paleoforum.ru

*****************

Цитата: "Imperor"Во-первых, приведите методику, плиз, каким образом Вы число нуклеотидов перевели в гигабайты информации. Меня очень интересует данное преобразование

Самый тупой способ,  один нуклеотид - 2 бита. Можно считать сложнее - по триплетам и аминокислотам, получится меньше, но не факт, что синонимичная замена не приводит к изменению укладки, и соответственно, экспрессии гена.

ЦитироватьВо-вторых, если так рассуждать, то можно дорассуждаться до маразма. Геном бактерии в 6000 раз (согласно Вашим словам) меньше генома человека. Таким образом, это, исходя из Ваших рассуждений, не более 200 KB информации?!

У Carsonella ruddii - 160 тысяч нуклеотидных пар, т.е. 320000 бит, т.е. около 40 килобайт.

ЦитироватьНу тогда где же Ваши "хорошие творческие коллективы людей"? Куда же они запропастились, и почему еще не запрограммировали виртуальную жизнь на компьютере? (а ведь работы такого рода ведутся сразу в нескольких высококотируемых лабораториях мира).

Записать голый текст гена - это одно, чуть сложнее - промоделировать синтез мРНК, её сплайсинг, первичную структуру белка, ещё сложнее на её основании вычислить вторичную и третичную структуру белка, с его функциями, и крайне сложно всё это смоделировать в реальном масштабе времени. Плюс, синтез ДНК с её инъекцией в клетку, не столь дёшев, как запуск программы на компьютере. Да и в современном мире биотехнологии являются неким жупелом, достаточно посмотреть тему "генетически модифицированные монстры", и генетиков таки поменьше, чем программистов в Микрософте. Когда с развитием нанотехнологий упадёт цена на сиквенс и синтез ДНК, и будут созданы нормальные проги для моделирования 3Д структуры белка (и не только белка), с оценкой функции, с нормальными библиотеками, тогда каждый толковый школьник сможет написать биологический вирус так же просто, как и компьютерный.

ЦитироватьИли, возможно, Ваши "мегабайтовые" оценки количества информации в генах где-то чего-то не учитывают?

Школьный курс информатики, Имперор. Подсчитайте сами.

Цитироватьоколо 40 килобайт

Близкo к рaзмеру дoвoльнo слoжныx древниx игр пoд ДOС.

Цитировать"мегабайтовые" оценки количества информации в генах где-то чего-то не учитывают

Всё тo, чтo снaружи xрoмoсoм , oнo тoже делится пoпoлaм при делении клетки и , верoятнo, пoдверженo изменчивoсти и влиянию oтбoрa.

Цитата: "Imperor"Вот поэтому двух пушек у танка не бывает.

Вообще-то бывает. У "самцов" Мк1, у Марк IV, у "Черчиля", было по 2 пушки.
У пятибашенного Т-35 было три пушки, и три пулемёта. Некоторые модификации КВ-7 относились к танкам, и имели 2 или 3 пушки, и 3 пулемёта.

Цитата: "crdigger"Близкo к рaзмеру дoвoльнo слoжныx древниx игр пoд ДOС.

Ага. Только синтезировать эту ДНК будет стоить что-то около 80 тысяч убитых енотов - несколько больше, чем скомпилировать прогу. А учитывая, сколько раз надо было компилировать игру, что бы отладить её... Но когда (если) цена значительно упадёт, вся современная флора и фауна вымрут быстрее мамонтов.

