Мутагенез

[василий андреевич]

  Не надо к горнякам, посмеяться всегда есть чему, например, введению закономерной случайности. Пока Вы не продвинулись дальше "концепта от Максета", что всем рулит данная Свыше программа, наслаждаясь вилянием стохастики в софистике.
  По сути, Вы говорите, что функцией генома Е-коли предопределено адаптироваться к одному из двух вариантов среды, и доказываете, что данный переход функционирований вовсе не случаен сам по себе. Однако с этим никто не спорит, как с фактом. Но незаметно для себя самого, Вы распространяете это тривиальное суждение на все живые клетки, ссылаясь на панспермическую гипотезу.
  В таком раскладе надо сразу вести диалог в терминах мультиверсности и мягкой версии Антропного принципа. И то, что мы не на тех форумах, не оправдывает Ваше вольное оперирование устоявшейся терминологией.
  Мне лично лень влезать в тонкости системы коли (достаточно вдумываться в диалоги), но отвергать физические принципы, не позволяющие вводить целеполагание, как управление дособытийными параметрами, в клетку - запрещено не только мне, но и Вам.

  Организм способен адаптироваться к среде, в которой ни он, ни его "бабушки" не были. Теория отбора случайных блужданий исключается вероятностно. Идеи, хотя бы объяснительной, у Вас нет, и это мелочь по сравнению с тем, что Вы даже заикаться о таковой не хотите, дескать, кушайте что приготовил. Но это кушанье не перевариваемо.

[Alexeyy]

основные положения СТЭ (постулаты)

Основной постулат стэ=эб, что мутации случайны и эволюция ненаправлена, но есть огромное число исключений, а по современным данным исключений больше чем случайностей.

Это уже другой вопрос...

В СТЭ мутации – случайно ненаправлены. Это – совсем не то же, что и случайны: случайно ненаправленные мутации тоже являются случайными, но не всякие случайные мутации являются случайно ненаправленными.
  Впрочем, это просто терминологический вопрос ...
 

а по современным данным исключений больше чем случайностей.

Ссылку можете привести по которой бы показывалось, что, действительно, что это так?

[Alexeyy]

Появление/повторение и т.д.  случайного события должно соответствовать статистической вероятности. Классический пример с 6-гранным кубиком, каждая из его сторон, при случайном вбрасывании, выпадает с вероятностью 1 к 6, т.е. 100%/6=16%.

любое достоверное различие говорит о неслучайности=закономерности.

Но это не значит, что событие выпадания - не случайно: оно всё равно будет оставаться случайным даже если будет работать упомянутая Вами закономерность. Потому, что эта закономерность состоит не в том, что событие - не случайно, а в том, что вероятность этого случайного события отличается от 1/6.

[василий андреевич]

  Можно рассмотреть два принципиальных подхода к ограничению изучаемой системы идеологическими рамками. Это синергетический и формационный. Анализ этих подходов во многом будет иметь траектории пересечения. Главное, синергетика, оперирующая понятием системности, вводит пространство с эмерждментностью (свойствами не сводимыми к свойствам элементов), а представления о формации базируются на историзме становления совокупности систем, пронизываемых сигнальными связями.
  Как сюда приклеить понятие мутагенеза, зависит от рабочей формулировки, это либо принципиальная случайность, непредсказуемая теоретически, либо исторически сложившееся ограничение на свободу выбора в рамках физических принципов. И та, и другая формулировка может быть принята к рассмотрению в одной из условных парадигм. Возня с ранжированием случайностей ни к чему путному не приведет.

