paleoforum.ru

Форумы сайта «Проблемы эволюции» => Ненаучные разговоры => Тема начата: kostik от Январь 25, 2019, 17:05:32

Название: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: kostik от Январь 25, 2019, 17:05:32
Я считаю себя убежденным антиламаркистом.  На сегодня плохо изучен геном, чтобы ответить на все вопросы, которые ламаркисты охотно заносят в свою копилку.  В частности это касается эпигенетики.

Эту тему я открыл для убежденных ламаркистов, для уравновешанных ламаркистов и для тех, кто симпатизирует ламаркистам. Надеюсь услышать от них предложения схем  экспериментов, результаты которых, как они думают, подтвердят их научную правоту.

В соседней теме в очередной раз всплыл вопрос о передаче фенотипических изменений  из поколения в поколение якобы минуя какие-либо изменения в геномной ДНК. В качестве подтверждения своих слов они приводят результаты работ не особо вникая как они были  получены и приводят заключение данных статей, которые я иначе как лозунг не воспринимаю, например: “Эмпирические исследователи будут много лет заняты изучением механизмов негенетического наследования, наблюдением их экологического влияния, и установлением их эволюционных последствий.”
Я уже высказывал свое отношении к подобного рода работам. https://paleoforum.ru/index.php/topic,7965.msg217647.html#msg217647

Сейчас своим визави я предлагаю для подтверждения своей правоты предложить свои схемы экспериментов.
В предложенном эксперименте должна быть указана цель, новизна, исходный материал, как проводить эксперимент и сколько времени, по вашему мнению, необходимо затратить для достижения обозначенной цели.

Чтобы были понятны требования, приведу пример возможного эксперимента “Получение породы собак с тигровым окрасом”. Уже в самом названии эксперимента указана цель: получение тигрового окраса и указана новизна: тигровый окрас. Во всяком случае мне неизвестна ни одна порода собак, которая бы имела тигровый окрас. Исходный материал: щенки восточно-европейской овчарки. Как проводить эксперимент :  при кормлении щенков использовать рацион амурского тигра Московского зоопарка.  При строгом соблюдении рациона питания через 5 поколений щенки будут иметь  тигровый окрас. Т.е. как проводить эксперимент– это то, что в статьях указывается в разделе методы и методики.  А время проведения эксперимента, в данном случае,  указано в количестве поколений данного животного. 

В данной теме может принять участие любой желающий. Особо приглашаю убежденных ламаркистов Талаша и Игоря Антонова. Поскольку они избегают общения со мной, даю им слово, что если от них поступит предложение эксперимента, в чем  я очень сомневаюсь, с моей стороны никаких вопросов и комментариев в их адрес не будет.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 25, 2019, 17:43:37
Когда обсуждалась статья Шишкина об эпигенетической теории эволюции, я предлагал эксперименты (целое направление экспериментов), которое, в принципе, выполнимо на современном уровне технических возможностей  и которое потенциально может прояснить вопрос о механизмах микроэволюционной адаптации.
Суть там в том, что разделив определенную исходную популяцию на параллельные группы над ними надо параллельно проводить эксперименты подобные опытам Шапошникова по адаптации тлей к новой среде или по адаптации дрозофил к холоду.
Такие эксперименты позволят выявить характер генетических изменений, сопровождающих приспособление популяций к негативным воздействиям среды. То есть, сравнивается статистика распределения аллелей геномов до и после адаптации и выводится оператор преобразования. И так несколько раз. По статистически достоверным закономерностям делаются выводы о характере преобразований генома.  И становится ясным, сводятся ли эти адаптивные процессы к отбору определенных выигрышных аллелей (версия СТЭ) или отбор аллелей в параллельно адаптировавшихся фенотипах оказывается рандомным (это вариант по ЭТЭ).
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Vladimirkox от Январь 25, 2019, 20:21:18
Исходный материал: щенки восточно-европейской овчарки
Несогласный я, лучше взять бделоидных коловраток!
В соседней теме в очередной раз всплыл вопрос о передаче фенотипических изменений  из поколения в поколение якобы минуя какие-либо изменения в геномной ДНК.
Хочу Вам сообщить о наличии цитоплазменной РНК, которая тоже наследуется, а иногда, с помощью ревертразы, встраивается в ДНК, после чего может быть элиминирована из ДНК.
при кормлении щенков использовать рацион амурского тигра
https://ru.wikipedia.org/wiki/Голодная_зима_1944_года_(Нидерланды)
"Голодная зима, поразившая столь высокоразвитую страну и отражённая во множестве документов, предоставила уникальные возможности для медицинских исследований.

Наиболее ценными оказались данные о детях, выношенных в период голода. В ходе международного исследования (англ. Dutch Famine Birth Cohort Study) было показано, что в последующей жизни они чаще страдали от диабета, ожирения, сердечно-сосудистых заболеваний, микроальбуминурии и других проблем.[4] Как и следовало предполагать, вес этих детей при рождении был снижен, но неожиданным стало то, что их собственные дети много лет спустя также не дотягивали до среднего веса. Это навело на мысли об эпигенетической регулировке веса, передающейся на следующее поколение.

Причины целиакии, непереносимости глютена, также неожиданно выявились во время голода. Дети, больные целиакией, пошли на поправку, когда больницы получали крайне мало пшеницы, а когда первый драгоценный груз хлеба, предназначавшийся в первую очередь детям, был наконец выдан, больным целиакией немедленно стало хуже. Это подтвердило догадки голландского педиатра Виллема Дике, уже задумывавшегося о роли мучных продуктов в развитии болезни. В конце 1940-х — начале 1950-х годов он доказал эффективность безглютеновой диеты.[5]

Ряд статистических исследований говорит об удвоенном риске развития шизофрении, а также о повышенной частоте шизотипического расстройства и врождённых дефектов нервной системы у детей, выношенных в период Голодной зимы.[6][7]"
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Cow от Январь 25, 2019, 21:19:02
Эту тему я открыл для убежденных ламаркистов, для уравновешанных ламаркистов и для тех, кто симпатизирует ламаркистам. Надеюсь услышать от них предложения схем  экспериментов, результаты которых, как они думают, подтвердят их научную правоту.

Ряд статистических исследований говорит об удвоенном риске развития шизофрении, а также о повышенной частоте шизотипического расстройства и врождённых дефектов нервной системы у детей, выношенных в период Голодной зимы.
Плохо осознанные до сего времени  банальности от Савельева к вопросу:
Цитировать
5. ЦЕРЕБРАЛЬНЫЙ ЛАМАРКИЗМ
Наряду с автономизацией эволюции головного мозга, искусственным отбором или селекцией важнейшую роль в эволюции человечества играют социальные инстинкты с внегеномным способом наследования. Их значение трудно переоценить, поскольку наши отношения, особенности поведения, традиции, пищевые пристрастия, культурные различия идаже приёмы мышления передаются при помощи социальных инстинктов. Это важнейший инструмент гоминидной социализации, общественного манипулирования сознанием и основа искусственного отбора.
Изменчивость человеческой нервной системы усиливается в локальных популяциях внегеномным способом передачи поведения. Эволюция нашего мозга неотделима от конкуренции людей с разными социальными инстинктами. Они передаются из поколения в поколение во время воспитания и обучения детёныша, но имеют в мозге строгую локализацию, как и врождённые инстинкты. Для хранения социальных инстинктов существуют специальные «человеческие» области мозга, расположенные в лобных, височных и теменных областях (Савельев, 2016).
Ну а факт влияния поведения на фенотип  - это тоже вроде банальность.   :-[
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Метвед от Январь 26, 2019, 06:02:19
Чтобы были понятны требования, приведу пример возможного эксперимента “Получение породы собак с тигровым окрасом”. Уже в самом названии эксперимента указана цель: получение тигрового окраса и указана новизна: тигровый окрас. Во всяком случае мне неизвестна ни одна порода собак, которая бы имела тигровый окрас. Исходный материал: щенки восточно-европейской овчарки. Как проводить эксперимент :  при кормлении щенков использовать рацион амурского тигра Московского зоопарка.  При строгом соблюдении рациона питания через 5 поколений щенки будут иметь  тигровый окрас. Т.е. как проводить эксперимент– это то, что в статьях указывается в разделе методы и методики.  А время проведения эксперимента, в данном случае,  указано в количестве поколений данного животного.  о
Такого рода опыты давно проделаны. "граб порождает лещину", мичурин наше фсё и т.д. и т.п. Собаки не удобны 5 поколений собак это опыт минимум на десять лет. И жрут они дофига. Можно взять традиционных дрозофил. Вместо гнилых яблок будем кормить их гнилыми ананасами, гнилыми бананами и экзотическим гнилым дурианом.  Через 10 поколений сравниваем фенотипические изменения трёх групп относительно контрольной на гнилых яблоках. Четыре месяца на всё про всё. Да и по финансовым затратам вполне приемлемо.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 26, 2019, 08:14:51
Если    что-то  планировать,  сначала     надо  кое о  чем  договориться.
Постулат 1.    Любое  изменение  фенотипа  имеет в своей  основе   количественное  или качественное  изменение  экспрессии  гена  или  группы  генов.
Ламаркисты  и  СТЭисты    согласны с     этим   утверждением ?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 26, 2019, 08:32:18
Если под "имеет в своей основе" понимать причинность, то не согласятся ни те, ни другие.
Поскольку фенотип при одном и том же геноме зависит и от условий среды.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 26, 2019, 08:44:10
Условия     среды как  раз  могут  менять количественную  экспрессию  гена.  Или вы утверждаете,  что  фенотип  изменился в  ответ  на  изменение  среды   -   а  экспрессия  генов  в  геноме  осталась  прежней  ?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 26, 2019, 08:45:35
И  даже    строже   -   условия  среды   не  могут,  а  МЕНЯЮТ    экспрессию  генов.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Метвед от Январь 26, 2019, 09:05:29
Предположим, мы ничего не знаем о экспрессии генов и хотим лишь удостовериться что "результаты неправильного питания передаются по наследству".  Через 10 поколений в банках с дрозофилами выкормленными сильно разными гнилыми плодами
вероятнее всего будут заметные фенотипические различия.  Резко меняем рацион, то есть, дрозофил выкормленных экзотическим гнилым дурианом обратно переводим на обыкновенные гнилые яблоки.  И снова честно отмеряем 10 поколений.  Смотрим результат.  Вернётся ли фенотип к исходному?  Если нет, то налицо передача по наследству.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 26, 2019, 09:15:05
Питер, я имел ввиду, что если в постулате поменять намекающий на причинно-следственную связь оборот "имеет в своей основе" на слово "сопровождается", то это устроит всех.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 26, 2019, 09:19:43
Это    ничего    не   доказывает.
 Берем    человека  (обычного  с  улицы)  и  сажаем  на   год  на  высоко   жировую  диету  и   ограничиваем   подвижность.   Потом   на     год  на    диету  с  low  fat    и   высоким уровнем   пищевых     волокон.   Ну  и  в  фитнес  центр ...  А  потом   тоже  на  год   к  исходному  стилю  жизни.
Вопрос   -   фенотип     клиента вернется  к   исходному  ?
Гарантию  даю  -  нет.  А  геном  тот  же.    И  называется   это  нормой  реакции ...
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 26, 2019, 09:23:33
Питер, я имел ввиду, что если в постулате поменять намекающий на причинно-следственную связь оборот "имеет в своей основе" на слово "сопровождается", то это устроит всех.

Я  как  раз  за    причинно-следственную  связь  -  экспрессия  меняет  фенотип,  а  не  наоборот.   При   этом  я  пока    ничего  не  говорю  о  причинах     изменения   экспрессии    генов. 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 26, 2019, 09:28:52
Когда что-то влияет на экспрессию, то в основе изменений не сама по себе экспрессия, а модулирующие ее факторы.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Метвед от Январь 26, 2019, 09:39:08
Это    ничего    не   доказывает.
 Берем    человека  (обычного  с  улицы)  и  сажаем  на   год  на  высоко   жировую  диету  и   ограничиваем   подвижность.   Потом   на     год  на    диету  с  low  fat    и   высоким уровнем   пищевых     волокон.   Ну  и  в  фитнес  центр ...  А  потом   тоже  на  год   к  исходному  стилю  жизни.
Вопрос   -   фенотип     клиента вернется  к   исходному  ?
Гарантию  даю  -  нет.  А  геном  тот  же.    И  называется   это  нормой  реакции ...
Нельзя измерить период колебаний маятника за время много короче чем период колебаний маятника ;)
Это "невозвращение" в данном случае аналогично щелбану по маятнику.  Совсем другое дело если в подвесе маятника сработало разрывное звено и он удлинился. Так что 10 поколений это необходимое условия опыта.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 26, 2019, 09:41:17
экспрессия  меняет  фенотип,  а  не  наоборот.
  Держим "собачек" в загоне при постоянном стрессе. Получим разделение на особей на "угнетателей и угнетаемых" доминантов и рецессоров. Произойдет избирательное спаривание доминантов на виду у всех, а рецессоров в укрытиях. В результате может произойти мутация на "ген скунса" и появится видовая линия с которой откажутся скрещиваться контрольные особи.

  В классическом опыте Шапошникова новый вид тли - это, скорее всего, результат приспособления к новой желудочной микробиоте, что и повлияло на нескрещиваемость с контрольными тлями.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 26, 2019, 09:50:47
Это    ничего    не   доказывает.
 Берем    человека  (обычного  с  улицы)  и  сажаем  на   год  на  высоко   жировую  диету  и   ограничиваем   подвижность.   Потом   на     год  на    диету  с  low  fat    и   высоким уровнем   пищевых     волокон.   Ну  и  в  фитнес  центр ...  А  потом   тоже  на  год   к  исходному  стилю  жизни.
Вопрос   -   фенотип     клиента вернется  к   исходному  ?
Гарантию  даю  -  нет.  А  геном  тот  же.    И  называется   это  нормой  реакции ...
Нельзя измерить период колебаний маятника за время много короче чем период колебаний маятника ;)
Это "невозвращение" в данном случае аналогично щелбану по маятнику.  Совсем другое дело если в подвесе маятника сработало разрывное звено и он удлинился. Так что 10 поколений это необходимое условия опыта.
Любой   результат  не  даст  ответа  на  вопрос  Ламарк  или  Дарвин.  Да,    и  10     поколений   -  ни   о  чем.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 26, 2019, 10:07:42
Когда что-то влияет на экспрессию, то в основе изменений не сама по себе экспрессия, а модулирующие ее факторы.

Не понял.  Заяц  в  лесу.  Температура   снизилась -  индукция  или  супрессия   генов,  связанных с  переходом к  другому  сезону   -  изменение  окраски    шкуры.  Или  опять   же  температура  (модулирующий  фактор)  модулирует  окраску    шерсти   без  какого-либо  белкового  синтеза  ???
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 26, 2019, 10:42:41
Так ведь причиной фенотипических изменений, если мы говорим о причинно-следственных связях, является не сам факт экспрессии, а реакция (через модуляцию экспрессии) организма зайца на изменение температуры.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 26, 2019, 12:26:17
Может, «Эво-дево» подключим?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 26, 2019, 12:33:48
Ну, четыре ее принципа:
- базисность,
- полифункциональность,
- избыточность,
- модульная переключаемость.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 26, 2019, 13:03:50
Это - популярно о дополнении к спору о том, может ли среда, если не иметь в виду тот же, например, мутагенез, менять структуру гена в регуляторных участках генома гонад и могут ли приобретенные изменения сохраняться в поколениях очень длительное время. Утверждается следующее:
- структура самого гена изменений не претерпела,
- в результате перестроек были утрачены сайты связывания транскрипционных факторов,
- вследствие этого ген перестал включаться в определенных зонах эмбриона, в которых формируются зачатки конечностей,
- изменение закрепилось в поколениях и привело к появлению змей,
- схема перестроек внутри энхансера неоднократно воспроизведена на мышах,
- предполагается, что факторы внешней и внутриклеточной среды, не нарушая консерватизма экспрессируемых генов, способны редактировать регуляторные участки генома,
- за счет чего возможно достижение согласования точек зрения ламаркистов и сторонников синтеза в эволюции.

Ссылка на популярный источник - https://elementy.ru/novosti_nauki/432868/Zmei_poteryali_nogi_iz_za_vyklyucheniya_gena_Sonic_hedgehog.   
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 26, 2019, 13:19:28
Объект исследования, как я понял - регуляторный участок генома, называемый зоной поляризующей активности, характеризующейся экспрессией гена Sonic hedgehog (Shh).
Самое интересное, что в эволюции поляризовано, в первую очередь - получается, морфогенез и функциональность. Я снова вспомнил о нулевых биениях, энтропии и средней температуре по офису или чему-там.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 26, 2019, 13:33:57
  Получается на одно-два поколения модификация избыточного генома, как ргуляторная функция эпигена? И только при многократной повторяемости закрепление?
  А как и когда формируются геномы в тех клетках, которые станут половыми?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 26, 2019, 13:38:51
Евклид. Линия и плоскость, если короче.
А, по сути, гиперповерхность. В зародыше, во внутреннем пространстве - линия в поле морфогенеза. В состоянии организма, во внешнем окружении - плоскость в объеме. Размерность минус единица.
Тот же курс на специализацию в нише и куча разнообразных путей развития из одного источника в разных нишах.

Разве это не красиво?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 26, 2019, 13:45:30
Да, уважаемый василий андреевич, существо вопроса кроется в геометрии индивидуального и эволюционного развития.
Евклидова - нулевой результат от взаимодействия крайностей выпуклости излучения и вогнутости поглощения фотонов, как показывает космология. Ну, те же Ваши нулевые биения.

Что касается геномов гонад - лучше, думаю, обсудить в параллельной теме. Только, ведь, начали говорить о конструктивных вещах, том же эксперименте. Предлагаю не зафлудить.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Vladimirkox от Январь 26, 2019, 14:34:14
Если    что-то  планировать,  сначала     надо  кое о  чем  договориться.
Постулат 1.    Любое  изменение  фенотипа  имеет в своей  основе   количественное  или качественное  изменение  экспрессии  гена  или  группы  генов.
Ламаркисты  и  СТЭисты    согласны с     этим   утверждением ?
Не согласен.
Имеем преграду затеняющую растения - имеем ассимитричные кроны. Затеняющая преграда может оставаться неизменной на протяжении нескольких поколений. Убираем затеняющую преграду - у потомства востанавливается форма кроны. При чём тут гены. эпигенетика и, даже, некодирующие последовательности с внеядерной наследственностью?
Вывод: фенотип является результатом взаимодействия генотипа с внешней средой.
Имеем индусов, живущих в условиях повышенной инсоляции, - имеем мутацию и пигментацию.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 26, 2019, 14:38:25
А экспрессия генома в тени не меняется ?  Более того  - она меняется  по световому циклу в течение суток.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 26, 2019, 14:39:39
Про змей.. все те же мутации, никакой эпигенетики.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Vladimirkox от Январь 26, 2019, 14:44:55
А экспрессия генома в тени не меняется ?
Меняется, но - обратимо, а фенотип остается скрюченным до устранения затеняющей преграды.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 26, 2019, 15:04:34
Обратимо - да. Но во время тени она всегда будет отличаться от растения на свету.

Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 26, 2019, 16:17:28
Про змей.. все те же мутации, никакой эпигенетики.
  Да, но мутации у разных ногастых видов, ведущие к редукции под влиянием схожих условий. У термитов то же - постоянное ответвление от тараканов при переходе на новое питание.
  Т.е. обратимость срывается в необратимый процесс. Вместо регуляторной роли - системообразующая.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Micr от Январь 26, 2019, 16:31:05
Это    ничего    не   доказывает.
 Берем    человека  (обычного  с  улицы)  и  сажаем  на   год  на  высоко   жировую  диету  и   ограничиваем   подвижность.   Потом   на     год  на    диету  с  low  fat    и   высоким уровнем   пищевых     волокон.   Ну  и  в  фитнес  центр ...  А  потом   тоже  на  год   к  исходному  стилю  жизни.
Вопрос   -   фенотип     клиента вернется  к   исходному  ?
Гарантию  даю  -  нет.  А  геном  тот  же.    И  называется   это  нормой  реакции ...

А это доказано, что количество мутаций, переданных потомству, тоже не изменится? Насколько я могу судить по новостям науки из популяризаторских источников, до такой точности измерений ещё не дошли. А специально пробовали измерять?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 26, 2019, 16:39:45
Уважаемый Питер, не в пику, просто рискну дополнить - хромосомные мутации. Как раз те самые, что касаются неэкспрессируемых участков генома.
Чтобы разница с перестройками активных генов была понятна. Помимо тех же выпадений (делеций), к подобным результатам приводит неравный кроссинговер. Частота которого прямо пропорциональна длине неэкспрессируемых участков, разделяющих активные гены. Чем ближе они расположены друг к другу, тем реже наблюдается кроссинговер между ними.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 26, 2019, 16:44:46
По поводу экспериментов.

Вот отчёт об экспериментальном исследовании, в котором в нескольких линиях дрожжей с удалённым геном  поляризации клеток происходило восстановление функции за 1000 поколений за счёт повторяющейся в определенном порядке последовательности трёх мутаций:

Evolutionary adaptation after crippling cell polarization follows reproducible trajectories (https://elifesciences.org/articles/09638)

Из отзыва рецензента:

Laan et al. present a study of what happens to yeast cells after BEM1, a gene that is critical for maintaining cell polarity, is deleted. The authors grow the cells for 1000 generations and find that, in several independent lines, the cells evolve to compensate for the loss of BEM1. The striking result is that in several independent lines the same three genes are mutated in the same order during the course of the growth. Through the creation of the double and triple mutants the authors show that the order in which the mutations are acquired is likely due to a complex set of epistatic interactions among the three genes (BEM2, BEM3, and NRD1). The authors conclude that cells can overcome inactivating mutations in critical genes and that gene inactivation may be a mechanism that leads to rapid divergence in the component genes required for particular cellular functions.

Это как раз эмпирический материал к теме Джеймса Шапиро: "Клетка как генетический инженер".
Только вот вопрос о молекулярных механизмах, обеспечивающих избирательность компенсирующих мутаций, авторами исследования не обсуждается.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 26, 2019, 17:28:12
А это самое главное. Тот же кроссинговер происходит не просто в неэкспрессирумых локусах, а в весьма определенных местах, называемых горячими точками рекомбинации. Возможность их обнаружения сильно и положительно коррелирует с длиной вышеназванных участков и известны основные механизмы реализации такой рекомбинации. Вследствие этого существует, также, зависимость в характере влияния факторов внешней среды на частоту кроссинговера, например, того же радиоактивного или ультрафиолетового излучения.   
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 26, 2019, 18:05:05
  Но нужен агент доставляющий в точку раздражающий фактор, который и делает ее горячей. Причем такой агент, который коррелирует с возмущениями из среды, допустим, из материнского организма при развитии плода. Просто химизмом питания эмбриона тут не обойтись.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 26, 2019, 18:11:40
Это    ничего    не   доказывает.
 Берем    человека  (обычного  с  улицы)  и  сажаем  на   год  на  высоко   жировую  диету  и   ограничиваем   подвижность.   Потом   на     год  на    диету  с  low  fat    и   высоким уровнем   пищевых     волокон.   Ну  и  в  фитнес  центр ...  А  потом   тоже  на  год   к  исходному  стилю  жизни.
Вопрос   -   фенотип     клиента вернется  к   исходному  ?
Гарантию  даю  -  нет.  А  геном  тот  же.    И  называется   это  нормой  реакции ...