Ярослав Смирнов. Даже если нуклеотид и можно считать единицей информации, то уж точно это не два бита. Бит это элементарная ячейка информации, которая может принимать лишь два значения истина и ложь. Так что нуклеотид это по крайней мере один бит (впрочем всё равно не получается, поскольку он принимает четыре значения). Но, я хоть и весьма далёк от молекульрной биологии знаю, что элементарный информационный код это конечно не нуклеотид, а триплет. Но триплет, это точно не бит, поскольку он принимает не два значения, а видимо 4 в 3 степени (четыре нуклеотида по 3), так что здесь получается уже фактически восмибитный байт. Далее, нужно ещё учитывать великое множество пустых участков генома, которые фактически работают вхолостую. С другой стороны есть такое явление как взаимодействие генов и это не только плейотропное взаимодействие, это различные виды комплексного представления информации.
Например АТГЦААТГТ и т.д. Здесь моможет быть последовательность триплетов АТГ, ЦАА, ТГТ, а может и ТГЦ, ААТ, ну и так далее, причём задействоваться могут разные варианты одновременно, разумеется в разных типах клеток. Но это совсем упрощённая интерпретации, в действительности всё намного сложнее. Так что реальное колличество информации может быть даже в сотни раз выше.
А нехромосомные факторы наследственности это совсем немного добавляет информации.

Цитата: "Сергей"Бихи исходит из устаревшего механистического представления, что каждый белок и кодирующий его ген выполняет одну функцию, и для появления нового свойства нужно, чтобы появился новый ген.

Мне кажется, Бихи вообще не акцентирует внимание на генах. Он акцентирует внимание на мышеловках
Т.е. мышеловка - пример неуменьшаемой сложности - если убрать из мышеловки хоть один компонент, она станет абсолютно бесполезной. Следовательно, чтобы стать полезной, мышеловка должна была появиться сразу, "в полном составе". В свете таких рассуждений, в принципе, неважно, добавляется ли несколько новых генов в систему (одновременно), или же старая система генов начинает функционировать по-другому сразу по нескольким целесообразным направлениям, вызывая появление "мышеловки". И в том, и в другом случае, вероятность случайной успешной "угадайки" для подобного события стремится к нулю.
То, что Вы сейчас говорите - это сальтационизм в чистом виде. Т.е. что-то немного изменилось в генах-регуляторах, и из яйца динозавра вылезла птица.
Главной проблемой сальтационизма является низкая вероятность подобных событий. Ибо очевидно, что если фенотип столь тонко реагирует на мельчайшие изменения "генной сети", то целесообразные варианты просто потеряются в бесконечном количестве бессмысленных уродств.

Если же Вы продолжаете настаивать на том, что "генная сеть" может из динозавра сделать птицу "легким движеньем руки", то тогда эта генная сеть исключительно сильно напоминает искусственный конструктор (типа "Лего"), с резко ограниченным числом бессмысленных степеней свободы, с сосредоточением на осмысленных вариантах каждого "поворота" конструктора.
Эту гипотезу ("генного конструктора") я уже высказывал в своей популярной статье. И статью эту здесь выкладывал. Более того, я уверен, что эта же идея была уже высказана большим числом людей до меня.
Однако, я думаю, Вас не вдохновляет вариант искусственного генного конструктора (под названьем "превратись в птицу"?

ЦитироватьНасколько проще с позиций дизайнера было бы добавить всего один ген, расщепляющий целлюлозу, которая мало чем отличается от крахмала, чем городить многокамерный желудок с необходимостью заселять его ещё нужными микроорганизмами и многократно отрыгивать, пережёвывать пищу...

А вот это я и называю спекуляциями. Почему проще-то? Возможно, проще как раз привлечь "стороннюю организацию" для переваривания целлюлозы.
В свете Ваших рассуждений, супермаркету проще выращивать лук, чем закупать его у поставщиков

Цитата: "Дж. Тайсаев"Ярослав Смирнов. Даже если нуклеотид и можно считать единицей информации, то уж точно это не два бита.

Именно 2 бита. Было бы 2 нуклеотида, был бы 1 бит, было бы 8 нуклеотидов, было бы 3 бита, а 4 нуклеотида - 2 бита. Что бы ответить на вопрос, какой именно нуклеотид находится в данной позиции, нам надо задать два вопроса "да/нет". Пример:
- Это А или Т?
- Да.
- Это А?
- Нет.
И мы знаем, что это "Т".

Цитата: "Imperor"Т.е. мышеловка - пример неуменьшаемой сложности - если убрать из мышеловки хоть один компонент, она станет абсолютно бесполезной. Следовательно, чтобы стать полезной, мышеловка должна была появиться сразу, "в полном составе".

