm
Попов И.Ю.

"
Концепции направленной эволюции (ортогенез)"
1. "Теория усовершенствования", "учение об идиоплазме" К. фон         Нэгели.
В 1860-е годы Нэгели рассматривал свои труды как дополнение, а затем - как альтернативу теории естественного отбора. Он длительное время последовательно развивал идею направленной эволюции, опубликовав, в результате, обширный труд, впрямую посвящённый этому предмету (Naegeli, 1884). Концепция Нэгели представляется особенно основательной среди первых работ о направленной эволюции, поскольку Нэгели для своего времени хорошо разбирался в проблемах  наследственности."
"

Дарвин
гл. 7
"
Применительно к растениям этот вопрос был разобран Негели (Nageli) в его прекрасном исследовании. Он признает, что  естественный отбор сделал многое, но настаивает на том, что семейства  растений отличаются друг от друга главным образом морфологическими  признаками, которые, по-видимому, совершенно неважны для благополучия видов. Поэтому он верит в прирожденную наклонность к прогрессивному и более совершенному развитию"
"

Мне жалко своего времени комментировать все остальное. Вы же сами написали, что спор бессмысленен - к чему он тогда? Лучше я буду заниматься своим делом: бороться с невежеством в стенах ВУЗа. Ну а вы боритесь с атеизмом и Дарвиным (успехов не желаю).

Не надо отчаиваться Mastax,а вдруг.
Всё таки мнения меняются.
Нужно "бороться" не с атеизмом и материализмом,а с догматизмом и фундаментализмом.
Любым.
Прочитай-те еще раз цитату из Уилсона.

А кто сказал, что нет ни закономерностей, ни направленности?! Есть направленный отбор, есть закономерности морфологической эволюции.

О полиплодии и не только.
Ни синтогенез, ни симбиогенез,ни дубликации, ни "перескок" которые признала в последнеее время СТЭ,не являются
её основой.

Основа СТЭ, это случайные, ненаправленые мутации.

Если СТЭ откажется от этого,тогда это будет  НОМОГЕНЕЗ,а это другая теория .
Как уже  сказал Антонов

И аргументы про гибкость СТЭ и её способность вместить в себя множество направлений замалчивают главное обстоятельство - СТЭ выстроена на упомянутом постулате и его ошибочность означает несостоятельность всей теории."

Но, давай-те поговорим об отборе.

Который "открыл" Дарвин.

Морган, генетик
"
Так как мутация возникает без всякого участия естественного отбора, то он - естественный отбор - вообще не является творческим фактором эволюции.
"

И знаете что, Морган прав.

Это критикует Любищев
"
Он упускает из вида два обстоятельства:

1.все существующие организмы появились бы без всякого отбора только в том случае, если бы сохранились решительно все потомки всех организмов. Но тогда нетрудно видеть, что не только Солнечной системы, но и Галактики и сверхгалактики не хватило бы для размещения такого многочисленного потомства и даже, если бы такое чудо совершилось, мы не смогли бы найти современные организмы среди бесчисленного множества организмов вымерших и никогда не существовавших;
2.если же происходило уничтожение излишка так, что количество по биомассе равнялось бы примерно современному, но это уничтожение было бы не селективным, то, конечно, из современных организмов можно было бы найти только некоторых, самых простейших: мир организмов имел бы совершенно другой вид, чем современные фауна и флора.
"

Итак,если было возможно бесконечное распространение живых существ,то то что?
Были бы бесконечное количество вариантов, т.е ВСЕ варианты.

И что же в этом плохого?Наоборот,отбор это плохо, он ограничивает разнообразие живого.

Но, мир ограничен, ресурсы ограничены, есть разные негативные факторы.
Мир был бы другой.
Да, другой и что?

"но это уничтожение было бы не селективным,"
Стоп.
А кто выбирает-то?
В искуственном отборе -человек-селекционер (т.е. профессионал)
У него цели, задачи, которые он решает с помощью своего интеллекта.
В ранних работах Дарвин утверждал,что отбирает "Вездесущее и всевидящее Существо способно заглянуть внутрь организмов".

В СТЭ нет никакого Существа.

А значит никто и не отбирает.

Есть самовоспроизводящийся организм.
Популяция размера n.

Может ли быть такое что бы не было бы НИКАИХ негативных факторов,никакой организм
не мог бы повредиться,погибнуть?
Тогда это бессмертные боги.

