paleoforum.ru

пары  нуклеотидов. В  английском  варианте bp, base  pare

Цитата: Питер от марта 13, 2014, 21:46:36
пары  нуклеотидов. В  английском  варианте bp, base  pare

Я не сразу заметил, что Вы ответили, сам поискал и нашёл ответ.
Но в процессе наткнулся на сие:
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B5%D0%BD%D0%BD%D1%8B%D0%B5_%D0%BE%D1%81%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D1%8F
Возник вопрос: Это горе-переводчики сделали кальку с английского, видимо, от незнания русскоязычной терминологии, или такое наименование тоже используется?

Ну  "спаренное  основание"   не  используют    никто  и  никогда.    Либо  пары  оснований  (ПО),   либо   пары  нуклеотидов  (ПН).  Мне  второй  вариант  нравится   больше  - все-таки в  ДНК   нуклеотиды,  а  не   азотистые  основания.   

Цитата: Питер от марта 11, 2014, 19:41:27
Почему  сложные  и  крупные  ?    Речь  идет  о  точковых  заменах    -  а  не  о  длинных  последовательностях.   Например,  у  человека есть  такая   мутация  -   делеция   кодона  фенилаланина  в  гене    муковисцидоза.  Самая  частая   при  муковицидозе.   Так  вот  она  возникала  в  эволюции минимум     трижды. 

А сколько пар считается точковой заменой?

Точка  -   это  одна   пара  нуклеотидов.  Дальше  могут  быть  тоже  всякие  мелкие  мутации   -   делеции   нескольких  пар   нуклеотидов  или    такие  же  инсерции ...

http://www.nature.com/news/human-evolution-the-neanderthal-in-the-family-1.14932

Human evolution: The Neanderthal in the family
Thirty years after the study of ancient DNA began, it promises to upend our view of the past.

Ewen Callaway
26 March 2014

Цитата: Питер от марта 15, 2014, 16:39:50
Точка  -   это  одна   пара  нуклеотидов.  Дальше  могут  быть  тоже  всякие  мелкие  мутации   -   делеции   нескольких  пар   нуклеотидов  или    такие  же  инсерции ...

Вы уж меня извините за столь наивный вопрос, не смотря на моё биологическое образование. А почему точка именно пара нуклеотидов? Это связанно с тем, что в методике определения, определяются только парными (как я понимаю гомологичными и спаренными нуклеотидами двух гомологичных хромосом) или же тут есть какие то нюансы и полинуклеотиды на мономеры сложно разделить и смотрят димеры? Если первое, то значит и мутации должны быть спарены..... ух как далеко меня занесло)))

Цитата: Dessa от марта 27, 2014, 15:42:16
http://www.nature.com/news/human-evolution-the-neanderthal-in-the-family-1.14932

Human evolution: The Neanderthal in the family
Thirty years after the study of ancient DNA began, it promises to upend our view of the past.

Ewen Callaway
26 March 2014

Да уж, счастливая американская семья. 12-летняя дочка беременна от неандертальца, ну что же, это по крайней мере не хуже чем двое пап или две мамы.
П.С. Сразу скажу. Шутка. Просто животик у ребёнка больно выпирает от фастфуда с кока колой.

Цитата: Дж. Тайсаев от марта 27, 2014, 19:40:42

Цитата: Питер от марта 15, 2014, 16:39:50
Точка  -   это  одна   пара  нуклеотидов.  Дальше  могут  быть  тоже  всякие  мелкие  мутации   -   делеции   нескольких  пар   нуклеотидов  или    такие  же  инсерции ...

Вы уж меня извините за столь наивный вопрос, не смотря на моё биологическое образование. А почему точка именно пара нуклеотидов? Это связанно с тем, что в методике определения, определяются только парными (как я понимаю гомологичными и спаренными нуклеотидами двух гомологичных хромосом) или же тут есть какие то нюансы и полинуклеотиды на мономеры сложно разделить и смотрят димеры? Если первое, то значит и мутации должны быть спарены..... ух как далеко меня занесло)))

Пара   -  это  два  нуклеотида  на   разных  нитях   ДНК.    Эти  нуклеотиды   комплементарны.   Если  произойдет  замена   нуклеотида  на  одной  нити  - -  то  она  произойдет и на  второй,  за счет комплементарности.   Смотрят  при секвенировании всегда  одну  нить  ДНК  -  чисто  по  химии    реакции Сэнгера.  И  по  этой  нити  определяют  замену.  Но если    на  ней  вместо G  стало  Т   -  то  на  второй   нити  вместо С  будет А.

п.н. это однонуклеотидный полиморфный вариант? или поскольку там 2 нуклеотида это уже другое понятие?

В  п.н.   меряют  длину   фрагмента  ДНК  -  две  цепочки,  пары.  Если      меряют   РНК  -  то      меряют   в  нуклеотидах. Однонуклеотидный  полиморфный  вариант  -  замены  на  обоих  нитях,  по  комплементарности.   Но если  искать в  базе  данных  -  то  информация   будет  приведена  по  определенной  нити   ДНК   с  точной  (до  номера  нуклеотида)   локализацией  относительно какой-то  реперной  точки.  Этот  положение  может  меняться в  разных  релизах  баз  данных.   Однозначно  определяет    ОНП  rs  номер    -   он  уникален.

http://compulenta.computerra.ru/chelovek/antropologiya/10012255/
На русском

Цитата: Питер от марта 28, 2014, 12:53:44
В  п.н.   меряют  длину   фрагмента  ДНК  -  две  цепочки,  пары.  Если      меряют   РНК  -  то      меряют   в  нуклеотидах. Однонуклеотидный  полиморфный  вариант  -  замены  на  обоих  нитях,  по  комплементарности.   Но если  искать в  базе  данных  -  то  информация   будет  приведена  по  определенной  нити   ДНК   с  точной  (до  номера  нуклеотида)   локализацией  относительно какой-то  реперной  точки.  Этот  положение  может  меняться в  разных  релизах  баз  данных.   Однозначно  определяет    ОНП  rs  номер    -   он  уникален.

rs тут что означает?

Цитата: sanj от марта 28, 2014, 21:15:45
rs тут что означает?

идентификатор SNP (Single Nucleotide Polymorphism)  в базе NCBI
например:

rs12345

база NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/

Oldest Homo sapiens Genome Pinpoints Neandertal Input

На недавней конференции Сванте Паабо рассказал о расшифровке генома сапиенса возрастом 45 тысяч лет из Усть-Ишима. В геноме содержится больше неандертальской примеси, нежели у живущих сейчас людей, более того участки неандертальской ДНК в среднем длиннее. Сообщение находится в платном доступе. Некоторая выжимка, тоже на английском доступна тут: http://dienekes.blogspot.com/2014/03/oldest-modern-human-genome-from-siberia.html