А это доказано, что количество мутаций, переданных потомству, тоже не изменится? Насколько я могу судить по новостям науки из популяризаторских источников, до такой точности измерений ещё не дошли. А специально пробовали измерять?
У человека меняли. Получается порядка сотни новых точковых мутаций у каждого ребенка. Есть большие отличия у разных супружеских пар. Но надо больше статистики.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 26, 2019, 18:13:50
Но вопрос о молекулярных механизмах вовсе не ограничивается только одним "химизмом".
Я так понял, уважаемый василий андреевич, что Вы пишите о материнском эффекте?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 26, 2019, 18:24:53
Уважаемый Питер, не в пику, просто рискну дополнить - хромосомные мутации. Как раз те самые, что касаются неэкспрессируемых участков генома.
Чтобы разница с перестройками активных генов была понятна. Помимо тех же выпадений (делеций), к подобным результатам приводит неравный кроссинговер. Частота которого прямо пропорциональна длине неэкспрессируемых участков, разделяющих активные гены. Чем ближе они расположены друг к другу, тем реже наблюдается кроссинговер между ними.
Я совсем не понял мысль. Горячие точки рекомбинации могут быть и активных генах. И связаны в основном с локальной плотностью гомологичных последовательностей.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 26, 2019, 18:33:40
Игорь Антонов, я позже напишу про дрожжей. Пишу с планшета и длинный текст тяжело править
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 26, 2019, 18:36:34
Вы пишите о материнском эффекте?
  А это представляется самым простым вопросом. Сложнее будет если окажется, как в статье, что У отца влияет на Х дочери.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 26, 2019, 18:42:26
Я просто попытался намекнуть на то, что представления о мутацииях не ограничены только точечными. Понятие применимо и в отношении тех же инсерций,  делеций, гомологичных рекомбинаций.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 26, 2019, 18:44:01
Просто попытался подстраховаться на случай, если кто-то из участников или гостей понимают термин слишком узко.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 26, 2019, 18:45:57
В какой статье, уважаемый василий андреевич?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Vladimirkox от Январь 26, 2019, 19:42:11
Я просто попытался намекнуть на то, что представления о мутацииях не ограничены только точечными. Понятие применимо и в отношении тех же инсерций,  делеций, гомологичных рекомбинаций.
Просто попытался подстраховаться на случай, если кто-то из участников или гостей понимают термин слишком узко.
Расширять, так - расширять.
Если учение Ламарка в том, что приобретенные признаки наследуются, так они таки наследуются, достаточно вспомнить о вертикальной передаче вирусов и лизогенных инфекциях.
P.S.
Про ДНК и РНК ни Ламарк, ни Дарвин не знали, как не знали они о транспозонах, горячих точках, и сверхконсервативных последовательностях.
И вообще, я к -измам отношусь подозрительно, политика это, т.е. - грязное дело с примесью догматизма.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 26, 2019, 20:11:16
В какой статье,
  Игорь Антонов давал ссылку. Оказалось не в этой теме. Я было хотел пофантазить, потом подумал, может лажа.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 26, 2019, 21:23:09
Согласен, уважаемый Vladimirkox.
Может быть, начнем детализировать?
Предположения вроде выдвинуты, наброски рабочих гипотез заявлены, думаю. Предсказания, наверное, еще необходимо уточнить. Перейдем к представлению о переменных?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 27, 2019, 07:48:47
Я просто попытался намекнуть на то, что представления о мутацииях не ограничены только точечными. Понятие применимо и в отношении тех же инсерций,  делеций, гомологичных рекомбинаций.
  Попробуйте пройтись (углубляться пока не надо) по запросу "обратные пространства, обратные решетки". В кристаллографии методом построения обратных пространств (тензорных пространств) пользуются более века. В биологии пока только рождается термин о негенетическом наследовании, без вложения в него сути.
  Уже самый простейший геном, пусть в виде кольца "однорядной молекулы" содержит "сведения" о геометрии будущего организма, как морфологическом поле - можно, для красного словца, сказать, что уже есть потенциальный, отрицательный объем, объем векторов. Тогда геном является точкой, через которую можно провести линии от обратного пространства к тому, что будет в будущем организмом. В таком раскладе, мутации при делениях клетки не столь случайны, сколь подчинены требованиям согласованности обратного пространства генома новой клетки с действительным пространством родительской клетки.

  Кристаллу из насыщенного раствора предшествуют серии прямых и обратных реакций, рассеянных в растворе. Каждый акт рождения и распада порождает свое обратное пространство, становящееся прообразом или волновым векторным пакетом будущего кристалла. Этот прообраз, для упрощения, можно представить, как интерференционную ячейку от суммы всех волн, проходящих через "щели" в обратимой реакции. Необратимость в виде автокаталитической волны начнется только после заполнения минимального числа интерференционных ячеек.
  Все это я сказал только для того, что бы дать понять, насколько не проста расшифровка рождения кристалла из обратимых затравок. А мы сразу хотим понять работу генома, исходя только из его свойства "штамповщика" строй материалов.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 27, 2019, 08:10:34
Игорь Антонов, я позже напишу про дрожжей. Пишу с планшета и длинный текст тяжело править
Как   обещал.
Из   синопсиса     редакции  журнала  Elife к  статье

A gene called BEM1 is crucial for yeast cells to establish polarity, that is, to allow the different sides of a cell to become distinct from one another. This activity is essential for the yeast to replicate itself. Previous studies have shown that the BEM1 gene had a different role in other species of fungi, which suggests that yeast may have other genes that previously assumed the role that BEM1 does now. In this study, Laan et al. removed BEM1 from yeast and allowed the population of mutant cells to evolve for a thousand generations. The approach differs from previous studies because Laan et al. deliberately selected for yeast that had acquired multiple genetic mutations that can together almost fully compensate for the loss of BEM1.

Initially, the mutant cells grew very slowly, were abnormal in shape and likely to burst open. However, by the end of the experiment, the cells were able to grow almost as well as the original yeast cells had before the gene deletion. Genetic analysis revealed that the deletion of BEM1 triggers the inactivation of other genes that are also involved in the regulation of polarity, which largely restored the ability of the disrupted polarity module to work. This restoration follows a ‘reproducible trajectory’, as the same genes were switched off in the same order in different populations of yeast that were studied at the same time.

ОК,   и      что  из   этого  следует ?   Что в  предложенной   экспериментальной  ситуации  как    пишут  сами авторы:

In our work, the selected mutations do not alter the structure of an existing protein to allow it to play Bem1's role of physically linking Cdc42 to Cdc24. Instead, other mutations that increase the half-life of Cdc42-GTP (and possibly other small G proteins) remove the need to hold Cdc24 and Cdc42 close to each other. We suspect that the differing effects of removing genes and altering gene dosage may control the type of mutations that allow cells to adapt to large genetic perturbations. If increasing the dosage of genes can reverse the effects of the perturbation, cells may recover by becoming aneuploid, as observed when duplicating chromosome XVI increases the dosage of two genes (MKK2 and RLM1) that help compensate for the absence of type II myosin (Rancati et al., 2008). In contrast, if removing inhibitors will increase fitness, point mutations that inactivate the inhibitors will be selected, as we observed. Investigating how cells recover from other perturbations in these and different pathways will test the validity of this speculation, reveal the mechanistic details underlying evolutionary change, and improve our understanding of how the self-organizing properties of modules affect the course of evolution.

На   самом  деле   делеция  или  инактивирующая  мутация   происходит  во всех    10   линиях в  одном  гене  - "We found three genes that were mutated at least three times: BEM3 (10/10), NRP1 (5/10), and BEM2 (3/10)." (из  результатов).  Эти     гены   входят в  один  сигнальный  путь  и  регулируют негативно  активацию  белка  Cdc42,    необходимого   для  нормальной    поляризации  дрожжевых  клеток.
"The nature of the mutated genes suggests how inactivating them improves the polarization of bem1∆ cells. BEM3 and BEM2 encode two of the four GAPs (GTPase Activating Proteins) in the polarity module that inactivate Cdc42 (Zheng et al., 1994) and other small G proteins by stimulating their intrinsic GTPase activity. Inactivating these genes should increase Cdc42 activity. "

Это    -  сухой  остаток    того,  что     написано в  статье.  Теперь  интерпретации.   Два  варианта.
1.   Интеллектуальный     замысел   -    ситуация     просчитана   клеткой  и   она  выбирает     единственный        возможный   путь.
2.  Идет     случайный   мутационный  процесс -   но  только     клетки с   инактивацией   гена ВЕМ3  начинают  быстро  расти  и  тем  самым    отбираются  в  предложенной   экспериментальной  ситуации.

Теперь  читаем   материалы  и  методы,
"The evolution experiments were initiated with 10 bem1∆ (A-lines) and 10 wild-type cultures (3aA-lines) (Figure 2A). The 10 bem1∆ cultures were derived from the same starting colony, and the 10 wild-type colonies were derived from an individual colony from the yLL3a strain. The individual colonies were dissolved into 1 ml YPD media and counted. Every independent 10 ml YPD culture was inoculated with 106 cells. The glass tubes were placed in a roller drum at 30°C. On the vast majority of days, we checked the culture density in the morning (10 am ±1 hr). If the culture density was <5.107 cell/ml, the cells were grown for another 24 hr, otherwise it was passaged as follows. First, 10 µl of the culture was pipetted into 10 ml of fresh YPD and placed in a roller drum at 30°C. Second, 1 ml of culture was mixed with 500 µl of 50% Glycerol in water and frozen at −80°C. Initially, cells were frozen down after every passage, however after passage 20 this was reduced to every five passages. "

То    есть  клетки   с  исходной  мутацией    растут  -    пусть  и  не   быстро.  И      ускорение  роста  происходит  где-то   на   30   поколении   при  исходном    внесении в  культуру  миллиона   дрожжевых  клеток.  При    этом  не  очень  ясно,  сколько  времени  требуется  на  ранних  пассажах   для  перехода  от  миллиона  клеток    до  50  миллионов  клеток.

Ну   и  опять  два  варианта   -    клетка   думает  медленно  и  плохо  и  только  некоторые   додумываются   до  правильного    пути.  Или  идет   случайный  мутационный  процесс  и в  некоторых  случаях     он   затрагивает   нужный  ген.    Его    нужность  обусловлена всем  предшествующим  развитием  данного    штамма  дрожжей.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 27, 2019, 09:02:48
  Можно любому акту деления генома поставить в соответствие поле распределения напряженностей - тензоров, как математического образа. Пусть любая мутация случайна, но не случаен обратный процесс исправления мутации. Вот это залечивание и рождает соответствующий тензор, как виртуально-математический образ работы, произведенной средой клетки.
  Следовательно, последующие случайности исправляются с учетом уже имеющегося тензора.
  Тогда будет справедливо утверждение
идет   случайный  мутационный  процесс  и в  некоторых  случаях     он   затрагивает   нужный  ген.    Его    нужность  обусловлена всем  предшествующим  развитием  данного    штамма  дрожжей.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 27, 2019, 09:19:15
Обратите  внимание    - в  данном случае  нет  обратной  мутации.  Есть  другая   мутация   -  которая  исправляет  фенотип   за счет  дальнейшей  деструкции  генотипа.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 27, 2019, 10:18:13
А промежуточный вариант не просматривается, по случаю?
Две альтернативы прописаны, а сам путь, интерференция между ними, представлена смутно. По моему, именно на это обращает внимание уважаемый василий андреевич.
В нашей теме зависимый от цитоскелета направленный перенос транскриптов не может сказываться: на скорости роста в поколениях или на "додумывании" до "правильного" пути - с переходами в детергент-нерастворимую фракцию?
Уважаемые Питер, Vladimirkox и другие профессионалы! Убедительно прошу Вас, пожалуйста, если опять сморозил глупость, постараться объяснить это и обстоятельства, определяющие невозможность формулирования промежуточной интерпретации. 
Но сильно не ругать, не иронизировать и к непоняткам отнестись с известной долей юмора и доброжелательности.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 27, 2019, 10:20:14
  "Обратный процесс исправления мутации" вовсе не "обратная мутация".
  Дело в том, что для математической абстракции не следует искать подходящую емкость. Как, например, мы поступаем с сознанием - лингвистической абстракцией, подыскивая ей емкость в мозге.
  Для начала достаточно "исправление" представить в образе вполне физической работы. Работа среды над "исправлением" системы геном - это созидание вполне материального потенциального поля, во фрактальной протяженности которого и будет происходить подходящая мутация. Подбор так же можно определить, как случайный, но уже с учетом предшествующего исправления. Следовательно, обязательно наступит момент, когда "нужная мутация произойдет в нужном месте".
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 27, 2019, 11:28:20
В нашей теме зависимый от цитоскелета направленный перенос транскриптов не может сказываться: на скорости роста в поколениях или на "додумывании" до "правильного" пути - с переходами в детергент-нерастворимую фракцию?
  Если я понял хоть процент, то уже хорошо. Потому, раз Вы любите физические ассоциации, то геном и принцип инерции можно согласовать в образе длиннючего состава из вагонов-генов. Инерция состава равна сумме инерций вагонов и грузов-молекул в этих вагонах. Мутация - удар по вагону, искривляющая не всю траекторию состава, но организующий волну по составу при сохранении общего направления (или покоя). Т.е. принцип инерции работает на поддержание динамического равновесия.
  Естественно, что для нивелировки волны требуется "перегруппировка частиц инерции". Эту задачу выполняют внутригеномные регуляторы. Каковы их названия - не ведаю. Но должно получится, что для поддержания сохранности/инерционности требуются молекулярные перестройки, усмиряющие деформационную волну вдоль состава.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 27, 2019, 12:10:51
Ну   и  опять  два  варианта   -    клетка   думает  медленно  и  плохо  и  только  некоторые   додумываются   до  правильного    пути.  Или идет   случайный  мутационный  процесс  и в  некоторых  случаях     он   затрагивает   нужный  ген.    Его    нужность  обусловлена всем  предшествующим  развитием  данного    штамма  дрожжей.
У них там в приложениях есть excel-файл (https://elifesciences.org/download/aHR0cHM6Ly9jZG4uZWxpZmVzY2llbmNlcy5vcmcvYXJ0aWNsZXMvMDk2MzgvZWxpZmUtMDk2Mzgtc3VwcDEtdjIueGxzeA==/elife-09638-supp1-v2.xlsx?_hash=7iqYjKBEtX8ze2uhvkK7IbNh8B%2BRGeLz371cvoCqlE8%3D), где представлены все найденные мутации в линиях дикого типа и в дефектных линиях. Там видно, что в целом мутации  единичны.  В то же время, в силу вероятностного характера случайных мутаций нужной мутации можно ждать бесконечно. А у них процесс восстановления функции происходил параллельно в нескольких линиях. И поскольку дефектный фенотип в каждой линии находился в окружении таких же как он фенотипов, то эволюционировать ему не было необходимости. Жить можно было плохо, но долго. Но он почему-то эволюционировал. Может быть, потому, что было плохо.

В целом, лёд тронулся, начался период экспериментов того типа, о котором я высказывался во втором сообщении этой темы. И это хорошо. Возможно, как было сказано в обсуждавшейся ранее статье, "биологию ждут интересные времена" не только в отношении негенетического наследования, но и в отношении механизмов изменчивости.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 27, 2019, 12:36:06
Ну, если поразмыслить, в определении "негенетическое" что-то есть. Та же культура и поведенческие стереотипы, в принципе, есть отдельные формы фенотипической вариативности. Если я правильно Вас понял, уважаемый И. Антонов, и, возвращаясь к мысли о промежуточной интерпретации, привычное нам наследование можно представить как генно-поведеченскую или генно-культурную комплементарность. Коэволюцию - если речь о развитии как о процессе?
 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 27, 2019, 14:30:25
Ну   и  опять  два  варианта   -    клетка   думает  медленно  и  плохо  и  только  некоторые   додумываются   до  правильного    пути.  Или идет   случайный  мутационный  процесс  и в  некоторых  случаях     он   затрагивает   нужный  ген.    Его    нужность  обусловлена всем  предшествующим  развитием  данного    штамма  дрожжей.
У них там в приложениях есть excel-файл (https://elifesciences.org/download/aHR0cHM6Ly9jZG4uZWxpZmVzY2llbmNlcy5vcmcvYXJ0aWNsZXMvMDk2MzgvZWxpZmUtMDk2Mzgtc3VwcDEtdjIueGxzeA==/elife-09638-supp1-v2.xlsx?_hash=7iqYjKBEtX8ze2uhvkK7IbNh8B%2BRGeLz371cvoCqlE8%3D), где представлены все найденные мутации в линиях дикого типа и в дефектных линиях. Там видно, что в целом мутации  единичны.  В то же время, в силу вероятностного характера случайных мутаций нужной мутации можно ждать бесконечно. А у них процесс восстановления функции происходил параллельно в нескольких линиях. И поскольку дефектный фенотип в каждой линии находился в окружении таких же как он фенотипов, то эволюционировать ему не было необходимости. Жить можно было плохо, но долго. Но он почему-то эволюционировал. Может быть, потому, что было плохо.

В целом, лёд тронулся, начался период экспериментов того типа, о котором я высказывался во втором сообщении этой темы. И это хорошо. Возможно, как было сказано в обсуждавшейся ранее статье, "биологию ждут интересные времена" не только в отношении негенетического наследования, но и в отношении механизмов изменчивости.
В    статье нет    одной  очень  важной  информации  -  сколько  времени  занимает  этап  от  миллиона  клеток   до  50  миллионов  ?
В    любом  случае  есть не  летальная  первая  мутация  - делеция.  Клетки с  ним  живут,  но    плохо  делятся.   Происходит  вторая   мутация,   клетки  начинают  делиться  и вытесняют    остальные   клетки.  Да,    мутация     в  одном   и  том  же  гене   -  но    мутации   разные.   Почему  в  одном  и  том  же  ?   Есть    сигнальный  путь,  контролирующий  поляризацию.  И   мутации   восстанавливающие  поляризацию  могут  пройти    только    в  этом   сигнальном  пути.  При   этом   белки  Cdc24  и   белки Cdc42  трогать    сложнее  -  циклин  зависимые   киназы  очень  многофункциональные. 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 27, 2019, 14:50:59
Да,    мутация     в  одном   и  том  же  гене   -  но    мутации   разные.
В линиях A1-A10 есть одинаковая мутация:
 The A-lines shared the same early stop mutation in BEM3

  И на случайность это не похоже, поскольку иных мутаций, которые преимущественно должны быть нейтральными,  единичные количества.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 27, 2019, 16:03:09
Тут   есть  тонкость

We sequenced a total of 10 bem1∆ lines: the eight bem1∆ A-lines that arose from the same starting colony and remained haploid, as described above. In addition, we sequenced two bem1∆ lines that were evolved from two independent different starting colonies in a trial experiment (T2 and T3)
И  ниже    (начиная  с  вашей   цитаты)
The A-lines shared the same early stop mutation in BEM3, but lines T2 and T3 independently acquired different early stop mutations in BEM3. The BEM3 mutation in the A-lines (Q61*) was acquired after germination of the spore that acted as their ancestor: cells from the original colony (Video 3) showed the same severe growth defects as freshly germinated bem1∆ spores
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 27, 2019, 16:17:59
Да, согласен, общая мутация в BEM3 в  A1-A10 имеет общее происхождение и на это я не обратил внимание.  Но в целом картина заключается в том, что из зафиксированных нескольких мутаций в дефектных линиях половина является адаптивной и специфичной для дефекта в гене BEM1.  На ненаправленную случайность происходивших мутаций это не похоже.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 27, 2019, 16:28:02
ВЫ   берете  миллионы  клеток, инкубируете  их   -   и  получаете  несколько  мутантных   линий  с   нормализованной  скоростью  роста.  При    отборе  на   скорость  роста.   И  при  этом     в одной  из  трех  независимых  линий  клеток  мутация  произошла  до  начала  отбора.   Я  ничего  не  напутал ?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 27, 2019, 16:33:00
в одной  из  трех  независимых  линий  клеток  мутация  произошла  до  начала  отбора.
Одна мутация.  Из трёх различных адаптивных мутаций. Вторая из которых независимо возникала пять раз, а третья - три в параллельных линиях.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 27, 2019, 16:52:40
ГЛАВНАЯ    мутация.  Вторая  и  третья  в  пяти  и  трех   линиях.
Но All five mutations in NRP1 (all in A-lines) were independently acquired early stop mutations, whereas in BEM2 we found a promoter mutation (line T2) and two amino acid substitutions (line A1 and A2), which are radical substitutions at conserved position
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 27, 2019, 17:10:38
Да, главная. Но и главная независимо возникала в трёх линиях, а в нескольких линиях к главной добавлялись вторая и третья, тоже имевшие адаптивный эффект.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Злата от Январь 28, 2019, 09:33:09
Я - женщина темная-малограмотная.
По-моему, давно уже нет ни "ламаркизма", ни "дарвинизма" в понимании 19 века.
Фраза "наследование приобретенных признаков" - просто очень темная, неопределенная.
Если брать в смысле "жирафы тянут шеи" - нет, не наследуется.
"Мышам отрезали хвосты" - не наследуется.
А остальное - сложное взаимодействие генов и среды.
Человек заразился СПИДом - может наследоваться. Помимо генов, причем.

А вот  беременная женщина пьет водку.
Ребенок уже с рождения - алкоголик.
Не обязательно это повлияло на гены. Может быть - на мозг и обмен веществ. Но если у него будет доступ к спиртному - он будет пить и передаст это своим детям.
А может быть и другой вариант. Алкоголь - мутаген. Ребенок может родиться инвалидом.



Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Метвед от Январь 28, 2019, 10:03:57
Я - женщина темная-малограмотная.
По-моему, давно уже нет ни "ламаркизма", ни "дарвинизма" в понимании 19 века.
Фраза "наследование приобретенных признаков" - просто очень темная, неопределенная.
Если брать в смысле "жирафы тянут шеи" - нет, не наследуется.
"Мышам отрезали хвосты" - не наследуется.
А остальное - сложное взаимодействие генов и среды.
Человек заразился СПИДом - может наследоваться. Помимо генов, причем.
............................
Жирафы имеют разброс длины шеи и отбор поддерживает оптимальное среднее значение. Сама эта длинная шея сформировалась
тоже путём отбора, то есть, предки жирафов таки шеи тянули и те кто больше доставали съестного передавали потомкам свои несколько более длинные шеи.
Вопрос - сколько поколений надо чтобы из человека прямоходящего (прямые ноги) получился ездец на лошади кривоногий.  Нисколько, достаточно с детства постоянно ездить на лошади.  Ноги сами становятся кривенькими.  А теперь другой вопрос,
наследуется ли оная кривизна нижних конечностей?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 28, 2019, 10:07:30
Давайте  все-таки  четко  использовать  термины  и  не  путать  наследственные  изменения  и  врожденные   пороки  развития.   Четко  понимать,  что  инфицирование     плода  вирусом  ВИЧ,  герпеса,  папилломы   -   не  имеет   никакого   отношения  к  наследственности.
Наследование  -   изменение  генома  половых  клеток.  Или в  результате случайной    мутации  (Дарвин  и   Ко),  или в  результате    переноса    в  герминативный  геном    информации   о  нужной  длине  хвоста  или  шеи   и  направленного     мутирования  определенного  участка  в  геноме с  целью  обеспечения    это  длины  у  потомства  (Ламарк  и  Ко)

Да,  и  алкоголь  -   не  мутаген.  Но   тератоген.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Злата от Январь 28, 2019, 11:06:09
А теперь другой вопрос,
наследуется ли оная кривизна нижних конечностей?
Напрямую - нет.
Но если у воинов Чингис-Хана лучше выживали люди с кривыми ногами, то может и закрепиться полезная мутация.

или в  результате    переноса    в  герминативный  геном    информации   о  нужной  длине  хвоста  или  шеи
Ламарк и Дарвин не имели в своем словарном запасе таких слов, как "геном" и "мутация".
Их представления о наследственности и изменчивости были очень расплывчатыми.
Ваша формуливовка - в понятиях ХХ века.
ИМХО, генетики ХХ века развели взгляды Ламарка и Дарвина дальше друг от друга, чем они были в реальности.
А сейчас - снова изучается "пограничная область".
КАКИМ ОБРАЗОМ приобретенные признаки могут попасть в геном.
А дальше - пройдут через отбор, если полезны.

