Латеральная геномика

Автор Set O. Lopata, июня 17, 2006, 17:59:27

« назад - далее »

DNAoidea

Вектор на основе вируса? Ну вот примерно так выглядит: берём вирус, вырезаем у него те гены, которые вырезают его из хромосомы, вместо них пихаем нужные нам гены, потом видимо надо это всё размжить на культуре клеток вместе с вирусом-хелпером и с этого взять вирусы (среди которых есть и дефектные - с нужным нам геном) и заразить ими нужные организмы - часть из них будут содержать нужный нам ген. А вот если речь идёт о генной терапии, то здесь сложнее получается...
ссылки поищу

Питер

Фералис,  как  раз  проблемы  геноо-инженерного  переноса трансгена  очень  хорошо  показывают,  насколько  сложно  загнать  ген в  чужой  организм в  природных  условиях.
А  оно  вам  надо  ?

DNAoidea

Устроить трудно, но и получить мутацию в нужном месте тоже не просто, а уж сделать такую вещь как удвоение гена или экзана, к примеру, думаю, совсем тяжело. И тем не менее в эволюции примеров на то полно. Вот, кстати, нарыл пару ссылок (искал через гугл по словам eukaryotes"lateral gene transfer") :
http://www.pnas.org/cgi/content/full/100/13/7419

http://www.ingentaconnect.com/search/expand?pub=infobike://urban/581/2001/00000152/00000003/art00059&unc=

Вторая кроме абстракта ничего не даёт, но и так довольно ясно. Кстати, вот что пишут про перенос между эукариотами:
"Transfers between eukaryotes also occur, mainly into larger phagotrophic eukaryotes that ingest eukaryotic cells, but also between plant lineages. These findings have implications for eukaryotic genomic research in general, and studies of the origin and phylogeny of eukaryotes in particular."
Вот ссылка:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=15761667&dopt=Abstract
К сожалению только абстракт...

plantago

Третья статья -- в моем архиве (misc). Автор насчитывает 35 случаев, я могу добавить туда еще несколько им не учтенных (среди растений).
А вот и про растения (feralis, Вам везет, обзоры по этой теме появляются как грибы):
http://jxb.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/erl148v1
Еще 15 случаев. Полный текст статьи -- там же.
С уважением,
plantago

Питер

Обратите   внимание  на  две  вещи. Первое.  Чем  сложнее устроен  организм  - тем  меньше   вклада LGT  в  эволюцию.  Посмотрите  на   ссылку в PubMed.   Второе.  Никаих    транспозонов,  ретротранспозонов  при  этом  нет -  фагоцитировали   чужую  клетку,  недопереварили  - встроили  кусок  ДНК в  геном (ссылочка  на PNAS).
А  растения  я  для себя  всегда  выношу  за  скобки -  просто в  генетике  растений  я   не  специалист.
И  еще  одно.  Хромоцентр, я  не  понял  -  как связаны  между  собой LGT,   мутации  и  ду пликации   экзонов\генов ?
А  оно  вам  надо  ?

Питер

Цитата: "plantago"Третья статья -- в моем архиве (misc). Автор насчитывает 35 случаев, я могу добавить туда еще несколько им не учтенных (среди растений).
А вот и про растения (feralis, Вам везет, обзоры по этой теме появляются как грибы):
http://jxb.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/erl126v1
Еще 15 случаев. Полный текст статьи -- там же.

Плантаго,  или я  тупой  -  или вы  ошиблись с сылкой.  Прочитал   статью   и  не  наел  ни  слова  про  горизонтальный  перенос. Я еще  раз  говорю  что  плохо  знаю   все  что касется  ботаники -  может  быть, эти flower   like  terminal structure  и есть у  очень  удаленных    в  эволюционном  плане  вилов, но  причем  здесь LGT ?
А  оно  вам  надо  ?

plantago

Oops.. Ошибся ссылкой, извините. Это тоже интересная, кстати ;) но не по теме.
Правильная ссылка:
http://jxb.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/erl148v1
С уважением,
plantago

Питер

Два  ключевых  слова  -   митохондрии  и  паразитизм. Ядерный  геном остается  интактным.
А  оно  вам  надо  ?

DNAoidea

А что такое LGT? Что-то в ссылках, которые я давал такого нет... Питер и чем вам так не нравится горизонтальный перенос генов у Эукариот?
P. S. Единственое, что приходит в голову насчёт того, что такое LGT - это lateral gene transfer, но по-моему об этом мы как раз и говорим тут...

feralis

Спасибо за ссылки
Я их вчерно глянул но уже сейчас могу сказать что все не по теме
А потому надо сформулировать что есть горизонтпльная передача гена
Во первых
Все связанное с половым размножением  есть вертикальная передача
Эта тема сама сложна и требует отдельного разговора
ВО ВТОРЫХ
пЕРЕДАЧА ГЕНОВ ОТ ХЛОРОПЛАСТОВ В ЯДРО ИЛИ МИТОХОНДРИИ подходит под определение горизонтальной передачи
НО эта тема на форуме уже обсуждалась а потому отбросим

Словом обсуждаем мы передачу от ядра к ядру

Но и фагоцитоз не годится ибо не передается по наследству т е по менделю приобретение
И паразитическая агробактерия тоже самое

Ну вот и отмел я все ваши ссылки

Плантаго вы можете нам помочь
вот ознакомьтесь с статьей в Вики  http://en.wikipedia.org/wiki/Horizontal_gene_transfer

Там есть ссылка на Scientific American
я пытался получить статьи оттуда через Мобилот но увы видно популярными журналами там небогаты
Все ж через коллег в штатах вы можете наверное скачать статейки
Берг кстати дает в своей книге ссылки на этот журнал т е считает его достойным
Постарайтесь однако и форумчане будут вам благодарны
Неужели в Штатах их ваших знакомых никто его не читает и не поделится?

