Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!

[Питер]

Я думаю, отправной точкой, на которой можно (и нужно) сойтись, должна быть неслучайность биологической изменчивости. 
Даже при случайности изменчивости генетической. В том числе,  биологической изменчивости, инициируемой нарушениями благоприятности внешней и внутренней среды.
Пример работы, упоминавшейся в теме и иллюстрирующей это обстоятельство:
https://www.pnas.org/content/96/17/9721
Там в процессе микроэволюционной адаптации к негативным условиям схожим образом меняются паттерны экспрессии множества генов в параллельно эволюционирующих популяциях при наличии единичных мутаций.
Помните из Дарвина: "Наше незнание законов вариации глубоко" ?
Я помню, что Питер, формально причисляя себя к неодарвинистам,  когда-то давно уже признавал неслучайность изменчивости. Но не будучи теоретиком-эволюционистом он, скорее, недооценивает, насколько значительны для основ теории последствия такого признания.
Само наличие значительной доли адаптивных мутаций среди мутаций, встречающихся вообще в экспериментах с дрожжами, говорит не о свойствах мутаций, а о свойствах организма адаптироваться к неприятностям скоординированным образом, используя и те возможности, которые предоставляют новые мутации.
Возможно,  это не всем очевидно, но опыт компьютерного эволюционного моделирования лишь подтверждает, что не существует никакой механически и вычислительно формализуемой модели адаптации сложной системы к структурным нарушениям. Нет такого закона, нет таких явлений. По объяснимым причинам - любой крупице новой структурной упорядоченности противостоит неисчерпаемый океан бессистемного хаоса возможных произвольных возмущений. Биологические системы, даже одноклеточные, реагируют на возмущения, включая случайные,  иным образом. И в этом вся суть. Суть, игнорируемая теорией эволюции, которая пока считается официальной.

Первое.   Неслучайность  изменчивости  ?  Применительно к  популяции    -  да,   если вы  ставите ее  в  условия  сильного   селектирующего  фактора.  Ну  сажаете  вы   дрожжи в  среду  с   низким  уровнем  глюкозы   -  и  меняется   экспрессия  генов,   связанных  с   обменом  глюкозы  и  энергетикой.  Но    вот    причины    этого  -    вопрос.   Можно    (если  есть   резервы)    сделать  это  вообще   без  мутагенеза.  Можно    мутировать.  При    этом  ваш  выбор  -    ген,  который  надо  мутировать,  клетка   выбирает.  Мой   -   идет    набор  мутаций   в  геноме,  некоторые в  генах  обмена  глюкозы   подхватываются   эволюцией.  И  опять  же  все     в  популяции  клеток    -   не в  одной    особи.
Да,  мутации    будут в  определенном  наборе  генов  к  250  поколению.  А   если  будете  отбирать   к  другим  условиям  питания  -   в  другом  наборе  генов.
Второе.  Василий  Андреевич,  почитайте    современный  учебник  по  молбиологии.   Узнаете  много     странного.   Например,  что   мусорной   ДНК     давно  нет  ...

[василий андреевич]

  Ох, Питр, когда б выбрал биологию лет эдак сорок назад, то обязательно. Теперь же могу сойти с ума от обилия данных, да еще нагруженных непривычной мне терминологией.
  Я специально оставил термин "мусорная", которым для себя подчеркиваю скопище хлама, который может быть приспособлен под нужды изобретателя. Ведь в нем кладезь!
  Вот только С-парадокс не дает покоя. Почему из него не сделан, если не вывод, то прогноз для проверки. У меня этих прогнозов уйма рождается, жаль знаний нет отвергать их.

[Игорь Антонов]

ваш  выбор  -    ген,  который  надо  мутировать,  клетка   выбирает

Я честно говорю, что я не знаю - выбирает или не выбирает. Но если статистика покажет значимое отклонение изменений правильного по ситуации гена от случайного, значит, выбирает.