Значит должно быть избыточность "производства".
Иначе популяция вымрет.

Существуют случайные мутации.
Это и будет творец,креатор , maker только не blindwatchmaker (по Докинсу),
а скорее MADMAKER в смысле CASEMAKER

Ведь и слепой часовщик обладает другими чувствами, знаниями, опытом и наконец
разумом.

О великий MADMAKER, о творец биосферы !

А "Отбор" это лжебог.

Но, ведь земля ограничена, ресурсы, ограничены, есть хищники, паразиты.
Можно просто упасть, утонуть  и т.д.

Да, так.
А может ли быть всё так,но что бы не было отбора?

Может быть наверно только в Раю.
Ис.11:7 "И корова будет пастись с медведицею, и детеныши их будут лежать вместе, и лев, как вол, будет есть солому."

И что же открыл Дарвин,что наша земля является не совсем раем?

Любой организм,как-то устроен,если мы меняем устройство,он начинает обладать
другими качествами.
А как же иначе?
Может ли будь по другому?

Итак,наш мэдмейкер, создает разные варинаты,разные технические решения.

Есть организм,может летать,не нарушает, законы аэродинамики, он летает,нет не летает.

Если возникли, благодаря мейкеру, и тому факту что, что бы летать нужно быть
устроенным в соответствии с законами,
то для следующих летательных (например) организмов, нужно летать лучше .

Планка повыщена.
У Madmaker будет больше брака.
Так у него и так почти всё брак.

Трилионом меньши или больше...

Итак,настоящий Бог неодарвинистов не Отбор,а Случай.
А в любом мире,не являющимся раем (который никто еще подробно не описал)
будет всегда отличаться судьба разноустроенных существ.
Это правило,а не исключение.

Юрич

Что скажете на этот счет, как специалист, Mastax?.. Действительно вероятность настолько мала?.. Где здесь может быть "подвох"?

Но, что бы понять всю абсурдность,ненаучность СТЭ, давайте  посчитаем.

Размер популяции миллиард, 10^9
Рождается у каждой особи, 1000

Значит в каждом поколении, 10^12 животных.

Время жизни 10 лет.

За трилллион лет (10^12)

Возникнет 10^11 поколений и в каждом 10^12 животных.

Всего конкурирующих "технических решений" созданных Случаем.
10^23.

У животного тысячи генов,и часто тысячи аминокислот.

Но,
По одному из 300 аминокислот.

Возможных вариантов 20^300.

Более триста нулей !!
Скажем триллион вариантов это полезные.

Вероятность 1/10^(300-12-23)=1/(10^275)

"Верую ибо абсурдно".

[Tinkoff]

Питер

Игорь, ошибки репликации существуют. С этим вы, я надеюсь, спорить не будете.
Я очередной (черт знает в какой раз) с тупым упорством спрашиваю - назовите мне МОЛЕКУЛЯРНЫЙ механизм СТРОГО НАПРАВЛЕННОГО изменения структуры генома. Если такого механизма нет - все ваши построения не стоят ничего. Это вы должны понимать .
Одна просьба - не отсылайте к Шапиро, у него такой механизм не описан.

А какой вы хотите механизм?
На основе механического материализма?
Так в том то и дело,что нельзя свести законы материи к механике.

Вот например Пенроуз в "Новый ум короля"
приводит пример образования кристалла,используя квантовую механику.
Атомы входят в квантовую суперпозицию,и невычислимым образом, возникает
кристаллическая структура.


Павел

< : вопрос об отнесении хромосомных перестроек к мутациям становиться дискуссионным по мере выяснения механизма этих изменений. Аналогичные сомнения касаются анеуплоидии и полиплоидии. Рассмотрение этих типов изменчивости генетического материала как мутаций скорее отражает еще не достаточную изученность изменчивости в целом>.
Это не ошибки а закономерное изменение.

Например трисомия 21, синдром Дауна.
Закономерная "эволюция".
Есть геномные, хромосомные мутации.
Кстати в "Лжи креационизма"  вы Павел называли это мутациями.
"Полагают, что около трети всех видов растений образовалось за счёт мутации полиплоидии.
"
Но, разве дело в названии?
Иногда, с помощью полиплодии могут образоваться другие виды.
Но, разве это базисный механизм в СТЭ?
Нет.
И где жу тут закономерность?

Да и не может быть её в СТЭ.
Тогда это уже будет номогенез, ортогенез.

