paleoforum.ru

Цитата: "sss"

Цитата: "Комбинатор"то нужно просто посмотреть, какие конкретно изменения в каких конкретно генах  привели к приобретению бактериями этой способности. Потом нужно подсчитать вероятность ...

Это само собой разумеется. Только - а оно Вам нужно? (с) Лучше гляньте про панспермию и темпы эволюции, я там выше для Вас вывесил.

Мне то действительно может  не особо нужно, так как я далёк от фанатских разборок СТЭ versus ЭТЭ. А вот сторонникам как той, так и другой теорий, подобный расчёт, я думаю, мог бы существенно добавить аргументов в споре.

Цитата: "Комбинатор"мне совершенно непонятны как основания для утверждения, что 10^40  это мало, так и утверждения, что это даже много. Hужно просто посмотреть, какие конкретно изменения в каких конкретно генах  привели к приобретению бактериями этой способности. Потом нужно подсчитать вероятность того, что независимый мутаногенез разных генов приведёт к сочетанию именно таких мутаций хотя бы у одной бактерии (различая при этом летальные, нейтральные и полезные мутации). Только после того, как подобные оценки будут сделаны, можно будет делать хоть какие-то выводы о сочетании реальных сроков эксперимента, проделанного природой, с основами СТЭ.

В принципе может быть несколько разных белков с одинаковыми функциями, более того они могут иметь совершенно разные АК-е последовательности. Но мы не знаем всех таких белков, потому что они не присутствуют (или вообще никогда не присутствали) в живом мире. Поэтому такая оценка сроков эволюции от одного конкретного белка, имеющего функцию Х, к любому из белков с функцией Y должна получиться  завышенной.

Цитата: "Alexy"
Дело в том, что в принципе может быть несколько разных белков с одинаковыми функциями, более того они могут иметь совершенно разные АК-е последовательности. Но мы не знаем всех таких белков, потому что они не присутствуют (или вообще никогда не присутствали) в живом мире. Поэтому такая оценка сроков эволюции от одного конкретного белка, имеющего функцию Х, к любому из белков с функцией Y получится  завышенной.

Я согласен.
Значит, нужно учитывать ещё ферментативную активность разных белков, то есть, как говорят в квантовой механике, подсчитать интеграл по траекториям. Конечно, это та ещё задачка, но тут ведь вчера некоторые (не будем показывать пальцем) утверждали, что моделирование эволюции бактерий - не сложнее моделирования эволюции звёзд. :wink:

Цитата: "sss"
Лучше гляньте про панспермию и темпы эволюции, я там выше для Вас вывесил.

Посмотрел. В принципе, о второй новости я читал уже несколько дней назад. Что касается первого интервью, то со статьями А.Д.Панова я знаком уже достаточно давно и во многом с ним согласен. Кстати, нечто подобное я утверждал в своей статье ещё аж за 2003-ий год, правда, оценки скорости эволюции там были очень приблизительными, в основном, с точностью до порядка величины. У Панова в этом смысле всё строже и точнее.
В любом случае, спасибо за информацию.

Комбинатору.
Что касается "внезапного" появления бактерий, а также всяческих математических выкладок о "вероятностях", "времени, необходимом для ..." и т.д. - поясню свою позицию.
Как Вы знаете, я действующий исследователь.  Кроме того, я довольно много и (по отзывам знакомых биофизиков и  математиковв ранге докторов и кандидатов) достаточно профессионально использую математику для объяснения и описания биологических процессов. Так вот, я достаточно хорошо понимаю все сильные и слабые стороны математического моделирования и всяческих экстраполяций применительно к реальным процессам.
И я слишком часто наблюдал (и в природе, и в экспериментах, и на моделях), как одна плавная кривая внезапно и резко переходит в другую (тоже плавную). В таких случаях экстраполяция по одной кривой даёт абсолютно неверные представления о реальности. В качестве иллюстрации могу кинуть свежие данные из последних экспедиций (модель и практически совпадающая с ней реальность).

