paleoforum.ru

Цитата: "Ярослав Смирнов"Фишка в том, что вирусы, вероятнее всего - полифилетическая группа, и все они являются паразитами.

Конечно полифелетическая, и ещё как!

Цитата: "Ярослав Смирнов"Впрочем, тогда импероры начнут вопить, что между рибоцитом и прокаритной клеткой - пропасть, и закрыть эту пропасть можно будет только после детального изучения нанобактерий.

а что между ними лежит что-то другое? Да, отдельные компоненты вирусов можно найти в иных организмах, это понятно, может быть мимивирусы ближе всего стоят к каким-либо предковым клеткам, и они, видимо, являются не иссечённым участком генома некой клетки, классический пример чего, скорее всего, ретровирусы, а целой клеткой, вставшей на путь "вирусизации". Но я не понимаю, вообще к чему речь вести о вирусах в разговоре о происхождении жизни?! Можно ещё поговорить, скажем, о экосистемах барьерного рифа, только к чему? Вирцсы не являются рудиментами тех времён, я думаю этого не надо никому объяснять тут (у нас же тут не Астрофорум), ни могут быть моделью первичных организмов. А тогда к чему этот разговор? Ав от что такое нанобактерии толком пока никто не знает...

Цитата: "DNAoidea"я не понимаю, вообще к чему речь вести о вирусах в разговоре о происхождении жизни?! .

Насколько я понимаю, речь не о вирусе, а о реконструкции РНК-ового мира.

Сейчас методами ''эволюции в пробирке'' уже создано несколько РНКовых ферментов. Почитайте  Muller: Re-creating an RNA world. Cell Mol Life Sci 2006, 63(11):1278-1293. В какой-то из веток недавно был приложен pdf файл этой статьи.

http://wsyachina.narod.ru/biology/life_genesis_5.html

ЦитироватьТеория очень древняя, распространённая ещё в Китае, Египте и Вавилоне. в Греции она нашла проявление в учении Эмпедокла об органической эволюции. Её же придерживался и Аристотель. Согласно ему, определённые частицы вещества несут в себе ,,активное начало", способное в подходящих условиях создать живой организм. Это ,,начало" по мнению Аристотеля можно обнаружить в оплодотворённом яйце, гниющем мясе, тине и солнечном свете:
,,Таковы факты — живое может возникать не только в результате спаривания животных, но и разложения почвы... Некоторые растения развиваются из семян, а другие самозарождаются под действием сил природы из разлагающейся земли или определённых частей растений..."
Однако, с приходом Христианства, особенно в Средние века, теория спонтанного зарождения оказалась под гнётом Церкви. Её считали атрибутом колдовства и проявлением дьявольщины. Тем не менее, она продолжАЛА существовать.

А я бы сказал "продолжАЕТ существовать".

ну и зачем намеренно смешивать божий дар с яичницей? Самозарождение это одно, это когда появляется готовый организм de novo, возникновение жизни - другое - это когда de novo появляется нечто, способное эволюционировать в организм в современным понимании.
я всё давно хочу вас спросить, Imperor, если вы отрицаете происхождение жизни, то стало быть вы предполагаете, что они была вечно, чего не может быть, если был Большой Взрыв, но вы где-то писали, что вам и эта теория не нравится, стало быть должно быть нечто другое, и откуда-то должна была взяться энергия, притом достаточно высококачественная. Тогда скажите, как вы себе представляете происхождение Вселенной, если не через Большой Взрыв, который не вяжется с вашими взглядами на жизнь, только то что Вселенная существовала вечно в нынешнем виде тоже не проходит, потому что превращение водорода в гелий и скатывание всех ядер к железу 56, процесс необратимый и идёт он слишком быстро чтобы Вселенная могла существовать "приближено вечно", а если вы говорите, что этот процесс обратим в рамках Вселенной, то скажите как. Механизм. Кроме того, если Вселенная вечна, то ваши подсчёты о невозможности происхождения жизни из-за низкой вероятности рассыпаются в прах, потому как если она вечна, путь даже и конечна в пространстве, то это значит лишь, что такие вещи как жизнь возникают в ней очень редко... к примеру раз в триллион лет... или квадрильон... но какое это имеет значение если она Вечна?
P. S. Честно говоря, на эмоциональном уровне, мне бы и самому хотелось бы чтобы на очень больших временно-пространственных промежутках прирост энтропии был бы обратим, и Второй Закон Термодинамики не работал бы для всей Вселенной в целом, или структуры могли бы иметь бесконечную лестницу переходов вверх по энтропии, то есть она могла бы убывать бесконечно, или ещё что... но увы... пока об этом можно только мечтать.

