paleoforum.ru

Питер,
прошу прощения, никак не мог зайти (что-то глючило при входе на сайт). К сожалению, не могу понять, как именно предложенный вами эксперимент исключает возможность скептически настроенному "генетику-Питеру" утверждать, что мутации все-таки случайны.
И чем ваш эксперимент принципиально отличается от моих 4-х пп.?
На самом деле экспериментов с колями проводится масса (со сменой питательных сред, температуры). Во всех из них как правило  наблюдается специфичность [гипер]мутирования и довольно быстрая адаптация к условиям путем перестройки генома. В т.ч. и у неделящихся клеток.
Чтобы точно доказать направленность нужно отслеживать в реальном времени каждую мутацию (а не только окончательный результат), что в настоящее время технически невозможно.
Однако тенденция в трактовках за последние лет десять налицо: от полной случайности и хаотичности мутирования к признанию наличия специфичности и алгоритмирования перестроек днк при кризисе. Т.е там уже не хаос, а определенные черты системы (хаос лишь как составная часть упорядоченного процесса, запускающего конкретные каскады).
Статей с этими опытами я в свое время прочел немало, многие ссылки просто надо заново искать. Некоторые, которые быстро удалось восстановить:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&dopt=Abstract&list_uids=3045565
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=18688&rendertype=abstract
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=12737663&itool=iconfft
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=9096358&itool=iconpmc

Знаю, что вас сие ни в коей мере не убедит. Но я не ставлю такой задачи. Просто не отрицайте, что некоторые данные, допускающие иную трактовку характера мутаций (не хаотичные) все же имеются. Уж не говорю о Шапиро, который всю жизнь колей как раз изучает и прямо говорит об упорядоченности и системности геномных перестроек.

Игорь

По поводу моих взглядов. Психике я посвятил отдельную тему. Про живое я не раз высказывался. Может получается слишком отрывочно поэтому и не понятно. Поэтому я изложу полностью свои взгляды чуть позже в отдельной теме, надеюсь это сделают и другие возможные участники дискуссии.

По поводу гипотезы Пенроуза и Хамероффа. Может такой или похожий механизм реален. Но насколько я понял они предполагают что для реализации такого механизма необходима «подходящим образом организованная система». То есть как раз как возникает организованная система и какие организованные системы могут быть вообще, в их гипотезе никак не объясняется.
Второе. Не понятно каким образом связана гипотеза Пенроуза и Хамероффа с вашими утверждениями о том что психика протоплазмы является движущим фактором для перестройки генома. Как раз у Пенроуза и Хамероффа появление организованного тела является причиной психики, а не наоборот, как у вас психика является причиной появления организованного тела.
В третьих. По их гипотезе для животной психики необходимо появление цитоскелета, коего у прокариот нет. То есть по вашему выходит что психики протоплазмы у прокариот тоже нет?

По поводу психики человека. Все же говоря о психике протоплазмы вы имели ввиду возможность перестройки ею по своей воле генома своего организма. Не так ли? Тогда причем здесь реорганизация внешней среды? Почему вы отказываете человеку в возможности усилиями своей психики престраивать свой геном. Ведь насколько я понимаю для, например, обезьян в такой возможности вы не отказываете, иначе не понятно как они смогли проэволюционировать в человека.

Москвичу
Там  есть   один  элемент  -  сиквенс.  Принципиально     важный.
Если  мы  ставим  любой  эксперимент    на  старвацию  и  смотрим    переходит  из - в  +   фенотип  по  любому  признаку  -  мы  конечно  видим    адаптивно  направленные  мутации. При   этом  не  анализируется  весь  геном  в  целом -  хотя   там  мутаций  может  быть  по  сравнерию с  исходной  формой    не  меньше.  Понятно,   что есть   SOS  cистема  -    но  она  работает  на  весь   геном в  условиях   голодания.  Резко  стимулируются  все  мутационные  процессы  поисках  выхода  из  кризиса.  Кстати,  одна  из  ваших  ссылок  это  подтверждает  -  про  утилизацию  фенола.  Там  -   самые  разные  мутации,   приводящие  к  созданию  промотора. Разные -  то  есть      бактерии  методом  случайного  тыка  выбирают   работающий  вариант. А  сколько  там   произошло  не  работающих  мутаций,  нами   не  замеченных    по  чисто  методологическим  причинам -  бог  весть.