[василий андреевич]

Только в последней работе ДНК не синтезируется по РНК, а мутировавшая РНК восстанавливает белок, который позволяет реплицироваться ДНК,  которая при этом восстанавливается.

Так и эдак кручу Вашу фразу. Читать же статью в гоблинском переводе - выше моих слил.
  Пока не готов сформулировать выводы из "кручения". Но ясно, что при таком подходе можно оперировать в координатах энтропия-информация. При этом внутри "бандитской триады, узурпировавшей жизнь" перераспределяется не информация, а кодируемый азотистыми основаниями сигнал. Информацией будет "прямой" вектор, как следствие круговорота ДНК-РНК-Белок. Обратная связь от белка к ДНК апосредована через разнообразие круговоротов метаболизма.
  А вот введение "обратного" вектора через обратные последовательности, как вмешательство стресса, могут быть весьма интересны. Например, ДНК-белок - это, по сути, обрезание теломеры.

  Главное, Игорь, здесь Ваша епархия, как думающего Хыбернетика. Вспомните, что информация - это горб на шкале положительной энтропии. Прямой круговорот ДНК-РНК-Белок1-белковый круговорот-Белок2-ДНК есть "затороможенный поток энтропии.

[Питер]

Ну    вот  опять  же   те  же  E. coli  и    последняя  работа  от  Игоря  Антонова.   Очень    специально   сконструированная   ситуация.   И  полный  не   учет  современных   представлений  о      связи   у  бактерий  в  единый   комплекс  процессов    репарации   ДНК,  репликации  и   транскрипции.  И   как   по  разному    эти  процессы  идут  на    плюс    и  минус    цепях  ДНК.
Про  мусорную   ДНК.  Сейчас  есть  масса  проектов  (самый  известный  ENCODE)  по функциональной   аннотации    ДНК.  И  чем  дальше  тем  более  понятно,  что   подавляющая  часть  ДНК    функциональна.   Не  как    белок   кодирующая   -  но  как    регуляторная.

[василий андреевич]

  Только бы не появилось соблазна сравнивать "регуляцию" с "геномной сознательностью". А то скоро кирпичи заговорят)))

[Игорь Антонов]

вариаций      фенотипа  не   бесконечное    количество.  Если    у   вас   есть      признак   -    то   его    вариации    жестко    ограничены.  Если у  вас   есть  лапы   -   то  они   могут  быть   длиннее  или  короче.   Но  у  вас  нет   вариантов    вместо  4  лап  16, 32,  64,   далее  везде  ...

Но лапы когда-то появляются. И вариации количества конечностей. Вообще, без структурных скачков макроэволюция, главная эволюция не мыслима. И любой трезво мыслящий человек должен понимать, что не изменения частот аллелей их создают. Но в СТЭ это явление вообще находится за рамками эволюционной модели.
Ограничение числа вариаций, действительно, существует, но это не ограничение числа вариаций случайно мутирующего генома, а явление организменного уровня, опять же, в механистичной эволюционной модели СТЭ отсутствующего.

[Игорь Антонов]

Все сложные инстинкты тех же тупых насекомых - там целесообразность прёт каждой щели.

Когда паук плетет спиральную паутину на нескольких предварительно натянутых направляющих - Вы можете себе представить, Питер, а главное - смоделировать, как это формировалось в процессе последовательного отбора и последовательного закрепления элементарных случайных ненаправленных блужданий фенотипа? Я не могу. Если Вы можете - искренне завидую.

[Evol]

Стоп! Как это - "находится за рамками эволюционной модели."? Это весьма старые взгляды, озвученные, еще в семидесятые, А. Карсоном и Н. Н. Воронцовым. Я о мономорфизмах и  мозаичной эволюции.
А гомеозисные гены, материнский эффект? Та же преадаптация говорит о том, что у всех организмов, в развитии которых наблюдается разделение на герменативные клетки и элементы сомы - есть соответствие морфологии и молекулярно-генетической специфичности. Везде молекулярная машина одна и та же, а различия в морфогенезе подтверждаются сдвигами по времени известных молекулярных процессов.