Цитата: "DNAoidea"Конечно полифелетическая, и ещё как!

Как Вы наверняка знаете, существует три основные теории происхождения вирусов:
1. Вирусы - потомки доклеточных форм жизни, утратившие в ходе эволюции механизмы трансляции и транскрибции.
2. Вирусы - потомки прокариот.
3. Вирусы - потомки "взбесившихся" фрагметов клеток, теория "депривации фрагментов клеток".
Вероятнее всего верны все три гипотезы.

Цитата: "Ярослав Смирнов"Вирцсы не являются рудиментами тех времён, я думаю этого не надо никому объяснять тут (у нас же тут не Астрофорум), ни могут быть моделью первичных организмов.

Я бы не был столь категоричен. 1 гипотеза до сих пор живёт и здравствует. Что такое рибоцит? Это РНК-молекула, способная к саморазмножению, т.е. имеющая в своём составе РНК-зРНК-п. У реовирусов их РНК-зРНК-п входит в состав самого вируса, в некоторых случая достоверно известно, что имеет белковую природу - белок внутреннего капсида. Если же подтвердятся слухи о том, что по крайней мере у некоторых видов она имеет рибозимную природу (такие рибозимы известны, структура одного из них даже расшифрована, но их наличие в реовирусах не доказано), то такие вирусы (точнее их РНК-овые "ядра") смогут расти на бесклеточной (но, вероятнее всего, гидрофобной) среде с нуклеотидами.
Вот, кстати, пара интересных ссылок:
http://bio.fizteh.ru/student/biotech/mimivirus.html
http://www.sciam.ru/2005/3/biotechnology.shtml

2Imperor. Ознакомился с приведёнными Вами ссылками. Насколько я понял, гипотеза об высоком содержании кислорода в катархейской атмосфере за счёт фотолиза паров воды - это чисто Ваши собственные домыслы, основанные лишь на слабом знании химии, бо в присутствии восстановительных газов (в первую очередь водорода, образующегося в той же реакции) кислород снова связывается.
Пройдясь по Вашим ссылкам могу суммировать: Первичная атмосфера - восстановительная, возникла как следствие восстановительного протопланетного облака. В ходе аккреции восстановительные газы в огромном количестве связывались с реголитами. Дальнейшая эволюция атмосферы происходила под действием следущих основных факторов - дегазация восстановительных газов из реголитов (основное значение ему придаётся в модной ныне "холодной" гипотезе, получившей очередное подтверждение в ходе исследования кристаллов циркония, ссылка во вчерашнем посте), выделение вулканических газов (восстановительных в начале гравитационной дифференциации недр - пока железо и никель не ушли в ядро, и преимущественно нейтральных в конце) из мантии. Быстрая дегазация реголитов маловероятна - по мнению тех Сорохтина и Ушакова. Водород, испаряясь с поверхности Земли охлаждал её, метан, напротив - парниковый газ. Вода в относительно прохладной атмосфере - конденсировалась, и поглощала углекислый газ. Если бы на Венере была бы вода, то там не содержание кислорода повысилось, а концентрация углекислого газа упала бы, с последующим охлаждением атмосферы, ещё большей конденсацией воды и была бы планета с примерно земным климатом (как её и представляли астрономы XIX века). Возможно, что вода в атмосфере Венеры исчезла именно вследствии фотолиза и последующего испарения водорода и связывания кислорода. Лично я сильно сомневаюсь в том, что наша атмосфера прошла "Венерианский этап" с последующим "Великим дождём" (для которого пока не придумали причины), скорее склоняюсь к тому, что процессы дегазации водорода образовали петлю отрицательной связи - повышение температуры поверхности - усиление дегазации водорода - охлаждение поверхности. Другие петли отрицательной связи замкнули океаны (хоть и относительно мелкие) - наличие буферных реакций и появление ледников. Вода хорошо отражает солнечные лучи, и уменьшение площади океанов (с ростом ледников, известном например, для гуронского периода) приводило к усилению разогрева поверхности. Отдельная статья - различные химические реакции, каталитические и автокаталитические, которые и привели к появлению жизни.

