paleoforum.ru

Цитата: Gilgamesh от мая 14, 2013, 16:11:59
Кто этот Gilgamensch? Где он писал про углерод?

Это буду я!!!  В эту секунду я буду GilgameNsch!!! Заодно и свою ошибку исправлю   

про углерод (Википедия)

в этом тексте искать "3,8", если не хотите читать все

наверное самое интересное (кстати написано модератором этой части форума)

Gilgamech

Gilgamensch - опечатка.

Насчет углерода я не пнял Вашей мысли можете ее повторить?

Gilgamesh

Точнее мысль про углерод более понятно, я не понял, что Вы имели ввиду. Для датирования это не подходит, а для чего подходит, разъясните.

Цитата: Micr от мая 14, 2013, 19:58:41
наверное самое интересное (кстати написано модератором этой части форума)

Я, кстати, так и не нашёл источников, из которых Александр взял цифру в 3.55 млрд. лет для первых отпечатков. Обычно верхним пределом считается 3.49-3.50. Ну и к слову про реальность вкраплений облегчённого углерода в породы возрастом старше 3.7 млрд. лет в последнее время тоже идут ожесточённые споры...

Про углерод не я писал. Смотрите сообщения chiefa.

Питер

В программе генома человека удивляет, что до сих пор есть участки NNNNNNNNNNNNNNNNNNN..... в том регионе, который мы с Вами просматривали NNNNNNNNNN составляли несколько десятков тысяч нуклетидов, но сколько точно не понятно. 10 000 или 20000. Так как последовательности выстраиваться по перекрывающимся последовательностям, то там  может быть регион и больше. Такие непросеквенированные острова немного удивляют, тем более не в области центромер. У центромер, я думаю NNNNNNNNNN еще больше.

Те секвенции, которые я присылал они были выбраны методом тыка, и то пара дала только гомологии у двух видов. У мышей ее не было.


Насчет EST я в принципе не согласен, что они мусор, так как я лично проклонировал ген, используя библиотеку кДНК и EST. У нас была только геномная последовательность и кДНК эмбриональная, а ген в нужной форме мы нашли только кДНК библиотеки ovary которая была опубликована как EST она нам помогла найти нужную сплайс форму.
Вообще это была почти детективная научная история. У нас в начале была мутация, точнее 3 разных делеций дававших похожий фенотип. У американцев были линии Дрозофила у которых была делеция с таким же фенотипом. Но самое интересное у нас была делеция в 3 области гена, а у них в 5 области. Размер гена 40 кб. Никакого просеквенированного генома не было и в помине.Секвенировали мы тогда обычным радиоактивным методом. Потом мы нашли где делеция, и затем область вокруг делеции использовали для скрининга кДНК эмбриональной библиотеки и нашли 20 разных клонов потом отобрали из них порядка 5 разных сплайс вариантов и всех их попытались ввести дрозофиле,чтобы востановить фенотип. Но безрезультатно. Потом мы просмотрели базу кДНК по EST приготовленную из яичников и там нашли один из сплайс вариантов второго гена, кодирующая последовательность которого, находилась в антисенс положении по отношению к 3' области одного из вариантов кДНК, которую мы проклонировали из нашей эмбриональной библиотеки. То есть точно такая же ситуация, как с одним из белков, который я Вам посылал (выбранного случайно, как нехарактеризованного). Конец этой истории, к сожалению не очень хороший, так как америкосы нас опередили и опубликовали первыми проклонированный ген. Но и они и мы использовали ту же самую кДНК из  библиотеки яичников Дрозофилы, сделанной для Flybase. Хотя этот клон из библиотеки и не дал востановление фенотипа, но он дал возможность и нам и американской группе найти клон, который давал востановление фенотипа.
Интересно было другое, что те клоны, которые мы проклонировали из другого гена,  они регулировали востанавливающий фенорип ген по механисму антисенс. То есть остатки материнской РНК удалялись на эмбриональной стадии методом siRNA, так что это вполне распространненый механизм тонкой регуляции генов. И скорее говорит о возможной важной функции этого гена.
А у Вас в институте не планируется начать секвенировать геномы и в частности человеческий геном? Сейчас это стало намного проще и дешевле, чем это было еще пару лет назад. Обидно пользоваться только заморскими базами данных.

