paleoforum.ru

Цитата: Baerlin от января 30, 2015, 05:47:53
Как только сложились подходящие физико-химические условия в водоеме, так ЭТО и возникло в виде слабого раствора. А затем это вещество регулярно смывалось в океан, где начало бороться за существование. Вся органика изомерна, вот подходящий изомер и начал прогрессировать.

Для модельного "начала" больше подошел бы "черный курильщик". Дело в том, что важны не "условия", а градиенты условий. Тогда бесформенное, безгенное, безоболочечное предживое - это катализатор самопроизвольных процессов рассеяния, организующий резкий градиент концентраций в условном пограничье система-среда, физически, как перепад энергий, это будет похоже на водопад. Предживое лишь работает над созиданием своей "потенции" за счет "совершенствования" (организации) русел встречных потоков.
  Черное море, как систему с концентрацией сероорганики, можно будет считать системой, средой же придется считать реку с поверхности. Тогда область "абиогенеза" - это там, где будет фиксироваться наиболее резкий перепад между "пресным и соленым".

Цитировать
Для модельного "начала" больше подошел бы "черный курильщик". Дело в том, что важны не "условия", а градиенты условий. Тогда бесформенное, безгенное, безоболочечное предживое - это катализатор самопроизвольных процессов рассеяния, организующий резкий градиент концентраций в условном пограничье система-среда, физически, как перепад энергий, это будет похоже на водопад. Предживое лишь работает над созиданием своей "потенции" за счет "совершенствования" (организации) русел встречных потоков.
  Черное море, как систему с концентрацией сероорганики, можно будет считать системой, средой же придется считать реку с поверхности. Тогда область "абиогенеза" - это там, где будет фиксироваться наиболее резкий перепад между "пресным и соленым".

Василий Андреевич, полностью согласен, что нужен проточный химический реактор. "Черные курильщики" идеальный вариант с огромными градиентами температуры, концентрации минеральных веществ и катализаторов, давления и процессами перемешивания и осаждениия. Но даже лужа имеет тонкие градиенты температуры в течение суток. Возможно и сейчас еще идут те же самые процессы создания предЛюков, но где? Решение рядом, но как всегда в науке, открытия совершаются случайно.

для жизни, и не только зарождения, всегда важен стык сред. если хорошо посмотреть на современную биосферу, то большая, чтобы не сказать подавляющая часть её продукции приходится на стык трёх сред - то есть там, где она скорее всего и зародилась. пелагиаль океана достаточно бедна жизнью из-за контака только двух. в чёрных курильщиках нет воздуха, но как видно этот компонент для самой первой жизни - до фотосинтеза, был скорее губителен, так конечно не было заметного кол-ва кислорода, но через него шёл ультрофиолет, что для первичных, "тонких" соединений было нестерпимо явно куда сильнее нынешних.

Цитата: Limfil от февраля 03, 2015, 01:58:19
на стык трёх сред

Вы имеете ввиду береговую линию? Или что?

Хоть вопрос и не ко мне, но поддержу Лимфила. Латераль - это самое, что ни на есть интересное. Правда для абиогенеза, наверное, опасное в смысле ультрафиолета. Хотя чем черт не шутит.

Цитата: Preguntador от февраля 03, 2015, 16:55:13
Вы имеете ввиду береговую линию? Или что?

и её тоже. а также почву (нет воды - нет жизни - см пустыни)

Цитата: василий андреевич от февраля 03, 2015, 20:45:12
Хоть вопрос и не ко мне, но поддержу Лимфила. Латераль - это самое, что ни на есть интересное. Правда для абиогенеза, наверное, опасное в смысле ультрафиолета. Хотя чем черт не шутит.

спасибо за поддержку. а от ультрафиолета есть пещеры, которые морские волны иногда прогрызают в прибрежных скалах. какой-нибудь сток нанесёт туда глины и пожалуйте - плодитесь и размножайтесь.

