Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!

[Игорь Антонов]

Эксперименты на параллельную эволюцию с многоклеточными, о которых я высказывался во втором сообщении этой темы, как раз могут раскрыть генетическую сторону микроэволюционной адаптации и в этом случае. Если там будут обнаружены схожие генетические изменения, не сводимые к отбору определенных аллелей, то это будет экспериментальным подтверждением того, что адаптивные реакции затрагивают геном.

[василий андреевич]

  Да тут бы с одной клеткой разобраться.
  Допустим крайний случай с SOS-репарацией. Дочке передается нежизнеспособный ген, тогда как у матери остается "нормальный", но с измененной РНК, "допустившей ошибку" репарации. Как это может сказаться на следующем делении?

  Термодинамически просто: полезная работа над геном по его репарации должна породить энергетический "вакуум", заполняемый подходящим материалом (не знаю каким). Если новая мутация будет попадать в тот же ген, то его репарация обязана происходить с учетом предшествующего изменения в РНК.
  Таким образом можно было бы прогнозировать двух этапное полезное мутирование, на первом этапе статистически обусловленная неудача, а на втором учет этой неудачи.

[Synergy]

Недавние исследование показало, что форма клюва не зависит только от пищи, которую едят птицы (классический пример Неодарвинизма). Заметим, что у всех Неодарвинистов есть одна неприятная особенность: они всегда делают какие-то преждевременные ничем необоснованные заявления, как если бы они уже во всем разобрались. В действительности же, на сегодняшний день доподлинно неизвестно, почему клювы у птиц разные. Не так дело обстоит у Неодарвинистов, у них все объясняется случайными мутациями и естественным отбором.

Ссылка на исследование: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/evo.13686

[василий андреевич]

Не так дело обстоит у Неодарвинистов, у них все объясняется случайными мутациями и естественным отбором.

Если мутация не случайна а детерминантна, то следствием чего она является? Как ответите на этот вопрос, так и будем к Вам относиться.

[Питер]

Недавние исследование показало, что форма клюва не зависит только от пищи, которую едят птицы (классический пример Неодарвинизма). Заметим, что у всех Неодарвинистов есть одна неприятная особенность: они всегда делают какие-то преждевременные ничем необоснованные заявления, как если бы они уже во всем разобрались. В действительности же, на сегодняшний день доподлинно неизвестно, почему клювы у птиц разные. Не так дело обстоит у Неодарвинистов, у них все объясняется случайными мутациями и естественным отбором.

Ссылка на исследование: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/evo.13686

Ссылка    другая
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/evo.13655

Но   дело  не в  этом. В  статье  речь  идет   о  том,  что  форма  клюва   признак  более  сложный  и в  макроэволюционных  процессах  она  регулируется   не  только    поедаемой  пищей   -   но  и  способом  ее  поедания.   И в  чем  тут    ламарк\дарвин ?  Любой  вариант    проходит ...

[Evol]

Не причем. Оппонент - законченный креационист, похоже.
Просто маскируется под ламаркиста. Чтобы не забанили ранее срока.

[Игорь Антонов]

Я думаю, отправной точкой, на которой можно (и нужно) сойтись, должна быть неслучайность биологической изменчивости. 
Даже при случайности изменчивости генетической. В том числе,  биологической изменчивости, инициируемой нарушениями благоприятности внешней и внутренней среды.
Пример работы, упоминавшейся в теме и иллюстрирующей это обстоятельство:
https://www.pnas.org/content/96/17/9721
Там в процессе микроэволюционной адаптации к негативным условиям схожим образом меняются паттерны экспрессии множества генов в параллельно эволюционирующих популяциях при наличии единичных мутаций.
Помните из Дарвина: "Наше незнание законов вариации глубоко" ?
Я помню, что Питер, формально причисляя себя к неодарвинистам,  когда-то давно уже признавал неслучайность изменчивости. Но не будучи теоретиком-эволюционистом он, скорее, недооценивает, насколько значительны для основ теории последствия такого признания.
Само наличие значительной доли адаптивных мутаций среди мутаций, встречающихся вообще в экспериментах с дрожжами, говорит не о свойствах мутаций, а о свойствах организма адаптироваться к неприятностям скоординированным образом, используя и те возможности, которые предоставляют новые мутации.
Возможно,  это не всем очевидно, но опыт компьютерного эволюционного моделирования лишь подтверждает, что не существует никакой механически и вычислительно формализуемой модели адаптации сложной системы к структурным нарушениям. Нет такого закона, нет таких явлений. По объяснимым причинам - любой крупице новой структурной упорядоченности противостоит неисчерпаемый океан бессистемного хаоса возможных произвольных возмущений. Биологические системы, даже одноклеточные, реагируют на возмущения, включая случайные,  иным образом. И в этом вся суть. Суть, игнорируемая теорией эволюции, которая пока считается официальной.