Кроме того, я считаю, что мы слишком мало (пока) знаем о предбиологической эволюции (я имею в виду физико-химические механизмы процессов предбиологической самосборки). Вполне может случиться, что эти процессы происходили исключительно быстро, как вообще очень быстро происходят химические реакции. Я уже неоднократно приводил пример самосборки кристалла, "невозможной" с точки зрения теории вероятности без учёта фих-химии процесса.

Могу пояснить и такой аналогией. Процесс формирования (и эволюции) звёзд из атомов водорода шёл исключительно медленно. Однако процесс появления атомов водорода произошёл исключительно быстро.

Вот, собственно, моя позиция.

Цитата: "sss"Как Вы знаете, я действующий исследователь.  Кроме того, я довольно много и (по отзывам знакомых биофизиков и  математиковв ранге докторов и кандидатов) достаточно профессионально использую математику для объяснения и описания биологических процессов. Так вот, я достаточно хорошо понимаю все сильные и слабые стороны математического моделирования и всяческих экстраполяций применительно к реальным процессам.
И я слишком часто наблюдал (и в природе, и в экспериментах, и на моделях), как одна плавная кривая внезапно и резко переходит в другую (тоже плавную). В таких случаях экстраполяция по одной кривой даёт абсолютно неверные представления о реальности. В качестве иллюстрации могу кинуть свежие данные из последних экспедиций (модель и практически совпадающая с ней реальность).

Кроме того, я считаю, что мы слишком мало (пока) знаем о предбиологической эволюции (я имею в виду физико-химические механизмы процессов предбиологической самосборки). Вполне может случиться, что эти процессы происходили исключительно быстро, как вообще очень быстро происходят химические реакции. Я уже неоднократно приводил пример самосборки кристалла, "невозможной" с точки зрения теории вероятности без учёта фих-химии процесса.

Могу пояснить и такой аналогией. Процесс формирования (и эволюции) звёзд из атомов водорода шёл исключительно медленно. Однако процесс появления атомов водорода произошёл исключительно быстро.

Вот, собственно, моя позиция.

Аналогия с образованием атомов водорода и звёзд, имхо, неприемлима, ибо она идёт отнюдь не под действием отбора.
Конечно, возможны резкие скачки кривых, и экстраполяция не всегда корректна. Но если у нас нет иной информации, заставляющей предпологать наличие скачка, то выдумывать его только для того, что бы объяснить появление бактерий - явное нарушение принципа бритвы Оккама. Положим, у вас есть график из тридцати точек, которые неплохо апроксимируются гиперболой. Есть ли вероятность, что замерив тридцать первую точку, мы обнаружим существенное отклонение от гиперболического закона? Да, конечно есть. Но с существенно большоей вероятностью она всё же должна лечь  на всё ту же гиперболу. Кстати, при выборе правильной физической модели из спектра возможных в физике часто применяется некий аналог бритвы Оккама - принцип наименьшей длинны описания.
Кстати, как я уже писал выше, проблему я вижу не столько в быстроте предбиологическйо эволюции (там действительно эволюция могла идти  по другим, не дарвиновским законам), сколько в быстроте эволюционного скачка от ДНК(РНК), способных кодировать лишь один, очень примитивный белок, до ДНК типичной бактерии. От коротких самокопирующихся кусочков РНК или ДНК до классической бактерии - дистанция огромного размера.

Цитата: "Комбинатор"Аналогия с образованием атомов водорода и звёзд, имхо, неприемлима, ибо она идёт отнюдь не под действием отбора.

Я имел в виду не отбор, а мысль, что "этапы эволюции" в цепи
точка сингулярности > кварки > водород > звёзды
имели разную природу и разные характерные времена. Собственно, это была иллюстрация, и Вы поняли основную мысль.

Цитата: "Комбинатор"Конечно, возможны резкие скачки кривых, и экстраполяция не всегда корректна. Но если у нас нет иной информации, заставляющей предпологать наличие скачка, то выдумывать его только для того, что бы объяснить появление бактерий - явное нарушение принципа бритвы Оккама.

Да не выдумываю я ничего, и цели у меня "объяснить появление бактерий" нет и не было! Я просто указываю на такую возможность, причём, имхо, вполне вероятную.