Давайте  все-таки  четко  использовать  термины  и  не  путать  наследственные  изменения  и  врожденные   пороки  развития. 
Врожденные пороки развития могут быть вызваны мутациями в генах, а могут - и не быть.
А сейчас еще - всякое метилирование генов итп - запутывает ситуацию...
Вирусы могут встраиваться в геном.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Метвед от Январь 28, 2019, 11:47:55
А теперь другой вопрос,
наследуется ли оная кривизна нижних конечностей?
Напрямую - нет.
Но если у воинов Чингис-Хана лучше выживали люди с кривыми ногами, то может и закрепиться полезная мутация.
Так они все были с кривыми ногами. Не из-за мутации а по причине каждодневной продолжительной езды на лошади с раннего детства.  Ноги то человека прямоходящего почему прямые, да потому что нога растёт под нагрузкой приложенной по оси костей
а у ездецов Чингисхана ноги росли под действием изгибающих нагрузок от их веса и скривились.  На кривых ногах ведь тоже можно ходить только не далеко и не быстро.  Вопрос, могла ли возникнуть и закрепиться мутация делающая кости ног кривенькими и у безлошадных?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 28, 2019, 12:21:39
Так, по моему, еще А. Вейсман попытался ответить на подобный вопрос. По результатам отрезания хвостов в поколениях он решил, что последствия травмирующих воздействий не сохраняются у потомков. Кстати, именно и только об этом он в той работе и писал, а не о сохранении приобретенных признаков вообще.
И еще, тоже, кстати. Стоит почитать последние работы А. Вейсмана, написанные уже в 1890-х, если не ошибаюсь. Боюсь, что он повторил судьбу Ч. Дарвина, не просто отказываясь от критики наследования благоприобретений, а признавая возможность оного.
Это я к тому, чтобы ламаркисты вперед почитали об этом, а не огульно, с чужого слова, вешали на А. Вейсмана всех, так сказать, "собак" дарвинизма.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 28, 2019, 12:35:12
Вообще, совет - читайте первоисточники. Меньше, наверное, ляпать будем.
Тот же Т. Д. Лысенко. Если почитать его труды, можно увидеть, что он последовательно выступал не против самого понятия "ген", а против атомистической догмы о его неизменяемости. Потому и кончил, наверное, закономерно. Впав, судя по всему, под конец жизни в откровенную религиозность, проповедуя возможность вмешательства в геном свыше. Это я для радикально настроенных ламаркистов пишу.
Хотя один из них, в личной беседе, пытался убедить меня, что тем самым тов. Лысенко предвосхитил идею о редактировании генома. Мол, тоже, направленный произвол со стороны, так сказать... 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Максет от Январь 28, 2019, 12:45:21
Вопрос - сколько поколений надо чтобы из человека прямоходящего (прямые ноги) получился ездец на лошади кривоногий.  Нисколько, достаточно с детства постоянно ездить на лошади.  Ноги сами становятся кривенькими.  А теперь другой вопрос,
наследуется ли оная кривизна нижних конечностей?
Да, наследуется. Лет двадцать-тридцать назад я часто встречал на улицах кривоногих соотечественников, даже молодых, хотя кочевниками мы не являемся уже лет наверное не меньше ста. А сейчас их почти не осталось.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 28, 2019, 12:48:01
Да ну!
И работы, подтверждающие факт такого наследования, тоже, предположу, имеются?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 28, 2019, 12:51:51
А кубанские казаки, вот, по моему, тоже с лошадей не слезали поколениями.
Как у них-то?
Мож, все дело в закреплении поведенческих стереотипов? Штука, пожалуй, поупертее генетики будет.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Метвед от Январь 28, 2019, 14:03:12
А кубанские казаки, вот, по моему, тоже с лошадей не слезали поколениями.
....................
Не, кубанские казаки ни разу не кочевники. Чтобы ноги стали кривенькими от езды на лошади надо жить примерно так:
Аммиан Марцеллин о гуннах (https://history.wikireading.ru/300187)
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 28, 2019, 14:18:57
И, что, Вы утверждаете, что это наследуется через приобретенное через это изменение генома?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 28, 2019, 14:26:13
Интересующихся прошу обратить, дополнительно, внимание на варусную деформацию и положение ягодичных мышц в младенчестве и потом, по ходу индивидуального развития.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 28, 2019, 14:31:09
Ещё одно экспериментальное исследование на тех же дрожжах, подтверждающее точку зрения, что эволюционная адаптация в общем случае не связана со случайными мутациями генов:

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(15)01425-7

Там исследовалась способность дрожжей адаптироваться к выключению обнаруженных у них жизненно важных генов, которых более 1000. Было выяснено, что
∼9% of these genetic perturbations could in fact be overcome by adaptive evolution
То есть в 9% случаев последствия удаления жизненно важного гена преодолеваются адаптивной эволюцией, наблюдаемой в эксперименте.  При этом компенсирующие механизмы имеют тенденцию повторятся в различных линиях и могут быть не связаны непосредственно с мутациями генов. В частности, характерной общей чертой реакций на удаление определенных генов стало дублирование определенной хромосомы или удаление определенной хромосомы из генома.  Я напомню, что эти изменения приводили к компенсации функциональных нарушений, вызванных выключением важных генов. И компенсация происходила без приобретения каких-либо новых генов.  То есть, клетки реорганизуют свою работу не под влиянием новых генов, а скоординированно реагируя, как целостная система, на функциональные нарушения. Собственно мутации в генах, обнаруженные в подверженных адаптивной эволюции линиях, как и в предыдущем обсуждавшемся эксперименте, оставались единичными.



Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 28, 2019, 14:55:42
" стало дублирование определенной хромосомы или удаление определенной хромосомы из генома.  "  То   есть  изменение   дозы  гена.  А   это вообще    основной   путь   эволюции    геномов   -    большие   дупликации,    вплоть  до    полногеномных.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 28, 2019, 14:56:35
Вопрос - сколько поколений надо чтобы из человека прямоходящего (прямые ноги) получился ездец на лошади кривоногий.  Нисколько, достаточно с детства постоянно ездить на лошади.  Ноги сами становятся кривенькими.  А теперь другой вопрос,
наследуется ли оная кривизна нижних конечностей?
Да, наследуется. Лет двадцать-тридцать назад я часто встречал на улицах кривоногих соотечественников, даже молодых, хотя кочевниками мы не являемся уже лет наверное не меньше ста. А сейчас их почти не осталось.
Рахит,  рахит,  рахит ...
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 28, 2019, 15:11:41
" стало дублирование определенной хромосомы или удаление определенной хромосомы из генома.  "  То   есть  изменение   дозы  гена.  А   это вообще    основной   путь   эволюции    геномов   -    большие   дупликации,    вплоть  до    полногеномных.
Питер, Вы сами должны понимать, что механическое изменение дозы другого гена для компенсации утраченной функции жизненно важного гена в общем случае ничего не даёт. И если после дупликации совокупно изменяется доза всех генов, присутствующих  на хромосоме, то это скорее будет нарушением штатного функционирования клетки, а не компенсацией каких-либо нарушений. То есть, работать это будет только в том случае, если клетка будет использовать состав новой копии хромосомы избирательно и скоординированно.  И, заметьте, происходит это  не под контролем или управлением  каких-либо новых генов.

Классическая схема эволюции через дупликацию - это дупликация как отправное событие для будущей эволюции с последующим расхождением копий, как собственно эволюцией. Здесь же никакого генетического расхождения нет, а эволюция есть.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 28, 2019, 17:17:00
Почему  ?    Очень  многие  функции     контролируются  по  альтернативным pathway.   При  этом активности  альтернативного    пути  может  не   хватать  -    а  дупликация    даст    допактивность.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 28, 2019, 17:29:55
Питер
Но по Вашей модели альтернативный путь вместо действующего пути, который сломали, тоже должен включаться каким-то геном.  Но когда ломают актуальный  путь, приспособленность особей резко падает и альтернативный путь при этом автоматически не включается. А если он был ранее и отрабатывался, то должен работать и со штатным набором хромосом. А конфигурация  клетки с удвоенной хромосомой для этой линии нова и отбором вылизываться не могла.  Для дикого типа, как отмечено в той же статье, такое  удвоение обычно сопровождается относительным снижением приспособленности. То есть, в экспериментах из этой статьи происходит адаптация клетки к новым для нее и проблемным условиям при том же наборе генов.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 28, 2019, 17:49:55
А если в этой адаптации и играют роль те пары мутаций в генах, которые обнаруживают в новых линиях, то в силу единичности этих мутаций адаптивная их роль тоже случайной не будет.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 28, 2019, 18:05:37
И, вообще, Питер, то, что клетка не рассыпается после удвоения хромосомы, никогда ранее в ее истории не происходившем, а продолжает скоординированно функционировать, решая новые проблемы, уже одно это должно доказывать думающему человеку, что живая клетка -  не автомат, управляемый генами.  Поскольку это событие - не микрошаг, а мощный структурный вброс, от которого любой автомат, функционирующий по механистичным законам, пошёл бы только вразнос.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 28, 2019, 19:04:09
Последовательность  событий
 A  - D

Переход  от   А  к  D   возможен   через   2  пути     -   B   и   C.   При   этом   в  норме   путь  В   основной,   путь  С  -   альтернативный.   
Делеция  пути   В.    Для  выживания    нужен  D  в   определенном  количестве.    Пути  С   не  хватает    -  дуплицируем  его.

Можно   считать,   что  это  продумано.  Можно   -  случай,  есть    миллионы  клеток.   В  одной  произошла  дупликация  ...

В  общем  нам  с  вами  сойтись  сложно. 
Эксперимент  необходимый  понятен.    Берем    некий  признак,     который   контролируется  одним    геном  -   причем   геном,  регулируемым  эпигенетически.  Изменяем  условия  так,  чтобы   экспрессия   этого  гена  изменилась.   Опять  же   эпигенетически.    И  держим  в   этих  условиях       много   поколений.   И    смотрим   за  структурой  гена   -    возникнет  ли в   соматических  клетках  мутация,    которая   изменит   экспрессию  гена  в  нужном  направлении  -  без изменения  эпистатуса.  Возникла   ?   Теперь  смотрим  ее  перенос  в  герминативные  клетки.

Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 28, 2019, 19:06:40
И, вообще, Питер, то, что клетка не рассыпается после удвоения хромосомы, никогда ранее в ее истории не происходившем, а продолжает скоординированно функционировать, решая новые проблемы, уже одно это должно доказывать думающему человеку, что живая клетка -  не автомат, управляемый генами.  Поскольку это событие - не микрошаг, а мощный структурный вброс, от которого любой автомат, функционирующий по механистичным законам, пошёл бы только вразнос.

Дети  с  синдромом   Дауна    живут   -   хотя  и  не  очень  хорошо.   Огромное     количество  CNV (copy   number  variation) с   дупликациями\делециями   размером   более   миллиона  п.н.   -  и    совсем  без   симптоматики. 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 28, 2019, 20:19:47
В  общем  нам  с  вами  сойтись  сложно.
Эксперимент  необходимый  понятен.    Берем    некий  признак,     который   контролируется  одним    геном  -   причем   геном,  регулируемым  эпигенетически.  Изменяем  условия  так,  чтобы   экспрессия   этого  гена  изменилась.   Опять  же   эпигенетически.    И  держим  в   этих  условиях       много   поколений.   И    смотрим   за  структурой  гена   -    возникнет  ли в   соматических  клетках  мутация,    которая   изменит   экспрессию  гена  в  нужном  направлении  -  без изменения  эпистатуса.  Возникла   ?   Теперь  смотрим  ее  перенос  в  герминативные  клетки.

Для меня критически важна скоординированная реакция клеток на генетические изменения, а не упорядоченность самих генетических изменений. Второе может быть существенным  ускорителем эволюции, но не является абсолютно необходимым условием.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Vladimirkox от Январь 28, 2019, 20:36:16
Четко  понимать,  что  инфицирование     плода  вирусом  ВИЧ,  герпеса,  папилломы   -   не  имеет   никакого   отношения  к  наследственности.
А интеркаляция вирусного генома в клеточный - имеет отношение к наследственности, прэлэстно...
А для повышения вероятности интеркаляции имеется иммунологическая привилегированность гонад и плаценты.
Ой, что-то границы стали размываться.

Была не шаблонная информация о том, что в мозге матери обнаруживали ДНК плода.
Я понимаю, что в плоде обнаружить ДНК матери мешает кроссинговер, но не сильно удивлюсь если материнское ДНК обнаружат у детеныша, ну - да, чуть больше гаплоидного+митохондриального+цитоплазматического.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 28, 2019, 20:42:37
То есть морфогенез?
Имеются аллостерические белки, вступающие во взаимодействие с опероном.
Тут это может пригодится?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 28, 2019, 21:02:52
Уважаемый Vladimirkox, написав о материнской ДНК в тканях плода - это Вы не микрохимеризме, по случаю?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 28, 2019, 21:14:46
Ой, что-то границы стали размываться.
  Одинокий электрон имеет разметку о вероятности своего пребывания в разных точках пространства, так почему в этой разметке отказывать геному?
  Геном - не план будущего организма, а кодировщик химических и эл.маг. сигналов, посылаемых декодировщикам в удаленных частях тела, плода и околоплодного пространства.
  Нет роковой проблемы, если добавлен или убавлен ген, другая совокупность генов вполне справится с разметкой зон приема сигналов. А вот уже на местах, там где необходима работа определенного гена, его отсутствие должно замещаться регуляторной деятельностью других генов - ведь разметка "как должно быть" есть изначально.

  Бардак начнется, если мы допустим наследование феноменальностей. Эволюция в несколько поколений приведет к редукции достоверности в хаос вероятностей. Но и подчинение мутациям - это тот же путь к рассеянию. Потому единичная мутация на фоне мириада "немутаций" не сможет значительно исказить разметку точек декодеров. А как сработают сами декодеры, строя свой маленький рай - то уже частный случай - обходных путей много больше единственного. Достоверным событием станет то, к которому ведет наибольшее число вероятных путей.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 28, 2019, 21:41:35
Ну, естественно.
Естественна сверхконсервативность отдельный участком генома.
Но организм, по логике, прислушивается к аргументам среды. А в ней - всегда организуется "обходных путей много больше единственного".
В том же и есть геометрия комплементарности.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 28, 2019, 21:42:28
Или, опять "сморозилось"?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 28, 2019, 22:20:41
Или, опять "сморозилось"?
  Нет. Есть понятие морфогенетического поля, но, к сожалению, на нем много спекулятивного навесилось. Но есть еще не истоптанное понятие морфологического поля. Можно его понимать как тензорное, если есть математический навык. А можно как аналог Шредингеровской функции вероятности распределения. А если совсем туго, то можно полет электрона представить как рой вспыхивающих и гаснущих "недоэлектронов" - греха особого не будут, важно лишь, что конкретный электрон можно обнаружить в любой точке роя. Это и есть морфологическое поле электрона.

  Геном, даже самый простейший, порождает, как конкретную ближнюю разметку, предопределяющую метоз-мейоз, так и дальнюю, реализуемую уже по принципу случайности обнаружения клетки в том или ином месте.
  Сложный геном - это сумма вероятностей обнаружить его в конкретном месте, как достоверность. На практике, разметка плода последовательно заполняется стволовыми клетками, ведущими собственную все менее масштабную разметку при постоянной потере "стволовости". Клетка, случайно оказавшаяся в поле на несоответствующем разметке месте - уничтожается, как бы проигрывая борьбу за выживание.
  Уничтожение клеток и есть та полезная работа, которая формирует все большую вероятность появления той достоверности, которая знаменуется в виде части организма. Чем больше клеток приходится уничтожать, тем выше вероятность, что совокупность оставшихся будет соответствовать условиям внешней среды. Потому постоянные мутации при делениях клетки нивелируются работой по выбору оптимальной.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 28, 2019, 22:28:53
Похоже, что геометрию, организованную физико-химическими закономерностями, мы, с ходу, можем принять за результат разумного вмешательства.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 28, 2019, 22:43:16
  В том-то и беда, что можем, и даже принимаем.
  Но почему, дифракционную решетку, направленную в хаос излучения, мы принимаем как не связанную даже с нашим разумом. А то, что видим за решеткой, как спектральное распределение? Уже вопросец для чесания затылка.
  Вот и геном пусть будет для начала только решеткой, организующей из хаоса химических реакций "спектрально"химическое распределение. Ну или как Нох-ген, рулит распределением в еще не сформировавшейся конечности. Главное, что в будущей конечности уже начинается борьба за право быть "правильной" клеткой, отвечающей за спектральное распределение от "командира".
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Vladimirkox от Январь 29, 2019, 06:09:14
Вы не микрохимеризме, по случаю?
О! Микрохимеризм - это интересно. У Вас есть данные о степени выраженности феномена? При получении ГМО-животных используют микрохимеризм, но насколько это выраженно в природе я не знаю.
Есть ещё ми-РНК и пр.экзосомы, вероятно и они могут что-то делать.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 29, 2019, 08:32:57
Лично для меня эта тема косвенно "больная". У близкого мне человека - ревматизм, компенсированный, пока.
Потому, давно уже, между делом, пришлось покопаться в специальной литературе, в ходе чего обнаружился первоисточник: Bianchi, DW; Zickwold GK, Weil GJ, Sylvester S, DeMaria MA. Male fetal progenitor cells persist in maternal blood for as long as 27 years postpartum. 1996. Proc Natl Acad Sci U S A. 93 (2): 705—708.
Ксерокс статьи сейчас доступен в сети, вот ссылка: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC40117/.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 29, 2019, 08:37:47
На сайте журнала, кстати, есть линки связанных темой материалов.
Буду рад, уважаемый  Vladimirkox, если они окажутся для Вас также интересными.


Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 29, 2019, 09:23:54
В  общем  нам  с  вами  сойтись  сложно.
Эксперимент  необходимый  понятен.

Как мы видим по ряду публикаций, эпоха эволюционных экспериментов, сопровождаемых полным генетическим анализом началась.
Примеры таких публикаций в теме:

https://elifesciences.org/articles/09638

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(15)01425-7

И что мы видим в этих публикациях?  Адаптация клеток к серьёзным повреждениям происходит за десятки-сотни поколений без какого-либо вклада случайных мутаций в генах или отбора аллелей в этот процесс, поскольку эволюционируют гаплоидные линии.  То есть, закономерность микроэволюционной адаптации налицо, но в терминах неодарвинистских эта микроэволюция просто не может быть описана, поскольку не происходит ничего, что с точки зрения этой версии эволюционной теории лежит в основе эволюционных процессов.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 29, 2019, 10:42:20
Адаптивные   МУТАЦИИ.  Изменение    копийности    -     это    мутации.   И  опять      же   случайные   - в  каких-то  клетках  они  происходят    и   эти     клетки  вытесняют  остальной  пул.  А в  большинстве  нет.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 29, 2019, 10:53:18
Механическое изменение копийности без изменения регуляции  экспресии и транспорта продуктов синтеза ничего не даст для исправления системных поломок клетки. Если Вы этого не понимаете, то нам, действительно, сойтись сложно. А схема регуляции экспрессии и транспорта в клетке в том случае,  если она жёстко детерминирована генами, как это представляется Вам, не должна меняться в этой ситуации.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 29, 2019, 11:08:43
Лично для меня эта тема косвенно "больная". У близкого мне человека - ревматизм, компенсированный, пока.
Потому, давно уже, между делом, пришлось покопаться в специальной литературе, в ходе чего обнаружился первоисточник: Bianchi, DW; Zickwold GK, Weil GJ, Sylvester S, DeMaria MA. Male fetal progenitor cells persist in maternal blood for as long as 27 years postpartum. 1996. Proc Natl Acad Sci U S A. 93 (2): 705—708.
Ксерокс статьи сейчас доступен в сети, вот ссылка: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC40117/.

Глупый   вопрос    -  вы     имели   дело с    ПЦР  и   грязью    при  ПЦР  ?  Я     статью     прочитал   и  у  меня  очень  глубокие   методические     сомнения. Там    двойная     амплификация  плюс  Саузерн  -  и  не  хватает    контролей.  А   сигнал   на    9  и 14  дорожках  практически    идентичен ...
И   более    поздняя  статья   -    тоже   ПЦР,  но  уже  реал-тайм.  И   опять  сомнения  мучают  - сибргрин,    и  на    женской     ДНК    сигнал  растет,    и  нет  ни  одной  кривой   для   сравнения  того.  что  авторы  считают Y+  и Y- материнской    ДНК
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3084949/
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 29, 2019, 11:13:59
Механическое изменение копийности без изменения регуляции  экспресии и транспорта продуктов синтеза ничего не даст для исправления системных поломок клетки. Если Вы этого не понимаете, то нам, действительно, сойтись сложно. А схема регуляции экспрессии и транспорта в клетке в том случае,  если она жёстко детерминирована генами, как это представляется Вам, не должна меняться в этой ситуации.

Еще    раз    -    нам   для  существования  клетки  необходим  продукт  А.    Для  его    получения  важен    ген   А1  -   но   его   делеция  не    убивает  клетку,   так как  этот  продукт  А     может  синтезироваться    другим ферментом,  кодируемым  геном  А2.  В  итоге    синтезируется    его  количество,  достаточное      для  выживания   -  но  не  для   быстрого  роста.  Для  его   нормализации  надо  как-то     повысить  количество    продукта  А.   Два  варианта  -   миссенс  мутации с  повышением    каталитической  активности фермента   А2.  Или  повышение   экспрессии  гена   А2  с  увеличением  количества  его  белка.  Самый  простой  вариант  -  дупликация  гена.  Вся   регуляция    сохраняется  -  фланки  тоже   дуплицированы.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: ArefievPV от Январь 29, 2019, 12:15:19
Возможно, будет интересно...
http://elementy.ru/novosti_nauki/433419/Sluchaynaya_izmenchivost_gennoy_ekspressii_u_Arabidopsis_thaliana_podchinyaetsya_strogim_zakonomernostyam
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 29, 2019, 12:33:39
Механическое изменение копийности без изменения регуляции  экспресии и транспорта продуктов синтеза ничего не даст для исправления системных поломок клетки. Если Вы этого не понимаете, то нам, действительно, сойтись сложно. А схема регуляции экспрессии и транспорта в клетке в том случае,  если она жёстко детерминирована генами, как это представляется Вам, не должна меняться в этой ситуации.
Еще    раз    -    нам   для  существования  клетки  необходим  продукт  А.    Для  его    получения  важен    ген   А1  -   но   его   делеция  не    убивает  клетку,   так как  этот  продукт  А     может  синтезироваться    другим ферментом,  кодируемым  геном  А2.  В  итоге    синтезируется    его  количество,  достаточное      для  выживания   -  но  не  для   быстрого  роста.  Для  его   нормализации  надо  как-то     повысить  количество    продукта  А.   Два  варианта  -   миссенс  мутации с  повышением    каталитической  активности фермента   А2.  Или  повышение   экспрессии  гена   А2  с  увеличением  количества  его  белка.  Самый  простой  вариант  -  дупликация  гена.  Вся   регуляция    сохраняется  -  фланки  тоже   дуплицированы.

Когда Вы иным способом, чем до поломки старого механизма, синтезируете продукт A, то и это не является готовым решением проблемы. Потому что в рамках работы клеточных механизмов продукт должен синтезироваться в определенных количествах и транспортироваться в определенное место, участвовать в определенных взаимодействиях. И механическая подстановка другого способа синтеза без адекватной подстройки к нему клетки, опять же, ничего не даст.

Если эксперименты такого рода будут продолжены и ситуация, описанная в первой статье
https://elifesciences.org/articles/09638
будет закономерно воспроизводиться, то есть, адаптивная эволюция будет закономерно происходить, в  том числе, без дупликаций и при единичных мутациях, то это наглядно покажет, что в качестве объяснения микроэволюционной адаптации у дрожжей схема СТЭ не работает. И не факт, что как существенный фактор эволюционных процессов она работает хоть где-то ещё.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Метвед от Январь 29, 2019, 12:53:13
Когда Вы иным способом, чем до поломки старого механизма, синтезируете продукт A, то и это не является готовым решением проблемы. Потому что в рамках работы клеточных механизмов продукт должен синтезироваться в определенных количествах и транспортироваться в определенное место, участвовать в определенных взаимодействиях. И механическая подстановка другого способа синтеза без адекватной подстройки к нему клетки, опять же, ничего не даст.
Внутриклеточный транспорт прост аки мык коровий по большей части это обычная диффузия по градиенту концентрации.  Там не надо ничего тонко подстраивать и настраивать.  Меньшее количество компенсируется большим временем, и т.п. То есть, человек не может дышать жопой таракан в принципе может ну а клетка и подавно.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 29, 2019, 12:55:26
Тем, у кого всё просто, очень повезло в этой жизни.


Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Метвед от Январь 29, 2019, 13:04:16
Ну да, масштабные эффекты. То что доступно бактерии не доступно таракану. Бактериями в принципе можно даже выстрелить из пушки. В этом масштабе ускорение в много тысяч же  микроскопическому комочку слизи по барабану.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 29, 2019, 13:05:00

Внутриклеточный транспорт. Принципы регуляции. (https://www.fbras.ru/wp-content/uploads/2017/10/minin.pdf)
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Метвед от Январь 29, 2019, 14:00:16
Ну так и у таракана трахеи тоже образуют сложную разветвлённую систему. А один хрен в тех трахеях происходит диффузия, по градиенту концентрации. Можно в принципе дышать хоть ротом хоть жопой. Но только пока тельце махонькое. Так и в клетке. Нет там никаких особых регуляторов акромя  размеров дырок.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 29, 2019, 14:06:49
Хорошо, если Вы пьёте. Если же трезвый пишете, то дело хуже.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Максет от Январь 29, 2019, 15:28:21
Да ну!
И работы, подтверждающие факт такого наследования, тоже, предположу, имеются?
Говорю про то, что наблюдал собственными глазами в течение 30 лет.
Я сам казах, родился и жил в Узбекистане. Там кривоногих почти нет. 30 лет назад переехал в Казахстан. Здесь сразу бросились в глаза кривоногие молодые казахи и казашки. Сейчас их почти не осталось. Молодежь стала стройней.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 29, 2019, 17:09:32
по большей части это обычная диффузия по градиенту концентрации.
  "По большей части", конечно, оправдание. Но рассмотрите хотя бы осмос. Транспортировка микроэлементов в стволе дерева идет от меньшей концентрации к большей.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 29, 2019, 17:41:31
Вся   регуляция    сохраняется

По поводу сохраняющейся регуляции.
Вот работа, где на схожей с предыдущими обсуждавшимися экспериментами эволюционной  дистанции исследовалась параллельная адаптация  дрожжей к голоданию и как раз в плане того, что происходит с регуляцией:

https://www.pnas.org/content/96/17/9721

И результаты:

Several hundred genes were found to have significantly altered expression in the evolved strains. Many of these genes showed similar alterations in their expression in all three evolved strains.