Цитата: "Ярослав Смирнов"

Цитата: "DNAoidea"Конечно полифелетическая, и ещё как!

Как Вы наверняка знаете, существует три основные теории происхождения вирусов:
1. Вирусы - потомки доклеточных форм жизни, утратившие в ходе эволюции механизмы трансляции и транскрибции.
2. Вирусы - потомки прокариот.
3. Вирусы - потомки "взбесившихся" фрагметов клеток, теория "депривации фрагментов клеток".
Вероятнее всего верны все три гипотезы.

Цитата: ""DNAoidea""Вирцсы не являются рудиментами тех времён, я думаю этого не надо никому объяснять тут (у нас же тут не Астрофорум), ни могут быть моделью первичных организмов.

Я бы не был столь категоричен. 1 гипотеза до сих пор живёт и здравствует. Что такое рибоцит? Это РНК-молекула, способная к саморазмножению, т.е. имеющая в своём составе РНК-зРНК-п. У реовирусов их РНК-зРНК-п входит в состав самого вируса, в некоторых случая достоверно известно, что имеет белковую природу - белок внутреннего капсида. Если же подтвердятся слухи о том, что по крайней мере у некоторых видов она имеет рибозимную природу (такие рибозимы известны, структура одного из них даже расшифрована, но их наличие в реовирусах не доказано), то такие вирусы (точнее их РНК-овые "ядра") смогут расти на бесклеточной (но, вероятнее всего, гидрофобной) среде с нуклеотидами.
Вот, кстати, пара интересных ссылок:
http://bio.fizteh.ru/student/biotech/mimivirus.html
http://www.sciam.ru/2005/3/biotechnology.shtml

Хм, ну может я несколько погоряисля, только говорить, что реторовирусы, и уже тем более мимивирусы, о чём речь в ссылках эт нечто сохранившиеся со времён доклеточной жизни... чересчур смело... потому что может и ретровирсы и имеют РНК зависимую РНКазу из рибозимов, но куда деть тогда паразитизм? То есть жили раньше как все, а потом мир стал меняться, и они решили, что лучше стать паразитами. конечно, скажем так, это возможно, может быть даже и без рибозимной РНК зависимой РНКазы - тогда можно сказать, что они просто взяли у кого другого этот фермент. Однако тогда приходится предположить ещё и то, что все ретротранспосзоны у нас в геноме это следы этих вирусов, а не наоборот. Вообще-то... думаю, что транспозиции вообще это рудимент первичного океана - когда ещё не было чётко оформленных клеток, то каждый сливался\ел кого хотел и соответственно рвалась и сшивалась ДНК... или что у них там было. То есть вопрос сводится тогда фактически к тому, на какой стадии ретровирусы стали действовать самостоятельно, или же, был ли период когда не было на Земле вирусов вовсе, или же концентрирование генов в клетки шло неравномерно, и и кто-то остался за их пределами и образовал в конце концов вирусы.

Цитата: "Ярослав Смирнов"в присутствии восстановительных газов (в первую очередь водорода, образующегося в той же реакции) кислород снова связывается.

ну это не означает, что его совсем нет, означает это только то что, количество кислорода зависит от того, куда сдвинуто равновесие реакции, однако вот если в атмосфере имелся свободный водород или что ещё восстановленное, скажем метан, то тут уже количество шансов у кислорода задержаться в атмосфере в сколько-нибудь заметной количестве уже очень мало...

Цитата: "DNAoidea"может и ретровирсы и имеют РНК зависимую РНКазу из рибозимов, но куда деть тогда паразитизм? То есть жили раньше как все, а потом мир стал меняться, и они решили, что лучше стать паразитами.