Цитировать

Цитата: iSceptic от января 19, 2015, 00:55:25позволяющего записывать и передавать потомкам не только белки, но и внешнюю форму, и внутреннюю структуру.

Цитата: Limfil от января 24, 2015, 23:52:45структуры чего?  комка молекул? липидные пузырьки умеют делиться сами по себе, нуклеиновая кислота - достраивать самостоятельно цепочку комплиментраную себе. ну да, сейчас для этого нужны полимеразы и ещё куча всего. но это когда есть много охотников на то, что получится. а когда охотников нет, то можно и достраивать цепочку медленно и с кучей ошибок - только дострой. будет что-то вроде твоей копии. а потом ещё.

структуры чего? да всего - структуры молекул ферментов, структуры ткани организма, форму организма в конце концов.

Цитировать

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 20:02:05
полагаю, что если таким способом отбирать белки, то и за триллион лет не управимся, учитывая их длину в сотни и тысячи "букв".

Цитата: Limfil от января 24, 2015, 23:52:45откуда вы взяли такую длинну в начале времён? даже ныне есть и гены мелкие - на десятки аминокислот. это теперь, когда большая часть длинны уходит на удержание нужной конфигурации активного центра белка. а когда только и требуется что просто какая-то, самая дохлая активность такой длинны и не надо.

даже еслив самом начале были только мелкие гены, то в любом случае когда-то должен произойти переход на значительные длины.

Цитировать

Цитата: iSceptic от января 18, 2015, 20:02:05
тем более это не объясняет появление механизма выделения начала генов.

Цитата: Limfil от января 24, 2015, 23:52:45появление генов вообще момент условный.
то есть - жизнь просто взяла на вооружение те процессы, которые происходят сами по себе - будь то метаболизм или репликация/трансляция/транскрипция. и постепенно довела их до состояни клетки с внятными механизмами.

я вас не понял: что значит "условный"? наверное это означает - такой на котором не стоит заострять внимание и пытаться объяснить?
также не понятно выражение "жизнь просто взяла на вооружение". упоминаемая "жизнь" по вашему разумна? да и следуя логике василия андреевича "будь то метаболизм или репликация/трансляция/транскрипция" это не более, чем словесные штампы.

Цитата: василий андреевич от января 26, 2015, 21:46:36
Ведь программисты с такой легкостью именуют ДНК кодом, что забывают - термин код является более словесным штампом.

интересно, а по вашему мнению, компьютерный код тоже является не более чем словесным штампом? да и авторские права наверняка тоже не более чем пустой шум?

Цитата: василий андреевич от января 26, 2015, 21:46:36Я как-то интересовался у "разумщиков", а как они отнесутся к абиогенезу в пробирке? Ответили - это будет доказательством, что живое Создано.

я полагаю, что "разумщики" будут удовлетворены в том случае, когда им покажут не только возникновение органических веществ в пробирке, но и образование первичного молекулярного генетического механизма и возникновение генетического кода. причем без стороннего вмешательства

Цитата: iSceptic от февраля 05, 2015, 01:02:01
интересно, а по вашему мнению, компьютерный код тоже является не более чем словесным штампом?

Вот Вы увидите на бумаге набор ноликов и единиц - ясен пень, это двоичный код. А для меня это кружочки и палочки. Весь геном состоит из комбинаций четырех знаков, знать ура, это четверичный код! Но для кого/чего, какое устройство его читает?
  А почему бы не сказать генетическая программа, на которой записана четкая последовательность поведения каждой молекулы и даже каждого атома в собираемой молекуле? Плюс перечень всех реакций на малейшие флуктуации в окружающей среде? Эдакий атомистический Творец или Демон.
  Берем зерно боба и видим зачаток, т.е. уже готовую форму, для которой уже, якобы, не нужен длинючий геном. Ан нет геном растений статистически ничуть не короче генома животного.