Цитата: "pavel"То есть как раз как возникает организованная система и какие организованные системы могут быть вообще, в их гипотезе никак не объясняется.

Также возникает организованная система,  как возникают атомы и молекулы - под управлением градиентов  сил природных законов, термодинамических потенциалов.

ЦитироватьВторое. Не понятно каким образом связана гипотеза Пенроуза и Хамероффа с вашими утверждениями о том что психика протоплазмы является движущим фактором для перестройки генома. Как раз у Пенроуза и Хамероффа появление организованного тела является причиной психики, а не наоборот, как у вас психика является причиной появления организованного тела.

У меня появление  в результате  физико-химических процессов организованного  тела  является  и причиной психики, и движущим фактором для перестройки генома. Здесь нет никаких нестыковок с гипотезой Пенроуза-Хамероффа.

ЦитироватьВ третьих. По их гипотезе для животной психики необходимо появление цитоскелета, коего у прокариот нет. То есть по вашему выходит что психики протоплазмы у прокариот тоже нет?

"В качестве возможного кандидата на роль предшественника цитоскелета  рассматриваются участвующие в клеточном делении прокариотические белки FtsZ и FtsA, имеющие сходство с тубулином и актином эукариотических клеток " - С. В. Шестаков
"О РАННИХ ЭТАПАХ БИОЛОГИЧЕСКОЙ ЭВОЛЮЦИИ С ПОЗИЦИИ ГЕНОМИКИ".

ЦитироватьПо поводу психики человека. Все же говоря о психике протоплазмы вы имели ввиду возможность перестройки ею по своей воле генома своего организма. Не так ли? Тогда причем здесь реорганизация внешней среды? Почему вы отказываете человеку в возможности усилиями своей психики престраивать свой геном. Ведь насколько я понимаю для, например, обезьян в такой возможности вы не отказываете, иначе не понятно как они смогли проэволюционировать в человека.

Ваше противопоставление ложно. Я не отказываю в гипотетической возможности перестройки по своей воле генома своего организма  "психике протоплазмы" ни человека, ни обезьяны.  
Отказываю же я в такой возможности способной к реорганизации внешней среды психике нервной системы человека (и обезьяны).

Игорь
Значит существуют разные психики в человеке – психика нервной системы и психика других клеток? Или как?

Цитата: "pavel"Игорь
Значит существуют разные психики в человеке – психика нервной системы и психика других клеток? Или как?

Материальная основа  всех форм психики может быть единой (та же редукция квантового состояния, например). Но если верна обсуждаемая гипотеза, то субъекты эволюционной психики и психики, проявляемой в непосредственной жизнедеятельности организмов, различны. Возможно,  эволюционный интеллект накапливает и обрабатывает информацию на много порядков инерционнее чем протекают процессы оперативной жизнедеятельности организмов.  То есть, это "гениальный тугодум". Тогда  изменение и усложнение  структуры живых организмов на первых этапах эволюции - это создание быстрой, неразумной, автоматной инфраструктуры медленно мыслящего интеллектуального ядра.  - Подобно тому как человек создаёт машины, выполняющие механические и вычислительные операции и решающие по придуманному им  шаблону прикладные задачи на много порядков быстрее его самого, но сами лишённые способности к мышлению, субъектности, творчеству.
И подобно тому как человек стремится делегировать интеллектуальность и на этот  скоростной уровень собственной автоматной периферии, создавая  системы ИИ, так и эволюционный процесс, возможно, решает в точности ту же задачу, но решает её более успешно.

P.S.
Я допускаю, что может быть прав Питер, и в обычной клетке нет ничего, кроме лишённой интеллекта биоавтоматики. Но какая тогда остаётся научная альтернатива СТЭ? - Только  гипотеза механистичного автогенеза, при  котором масса специализированных, высокоорганизованных, целесообразных  органов, вроде гидролокатора дельфина, автоматически порождается в процессе эволюции тонким распределением градиентов природных сил, случайно сформировавшимся именно таковым ещё в момент Большого Взрыва. Но на фоне этого  сюжета  и библейские истории окажутся верхом правдоподобия.