И при этом комплексном изменении регуляции адаптивная эволюция сопровождается единичными мутациями, которые либо для нее не специфичны, либо не случайны.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 30, 2019, 09:00:27
Ещё одно недавнее исследование параллельной адаптивной эволюции линий дрожжей с фантастическими результатами: в трех параллельно эволюционирующих линиях единственными (!) обнаруженными с 47 по сотое поколение мутациями являлись адаптивные мутации в гене GAP1 (cоответствующая xls таблица есть в приложениях):

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5903863/

Таким образом, неслучайность адаптивных мутаций у дрожжей фактически доказана в различных экспериментах.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 30, 2019, 10:18:25
ОТОБРАННЫХ   адаптивных  мутаций.    Игорь,  вы все  время  об   этом  забываете   -    миллионы  и  миллионы   клеток   погибают,   не  мутировав.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 30, 2019, 10:26:42
Питер. а где там нейтральные мутации, которые должны преимущественно фиксироваться при сколько-нибудь существенном мутационном фоне?
Обратите внимание на сверхпоказательный интервал с 47 по 104 поколение (вкладка 1A):

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5903863/bin/elife-32323-supp1.xlsx

На этом интервале никаких новых мутаций не появляется, но в разы увеличивается число мутаций в гене GAT1. То есть, разные клетки целенаправленно (не побоюсь этого слова) изменяют один и тот же ген.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 30, 2019, 10:29:05
Я  выше  написал  схему    эксперимента.  Игорь,  Вы  с  ней   согласны   как  с  некой   программой   действий ?  Потому  как  если  да   -  можно  думать  дальше,  уходить в  конкретику.
Ещё одно недавнее исследование параллельной адаптивной эволюции линий дрожжей с фантастическими результатами: в трех параллельно эволюционирующих линиях единственными (!) обнаруженными с 47 по сотое поколение мутациями являлись адаптивные мутации в гене GAP1 (cоответствующая xls таблица есть в приложениях):

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5903863/

Таким образом, неслучайность адаптивных мутаций у дрожжей фактически доказана в различных экспериментах.


Да  и все   не  так  однозначно.  См.  рисунок  1  в  статье.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 30, 2019, 10:32:37
Нет, однозначно. Поскольку при низком уровне фиксируемых мутаций, независимо повторяющиеся адаптивные мутации ( в разных экспериментах) случайными однозначно не являются.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 30, 2019, 10:38:23
Я  выше  написал  схему    эксперимента.  Игорь,  Вы  с  ней   согласны   как  с  некой   программой   действий ? 

Что касается экспериментов, то эксперименты о которых говорил я во втором сообщении темы уже проводят. И мы обсуждаем их результаты
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 30, 2019, 11:50:59
We performed targeted deep sequencing for 12 loci: GAT1, MEP2, LST4, VAC14, RIM15, YBR271W, RPL26B, YKL050C, WHI5, DAL81, TPK3 and YKL162C. These loci are either genes that (1) contain high frequency SNPs identified in population sequencing or (2) have been repeatedly identified as containing acquired variants in prior LTEEs in nutrient-limited chemostats. For each locus, we amplified the entire coding sequence plus 1 kb upstream and downstream of the ORF using PCR. We then randomly fragmented PCR products using sonication to a size of ~250 bp and prepared DNA sequencing libraries using the identical protocol used for population sequencing. Amplicon libraries were sequenced using an Illumina MiSeq in a 2 × 250 bp mode such that the two paired reads overlapped and each insert was sequenced twice. Only overlapping regions were used for allele frequency estimation and thereby we were able to dramatically reduce the false positive SNP call rate. For SNP frequency estimation, the average read coverage from amplicon sequencing was ~50,000. Using SNVer, we determined minor allele frequency mutations for all variants present at a frequency of ≥1%.

То есть  секвенировали с   большой  глубиной  только часть  генов.  И   варианты  есть  -  они  на   рисунке  1  обозначены.  И  некоторые  из  них весьма частые, а  некоторые с  сложной  судьбой   взлета  и  падения  частоты.  Ну  нет   там  простой  картины    только    один CNV  как   мутация  -  и    дальше  пустырь.  особенно в  R2.  И   еще   -  нигде   двукопийности  нет  с  частотой  100%.  И  есть  вариант аж с  8  копиями     этого CNV.     Подбор,   пробы  и  ошибки  ... Посмотрите  на  рисунок 1е,  какой  перебор  вариантов.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 30, 2019, 11:54:32


Я  предложил  абсолютно   другую    схему   -  направленную  именно  на  анализ  фиксации  соматического  изменения   в  герминативном    геноме.  Опыты  с  одноклеточными не  показательны   -   миллионы  клеток     без  прослеживаемой  судьбы  конкретной  особи.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 30, 2019, 12:00:25
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5903863/bin/elife-32323-supp1.xlsx , вкладка 1A

Как я уже говорил, интереснейший участок - эволюция от 47 поколения до 104.

Эволюционируют три линии - R1, R2, R3.
К 47-му поколению во всех трех линиях появляется адаптивная мутация в гене GAT1. Что должно происходить дальше? Случайная бомба попала в случайно выигрышную воронку. Носитель эволюционного преимущества есть. Размножаясь в геометрической прогрессии он должен просто вытеснить всех остальных, у которых случайные бомбы попадают в другие случайные воронки.  Но происходит-то дальше от 47 до 104 нечто иное. Вместо того, чтобы поднять лапки кверху и бесконечно блуждать  в альтернативных случайных поисках обреченные "лишенцы" 47-го шага почему-то не хотят спокойно уступать носителю эволюционного преимущества и начинают усиленно трансформировать всё тот же ген GAT1. И к 104-му шагу в линии R1 к первоначальному варианту добавляется 8 альтернативных вариантов его мутаций, в линии R2 - 5, в линии R3 - 16.
Если Ваша парадигма не допускает чего-либо иного, кроме того, что происходившие в этом эксперименте мутации случайны, то тем хуже для парадигмы.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 30, 2019, 14:01:48
А   к   250   мутации   в  гене  GAT1    уходят  -    первоначальный   взрыв   мутагенеза  оказывается    не  выигрышным  и  начинается  смена  стратегии,  пробуются  новые   случайные  варианты.  Перебирается  масса  мутаций  в  гене  GAT1   и   мутаций
 в  других генах.   В   итоге в  одной  из  трех  параллелей  мутаций  в  GAT1  нет    совсем.    Потому  что  была  найдена   методом  перебора   более  оптимальна я    стратегия   -   дупликация  МЕР2.    Но  и   эта  мутация  не  100%  фаворит  -  в  линии  R3  ее  частота  только  36%.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 30, 2019, 15:26:31
Безусловно, динамика и перестройка приоритетов есть. Только если бы поиск был действительно случайным, то повторяющиеся во всех линиях выигрышные варианты, как крупные выигрыши в лотерее, были бы отдельными вкраплениями в поток нейтральных мутаций. Но в первой статье из обсуждавшихся делался полный анализ геномов и там другие мутации, сопутствующие цепочке адаптивных мутаций, были единичными.
И, как и в первой статье, здесь альтернативные мутации появляются в определенном порядке. Если поиск был чисто случайным, то почему к 100-му поколению сделана туча вариаций для GAT1 и нет ни  одного явно выигрышного мутанта MEP2, который 2 из 3 линий находят только после 180 поколения? Эта последовательность повторяется везде, а если кубик бросают наугад, то MEP2 равновероятен с любым из GAT1. Но по факту не так.

В общем, точки зрения, я думаю, мы высказали достаточно полно, а дальнейшие исследования в этом направлении, я думаю,  ещё дадут новую информацию.
Для меня, как я уже говорил, критически важным аспектом является не направленность изменений генома, а необходимость и неизбежность для адаптивного процесса направленных  реакций организма на изменения генома.
Материалы статьи, на которую я ссылался вчера, как раз иллюстрируют комплексную адаптивную перестройку регуляции в клетках при незначительных генетических изменениях.

Что касается Ваших предложений, то здесь важна воспроизводимость микроэволюционной адаптации,  за счет которой можно отделить случайное от закономерного в сопровождающих эволюцию изменениях генома. Может быть, такие эксперименты возможны на дрозофилах, тлях.  Если там будет иметь место влияние сомы на  герминативный  геном,  то и это проявится в схожих генетических изменениях в параллельных линиях.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 30, 2019, 22:00:06
И ещё один эволюционный эксперимент, где выполнялся полный анализ генома после адаптации к глюкозе трёх популяций дефектного штамма, неспособного питаться чистой глюкозой. Три популяции параллельно эволюционировали. В итоге обнаружены четыре гена, адаптивные мутации в которых повторяются в параллельных линиях. Всего выявлено суммарно для 3-х популяций 23 мутации, из которых 11 являются адаптивными:

https://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-015-0305-6

То есть история повторяется и повторяется.
Таблица с результатами:
https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1186%2Fs12934-015-0305-6/MediaObjects/12934_2015_305_MOESM2_ESM.xlsx
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 30, 2019, 22:35:03
И, наконец, исследование, авторы которого задались тем самым вопросом, который мы только что обсуждали с Питером - случайны ли адаптивные мутации у дрожжей:

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0111133

И занимались авторы работы именно тем,  что Питер выше на этой странице посчитал невозможным в мире одноклеточных - проследить судьбу конкретной особи. Они рассаживали отдельные клетки дрожжей  по отдельным ячейкам с негативной для дрожжей средой и анализировали геном формируемых этими клетками колоний. Без отбора, на 1-3 делении в 8 из 192 (4.2%) колоний возникли адаптивные мутации в гене GAL80. При этом общий уровень мутаций был очень низким, а в 11 колониях мутаций не было вообще. Надеюсь, вы догадываетесь, какой вывод делают авторы о мере случайности исследуемого явления.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Ivan(novice) от Январь 31, 2019, 02:06:22
Для меня, как я уже говорил, критически важным аспектом является не направленность изменений генома, а необходимость и неизбежность для адаптивного процесса направленных  реакций организма на изменения генома.
Спасибо за интересный материал!
Эта идея очень похожа на правду.
Изменения генома вызывают реакцию организма, направленную на поддержание гомеостаза, или, по-простому, жизнедеятельности.
Любая устойчивая система, а биологический организм является устойчивой системой, способна к компенсации возмущающих воздействий в определенных пределах. Не летальные мутации - пример таких возмущающих воздействий.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 31, 2019, 07:39:26
  Клетка: геном, протоплазма и мембрана, окруженная средой. И это пронизано случайными тепловыми ударами, приводящими к неизбежным мутациям. Если цитоплазма стабильна, то мутации исправляются, если изменилась, то геном автоматически переходит к новому состоянию гомеостаза за счет регуляторных функций.
  Произошла мутация с последствиями которой не справляется регуляторная функция - геном вынужден функционировать за счет деструкции цитоплазмы с выработкой нового окружения. Мембрана начнет работать с учетом нового градиента концентраций - в наиболее вероятном случае ограничит доступ к ресурсу. Назовем эту ситуацию стрессом и спросим, какова вероятность, что очередная мутация произойдет в "нужном" гене?
  А это уже вопрос к теоретической биофизике. В конце концов геном длинная молекула, функционирующая за счет химических реакций вдоль ее поверхности. Изменилось распределение подводимого компонента - напряженность внутренних связей будет концентрироваться рядом с геном, ответственным за работу именно с этим компонентом. Следовательно, и ключевую мутацию следует ожидать именно здесь.
  Но может быть и параллельный вариант, данный ген самопроизвольно "метилируется", напряжения же перераспределяются в иные гены, начинающие работать так, что бы наилучшим образом рассеять напряженности.

  Ну не может геном не реагировать на изменения в цитоплазме так, что бы не стремиться рассеять возникающие напряжения. Но вот вопрос на засыпку: способна ли цепочка ДНК принимать сигналы из среды, проходящие сквозь мембрану и цитоплазму, дабы упреждать негативные последствия тех явлений, очередь до которых еще не дошла?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 31, 2019, 07:55:48
  И не надо последний вопрос сходу относить к разряду мистических.
  Вдоль каждой внешней мембраны есть адсорбционный слой с избытком сигнального иона. Если в среде происходя изменения, то на них реагирует сигнальная система перераспределением поверхностных потенциалов действия. Каждый ПД сопровождается звуковым (термо-волновым) эффектом. Такая волна распространяется не только в адсорбционном слое, но внутри клетки, где образует серии стоячих волн возбуждения.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 31, 2019, 08:40:15
Среди прочих словес, то, что написал уважаемый василий андреевич - самое правильное, по моему мнению.
Физика - она везде физика.
Вот движение по параболе. Совершаем работу: сначала организовываем потенциал, двигаясь против градиента. Потом то, что организовали - рассеиваем в кинетику уже по градиенту. Между делом просто дрыхнем, принимая, по ходу оного, сигнал извне. Почему перемещение по горизонтали без ускорения за работу вовсе не считается. В повторяемости действа всегда есть элемент предвосхищения. А раз нет работы - о каковых времени и пространстве разговор? Сколько бы не продолжался сон - все одно, этот минимум точкой (!) отсчета будет.
Взгляните, теперь, на эволюцию. Дрейф, отбор, импакт, афтершок.
Мы, что, все по другой ритмике живем?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 31, 2019, 08:48:46
Я это к чему, упертые ламаркисты и дарвинисты-радикалы.
Любой эксперимент и любые суждения о нем и его результатах должны, посему, напоминать цикл Карно, чтобы логика параболичности проявилась отчетливо и можно было посчитать величины. А тут все держатся за крайности.
А я есть неодарвинист, не радикального, но рационального толка. Потому то, что поясняется в отрыве от физики, воспринимаю критически.

 ;)
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 31, 2019, 09:07:26
  У цикла Карно есть весьма замечательное свойство - это та полезная работа, которая, по определению цикла, не может быть бесконечно малой. "Частицы" работы - это порции или кванты минимального действия.
  На первом такте происходит медленное накопление, как непрерывность повышения градиента. Второй - перераспределение градиента в узловые точки. Третий - разрядка градинетов, достигших максимума насыщения (собственно полезная работа). Четвертый - освобождение от обесцененных продуктов.
  Даже простейшая химическая реакция - все одно происходит четырехъэтапно, правда не всегда легко отделить полезную работу от выхлопа.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 31, 2019, 09:18:32
Вот, кластеры в мутуалистических цепях вполне могут, наблюдательно, свидетельствовать о существовании подобных квантов. Есть регистрируемые последовательности циклов, но нет четкой границы между возможными модулями.
Очистите графики циклов от всех записей и координатной сетки - получится рисунок, смахивающий на схему изображения цепочки ДНК. Случайно ли такое сходство? Или есть глубокая физика во взаимодействии?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 31, 2019, 10:33:50
Для меня, как я уже говорил, критически важным аспектом является не направленность изменений генома, а необходимость и неизбежность для адаптивного процесса направленных  реакций организма на изменения генома.
Спасибо за интересный материал!
Эта идея очень похожа на правду.
Изменения генома вызывают реакцию организма, направленную на поддержание гомеостаза, или, по-простому, жизнедеятельности.
Любая устойчивая система, а биологический организм является устойчивой системой, способна к компенсации возмущающих воздействий в определенных пределах. Не летальные мутации - пример таких возмущающих воздействий.
 
Ключевое    слово  -  направленных.  Или   организм выбирает  что  и как  мутировать  -  или  отбирает  из  пула   мутаций.  И   все  приведенные  выше  работ все  равно  оперируют с  клеточными  пулами   -   в  последней   работе  есть  растущая  клеточная   колония.  Да,   потомки  одной  клетки  -    но  внутри  колонии   их  опять  же    много.  И    характерная  двухэтапная    схема  роста   -   сначала  быстро  за  счет  внутренних  резервов,  потом  азота  нет  расти    нельзя  -  потом   появляются    клетки с  нужными  мутациями  и  начианется  второй  экспотенциальный  рост.  По   Игорю  Антонову  в  это время  клетка     выбирает  точку   мутирования.  По    мне  -  разные  клетки  мутируют  и  идет  отбор     клеток с  правильными  мутациями.

Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 31, 2019, 11:44:06
Да,   потомки  одной  клетки  -    но  внутри  колонии   их  опять  же    много.  И    характерная  двухэтапная    схема  роста   -   сначала  быстро  за  счет  внутренних  резервов,  потом  азота  нет  расти    нельзя  -  потом   появляются    клетки с  нужными  мутациями  и  начианется  второй  экспотенциальный  рост.  По   Игорю  Антонову  в  это время  клетка     выбирает  точку   мутирования.  По    мне  -  разные  клетки  мутируют  и  идет  отбор     клеток с  правильными  мутациями.

Питер, они в тексте учитывают Вашу версию и доказывают, что Ваше опровержение не срабатывает. Поскольку клетки разделялись в фазе ступора, а в созданных в дальнейшем  отдельными клетками колониях  (растущих без конкуренции и с ничтожным числом мутаций)  присутствовали альтернативные мутанты по гену GAL80 и клетки без этой мутации:

More importantly, emergence of the mutations close to the time of initial adapted growth rules out the option that the high incidence of GAL80 mutation was a result of selection of a few rare, advantageous variants that existed in the cell population prior to spreading on Glu-his plates. With respect to the role of selection in this adaptation process, the mutation emergence time is consistent with the long time required for adapted colonies to grow on the Glu-his plates, both indicating against selection of pre-existing variants. The negligible role of selection is even clearer when considering that remarkably, one adapted colony contained adapted cells with and without a GAL80 mutation, while another colony contained cells with one GAL80 mutation along with cells containing a second mutation (Table 1). This gives further support to the fact that the different mutations emerged independently, very early upon the resumption of growth of the sub-lineage that formed this colony and certainly after plating.

В той же публикации отмечается явление чисто эпигенетической адаптации к негативным факторам, поскольку клетки, создавшие 11 адаптированных колоний приспособились к среде без мутаций.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 31, 2019, 12:01:14
А, может, тут все дело в автоматизме?
Отбору просто нечего выбирать из-за ограниченной численности в популяциях?
При высокой плотности гомологичных генов наследуются не отдельные гены, а целые генетические модули и модули соответствующих аллелей? 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 31, 2019, 12:03:59
Что произойдет, если изменить масштаб исследований?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Ivan(novice) от Январь 31, 2019, 12:28:58
По   Игорю  Антонову  в  это время  клетка     выбирает  точку   мутирования.  По    мне  -  разные  клетки  мутируют  и  идет  отбор     клеток с  правильными  мутациями.
А по мне, между вашими точками зрения нет противоречия, они дополняют друг друга.
Клетки в рассмотренных экспериментах ведут себя типично для живых организмов - при попадании в дискомфортные условия выдают скоординированную реакцию (точка зрения Игоря Антонова). Но эта  скоординированная реакция представляет собой метод проб и ошибок (Ваша точка зрения).
В общем виде схема такова: дискомфорт - > обработка информации - > скоординированная реакция - > проверка успешности реакции методом проб и ошибок.
Почему именно метод проб и ошибок? Потому что любой живой организм не знает будущего, и проверить успешность своей скоординированной реакции может, только попробовав ее, и ошибка при этом не исключена.
В этом смысле человек не отличается от клетки, при всем своем интеллекте он не застрахован от ошибок.
Клетка также не знает, какая именно мутация будет успешна, что не мешает ей, изменяя метаболизм, изменять вероятность появления тех или иных мутаций.
А уж как назвать обработку информации в живой клетке, "клеточным интеллектом", автоматизмом, химическими реакциями или эпигенетическими изменениями - дело вкуса, сути это не меняет.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 31, 2019, 12:55:37
Иван, все разграничения в отношении взглядов на механизмы поиска давно проведены и ясны. В какой-то мере случайны все продукты реального интеллекта и то, что Вы сейчас пишете в форум - случайно. Поскольку эти продукты не выводятся логико-математически из своих предпосылок. Но это не  "неправленная случайность", а это именно направленная случайность, внутренне скоординированная, связная. Поэтому вопрос не в случайности как таковой, а в том, достаточно ли ненаправленной случайности для эволюционных проб или необходима направленная.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 31, 2019, 13:02:23
Уважаемый Ivan(novice), все гоооораздо прооооще! Нет необходимости дополнять природу словесными конструкциями.
Если мы начинаем говорить о модулях и гомологичности, аллели сразу становятся подобиями энергетических уровней, существование каких подозреваем в строении атомов. Поймите, в этом случае модель гена с некоторым множеством аллельных состояний становится моделью гена, в которой он стремится занять нижайший из энергетических уровней.
Энергетика, прежде всего, понимаете?
В целом мир клеточных популяций здесь будет напоминать вариант среды с броуновским движением. Микроэволюционно будем наблюдать скачки генов по своим аллельным состояниям, макроэволюция обозначит движение всей системы в направлении уменьшения потенциальной энергии генома в целом.
Отбор по мутациям будет описываться тогда как условия, влияющие на темп и курс диффузии посредством изменения соотношений мутация/немутация или другая мутация в популяции.
Вот и весь так называемый разум клетки, основное термодинамическое условие ее "инженерной" деятельности.
Повальное усреднение по экстремуму в окрестностях нуля. И именно тут Вы правы - речь о взаимодополняемости точек зрения.
Думаете, я случайно ввязался в полемику уточнением понятия о мутации?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 31, 2019, 13:08:32
Не обижайтесь, уважаемый Ivan(novice), пояснял же, что периодически могу "морозить", то есть - охлаждать моменты в дискуссии.
Вы, просто, дали повод сделать это.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 31, 2019, 13:19:01
Кстати, Питер, в последнем эксперименте
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0111133
 у них и на первом этапе экспоненциального роста нет никаких миллионов клеток, над которыми мог бы работать отбор. Та колония, которая рассеивается на отдельные клетки для дальнейшего формирования адаптивных колоний, тоже вырастает из одной единственной клетки и к концу фазы I содержит 400-3000 клеток:

lineages at the end of phase-I contained 400–3000 cells

То есть, ни о каком отборе из огромного числа случайных мутаций и на этом этапе речь не идёт. И даже если какие-то из обнаруженных мутаций вдруг "просочились" из первой фазы, как предполагали Вы, то и там они не случайны.

Вообще,  этот эксперимент - прототип для проверочных экспериментов и в отношении всех остальных выявленных воспроизводимых адаптивных мутаций - проверять  параллельные линии, выращенные из отдельных клеток и достигшие сотен или тысяч особей. Если и остальные адаптивные мутации будут воспроизводиться похожим на обсуждаемый эксперимент образом, то Вы попрощаетесь с текущей парадигмой? Или пусть лучше Солнце погаснет?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 31, 2019, 13:20:45
Ключевое    слово  -  направленных.  Или   организм выбирает  что  и как  мутировать  -  или  отбирает  из  пула   мутаций.
  Предшествующей эволюцией уже отобран геном, способный реагировать на "предвиденные" смены закономерной смены среды. Наверняка геном дрожжей имеет ослабленное место, что бы при исчерпании сахаров перейти к ферментации крахмала. Но это не есть в чистом виде направленная мутация.
  Когда б ослабленные места не были предусмотрены, то развалу подлежали бы целые модули, как разваливается здание при землетрясении, если в нем не предусмотрены места для поломок, рассеивающих вибрации. Стресс для генома - это недостаток исходных ингредиентов для того синтеза, который и поддерживает стазисное равновесие. Перейти скачком к новому стазисному состоянию за счет регуляторной функции ранее не задействованных генов должно быть в порядке вещей. Но если они не справляются, то идет вполне случайная ломка в выделенных для этого местах. Восстановление поломок и есть шаблонная (автоматическая) мутация, будет ли она удачной - гарантии нет. Главное, что весь геном остается функциональным в ущербном режиме работы.
  Потому при стрессе у разных особей разные мутации. Колония вступает в стадию группового отбора, где каждой мутировавшей особи может отыскаться свое место. При восстановлении условий оптимума, подавляющее число мутантов погибнет в конкуренции с немутантами, но какая-то толика и останется.
  Стресс - это не причина для обработки информации, это команда действовать как угодно, авось повезет. Повезло, значит данный заранее коридор действия останется в генетической структуре.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Ivan(novice) от Январь 31, 2019, 14:10:23
Но это не  "неправленная случайность", а это именно направленная случайность, внутренне скоординированная, связная. Поэтому вопрос не в случайности как таковой, а в том, достаточно ли ненаправленной случайности для эволюционных проб или необходима направленная.
Игорь, и здесь не вижу предмета для дискуссии.
Направленная случайность отличается от ненаправленной всего лишь вероятностью появления. Пример ненаправленной случайности - подкидывание игральных костей, когда выпадение числа от 1 до 6 равновероятно. Пример направленной случайности - подкидывание "крапленых" игральных костей с утяжеленной гранью, когда выпадение некоторых чисел вероятнее других. Но в обоих случаях каждый раз выпадение того или иного числа случайно.

