paleoforum.ru

Цитата: "Imperor"

Цитата: "Dims"

Цитата: "Игорь Антонов"Что особенно интересно - почти неотличимый другой вид циклопов, в тех же прудах обитающий, прекрасно обходится без диминуции. То есть, этот сложный комплексный процесс является ещё и необязательным, опциональным для собственно выживания.

Вот это да! Вы только что доказывали, что малейшее нарушение этого процесса фатально, а теперь с лёгкостью говорите, что он не особенно нужен даже и весь? И ещё, похоже, считаете это доводом в свою пользу!?

Dims! НУ ХВАТИТ УЖЕ ГНАТЬ ПУРГУ! ПОЖАЛУЙСТА!

Имперор, не надо нервничать. Я понял, ято Дмитрий Антонов имел в виду: он хочет сказать, что этот процесс не нужен для выживания, потому как у одного есть, а у другого очень похожего нет, и при этом коль скоро процесс есть, то выбивание любой его части при оставлении остальных фатально. Действительно, я тоже не понимаю для чего ДХ вообще нужен. Но мы не знаем ка тот и другой рачки к нему пришли. Вы не думатее, что другой очень похожий мог его утратить? Ведь это проще, чем преобрести. Кроме того, он может быть прямым потомком общего предка у котого ДХ ещё не было. И ещё - откуда утверждения, что выпадения куска процесса фатально? Есть соответсвующие данные с мутантными эмбрионами? А также то, что эти механизмы по отдельности не встречаются где-то ещё, кроме ДХ?

Цитата: "Imperor"
Dims! НУ ХВАТИТ УЖЕ ГНАТЬ ПУРГУ! ПОЖАЛУЙСТА!

Аналогичная просьба. Могу тоже большими буквами напечатать.

Цитата: "DNAoidea"Я понял, ято Дмитрий Антонов имел в виду: он хочет сказать, что этот процесс не нужен для выживания, потому как у одного есть, а у другого очень похожего нет, и при этом коль скоро процесс есть, то выбивание любой его части при оставлении остальных фатально.

Ну не может так быть! Математически невозможно! Это как 2*2=5. С одной стороны, утверждается, что наличие процесса является глобальным минимумом, из которого невозможно выбраться, поскольку вокруг на любом расстоянии ещё бОльшие стенки. А с другой стороны спокойно демонстрируется совершенно ДРУГОЙ минимум. Верно может быть только что-нибудь одно. Если есть стенки, то в них нет дырок. Если есть одна дырка, то скорее всего их много.

ЦитироватьДействительно, я тоже не понимаю для чего ДХ вообще нужен.

Семёёён Семёёёнович! Он нужен не "зачем", а существует "почему". Почему? Ну так ведь ранее был дан ответ: потому что процесс достаточно цельный. Это не локальный минимум, но какая-то система лощин на потенциальной поверхности, из которой трудно выбраться.

Вообще, можно утверждать, что ЕСЛИ системы существуют (то есть, ЕСЛИ существуют наборы признаков, которые в совокупности образуют частино-устойчивую комбинацию, в которой нарушение любого элемента сравнительно фатально), то они притягательны для эволюции. Они образуют нечто вроде заводей, в которых застревает поток развития.

Цитировать

ЦитироватьВедь в природе отбор в подавляющем большинстве случаев может фиксировать только сразу целые определенные наборы мутаций.

Почему?

Dims и DNAoidea
Потому что изменение одной  либо нескольких  АК активного центра белка будет с очень большой вероятностью или не влиять на приспособленность, или снижать ее, либо вообще фатальным. Повышать приспособленность будет только очень малая доля от всех возможных комбинаций нескольких мутаций.
Это проверяется экспериментально: случайной перетасовкой АК.

Так что от одного доменного семейства к другому "мелкими шажочками" не перейти.

Могу выслать статью желающим (если предоставите е-мэйл)
"Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds" Douglas D. Axe, Journal of Molecular Biology, Volume 341, Issue 5 , 27 August 2004, Pages 1295-1315

Там оценивается  доля АК-последовательностей, которые формируют функциональный домен,
от всех возможных АК-последовательностей определенной длины.
Эта доля равна 1 из 10^77.

(Правда согласно другим более ранним исследованиям функциональные АКислотные последовательности менее редки, в статье есть ссылки)
Цитата:
This is a difficult problem to approach experimentally, however, and no clear picture has yet emerged. A number of studies have suggested that functional sequences are not extraordinarily rare, while others have suggested that they are. One of two approaches is typically used in these studies.
1) The first, which could be termed the forward approach, involves producing a large collection of sequences with no specified resemblance to known functional sequences and searching either for function or for properties generally associated with functional proteins. If the relevant sort of properties can be found among more or less random sequences, this provides a direct demonstration of their prevalence.
2) The second approach works in reverse from an existing functional sequence. Here, the question is how much randomization a sequence known to have the relevant sort of function can withstand without losing that function.