Игорь
Вот Игорь приходится вводить уже два вида психики. А в принципе по крайней мере у организмов каждого вида должна быть своя психика.
Все-таки вы не ответили. Психика нервной системы и психика других клеток по вашей классификации принадлежат к разным типам «проявляемая в непосредственной жизнедеятельности» и «эволюционная» соответственно. Что же нерная система никак не эволюционирует?
По поводу FtsZ-белков. Они не образуют цитоскелет прокариот, а участвуют в клеточном делении. То есть у прокариот психики нет. Не так ли?

Цитата: "pavel"Игорь
Вот Игорь приходится вводить уже два вида психики. А в принципе по крайней мере у организмов каждого вида должна быть своя психика.

Павел, ну вам ли, как философу, не владеть диалектикой  индивидуального и всеобщего? -

Есть явление программирования вообще, есть десятки конкретных языков программирования, есть миллионы конкретных программистов, в том числе и владеющих разными языками программирования.

Есть явление психики вообще, могут быть сотни конкретных реализаций психики, могут быть триллионы индивидуальных носителей психики, в том числе и совмещающих отдельные формы её реализации.

ЦитироватьВсе-таки вы не ответили. Психика нервной системы и психика других клеток по вашей классификации принадлежат к разным типам «проявляемая в непосредственной жизнедеятельности» и «эволюционная» соответственно. Что же нерная система никак не эволюционирует?

Да почему же она не эволюционирует?
Как раз эволюционирует – и в филогенезе, и в онтогенезе.

ЦитироватьПо поводу FtsZ-белков. Они не образуют цитоскелет прокариот, а участвуют в клеточном делении. То есть у прокариот психики нет. Не так ли?

Не так. В следующей работе выдвигают предположение, что и за рамками клеточного деления  нити FtsZ выполняют в прокариотической клетке функции цитоскелета - http://www.amsi.ge/jbpc/010101/full/jbpc010107.pdf

« During the period outside division, FtsZ does not diffuse freely as an inactive protein in the cytoplasm but contributes to the structural integrity of the cell by polymerizing and by associating with glycolytic enzymes into glycolytic hyperstructures.»

«It is generally believed that for much of the cell cycle FtsZ exists in a monomeric and inactive form in the cytoplasm before migrating to the equator to become a polymer active in cell division. We call the first part of this belief into question: firstly, it is just an assumption that as such should be questioned; and, secondly, the related protein tubulin is used by eukaryotic cells for a variety of functions in addition to cell division and, given the parsimony of bacteria, it would be surprising if they were to waste the opportunities afforded by the presence of a tubulin-like protein in many thousands of copies per cell. With the tubulin metaphor in mind, one evident rôle for FtsZ other than in cell division could be to contribute to the structural stability of the bacterial cell. Fine protofilaments of FtsZ running through the cytoplasm might help to hold cells together. Short filaments would be difficult to detect unequivocally as has been the case until recently for the actin-like filaments of MreB and Mbl in B.subtilis [56]. In fact high resolution immuno-fluorescence images of E. coli reveal a heterogeneous distribution of FtsZ with numerous foci [1] and another rôle for FtsZ could be proposed on the basis of the known association between eukaryotic tubulin and glycolytic enzymes.»

В следующей исследовательской работе приходят к выводу,   что структуры из FtsZ в прокариотической клетке функционально подобны тубулиновому цитоскелету - http://wwwlib.bionet.nsc.ru/EMBO/17/2/462.pdf

Игорь
Я не философ ни по образованию ни по профессии.
Есть миллионы программистов владеющих десятком языков программирования, а вот в вашем случае как раз получается что у миллионов разных организмов есть столько же, миллионы, разных психик (=миллионы программистов и у каждого свой язык прграммирования). То есть понятие психики обесценивается. Если психика порождение структуры клетки, то изменение структуры клетки (новый вид) соответствует новому виду психик. Если это не так то психика становится новым видом реальности наряду с материей.
По поводу прокариот. Гипотез разных много есть, но отсутствие цитоскелета у прокариот это факт экспериментальный.