[Evol]

Вообще, это крайне опасные разговоры. Кому не верится, пусть погуглит соответствующий запрос. Радикалы эво-дево открыто призывают сменить СТЭ на альтернативные концепции вроде сальтационизма. К ним активно присоединяются священнослужители, вот ссылка - http://orthodoxy.cafe/index.php?topic=316953.0.

Призываю, поэтому, не слишком усердствовать в данном направлении.
Скажем так, серьезных оснований для ниспровержения эволюционного синтеза пока не существует, а излишне настойчивые попытки впасть в оппозицию синтезу чреваты переходом в лагерь теологов. Которые, по вполне понятным причинам, ненавидят Ч. Дарвина за то, что его теория более решительно, нежели вся физика и химия, обозначила разрыв между наукой и вероучениями. Говоря проще, именно эволюционизм, как я думаю, по настоящему сделал науку свободной. 

[Evol]

Вчитайтесь, пожалуйста. Увидите, что многие фразеологизмы оппонентов СТЭ очень схожи с аргументацией верователей.
Это не призыв искать "ведьм", а личная рекомендация вернуться к обсуждению поиска путей экспериментальных свидетельств в пользу той или иной концепции. А то, полагаю, начинаем просто заигрываться в общих рассуждениях по теме.

[Игорь Антонов]

Вообще, с отрицанием всё достаточно просто. Сложнее с содержательными положительными утверждениями. По неодарвинизму ещё до всех экспериментов ударяют логика и здравый смысл.  Достаточно включить в сознании системное мышление. Живые организмы - сложные высокоорганизованные системы. Случайный ненаправленный мутатор - это оператор преобразования связного в бессвязное, системного в бессистемное. На любом числе итераций. Это понятно и так, и отлично воспроизводится. "Кроме мордобития - никаких чудес", как сказал поэт. Достаточно это осознать, чтобы получить прививку от СТЭ. Пожизненный иммунитет. Вот talash не всё воспринимает, но это понял. И у человека есть точка опоры для дальнейших поисков.

[василий андреевич]

плетет спиральную паутину на нескольких предварительно натянутых направляющих

А потом вместо того, что бы усестся на ней, берет ее в лапки и накидывает, как силок, на жертву...
  Есть клеящее выделение. Выделение для кокона. Неотения - вместо кокона, объемный комок. Раз есть выживание за счет использования комка, будут и вариации его плетения. Каково число вариаций? Оно ограничено, как ограничено число кристаллографических вариаций, как, наконец, число возбужденных состояний электрона.
  И тут уже "опасный", как говорит Эвол, шаг - число комбинаций в регулирующем геноме ограничено "по правилам кристаллографии".

  Форма будущей паутины не наследуется. Наследуются алгоритмы допустимых вариаций. Эволюция паутины - комбинации из ограниченного числа алгоритмических последовательностей.

[василий андреевич]

Случайный ненаправленный мутатор - это оператор преобразования связного в бессвязное,

Это всеобщий принцип обесценивания, против него не попрешь. Обесцененный "товар" нужно куда-то выбросить, как Звезда выбрасывает излучение. Если выброс затруднен средовым фактором, он остается в организме, как "мусор" для дальнейшей переработки. Переработка - это уже информационный обмен.
  Всего четыре буквы ДНК. Как определить, какие читать, какие нет?

[Evol]

Прям так и ударяют, как же.
Что по чему ударяет - то это экспериментальная база по возможности произвольно перенести приобретенное из сомы в герму. Пока критической массы экспериментов нет - нет возможности изменить положение в пользу альтернативы, сколько не повторяйся словесно. Тоже неплохо было бы понять. И сторонники СТЭ не боятся "мордобития" - ответить можем по полной. Есть желание проверить и, в очередной раз, пожаловаться на "агрессию"?