Цитата: "Dims"С одной стороны, утверждается, что наличие процесса является глобальным минимумом, из которого невозможно выбраться, поскольку вокруг на любом расстоянии ещё бОльшие стенки. А с другой стороны спокойно демонстрируется совершенно ДРУГОЙ минимум. Верно может быть только что-нибудь одно. Если есть стенки, то в них нет дырок. Если есть одна дырка, то скорее всего их много.

Ну не обязательно же раз минимум, значит глобальный. Локальный тоже может быть. Впрочем что именно имел в виду Игорь Антонов я не знаю.

Цитата: "Dims"Вообще, можно утверждать, что ЕСЛИ системы существуют (то есть, ЕСЛИ существуют наборы признаков, которые в совокупности образуют частино-устойчивую комбинацию, в которой нарушение любого элемента сравнительно фатально), то они притягательны для эволюции. Они образуют нечто вроде заводей, в которых застревает поток развития.

Так ведь если лощины существуют, то рачки что-то выигрывают, когда идут по ним, поскольку вызваны они отбором (по определению), стало быть, что они должны выигрывать когда становятс на этот путь. Однако, возможно, что они просто движутся по всем этим густо переплетённым лощинам (скорее всего так и есть), и кто-то просто попадает в их переплетение - то есть ДХ, а кто-то нет. Но тогда ДХ должно быть ямой среди этих лощин - иначе было бы много случаев, когда его "кусок" (функционально - то есть не значит в половине хромосом происходит, а в половине нет, а какие-то функции необхоимые для этого происходят, а каие-то нет, поэтому ДХ не происходит вовсе) есть, а всего нет. Хотя возможно, что и это имеется. Но если ДХ таки углубление, то значит, по опредлению, должно давать какое-то приемущество.

Цитата: "Alexy"Повышать приспособленность будет только очень малая доля от всех возможных комбинаций нескольких мутаций.
Это проверяется экспериментально: случайной перетасовкой АК.

Так что от одного доменного семейства к другому "мелкими шажочками" не перейти.

Это опять тезис. В общем высылайте статью. Мыло
andrey.rudoy@gmail.com
будем смотреть, как построен этот расчёт. Кстати, по тому, что вы написали, получается, что мы берём просто произвольные последовательности аминокислот и смотрим сколько из них будут функциональны. Тогда как в природе происходит не от проиизвольных последовательных, а от уже функциональных. И насколько различные функции перекрываются тоже в каждом отдельном случае будет не одно и тоже. И что понимается под "функциональными"? Сколько процентов активности?

Цитата: "Alexy"Могу выслать статью желающим (если предоставите е-мэйл)

Мне тоже, если можно, пожалуйста вышлите:
ilja_rookhlenko@mail.ru

DNAoidea! Ну, ладно. Ваши аргументы, безусловно, заслуживают внимания. Поэтому я, хоть и продолжаю очень сильно сомневаться в возможности "самозарождения" домена, все-таки решил еще почитать, подумать над всем этим делом. Вероятно, надо будет подробно рассмотреть конкретные случаи... Например, синтез воска, который я привел в статье в качестве примера - когда и у кого впервые появились ферменты, синтезирующие данный класс химических веществ... Поэтому пока я делаю перерыв в данной дискуссии.

DNAoidea! В теме "Научный креационизм vs научный атеизм" я после своей статьи привел еще одну (англоязычную) статью по данной проблематике. Более подробную и глубокую. Вы ее просмотрели?

Цитата: "Veniamin23"Видные ученые против дарвинизма:
http://rnd.cnews.ru/natur_science/news/top/index_science.shtml?2006/06/26/226195

Слюшай, мил человек, ты где такой трава берёшь, скажи да, уже! Столько ссылка-мылка даёшь, жалко што ли, э-э-э...

Цитата: "Veniamin23"600 ученых против дарвинизма

В каком-то учебнике по КСЕ я вычитал, что сейчас в мире насчитывается около 7.000.000 ученых...

Цитата: "Veniamin23"Потомки обезьяны перешли на мычание, что и требовалось доказать.

Вы по-моему до туалета не добежали, Веня. модераторы о вашем спмерстве уже знают.
Имперор - сейчас посмотрю.

Цитата: "DNAoidea"
Ну не обязательно же раз минимум, значит глобальный.

Это да. Но там так рассуждается, что кажется, что глобальный.

ЦитироватьТак ведь если лощины существуют, то рачки что-то выигрывают, когда идут по ним, поскольку вызваны они отбором (по определению), стало быть, что они должны выигрывать когда становятс на этот путь.