Современные мышеловки развились из древних, куда более примитивных ловушек.
Её предок - лук со стрелой и верёвкой-датчиком с приманкой. Лук со стрелами развился, в свою очередь, из копьеметалки с копьём. Копьеметалка - это простая упругая палка, а копьё - симбиоз остроконечника и палки. А двусторонне обработанный остроконечник эволюционировал из одностороннеоббитых олдувайских орудий.

Imperor. Попробуйте эту ссылку http://zhurnal.lib.ru/t/tajsaew_d_m/ewoljucijaetnichnostxkulxturadoc.shtml
Насчёт фотосинтеза Вы меня убедили. Там действительно скорее всего игра не будет стоить свеч. Во всяком случае для модели хоть в общих чертах напоминающей человеческую.
Но в принципе аналоги эвглены по способу питания среди позвоночных теоретичеси могли бы быть. Например я бы мог себе представить малоподвижные формы вроде черепах, с множеством отростков, напоминающих солнечные батареи, зелённого цвета, улавливающие свет.
Но тут есть определённые естественно-эволюционные ограничения, как правильно отмечает и DNAoidea. Но я это немного по другому мыслю, если ты выбрал пассивный путь эволюции, тогда ты точно остановишься в развитии в смысле усложнения. В природе действительно не бывает суперхищников, покрытых тяжолой бронёй как черепахи или-или. Но это лишь по причине того, что броня тут же изменяет направление отбора, а не потому что это нельзя совместить. К тому же такие глубокие ароморфозы возможны лишь на ранних этапах эволюции, когда ещё биологическая материя достаточно для этого пластична. Танк же имеет и тяжолую броню и мощное наступатеольное вооружение. Или более конкретный пример. Сейчас самый перспективный транстпорт это гибридный, бензиновый электромобиль. Который работает на бензине, а когда надо может переходить на аккумуляторы. Кстати даже такие гибридные тролейбусы уже вроде появились. Поэтому я думаю, что такие модификации часто невозможны по причине ограничений естественного отбора, а не по причине их нецелесообразности.

Цитата: "Ярослав Смирнов"

Цитата: "Дж. Тайсаев"Ярослав Смирнов. Даже если нуклеотид и можно считать единицей информации, то уж точно это не два бита.

Именно 2 бита. Было бы 2 нуклеотида, был бы 1 бит, было бы 8 нуклеотидов, было бы 3 бита, а 4 нуклеотида - 2 бита. Что бы ответить на вопрос, какой именно нуклеотид находится в данной позиции, нам надо задать два вопроса "да/нет". Пример:
- Это А или Т?
- Да.
- Это А?
- Нет.
И мы знаем, что это "Т".

Вы тут предлагаете систему, которая используется например в Прологе. Это весьма специфический язык, основанный на деревьях и графах. В целом же информация представленна, не в виде последовательных опросов по принципу да-нет, а в виде целостных массивов данных.

Цитата: "DNAoidea"тем не менее, упомянцтые вещи вполне реалтны и количество людей, страдающих от проблем с позвоночником, а ещё от расширения вен на ногах - тоже весьма велико, и эти вещи - это отнюдь не сотрясение воздуха.

1. Надеюсь, Вы понимаете, что данные болезни - это просто издержки прямохождения. То есть, недостатки данного технического решения локомоции. Если хотите доказать обратное (что можно было сделать лучше) - то докажите - сделайте лучше.
2. Данные заболевания - отнюдь не являются повальными. Не так уж много людей, страдающих остеохондрозом, позвоночными грыжами и расширением вен. Гораздо больше людей, страдающих самыми разными сердечно-сосудистыми заболеваниями. А если верить проктологам, то у каждого четвертого человека - геморрой.
3. Люди всегда были охотниками. Нынешняя цивилизация - это ненормальная ситуация для человеческих генов. Характер движений и нагрузок охотника в его повседневной деятельности резко отличается от характера движений и нагрузок, например, земледельца или программиста. Т.е. мы имеем в данном случае нагрузки, на которые исходная конструкция просто не рассчитана. Стоит ли мне упоминать, что позвоночная грыжа, например, чаще всего встречается у бывших штангистов, или это итак ясно?