Да уж понятно нервная система эволюционирует. Только она не должна этого делать если следовать вашей логике. А все-таки человек самопроизвольно эволюционировать может?

Цитата: "pavel"Есть миллионы программистов владеющих десятком языков программирования, а вот в вашем случае как раз получается что у миллионов разных организмов есть столько же, миллионы, разных психик (=миллионы программистов и у каждого свой язык прграммирования).

У каждого программиста свой личный  опыт и  своя индивидуальность в программировании, при наличии общих принципов и механизмов. Как и в психике - есть личность конкретного человека, есть общие механизмы.  
Какие проблемы?

ЦитироватьТо есть понятие психики обесценивается. Если психика порождение структуры клетки, то изменение структуры клетки (новый вид) соответствует новому виду психик.

При чём здесь какое-то "обесценивание"? Вы  психику продавать на базар понесёте?  
Множественность видов и структур клеток не исключает единства механизмов психики.  

ЦитироватьПо поводу прокариот. Гипотез разных много есть, но отсутствие цитоскелета у прокариот это факт экспериментальный.

Судя по  публикациям, ссылки на которые я привёл,  экспериментальным фактом становится наличие его аналога, построенного на белках FtsZ, гомологичных тубулинам. Вам "шашечки" нужны (само слово "цитоскелет")  или ехать?

Впрочем, вот вам и шашечки:

The prokaryotic cytoskeleton

The cytoskeleton was previously considered to be a feature only of eukaryotic cells, but recent research has revealed that homologues to all the major proteins of the eukaryotic cytoskeleton can also be found in prokaryotes. Although the evolutionary relationships are so distant that they are not obvious from protein sequence comparisons alone, the similarity of their three-dimensional structures provides strong evidence that the eukaryotic and prokaryotic cytoskeletons are truly homologous.

ЦитироватьДа уж понятно нервная система эволюционирует. Только она не должна этого делать если следовать вашей логике.

Что же препятствует по моей гипотезе эволюционировать нервной системе?

ЦитироватьА все-таки человек самопроизвольно эволюционировать может?

Конечно, человек в рамках своего индивидуального существования самопроизвольно эволюционирует как личность. Биологическая же эволюция вида не является предметом деятельности человеческой личности.

Игорь давайте по порядку.
Вы говорили что механизмы формирования эволюционной психики и психики повседневности (назовем ее так поскольку вы термина не предложили) один. Предположительно связан с цитоскелетом. Клетки человека имеют цитоскелет и следовательно обладают эволюционной психикой. Следовательно все-таки человек может эволюционировать по своей воле.
Если воля человека в обычном ее понимании принадлежит психике повседневности, то что такое «клетка может эволюционировать по своей воле». То есть должна быть воля эволюционной психики. Тогда какие проявления этого вида воли в жизнедеятельности человека. Ведь эта воля (эволюционная) должна как-то чувствоваться человеком чтобы он посредством ее мог управлять эволюцией собственного тела.
Давайте не будем касаться эволюции человека как личности. Сосредоточимся на его биологической эволюции. Что такое воля эволюционной психики и как ее можно ощутить чтобы управлять собственной эволюцией?


По поводу белка FtsZ лучше спросить у Маркова Александра как специалиста.
Александр, ответьте пожалуйста на несколько вопросов:
Действительно ли у прокариот обнаружен цитоскелет?
Если да то насколько велика его схожесть с таковым у эукариот?
И если да то на сколько широко он распространен среди прокариот?

Цитата: "pavel"Вы говорили что механизмы формирования эволюционной психики и психики повседневности (назовем ее так поскольку вы термина не предложили) один. Предположительно связан с цитоскелетом. Клетки человека имеют цитоскелет и следовательно обладают эволюционной психикой. Следовательно все-таки человек может эволюционировать по своей воле.

Павел, здесь нет никакого "следовательно". Уже  в общепризнанной "психике повседневности" есть уровень, который не контролируется волей человека – это подсознание. Тем более этой волей не контролируется гипотетическая эволюционная психика.