  Если произносим код, то надо четко указать сигнал, который кодируется для определенного декодера. Максимум, что можно сказать - ген закодирован для производства определенного белка. Но для того, что бы начать производство нужен целевой сигнал. Именно сигнал химически кодируется, что бы быть принятым не абы кем, а только определенным геном - дальше штамповка белка, пока не будет получен кодированный сигнал на прекращение штамповки.
  Нет в ДНК никакой записи о том, какой клетке какой ген включать, нет даже единого командного центра. Но в эмбрионе постоянно возникают клетки, работа генома которых, как предполагается, влияет на удаленные клетки через невыясненный пока механизм. Это, прежде всего клетки вдоль оси эмбриона, где работают НОХ гены, выдавая химическую (а может не только химическую) команду для генов клеток, ответственных за размножение в ткани элементов конечностей. Да тут столько всего, что моя голова лопнет даже от названий...
  Хотя есть, кто сравнивает ряды из четырех аминокислот с перфолентой. Знай себе, только декодируй сигналы из информационного поля Вселенной.

Цитата: василий андреевич от февраля 05, 2015, 02:43:07
Вот Вы увидите на бумаге набор ноликов и единиц - ясен пень, это двоичный код. А для меня это кружочки и палочки. Весь геном состоит из комбинаций четырех знаков, знать ура, это четверичный код!

здесь не могу не согласиться - не каждый набор палочек и кружочков является кодом. чаще это будут именно палочки и кружочки.

Цитата: василий андреевич от февраля 05, 2015, 02:43:07
  А почему бы не сказать генетическая программа, на которой записана четкая последовательность поведения каждой молекулы и даже каждого атома в собираемой молекуле? Плюс перечень всех реакций на малейшие флуктуации в окружающей среде? Эдакий атомистический Творец или Демон.

я не буду утверждать, что генетическая программа описывает такие подробности. но тем не менее скромно полагаю, что формы сложных молекул (ферменты, например) там должны быть как то описаны. многие процессы на молекулярном уровне могут идти в "автоматическом" режиме довольно простых химических реакций, которые, скорее всего, не требуют специального описания.

Цитата: василий андреевич от февраля 05, 2015, 02:43:07
  Если произносим код, то надо четко указать сигнал, который кодируется для определенного декодера.

по-моему кодируемый сигнал очевиден - это структура организма. и не только химический состав, но и общая форма, так сказать, колонии микроорганизмов.

Цитата: василий андреевич от февраля 05, 2015, 02:43:07Максимум, что можно сказать - ген закодирован для производства определенного белка.

я здесь вас поправлю: это максимум, что можно сказать, с помощью современных возможностей. но, скорее всего, в геноме закодированы и инструкции касающиеся "схемы сборки", которые могут "включаться" только до рождения, а уже после этого процесс идет в "автоматическом режиме" с некоторыми корректировками (половое созревание и проч.)

Цитата: василий андреевич от февраля 05, 2015, 02:43:07
  Нет в ДНК никакой записи о том, какой клетке какой ген включать, нет даже единого командного центра.

а мозг? разве он не может выдавать такие команды? но тем не менее, в ДНК есть записи, ограничивающие отдельные гены

Цитата: василий андреевич от февраля 05, 2015, 02:43:07
Но в эмбрионе постоянно возникают клетки, работа генома которых, как предполагается, влияет на удаленные клетки через невыясненный пока механизм. Это, прежде всего клетки вдоль оси эмбриона, где работают НОХ гены, выдавая химическую (а может не только химическую) команду для генов клеток, ответственных за размножение в ткани элементов конечностей. Да тут столько всего, что моя голова лопнет даже от названий...
  Хотя есть, кто сравнивает ряды из четырех аминокислот с перфолентой. Знай себе, только декодируй сигналы из информационного поля Вселенной.

да, а еще есть и такие,  которые называют "не только химические" команды энергией ци

Цитата: iSceptic от февраля 05, 2015, 00:54:04да всего - структуры молекул ферментов, структуры ткани организма, форму организма в конце концов.