Цитата: "Imperor"Подобное рассуждение содержит в себе тавтологию - выживание выживающих.

Цитата: "DNAoidea"Где там это? Выживают не те, кто имеет безупречную структуру, а те кто имеет стратегию оставление себе подобных лучше, чем сосед - а уж на чём она построена - на отточенной структуре или на массовом, не особо точном производстве - это уже не суть важно для отбора. И всё, это была мысль. я сколько не напрягаю своё воображение увидеть там вашего вывода не могу.

Есть, есть там эта тавтология. Например, представьте себе, что качество генов всей Вашей системы (некоей популяции) медленно ухудшается. Тогда выживать будут не лучшие среди лучших. Чтобы выжить в этой популяции, достаточно быть "лучшим среди худших". В результате, вся Ваша система (популяция) медленно "сползет" к вымиранию. И атомы, из которых когда-то состояла данная популяция, перейдут к своему наиболее устойчивому состоянию (СО2, H2O, N2 и др.). Второе начало, однако...  :wink:
Вы же верите, что естественный отбор может "держать" данную популяцию в определенных рамках качества. Ну так докажите эту свою веру.
Более того, Вы верите, что естественный отбор будет даже улучшать (!) качество популяции. Ну так докажите и это тоже.
И пока мы этого не докажем, креационисты вправе упрекать нас в спекулятивности наших "эволюционных" рассуждений.

Цитата: "DNAoidea"я уже тут на форуме как-то писал - жизнь это завихрение энергии на пути к её минимуму - то есть к этим молекулам. Но не иной путь и уж тем более, не к иной цели. Однако эволюции совершено безразлично что там впереди - её важно только как можно больше сделать извилистым путь - потому что длиннее путь - больше возможностей наплодить своих копий, которые будет медленнее превращаться в названные вами молекулы, а стало быть на этом завихрении таких существ будет больше. И всё. Но это и есть эволюция.

Вот это я как раз и называю - "синергетическими спекуляцими"  :lol: Очень яркий пример, спасибо
Не скрою, сам грешен Тоже люблю порассуждать о "завихрениях энергии" Но я хотя бы осознаю, что это спекуляции (хотя лично мне они кажутся весьма похожими на правду).
Чтобы показать, что это не спекуляции, нужно доказать (экспериментально, или хотя бы на моделях), что эти "завихрения энергии", действительно, могут "завихриться" до такой степени, что по земле человек побежит.

Цитата: "crdigger"Испoльзoвaние бaктерий - все рaвнo oчевиднoе рaстoчительствo, oни пoтребляют прoцентoв 50 минимум энергии, a верoятнее - 90. Кoрoвa в день ест 30-50 кг сенa.

ну а если позаимствовать у них этот ген? температур для них поддерживает всё равно корова, и при их численности и глубокой симбиотичности возможностей на то была масса, наверняка, значит что-то мешает.

Цитата: "Дж. Тайсаев"Но, я хоть и весьма далёк от молекульрной биологии знаю, что элементарный информационный код это конечно не нуклеотид, а триплет.

триплет это только для белков, а есть ещё рибозимы - функциональные РНК, регуляторные последовательности, сайты, определяющие укладку хроматина (у эукариот) и прочее - там уже единица - нуклеотид, но там считать информативность уже совсем тяжело, так что:

Цитата: "Дж. Тайсаев"Далее, нужно ещё учитывать великое множество пустых участков генома, которые фактически работают вхолостую. С другой стороны есть такое явление как взаимодействие генов и это не только плейотропное взаимодействие, это различные виды комплексного представления информации.

потому полностью согласен - почти невозможно подсчитать сколько информации сидит в геноме, притом что есть и материнский эффект.