Т.е. если при изменении условий, в которых находится организм, частота возникновения определенных мутаций изменяется, то естественно, что речь идет о направленной случайности. Да и о какой ненаправленной случайности можно говорить, если все известные сегодня живые организмы представляют собой достаточно сложные системы, чтобы любая их реакция была направленной. Не может у сложной системы любой из возможных вариантов реакции быть равновероятным. Только в теории, вроде примера с Буридановым ослом. На практике, к счастью, такого нет. Ослы не умирают от голода около двух куч сена :)
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 31, 2019, 14:23:41
Ivan(novice)
Направленность, которая заключается в неравномерности распределения вероятностей событий, сложившейся спонтанно, в силу выпавшей предыстории, она механистична.  У нее нет причин быть закономерно адаптивной. Направленность согласованной реакции на новые обстоятельства - нечто иное. Специфически живое.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 31, 2019, 16:26:16
Кстати, Питер, в последнем эксперименте
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0111133
 у них и на первом этапе экспоненциального роста нет никаких миллионов клеток, над которыми мог бы работать отбор. Та колония, которая рассеивается на отдельные клетки для дальнейшего формирования адаптивных колоний, тоже вырастает из одной единственной клетки и к концу фазы I содержит 400-3000 клеток:

We first measured the course of adaptation in lineages originating from single cells by following the growth of individual, adapting colonies using time-lapse microscopy. A naïve, rewired cell that had never before been exposed to Glu-his was placed on a Glu-his agar plate after growth in galactose medium lacking histidine (Gal-his). Previous measurements have shown that ∼50% of naïve cells plated this way will grow an adapted colony within 20 days of plating. The growth morphology of one of these adapting colonies is non-uniform during adaption, when compared to an exponentially growing, wild type colony (Fig. 1a vs. 1b). Of particular interest are the multiple growth-centers distributed throughout the colony that emerge after several days (Fig. 1c). To measure the time-course of the colony growth, images were taken every one or two hours throughout adaptation (For an example of a colony see Movie S1 and Fig. 1c), and the area of the colony was estimated using standard image analysis techniques. Figure 1d shows the size of a typical colony as a function of time. The adaptation dynamics of cells exposed to Glu-his is characterized by distinct phases: an exponential increase in cell number immediately after plating creating a micro-colony (phase I), followed by a long period of almost no cell divisions (phase II). Remarkably, after 2–3 days of arrest, growth resumes slowly, with staggered foci of cell division distributed throughout the micro-colony (Movie S1, 120–220 hrs). These foci are initiation cores of adapted sub-lineages of the original mother cell, but do not immediately exhibit fast exponential growth (phase III).

Итого    клетки сначала  растят в  среде   без   гистидина (и  только  половина  их   выживает).   Потом    высевают  эти  выжившие   на  агар   без  гистидина.   И   потом  наблюдают,  что в  начавшей  расти колонии  появляются   фокусы    роста.  Дальше  про  единичные  клетки.  Высеваем  их  в    лунки,  растим   до  тех  самых  400-3000   клеток  на  лунку  и высеваем    на  агар  содержимое  каждой  лунки.  Потом    появляется  некоторое  количество  быстро  растущих  (приспособленных к  среде   без  гистидина)   колоний.
 
И   дальше  есть  таблица  1. 

Table S1: List of 23 mutations found in 28 adapted strains.
Strain   ORF   Gene   Chr.   Position   Ref. DNA   New DNA   Ref. AA   New AA   Type   Gene function
100_E4_20   YBL017C   PEP1   2   187279   G   T   D   E   missense   carboxyPEPtidase Y-deficient
100_E4_1   YDR270W   CCC2   4   1006148   C   G   T   T   synonymous   Cross-Complements Ca
200_C10_18   YDR409W   SIZ1   4   1291006   *   TAA         insertion   SAP and mIZ-finger domain
200_C10_1   YER036C   ARB1   5   225128   A   T   A   A   synonymous   ATP-binding cassette protein involved in Ribosome Biogenesis
100_E4_24   YER164W   CHD1   5   505694   *   A         deletion   Chromatin organization modifier, Helicase, and DNA-binding domains
100_E4_11   NA      7   67430   G   A         intergenic   
200_C10_2   YGR285C   ZUO1   7   1062787   G   T   Q   K   missense   Ribosome-associated chaperone
200_C10_3   NA      10   123452   A   G         intergenic   
100_E4_11   YJR140C   HIR3   10   694525   A   T   L   *   nonsense   HIstone Regulation
200_C10_11   YKL209C   STE6   11   44695   G   C   S   W   missense   STErile
100_E4_1   YKL074C   MUD2   11   295799   C   T   G   E   missense   Mutant U1 Die
100_E4_21   NA      11   589576   A   G         intergenic   
200_C10_7   YLR253W      12   642737   G   A   L   L   synonymous   
100_E4_10   YML051W   GAL80   13   172014   G   T   E   *   nonsense   GALactose metabolism
200_D10_9_6   YML051W   GAL80   13   172051   G   C   R   P   missense   GALactose metabolism
100_F5_8_3   YML051W   GAL80   13   172486   G   A   G   D   missense   GALactose metabolism
100_E4_6   YML051W   GAL80   13   172767   C   T   Q   *   nonsense   GALactose metabolism
100_E4_14   YMR075W   RCO1   13   414833   *   TT         insertion   Essential subunit of the histone deacetylase Rpd3S complex
100_E4_6   YNL139C   THO2   14   361243   *   GTTGTGAAC         insertion   suppressor of the Transcriptional defect of Hpr1 by Overexpression
100_E4_24   YOR009W   TIR4   15   344934   *   GCT         deletion   TIp1-Related
200_D10_9_6   YOR098C   NUP1   15   508505   C   A   A   S   missense   NUclear Pore
200_C10_12   NA      15   769862   A   C         intergenic   
100_E4_24   YOR301W   RAX1   15   882245   C   T   F   F   synonymous   

То  есть  в   адаптированных  линиях  есть  самые   разные  мутации    -  не  только  по     специально
введенной  конструкции с  геном   GAL.
Да, авторы     упирают  на  мутации в  гене GAL
Having eliminated the possible selective advantage of mutations in this gene by the plate assay, we measured the frequency of GAL80 mutations in 11 independent lineages by sequencing this locus in all of the 192 adapted colonies belonging to these lineages. Eight of the 192 adapted colonies (∼4.2%) were found to have a mutation in GAL80 and all these different mutations were non-synonymous.
Но       это  только  4%   (даже если  считать,  что    8  мутация,  не  выявляемая  Сенгером,  есть     реальность)  -   а   96%    колоний   адаптируются  к   среде    без  гистидина    за  счет  других  механизмов.   То есть    задача  решается   массой  разных  мутаций -  и в  том  числе   хромосомными  перестройками. 
Опять    перебор  вариантов.   Много   разных  мутаций,  некоторые  из  них   обеспечивают  адаптацию.  Причем      за  счет  разных  путей,  не  только связанных с  GAL80.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Январь 31, 2019, 16:27:16
Все,  выпадаю       до   воскресенья  из  всех     обсуждений   -   два  дня    занят  на  работе  по  самое      не могу.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 31, 2019, 17:04:23
Питер, по их результатам мутации в гене GAL80 возникали при первых делениях параллельно в восьми из 192 популяций.  При общем количестве зафиксированных мутаций меньше чем одна штука на линию.  При этом адаптивные повторяются несколько раз, остальные нет. Где Вы видите в появлении адаптивных мутаций участие и роль отбора, если они появлялись сразу?  И какая случайность может объяснить повторяемость их появления?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 31, 2019, 17:47:41
В небольшой растущей колонии клеток конкуренции нет. Выживают все жизнеспособные. Значит, мутации, кроме летальных, могут свободно накапливаться. Если их накапливается менее штуки на колонию, это значит, что мутаций действительно мало. И в этой ситуации адаптивные мутации параллельно повторяются в нескольких колониях.  Эта ситуация не соответствует модели случайной ненаправленной изменчивости генома. Если существенная доля спонтанно возникающих адаптивных мутаций будет повторяться в различных экспериментах на параллельную адаптацию небольших колоний, начинающихся с одной клетки, то это будет реальным опровержением модели случайной ненаправленной изменчивости генома при адаптации популяций к негативным условиям среды. Пока для дрожжей. Но вряд ли они исключение из общих законов.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 31, 2019, 18:16:18
  Что такое адаптивная мутация? Любой геном может иметь вариации проявления в феноме (Лондонский мотылек, черная пантера, белый тигр). Признак проявится по любому случайно, но адаптационен определенный.
  Пусть будет несколько подобных вариаций, заложенных изначально. Тогда возникновение колонии разнотипных особей в условиях нестабильной среды вполне закономерно, хотя вовсе не диктуется конкретными условиями, как направленное изменение. Просто будем в разных нестандартных условиях будем иметь разный процент мутантов, полученных из одной особи. В благоприятных условиях подобные мутации не редкость, но не наследуются ввиду конкурентного отсева.

  К сожалению, я уже не смогу разобраться во всех градациях мутаций. Но их обязательно надо классифицировать несколько подробнее, нежели полезные, нейтральные, вредные. Тем более, что отнесение к той или иной мутации осуществляется постфактум.
  Скорее всего окажется непрерывный спектр "нейтральных" мутаций, и если это так, то к нему применимы методы физико математической обработки по каким-либо параметрам.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 31, 2019, 18:23:35
Ага-аа!
В квантовую физику готовы впасть?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Январь 31, 2019, 18:39:31
Все ведь кодируется именно таким, квантовым образом.
Представьте себя сверхнаблюдателем, который наблюдает за процессом измерения сторонним наблюдателем.
Что Вы увидите?
И самое интересное - непрерывность не есть ли запутанность?
Если да, попробуйте подойти с этой точки зрения к регистрации повторяющихся мутаций.
У Вас выйдет то, что повторяемость - есть череда затухающих или возрастающих амплитуд. Так куда девается случайность?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Январь 31, 2019, 19:27:24
  А ведь есть еще мутации в мтх-ДНК. Это, по сути, неограниченный источник вариаций. Когда бы не было закона "проверки" мутации до ее проявления, мы не увидели бы жизни в ее разнообразии, разнообразии, теме не менее, приходящему к дискретным финалам.
  Предопределенность финала из огромного числа вероятных событий...

  Я вижу только один выход, он в схождении градиентов рассеяния-затухания волн волнового пакета. Но тогда волновой пакет - это интерференция математических функций распределения вероятностей. Какую материю искать под этими функциями - отдельный вопрос, важно для начала договориться, что таковое схождение есть. Иначе не объяснить каким образом изображение муравья транслируется на крыло мухи или лепесток цветка подражает грибу, что бы обмануть грибную муху. И несть числа таким невероятностям. Начиная с абиогенеза.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: kostik от Январь 31, 2019, 22:08:20
Что такое адаптивная мутация? Любой геном может иметь вариации проявления в феноме (Лондонский мотылек, черная пантера, белый тигр). Признак проявится по любому случайно, но адаптационен определенный.  Пусть будет несколько подобных вариаций, заложенных изначально. Тогда возникновение колонии разнотипных особей в условиях нестабильной среды вполне закономерно, хотя вовсе не диктуется конкретными условиями, как направленное изменение. Просто будем в разных нестандартных условиях будем иметь разный процент мутантов, полученных из одной особи. В благоприятных условиях подобные мутации не редкость, но не наследуются ввиду конкурентного отсева.  К сожалению, я уже не смогу разобраться во всех градациях мутаций. Но их обязательно надо классифицировать несколько подробнее, нежели полезные, нейтральные, вредные. Тем более, что отнесение к той или иной мутации осуществляется постфактум.  Скорее всего окажется непрерывный спектр "нейтральных" мутаций

Не могу не поддержать В.А. с надеждой, что вектор  обсуждения темы будет подкорректирован. Во-первых,  в названиях и абстрактах обсуждаемых статей так или иначе присутствуют слова адаптивный (адаптация, адаптационный и д.р.) и  мутация. Это значит что, они были ключевыми словами при поиске статей. А Гугл очень отзывчив, обязательно отфильтрует  то, что вы ищете. Во-вторых, политика научных журналов такова, что предпочитают публиковать статьи с позитивными результатами.  Если целью исследований было что-то найти, а вы не нашли, т.е.  получили отрицательный результат, то вряд  ли статья получит добро на опубликование.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Январь 31, 2019, 23:42:09
Что такое адаптивная мутация?
Адаптивная мутация - эта та мутация, которая помогает в решении актуальной проблемы. Адаптивность -  не универсальный атрибут определенной мутации, а контекстно-зависимый. Адаптивная в одних условиях мутация может оказаться снижающей приспособленность в других. Один из примеров таких мутаций - дупликация хромосом.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 01, 2019, 00:12:44
Есть исследование, обобщающее данные по эволюционным экспериментам с дрожжами и
там делается вывод, что 35% мутаций, которые обнаруживают в этих экспериментах, являются адаптивными. Это удивительно много.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Ivan(novice) от Февраль 01, 2019, 03:29:54
Направленность, которая заключается в неравномерности распределения вероятностей событий, сложившейся спонтанно, в силу выпавшей предыстории, она механистична.  У нее нет причин быть закономерно адаптивной. Направленность согласованной реакции на новые обстоятельства - нечто иное. Специфически живое.
Игорь, то, что Вы говорите, верно.
Только мы ведь рассматриваем живые организмы, не так ли? А живые организмы являются устойчивыми системами, к которым по определению не применима механистичная направленность, "которая заключается в неравномерности распределения вероятностей событий, сложившейся спонтанно, в силу выпавшей предыстории". Устойчивые системы в любом случае будут выдавать реакцию, направленную на компенсацию возмущения, т.е. направленную согласованную реакцию на новые обстоятельства.
Поэтому и здесь нет предмета для спора...

Естественно, что нам сейчас до конца не известно, по какому принципу живыми организмами выбирается тот или иной тип реакции, направленной на адаптацию к изменившимся условиям. Но можно утверждать, что эта согласованная реакция живых организмов на дискомфортные условия в какой-то части случайна, иначе все клетки из обсуждавшихся ранее экспериментов приобрели бы адаптацию, ни одна бы клетка не погибла. Т.е. присутствует метод проб и ошибок.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 01, 2019, 07:54:46
В контексте обсуждаемых вещей и слово "устойчивость", и слово "случайность" суть не объясняют, а объединяя механические и живые процессы, скорее от сути уводят.
Поскольку и устойчивость, и случайность есть везде, но в живых системах они приводят к тому, что компенсирующая реакция сопровождается межсистемным переходом.  Я. насколько могу, постоянно пытаюсь обратить внимание думающих людей именно на это обстоятельство. И на сопутствующее ему обстоятельство из человеческой практики - даже на самых мощных, высокопроизводительных компьютерах не удалось формализовать то, что происходит при возмущающих воздействиях с якобы простыми одноклеточными дрожжами. А именно - системообразующая реакция на возмущающее воздействие. С одной стороны, она случайна, но самое-то главное в том, что она при этом закономерна. И вот природа этой закономерности - главная тайна. Поскольку именно с этой закономерностью, наблюдаемой и в дрожжах, на мой взгляд, может быть связана и эволюция "по большому", и наши мышление и сознание.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 01, 2019, 09:37:33
Адаптивная в одних условиях мутация может оказаться снижающей приспособленность в других. Один из примеров таких мутаций - дупликация хромосом.
  Мне понятен термин адаптация, как установление относительного равновесия волнового пакета организма с волнами среды. На уровне геном-цитоплазма это переводится, как гармония обменных физико-химических реакций. Оптимум - гомеостаз с минимумом возмущающих, негармонических волн. Малые дисгармоники приводят к перераспределению волнового пакета генома на более высокий, возбужденный уровень гомеостаза. Это простая аналогия с электронными орбиталями. Из нее следует, что адаптация вовсе не обязана быть связанной с мутациями, но еще и предрекают быть некой энергетической порции, осуществляющей перевод гомеостаза генома из одного состояния в другое.
  Но нас интересует следующий уровень адаптации, когда нет доступных вариаций в состояниях геномо-стазиса.
  Геном попросту "механически" травмируется. Это означает, что из экспериментов, во-первых, необходимо доказать приуроченность "травмы" к тому, месту, которое ответственно за выработку агента, оказавшегося в дефиците при изменении внешних условий.

  В таком раскладе мы сделаем первый шаг от поломки в случайном месте, к закономерной поломке. Как поломка исправляется - уже, во-вторых.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: ArefievPV от Февраль 01, 2019, 13:52:07
Разумеется, мои рассуждения, это рассуждения дилетанта, и специалисты давно этот момент обдумали, но, может, это и не совсем флуд…

Адаптироваться можно перестройкой генома без изменения состава, изменением состава генома, изменением размера генома, просто изменением работы существующего генома и даже безо всякого изменения генома и режима его работы (например, текущим поведением).

Тут несколько частных моментов.

Личная адаптация организма (поведение и изменение экспрессии генов происходит без мутаций. Но ведь это тоже адаптация, верно?

Видовая адаптация также может идти и без мутаций.
Перестройка генома всякие там рекомбинации), это, вроде, не мутации, верно?

Перестройка генома с изменением состава (появление новых генов в результате изменеия существующих), с изменением размера (дупликация) и, разумеется их комбинации (сюда же добавление вирусного генома или генома из плазмид) – уже, вроде, подпадает под мутации, верно?

В связи с этим вопрос – как определяется, какой конкретный механизм ответственен в конкретном случае за появление конкретных адаптивных свойств у конкретных микроорганизмов?

А то, как это со стороны смотрится – изменилась экспрессия генов, и дальше пошёл спор, адаптивная мутация возникла случайно или нет. Типа, уже решили, что изменение экспрессии произошло из-за мутации. На основании чего? Может, там рекомбинация существующего генетического состава произошла или местная плазмида встроилась в геном (кстати, это будет считаться мутацией). Ведь, вроде, не было никакого мгновенного секвенирования генома произведено с полным раскладом, что там и чем занимается (кстати, такое вообще возможно в принципе?). Или я чего-то не понимаю?

И по поводу мутаций (типа, «классических» – с изменением/повреждением существующего генома). Личное мнение дилетанта.

Случайно возникают такие мутации, без вариантов. А вот использовать такие случайные мутации жизнь вполне могла научиться за долгую эволюцию. Научилась, если и не извлекать напрямую пользу от их возникновения, то хотя бы минимизировать ущерб (например, на личном уровне, изменением экспрессии). Разумеется, речь о мутациях, которые не привели сразу к летальному исходу.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 01, 2019, 14:48:22
Дрожжи как раз тот модельный организм, для которого составлен полный атлас генов и выясняют, какой из них чем занимается. В большинстве экспериментов не только выявляют воспроизводимые адаптивные мутации, но и пытаются разобраться в их функциональном эффекте.
Естественно, пути адаптации к конкретным неприятностям могут быть разными и эксперименты это подтверждают. Но и закономерная воспроизводимость отдельных шагов тоже оказывается не редкой.

Что касается последней публикации, которая здесь обсуждалось

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0111133

то там наблюдаются однозначно не случайные мутации гена GAL80. По той простой причине, что всё начинается с одной клетки и от неё до момента параллельного появления мутантов GAL80 в эксперименте происходят не десятки или сотни миллионов, а единицы тысяч (параллельных, а не конкурирующих) клеточных делений. При этом одна мутация приходится на 10 или более делений клеток.   При наличии нескольких тысяч потенциальных генов-мишеней случайных мутаций попадание бомбы восемь раз в одну (и давно известную по другим экспериментам) воронку случайным тут не является явно.
Другой вопрос, насколько это будет воспроизводимо в других адаптационных экспериментах. Но это как раз интересный вопрос для практических исследований.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 01, 2019, 20:46:25
В приложениях  к этой последней статье есть видео (https://commons.wikimedia.org/w/index.php?title=File%3AInduced-Mutations-in-Yeast-Cell-Populations-Adapting-to-an-Unforeseen-Challenge-pone.0111133.s003.ogv), где показано, что происходит в этой негативной среде с одной клеткой. Там счётчик показывает чередование часов.  И видно, как к 60-му часу в делениях наступает ступор (в эксперименте в этом состоянии колонию рассеивают на отдельные клетки), а после сотого часа в отдельных местах начинается медленное деление клеток, образующих микроколонии. На интервале от 60-х часов до сотых делений не происходит, но с клетками то что-то происходит. Идет какая-то внутренняя работа. Видимо, это тоже адаптация. Но без мутаций и отбора. И после неё у части клеток возобновляется способность делиться. А у другой части - нет.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 01, 2019, 21:23:53
При наличии нескольких тысяч потенциальных генов-мишеней случайных мутаций попадание бомбы восемь раз в одну (и давно известную по другим экспериментам) воронку случайным тут не является явно.
  Пусть адаптивной мутацией будет та, что выводит клетку из под сапрессора-раздражения, возникающего ввиду отсутствия агента, способствующего "нормальной" работе отдельного гена генома. В таком раскладе этот ген должен "вопить во всеуслышание" о своей боли.
  Мне придется рассуждать по детски, на аналогиях с игрушками, но вначале необходимо сказать, что мы имеем дело там, где уже нет квантовых явлений, но еще нет и классических. А это означает, что кпд. работы может быть много выше единицы, а процессы идут, противореча здравому смыслу. Например, паровозик РНК будет идти по шпалам ДНК не за счет обесценивания топлива, а наоборот, за счет того приобретения, от которого будет всячески стараться избавиться. При этом сами рельсы ДНК в каком-то смысле подобны раскаленной нити катализатора, которая перегорит, если от нее не отводить тепло за счет отскоков синтезируемых молекул.
  Потому и невозможность работать над синтезом для ДНК чревата поломками рельса.
  РНК, снабженная храповиком, движется вдоль ДНК за счет отвода тепловых флуктуаций. Удар в нужную сторону - движение, в ненужную - храповиковый тормоз. Застрять на еще не поломанном рельсе в поиске агентов для синтеза, невозможно, но без синтеза получится перегрев, который должен быть рассеян вдоль всего полотна. За рассеяние в молекулах-кристаллах отвечают фононы, следующие, как им и положено из области избытка в область недостатка, перегревая следующие гены и активируя, таким образом, их "желание" побыстрее провести синтез на подъезжающей РНК с подходящей для них синтезной матрицей. Это и есть переход гено-стазиса на более высокий уровень динамического равновесия.
  Допустим, что вопиющий от безработицы ген все же перегорает. Это автоматически означает активацию его молекулярных окончаний, за счет стоячих фононных волн. Рельс спаивается из "того что было", а окончания могут быть либо метилированы, либо приобрести новое свойство для матрицы другой РНК. Во втором случае это будет означать, что спайка произшла как раз и того материала, который в избытке, и, следовательно, будет обеспечивать работу нового гена так, как надо для его стазиса.
  Если новый стазис поддерживается дальнейшим поступлением "нового" агента, то можно считать, что мутация была адаптивно успешной.

  Появление колонии с разными мутантами в одном гене - будет закономерно в том смысле, что следующий кандидат на мутацию уже не будет вдостоль обеспечен тем агентом, которым питается его предшественник.
 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 02, 2019, 10:55:59
И видно, как к 60-му часу в делениях наступает ступор
  Мне стыдно за свою тупость, но воспроизведения видика получить не удалось.
  Однако Вашего описания вполне достаточно. Нет деления, значит, нет достатка материалов для деления от генома.