Цитата: "Комбинатор"Положим, у вас есть график из тридцати точек, которые неплохо апроксимируются гиперболой. Есть ли вероятность, что замерив тридцать первую точку, мы обнаружим существенное отклонение от гиперболического закона? Да, конечно есть. Но с существенно большоей вероятностью она всё же должна лечь  на всё ту же гиперболу.

Нет, таки кину графики из последних экспедиций. Посмотрим, что потом скажете.  :wink: Кину в личку, сейчас только найду.

Цитата: "Комбинатор"От коротких самокопирующихся кусочков РНК или ДНК до классической бактерии - дистанция огромного размера.

Имхо, как раз очень маленькая. Достаточно объединить варианты, катализирующие разные реакции, в одной фосфолипидной капсуле - и практически готовая бактерия.

Цитата: "sss"
Имхо, как раз очень маленькая. Достаточно объединить варианты, катализирующие разные реакции, в одной фосфолипидной капсуле - и практически готовая бактерия.

Откуда там разные реакции? Абсолютное большинство реакций в бактерии призваны удовлетворять специфические нужды самой бактерии. При этом, собственно для саморепликации ДНК-РНК нужна лишь их очень небольшая часть.
Вообще, я поражаюсь вашему оптимизму! А вы попроуйте накромсать ДНК какой-нибудь бактерии на фрагменты в пару десятков нуклеотидов и поместить весь этот суп в фосфолипидную капсулу. Если при этом самособерётся бактерия, нобелевку я вам гарантирую!  

Цитата: "sss"
Нет, таки кину графики из последних экспедиций. Посмотрим, что потом скажете.  :wink: Кину в личку, сейчас только найду.

Хорошо, кидайте. Как раз будет возможность оценить вероятности подобных поворотов сюжета хоть на каких-то реальных биологических данных.

Отправил.

Цитата: "sss"Отправил.

Получил. С нетерпением жду вторую часть!

Эти графики, плюс последний (Diauksia.png - получили?) думаю, объясняют, почему я отношусь к экстраполяциям с известной осторожностью.

Цитата: "sss"Эти графики, плюс последний (Diauksia.png - получили?) думаю, объясняют, почему я отношусь к экстраполяциям с известной осторожностью.

А я, в свою очередь, в ответе в личку обьяснил, почему они, на мой взгляд, прекрасно согласуются с тем, что я писал выше про старика Оккама.

Цитата: "Ярослав Смирнов"Большинство изобретений, на которые были взяты патенты никогда не реализуются на практике.

Я не очень понял, к чему Вы это? Я надеюсь, что патенты выдаются все же на работающие изобретения? А будут они востребованы или нет - это уже дело третье.
Я говорил совсем о другом. Повторяю. Допустим, у нас в мозгу уже есть нейронные сети (нейроны, определенным образом соединившиеся в соответствующие сети), которые отражают образы устройства каменного топора, механических часов и электронных часов.
Почему у нас далее идет соединение по целесообразным нейтронным связям, если в нашем "нейронном пространстве" нет выделенных направлений?
Я еще раз повторяю, почему наш мозг не выдает решения типа:
"...в металлическом корпусе часов лежит кусок топорища каменного топора с прислоненными к нему двумя шестеренками, которые соединены между собой микросхемой, примотанной кожаными жгутами?"

ЦитироватьА как для обоснования возможности естественного абиогенного синтеза органических веществ можно прибегать к ссылкам на лабораторные опыты?

Очень просто. Вы когда-нибудь слышали про воспроизводящий эксперимент? Тут, правда, главное - соблюсти исследовательскую честность - пытаться действительно, воспроизвести некие условия, а не подогнать эти условия под свою гипотезу.

Цитата: "Игорь Антонов"Что касается ЭТЭ, рассматриваемой в качестве  альтернативы СТЭ, то, действительно, сейчас она оппонирует СТЭ прежде всего  на почве адекватного объяснения микроэволюционных механизмов.  Но мне близка и представляется более перспективной  (в том числе,  и для  объяснения возникновения новых систем),  общая  концепция ЭТЭ -  что новые формы, имеющие эволюционное значение,  являются результатом  формообразовательных реакций организма  на изменяющиеся условия.

А каким образом появились эти формообразовательные реакции (даже если докажем их существование)? Не в результате ли отбора случайно возникавших механизмов регуляции?