Цитата: "Imperor"то тогда эта генная сеть исключительно сильно напоминает искусственный конструктор (типа "Лего"), с резко ограниченным числом бессмысленных степеней свободы,

напоминает-то она, но что эти свободы ограничивает - это материнская клетка, которая задаёт уже рельсы для будущего организма, и потому перекомбиновываться он не может как угодно.

Цитата: "Imperor"В свете Ваших рассуждений, супермаркету проще выращивать лук, чем закупать его у поставщиков  

почему? для того чтоыб выращивтаь лук, нужно очень много всего, чего в супермаркете нет, а чтобы разлагать целлюлозу... наверное нужно намного меньше.

Цитата: "Ярослав Смирнов"Когда с развитием нанотехнологий упадёт цена на сиквенс и синтез ДНК, и будут созданы нормальные проги для моделирования 3Д структуры белка (и не только белка), с оценкой функции, с нормальными библиотеками, тогда каждый толковый школьник сможет написать биологический вирус так же просто, как и компьютерный.

я так думаю... что 3D белка не прописано однозначно в его первичной структуре... а определяется она взаимодействием с другими белками. И вообще, видимо, очень многое в организмах не сидит в каждом из поколений, а передаётся из поколения в поколение - наподобие того как работают программы использующие рекурсию (это одно из того немного что я помню из программирования) - и это, когда наступит эпоха геномики, будет наверное самым серьёзным препятствием для "чудес" генной инженерии. Это моё ИМХО.
Современные мышеловки развились из древних, куда более примитивных ловушек.

Цитата: "Ярослав Смирнов"Но когда (если) цена значительно упадёт, вся современная флора и фауна вымрут быстрее мамонтов.

с чего? ведь просто синтезировать мало - надо ещё и знать что. А откуда мы сразу возьмём информацию о том что надо синтезировать чтобы всё так сразу вымерло?

Цитата: "Imperor"эта генная сеть исключительно сильно напоминает искусственный конструктор (типа "Лего"),

Так любой природный объект напоминает игру ''Лего''. Точнее наоборот: эта игра имитирует строение природного объекта: атомы, молекулы, кристаллы...

Отличие живых объектов от неорганических в том, что кубики там (белки, нуклеиновые кислоты, липиды) мягкие, способны принимать множество конформаций, и поэтому могут образовывать много разных комбинаций.

Мышеловка состоит из жёстких деталей, поэтому-то и не может постепенно эволюционировать, а в природе, сначала мягкая пасть, а потом уже отрастают зубы.

Относительно крахмала: какой уровень вопроса, таков и ответ.

Цитата: "DNAoidea"потому полностью согласен - почти невозможно подсчитать сколько информации сидит в геноме, притом что есть и материнский эффект.

Мы можем посчитать сколько информации содержится в книге, записанной в формате тхт? Можем, 1 буква в ascill - 1 байт, т.е 8 бит. Книга может привести к какому-либо гениальному озарению, может изменить всю жизнь человека, может быть простым набором пустопорожних фраз, но количество информации в ней мы вполне можем оценить, и сказать - данная книга весит 100 кб и она на дискету влезет, а другая весит 3 мб, а на дискету не влезет. То же самое касается генома человека или вируса  оспы. Геном вируса оспы можно записать на дискету, геном человека, после архивирования - на компакт-диск. Кое-что, конечно из наследственных факторов не пишется на ДНК, и сохранять эту информацию придётся в другом формате, но не думаю, что в эпигенетических факторах записано больше информации, нежели на ДНК.

Цитироватьс чего? ведь просто синтезировать мало - надо ещё и знать что. А откуда мы сразу возьмём информацию о том что надо синтезировать чтобы всё так сразу вымерло?

Ну так сразу, с нуля, никто писать не будет. То Вася какой-нибудь создаст вирусов для борьбы с немодифицированной кукурузой, потом Петя из чисто хулиганских побуждений разработает полиантибиотикоустойчивый штамм возбудителя чумы, затем Леночка переработает розы так, что они будут давить всю природную флору, дальше - больше, отработают новые биохимические схемы, более экономичные и эффективные.