Закономерное большое (макромутация) или малое (микромутация)
разрушение- это разрушение.
Если напрмиер существует проект на n листах,и в механизме копирования
закономерно уничтожаются 2, 3,45  ит.д. листы.
Переставляются 77 и 102 листы менются части страниц.
Это есть кончено закономерное и направленое но -РАЗРУШЕНИЕ.

Но, ведь нужно закономерно не разрушать,а менять проект что бы получилось
что-то дельное.

Mastax

Кстати (я это пропустил) - а кто сказал, что транспозоны - "хаотическое явление"? Транслокации -куда не шло, но еще МакКлинток показала направленность перемещения "мобильных генов" (за что её долго долбали): они не могут не перемещаться в определенных направлениях

МАК-КЛИНТОК (McClintock), Барбара
род. 16 июня 1902 г.
Нобелевская премия по физиологии и медицине, 1983 г.

Это тоже "новая" работа ?

"
40-е гг. были особенно продуктивными для М. В зимние месяцы она анализирует результаты экспериментов, проведенных предыдущим летом, и планирует опыты на будущий год. Летом выращивает кукурузу на участке перед лабораторией. Ранние эксперименты навели ее на мысль о наличии подвижных генетических элементов в хромосомах кукурузы. Зимой 1943/44 г. она планирует программу экспериментов, надеясь на подтверждение своей теории. Летом 1944 г. М. замечает, что растения-близнецы имеют различную интенсивность окраски листьев: у одних полосы окрашены сильно, у других слабо. Отметив аналогичное явление в зернах початка, она приходит к выводу о наличии у одного из дочерних растений специфической генетической системы, которой другое растение не обладает. Это явление называют ныне генетической транспозицией, а включенные в процесс гены - транспозонами, или мигрирующими генами.
Полученные экспериментальные результат
дали М. возможность четко сформулировать модель генетической системы. В нее вошли два транспозирующих гена: диссоциатор, названный М. Ds-геном, и активатор - Ас-ген. По ее наблюдениям, генетическая система работала следующим образом: если Ds-ген передвигался к хромосомному участку рядом со структурным геном (например, к структурному гену, контролирующему узор чередования полос на листьях кукурузы), он подавал фенотипическую экспрессию структурного гена и полосы на листьях были блеклыми. Однако подавление, оказываемое структурным геном, было эффективным лишь в том случае, если Ас-ген занимал место возле двух других генов. Если же Ас-ген передвигался (транспозировал) на более отдаленный участок, подавления структурного гена Ds-геном не происходило и полосы на листьях были яркими. Согласно выводам М., один из двух транспозирующих генов являлся подавляющим геном, другой снимал его подавляющее действие.
"
Еще у Менделя были закономерные изменения.
Мобильность генов конечно увеличивает комбинативную изменчивость,но существенно СТЭ помощь не может.

Даже наоборот, чем больше комбинативная, фенотипическая изменчивость,тем хуже.
Так как эта изменчивость в определенных рамках, креационистких рамках.

[pavel]

Азазель

Позвольте насчет адресованного Питеру сообщения высказать свое мнение поскольку это важно. Известны биологические закономерности которые лежат в основе практически всех проявлений жизни. Они носят молекулярный характер. Если Игорь вводит новое понятие которое по его мнению объясняет эти проявления глубже и яснее то он должен хотя бы указать связь между тем что он нового предлагает и тем что науке известно. Если не может указать явно то хотя бы гипотетически. А в ответ – ничего.
А вы то у него что защищаете. У него явное умножение сущностей по Оккаму.

Здесь действительно ненормальное развитие. Но «полиплоидия широко и неравномерно распространена в природе. Известны полиплоидные эукариотические организмы – грибы и водоросли, часто встречаются полиплоиды среди цветковых растений, но не среди голосеменных. Макронуклеусы большинства простейших в высокой степени полиплоидны. Полиплоидия всего организма у животных редка, хотя у них часто встречается эндополиплоидия некоторых дифференцированных тканей, например печени у млекопитающих, а также тканей кишечника, слюнных желез, мальпигиевых сосудов ряда насекомых ...» (опять же Инге-Вечтомов). То есть полиплоидия не всегда нарушение, но является во многих случаях нормой. Я где-то читал по моему у Ашмарина в «Нейрохимии» что и некоторые клетки мозга полиплоидны.