[василий андреевич]

  Давайте проведем умозрительный эксперимент. Берем двести коли, делим их на две партии. Из первой партии берем по одной коли и помещаем в экспериментальную среду. А вторую партию сажаем в эту среду колонией. Может ли кто сказать какой эксперимент окажется удачливей для потенциальных приспособленцев?
  А ведь выводы можно сделать далеко идущие.
  Я уже давно на этом форуме, но что такое мутация, кроме как изменение, переданное по наследству так и не понял. Но уяснить, что реакция колонии отлична от индивидуальной, успел. Казалось бы это торжество синергетического подхода. Но всегда можно привести аргумент, что особи никогда не формировались, как самодостаточность, как минимум, они кушают или их кушают другие особи. А те редкие, что выживают на многокилометровых глубинах и далеко не всегда завершают свой век циклом деления или встречи с другой особью, как у них?
  Насколько разворачивание и возможная виргация мутагенеза на "категории" проходила стадии от преобладания естественной в косном мире изменчивости к преобладанию сохранности в широком спектре условий, адаптация к которым потенциально допускается геномом? А ведь надо помнить, что между геномом и средой обязательно есть цитоплазма, изменяющаяся под натиском "как снаружи, таи и изнутри".

  И еще раз. Распад радиоактивного ядра принципиально случаен. И только принципиальная случайность единичного распада позволяет выявить закон полураспада, как вовсе не случайное явление природы.

[Питер]

В      конкретной  ситуации   переход   к  новому    фенотипу   может    произойти  несколькими  путями,      которые    определены   всей  предисторией       организма.     Если   бы   у  E. coli  в  принципе  не   было  бы  транспорта  цитрата  из   среды  в   клетку   -    она  или    умерла   бы,  или  нашла   бы   другой   вариант  в  данных  условиях    среды.  Но   он   был   -   и   самый   быстрый  путь     повышение  уровня     этого  транспортера  в  клетке.  Что    было  достигнуто    РАЗНЫМИ  молекулярными      путями  (разные   мутации  по  сиквенсу)     в   ОТДЕЛЬНЫХ      клетках   из   миллионов    клеток  в   среде  обитания.

[vit]

   мутации  по сиквенсу

сиквенс это snapshot, не показывает развития ситуации.

E. coli Cit(+) mutants grew in clumps and in long incompletely divided chains, a phenotype that was reversible in rich media.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26833416/

Gene duplication does not necessarily constitute a lasting change in a species' genome. In fact, such changes often don't last past the initial host organism. From the perspective of molecular genetics, gene amplification is one of many ways in which a gene can be overexpressed. Genetic amplification can occur artificially, as with the use of the polymerase chain reaction technique to amplify short strands of DNA in vitro using enzymes, or it can occur naturally, as described above. If it's a natural duplication, it can still take place in a somatic cell, rather than a germline cell (which would be necessary for a lasting evolutionary change).

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_duplication#As_amplification

[vit]

а по современным данным исключений больше чем случайностей.

Ссылку можете привести по которой бы показывалось, что, действительно, что это так?

Gene duplication does not necessarily constitute a lasting change in a species' genome. In fact, such changes often don't last past the initial host organism. From the perspective of molecular genetics, gene amplification is one of many ways in which a gene can be overexpressed. Genetic amplification can occur artificially, as with the use of the polymerase chain reaction technique to amplify short strands of DNA in vitro using enzymes, or it can occur naturally, as described above. If it's a natural duplication, it can still take place in a somatic cell, rather than a germline cell (which would be necessary for a lasting evolutionary change).

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_duplication#As_amplification

[Питер]

В    итоге    мутации   разные.  Есть  стабильный    клон  -  там  есть  одна   стабильная  мутация.  Промежуточные   состояния  (не    оконченные   клеточные  деления) не    секвенированы.

Ну  так   распишите   по  этапам,  как  происходит  дупликация  по-вашему   -  через  ГПГ  ?    Который   раз  прошу.

[Alexeyy]

а по современным данным исключений больше чем случайностей.

Ссылку можете привести по которой бы показывалось, что, действительно, что это так?