  И следует задаться вопросительной изначальностью. Почему и что клетка поглощает из среды, что бы мы в этом увидели "инстинкт выживания"?
  Вода - среда с чрезвычайно высокой энтропией за счет вариабельности кластерных перестроек молекулярных диполей. Спирт за счет гидрофильного -ОН диполя увеличивает вариабельность/энтропию, потому его производство естественно для среды. А вот массивный сахар на своих диполях закрепощает-ориентирует диполи воды, снижая кластерную вариабельность. Следовательно, выживать, значит, повышать энтропию среды.
  Дрожжа, заточенная на переработку сахара во благо среды, на стадии же лишения ее сахара либо вымирает-распадается, либо впадает в подобие анабиоза, когда идут замедленные физико-химические процессы распада внутренних структур. Геном продолжает свою работу по штамповке вынужденного за счет обесценивания внутренних резервов, лишь бы продолжать выдавать спирты, ради продления динамического равновесия. Восполнение внутреннего дефицита восполняется через мембрану за счет того же осмоса. Если среда выталкивает в дрожжу гидрофобный крахмал, то любая мутация, способствующая выработке фермента для разложения крахмала до сахара, может называться адаптивной. И совсем другое дело, что разметка генома до гена, в котором ведется мутация, происходит благодаря концентрации напряжений в конкретном гене.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 02, 2019, 12:00:42
Василий Андреевич, в предыдущем сообщении ссылка на файл в формате ogv.  Его воспроизводит браузер Firefox. В тексте статьи ссылка на файл в формате mp4.
Может быть, он более универсальный:
https://journals.plos.org/plosone/article/file?type=supplementary&id=info:doi/10.1371/journal.pone.0111133.s003
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 02, 2019, 22:09:45
Оказывается, среди микробиологов-исследователей есть люди, разделяющие моё видение проблемы:

Erez Braun  "The Unforeseen Challenge: From Genotype-to-Phenotype in Cell Populations".  (https://pdfs.semanticscholar.org/9df0/3820e20ab1056bcaab4a7856df75061cbcfd.pdf)

Аннотация к статье тесно перекликается с тем, что обсуждалось в теме совсем недавно (перевод на русский):

Биологические клетки представляют собой парадокс, поскольку они демонстрируют одновременно стабильность и гибкость, позволяющую им адаптироваться к новым условиям и развиваться с течением времени.  Формирование стабильных состояний в клетках определяется взаимодействием генотипа и фенотипа.  Здесь излагается взгляд, заключающийся в том, что организация клетки представляет собой динамический процесс,  в котором молекулярные нарушения проявляются в нарушениях макроскопического порядка.  Геном не определяет упорядоченное состояние клетки. Скорее, он участвует в этом процессе, предоставляя набор ограничений на диапазон доступных режимов регулирования,  аналогично граничным условиям в физических динамических системах.  Мы разработали экспериментальную базу, в которой клеточные популяции подвергаются непредвиденным проблемам, новым возмущениям, с которыми они не сталкивались ранее в своей эволюционной истории. Этот подход позволяет нам непредвзято рассматривать динамику клеток,  раскрывая потенциал клеток для эволюции и для формирования адаптированных стабильных состояний.  За последнее десятилетие наши эксперименты предоставили ряд согласованных результатов, нарисовав картину живой клетки, которая во многих отношениях не совпадает с обычной.
Особое значение здесь имеет наш вывод о том, что адаптация организации клетки, по сути, является эффективным исследовательским динамическим процессом, а не процессом, основанным на случайных мутациях.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 02, 2019, 23:57:11
По ссылке из предыдущего сообщения в pdf доступна часть статьи. Полностью можно бесплатно скачать по ссылке
https://www.academia.edu/11132539/The_unforeseen_challenge_from_genotype-to-phenotype_in_cell_populations
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Synergy от Февраль 03, 2019, 03:21:36
Хотелось бы оставить здесь ссылку на интереснейшую статью: Epigenetic inheritance of acquired traits through sperm RNAs and sperm RNA modifications (http://faculty.fiu.edu/~noriegaf/Papers%20Proteomics/Epigenetics/Paper04_.pdf)

Что касается СТЭ, то ни один современный биолог в курсе последних исследований не придерживается этого сбора догматических идей, которые не только не подтвердились, но и были опровергнуты опытами. Можно с уверенностью сказать, что СТЭ принесла больше вреда, чем пользы, а ее приверженцы продолжают это делать и по сей день, препятствуя развитию новых теорий в науке. Дарвин сделал больше для науки, чем вся СТЭ вместе взятая.

И почему тема в ненаучном разделе?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 03, 2019, 04:21:00
А почему виды, при таком уровне воздействия среды, сохраняют относительную стабильность генома в тысячах поколений, ламаркисты не попробуют объяснить?
И еще, если следуя логике оппонентов, скажу, что оголтелый ламаркизм оказался куда более вреден для науки, сторонники оного сразу обидятся и начнут ругаться уже менее цензурно? Попробуйте, уважаемый Synergy.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 03, 2019, 04:40:21
И, кстати, что же оппоненты вцепились в одни мутации?
С автоматизмами разобраться еще необходимо. По определению, более направленных вещей в генетике просто нет. Произойдет то, что должно произойти. Реактивная ритмика - только подмога в такой взаимосвязи.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 03, 2019, 08:41:22
приверженцы продолжают это делать и по сей день, препятствуя развитию новых теорий в науке.
  Когда бы не препятствовать "развитию новых идей", то получился бы бардак. Идей рождается уйма, как мутаций в геноме, но отбираются, слава Традиции-парадигме, лишь единицы.
  Допустить влияние фенома на геном "недопустимо".
Цитата:Биологические клетки представляют собой парадокс, поскольку они демонстрируют одновременно стабильность и гибкость,
  Это "классика" квантового подхода - стабильность стационарность достигается порциальными скачками-переходами к разрешенным уровням возбуждения. Получаем "низший" адаптационный уровень изменчивости от генома к феному так, что создается обманчивое впечатление диктата фенома. И следует вначале разобраться с этим уровнем, содержащим ограниченное число подуровней. Уже здесь нас ждут открытия.
  И самое главное из них, что геном окажется способным учитывать "неудачи" путем изменения своей истории.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 03, 2019, 09:37:10
А почему виды, при таком уровне воздействия среды, сохраняют относительную стабильность генома в тысячах поколений, ламаркисты не попробуют объяснить?

В.Н.Сойфер "Репарация генетических повреждений" (http://www.pereplet.ru/nauka/Soros/pdf/9708_004.pdf)
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 03, 2019, 09:39:49
С автоматизмами разобраться еще необходимо. По определению, более направленных вещей в генетике просто нет.

Автоматизм - стандартный способ, которым интеллект организует свою инфраструктуру и периферию. Оглянитесь вокруг себя, где всё кишит автоматами. Но внимательный взгляд вокруг должен учить ещё одной вещи: когда автоматы ломаются, автоматизм бессилен.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 03, 2019, 09:41:51
Люди, способные задумываться, должны понять одну вещь:  чтобы были возможны адаптация и эволюция, компенсирующие возмущения реакции, а, соответственно, и изменчивость, должны быть организующими, а не случайными.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Февраль 03, 2019, 10:11:34
Оказывается, среди микробиологов-исследователей есть люди, разделяющие моё видение проблемы:

Erez Braun  "The Unforeseen Challenge: From Genotype-to-Phenotype in Cell Populations".  (https://pdfs.semanticscholar.org/9df0/3820e20ab1056bcaab4a7856df75061cbcfd.pdf)

Аннотация к статье тесно перекликается с тем, что обсуждалось в теме совсем недавно (перевод на русский):

Биологические клетки представляют собой парадокс, поскольку они демонстрируют одновременно стабильность и гибкость, позволяющую им адаптироваться к новым условиям и развиваться с течением времени.  Формирование стабильных состояний в клетках определяется взаимодействием генотипа и фенотипа.  Здесь излагается взгляд, заключающийся в том, что организация клетки представляет собой динамический процесс,  в котором молекулярные нарушения проявляются в нарушениях макроскопического порядка.  Геном не определяет упорядоченное состояние клетки. Скорее, он участвует в этом процессе, предоставляя набор ограничений на диапазон доступных режимов регулирования,  аналогично граничным условиям в физических динамических системах.  Мы разработали экспериментальную базу, в которой клеточные популяции подвергаются непредвиденным проблемам, новым возмущениям, с которыми они не сталкивались ранее в своей эволюционной истории. Этот подход позволяет нам непредвзято рассматривать динамику клеток,  раскрывая потенциал клеток для эволюции и для формирования адаптированных стабильных состояний.  За последнее десятилетие наши эксперименты предоставили ряд согласованных результатов, нарисовав картину живой клетки, которая во многих отношениях не совпадает с обычной.
Особое значение здесь имеет наш вывод о том, что адаптация организации клетки, по сути, является эффективным исследовательским динамическим процессом, а не процессом, основанным на случайных мутациях.
Из   статьи
"The above discussion suggests that we should think of сancer as an adaptation phenomenon. In other words, the emergence of cell states resulting from exploratory dynamics triggered by a perturbation. This suggests that the adaptation of yeast cells to unforeseen challenge belongs to the same class of phenomena."
Это   же  надо   -    рак  адаптация (к чему ???),  а  не   мутации. Автор    сначала  пишет  о  том,  чего  нет  (рак   -  сверхактивно  мутирующие  клетки),    но  потом  делает   ВЫВОД.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 03, 2019, 10:15:05
Радует, Питер, что с остальным Вы, о чём шла речь выше в теме, Вы согласны.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Февраль 03, 2019, 10:20:19
Хотелось бы оставить здесь ссылку на интереснейшую статью: Epigenetic inheritance of acquired traits through sperm RNAs and sperm RNA modifications (http://faculty.fiu.edu/~noriegaf/Papers%20Proteomics/Epigenetics/Paper04_.pdf)

Что касается СТЭ, то ни один современный биолог в курсе последних исследований не придерживается этого сбора догматических идей, которые не только не подтвердились, но и были опровергнуты опытами. Можно с уверенностью сказать, что СТЭ принесла больше вреда, чем пользы, а ее приверженцы продолжают это делать и по сей день, препятствуя развитию новых теорий в науке. Дарвин сделал больше для науки, чем вся СТЭ вместе взятая.

И почему тема в ненаучном разделе?

Правда  ?    Ни   один  ?   Кролик    из  шляпы   давно     известен.   
Ну   раз  вы  такой   умный   -   то  опишите  мне    механизм    образования  переносимости  лактозы  в  терминах tsRNA  и miRNA.   В   сперме  или  ооцитах   -     без  разницы.
Понимаете,  я  не  спорю  с  тем,    что в  механизмах    адаптации  конкретного      организма   среды   крайне  важную  роль   регуляторные   механизмы   - все,  способные   регулировать     содержание   того  или  иного  белка   или  его  функциональную  активность.   Но   при  этом  мне  также  понятно,  что    первичным  в  любом  случае   является   структура  ДНК.  Все     нео-ламаркисты   очень  любят     эпигенетику.   Простой   вопрос    -  что   определяет    метилирование    конкретного    гена ?    Его    структура  в    первую  очередь.    Если  произойдет  замена   в  CpG    динуклеотиде   -     метилирование  в   этом  сайте  исчезнет.   И  никакие    эписилы    тут  не    помогут.  Аналогично    будет с  микроРНК.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Февраль 03, 2019, 10:22:13
Нет,  Игорь.   Я  пока  написал    еще второй  пост    и  буду  читать  дальше. Я  два   дня  сайт  не  читал  -  заглядывал,     но  времени  не   было.  Сейчас   чуть  разгреб  долги    -    но   не  до  конца,   переоценил  свои  силы.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Февраль 03, 2019, 10:35:56
Как   вы  пишете, "Что касается последней публикации, которая здесь обсуждалось

https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0111133

то там наблюдаются однозначно не случайные мутации гена GAL80. "

Читаем  МиМ.

Yeast Strain
Experiments were carried out using a strain of S. cerevisiae with HIS3 under exclusive regulation of pGAL1. Haploid yeast strain YPH499 [MATa, ura3–52, lys2–801, ade2–101, trp1-Δ63, his3Δ200, leu2Δ1] carrying the plasmid pESC-LEU (Stratagene) containing the pGAL1-pGAL10 divergent promoter with HIS3 under pGAL1 as described in [13]. Cloning was done by standard methods and was confirmed by fragments analysis and/or by direct sequencing. Transformation was done with the lithium acetate method.

Игорь  Антонов,     комментировать  надо ?  Опять     чисто  методический   вопрос.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 03, 2019, 11:10:32
Уважаемый Игорь Антонов, я не понял, репарацию и еще не подтвержденный научно клеточный интеллект Вы приводите в подтверждение ламаркистских идей?
Мне больше нравится тезис об адаптированных стабильных состояниях.
Упертые ламаркисты давно пишут о клеточном разуме и предпочтениях. Еще Т. Д. Лысенко говаривал, что яйцеклетки достаточно разумны для того, чтобы "выбирать" из числа сперматозоидов. Более 70 лет минуло с той поры, а решающих свидетельств в пользу оного не представлено. 
И, кстати - многие автоматы, как и многие механизмы, не только организуются без всякого влияния среды, они еще и воспроизводятся способами, которые реализуются заданно, непосредственно по факту поломки.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 03, 2019, 11:16:42
Игорь  Антонов,     комментировать  надо ? 
Коммкентировать надо. Исходные клетки для эксперимента взяты из генетически модифицированного штамма со сломанным геном HIS3 и этим же геном на плазмиде.
Что это меняет в наблюдаемых закономерностях процесса адаптации? 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 03, 2019, 11:18:33
А что не меняет?
Поясните вперед Вы, пожалуйста.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 03, 2019, 11:22:00
Уважаемый Игорь Антонов, я не понял, репарацию и еще не подтвержденный научно клеточный интеллект Вы приводите в подтверждение ламаркистских идей?
Репарацию я привожу в качестве ответа на Ваш конкретный вопрос, чтобы проинформировать Вас  о причине стабильности генома.
Клеточный интеллект я вообще не упоминал в последних ответах.  Я упоминал интеллект человеческий. И отмечал, что скоординированность биологических реакций на внешние и внутренние возмущения, имеет существенные параллели со специфическими свойствами интеллекта и, вполне возможно, является его предтечей.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 03, 2019, 11:26:45
Ну, информировать меня не надо, я, в свое время, этим занимался. Но, все равно, спасибо.
Про интеллект - другое дело. Вполне предположительное и осторожное высказывание.
Мне нравятся аналогии.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 03, 2019, 11:27:02
А что не меняет?
Поясните вперед Вы, пожалуйста.

Не меняет наблюдаемых в обсуждаемом эксперименте явлений, не стыкующихся с моделями жёсткого генетического детерминизма и сугубо случайной генетической изменчивости:
динамической адаптации к негативным условиям без мутаций в ряде колоний и синхронных мутаций в гене GAL80 при относительно небольшом количестве предшествующих им клеточных  делений.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 03, 2019, 11:33:29
Также, благодарю за пояснение.
Только детерминизм и случайность не становятся от учета динамической составляющей менее актуальными.
Попробуйте, пожалуйста, не упорствовать на исключительно ламаркистском подходе, а объединить известное Вам в сбалансированный концепт.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 03, 2019, 12:02:55
  Насколько я понимаю, Игорь Антонов не настаивает на том Ламаркизме, что нужная мутация предопределена "воспитанием". И ищет предтечу, организующую канализацию возбуждения к "избранному" гену. При этом можно допустить случайности, из которых единственная окажется адаптационно выжившей в конкуренции с прочими. И понятно, что это еще не палочка-выручалочка.
  Пусть будет локализованное колебание, как обратимость, мутация-репарация. Предварительный вопрос: что остается, как память цитоплазмы-среды? Все-таки обратимый акт не мгновенен и не локален. От прямой до обратной реакции была произведена работа среды?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Февраль 03, 2019, 12:42:10
Игорь  Антонов,     комментировать  надо ? 
Коммкентировать надо. Исходные клетки для эксперимента взяты из генетически модифицированного штамма со сломанным геном HIS3 и этим же геном на плазмиде.
Что это меняет в наблюдаемых закономерностях процесса адаптации? 
Ну    так  давайте   сделаем    другой   эксперимент  -  просто  внесем  тот   же  промоторе    в  геном   дрожжей   и  поставим  под  него ген  HIS3.    И    посмотрим ...
А   тут  у  нас  мультикопийная  плазмида,     даже   слабые     мутации   в  гене  GAL80   будут  подхватываться 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Февраль 03, 2019, 12:47:04
  Насколько я понимаю, Игорь Антонов не настаивает на том Ламаркизме, что нужная мутация предопределена "воспитанием". И ищет предтечу, организующую канализацию возбуждения к "избранному" гену. При этом можно допустить случайности, из которых единственная окажется адаптационно выжившей в конкуренции с прочими. И понятно, что это еще не палочка-выручалочка.
  Пусть будет локализованное колебание, как обратимость, мутация-репарация. Предварительный вопрос: что остается, как память цитоплазмы-среды? Все-таки обратимый акт не мгновенен и не локален. От прямой до обратной реакции была произведена работа среды?
Есть  одна  проблема  при  переходе     от      одноклеточных (причем  гаплоидных)   дрожжей  к  многоклеточному     организму  с  половым  размножением.    Как   передать  информацию  об  идеальной    не  связанной  с     мутациями в  геноме   адаптации   (любое   эпи- в  широком  плане)   соматической   клетки  в   клетку  герминативную  ?    Особенно    если  эти  клетки  отделяются  от  соматического   пула  на  самых  ранних   этапах    эмбриогенеза  ?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 03, 2019, 12:56:27
тут  у  нас  мультикопийная  плазмида,     даже   слабые     мутации   в  гене  GAL80   будут  подхватываться 

Так GAL80 не на плазмиде, а в геноме. Его мутации подхватываются,  но вопрос-то не об этом, а о мере случайности в их возникновении.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 03, 2019, 13:03:39
Есть  одна  проблема  при  переходе     от      одноклеточных (причем  гаплоидных)   дрожжей  к  многоклеточному     организму  с  половым  размножением.    Как   передать  информацию  об  идеальной    не  связанной  с     мутациями в  геноме   адаптации   (любое   эпи- в  широком  плане)   соматической   клетки  в   клетку  герминативную  ?    Особенно    если  эти  клетки  отделяются  от  соматического   пула  на  самых  ранних   этапах    эмбриогенеза  ?

Э.Стил, Р.Линдли, Р.Бландэн пишут (http://evolbiol.ru/document/1834) о признаках явления обратной связи сомы и зародышевой линии. То есть, явление, в принципе, возможно, хотя вопрос о его масштабах и эволюционной роли остается открытым.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 03, 2019, 14:40:38
Эксперименты на параллельную эволюцию с многоклеточными, о которых я высказывался во втором сообщении этой темы, как раз могут раскрыть генетическую сторону микроэволюционной адаптации и в этом случае. Если там будут обнаружены схожие генетические изменения, не сводимые к отбору определенных аллелей, то это будет экспериментальным подтверждением того, что адаптивные реакции затрагивают геном.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 03, 2019, 15:12:13
  Да тут бы с одной клеткой разобраться.
  Допустим крайний случай с SOS-репарацией. Дочке передается нежизнеспособный ген, тогда как у матери остается "нормальный", но с измененной РНК, "допустившей ошибку" репарации. Как это может сказаться на следующем делении?

  Термодинамически просто: полезная работа над геном по его репарации должна породить энергетический "вакуум", заполняемый подходящим материалом (не знаю каким). Если новая мутация будет попадать в тот же ген, то его репарация обязана происходить с учетом предшествующего изменения в РНК.
  Таким образом можно было бы прогнозировать двух этапное полезное мутирование, на первом этапе статистически обусловленная неудача, а на втором учет этой неудачи.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Synergy от Февраль 05, 2019, 02:50:34
Недавние исследование показало, что форма клюва не зависит только от пищи, которую едят птицы (классический пример Неодарвинизма). Заметим, что у всех Неодарвинистов есть одна неприятная особенность: они всегда делают какие-то преждевременные ничем необоснованные заявления, как если бы они уже во всем разобрались. В действительности же, на сегодняшний день доподлинно неизвестно, почему клювы у птиц разные. Не так дело обстоит у Неодарвинистов, у них все объясняется случайными мутациями и естественным отбором.

Ссылка на исследование: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/evo.13686 (https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/evo.13686)
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 05, 2019, 08:50:34
Не так дело обстоит у Неодарвинистов, у них все объясняется случайными мутациями и естественным отбором.
  Если мутация не случайна а детерминантна, то следствием чего она является? Как ответите на этот вопрос, так и будем к Вам относиться.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Февраль 05, 2019, 09:38:45
Недавние исследование показало, что форма клюва не зависит только от пищи, которую едят птицы (классический пример Неодарвинизма). Заметим, что у всех Неодарвинистов есть одна неприятная особенность: они всегда делают какие-то преждевременные ничем необоснованные заявления, как если бы они уже во всем разобрались. В действительности же, на сегодняшний день доподлинно неизвестно, почему клювы у птиц разные. Не так дело обстоит у Неодарвинистов, у них все объясняется случайными мутациями и естественным отбором.

Ссылка на исследование: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/evo.13686 (https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/evo.13686)

Ссылка    другая
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/evo.13655

Но   дело  не в  этом. В  статье  речь  идет   о  том,  что  форма  клюва   признак  более  сложный  и в  макроэволюционных  процессах  она  регулируется   не  только    поедаемой  пищей   -   но  и  способом  ее  поедания.   И в  чем  тут    ламарк\дарвин ?  Любой  вариант    проходит ...

Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 05, 2019, 10:19:55
Не причем. Оппонент - законченный креационист, похоже.
Просто маскируется под ламаркиста. Чтобы не забанили ранее срока.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 05, 2019, 11:11:18
Я думаю, отправной точкой, на которой можно (и нужно) сойтись, должна быть неслучайность биологической изменчивости. 
Даже при случайности изменчивости генетической. В том числе,  биологической изменчивости, инициируемой нарушениями благоприятности внешней и внутренней среды.
Пример работы, упоминавшейся в теме и иллюстрирующей это обстоятельство:
https://www.pnas.org/content/96/17/9721
Там в процессе микроэволюционной адаптации к негативным условиям схожим образом меняются паттерны экспрессии множества генов в параллельно эволюционирующих популяциях при наличии единичных мутаций.
Помните из Дарвина: "Наше незнание законов вариации глубоко" ?
Я помню, что Питер, формально причисляя себя к неодарвинистам,  когда-то давно уже признавал неслучайность изменчивости. Но не будучи теоретиком-эволюционистом он, скорее, недооценивает, насколько значительны для основ теории последствия такого признания.
Само наличие значительной доли адаптивных мутаций среди мутаций, встречающихся вообще в экспериментах с дрожжами, говорит не о свойствах мутаций, а о свойствах организма адаптироваться к неприятностям скоординированным образом, используя и те возможности, которые предоставляют новые мутации.
Возможно,  это не всем очевидно, но опыт компьютерного эволюционного моделирования лишь подтверждает, что не существует никакой механически и вычислительно формализуемой модели адаптации сложной системы к структурным нарушениям. Нет такого закона, нет таких явлений. По объяснимым причинам - любой крупице новой структурной упорядоченности противостоит неисчерпаемый океан бессистемного хаоса возможных произвольных возмущений. Биологические системы, даже одноклеточные, реагируют на возмущения, включая случайные,  иным образом. И в этом вся суть. Суть, игнорируемая теорией эволюции, которая пока считается официальной.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 05, 2019, 11:19:36
  Пробовал читать про мусорную ДНК. Привязался вопрос: изучены ли примеры перевода "неудачных мутаций" в мусорную часть? Вроде с вирусными вставками так и происходит. По логике необратимости именно мусор должен отрезаться на теломере. А вот наращивание мусора, что бы из него можно было выуживать "нужные куски"?
  И еще. Если мусорная вставка делит ген, то в чем будет регуляторная роль такой вставки?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 05, 2019, 11:30:20
Биологические системы, даже одноклеточные, реагируют на возмущения, включая случайные,  иным образом.
  Под словом "иным" может заключаться целый мир. Необходимо последовательно отвергать все варианты, которые только можно. Один из вариантов: репарации от деления до деления приводят к переформированию состава РНК. Вроде можно отбросить сразу?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 05, 2019, 11:44:19
Я имел ввиду, что система регуляции экспрессии и транспорта реагирует согласованным образом не только на сигналы из среды, но и на новые возмущения изнутри.

Что касается гипотетических молекулярных механизмов, то были публикации (https://elementy.ru/novosti_nauki/430519/RNK_sluzhit_matritsey_dlya_ispravleniya_povrezhdeniy_v_DNK) о том, что одно из явлений, обнаруженных при репарациях - это восстановление утраченных фрагментов ДНК по РНК. Потенциально это могло бы быть использовано для направленных изменений.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 05, 2019, 12:50:53
По поводу последнего замечания. Есть работа, где авторы сообщают, что ретромутагенез был причиной адаптации в их экспериментах, где клетки до появления исправляющей мутации не могли делиться:
Evidence for Retromutagenesis as a Mechanism for Adaptive Mutation in Escherichia coli (https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1005477)
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 05, 2019, 14:40:04
Только в последней работе ДНК не синтезируется по РНК, а мутировавшая РНК восстанавливает белок, который позволяет реплицироваться ДНК,  которая при этом восстанавливается.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 05, 2019, 15:17:21
клетки до появления исправляющей мутации не могли делиться:
  Ужасно, когда на любое правило обнаруживаются исключения. Тогда все исключения должны быть оформлены в более строгое правило.
  Можно через введение консервативного и либерального гена. Первый, как бы не исправлялся вставками, все одно будет читаться, не обращая внимание на вставки. Второй же, как менее значимый имеет право мутировать во "вредную" сторону, будучи уверен, что множество отклонений все одно будут работать в одном направлении. А это последнее означает, что либеральный мутант будет тормозить развитие событий до тех пор, пока собратья по несчастью "ненабесятся".
  Все-таки правило, что из всех статистических возможностей выбирается то, к которому ведет наибольшее число вероятных путей, должно блюстись.