[василий андреевич]

  Пробовал читать про мусорную ДНК. Привязался вопрос: изучены ли примеры перевода "неудачных мутаций" в мусорную часть? Вроде с вирусными вставками так и происходит. По логике необратимости именно мусор должен отрезаться на теломере. А вот наращивание мусора, что бы из него можно было выуживать "нужные куски"?
  И еще. Если мусорная вставка делит ген, то в чем будет регуляторная роль такой вставки?

[василий андреевич]

Биологические системы, даже одноклеточные, реагируют на возмущения, включая случайные,  иным образом.

Под словом "иным" может заключаться целый мир. Необходимо последовательно отвергать все варианты, которые только можно. Один из вариантов: репарации от деления до деления приводят к переформированию состава РНК. Вроде можно отбросить сразу?

[Игорь Антонов]

Я имел ввиду, что система регуляции экспрессии и транспорта реагирует согласованным образом не только на сигналы из среды, но и на новые возмущения изнутри.

Что касается гипотетических молекулярных механизмов, то были публикации о том, что одно из явлений, обнаруженных при репарациях - это восстановление утраченных фрагментов ДНК по РНК. Потенциально это могло бы быть использовано для направленных изменений.

[Игорь Антонов]

По поводу последнего замечания. Есть работа, где авторы сообщают, что ретромутагенез был причиной адаптации в их экспериментах, где клетки до появления исправляющей мутации не могли делиться:
Evidence for Retromutagenesis as a Mechanism for Adaptive Mutation in Escherichia coli

[Игорь Антонов]

Только в последней работе ДНК не синтезируется по РНК, а мутировавшая РНК восстанавливает белок, который позволяет реплицироваться ДНК,  которая при этом восстанавливается.

[василий андреевич]

клетки до появления исправляющей мутации не могли делиться:

Ужасно, когда на любое правило обнаруживаются исключения. Тогда все исключения должны быть оформлены в более строгое правило.
  Можно через введение консервативного и либерального гена. Первый, как бы не исправлялся вставками, все одно будет читаться, не обращая внимание на вставки. Второй же, как менее значимый имеет право мутировать во "вредную" сторону, будучи уверен, что множество отклонений все одно будут работать в одном направлении. А это последнее означает, что либеральный мутант будет тормозить развитие событий до тех пор, пока собратья по несчастью "ненабесятся".
  Все-таки правило, что из всех статистических возможностей выбирается то, к которому ведет наибольшее число вероятных путей, должно блюстись.

  А ведь мы говорим только об адаптации, которую никак нельзя отнести к макроэволюционным эффектам. Адаптацию же должно определять не более, как стремление организма подчиниться "целям" среды обитания. Ни о каких самостоятельных потребностях организма говорить не следует. Выживет тот, кто наилучшим образом воплощает закон среды.
  Но вот для единственной дрожжи предложено два варианта: обесценивать сахар или крахмал. Предпочтителен вариант, что вначале будет обесценен сахар, а потом ожидание мутации для обесценивания крахмала. Однако нам нужен вариант, когда в колонии при постоянном подводе сахара и отводе спирта появятся любители крахмала.

ПП. Т.е. обычный путь ДНК-РНК-Белок, заменяется на РНК-Белок-ДНК. "Если Карфаген должен быть разрушен, то так и случится"... Ужас какой-то.

[Evol]

что касается "неслучайность биологической изменчивости". Если мне не изменяет память, я еще лет 10 назад встречал работы специалистов из тимирязевки, посвященные гомологическим рядам в эволюции структурных генов и их семейств. Вроде, в обоснование этого приводятся, также, факты о порядках локализации гомологичных генов в геномах представителей разных таксонов, точнее о совпадениях в локализации (синтении). Вышеназванные специалисты рассматривают эти факты как свидетельства в пользу неслучайного характера эволюционной изменчивости.

[василий андреевич]

Эвол.
  Я так понимаю, что место гомологов в животном мире занимают классические конвергенты. Т.е. опять-таки адаптанты к среде. Ежели же физика работает над геномом так, что локализованно связная работа геных "упаковок" вынуждает фенотип, складывающийся по законома развитя генома, искать и выбирать условия для своего выживания, то это и будет "не случайностью".