ткани - это только особенность многоклеточных да и то не всех. форма - конечно свойственная всем, но не всегда - определённая. к примеру - Трихоплакс. микоплазмы - бактерии такие - это просто шарики - то есть формы никакой у них нет. во всяком случае определяют её только физические свойства жидкости, но не они сами.

Цитата: iSceptic от февраля 05, 2015, 00:54:04даже еслив самом начале были только мелкие гены, то в любом случае когда-то должен произойти переход на значительные длины.

увеличение длинны происходит путём удвоения уже оформившихся участков, слиянием разных генов, и т. д.

Цитата: iSceptic от февраля 05, 2015, 00:54:04я вас не понял: что значит "условный"?

условный значит - то что считать геном, а что - просто набором нуклеотидов решаем мы сами, а не какое-то фундаментальное свойство живой материи.

Цитата: iSceptic от февраля 05, 2015, 00:54:04также не понятно выражение "жизнь просто взяла на вооружение".

может выключите дурака? есть процессы в природе, которые жизнь использует. ну и направляет на выгодные функции (сейчас будет вопрос - а что значит - выгодные, а потом - что такое - функции). в общем если ничего не хотите понимать - так и скажите. а лучше не открывать тем вообще.

Цитата: Limfil от февраля 05, 2015, 20:11:02
увеличение длинны происходит путём удвоения уже оформившихся участков, слиянием разных генов, и т. д.

это справедливо для всех участков генома или только для участков, кодирующих белки? и интересно существуют ли исследования, позволяющие оценить время, затрачиваемое на эволюцию при использовании способа, указанного вами ("путём удвоения уже оформившихся участков, слиянием разных генов, и т. д")?

Цитата: Limfil от февраля 05, 2015, 20:11:02условный значит - то что считать геном, а что - просто набором нуклеотидов решаем мы сами, а не какое-то фундаментальное свойство живой материи.

а как же тогда объяснить наличие промоторов и терминаторов и прочих механизмов "форматирования"?

Цитата: Limfil от февраля 05, 2015, 20:11:02может выключите дурака? есть процессы в природе, которые жизнь использует. ну и направляет на выгодные функции (сейчас будет вопрос - а что значит - выгодные, а потом - что такое - функции). в общем если ничего не хотите понимать - так и скажите. а лучше не открывать тем вообще.

это я к тому, что "жизнь" по сути своей есть ни что иное, как высокоструктурированное сообщество молекулярных механизмов (даже можно назвать их нанороботами, если желаете). и я, учитывая это, предпочитаю описывать "жизненные" процессы с точки зрения функционирования молекулярного механизма, а не обходится какими-то туманными "терминами" вроде "которые жизнь использует", "направляет на выгодные функции", ну или "жизнь просто взяла на вооружение". подобными способами можно и большой адронный коллайдер за год в одиночку построить - это ведь просто большая труба с датчиками, не правда ли?

Цитата: iSceptic от февраля 06, 2015, 00:41:04
это справедливо для всех участков генома или только для участков, кодирующих белки?

для всех.

Цитата: iSceptic от февраля 06, 2015, 00:41:04
и интересно существуют ли исследования, позволяющие оценить время, затрачиваемое на эволюцию при использовании способа, указанного вами ("путём удвоения уже оформившихся участков, слиянием разных генов, и т. д")?

про слияние сказать действительно трудно. однако каждый ген состоит из модулей. и они вовсе не обязаны были появится в одном месте и времени. исследований времени расхождения генов - полно. ну и их изменения длинны конечно. длинна вообще не такой уж важный пареметер... какая разница сколько было там вставочных мутаций? вообще отсекаются отбором они в целом реже, чем дилеции - то есть пропажа куска ДНК...

Цитата: iSceptic от февраля 06, 2015, 00:41:04а как же тогда объяснить наличие промоторов и терминаторов и прочих механизмов "форматирования"?