Ретровирусы не имеют РНК-зРНК-п, они имеют РНК-зДНК-полимеразу. Это одноцепочечные РНК-вирусы, не исключено, что наследники тех времён, когда РНК уступала ДНК роль долговременного носителя информации. А реовирусы - двухцепочечные РНК вирусы. Для их жизненного цикла ДНК вообще не требуется. Что же касается перехода к паразитизму, то белковые ферменты всяко лучше работают, чем рибозимы, да и без капсида в наше время не шибко-то проживёшь.

Цитироватьконечно, скажем так, это возможно, может быть даже и без рибозимной РНК зависимой РНКазы - тогда можно сказать, что они просто взяли у кого другого этот фермент. Однако тогда приходится предположить ещё и то, что все ретротранспосзоны у нас в геноме это следы этих вирусов, а не наоборот.

Есть версия, что всё наше ядро - потомок мимовирусов.

Цитироватьну это не означает, что его совсем нет, означает это только то что, количество кислорода зависит от того, куда сдвинуто равновесие реакции,

В атмосферных условиях (и даже в условиях двигателя внутреннего сгорания) равновесие резко смещено в сторону синтеза воды.

Цитата: "Ярослав Смирнов"Что же касается перехода к паразитизму, то белковые ферменты всяко лучше работают, чем рибозимы, да и без капсида в наше время не шибко-то проживёшь.

ну так и что? ну лучше, ну ен проживёшь, что это говорит про возникновение жизни и  месте в ней вирусов?

Цитата: "Ярослав Смирнов"Есть версия, что всё наше ядро - потомок мимовирусов.

а на чём оно основано, и где следы клеточности нашей клетки без ядра и почему ядерная мембранная соединена с эндоплазматической, а та, с клеточной?

Цитата: "Ярослав Смирнов"В атмосферных условиях (и даже в условиях двигателя внутреннего сгорания) равновесие резко смещено в сторону синтеза воды.

резко это сколько процентов? Кроме того, у нас полно биогенного кислорода, который, понятно оказывает на этот процесс влияние.
Кстати, вот на элементах интересная статья в том числе и про кислород на древней Земле:
http://elementy.ru/news/430368

Цитата: "DNAoidea"ну так и что? ну лучше, ну ен проживёшь, что это говорит про возникновение жизни и  месте в ней вирусов?

Есть такой подход - каждый существовавший когда-то организм был более приспособлен к среде, чем его предшественники (ибо сумел их вытеснить), и менее приспособлен, чем его последователи (ибо они его вытеснили). Так и рибоциты, схожие с реовирусами были эффективнее отдельных молекул РНК - которые "реплицировались" крайне неточно и только  в условиях "переодическое высыхание - разведение", но менее эффективны, чем "нормальные" прокариоты, имевшие белковые ферменты и ДНК для хранения информации. Вот и пришлось им перейти к паразитизму, благо внутренняя среда клеток не сильно отличается от мультиламеллярных липосом эуархея.

Цитироватьа на чём оно основано, и где следы клеточности нашей клетки без ядра и почему ядерная мембранная соединена с эндоплазматической, а та, с клеточной?

Насчёт мимивирусов вообще мало что известно,что и открывает большой простор для "творческого поиска", сиречь для "беспочвенных спекуляций". А основывается на "симбиотической теории" происхождения эукариот, и том, что мимивирус - простейшие из организмов, содержащих как РНК, так и ДНК. Клетка без ядра - это гипотетическая РНК-овая прокариота. Одни из них были заражены ретровирусами - и научились переписывать инфу на "свободную" ДНК, а другие - мимивирусами, и получили ядро. Те, кто не научился переписывать инфу на ДНК - были менее эффективны чем ДНКовые организмы, и, вероятнее всего, вымерли. Впрочем, РНК-зРНК-п обнаружена в некоторых бактериях и растениях, да и большая часть даже широко распространённых бактерий и вирусов (не говоря уже о нанобактериях) нами не изучена - см. тему "Некультивируемые микроорганизмы", так что простор для спекуляций здесь просто огромен.