Gene duplication does not necessarily constitute a lasting change in a species' genome. In fact, such changes often don't last past the initial host organism. From the perspective of molecular genetics, gene amplification is one of many ways in which a gene can be overexpressed. Genetic amplification can occur artificially, as with the use of the polymerase chain reaction technique to amplify short strands of DNA in vitro using enzymes, or it can occur naturally, as described above. If it's a natural duplication, it can still take place in a somatic cell, rather than a germline cell (which would be necessary for a lasting evolutionary change).

https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_duplication#As_amplification

Разные мутации в клетке могут быть не равновероятными и это может иметь адаптивный смысл. Но СТЭ такие мутации, вообще говоря, не исключает: она исключает случайно-направленные мутации. Это такие мутации, которые увеличивают адаптацию к конкретно возникшим условиям как реакция на них (на эти условия). Только такая ситуация будет означать самонаправление эволюции.
  Тогда как то, что амплификация генов является одним из многих способов избыточной экспрессии гена, само по себе, по-моему, ещё не означает самонаправленности эволюции.

[vit]

В    итоге    мутации   разные.

Но достигался этот результат разными путями. В части повторных опытов, как и в основном долгосрочном эксперименте, произошли тандемные дупликации, благодаря которым citT оказался под управлением аэробного промотора.( НАВЕРНО АНАЭРОБНОГО ВИТ) Но границы дуплицированных участков в разных случаях были разными, а промотор, взявший на себя управление геном citT, не всегда был промотором гена rnk: в одном случае это был промотор гена rna. В нескольких повторных опытах тот же эффект был достигнут без дупликации — благодаря встраиванию мобильного генетического элемента IS3 в кодирующую часть гена citG, расположенного по соседству с citT (на рисунке слева). В этом мобильном элементе как раз имеется подходящий промотор.

https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva

во всех мутациях подходящий промотор

Ну  так   распишите   по  этапам,  как  происходит  дупликация  по-вашему   -  через  ГПГ  ?    Который   раз  прошу.

Приобретение фенотипа Cit+ во всех случаях было связано с тем, что ген citT начинал экспрессироваться в аэробных условиях.
https://elementy.ru/novosti_nauki/431898/V_dolgosrochnom_eksperimente_zafiksirovano_poetapnoe_formirovanie_evolyutsionnogo_novshestva

вы же знакомы с регуляцией экспрессии генов, вот и опишите механизм перехода на анаэробное дыхание и как совершается переход на цитрат у анаЭробов - что может быть проще!?

[Питер]

Вы    же   ратуете    за   ГПГ    -   вперед.
Мне    все  очевидно -    разные   случайные   мутации,  приведшие   к   повышению  уровня   экспрессии.   И  потом  отбор.

[vit]

о гпг говорит отличие в участках рекомбинации И ОТНОСИТЕЛЬНО МЕДЛЕННЫЙ ПЕРЕХОД

а переход на анаэробию это вам тоже очевидно -    разные   случайные   мутации,  приведшие   к   повышению  уровня   экспрессии.   И  потом  отбор.   ?     

[Питер]

Еще   раз.
Итого  -    есть    разные       мутации,   которые   активировали   экспрессию  гена citT.
Два     варианта.
1.   Мой   -     случайные  мутации  внутри   ОДНОГО    генома  E. coli.
2.  ГПГ.  Надо   -     откуда-то   взять  материал    для    дупликации\инсерции  промотора.    Его       нужно  засунуть в   клетку   из  среды.     Эта    ДНК   должна   быть    встроена в  правильное  место.   То  есть  из  огромного  генома      бактерии    найти  маленький   кусочек,  его      правильно     засунуть в  клетку  и  встроить в  правильное   место.   
Можете  на   досуге  выделить  плазмиду  устойчивости к   антибиотикам   (типа pBR322\pUC),      линеаризовать  ее    и     добавить к  культуре    колей  в  начале    логарифмической     фазы  роста .  Дорастите   до   стационара  и   киньте      культуру  на    чашку  с  антибиотиком.   Результат  предсказать  можете  ?

[vit]

я думал что вы знакомы с механизмом регуляции работы генов