Ну локально они что-то выигрывают. А глобально потенциальная поверхность может быть в этом районе похожа на изрытую лунками тундру. Там, сям стоят лужи и житель каждой лужи и не помышляет о переселении в другую. Но за миллиона лет их всё-таки разбросало по всей тундре.

ЦитироватьНо тогда ДХ должно быть ямой среди этих лощин

Может быть ямка с выходом. Просто выход очень витиеватый и не обнаруживается на той статистике, которая я нас есть. Всё таки мутации не ясновидящие, они могут достаточно долго искать выход, если он нетривиален. Поэтому, строго говоря, это могут быть и не закрытые ямки, но, поскольку найти ручей из них сложно, в них могут накапливаться геномы.

Цитировать- иначе было бы много случаев, когда его "кусок" есть, а всего нет. Хотя возможно, что и это имеется.

Нельзя же все варианты перебрать. А то когда "им" (условно говоря, креационистами) надо доказать, что эволюция невозможна, "они" насчитывают количества вариантов, исчисляющиеся числами с десятками нулей после запятой. А когда "им" надо показать, что проверено, что пути нет, "они" проверят сто вариантов и на этом ограничиваются.

ЦитироватьНо если ДХ таки углубление, то значит, по опредлению, должно давать какое-то приемущество

Оно даёт преимущество по отношению к некоторым (большинству?) участкам окружающего ландшафта. Но, возможно, не ко всем.

Конечно "все варианты перебрать" нереально.
Но это же овременная СТЭ предлагает перебирать любые варианты, пока не получит то, что подхватится отбором. Это невозможно, так как функциональные (но с разными функциями) последовательности отстоят друг от друго хотя бы на несколько точечных мутаций. Поэтому поиск новой функциональной последовательности тоже требует очень большого перебора (принимая современные представления об изменчивости).


DNAoidea
могут использоваться оба подхода:
The first, which could be termed the forward approach, involves producing a large collection of sequences with no specified resemblance to known functional sequences and searching either for function or for properties generally associated with functional proteins. If the relevant sort of properties can be found among more or less random sequences, this provides a direct demonstration of their prevalence.
The second approach works in reverse from an existing functional sequence. Here, the question is how much randomization a sequence known to have the relevant sort of function can withstand without losing that function...

Только что нашёл книженцию. Возможно там как-то освещены обсуждаемые проблемы?
http://rapidshare.com/files/8231641/DIRENE.rar password: dnathink

Directed Enzyme Evolution, Screening and Selection Methods
Methods in Molecular Biology кн.230
Ред. Arnold F.H., Georgiou G.
Humana Press; 2003; 370стр.
Table of Contents
        1. Generating Mutant Libraries Using Error-Prone PCR (pp. 3-10)
           Cirino, Patrick C.; Mayer, Kimberly M.; Umeno, Daisuke
        2. Preparing Libraries in Escherichia coli (pp. 11-16)
           Tobias, Alexander V.
        3. Preparing Libraries in Saccharomyces cerevisiae (pp. 17-22)
           Bulter, Thomas; Alcalde, Miguel
        4. Creating Random Mutagenesis Libraries by Megaprimer PCR of Whole Plasmid (MEGAWHOP) (pp. 23-28)
           Miyazaki, Kentaro
        5. Construction of Designed Protein Libraries Using Gene Assembly Mutagenesis (pp. 29-38)
           Bessette, Paul H.; Mena, Marco A.; Nguyen, Annalee W.; Daugherty, Patrick S.
        6. Production of Randomly Mutated Plasmid Libraries Using Mutator Strains (pp. 39-44)
           Nguyen, Annalee W.; Daugherty, Patrick S.
        7. Evolution of Microorganisms Using Mutator Plasmids (pp. 45-52)
           Selifonova, Olga; Schellenberger, Volker
        8. Random Insertion and Deletion Mutagenesis (pp. 53-64)
           Murakami, Hiroshi; Hohsaka, Takahiro; Sisido, Masahiko
        9. Random Oligonucleotide Mutagenesis (pp. 65-74)
           Sneeden, Jessica L.; Loeb, Lawrence A.
       10. Saturation Mutagenesis (pp. 75-84)
           Georgescu, Radu; Bandara, Geethani; Sun, Lianhong
       11. DNA Shuffling (pp. 85-90)
           Joern, John M.
       12. Family Shuffling with Single-Stranded DNA (pp. 91-98)
           Zha, Wenjuan; Zhu, Tongbo; Zhao, Huimin
       13. In Vitro DNA Recombination by Random Priming (pp. 99-104)
           Esteban, Olga; Woodyer, Ryan D.; Zhao, Huimin
       14. Staggered Extension Process (StEP) In Vitro Recombination (pp. 105-110)
           Aguinaldo, Anna Marie; Arnold, Frances H.
       15. RACHITT Gene Family Shuffling by Random Chimeragenesis on Transient Templates (pp. 111-128)
           Coco, Wayne M.
       16. The Creation of ITCHY Hybrid Protein Libraries (pp. 129-142)
           Ostermeier, Marc; Lutz, Stefan
       17. Preparation of SCRATCHY Hybrid Protein Libraries Size- and In-Frame Selection of Nucleic Acid Sequences (pp. 143-152)
           Lutz, Stefan; Ostermeier, Marc
       18. Sequence Homology-Independent Protein Recombination (SHIPREC) (pp. 153-164)
           Udit, Andrew K.; Silberg, Jonathan J.; Sieber, Volker
       19. Producing Chimeric Genes by CLERY In Vitro and In Vivo Recombination (pp. 165-174)
           Abecassis, Valerie; Pompon, Denis; Truan, Gilles
       20. Analysis of Shuffled Libraries by Oligonucleotide Probe Hybridization (pp. 177-188)
           Meinhold, Peter; Joern, John M.; Silberg, Jonathan J.
       21. Sequence Mapping of Combinatorial Libraries on Macro- or Microarrays Experimental Design of DNA Arrays (pp. 189-198)
           Abecassis, Valerie; Truan, Gilles; Jaffrelo, Loic; Pompon, Denis
       22. Sequence Mapping of Combinatorial Libraries on Macro- and Microarrays Bioinformatic Treatment of Data (pp. 199-211)
           Pompon, Denis; Truan, Gilles; Abecassis, Valerie