Gilgamech
Извините, но кажется Micr уже объяснил, что имел ввиду Chief.

Micr

Я бы не стал так уверено говорить про РНК мир. Пока это только гипотеза и не более того.

Против этой гипотезы есть несколько фактов.
1) стабильность РНК имеет очень узкий pH диапазон. pH в клетке регулируется ионными каналами, которые в настоящее время состоят только из белков. До сих пор неизвестны ионные каналы состоящие из РНК. При pH больше 8 РНК начинает сама гидролизоваться, так как 2' гидроксил группа становится активной и разщепляет сама РНК по фосфатной группе.
2) очень низкая каталитическая активность РНК, все скорости реакций, которые она может катализировать на порядки ниже скоростей у белковых катализаторов. Скорость репликации скажем рибосомальных РНК молекулы занимала бы многие часы. Это кстати одна из причин почему процесс трансляции идет на порядки медленнее чем транскрипция. Трансляция катализируется только РНК.

Поэтому не надо слишком обольщатся по поводу РНК мира и говорить про него как данность

Цитата: Иван Антонович от мая 14, 2013, 23:42:33
Питер

В программе генома человека удивляет, что до сих пор есть участки NNNNNNNNNNNNNNNNNNN..... в том регионе, который мы с Вами просматривали NNNNNNNNNN составляли несколько десятков тысяч нуклетидов, но сколько точно не понятно. 10 000 или 20000. Так как последовательности выстраиваться по перекрывающимся последовательностям, то там  может быть регион и больше. Такие непросеквенированные острова немного удивляют, тем более не в области центромер. У центромер, я думаю NNNNNNNNNN еще больше.

Те секвенции, которые я присылал они были выбраны методом тыка, и то пара дала только гомологии у двух видов. У мышей ее не было.


Насчет EST я в принципе не согласен, что они мусор, так как я лично проклонировал ген, используя библиотеку кДНК и EST. У нас была только геномная последовательность и кДНК эмбриональная, а ген в нужной форме мы нашли только кДНК библиотеки ovary которая была опубликована как EST она нам помогла найти нужную сплайс форму.
Вообще это была почти детективная научная история. У нас в начале была мутация, точнее 3 разных делеций дававших похожий фенотип. У американцев были линии Дрозофила у которых была делеция с таким же фенотипом. Но самое интересное у нас была делеция в 3 области гена, а у них в 5 области. Размер гена 40 кб. Никакого просеквенированного генома не было и в помине.Секвенировали мы тогда обычным радиоактивным методом. Потом мы нашли где делеция, и затем область вокруг делеции использовали для скрининга кДНК эмбриональной библиотеки и нашли 20 разных клонов потом отобрали из них порядка 5 разных сплайс вариантов и всех их попытались ввести дрозофиле,чтобы востановить фенотип. Но безрезультатно. Потом мы просмотрели базу кДНК по EST приготовленную из яичников и там нашли один из сплайс вариантов второго гена, кодирующая последовательность которого, находилась в антисенс положении по отношению к 3' области одного из вариантов кДНК, которую мы проклонировали из нашей эмбриональной библиотеки. То есть точно такая же ситуация, как с одним из белков, который я Вам посылал (выбранного случайно, как нехарактеризованного). Конец этой истории, к сожалению не очень хороший, так как америкосы нас опередили и опубликовали первыми проклонированный ген. Но и они и мы использовали ту же самую кДНК из  библиотеки яичников Дрозофилы, сделанной для Flybase. Хотя этот клон из библиотеки и не дал востановление фенотипа, но он дал возможность и нам и американской группе найти клон, который давал востановление фенотипа.
Интересно было другое, что те клоны, которые мы проклонировали из другого гена,  они регулировали востанавливающий фенорип ген по механисму антисенс. То есть остатки материнской РНК удалялись на эмбриональной стадии методом siRNA, так что это вполне распространненый механизм тонкой регуляции генов. И скорее говорит о возможной важной функции этого гена.
А у Вас в институте не планируется начать секвенировать геномы и в частности человеческий геном? Сейчас это стало намного проще и дешевле, чем это было еще пару лет назад. Обидно пользоваться только заморскими базами данных.