  А ведь мы говорим только об адаптации, которую никак нельзя отнести к макроэволюционным эффектам. Адаптацию же должно определять не более, как стремление организма подчиниться "целям" среды обитания. Ни о каких самостоятельных потребностях организма говорить не следует. Выживет тот, кто наилучшим образом воплощает закон среды.
  Но вот для единственной дрожжи предложено два варианта: обесценивать сахар или крахмал. Предпочтителен вариант, что вначале будет обесценен сахар, а потом ожидание мутации для обесценивания крахмала. Однако нам нужен вариант, когда в колонии при постоянном подводе сахара и отводе спирта появятся любители крахмала.

ПП. Т.е. обычный путь ДНК-РНК-Белок, заменяется на РНК-Белок-ДНК. "Если Карфаген должен быть разрушен, то так и случится"... Ужас какой-то.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 05, 2019, 15:26:22
что касается "неслучайность биологической изменчивости". Если мне не изменяет память, я еще лет 10 назад встречал работы специалистов из тимирязевки, посвященные гомологическим рядам в эволюции структурных генов и их семейств. Вроде, в обоснование этого приводятся, также, факты о порядках локализации гомологичных генов в геномах представителей разных таксонов, точнее о совпадениях в локализации (синтении). Вышеназванные специалисты рассматривают эти факты как свидетельства в пользу неслучайного характера эволюционной изменчивости.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 05, 2019, 17:58:52
Эвол.
  Я так понимаю, что место гомологов в животном мире занимают классические конвергенты. Т.е. опять-таки адаптанты к среде. Ежели же физика работает над геномом так, что локализованно связная работа геных "упаковок" вынуждает фенотип, складывающийся по законома развитя генома, искать и выбирать условия для своего выживания, то это и будет "не случайностью".
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Февраль 05, 2019, 19:04:44
Я думаю, отправной точкой, на которой можно (и нужно) сойтись, должна быть неслучайность биологической изменчивости. 
Даже при случайности изменчивости генетической. В том числе,  биологической изменчивости, инициируемой нарушениями благоприятности внешней и внутренней среды.
Пример работы, упоминавшейся в теме и иллюстрирующей это обстоятельство:
https://www.pnas.org/content/96/17/9721
Там в процессе микроэволюционной адаптации к негативным условиям схожим образом меняются паттерны экспрессии множества генов в параллельно эволюционирующих популяциях при наличии единичных мутаций.
Помните из Дарвина: "Наше незнание законов вариации глубоко" ?
Я помню, что Питер, формально причисляя себя к неодарвинистам,  когда-то давно уже признавал неслучайность изменчивости. Но не будучи теоретиком-эволюционистом он, скорее, недооценивает, насколько значительны для основ теории последствия такого признания.
Само наличие значительной доли адаптивных мутаций среди мутаций, встречающихся вообще в экспериментах с дрожжами, говорит не о свойствах мутаций, а о свойствах организма адаптироваться к неприятностям скоординированным образом, используя и те возможности, которые предоставляют новые мутации.
Возможно,  это не всем очевидно, но опыт компьютерного эволюционного моделирования лишь подтверждает, что не существует никакой механически и вычислительно формализуемой модели адаптации сложной системы к структурным нарушениям. Нет такого закона, нет таких явлений. По объяснимым причинам - любой крупице новой структурной упорядоченности противостоит неисчерпаемый океан бессистемного хаоса возможных произвольных возмущений. Биологические системы, даже одноклеточные, реагируют на возмущения, включая случайные,  иным образом. И в этом вся суть. Суть, игнорируемая теорией эволюции, которая пока считается официальной.

Первое.   Неслучайность  изменчивости  ?  Применительно к  популяции    -  да,   если вы  ставите ее  в  условия  сильного   селектирующего  фактора.  Ну  сажаете  вы   дрожжи в  среду  с   низким  уровнем  глюкозы   -  и  меняется   экспрессия  генов,   связанных  с   обменом  глюкозы  и  энергетикой.  Но    вот    причины    этого  -    вопрос.   Можно    (если  есть   резервы)    сделать  это  вообще   без  мутагенеза.  Можно    мутировать.  При    этом  ваш  выбор  -    ген,  который  надо  мутировать,  клетка   выбирает.  Мой   -   идет    набор  мутаций   в  геноме,  некоторые в  генах  обмена  глюкозы   подхватываются   эволюцией.  И  опять  же  все     в  популяции  клеток    -   не в  одной    особи.
Да,  мутации    будут в  определенном  наборе  генов  к  250  поколению.  А   если  будете  отбирать   к  другим  условиям  питания  -   в  другом  наборе  генов.
Второе.  Василий  Андреевич,  почитайте    современный  учебник  по  молбиологии.   Узнаете  много     странного.   Например,  что   мусорной   ДНК     давно  нет  ...
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 05, 2019, 19:40:35
  Ох, Питр, когда б выбрал биологию лет эдак сорок назад, то обязательно. Теперь же могу сойти с ума от обилия данных, да еще нагруженных непривычной мне терминологией.
  Я специально оставил термин "мусорная", которым для себя подчеркиваю скопище хлама, который может быть приспособлен под нужды изобретателя. Ведь в нем кладезь!
  Вот только С-парадокс не дает покоя. Почему из него не сделан, если не вывод, то прогноз для проверки. У меня этих прогнозов уйма рождается, жаль знаний нет отвергать их.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 05, 2019, 20:08:12
ваш  выбор  -    ген,  который  надо  мутировать,  клетка   выбирает
Я честно говорю, что я не знаю - выбирает или не выбирает. Но если статистика покажет значимое отклонение изменений правильного по ситуации гена от случайного, значит, выбирает.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 06, 2019, 10:06:11
Только в последней работе ДНК не синтезируется по РНК, а мутировавшая РНК восстанавливает белок, который позволяет реплицироваться ДНК,  которая при этом восстанавливается.
  Так и эдак кручу Вашу фразу. Читать же статью в гоблинском переводе - выше моих слил.
  Пока не готов сформулировать выводы из "кручения". Но ясно, что при таком подходе можно оперировать в координатах энтропия-информация. При этом внутри "бандитской триады, узурпировавшей жизнь" перераспределяется не информация, а кодируемый азотистыми основаниями сигнал. Информацией будет "прямой" вектор, как следствие круговорота ДНК-РНК-Белок. Обратная связь от белка к ДНК апосредована через разнообразие круговоротов метаболизма.
  А вот введение "обратного" вектора через обратные последовательности, как вмешательство стресса, могут быть весьма интересны. Например, ДНК-белок - это, по сути, обрезание теломеры.

  Главное, Игорь, здесь Ваша епархия, как думающего Хыбернетика. Вспомните, что информация - это горб на шкале положительной энтропии. Прямой круговорот ДНК-РНК-Белок1-белковый круговорот-Белок2-ДНК есть "затороможенный поток энтропии.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Февраль 06, 2019, 18:44:09
Ну    вот  опять  же   те  же  E. coli  и    последняя  работа  от  Игоря  Антонова.   Очень    специально   сконструированная   ситуация.   И  полный  не   учет  современных   представлений  о      связи   у  бактерий  в  единый   комплекс  процессов    репарации   ДНК,  репликации  и   транскрипции.  И   как   по  разному    эти  процессы  идут  на    плюс    и  минус    цепях  ДНК.
Про  мусорную   ДНК.  Сейчас  есть  масса  проектов  (самый  известный  ENCODE)  по функциональной   аннотации    ДНК.  И  чем  дальше  тем  более  понятно,  что   подавляющая  часть  ДНК    функциональна.   Не  как    белок   кодирующая   -  но  как    регуляторная.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 06, 2019, 20:31:13
  Только бы не появилось соблазна сравнивать "регуляцию" с "геномной сознательностью". А то скоро кирпичи заговорят)))
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 07, 2019, 00:11:52
вариаций      фенотипа  не   бесконечное    количество.  Если    у   вас   есть      признак   -    то   его    вариации    жестко    ограничены.  Если у  вас   есть  лапы   -   то  они   могут  быть   длиннее  или  короче.   Но  у  вас  нет   вариантов    вместо  4  лап  16, 32,  64,   далее  везде  ...
Но лапы когда-то появляются. И вариации количества конечностей. Вообще, без структурных скачков макроэволюция, главная эволюция не мыслима. И любой трезво мыслящий человек должен понимать, что не изменения частот аллелей их создают. Но в СТЭ это явление вообще находится за рамками эволюционной модели.
Ограничение числа вариаций, действительно, существует, но это не ограничение числа вариаций случайно мутирующего генома, а явление организменного уровня, опять же, в механистичной эволюционной модели СТЭ отсутствующего.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 07, 2019, 00:26:41
Все сложные инстинкты тех же тупых насекомых - там целесообразность прёт каждой щели.

Когда паук плетет спиральную паутину на нескольких предварительно натянутых направляющих - Вы можете себе представить, Питер, а главное - смоделировать, как это формировалось в процессе последовательного отбора и последовательного закрепления элементарных случайных ненаправленных блужданий фенотипа? Я не могу. Если Вы можете - искренне завидую.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 02:18:12
Стоп! Как это - "находится за рамками эволюционной модели."? Это весьма старые взгляды, озвученные, еще в семидесятые, А. Карсоном и Н. Н. Воронцовым. Я о мономорфизмах и  мозаичной эволюции.
А гомеозисные гены, материнский эффект? Та же преадаптация говорит о том, что у всех организмов, в развитии которых наблюдается разделение на герменативные клетки и элементы сомы - есть соответствие морфологии и молекулярно-генетической специфичности. Везде молекулярная машина одна и та же, а различия в морфогенезе подтверждаются сдвигами по времени известных молекулярных процессов.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 02:29:41
Вообще, это крайне опасные разговоры. Кому не верится, пусть погуглит соответствующий запрос. Радикалы эво-дево открыто призывают сменить СТЭ на альтернативные концепции вроде сальтационизма. К ним активно присоединяются священнослужители, вот ссылка - http://orthodoxy.cafe/index.php?topic=316953.0.

Призываю, поэтому, не слишком усердствовать в данном направлении.
Скажем так, серьезных оснований для ниспровержения эволюционного синтеза пока не существует, а излишне настойчивые попытки впасть в оппозицию синтезу чреваты переходом в лагерь теологов. Которые, по вполне понятным причинам, ненавидят Ч. Дарвина за то, что его теория более решительно, нежели вся физика и химия, обозначила разрыв между наукой и вероучениями. Говоря проще, именно эволюционизм, как я думаю, по настоящему сделал науку свободной. 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 02:42:39
Вчитайтесь, пожалуйста. Увидите, что многие фразеологизмы оппонентов СТЭ очень схожи с аргументацией верователей.
Это не призыв искать "ведьм", а личная рекомендация вернуться к обсуждению поиска путей экспериментальных свидетельств в пользу той или иной концепции. А то, полагаю, начинаем просто заигрываться в общих рассуждениях по теме.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 07, 2019, 07:53:59
Вообще, с отрицанием всё достаточно просто. Сложнее с содержательными положительными утверждениями. По неодарвинизму ещё до всех экспериментов ударяют логика и здравый смысл.  Достаточно включить в сознании системное мышление. Живые организмы - сложные высокоорганизованные системы. Случайный ненаправленный мутатор - это оператор преобразования связного в бессвязное, системного в бессистемное. На любом числе итераций. Это понятно и так, и отлично воспроизводится. "Кроме мордобития - никаких чудес", как сказал поэт. Достаточно это осознать, чтобы получить прививку от СТЭ. Пожизненный иммунитет. Вот talash не всё воспринимает, но это понял. И у человека есть точка опоры для дальнейших поисков.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 07, 2019, 08:02:00
плетет спиральную паутину на нескольких предварительно натянутых направляющих
  А потом вместо того, что бы усестся на ней, берет ее в лапки и накидывает, как силок, на жертву...
  Есть клеящее выделение. Выделение для кокона. Неотения - вместо кокона, объемный комок. Раз есть выживание за счет использования комка, будут и вариации его плетения. Каково число вариаций? Оно ограничено, как ограничено число кристаллографических вариаций, как, наконец, число возбужденных состояний электрона.
  И тут уже "опасный", как говорит Эвол, шаг - число комбинаций в регулирующем геноме ограничено "по правилам кристаллографии".

  Форма будущей паутины не наследуется. Наследуются алгоритмы допустимых вариаций. Эволюция паутины - комбинации из ограниченного числа алгоритмических последовательностей.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 07, 2019, 08:11:08
Случайный ненаправленный мутатор - это оператор преобразования связного в бессвязное,
  Это всеобщий принцип обесценивания, против него не попрешь. Обесцененный "товар" нужно куда-то выбросить, как Звезда выбрасывает излучение. Если выброс затруднен средовым фактором, он остается в организме, как "мусор" для дальнейшей переработки. Переработка - это уже информационный обмен.
  Всего четыре буквы ДНК. Как определить, какие читать, какие нет?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 08:14:17
Прям так и ударяют, как же.
Что по чему ударяет - то это экспериментальная база по возможности произвольно перенести приобретенное из сомы в герму. Пока критической массы экспериментов нет - нет возможности изменить положение в пользу альтернативы, сколько не повторяйся словесно. Тоже неплохо было бы понять. И сторонники СТЭ не боятся "мордобития" - ответить можем по полной. Есть желание проверить и, в очередной раз, пожаловаться на "агрессию"?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 08:16:04
Точка опоры у неодарвинистов пока надежная.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 07, 2019, 08:17:43
Отлично демонстрируете.  Показательно.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 08:18:45
Не жалуюсь.
Продолжим? Я еще не разогрелся, даже.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 07, 2019, 08:21:18
Если мусорить не устали (привет Нуру передавайте) - продолжайте.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 08:25:26
Сами передавайте.
И кто тут мусорит? Поцитировать вероучителей и Вас, а?
Сдерживаться пытались, но сорвались, очередная порция проповедей в пользу неестественного начала не получилась.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: ArefievPV от Февраль 07, 2019, 08:26:39
Ничего не помогает...
Василий Андреевич, Ваши усилия напрасны, полагаю... Но Вы хотя бы попытались...

Я же на другое хотел обратить внимание участников - на то, что желательно всегда держать в уме на "заднем плане" при формировании гипотез, выводов и вообще при обсуждении.

Человек видит целесообразность в окружающем, которую не в состоянии сам объяснить...
Человек не может понять, что видимая им целесообразность, это всего лишь проекция закономерностей (грубо говоря, нервных связей), которые сформировались в его мозгах, так сказать.
Для того, чтобы увидеть уже объяснение должны сформироваться гораздо более сложные цепочки нервных связей - вот тогда закономерность проявится. Но ведь человек опять-таки не осознает, что закономерность-то, по сути, возникла в его башке, а не в окружающем!

Случайность, это ещё не выявленная закономерность. Для наблюдателя его действительность всегда будет потенциально закономерной...

P.S. Прошу прощения за оффтоп... :-[
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 08:31:22
Философий - мало, результаты опытов нужны.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 07, 2019, 08:32:29
очередная порция проповедей в пользу неестественного начала не получилась.

А мысль о том, что естественное начало эволюционных явлений может быть не тождественно селективному отбору продуктов случайной ненаправленной изменчивости в Ваших мозгах уместиться никак не может?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 08:33:48
А в Ваших - уместилась, утоптал кто-то "свыше"?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: ArefievPV от Февраль 07, 2019, 08:34:01
Если мусорить не устали (привет Нуру передавайте) - продолжайте.

Сам передавайте.
И кто тут мусорит? Поцитировать вероучителей и Вас, а?
Сдерживаться пытались, но сорвались, очередная порция проповедей в пользу неестественного начала не получилась.

Кто здесь мусорит будет решать автор темы, надеюсь.
На мой взгляд, сообщения Арефьева, гораздо лучше подходят под определения флуда...
Я извиняюсь за свой флуд, просто не выдержал... :-[

Но, в любом случае, я думаю, перепалка между участниками на пользу теме не пойдёт...
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 08:37:10
Я готов в любой момент остановиться. Если оппонент и далее будет выражаться сдержанно, поясняя, что истина еще ожидает решающих поисков, а не взывать к чувствам участников форума и гостей.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 07, 2019, 08:44:49
в Ваших - уместилась, утоптал кто-то "свыше"?

Да, в моих уместилась - додумался сам.
Потом увидел, что Анохин еще в 70-х годах писал об этом же в статье "Философский смысл проблемы естественного и искусственного интеллекта".
Где он высказывал идею, что опережающее отражение и связанная с ним скоординированная реакция организмов на предстоящие события сформировались еще у простейших форм жизни за счёт циклической повторяемости состояний среды.  И что это свойство сыграло существенную роль в дальнейшей эволюции.
А буквально вчера я прочитал статью, где идею Анохина воспроизвели буквально, циклически повторяя воздействия двух стрессовых факторов на одноклеточных дрожжей и сформировав у них за ряд поколений опережающую реакцию в перестройке регуляции, подготавливающую к приближающейся смене стрессового воздействия.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 08:50:01
Регуляции - ничего необычного. В структуре (!) конкретных генов изменения произошли?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 08:52:37
Я не имею в виду метилирование или другие модификации.
Я о заменах нуклеотидов или про что-то такое.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 07, 2019, 08:54:37
  Прорыв в новое всегда начинается неудовлетворенностью старым. Любая изначальная гипотеза параметрична, т.е. на каждое исключение свой параметр. Когда число параметров превышает число исключений - это кризис теории.

  Давно уж, на первой лекции, дедушка отечественной кристаллографии принес скатерку с зайками и волчатами - объяснил - умыкнул от правнуков. И начал по этой скатерке вводить в мир знаний, отсекая не умещающееся в заек и волчат.
  А потом, указывая на старческий слезящийся глаз, спросил: отчего в его глазу поселилась пяти лучевая бацилла, тогда как в кристаллографии пятилучевая симметрия запрещена?
  Разрешено все, что не запрещено! Какие запрещающие законы вводит СТЭ? Как они согласуются с запрещающими физическими законами?

  Перенесение собственного интеллекта в сферу запретительного означает раздражение. Раздражение должно разряжаться в пустоту.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 09:00:24
А ничего строго запрещающего нет. Есть ненаблюдаемое, о реальности которого следует говорить с оговорками. Даже радикальные позиции не запрещаются - они просто не воспринимаются. До времени, пока не обнаружат свою фактологическую состоятельность.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 09:07:31
А вот неодарвинизм откровенно призывают запретить. Отвергая, явно или прикрываясь, самою возможность альтернативности для альтернативы СТЭ. Все опровергает синтез, не иначе.
Очень может быть, что теория окажется несостоятельной. Привычное в науке дело. Но делается оно известным образом, не похожим на призывы и заклинания. Вот я и среагировал на радикальные утверждения. 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Игорь Антонов от Февраль 07, 2019, 09:08:20
Регуляции - ничего необычного. В структуре (!) конкретных генов изменения произошли?
Там исследовалась параллельная перестройка паттернов экспрессии генов в параллельных популяциях, а не мутации. Возможно,  не необычная,  но и не случайная.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 09:14:55
А я не отрицаю, что будущее детерминировано - со сдвигом во времени.
Но, в координатах интенсивности сдвиг регистрируется как два независимых цикла или картинки, кому нравится выразиться именно так. Тут непрерывность исчезает, появляется квантованность.
Другое дело, что это - поверхностный эффект восприятия, удобный для анализа и творческой деятельности. Но от физики никуда не деться, пока, получается.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 07, 2019, 10:11:58
  В таком раскладе вводим нулевой запрет: муха не может породить слона. Но гора непременно породит песок. Или, если есть "слон", то в нем должна быть горка мух-песчинок. Или, если есть функциональные гены, то должны быть и "мусорные" гены. Это означает, что появление любого гена обязательно связано с отправлением его испорченных случайностью копий в мусорную корзину. Как свита делает короля, так мусор характеризует хозяина квартиры.
  И первый вопрос: откуда дровишки для их переработки в мусор? Ясен пень - из среды. Ну не может тщедушный организм противостоять разрушению гор в песок. Вот этот органический песок (мусор среды) и заталкивается в клетку, что бы она его переработала в отходы для той среды, которая согласится их принять. Если дельта между отданным и принятым отрицательна, то организм растет за счет работы по обесцениванию среды. Таков же и принцип распределения информации: избыточная информация отправляется на повышение энтропийного шума, оседает же, как энтальпия, достоверная.

  И не вижу оснований, что бы геном работал по иным принципам. Удвоение и отправка в мусор, избыточного удвоения. Если ошибки удвоения отбраковываются в мусор, но не могут быть выброшены в среду, то и совсем ладненько. Мусор - это кладезь, берущий на себя регуляторную функцию.
  Второй вопрос: в чем выражается регуляторность... И так далее.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Февраль 07, 2019, 10:17:12
Вопрос  первый.    Мутации  в  геномах   существуют ?  Существует  ли    последовательное  изменение  геномов в    ряду  от     архей  до    сапиенсов
Ответ   (я   думаю)     положительный  у  всех.
Вопрос  второй.    Процесс мутирования   является     случайным  или  нет  ?
Ответ   будет  разный.   У    СТЭ  во всех  ее  вариантах  -  случайный (в  целом.  есть  много   оттенков).  И  ключевой  вопрос   -  как   такая  случайная  вариация  может  не  разрушить   хрупкий   баланс  ?   Ответ   очевиден      -   разрушает в    большинстве  случаев.  Но    - не  всегда.
В   неоламаркизме   -    нет,   не   случайный.   Есть   целесообразная   перестройка   работы  организма,     которая   потом как-то  фиксируется в  геноме.   Или вообще    не   фиксируется  ...Так  вот    ключевой   вопрос  -    демонстрация   этой  самой  фиксации.    В   другом  топике  мне  привели ссылки  на  статьи с  трансгенерационной  передачей признаков.   Отлично,  но    -  почему-то все  кончается в  этих  работах  очень  быстро. F1,  F2 -  и все.  Нет    устойчивой   фиксации  признака в   геноме.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 13:55:59
А это - к уважаемому василию андреевичу, к не раз поминаемым точкам бифуркации.
Если проще, к моментам, когда система обнаруживает необходимость в качественной перестройке. Как и в случае электрического заряда, система здесь будет иметь множество аттракторов (осей развития), являющихся устойчивыми траекториями реализации определенных функций (специализаций). Именно для этих траекторий оказываются детерминированными состояния со сдвигом во времени, о которых я писал выше.
Сами бифуркации также могут обнаруживать некоторую периодическую устойчивость или меняться затухающим образом, разделяя более стабильные режимы существования, что и наблюдается как эффект кратковременной трансгенерации. С точки зрения физиков, ничего удивительного в том нет. 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 14:13:55
Вообще, если говорить более точно, в квантовом мире небезразлично, в какой из моментов производится редукция неопределенности. Как я понял, читая последние работы по квантомеханическим интерпретациям, должны быть расстояния, в пределах которых спин частиц различить измерением не удастся. Те же планковские или те, которые окажутся недоступными инструментально. Лежащие за их границами области (в которых возможно производить, например, регистрацию фотонов) определяются как области, заведомо не связанные известными взаимодействиями пространства-времени.
Это же, думаю, актуально и для эволюции - редукция запутанности между специализациями, ведущими начало от единого предкового организма, обнаруживается на определенном эволюционном удалении. Чем дальше, тем более явственно. Вблизи исходного ствола различение окажется более затруднительным.
Что важно, то это то, что на линии к специализации скорость эволюционных изменений не будет выше некоторого предела.   
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Synergy от Февраль 07, 2019, 14:27:50
Неодарвнизм уже давно фальсифицирован, а кроме этого он попросту не совместим с новыми теориями, поэтому подлежит замене, как всякая ложная теория в науке, именно замене, а не разширению. Я не сторонник креационистов, но ирония в том, что сегодня креационист намного больше разбирается в эволюции, чем Неодарвинист, а знаете почему? Потому что они критически относятся к теории! Неодарвинисты же свято верят в то, что их модель непогрешима без каких-либо доказательств. С ними попросту невозможно разговаривать, так как никаких аргументов они привести не могут, кроме священного: "случайные мутации + естественный отбор = эволюция". Даже Дарвин бы не согласился с этим, а заметим, что современная наука больше подтверждает именно то, что говорил Дарвин и Ламарк, а вовсе не Неодарвинизм.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 14:32:50
Ну, Вы даете!
Зачем же митинговать. Особенно смело про то, что Вы не креационист.
А с Ч. Дарвиным Вы, надо полагать, уже пообщались на спиритическом сеансе? 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 07, 2019, 16:31:42
  Связать трансген с эпигеном? Хотя бы для затравки?
эффект кратковременной трансгенерации.
  В наномире, для упрощения, это выглядит как генерация такой побочной волны, которая обеспечивает не стабильность, но стационарность (что то вроде гомеостаза, как динамического равновесия множеств). В атоме стационарный внешний электрон испускает и поглощает квант "собственной" частоты так, что бы она укладывалась как целое число в частоту условной орбитали. Должное бы наблюдаться обесценивание стационарности (как аналога рассеяния или налога на энтропию) выражается в постоянной генерации более длинной волны, которая выходя за пределы атома, привела бы к разрушению. Потому электрон спонтанно переходит на возмущенную орбиталь, и поглощает эту волну.
  Когда я кидаю пять копеек термином волновой пакет, то лишь намекаю, что в микромире генома он обязан играть роль маркера-разметчика выделенных областей напряжений в структуре длинной молекулы. Трансгенерация означала бы, что для поддержания стационарности на фоне разрушающего действия случайных тепловых колебаний в геноме будет происходит длинноволновой обмен колебаниями между значительно разнесенными участками - по сути - это информационный обмен, как бы говорящий: мы вместе на разных километрах. Поэтому, любое "мелкое" мутационное изменение отражается и на частоте стационарности удаленного гена, что может привести к такой концентрации напряжения, которая приведет к "круной" мутации, вплоть до обрыва связей между основаниями. Но самый важный вывод будет в том, что репарация хоть мелкой, хоть крупной мутации, приведет к перераспределению свойств в строго определенных, но удаленных участках остального генома.
  Пусть мы не знаем этих строгих мест. Однако включать физико-математический прогноз уже можем. Лично у меня получался ошеломительный прогноз, который я, честно говоря, побаиваюсь высказывать в жесткой форме. В мягкой же он будет звучать приблизительно так - репарация в случайном месте приводит к тому изменению в регуляторной части генома, которая поддержит общий гомеостаз.
  В перспективе это означает, что любые случайные мутации-репарации ведут к такой, в принципе постоянной во времени, дегенерации работы генома, которая скажется при большом числе делений-размножений в виде нового качества. Т.е. как бы плутать средь дорог, все они приведут в "Рим".
  И потому бОльшую озабоченность у меня вызывает способность одноклеточного организма не порождать этого нового качества. Пока решаю это так: дочерней клетке передается геном с увеличенной теломерой, хранящей зачатки нового качества, что обрекает дочку на работу в условиях стресса и поиска новой среды. Материнская же клетка сможет нарастить свою теломеру за счет репараций, что бы снова передать ее очередной дочке, которой может и повести с выживанием. Но повезет ли через поколение или пару поколений?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Февраль 07, 2019, 16:49:41
Ну    вот  ничего  не  понял ...  Маркер-разметчик  в  геноме    -  особенности первичной   структуры ДНК.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 07, 2019, 17:18:53
Маркер-разметчик  в  геноме
  Маркер не химической природы. Он независим и от РНК. Смысл в том, что мутации-репарации, как серии случайностей меняют волновую картину так, что кардинальная мутация окажется локализованной в том месте, к которому сойдутся "векторы рассеяния" длинноволнового спектра.
  Вопрос в том, почему векторы сойдутся в "нужной точке"? Потому, что вектор отрицателен (наклонен к оси длин волн) и характеризует потерю функциональности. Чем больше потеря, тем круче вектор, тем реже он проявляет себя. Функциональность - соответствие внутренней среды клетки внешней. Чем больше частота репарируемых мутаций, тем меньше длина волны, тем больше волновое число 1/дл. волны. Это и есть крутизна вектора рассеяния. Малая величина вектора рассеяния окажется платой на энтропию за счет рассеяния тепла и никоим образом не скажется на функциональности клетки.
  Трудно проверяемым следствием было понижение температуры культуры клеток при подготовке к "внедрению" новации в жизнь.