ЦитироватьЕсли воля человека в обычном ее понимании принадлежит психике повседневности, то что такое «клетка может эволюционировать по своей воле». То есть должна быть воля эволюционной психики. Тогда какие проявления этого вида воли в жизнедеятельности человека. Ведь эта воля (эволюционная) должна как-то чувствоваться человеком чтобы он посредством ее мог управлять эволюцией собственного тела.
Давайте не будем касаться эволюции человека как личности. Сосредоточимся на его биологической эволюции. Что такое воля эволюционной психики и как ее можно ощутить чтобы управлять собственной эволюцией?

Хорошо, придётся объяснять "на пальцах".
Представьте себе, что вам надели очки, которые переворачивают изображение  вверх ногами.   Через несколько дней болезненной адаптации вы начнёте видеть мир через эти очки нормально. Снимите их - мир опять перевернётся. При этом процесс  целесообразной и полезной перестройки "видеопроцессора" в вашем мозге абсолютно не будет контролироваться вашей  волей. Вы лишь ощутите на себе последствия его конструктивной работы.
Аналогичным образом может проявляться  (для вас) эволюционная воля.

Нет Игорь давайте не скрывать смысл и опять переходить на обычную психику человека.
Есть по вашему эволюционная психика. Она филогенетически (по вашей модели) даже  первичнее чем обычная психика нервной системы.  Я спрашивал Что такое воля эволюционной психики и как ее можно ощутить чтобы управлять собственной эволюцией? Вот я бы хотел проэволюционировать скажите пожалуйста как я могу ощутить эту волю?
И еще вы так и не ответили: механизм связи эволюционной психики с изменениями генома (эволюция)?
И еще: по-вашему психика эволюционная и психика повседневная порождаются одним и тем же механимом и одними и теми же структурами. Так как же их различить, почему они разные?

Цитата: "pavel"Нет Игорь давайте не скрывать смысл и опять переходить на обычную психику человека.
Есть по вашему эволюционная психика. Она филогенетически (по вашей модели) даже первичнее чем обычная психика нервной системы. Я спрашивал Что такое воля эволюционной психики и как ее можно ощутить чтобы управлять собственной эволюцией?

Павел, вы требуете не говорить о психике нервной системы человека  и сами же немедленно на неё "соскальзываете",  требуя участия человеческой воли в эволюционном процессе. Я же вам конкретно ответил – воля эволюционной психики находится вне контроля воли человеческой личности. Точно также, как и  физиологические  адаптивные реакции организма на воздействия среды находятся вне контроля воли человеческой личности.

ЦитироватьИ еще вы так и не ответили: механизм связи эволюционной психики с изменениями генома (эволюция)?

Естественная генная инженерия, управляемая эволюционным интеллектом. Пенроуз+Хамерофф+Шапиро+Анохин.

Цитироватьеще: по-вашему психика эволюционная и психика повседневная порождаются одним и тем же механимом и одними и теми же структурами. Так как же их различить, почему они разные?

Потому, что психика человека - вторичное явление по отношению к эволюционной психике. Если сам человек создаст когда-нибудь искусственный интеллект, отталкиваясь от механизмов  собственной психики,   вы ведь не станете удивляться,  когда это создание окажется "разным", отличимым от человека? И то же самое - если оно станет думать на несколько порядков быстрее своего Создателя, как сейчас уже быстрее считают вычислительные машины.

Игорь

Я и не имел ввиду психику нервной системы. Я просил:
определить волю эволюционной психики, а то не понятно чем же эволюция организма управляется?
И как эта воля ощущается организмом, например, человеком (не за счет нервной системы, а за счет ..... –назовите сами)?

Естественная генная инженерия это ведь не ответ. Должны же быть какие-то исполнительные механизмы. Хотя бы назовите факты которые указывают на их существование.

Вообще говоря психика нервной системы (присущая только нерным клеткам) это третий вид психики в вашей концепции на ряду с эволюционной психикой и психикой жизнедеятельности (которые присущи всем клеткам).
Так в чем их различие, если механизм их одинаков?
А почему собственно говоря мы не можем ввести психику почки, психику селезенки и т.д.?