Цитата: "Alexy"Конечно "все варианты перебрать" нереально.
Но это же овременная СТЭ предлагает перебирать любые варианты, пока не получит то, что подхватится отбором. Это невозможно, так как функциональные (но с разными функциями) последовательности отстоят друг от друго хотя бы на несколько точечных мутаций. Поэтому поиск новой функциональной последовательности тоже требует очень большого перебора (принимая современные представления об изменчивости).

Не факт что везде это именно несколько точечных мутаций, каждая из которых разрушительна - может быть сочетние одной разрушительной с несколькими нейтральными или слабовредными. Не факт, что они не могут сочетаться - поскольку может быть и внутригенный кроссинговер с псевдогеном, кроме того, что такое "разные функции" и что такое функциональность воообще? В статье чёткий ответ на этот вопрос я пока не нашёл, хоть они его и задавали. Её читаю, но тяжёлая и большая, пока не могу понять как именно они сравнивали и что они понимают под reference sequenсe такдже как и то, как они выбираил белки для сравнения: поскольку если взять просто два гомологичных белка (как видимо они и сделали), то результаты будут некоррекными, поскольку они будут с большой вероятностью две ветви дерева, между которыми действительно пропость, поэтому надо брать консенсуз "куста" или ту последовательность, которая получается наиболее близко к общему предку - по филогенетическому дереву, но тут опять возникают трудности - с тем по каким критерия его составлять - речь ведь идёт о функциональных участках, а не о нейтральных заменах. Ещё возникает проблема в том, что сравнивая два белка с различными функциями мы молчаливо предпологаем, что между ними имеется эволюционная связь без участия третьей функция, которая, может быть существовала у некого звена, которого уже не сохранилось. Поэтому это тоже следует учитывать выбирая белки. То есть очень, очень много проблем получается...
Димс - полностью согласен с вами насчёт "лощин".

у нематод...
http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/abstract/109913493/ABSTRACT?CRETRY=1&SRETRY=0

Цитата: "Сергей"
И в технике с нуля ничего не делается: технический прогресс весьма похож на эволюцию жизни.

         Технический прогресс и есть один из вариантов эволюции. Есть ли у орудий труда рост? Да, хотя бы и в виде сборки на конвеере. Есть ли развитие? Да. Наследственность? Конечно! Каждый может видеть, что новая техника чем-то похожа на старую. Изменчивость? Да сколько угодно. Естественный отбор? Разумееется.

ЦитироватьА новые идеи - не более чем мутации, случайно возникающие при перетасовке старых решений. Просто при этом, как и в эволюции, нежизнеспособные монстры гибнут, ещё не родившись, в зародыше, то бишь, в подсознании.

Тут фишка ещё в том, что у биологических существ наследственная информация, механизмы её реализации, функциональные элементы хоть и разнесены по разным компараментам клетки, но почти всегда присутствуют в почти каждой клетке.
Технические системы эволюционируют в антропогенном окружении, потому и наследственная информация, механизмы реализации её, функциональные элементы могут быть вынесены за пределы организма и разнесены территориально (КБ, заводы, товары). И, соответственно, горизонтальный перенос сильно облегчён.