Питер
я тут подвесил несколько фото страниц иллюстрирующих что синтез инсулина  естественный
весьма отличен от синтеза путем генной инженерии
Это две большие разници
В природе проинсулина молекула кодируется одним геном а потом отрезается лишнее
Кроме того искусттвенный инсулин эффективнее естественного из за легких правок в
молекуле

я конечно согласен с вами что генная инженерия и горизонтальный перенос имеют общую основу
Но я хочу сказать что это не одно и тоже
В природе делается несколько иначе
Берг веть недаром избегает самих слов этих Генная инженерия о чем и говарит в конце своего двухтомника

Да я сам не без ляпов
как-то упоминул что вирус переносит онкоген
Но это не горизонтальная передача строго говаря ибо вирус может вырезаться да еще с лизисом
Хотя тут и есть передача по вертикали гена
Словом ген должен остаться тогда и будет передача
Я тут еще файлик подвесил о потере пластид если их ген клетке не нужен т е и тут все управляемо

Хромоцентр
Точечная мутация пока фантастика
Удвоение экзона думаю незачем
а вот аплификация гена без проблем и в природе и в пробирке

Я сейчас тоже завален пришедшими материалами так что извините если редко
буду реагировать на ваши ответы
Тема сложная надо работать а уж потом писать

feralis

потеря трудов генных инженеров

DNAoidea

Точечная мутация фантастика??? Почему? Удвоение экзона - в принцыпе ни к чему, но вообще мало ли что за задача может стоять? А почему после фагоцитоза ген не может передатья дальнейшим поколениям?

plantago

Цитата: "feralis"
Плантаго вы можете нам помочь
вот ознакомьтесь с статьей в Вики  http://en.wikipedia.org/wiki/Horizontal_gene_transfer
Там есть ссылка на Scientific American
я пытался получить статьи оттуда через Мобилот но увы видно популярными журналами там небогаты
Все ж через коллег в штатах вы можете наверное скачать статейки
Берг кстати дает в своей книге ссылки на этот журнал т е считает его достойным
Постарайтесь однако и форумчане будут вам благодарны
Неужели в Штатах их ваших знакомых никто его не читает и не поделится?
Искал я эту статью по журналам, нашел версию без картинок, даже PDF сделал, а потом увидел, что полная версия лежит в сети -- http://shiva.msu.montana.edu/courses/mb437_537_2004_fall/docs/uprooting.pdf
Найти по Google элементарно. Зачем время отнимать, feralis?
Сам W. Ford Doolittle эту статью даже в свой список публикаций не включает ;)
У него на сайте, кстати, много всего про H/LGT у прокариот. Сайт ищите сами ;)
С уважением,
plantago

Питер

Фералис,  большей частью    генно-инженерный  инсулин -   никак  не  модифицированный  по первичной   структуре  инсулин человека.  Да,  сейчас  есть  и  модифицированные  варианты -  но  пока  они в  клинику еще не введены.
Я  могу  еще  добавить  по  поводу  отличий.  Например,  природный  инсулин   гликозилирован.  А  генно-инженерный  -  нет.  Правда,  гликозилирование   сильно  не  влияет  на функцию  инсулина.
А  оно  вам  надо  ?

feralis

Когда я говарил о фантастичности точечных мутаций то имел ввиду прицельное попадание в точку в геноме
а не замену случайного нуклеотида
Вот научимся регуляции геномной тогда мутации управляемы
Но то лет через 9

Насчет апплификации экзонов
Это пример образования новых генов что пока искуственно в эукариотах тоже дело будущего
веть дополнительный экзон вызовет изменения в кодируемом белке

Почему  ген поглощенный фагоцитозом не передается по вертикали?
А геном разве знает что в нем прибавка?
как в случае с агробактерией  так и тут
Вот аналогия с установкой программ компьютерных
если просто скопировать в нужную папку программу с др компьютера то программа не будет работать-ее надо прописать
Вообще установка  это процесс интеграции программы в оперативную систему управляющую компьютером
геном эукариот мозаичный и все там зарегулировано и оперонов нет как у прокариот
А генная инженерия она на кишечной палочке пашет
Я веть недаром разводил генную инженерию и естественный перенос
Хотел показать разницу
веть у эукариот вставленный ген доолжен быть когда надо экспресирован а когда определяют др гены
Это у прокариот есть конвеер оперона

Я сейчас изучаю      Введение в генетику грибов
ю т Дьяков  а в Шнырева  А Ю Сергеев 2005 г
Решил интересные обобщения последние о интронах вывесить оттуда на форум
кстати пока у меня не сложилось впечатление что авторы считают
грибы жизненной формой
а это кто-то на форуме обронил