  Короче, надо рисовать графики, а то сам себя запутаю. И говорю откровенно, пока не готов к выдаче исчерпывающей аргументации. Слишком много побочных явлений, которые приходится отбрасывать скопом.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Питер от Февраль 07, 2019, 17:46:52
Нет   там    никакой   волны.  и   кардинальная  мутация    оказывается  кардинальной  не  по  отношению к   ДНК,   а  к  фенотипу. 
Давайте  все-таки  помнить   про   то,   что  ДНК    -   не   электрон  с  его  корпускулярно-волновым   диморфизмом.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 07, 2019, 18:41:18
  ДНК с точки зрения ее самостоятельности - невероятное соединение атомов в молекулу. Тепловые флуктуации должны бы разорвать ее по мелким кусочкам. Но она живет. Даже в "засушенном" виде, без оболочки фенотипа, сохраняется. За счет чего?
  Обменные волны внутри молекулы есть - не вопрос. И в живой клетке именно эти волны рвут молекулу. Другое дело, что сумма волн в стационарном состоянии стремится к нулю. Нарушение стационарности - это рождение резонансных центров.

  Разумеется это не атом. Как перейти от классической трансгенерации (в области эл. маг. спектров) к трансгерации биологической, да еще без привлечения прибамбасов квантового мира - это вопрос на засыпку.
  Ну да подожду, может и встретится эксперимент, который смогу понять с точки зрения волновой механики. Во всяком случае удалось же понять геологические закономерности через введение самоорганизующегося векторного поля.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 07, 2019, 20:07:00
к не раз поминаемым точкам бифуркации.
  Совсем как-то выпустил из внимания. Обычно говорю о странных аттракторах, к которым вероятны бифуркационные (т.е. один из двух) перескоки. Аттракторы и есть те положения волновых параметров состояния, в которых сумма всех волн стремится к нулю. Следовательно, акт мутация-репарация может быть рассмотрен не как эволюция, а как скачок из одного равновесного состояния в другое. Правда для этого придется прогнозировать квант действия на много порядков больший, нежели Планковский, что разумеется, будет некорректным без особых расчетов и привлечения экспериментальных данных.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 20:11:34
Э-ээ, резонансный центр. Это что, о подвесной конструкции?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 07, 2019, 20:32:14
  Не обязательно. Просто все эти спонтанные перескоки в макромире изучались на примерах сложных инженерных конструкций, которые разваливались по непонятным причинам. Это не те резонансы, как на мосту, по которому марширует взвод. Спонтанная концентрация напряжений могла произойти даже в самом прочном месте конструкции. И приходилось выдумывать безобидные точки разгрузки "блуждающих концентраций". Там теория - голову сломишь. Более понятно вроде на резонансах и рождениях побочных волн в радиоэлектронике.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 20:43:02
Вот я и насторожился, в плане слома головы. Если уподобить подвесу, придется рассчитывать уйму вещей, жидкие гироскопы, искажения центра приложения сил, воздействия векторов гравитации, всего не перечесть. 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 20:46:04
Если радиоэлектроника - то речь о резонансах напряжений и резонансах токов, это так?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 07, 2019, 20:55:40
  Можно погуглить "трансгенерация". Если нарветесь на что-то в радиоэлектронике (а не трансгендерах) то там будет если не про полупроводники, то что-то типа рождения длинной волны в емкосно-индуктивном контуре.
  Это как если в решетке кристалла "застревает" группа фононов, то они организуют длинную волну, покидающую данное место решетки, и наводят бардак в далеких ячейках кристалла.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Evol от Февраль 07, 2019, 21:01:13
У-ххх! Опять фазовые состояния и порядки действия?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Февраль 07, 2019, 21:21:34
  Ладно, лучше пока не углубляться. Я вот перерыл свой комп, не нашел, были где-то вектора, сходящиеся в точку, при расхождении "конуса выживания". Но я их рисовал из набора данных по микроскопии компонентов углей. Смысл в том, что чем дальше на эволюционной шкале, тем менее микрокомпонет способен поглощать (стареет, блин), согласно своему "личному" градиенту.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: алексаннндр от Декабрь 15, 2019, 14:51:09
Где-то я об этом писал, ну я не могу сказать, что я прям за ламаркизм, но классический дарвинизм, мне кажется, нуждается в некотором дополнении.
Естественный отбор бесспорно является одним из важнейших инструментов эволюции.
Но.

Я уже писал, у высших организмов мы наблюдаем крайний избыток мужских гамет, и в среднем, чем продвинутее организм, тем гамет может быть больше, мужских, а женских как раз меньше.

Как сказано в одном материале- на большом поле должно быть и много игроков, говорилось о половых путях китообразных, тезис весьма сомнительный, китиха никуда не торопится, со своей яйцеклеткой, годами яйцеклетка ждала- ну ещё пару деньков или недель подождёт до оплодотворения, всего делов-то.

Однако выиграла количественная стратегия, а ведь сперматозоиды ничто не мешает сделать
олее устойчивыми и подготовленными к дальним путешествиям через половые пути, можно сделать сперматофор, который будет доставляться к месту базирования созревшей яйцеклетки, у головоногих бывает даже автономное половое щупальце, которое само ищет самку, если бы эта проблема стояла, то она бы решалась, нет, мне кажется, трудно признать, что проблема для таких видов как китообразные, вообще любые крупные позвоночные, стоит именно в доставке сперматозоидов к яйцеклетке, в конце концов, можно яйцеклетку пододвинуть к впрыскиваемым сперматозоидам, кстати, почему их так мало у высших организмов, на много порядков меньше, чем мужских гамет?
Почему так радикально отличается способ формирование, мужских и женских гамет?

Вообще высшие организмы ни в каких случаях не переживают такого интенсивного отбора, как на стадии мужских гамет, Никогда, совсем, обратное просто и представить себе трудно.

Правда, этот отбор принципиально не конструктивен, по современным представлениям, ну оплодотворит не этот сперматозоид, а другой, оно ведь непонятно, какой из них несёт прогрессивные модернизации генома, а какой нет, это проявится, и то может быть, в будущем диплоидном организме, ещё неизвестно в какое время...

И всё же, чем больше мужских гамет, тем больше фонд для отбора полезных генетических нововведений, так уж если разобраться, правда, нет механизма, как определить, какая мутация в сперматозоиде полезная, какая вредная, тем более полезность и вредность мутаций в принципе условна, но у сперматозоидов,это всё просто не определимо.

И всё-таки их огромный избыток, это не может быть случайным, как мне кажется, значит механизм таки должен быть.

И ещё, сколь транжирно используются мужские гаметы, настолько же ценны яйцеклетки и тем более зиготы, эволюция и высших животных, и высших растений нам демонстрирует, если подумать, крайнее стремление высших организмов как можно дольше оградить диплоидное потомство от процессов того самого естественного отбора, мы выработаем продвинутое яйцо, где наибольшее снабжение и наилучшее питание, температурный режим, кучи преющего органического материала или насиживание, живорождение, сочные и мощные сухие плоды у цветковых и могучие стробилы у голосеменных.

А ведь это несколько антидарвиновски, в простом понимании, именно диплоидному поколению жить, именно ему встречаться с вызовами биотических и абиотических факторов среды, так логично тогда обилие женских гамет, хотя бы сравнительное, зигот, что-то подобное есть у акул, зачинается несколько десятков акулят, к родам приходят немногие, но несколько десятков- это не несколько десятков миллионов...

Есть исключения, многоикорные рыбы, но заметим, даже у рыб с откладыванием икры обилие икры- очень и очень специализация, а уж крупнейшие рыбы- живородящие и яйцекладущие, ну сейчас по совместительству крупнейшие рыбы- это акулы и скаты, ну так делаем выводы, крупнейшими высокоорганизованными животными являются только яйцекладущие и живородящие, даже в море, даже первичноводные организмы.
Даже если акулы и скаты в начале своей истории пытались освоить сушу или полуводный образ жизни, как я, например, могу предположить, именно поэтому они перешли на внутреннее оплодотворение, яйцеоткладывание и живорождение, именно поэтому скаты уплощены сверхувниз, а не с боков, именно поэтому у скатов и акул есть некоторые элементы как бы передвижения по дну на плавниках, особенно у скатов, ну химеры конечно туда же.
Но далеко они не продвинулись, по-настоящему они на сушу не вышли, они вернулись в воду сразу после своих экспериментов с сухопутностью, если такие эксперименты вообще были.
Тем более само по себе экспериментирование с сухопутным образом жизни отказа от икры не требует.

Так вот именно эти организмы смогли достичь максимальных, часто, размеров для первичноводных позвоночных.

Но ведь по всем остальным статьям костистые рыбы считаются более продвинутыми, и они не зря сейчас преобладают по количеству видов, но они принципиально мельче.

Вообще в чём смысл гамет, понятно, что обмен гаплоидными наборами, то есть объединение их в диплоидный набор, кроссинговер, всё такое.
У примитивных многоклеточных гаметы, мужские и женские, вырабатываются иной раз в одном органе, но вот обязательно нужна эта стадия с проплыванием некоторого расстояния сперматозоидами, поскольку сперматозоиды всё-таки не продвинутые роботы с GPS-навигацией, тут есть весьма большая степень случайности в оплодотворении, конечно отсеиваются самые долбанутые по ядру случайными мутациями, которые и хвостом-то двигать нормально не умеют, куда там оболочку яйцеклетки вскрывать.

По крайней мере у человека, первый доплывший сперматозоид вовсе не оплодотворяет яйцеклетку, некоторое их количество гибнет при попытке взять штурмом спальню прекрасной принцессы.
Опять-таки лотерея случайности среди очень большого количества претендентов.
Думаю, так у всех высших многоклеточных.

Пыльца, сперматозоид хотя бы куда-то плывёт, пыльцу носит ветер и всякие крылатые, преимущественно, не только насекомые, но насекомые преимущественно, хотя и кушают они её изрядно, не только переносят.

Опять же, у растений есть тенденция разделения цветков, у голосеменных так и полностью разделены стробилы сегодня только на мужские и женские, с одной стороны можно сказать, что это адаптация к перекрёстному опылению, что наверняка имеет место быть, но ведь если для растения важно именно перекрёстно опыляться- у высших животных вообще произошло разделение на самок и самцов, у растений есть примеры двудомности или самобесплодности, но скорее это исключения.
Обычно растение вполне может себя опылять, размножаться таким образом, есть некоторые приспособления- чтобы лучше бы было перекрёстное опыление, но и самоопыление чтобы не исключалось, значит эволюционно проблема запрещения самоопыления особенно остро не стоит.

Мужское соцветие рогоза находится на одной оси с женским соцветием, только чуть выше, функционально- это двуполое соцветие, но чтобы попасть на женское соцветие, пыльце нужно немножечко пролететь по воздуху, опять тот самый элемент случайности, пыльца попадает на рыльца женских цветков случайно, в каждом конкретном случае.
Естественно происходит и перекрёстное опыление, опять же- для каждого конкретного пыльцевого зерна предсказать судьбу невозможно.

Мужское соцветие кукурузы, аналогично, находится над женскими соцветиями, часть пыльцы попадает на них, часть улетает к соседям, но ключевым всё-таки в этом процессе является случайность, как мне думается.

Что-то тут очень важное, природе нужна эта случайность для очень большого количества мужских гамет, если бы это не был важный элемент размножения, значит и эволюционного процесса, то его бы не было, сама гетерогамия нам это демонстрирует, разделение на немногочисленные женские гаметы и сверхмногочисленные мужские.

Если обилие мужских гамет требуется только для буквального доплытия до яйцеклетки, не все могут доплыть, так пусть пловцов будет больше, кто-нибудь да доплывёт, ну собственно доплывает всегда весьма избыток, и потом, что мешает пловцов делать не более многочисленными, а более подготовленными, потом впрыск мужских гамет происходит под давлением, абсолютно нетрудно сделать при трудности именно доставки сперматозоидов к месту базирования яйцеклетки специальный тракт, быструю дорогу, основной половой путь ведь нужен в таком ключе для откладывания яйца или рождения младенца, половой акт такого громадного полового пути не требует.

Предвижу возражения, что ведь природа конструирует из того, что имеет, у предков позвоночных, по совместительству самых продвинутых ныне организмов, половая система завязана на клоаку и её производные, перестраивать это всё очень трудно и дорого, думаю, эта логика неверна.
Это уже кит не сможет перестроить свою репродуктивную систему, а протопозвоночный червячок, вполне мог бы, даже рыбы демонстрируют возможность потрясающих перестроек репродуктивной системы, морской конёк, папа-роженица, значит фундаментально возможны более сложные перестройки репродуктивной системы, чем выработка помощи в транспортировке сперматозоидов.
Копулятивные органы на голове, у рыб опять же, сумка у сумчатых, тоже как бы орган достаточно сложный у достаточно уже продвинутых организмов, это не проглатывание икры для вынашивания в желудок лягушками, всё уже есть, желудок, икра, нужна конечно модификация реакции собственного организма, чтобы он не переваривал своих детей, а вынашивал и выкармливал.
Но само по себе всё уже есть, сами органы, их железистость и так далее, новых органов вырабатывать не нужно.

Опять же, сумчатые, у них ведь мы опять видим обилие диплоидного потомства, сравнительное обилие, отбор начинает действовать ещё на не особо развитый эмбрион, он должен перебраться в сумку, зацепиться за сосок, кажется, это одна из наилучших стратегий размножения, всё равно, до сперматозоидного обилия диплоидному потомству сумчатых далеко, и они пока по крайней мере выглядят аутсайдерами по сравнению с плацентарными, которые в принципе не могут соперничать с сумчатыми по потенциальному обилию потомства.
Опять выигрывает ограничение конкуренции у диплоидного поколения.

Динозавры, они, благодаря яйцеоткладыванию, при огромных размерах могли иметь достаточно много потомства в единицу времени, почти икрометание, ну не так чтобы очень, но всё-таки.
Так вот они проиграли, даже птицы их потомки, способные, как будто на подобную стратегию саму по себе, скорее склонны к малодетности и крупнояичности, ну и уход за потомством, разумеется.

Но ведь насекомым ничто не мешает откладывать милионами необслуживаемые яйца, почему бы птицам так же, ну не миллионы, хотя бы сотни или десятки.

Ну динозавры же могли, не летающие, правда.
Нет, ничего подобного.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Декабрь 15, 2019, 21:01:47
  Александр, извините, то начинаю понимать Вас, то теряюсь. Ждал вывода - его нет. Может это:
Что-то тут очень важное, природе нужна эта случайность
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: алексаннндр от Декабрь 15, 2019, 22:51:00
Вывод, Василий Андреевич, если бы я мог уже сделать вывод к подобным наблюдениям, я был бы мудрец просветлённый дао...

Я единственное надеюсь, что хоть как-то пытаюсь верно поставить вопрос.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Декабрь 16, 2019, 06:35:22
пытаюсь верно поставить вопрос.
  Вы вроде уже вопрошаете, дескать, нафига и так, и эдак, но еще и тридак, когда потом вылезает не так. А что, если это "не так" могло состояться только при условии, что бы состоялись прочие варианты?
  Тогда получаем древо, ответвления которого прокладывают путь "неспециализированному предку".
 
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: Жан-Люк Пикар от Декабрь 16, 2019, 09:12:53
Ламаркизм разве не помер? :o
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: алексаннндр от Декабрь 16, 2019, 15:32:29
Вы, кажется, Василий Андреевич, не на мой пост отвечаете.
Неспециализированный предок- это всё прекрасно в любой системе координат, только какую задачу решают высшие организмы через гаметогенез, такой, какой он у них есть?

Имеют ли особенности гаметогенеза высших организмов какое-то значение для эволюционного процесса в целом?
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Декабрь 16, 2019, 20:37:45
Имеют ли особенности гаметогенеза высших организмов какое-то значение для эволюционного процесса в целом?
  Со стадиями гаметогенеза я все одно запутаюсь. Слова же какое-то и в целом несовместимы.
Ламаркизм разве не помер?
  Скажите эпигенез и он оживет.
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: kostik от Декабрь 17, 2019, 19:44:25
Ламаркизм разве не помер?
  Скажите эпигенез и он оживет.

Зашел в Pubmed, набрал ключевые слова: epigenetics and inheritance

Третьей в списке оказалась статья “Transgenerational Inheritance of Environmentally Induced Epigenetic Alterations during Mammalian Development” опубликованная 3 декабря - свежайшая, к тому же подана была в октябре этого года. И журнал очень даже неплохой – Cell. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31816913

Ниже привожу куски из статьи и гугл-перевод.

Abstract
Genetic studies traditionally focus on DNA as the molecule that passes information on from parents to their offspring. Changes in the DNA code alter heritable information and can more or less severely affect the progeny's phenotype. While the idea that information can be inherited between generations independently of the DNA's nucleotide sequence is not new, the outcome of recent studies provides a mechanistic foundation for the concept. In this review, we attempt to summarize our current knowledge about the transgenerational inheritance of environmentally induced epigenetic changes. We focus primarily on studies using mice but refer to other species to illustrate salient points. Some studies support the notion that there is a somatic component within the phenomenon of epigenetic inheritance. However, here, we will mostly focus on gamete-based processes and the primary molecular mechanisms that are thought to contribute to epigenetic inheritance: DNA methylation, histone modifications, and non-coding RNAs. Most of the rodent studies published in the literature suggest that transgenerational epigenetic inheritance through gametes can be modulated by environmental factors. Modification and redistribution of chromatin proteins in gametes is one of the major routes for transmitting epigenetic information from parents to the offspring. Our recent studies provide additional specific cues for this concept and help better understand environmental exposure influences fitness and fidelity in the germline. In summary, environmental cues can induce parental alterations and affect the phenotypes of offspring through gametic epigenetic inheritance. Consequently, epigenetic factors and their heritability should be considered during disease risk assessment.

Модификация и перераспределение белков хроматина в гаметах является одним из основных путей передачи эпигенетической информации от родителей к потомству. Наши недавние исследования предоставляют дополнительные специфические признаки для этой концепции и помогают лучше понять воздействие окружающей среды на физическую форму и точность в зародышевой линии. Таким образом, экологические сигналы могут вызывать родительские изменения и влиять на фенотипы потомства посредством эпигенетического наследования гамет.


Звучит оптимистично и утверждающе.

Но когда читаешь заключительный раздел статьи, то утверждения куда-то уплывают:
 
11. Perspectives
In spite of considerable progress in understanding mechanisms underlying the transgenerational inheritance of epigenetic marks, there is still limited knowledge about the factors that contribute to the phenomenon. Only a few reports available in the scientific literature associate the effects of endocrine-disrupting chemicals with epigenetic transgenerational inheritance. Since most of the available studies were performed on animals it is still unclear whether similar mechanisms of action occur during the process of transgenerational inheritance in humans. The conservation of epigenetic mechanisms between humans and rodents is only beginning to be explored, and some important differences have been documented (for example, X chromosome inactivation mechanisms; reviewed in [183]). We suspect that the complexity of humans may lead to large inter-individual variations in response to toxicants, which will complicate direct interspecies comparisons. Ethical issues limiting access to human samples impair work on the processes that underlie TEI. We note, however, that conserved histone-containing fractions of the sperm genome in mammalian species suggest that at least some of the mechanisms regulating paternal epigenetic information transfer across generations might be conserved. The sex-specific components involved in transgenerational inheritance are currently not well understood. Here, the recent discovery of topologically associated genome domains, three-dimensional interactions of distally located transcriptional regulatory elements and novel linker histones contributing to chromatin organization open promising new avenues for efforts to gain further insight into transgenerational epigenetic inheritance.

Несмотря на значительный прогресс в понимании механизмов, лежащих в основе наследственного наследования эпигенетических меток, знания о факторах, способствующих этому явлению, все еще ограничены. Только несколько сообщений, доступных в научной литературе, связывают эффекты разрушающих эндокринную систему химических веществ с эпигенетическим трансгенерационным наследованием. Поскольку большинство доступных исследований было проведено на животных, до сих пор неясно, происходят ли подобные механизмы действия в процессе наследственного наследования у людей. Сохранение эпигенетических механизмов между людьми и грызунами только начинает изучаться, и некоторые важные различия были задокументированы (например, механизмы инактивации Х-хромосомы; рассмотрено в [183]). Мы подозреваем, что сложность человека может привести к большим межиндивидуальным вариациям в ответ на токсиканты, что усложнит прямые межвидовые сравнения. Этические проблемы, ограничивающие доступ к человеческим образцам, мешают работе над процессами, лежащими в основе TEI. Однако мы отмечаем, что консервативные гистонсодержащие фракции генома спермы у видов млекопитающих позволяют предположить, что, по крайней мере, некоторые механизмы, регулирующие передачу отцовской эпигенетической информации между поколениями, могут быть сохранены. Половые компоненты, участвующие в наследственном наследовании, в настоящее время недостаточно изучены. Здесь недавнее открытие топологически связанных доменов генома, трехмерных взаимодействий дистально расположенных транскрипционных регуляторных элементов и новых линкерных гистонов, способствующих организации хроматина, открывает многообещающие новые возможности для попыток получить более глубокое понимание трансгенеративного эпигенетического наследования.



Василий Андреевич, у Вас, по-видимому, есть  дуступ к информации закрытых исследований, что дает Вам право так смело утверждать о связи ламаркизма и эпигенеза. Колитесь…
Название: Re: Ламаркисты! Ударим по неодарвинизму экспериментальными результатами!
Отправлено: василий андреевич от Декабрь 17, 2019, 21:28:31
  К сожалению, я не умею отличать научно обоснованный факт от популярного блефа. Уже здесь, на форуме, меня сперва учили - феноменальности не наследуются, а потом напихивали исключениями. Так что я просто держу вопрос наготове. Когда сам пытался гуглить, то определенности не составил.