Так   все  таки последовательность  DC311030 BRALZ2 Homo sapiens cDNA clone BRALZ2000029 5-, mRNA sequence  имеет   гомологи в  геномах   других  оргагнизмов ?  Или  нет ?
Признайте    очевидное.   
А  то  уникально,  уникально  - а  как       ткнули  носом в  сиквенс,  тишина.
Про  мусор.   Я  не  говорю,  что все   EST   -  мусор.  Я   говорю  о  том,  что  мусора  там    -    много.  Мусора   прежде  всего    ДНКового   -    следы  коротких  фрагментов  РНК  из    РНК    убрать  крайне  сложно.  С  этим-то вы  спорить  не  будете ?
Насчет NNNNN   -   работайте с  37   релизом.  И  будет  вам  щщастье.

Уважаемый Питер,


Так Вы говорите, что есть такая последовательность у Мышей, но такой последовтельности у мышей нет.
   
Homo sapiens cDNA FLJ59017 complete cds
   946    946    100%    0.0   100%    AK294064.1
2    
Homo sapiens chromosome 19, cosmid R34047 and overlapping PCR product, complete sequence
   559    2172    100%    1e-155   100%    AC005330.2
3    
Rattus norvegicus 16 BAC CH230-318I9 (Children's Hospital Oakland Research Institute) complete sequence
   146    3254    29%    2e-31   90%    AC117058.19
4    
Human DNA sequence from clone WI2-1780D16 on chromosome 20, complete sequence
   145    4724    30%    5e-31   82%    BX640514.3
5    
Mouse DNA sequence from clone RP23-55M21 on chromosome 2, complete sequence
   142    3589    29%    3e-30   83%    AL928987.13


Теперь об этом значении  2e-31, такой значение параметра говорит, о том что никаой гомологии нет. Все значения ниже 3е-100 нерелевантны.

И Вы должны были бы это знать. Так что теперь мне приходится Вас носом в последоватлеьности полученные по NCBI базам данных.


Смотрите также прикрепленные файлы по сравнениям и по параметрам. Если что то будет не понятно, с удовольствием отвечу Вам по параметрам и по е-значениям, спрашивайте не стесняйтесь.




Так смотрите мною полученные файлы!!!!

У приматов эта последовательность есть, но у мышей никакой и близкой последовательности и в помине нет.

Осторожней с носами. Может вернуться.

Цитата: Gilgamesh от мая 15, 2013, 22:46:09
Осторожней с носами. Может вернуться.

Это вы кому? Надеюсь Питеру

Цитата: Иван Антонович от мая 15, 2013, 23:51:12

Цитата: Gilgamesh от мая 15, 2013, 22:46:09
Осторожней с носами. Может вернуться.

Это вы кому? Надеюсь Питеру

На всякий случай, Иван Антонович, если Вы не в курсе. Питер - это генетик, доктор биологических наук.

Уважаемый Chief,

Я просто вернул фразу от Питера

"А  то  уникально,  уникально  - а  как       ткнули  носом в  сиквенс,  тишина. ..."

Так что, если сомнения в фразеологии, то это не ко мне, я лишь повторил, что мне сказал сам Питер

Еще    раз   -  эта  последовательность есть в  геномах  других  видов  ?
Согласно вашему   4    файлу  -  есть.   У  мышей  тоже  есть,  но  доказывать  это  мне  уже   недосуг.
Архив  -  гомология  544   нуклеотидов с    приматами. megablast,   база  данных  -  геномные  последовательности.