также как и с остальными элементами - какой-то участок стал проявлять больше сродства к некому белку и всё. кстати, такие элементы обычно куда короче кодирующих последовательностей, а их консенсус - то есть диапазон вариабельность, при котором они могут связывать белок, довольно широк. то есть особых проблем тут нет вообще.

Цитата: iSceptic от февраля 06, 2015, 00:41:04это я к тому, что "жизнь" по сути своей есть ни что иное, как высокоструктурированное сообщество молекулярных механизмов (даже можно назвать их нанороботами, если желаете).

жизнь это нечто, что способно путём саморепликации противостоять разложению, задающимуся Вторым Началом, и ничего более. высоко- или низко - не важно. поэтому высоту лучше не учитывать.

Цитата: iSceptic от февраля 06, 2015, 00:41:04и я, учитывая это, предпочитаю описывать "жизненные" процессы с точки зрения функционирования молекулярного механизма, а не обходится какими-то туманными "терминами" вроде "которые жизнь использует", "направляет на выгодные функции", ну или "жизнь просто взяла на вооружение". подобными способами можно и большой адронный коллайдер за год в одиночку построить - это ведь просто большая труба с датчиками, не правда ли?

не правда. поскольку если бы вы были бы в теме, а не витали бы где в "высокоструктурированном сообществе" то обратили бы внимание, что жизнь использует вполне конкретные функции - и уже какие-то перечисленны в этой теме, а что такое эта ваша высота - совершенно не ясно. высота до какого уровня? в чём её измеряете, как?

Цитата: Limfil от февраля 06, 2015, 02:20:52
длинна вообще не такой уж важный пареметер... какая разница сколько было там вставочных мутаций?

ну вообщем-то не "какая разница". очень важно сколько там было вставочных мутаций. я надеюсь, что вы не будете умалять значения количества мутаций, если вдруг выясниться, что время осуществления необходимого количества мутаций вдруг превысит "положенный" миллион-миллиард лет.

Цитата: Limfil от февраля 06, 2015, 02:20:52
также как и с остальными элементами - какой-то участок стал проявлять больше сродства к некому белку и всё. кстати, такие элементы обычно куда короче кодирующих последовательностей, а их консенсус - то есть диапазон вариабельность, при котором они могут связывать белок, довольно широк. то есть особых проблем тут нет вообще.

плохое объяснение. оно уже предполагает наличие развитого механизма, позволяющего определить "сродство" "какого-то участка" "к некому белку". я прошу все аргументы высказывать в контексте темы, а именно "появление ПЕРВОЙ полезной информации в генетическом коде"

Цитата: Limfil от февраля 06, 2015, 02:20:52жизнь это нечто, что способно путём саморепликации противостоять разложению, задающимуся Вторым Началом, и ничего более. высоко- или низко - не важно. поэтому высоту лучше не учитывать.

ну да. так и в представлениях верующих господь бог это тоже НЕЧТО. и уж наверняка этому НЕЧТО под силу "путём саморепликации противостоять разложению, задающимуся Вторым Началом". да и большой адронный коллайдер это тоже нечто, представляющее собой просто большую трубу с датчиками, и ничего более. (ирония)

Цитата: Limfil от февраля 06, 2015, 02:20:52
не правда. поскольку если бы вы были бы в теме, а не витали бы где в "высокоструктурированном сообществе" то обратили бы внимание, что жизнь использует вполне конкретные функции - и уже какие-то перечисленны в этой теме, а что такое эта ваша высота - совершенно не ясно. высота до какого уровня? в чём её измеряете, как?

я обращаю ваше внимание на то, что в этой теме мы говорим не просто об использовании "вполне конкретных функций", а скорее о механизме возникновения этих самых "вполне конкретных функций".

PS ну а что касается высоты - то ее лучше пока учитывать и принимать во внимание: вы ведь не знаете предельную сложность самоорганизации трехмерной (да и n-мерной в общем случае) материи. вот если выяснится, что таких границ теоретически нет, вот тогда и будет "высоко- или низко - не важно", а пока этого никто не может сказать.