Цитироватьрезко это сколько процентов? Кроме того, у нас полно биогенного кислорода, который, понятно оказывает на этот процесс влияние.

Почти 100,000%. А при наличии биогенных или абиогенных восстановительных газов - метан, водород, молекулярный кислород фактически не образуется, ибо атомарный кислород "предпочитает" реагировать с ними.
Спасибо за ссылку, кстати там же -
http://elementy.ru/news/164924

Цитата: "Ярослав Смирнов"Вот и пришлось им перейти к паразитизму, благо внутренняя среда клеток не сильно отличается от мультиламеллярных липосом эуархея.

беда только тут в том, что как раз реплицироваться у вирусов получается очень хорошо...

Цитата: "Ярослав Смирнов"
Насчёт мимивирусов вообще мало что известно,что и открывает большой простор для "творческого поиска", сиречь для "беспочвенных спекуляций". А основывается на "симбиотической теории" происхождения эукариот, и том, что мимивирус - простейшие из организмов, содержащих как РНК, так и ДНК. Клетка без ядра - это гипотетическая РНК-овая прокариота. Одни из них были заражены ретровирусами - и научились переписывать инфу на "свободную" ДНК, а другие - мимивирусами, и получили ядро. Те, кто не научился переписывать инфу на ДНК - были менее эффективны чем ДНКовые организмы, и, вероятнее всего, вымерли. Впрочем, РНК-зРНК-п обнаружена в некоторых бактериях и растениях, да и большая часть даже широко распространённых бактерий и вирусов (не говоря уже о нанобактериях) нами не изучена - см. тему "Некультивируемые микроорганизмы", так что простор для спекуляций здесь просто огромен.

хм... да, в самом деле огромен... главно что нельзя сказать за и против...

Цитата: "DNAoidea"беда только тут в том, что как раз реплицироваться у вирусов получается очень хорошо...

У современных вирусов, особенно у высокопатогенных (именно их лучше всего исследуют), для полимеризации нуклеиновых кислот используются преимущественно белковые ферменты - или клетки хозяина, или содержащиеся во внутреннем слое капсида самого вируса.  А вот чем синтезирует свою РНК вирус синего языка овец, или уже упоминавшийся вирус Кемерова - пока неизвестно (известно только, что силами самого вируса). Может быть и действительно рибозимом, а может быть и плохо РНК от белков очистили.

Цитата: "DNAoidea"хм... да, в самом деле огромен... главно что нельзя сказать за и против...

Главное, что сейчас мы не можем исключить теорию РНК-мира, и, потому у нас нет необходимости каких-то "демонов Имперора", необходимых всяким еретикам-латинянам.

Цитата: "Ярослав Смирнов"А вот чем синтезирует свою РНК вирус синего языка овец, или уже упоминавшийся вирус Кемерова - пока неизвестно (известно только, что силами самого вируса). Может быть и действительно рибозимом, а может быть и плохо РНК от белков очистили.

ну и замечательно если рибозимом, но только тогда получается, что рибозим может обскакать белковый фермент (клетки) и это...

Цитата: "Ярослав Смирнов"Главное, что сейчас мы не можем исключить теорию РНК-мира,

А зачем исключать? (мне тогда аж подпись переделывать придётся! :wink: ) понятно, что не всё там известно наперечёт, но и исключать ни к чему. Понимаю, что кое кому очень хочется, но одного хотения мало

Цитата: "DNAoidea"ну и замечательно если рибозимом, но только тогда получается, что рибозим может обскакать белковый фермент (клетки) и это...

В некоторых условиях возможно. Т.е. общий принцип - "ферменты-белки эффективнее рибозимов", не означает, что любой белок эффективнее любого рибозима. К примеру, рибозимы в целом эффективнее белков в условиях низких температур, возможно, что их ниша - медленно- или вообще неразмножающиеся клетки. В общем - надо искать.

ЦитироватьА зачем исключать? (мне тогда аж подпись переделывать придётся! :wink: ) понятно, что не всё там известно наперечёт, но и исключать ни к чему. Понимаю, что кое кому очень хочется, но одного хотения мало

Всяким латинянам-креационистам хочется. Но они пока обламываются.